* aspect de la croissance: unicellulaire, coloniale, filamenteuse
* aspect et forme de la colonie pour les formes coloniales
* présence, taille et forme des cellules végétatives
* présence, taille et forme des hétérocystes et akinètes
* présence ou absence de vacuoles à gaz
* présence ou absence d'hormogonies, mobilité des hormogonies

• pour les organismes filamenteux:

o différenciation cellulaire: hétérocystes et akinètes
o polarité: base et apex du filament
o gaine: absence ou présence, épaisseur
o ramifications vraies ou fausses (Fig. 4)
o nature des fausse ramifications: simples ou géminées

En raison du polymorphisme des cyanobactéries, les anciennes classifications ont donné naissance à de très nombreux genres et espèces superflus.
Seule la classification morphologique de Rippka et al. (1979) est fondée sur des caractères morphologiques stables observables en culture. Elle a amené à une première révision taxonomique qui a considérablement réduit le nombre de taxons reconnus.

Pour les cyanobactéries, la nouvelle taxonomie phylogénétique se heurte à un manque de séquences et la nouvelle version du Manuel de Bergey présente un traitement taxonomique d'attente dans lequel les cyanobactéries constituent un phylum d'une seule classe, dans lequel les taxons classiques sont remplacés par des sous-sections et des sous-groupes et les genres sont remplacées par des formes. Les 56 formes actuellement reconnues se répartissent en cinq sous-sections.

1. Formes unicellulaires ou agrégats non filamenteux maintenus par les parois externes ou une matrice gélatineuse -> B

2. Formes filamenteuses. Trichomes ramifiés ou non ramifiés, uni- ou plurisériés -> C

B

1. Reproduction par division binaire suivant 1, 2 ou 3 plans symétriques ou non , ou par bourgeonnement --> Sous-section I

2. Reproduction par fissions multiples internes avec production de cellules filles plus petites que les cellules parentales ou par fissions multiples et binaires -- > Sous-section II

C

1. Reproduction par fission binaire dans un seul plan produisant des trichomes unisériés sans ramifications vraies (de fausses ramifications peuvent se former) - > D

2. Reproduction par fission binaire , parfois ou fréquemment suivant plusieurs plans , donnant naissance à des trichomes multisériés et (ou) à des trichomes présentant différents types de ramifications vraies -->Sous-section V

D

1. Trichomes composés de cellules ne se différentiant pas en hétérocystes ou en akinètes
-> Sous-section III

2. Une ou plusieurs cellules du trichome se différencient en hétérocystes, au moins lorsque le milieu est carencé en ammonium ou en nitrate; certaines cellules peuvent aussi former des akinètes
-> Sous-section IV