La biomasse de certaines fleurs d'eau à cyanobactéries, peut être estimée par mesure directe (récolte et mesure du poids sec).

Dans certains cas, l'utilisation d'indices d'abondance déterminés par observation visuelle peut parfois remplacer une partie des mesures directes.

Le tableau de gauche est un exemple d'indice d'abondance qui a été utilisé dans des rizières expérimentales pour estimer l'impact de différentes pratiques culturales sur le développement des cyanobactéries.

La méthode visuelle a une précision moyenne qui varie avec l'expérience des utilisateurs mais est souvent suffisante pour la majeure partie des études écologiques (voir un exemple d'utilisation d'un indice d'abondance pour étudier l'effet des engrais azotés sur la croissance des cyanobactéries).

La figure de gauche montre la corrélation entre les estimations de biomasse de fleurs d'eau à cyanobactéries dans des rizières expérimentales effectuées soit par récolte et pesée soit par estimation visuelle par une personne expérimentée (expérimentateur 1) ou une personne non expérimentée (expérimentateur 2)