Taxonomie des Procaryotes
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Synonymes
         
Verrucomicrobia: Phylum BXXIV du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















 

1. Propriétés du Phylum

Phylum hétéroclite comprenant des formes avec de nombreuses protubérances coniques donnant l’apparence d’une verrue avec des fimbriae, ou bien des cellules ovales, des bâtonnets ou des coques, aérobies, anaérobies facultatives ou strictes, chimio-organotrophes, isolées du tractus digestif humain ou de sol, de sédiments marins ou d'eau douce, d'algues ou d'éponges marines voire même symbiontes cytoplasmiques obligatoires de nématode.

2.Taxonomie


Phylum BXXIV. Verrucomicrobia

    Classe I. Verrucomicrobiae

Famille I. Verrucomicrobiaceae : Verrucomicrobium, Haloferula, Luteolibacter, Persicirhabdus, Prosthecobacter, Roseibacillus,

Famille II. Rubritaleaceae: Rubritalea

Famille III. Akkermansiaceae : Akkermansia

    Classe II. Opitutae

Ordre I. Opitutales

Famille I. Opitutaceae : Opitutus, Alterococcus


Ordre II. Puniceicoccales

Famille I. Puniceicoccaceae : Puniceicoccus, Cerasicoccus, Coraliomargarita, Pelagicoccus

Famille II. Xiphinematobacteriaceae : Xiphinematobacter

Verrucomicrobia non classées : Fucophilus

3. Description des Genres

Phylum BXXIV.Verrucomicrobia

Classe I.Verrucomicrobiae

Ordre I.Verrucomicrobiales

Famille I. Verrucomicrobiaceae

Verrucomicrobium

Cellules (0,8-1 x 1-3,8 microns), présentant de nombreuses protubérances coniques de 0,5 micron de long donnant l’apparence d’une verrue. Des fimbriae sont produites à l’extrémité de ces protubérances. Non mobiles, Gram négatif. Colonie jaune pâle. Aérobies anaérobies facultatifs, hétérotrophes. Prototrophes. Catalase positive. Croissance optimale à 26-33 °C (max. 34 °C). Tolèrent 10 g/l de NaCl. Sucres fermentés sans production de gaz. Croissance entre 10 et 37 °C et à pH 5,5-9 (opt. 7,5-8). ADN: 58-59 mol % G+C. Une espèce lacustre, Verrucomicrobium spinosum.

Haloferula (G. halos, mer; L. ferula, bâtonnet)

Bâtonnets (0,8-1 x 1-2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, rose, jaune ou orange. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Nitrate non réduit. Quinone respiratoire majeure MK-9. Croissance optimale à 20-30°C (4-37°C), à une gamme de pH de 6-9 et jusqu'à 70 g/l de NaCl. ADN: 63-65 mol % G+C. Cinq espèces marines dont Haloferula rosea.

Luteolibacter (L. luteolus, jaune pâle)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 1-2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Le peptidoglycan de paroi contient les acides muramique et meso-diaminopimélique. Colonie circulaire, convexe, jaune pâle. Aérobies stricts. Catalase et oxydase positives. Croissance sur de nombreux sucres. Nitrate non réduit en nitrite. Quinone respiratoire majoritaires MK-9. Croissance optimale à 20-37°C (4-37°C), pH 6,5-9 et jusqu'à 60 g/l de NaCl. ADN : 56 mol % G+C. Deux espèces isolées de débris de bois d'une mangrove et d'algue rouge, dont Luteolibacter pohnpeiensis. (

Persicirhabdus (L. persicum, pêche, L. rhabdus, bâtonnet)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 1-1,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Le peptidoglycan de paroi contient les acides muramique et meso-diaminopimélique. Colonie circulaire, convexe, rose pâle. Aérobies stricts. Catalase négative et oxydase positive. Croissance sur dextrine, Tween 80, L-arabinose, tréhalose et glucose 6-phosphate. Nitrate réduit en nitrite. Quinone respiratoire majoritaires MK-9. Croissance optimale à 25-30°C (20-30°C), pH 6,5-8,5 et jusqu'à 25 g/l de NaCl. ADN : 50 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins, Persicirhabdus sediminis.

