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Taxonomie des Procaryotes
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Classification résumée
Classification générale
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Groupes trophiques spéciaux

Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
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Synonymes
         
Euryarchaeota: Phylum AII des Archaea
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















 

1. Propriétés des Euryarchaeota

Dans ce phylum sont particulièrement groupés les Méthanoarchaea qui sont les seuls archaeons qui ne soient pas restreints aux environnements extrêmes. On les rencontre dans des habitats variés comme les sédiments, les digesteurs, le tractus digestif des insectes et des animaux et le rumen où ils cohabitent avec les eubactéries et les eucaryotes. Ce sont tous des anaérobies stricts extrêmement sensibles à l'oxygène, producteurs obligés de méthane, une spécialisation inaccessible aux Bacteria. Ils présentent une grande diversité morphologique et sont hautement spécialisés avec des systèmes élaborés uniques adaptés à leur mode de vie. Ce ne sont donc pas des organismes primitifs. Ils sont intimement associés aux Bacteria dans le processus de digestion anaérobie de la matière organique, par le concept de transfert interespèce d'hydrogène qui leur permet d'éliminer H2 de la phase gazeuse en produisant le méthane. Les méthanogènes produisent de l'ATP par différents mécanismes encore mal connus. Des systèmes de transport actif ont été décrits. La majeure partie de ces organismes est autotrophe mais la voie enzymatique de fixation du CO2 est encore mal connue. Le nombre de substrats carbonés utilisés est limité au formate, à l'acétate, au méthanol et aux méthylamines. Récemment plusieurs alcools (propanol, isopropanol, butanol) ont été rajoutés à cette liste. Plusieurs enzymes d'oxydoréduction sont présentes chez les méthanogènes : hydrogénase, formate deshydrogénase, F420-NADPH oxydoréductase, NADH-diaphorase, ferredoxine, cytochromes b et c. La génétique de ces organismes est encore balbutiante mais deux génômes complets ont été séquencés, ceux de Methanothermobacter thermautotrophicus et Methanocaldococcus jannaschii. Les méthanogènes présentent plusieurs coenzymes uniques : le coenzyme M, le coenzyme F420 dont la fluorescence à 420 nm permet de visualiser aisément les méthanogènes avec un microscope à épifluorescence, la méthanoptérine, le facteur F430 non fluorescent, le composant B, le méthanofuran, les corrinoïdes et certaines vitamines comme l'a-toxophérolquinone, l'acide nicotinique, le pantothénate, la riboflavine, la thiamine et l'acide folique.

Le groupe comprend quatre classes et six ordres subdivisés en douze familles et trente-deux genres représentant 113 espèces. On distingue actuellement trois principaux groupes nutritionnels : les méthanogènes hydrogénophiles (ou hydrogénotrophes) qui réduisent le CO2 par l'hydrogène, les acétoclastes (ou acétotrophes) qui produisent le méthane par rupture de la molécule d'acétate et les méthylotrophes qui produisent CH4 à partir du méthanol et des méthylamines.

Le phylum comporte également les Archaea aérobies stricts, hyperhalophiles chimioorganotrophes que l'on rencontre dans les environnements hypersalés naturels et alimentaires (salaisons), ainsi que les Archaea pléomorphes aérobies stricts, hyperthermophiles, acidophiles et chimioorganotrophes des environnements chauds, les Archaea anaérobies stricts, hyperthermophiles fermentaires ou hydrogénotrophes ou chimiolithotrophes, sulfato- et/ou thiosulfato-réductrices des sources hydrothermales marines.

Les genres sont décrits au niveau des classes sur les deux pages suivantes groupant respectivement les classes I à III et les classes IV à IX

2. Taxonomie du Phylum

Phylum AII. Euryarchaeota

Classe I. Methanobacteria

Ordre I. Methanobacteriales

Famille I. Methanobacteriaceae: Methanobacterium, Methanobrevibacter, Methanosphaera, Methanothermobacter

Famille II. Methanothermaceae: Methanothermus

Classe II. Methanococci

Ordre I. Methanococcales

Famille I. Methanococcaceae: Methanococcus, Methanothermococcus

Famille II. Methanocaldococcaceae: Methanocaldococcus, Methanotorris

Classe III. Methanomicrobia

Ordre I. Methanomicrobiales

Famille I. Methanomicrobiaceae: Methanomicrobium, Methanoculleus, Methanofollis, Methanogenium, Methanolacinia, Methanoplanus

Famille II. Methanocorpusculaceae: Methanocorpusculum

Famille III. Methanospirillaceae: Methanospirillum

Famille IV. Methanoregulaceae:Methanoregula,
Methanolinea, Methanosphaerula


Methanomicrobiales non classées : Methanocalculus 

Methanomicrobia non classées : Methanomassiliicoccus

Ordre II. Methanosarcinales

Famille I. Methanosarcinaceae: Methanosarcina, Methanimicrococcus, Methanococcoides, Methanohalobium, Methanohalophilus, Methanolobus, Methanomethylovorans, Methanosalsum

Famille II. Methanosaetaceae: Methanosaeta

Famille III. Methermicoccaceae: Methermicoccus

Ordre III. Methanocellales

Famille I. Methanocellaceae: Methanocella

Classe IV. Halobacteria

Ordre I. Halobacteriales

Famille I. Halobacteriaceae: Halobacterium, Haladaptatus, Halalkalicoccus, Halarchaeum, Haloamina, Haloarcula, Halobaculum, Halobellus, Halobiforma, Halococcus, Haloferax, Halogeometricum, Halogranum, Halolamina, Halomarina, Halomicrobium, Halonotius, Halopelagius, Halopenitus, Halopiger, Haloplanus, Haloquadratum, Halorhabdus, Halorientalis, Halorubellus, Halorubrobacterium, Halorubrum, Halorussus, Halosarcina, Halosimplex, Halostagnicola, Haloterrigena, Halovivax, Natrialba, Natrinema, Natronoarchaeum, Natronobacterium, Natronococcus, Natronolimnobius, Natronomonas, Natonorubrum, Salarchaeum, Salinarchaeum

Classe V. Thermoplasmata

Ordre I. Thermoplasmatales

Famille I. Thermoplasmataceae: Thermoplasma

Famille II. Picrophilaceae: Picrophilus

Famille III. Ferroplasmaceae: Ferroplasma

Thermoplasmatales non classées : Thermogymnomonas

Classe VI. Thermococci

Ordre I. Thermococcales

Famille I. Thermococcaceae: Thermococcus, Palaeococcus, Pyrococcus

Thermococcales non classées: Caldococcus

Classe VII. Archaeoglobi

Ordre I. Archaeoglobales

Famille I. Archaeoglobaceae: Archaeoglobus, Ferroglobus, Geoglobus

Classe VIII. Methanopyri

Ordre I. Methanopyrales

Famille I. Methanopyraceae: Methanopyrus

Phylum AIII. Korarchaeota

Korarchaeum

Phylum AIV. Nanoarchaeota

Nanoarchaeum

Phylum AV. Thaumarchaeota

Cenarchaeum

3. Description des genres

Les genres sont décrits au niveau des classes sur les deux pages suivantes groupant respectivement les classes I à III et les classes IV à IX


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