A partir de caractères morphologiques majeurs facilement observables en microscopie optique, on peut distinguer sept grandes formes morphologiques de cyanobactéries
Les données de séquençage disponibles en 2001 confirmaient une distribution en formes unicellulaires, formes homocystées (formes filamenteuses sans hétérocystes) et formes hétérocystéees. Dans les formes hétérocystées on constate le début d'une séparation entre formes sans et avec fausses ramifications. Une mise à jour de cet arbre serait la bienvenue. Y a-t-il un volontaire ?