Prosthecobacter

Bâtonnets droits ou incurvés, fusiformes (0,5 x 3-10 microns), présentant un seul pédoncule polaire attaché par un support aux surfaces solides. Pas de cellules mobiles, la cellule fille étant l'image de la cellule mère. Les cellules peuvent être liées au sommet de leur support et former de petits groupes. Des pili abondants sont formés en culture stationnaire. Utilisent les sucres. ADN: 55-60 mol % G+C. Quatre espèces rencontrées dans les eaux douces, dont l’espèce type, Prosthecobacter fusiformis.

Roseibacillus (L. roseus, rose)

Bâtonnets (0,7-0,8 x 1-1,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Le peptidoglycan de paroi contient les acides muramique et meso-diaminopimélique. Colonie circulaire, convexe, rose pâle. Aérobies stricts. Catalase et oxydase positives. Croissance entre autres sur de nombreux sucres. Nitrate non réduit en nitrite. Quinone respiratoire majoritaires MK-9. Croissance optimale à 30-37°C (15-37°C), pH 6,5-9 et jusqu'à 70 g/l de NaCl. ADN : 57-61 mol % G+C. Trois espèces isolées d'eau de mer, sable et algues brunes, dont Roseibacillus ishigakijimensis.

Famille II. Rubritaleaceae

Rubritalea (L. ruber, rouge; L. talea, bâtonnet)

Bâtonnets ou cellules coccoïdes, non mobiles, non sporulés. Gram négatif. Production de pigments caroténoïdes rouges non diffusibles. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase négative, oxydase, phosphatase alcaline et b-galactosidase positives. Utilisent quelques sucres. Nitrate réduit en nitrite. Quinone respiratoire majoritaires, MK-8 et MK-9. Croissance entre 8-30°C, pH 6,8-8,2 et 60-160% ASW. ADN : 51 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’éponge méditerranéenne Axinella polypoides, Rubritalea marina.

Famille III. Akkermansiaceae

Akkermansia (Antoon Akkermans, microbiologiste hollandais)

Cellules ovales (0,6-1 micron de long), isolées, en paires, courtes chaînes ou agrégats, non mobiles, Gram négatif. Colonie petite, circulaire, blanche, 0,7 mm de diamètre. Anaérobies stricts. Croissance sur mucine gastrique, infusion de cœur-cerveau,  N-acétylglucosamine, N-acétylgalactosamine et glucose en présence de peptone, extrait de levure, casitone et tryptone. Utilisent la mucine comme source de carbone, d’énergie et d’azote. Production de sulfate lors de la fermentation de la mucine. N’exigent pas de vitamines pour la croissance. Croissance optimale à 37°C (20-40°C) et pH 6,5 (5,5-8). ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tractus digestif humain, Akkermansia muciniphila.

Classe II. Opitutae

Ordre I. Opitutales

Famille I. Opitutaceae

Opitutus

Coques (0,4-0,6 micron) mobiles par un flagelle, isolées, en diplocoques, parfois en courtes chaînes, Gram négatif. Anaérobies stricts, catalase et oxydase négatives. Fermentent les sucres en propionate et acétate. Alcools, acides aminés et organiques non utilisés. Nitrate réduit en nitrite. ADN: 74 mol % G+C. Une seule espèce, Opitutus terrae, isolée de sols de rizière.

Alterococcus (L. alter, autre)

Coques (0,8-0,9 micron de diamètre) isolées ou en paires, mobiles par un flagelle, Gram négatif. Anaérobies facultatifs hétérotrophes, oxydase et catalase positives. Fermentent les sucres. Thermophiles modérés (40-55 °C). Légèrement halophiles (NaCl 10-30 g/l). Agarolytiques. ADN : 66-67 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude côtière, Alterococcus agarolyticus.

