Taxonomie des Procaryotes
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Synonymes
         
Sphingobacteriia, Classe III des Bacteroidetes: Phylum BXXII du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés des Sphingobacteriia

Fonctions:quelques espèces cellulolytiques
Morphologie: bâtonnets souvent pléomorphes, parfois branchés, filaments fins, hélicoïdes, glissants, anneaux. Souvent pigmentés
Croissance: aérobies stricts, rarement microaérophiles ou anaérobies facultatifs. mésophiles, quelques thermophiles et psychrophiles
Nutrition: chimio-organotrophes
Habitat: sol, eaux douces et marines, spécimen cliniques

2. Taxonomie des Sphingobacteriia


Phylum BXXII. Bacteroidetes

Classe I. Bacteroidia

Classe II. Flavobacteria

 

Classe III. Sphingobacteriia

Ordre I. Sphingobacteriales

Famille I. Sphingobacteriaceae : Sphingobacterium, Mucilaginibacter, Nubsella, Olivibacter, Parapedobacter, Pedobacter, Pseudosphingobacterium, Solitalea

Famille II. Saprospiraceae : Saprospira, Aureispira, Haliscomenobacter, Lewinella, Rubidimonas

Famille III. Chitinophagaceae : Chitinophaga, Balneola, Ferruginibacter, Filimonas, Flavihumibacter, Flavisolibacter, Flavitalea, Gracilimonas, Hydrotalea, Lacibacter, Niabella, Niastella Parasegetibacter, Sediminibacterium, Segetibacter, Terrimonas

Sphingobacteriales non classées : Fodinibius

Classe IV. Cytophagia

Ordre I. Cytophagales

Famille I. Cytophagaceae : Cytophaga, Adhaeribacter, Arcicella, Dyadobacter, Effluvibacter, Ekhidna, Emticicia, Fibrella, Fibrisoma, Flectobacillus, Flexibacter, Hymenobacter, Larkinella, Leadbetterella, Litoribacter, Meniscus, Microscilla, Persicitalea, Pontibacter, Rhodocytophaga, Rhodonellum, Rudanella, Runella, Siphonobacter, Spirosoma, Sporocytophaga

Famille II. Cyclobacteriaceae : Cyclobacterium, Aquiflexum, Belliella, Chimaereicella, Echinicola, Fontibacter, Hongiella, Indibacter, Mongoliitalea, Nitritalea

Famille III. Flammeovirgaceae : Flammeovirga, Aureibacter, Cesiribacter, Fabibacter, Flexithrix, Limibacter, Marinicola, Marinoscillum, Marivirga, Perexilibacter, Persicobacter, Rapidithrix, Reichenbachia, Reichenbachiella, Roseivirga, Sediminitomix, Thermonema, Tunicatimonas

Famille IV. Rhodothermaceae : Rhodothermus, Rubricoccus, Salinibacter, Salisaeta

Bacteroidetes non classées : Fulvivirga, Marinifilum, Ohtaekwangia, Toxothrix


3. Description des genres

Phylum BXXII. Bacteroidetes

Classe III. Sphingobacteriia

Ordre I. Sphingobacteriales

Famille I. Sphingobacteriaceae

Sphingobacterium (G. sphingos, du sphinx)

Bâtonnets droits (0,3 x 1,3-1,6 microns), isolés ou en paires, sans flagelles mais présentant parfois une mobilité glissante. Colonie jaunâtre. Aérobies, chimio-organotrophes produisant des acides sur sucres. Catalase présente. Présence de sphingophospholipides avec une chaîne branchée dihydrosaturée en C17, la sphingosine. ADN : 39-42 mol % G+C. Le genre comporte cinq espèces isolées de spécimens cliniques humains dont la pathogénicité n’a pas été démontrée, dont l’espèce type Sphingobacterium spiritivorum qui oxyde les alcools.

