De nombreux facteurs biotiques influencent le développement des cyanobactéries dans les milieux naturels.

Comme pour tout organisme vivant il existe des phénomènes de compétition, de parasitisme et de prédation.

Par exemple, dans les milieux aquatiques, les cyanobactéries entrent en compétition avec d'autres composants du phytoplancton pour des éléments nutritifs, le CO2 dissous dans l'eau nécessaire à leur photosynthèse, ou l'énergie lumineuse.

Vertains virus, les cyanophages, parasitent les cyanobactéries et on leur attribue parfois la disparition d'efflorescences dans les écosystèmes aquatiques aussi bien dulçaquicoles que marins.

Enfin, les cyanobactéries, organismes riches en protéines, constituent un met de choix pour certains invertébrés et vertébrès. Certains cycles ou certaines successions ou dominance des composants du phytoplancton s'expliquent par la prédation qui peut être parfois très spécifique.