En raison de leur caractère photosynthétique, les cyanobactéries (fixatrices de N 2 ou non), sont des producteurs primaires. Dans les milieux fertiles, leur contribution, qui est faible par rapport à celle des Phanérogames (plantes), passe souvent inaperçue. Par contre dans les milieux extrêmes (pluviométrie réduite, températures élevées ou trés basses, milieux hypersalés ....) elles constituent, avec les algues, le producteur primaire principal. Dans certaines conditions, elle peuvent se développer de façon explosive à la surface des sols ou dans les eaux douces (fleurs d'eau, manne de la bible...)