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Taxonomie des Procaryotes
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Synonymes
         
Domaine Archaea: Introduction
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















Domaine Archaea


Le Domaine Archaea a été identifié à la fin des années 1970 lorsque l'on a commencé à appliquer l'analyse de l'ARN de la partie 16S des ribosomes. Cette analyse a permis de regrouper des organismes phylogénétiquement voisins, représentant une branche distincte de l'évolution des bactéries (Fig. 1), avec des altérations systématiques dans la forme des ribosomes et dans la proportion de protéines acides.

Ces organismes sont caractérisés par un ensemble de caractères différents des eubactéries classiques (domaine Bacteria), comme l'absence d'acide muramique et de peptidoglycan (muréine) de la paroi cellulaire qui est formée de micromolécules protéiques ou d'hétéropolysaccharides. Ceci les rend insensibles aux antibiotiques inhibiteurs de la synthèse de la paroi tels que pénicilline, vancomycine et phosphomycine et au lysozyme. D'autres différences existent au niveau de la constitution des lipides cellulaires qui sont des diéthers de phytanol (glycérol et acide palmitique avec branchements méthyl). Les transporteurs d'électrons classiques (cytochromes, quinones, flavines) sont absents et remplacés par des cofacteurs uniques (CoM, F420, F430, méthanoptérine). Les ARN-polymérases ont des compositions en sous-unités et des sensibilités aux antibiotiques (rifampicine, streptolydigine) différentes.
Les formes morphologiques comprennent des coques, bâtonnets, filaments et des formes irrégulières en mycoplasme. Beaucoup sont pléomorphes.
Le Gram est positif ou négatif. Les endospores sont absentes.
La plupart sont anaérobies stricts mais certains sont aérobies. Beaucoup sont mobiles.
Les membres de ce groupe dénommé Archéobactéries sont variés du point de vue du métabolisme et de l'écologie.
Les méthanogènes, les halophiles et les thermoacidophiles vivent dans des environnements extrêmes.



Taxonomie des Archaea

Phylum AI. Crenarchaeota

Classe I. Thermoprotei

Ordre I. Thermoproteales

Famille I. Thermoproteaceae: Thermoproteus, Caldivirga, Pyrobaculum,Thermocladium , Vulcanisaeta

Famille II. Thermofilaceae: Thermofilum

Ordre II. Desulfurococcales

Famille I. Desulfurococcaceae: Desulfurococcus, Aeropyrum, Ignicoccus, Ignisphaera, Staphylothermus, Stetteria, Sulfophobococcus, Thermodiscus,Thermosphaera

Famille II. Pyrodictiaceae: Pyrodictium, Hyperthermus, Pyrolobus

Ordre III. Sulfolobales

Famille I. Sulfolobaceae: Sulfolobus, Acidianus, Desulfurolobus, Metallosphaera, Stygiolobus, Sulfurisphaera, Sulfurococcus

Ordre IV. Acidilobales

Famille I. Acidolobaceae : Acidilobus 

Famille II. Caldisphaeraceae: Caldisphaera

Ordre V. Fervidiccoccales

Famille I. Fervidicoccaceae: Fervidicoccus

Phylum AII. Euryarchaeota

Classe I. Methanobacteria

Ordre I. Methanobacteriales

Famille I. Methanobacteriaceae: Methanobacterium, Methanobrevibacter, Methanosphaera, Methanosphaerula, Methanothermobacter

Famille II. Methanothermaceae: Methanothermus

Classe II. Methanococci

Ordre I. Methanococcales

Famille I. Methanococcaceae: Methanococcus, Methanothermococcus

Famille II. Methanocaldococcaceae: Methanocaldococcus, Methanotorris

Classe III. Methanomicrobia

Ordre I. Methanomicrobiales

Famille I. Methanomicrobiaceae: Methanomicrobium, Methanoculleus, Methanofollis, Methanogenium, Methanolacinia, Methanoplanus

Famille II. Methanocorpusculaceae: Methanocorpusculum

Famille III. Methanospirillaceae: Methanospirillum

Famille IV. Methanoregulaceae: Methanoregula, Methanolinea, Methanosphaerula

Methanomicrobiales non classées : Methanocalculus 

Methanomicrobia non classées : Methanomassiliicoccus

Ordre II. Methanosarcinales

Famille I. Methanosarcinaceae: Methanosarcina, Methanimicrococcus , Methanococcoides , Methanohalobium, Methanohalophilus, Methanolobus, Methanomethylovorans, Methanosalsum

Famille II. Methanosaetaceae: Methanosaeta

Famille III. Methermicoccaceae: Methermicoccus

Ordre III. Methanocellales

Famille I. Methanocellaceae: Methanocella

Classe IV. Halobacteria

Ordre I. Halobacteriales

Famille I. Halobacteriaceae: Halobacterium, Haladaptatus, Halalkalicoccus, Halarchaeum, Haloamina, Haloarchaeobius, Haloarcula, Halobaculum, Halobellus, Halobiforma, Halococcus, Haloferax, Halogeometricum, halogranum, Halolamina, Halomarina, Halomicrobium, Halonotius, Halopelagius, Halopenitus, Halopiger , Haloplanus, Haloquadratum, Halorhabdus, Halorientalis, Halorubellus, Halorubrobacterium, Halorubrum, Halorussus, Halosarcina, Halosimplex, Halostagnicola, Haloterrigena, Halovenus, Halovivax, Natrialba, Natrinema, Natronoarchaeum, Natronobacterium, Natronococcus, Natronolimnobius, Natronomonas, Natonorubrum, Salarchaeum, Salinarchaeum

Classe V. Thermoplasmata

Ordre I. Thermoplasmatales

Famille I. Thermoplasmataceae: Thermoplasma

Famille II. Picrophilaceae: Picrophilus

Famille III. Ferroplasmaceae: Ferroplasma, Acidiplasma

Thermoplasmatales non classées : Thermogymnomonas

Classe VI. Thermococci

Ordre I. Thermococcales

Famille I. Thermococcaceae: Thermococcus, Palaeococcus, Pyrococcus

Thermococcales non classées: Caldococcus

Classe VII. Archaeoglobi

Ordre I. Archaeoglobales

Famille I. Archaeoglobaceae: Archaeoglobus, Ferroglobus, Geoglobus

Classe VIII. Methanopyri

Ordre I. Methanopyrales

Famille I. Methanopyraceae: Methanopyrus

Phylum AIII. Korarchaeota

Korarchaeum

Phylum AIV. Nanoarchaeota

Nanoarchaeum

Phylum AV. Thaumarchaeota

Ordre I. Cenarchaeales

Famille I. Cenarchaeaceae : Cenarchaeum

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