Les cyanobactéries présentent des formes unicellulaires et filamenteuses qui peuvent être elle-mêmes isolées ou coloniales.

Au maximum de leur complexité, les formes filamenteuses présentent trois sortes de cellules:
- les cellules végétatives; responsables de l'activité photosynthétique et de la nutrition carbonée de l'organisme
- les hétérocystes cellules spécialisées responsables de l'activité fixatrice d'azote et de la nutrition azotée de l'organismes
- les spores ou akinètes, organes de conservation et de dissémination.

Certaines formes se multiplient par hormogonies, petits groupes de cellules qui s'échappent aux extrémités des filaments

En plus de ces trois types de cellules les Cyanobactéries peuvent présenter un certain nombre de stuctures telles que des gaines mucilagineuses, des ramifications, etc. (voir les liens en haut de la page)

Chez les formes filamenteuses on appelle trichome la file de cellules et filament l'ensemble du trichome et de la gaine mucilagineuse entourant le trichome lorsqu'une gaine est formée.

La gaine mucilagineuse peut réunir de nombreux filaments et former des colonies de forme indéfinie ou définie. Suivant leur taille on peut distinguer de micro (< 1mm) et des macro-colonies.