Mucilaginibacter (L. mucilaginis, mucus)

Bâtonnets isolés, en paires ou courtes chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Production de grande quantité d'EPS. Les cellules changent de forme pendant leur culture liquide. Longs bâtonnets (6-15 microns et jusqu'à 40) dans les cultures jeunes, se divisant en cellules plus courtes (1,5-5 microns) dans les cultures âgées qui contiennent des cellules en L qui se convertissent en cellules normales après repiquage sur milieu neuf. Production de nombreuses vésicules dans la membrane externe. Colonie large (3-10 mm de diamètre), convexe, circulaire, semi-transparente et muqueuse, dont la couleur varie de crème à faiblement orangé voire rougeâtre. Pas de flexirubines. Aérobies facultatives, chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent de préférence les sucres. Fermentent le glucose et le saccharose. Hydrolysent pectine, xylan, laminarine, chondroitine 6-sulfate, gomme de gellan, pullulan et amidon. Ménaquinones majeures MK-7 et MK-6. Croissance entre 2-33°C et pH 4,2-8,2. Croissance inhibée par 10 g/l de NaCl. ADN : 42-46 mol % G+C. Deux espèces isolées de tourbières en Sibérie, dont Mucilaginibacter paludis.

Nubsella (NUBS, Nihon University College of Bioresource Sciences, Japon)

Bâtonnets (0,2-0,3 x 1-5 microns), mobiles, non sporulés, Gram négatif. Production de pigments caroténoïdes jaunes non diffusibles avec zeaxanthine comme composé majeur. Colonie circulaire, convexe, brillante, opaque, entière, faiblement adhérente à l'agar, de 2-3 mm de diamètre, jaune vif.  Aérobies stricts, chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent quelque sucres sans production d'acide. Hydrolysent Tween 80, amidon, gélatine, caséine, esculine et ADN. Ménaquinone majeure MK-7. Croissance entre 18-40°C (opt. 30°C) et pH 6-9 (opt. 6-7).  ADN : 39 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'une eau douce au Japon, Nubsella zeaxanthinifaciens.

Olivibacter

Bâtonnets non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie irrégulière, blanc-crème. Aérobies, chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent quelques sucres et acides aminés. Ménaquinone majeure MK-7. Sensibles à ampicilline, bacitracine, chloramphénicol, pénicilline, rifampicine, tétracycline et triméthoprim; résistant à kanamycine, polymixine B et streptomycine. Croissance optimale à 28-32°C (5-45°C), pH 6-7 (5-8) et <30 g/l de NaCl. ADN : 46 mol % G+C. Une seule espèce isolée en Crête, Olivibacter sitiensis.

Parapedobacter (G. para, tel que)

Bâtonnets pléomorphes (0,5 x 0,7-6 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie blanche et circulaire. Aérobies, oxydase et catalase positives. Assimilent essentiellement les sucres. Quinone respiratoire MK-7. Croissance optimale à 37°C et 30 g/l NaCl. ADN: 46 mol % G+C. Une seule espèce isolée de paille sèche de riz en Corée, Parapedobacter koreensis.

Pedobacter (G. pedon, sol; G. baktron, bâtonnet)

Bâtonnets pléomorphes (0,5 x 0,7-6 microns), non mobiles ou mobiles par glissement, Gram négatif. Aérobies, oxydase et catalase positives. Production d’acide et utilisation des substrats carbonés faible ou nulle. Certaines souches assimilent les acides organiques et aminés. Croissance sur héparine. ADN: 36-45 mol % G+C. Quatre espèces isolées du sol, de boues activées ou de poissons, dont Pedobacter heparinus.

Pseudosphingobacterium

Bâtonnets courts (0,5-0,6 x 1,2-1,5 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie jaunâtre, lisse et mucilagineuse. Aérobies, oxydase et catalase positives. Production d’acide sur sucres. Nitrate réduit en nitrite. Hydrolysent gélatine et amidon. Quinone respiratoire MK-7. Croissance à 15-36°C, pH 5,5-8 et 30 g/l de NaCl. ADN: 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée du compost, Pseudosphingobacterium domesticum.

