Les cyanobactéries, en raison de leur caractère photosynthétique, ont une signification différente des autres microorganismes du sol. Alors que les bactéries et champignons sont principalement des agents   de décomposition et de minéralisation, les cyanobactéries sont, avec les micro-algues algues des producteurs primaires. Dans les sols fertiles, leur contribution, qui est très faible par rapport à celle des Phanérogames (plantes), passe souvent inaperçue. Par contre dans certains sols dégradés ou peu fertiles elles peuvent constituent un producteur primaire significatif et les formes fixatrices d'azote peuvent améliorer significativement la fertilité de certains de ces sols.

Par les mucilages qu'elles produisent et par l'action mécanique des filaments, elle ont un rôle important dans l'amélioration de la structure de certains sols exondés dont elles augmentent l'agrégation. Elles les protègent également contre l'érosion en formant des croûtes à la surface du sol.

Dans les sols, les bactéries forment généralement le groupe le plus important numériquement. Toutefois les comptages de microorganismes ne reflètent que très imparfaitement l'image de la microflore des sols et il est plus réaliste d'exprimer les données en termes de biomasse. Dans les sols exondés les champignons constituent fréquemment le composant majeur de la biomasse microbienne. Dans les sols submergés, suivant la productivité de l'eau de submersion, ce sont généralement les algues et/ou les cyanobactéries qui dominent la biomasse microbienne.