L'hétérocyste (H) est une cellule à paroi épaisse, habituellement translucide, qui se rencontre chez certaines cyanobactéries (dites hétérocystées).

Il est le site de la fixation d'azote et se forme à partir des cellules végétatives en conditions limitantes d'azote.

Il est caractérisé par la présence de nodules polaires aux points d'attache aux cellules végétatives. Suivant les espèces on rencontre des hétérocystes intercalaires et/ou terminaux.

Les hétérocystes peuvent être circulaires, ovales, triangulaires, carrés ou rectangulaires