Solitalea (L. solum, sol ; L. talea, bâtonnet)

Bâtonnets longs (0,5-0,6 x 1,3-30 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie irrégulière, jaune pâle à blanche. Aérobies anaérobies facultatifs chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Fermentent ou pas le glucose. Nitrate réduit suivant l’espèce. Hydrolysent la gélatine. Mésophiles et non halotolérants. Croissance optimale à 28-30°C (10-35°C), pH 6-7 (5-10) et sans NaCl (0-10 g/l). ADN : 37-38 mol % G+C. Deux espèces isolées du sol en Corée et au canada, dont Solitalea koreensis.

Famille II. Saprospiraceae

Saprospira (G. sapros, putride; G. spira, spirale)

Bactéries glissantes aquatiques formant des filaments multicellulaires hélicoïdes (15 à 130 microns sur agar, 20 à 450 microns en milieu liquide), diamètre 1 micron. Cellules de 1 à 5 microns. Pas de l'hélice de 3 à 10 microns. La forme hélicoïde peut disparaître pendant la culture. Egalement phénomène de dégénérescence sous forme de bulbes terminaux de 1,4 à 3 µm de diamètre. La vitesse de déplacement peut atteindre 50 à 120 microns/min. La perte de l'hélice entraîne l'arrêt de la mobilité. Les colonies s'étendent sur milieu pauvre et présentent un ensemble régulier de stries très surprenant. Ce phénomène a été également détecté pour d'autres organismes spiralés comme Methanospirillum. Il semble que toutes les espèces marines soient pigmentées en rose ou rouge par la saproxoxanthine (caroténoïde) et que les espèces d'eau douce soient incolores. Une seule espèce, Saprospira grandis.

Aureispira (L. aureus, doré; L. spira, spire)

Cellules (0,8-1,2 x 1,5-2,5 microns) sans branchements, formant des filaments flexibles hélicoïdes (1,5-2 microns de large; 4-9 microns de pas) jusqu'à 100 microns de long.  Mobiles par glissement, Gram négatif. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Catalase,  oxydase, phosphatases acide et alcaline positives. Pas de production d'acide sur sucres. Dégradent caséine, gélatine et Tweens 20, 40, 60 et 80. Quinone respiratoire MK-7.  Eau de mer requise pour les cultures. Croissance optimale à 25-30°C (>8-<37°C) et pH 6-8.  ADN: 38-39 mol % G+C. Une seule espèce isolée de débris de plantes marines en Thaïlande, Aureispira marina.

Haliscomenobacter

Bâtonnets (3-5 x 0,35-0,45 microns) non mobiles, avec branchements, toujours entourés d'une gaine étroite, très visible. Pas de support. Cellules isolées, très rarement libérées de la gaine en culture aérée. Vitamine B12 et thiamine indispensables pour la croissance. Globules de polysaccharide nombreux dans le cytoplasme. ADN: 50 mol % G+C. Une seule espèce toujours présente en bassin de dépollution, Haliscomenobacter hydrossis.

Lewinella

Bâtonnets flexibles ou filaments non branchés (0,5-1,5 x 5-150 microns à qq mm), constitués d’éléments de 2-3 microns de long, souvent engainés. Mobiles par glissement. Gram négatif. Produisent un pigment orangé ou jaune. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Eau de mer requise pour les cultures. ADN: 45-53 mol % G+C. Trois espèces marines, dont Lewinella cohaerens.

Rubidimonas (L. rubidus, rouge ; L. monas, une unité)

Bâtonnets courts (0,3-0,5 x 2–3 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie de 1-2 mm de diamètre, circulaire, luisante, à bord entier et rougeâtre-orangé. Pigments de type flexirubine absents. Aérobies stricts, catalase positive, oxydase négative. Nitrate et nitrite non réduits. Hydrolysent gélatine et amidon mais pas agar, caséine, ADN, tyrosine, Tween 20 et 80 et urée. Le test de l’o-nitrophényl beta-D-galactosidase (ONPG) est positif mais le test de Voges-Proskauer, l’utilisation du citrate, l’arginine dihydrolase, la lysine décarboxylase et l’ornithine décarboxylase, la production d’H2S et de l’indole sont négatifs (API 20E). Sur API 50 CH, acide produit sur D-arabinose, L-arabinose, D-xylose, L-xylose, méthyl-beta-D-xylopyranoside, galactose, glucose, fructose, mannose et rhamnose. Sur API ZYM, phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), lipase (C4), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, alpha-chymotrypsine et phosphatase acide sont présentes. La quinone respiratoire majeure est la ménaquinone 7 (MK-7). Croissance optimale à 25-37°C (10-40°C), pH 7 (6-9) et jusqu’à 70 g/l NaCl. ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une espèce indéterminée de crustacé marin de la famille des Squillidae au Japon, Rubidimonas crustatorum.