Ordre II. Puniceicoccales

Famille I. Puniceicoccaceae

Puniceicoccus (L. puniceus, rouge rosâtre)

Coques (0,6-1 micron de diamètre) non mobiles, Gram négatif. Production de pigments caroténoïdes. Colonie circulaire, lisse, convexe, opaque, rougeâtre, de 0,3-0,5 mm de diamètre après 5 jours et 3 mm après 3 semaines d'incubation. Anaérobies facultatifs hétérotrophes, oxydase et catalase négatives. Ménaquinone majeure MK-7. Légèrement halophiles. Croissance optimale à 25-30°C (8-37°C), pH 9 (5-12) et 30-35 g/l de NaCl (10-75 g/l).  ADN : 51-53 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tractus digestif d'un polychaete marin en Corée, Puniceicoccus vermicola.

Cerasicoccus (L. cerasum, cerise)

Coques (0,8-1 micron de diamètre), non mobiles, non sporulées, Gram négatif. Colonie circulaire,  convexe, rose pâle. Aérobies stricts hétérotrophes, oxydase et catalase positives. Production d'acide sur sucres. Hydrolysent amidon et esculine. ONPG et tryptophane déaminase positives. Ménaquinone majeure MK-7. Légèrement halotolérantes. Croissance entre 10-30°C (optimale à 25-30°C), pH 6-9 et jusqu'à 80 g/l de NaCl.  ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un sable de mer au Japon, Cerasicoccus arenae.

Coraliomargarita (G. koralion, corail; L. margarita, une perle)

Coques (0,5-1,2 microns de diamètre), non mobiles, non sporulées, Gram négatif. Colonie circulaire,  convexe, blanche. Aérobies stricts hétérotrophes, oxydase positive et catalase négatives. Production d'acide sur sucre. Hydrolysent ADN et urée. Acétoïne, ONPG et tryptophane déaminase positives. Ménaquinone majeure MK-7. Légèrement halophiles. Croissance optimale à 20-30°C (>4-<45°C), pH 7-9 et jusqu'à 50 g/l de NaCl.  ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'eau de mer au Japon, Coraliomargarita akajimensis.

Pelagicoccus (L. pelagus, l'océan)

Coques (0,5-1,2 microns de diamètre) mobiles par un à plusieurs flagelles ou non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Parfois présence d'appendices. Production de pigments caroténoïdes. Colonie circulaire, convexe, blanche. Aérobies à anaérobies facultatifs hétérotrophes, oxydase positive et catalase positive ou négative. Production d'acides sur sucres. Ménaquinone majeure MK-7. Croissance entre 4-37°C (opt. 25-30°C), pH 6,5-9 et jusqu'à 70 g/l de NaCl.  ADN : 51-57 mol % G+C. Trois espèces isolées d'eau de mer, dont Pelagicoccus mobilis.
 

Famille II. Xiphinematobacteriaceae

Xiphinematobacter

Bâtonnets (0,7-1 x 2,1-3,2 microns), souvent en paires, non mobiles, non sporulés, Gram négatif, sans pédoncule. Nucléoïde souvent concentré en un ou deux amas polaires ressemblant à de la chromatine. Symbiontes cytoplasmiques obligatoires du nématode Xiphinema americanum, transmis par les femelles. Ils colonisent d’abord l’épithélium intestinal avant d’infecter en grand nombre la paroi des ovaires. On présume qu’ils induisent chez leurs hôtes une parthénogénèse thélytoque. Trois espèces décrites, dont Xiphinematobacter brevicolli.

Verrucomicrobia non classées

Fucophilus

Coques de 1,2-1,6 microns de diamètre, non mobiles, non sporulées, Gram négatif. Colonie transparente, jaune pâle à beige pâle. Aérobies stricts. Catalase positive, oxydase négative. Dégradent le fucoïdan des algues. Ménaquinone K-7. Pas de croissance dans 10 g/l de NaCl mais dans de l’eau de mer artificielle. ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tube digestif du concombre de mer Stichopus japonicus, au Japon.

 








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