Famille II. Chitinophagaceae

 Chitinophaga

Bâtonnets flexibles à extrémités arrondies (0,5-0,8 x 40 microns), isolés. Formation de microcystes (0,8-0,9 micron de diamètre) à l’état stationnaire. Mobiles par glissement et flexion. Gram négatif. Biomasse jaune. Aérobies anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes. Catalase positive. Production d’acide sans gaz sur certains sucres. Croissance optimale à 23-24 °C (10-40 °C) et pH 7 (4-10). Hydrolysent la chitine. ADN: 43-46 mol % G+C. Une espèce isolée d’eaux douces, Chitinophaga pinensis.

Balneola (ancien nom de Banyuls)

Bâtonnets mobiles, Gram négatif. Colonie orange. Aérobies hétérotrophes. Oxydase négative et catalase positive. Utilisent les sucres et quelques acides organiques. Croissance optimale à 30°C (10-40°C), pH 8 (5-10) et 20 g/l NaCl (0-50 g/l). ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la baie de Banyuls/mer, France, Balneola vulgaris.

Ferruginibacter (L. ferruginis, couleur rouille)

Bâtonnets droits puis incurvés, (0,3-0,5 microns de large, longueur variable), isolés, non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, entière, translucide, muqueuse, de 0,7-2,2 mm de diamètre, de couleur rouille. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Utilisent quelques sucres. Hydrolysent gélatine, esculine, lait écrémé et urée. Nitrate non réduit. Quinone respiratoire majeure MK-7. Croissance entre 18-30°C, pH 6-8 et 5 g/l NaCl. ADN : 39-40 mol % G+C. Deux espèces isolées de sédiments d’eau douce, dont Ferruginibacter alkalilentus.

Filimonas (L. filum, filament)

Filaments (0,3-0,5 x 5-30 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Croissance et mobilité stimulées sur plaque par 5% CO2. Colonie irrégulière, opaque et jaune pâle. Production d’un polymère visqueux. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Nitrate non réduit. Croissance sur sucres seulement. Hydrolysent esculine, gélatine, ADN et tyrosine. Quinone isoprénoïde majeure MK-7. Croissance optimale à 28-30°C (10-35°C), pH 6 (5-9) et jusqu’à 10 g/l NaCl. ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau douce au Japon, Filimonas lacunae.

Flavihumibacter (L. flavus, jaune; L. humus, sol; L. bacter, un bâtonnet)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 0,5-0,6 microns), isolés, non mobiles, Gram positif. Colonie circulaire, lisse, jaune, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase faiblement positive. Maltose, saccharose, L-rhamnose, amidon, D-fructose, tréhalose, D-galactose, D-xylose, mélibiose, D-arabinose, salicine, raffinose, glucose, D-mannose, lactose et L-arabinose sont assimilés, mais pas mannitol, D-sorbitol, inuline, inositol, D-gluconate, mélézitose, sorbose, D-ribose, cellobiose et glycérol. Acide produit sur maltose, saccharose, L-rhamnose, amidon, D-fructose, tréhalose, D-galactose, D-xylose, mélibiose, D-arabinose, salicine, glucose, D-mannose, lactose et L-arabinose. Réactions négatives observées pour lipase, uréase, réduction du nitrate et nitrite, dénitrification et hydrolyse de la lécithine, arginine, amidon et ADN. Positifs pour la production d’H2S et l’hydrolyse de la caséine et gélatine. Quinone respiratoire majeure MK-7.Croissance optimale à 28°C (20-37°C) et pH 6,5 (5,5-9,5) et inhibée à >10 g/l NaCl. ADN : 48 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un sol de forêt subtropicale au Népal, Flavihumibacter petaseus.

Flavisolibacter (L. flavus, jaune; L. solum, sol)

Bâtonnets courts (0,3-0,7 x 0,6-6 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, opaque et jaune. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Utilisent les sucres. Hydrolysent l'esculine. Ménaquinone majeure MK-7. Polyamine majeure homospermidine. Croissance optimale à 30°C et pH 7. ADN : 43 mol % G+C. Deux espèces dont Flavisolibacter ginsengiterrae, isolées du sol en Corée.

Flavitalea (L. flavus, jaune; L . talea, bâtonnet)

Bâtonnets (0,2-0,4 x 1,7-2), non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, lisse, opaque, jaune. Croissance sur milieu NA, R2A, TSA et 0,1 x TSA mais pas sur MacConkey's agar. Aérobies stricts, oxydase négative et catalase positive. Hydrolysent esculine mais pas gélatine, amidon, caséine, chitine ni cellulose. Nitrate non réduit en nitrite, H2S non produit. Assimilent N-acétyl-D-glucosamine, saccharose, maltose, D-glucose, salicine et mélibiose. Négatifs pour l’utilisation du citrate, la production d’indole, l’acidification du glucose, l’arginine dihydrolase et l’uréase. N’utilisent pas L-arabinose, D-mannose, D-mannitol, gluconate de potassium, caprate, adipate, malate, citrate trisodique, phénylacétate, L-rhamnose, D-ribose, myo-inositol, itaconate, subérate, malonate, acétate, lactate, L-alanine, 5-cétogluconate, glycogène, 3-hydroxybenzoate, L-sérine, D-mannitol, L-fucose, D-sorbitol, propionate, valérate, L-histidine, 3-hydroxybutyrate, 4-hydroxybenzoate, 2-cétogluconate et L-proline. Positifs pour phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, phosphatase acide, naphthol-AS-B1-phosphohydrolase et alpha et beta-galactosidase, alpha et beta-glucosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase et alpha-rnannosidase. Quinone respiratoire majeure MK-7. Homospermidine est la polyamine majeure. Croissance optimale à 30°C (15-37°C), pH 7 (5-8) et tolèrent jusqu’à 20 g/l NaCl. ADN : 47 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol forestier de Chine, Flavitalea populi.

Gracilimonas (L. gracilis, fin)

Bâtonnets longs et irréguliers (0,2-0,3 x 6,5-18 microns), non mobiles, sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, convexe, opaque et orange. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Nitrate non réduit. Croissance sur quelques sucres et acides aminés. Hydrolysent amidon, gélatine et Tweens 40 et 80. Croissance optimale à 35°C (20-40°C), pH (6-10) et 30-60 g/l NaCl (10-200 g/l). ADN : 43 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une culture de l’algue Synechococcus de l’Océan Pacifique en Corée, Gracilimonas tropica.

Hydrotalea (G. hydros, eau; L. talea, un bâtonnet)

Bâtonnets fins (0,2–0,8 x 1,5–2,0 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie jaune-orangé, circulaire, entière. Aérobies, oxydase positive. Bonne croissance sur milieux R2A agar et NA; croissance modérée sur tryptone soja agar; pas de croissance sur MacConkey’s agar. L-Alanine-p-nitroanilide, p-nitrophényl-beta-D-galactopyranoside, p-nitrophényl-alpha- et beta-D-glucopyranoside, bis-p-nitrophényl-phosphate, bis-p-nitrophényl-phényl-phosphonate, bis-p-nitrophényl-phosphoryl-choline, L-aniline p-nitroanilide, c-L-glutamate-p-nitroanilide et L-proline p-nitroanilide sont hydrolysés. Arbutine, D-cellobiose, D-fructose, D-galactose, mélibiose et L-rhamnose sont utilisés comme seule source de carbone. Croissance entre 20-37°C (>15 -< 40°C). ADN : 42 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’eau en Suède, Hydrotalea flava.

Lacibacter (L. lacus, lac)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 1-2 microns), isolés, mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, orange, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Nitrate non réduit. Croissance sur plusieurs sucres avec production d’acides. Hydrolysent amidon et caséine. Croissance optimale à 28-37°C (20-37°C), pH 7 (5,5-8) et sans NaCl (0-10 g/l). ADN : 47 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment lacustre en Chine, Lacibacter cauensis.

Niabella (NIAB, National Institute of Agricultural Biotechnology, Corée)

Bâtonnets courts (0,7-0,9 x 1-1,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, orange.  Production d'un pigment de flexirubine. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase positive et oxydase négative. Utilisent les sucres. Hydrolysent la caséine, l'esculine et la tyrosine. Ménaquinone majeure MK-7. Croissance entre 10-35°C (opt. 25-30°C), pH 5-8 (opt. 6-7) et 0-30 g/l de NaCl (opt. 10-20 g/l). ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce Niabellaaurantiaca isolée du sol en Corée.

Niastella (NIAST, the National Institute of Agricultural Science and Technology de Corée)

Bâtonnets filamenteux (0,4-0,6 x 10-50 microns), à mobilité glissante. Gram négatif. Colonie irrégulière, jaunâtre à blanchâtre. Production d’un pigment caroténoïde non diffusible mais pas de flexirubines. Aérobies stricts chimio-organotrophes, phosphatase alcaline  positive. Hydrolysent chitine, carboxycellulose, caséine, gélatine et tyrosine. N’assimilent aucun substrat des tests API 20NE et API ID 32 GN. Quinone respiratoire majeure MK-7. ADN : 44-46 mol % G+C. Deux espèces isolées du sol en Corée, dont Niastella koreensis.

Parasegetibacter (G. para, près de ; L. Segetibacter, nom de genre)

Bâtonnets (0,3-0,8 x 2-20 microns), mobiles par glisement, non sporulés, Gram négatif. Colonie jaune d’or, lisse, convexe, circulaire, entière, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Nitrate non réduit. Hydrolysent amidon et tyrosine. Quinone respiratoire majeure MK-7. Croissance optimale à 30°C (17-37°C), pH 7 (5-9) et sans NaCl (0-10 g/l). ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol forestier de Chine, Parasegetibacter luojiensis.

Sediminibacterium (L. sediminis, sédiment)

Bâtonnets (0,2-0,3 x 1,0-1,2 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, rose saumon, de 0,5-1 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent plusieurs sucres avec production d'acides. H2S produit. Hydrolysent ONPG et gélatine. Mésophiles (opt. 22-28°C, gamme 18-37°C) et neutrophiles (opt. pH 7,0, gamme 6,0-7,5). Croissance avec jusqu'à 10 g/l NaCl (opt. sans NaCl). ADN: 41 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments d'un réservoir eutrophique en Chine, Sediminibacterium salmoneum.

Segetibacter (L. segetis, sol)

Bâtonnets (1-1,3 x 1,6-2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, jaune. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Assimilent certains sucres. Hydrolysent esculine et urée. Ménaquinone majeure MK-7. Croissance entre 15-30°C, pH 5,5-8,5 (opt. 7) et jusqu'à 30 g/l de NaCl. ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce Segetibacter koreensis,isolée du sol en Corée du sud.

Terrimonas (L. terra, sol; L. monas, une unité)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1-3 microns), isolés, non filamenteux, non mobiles, Gram négatif. Croissance inhibée par >10g/l NaCl. Colonie circulaire, de 1 mm de diamètre, jaune ou rouge saumon selon l’espèce. Aérobies stricts, oxydase positive et catalase faiblement positive. Acide produits sur de nombreux sucres. Positifs pour la liquéfaction de la gélatine, le test de Voges–Proskauer et la réduction du nitrate, but négatifs pour l’uréase et la dégradation de la chitine. MK-7 est la quinone respiratoire prédominante et MK-6 est un composant mineur. Croissance optimale à 25-32°C (10-37°C). ADN : 47-49 mol % G+C. Deux espèces dont Terrimonas (ex Flavobacterium) ferruginea.

Sphingobacteriales non classées

Fodinibius (L. fodina, mine; L. bius (du G. bios), vie)

Bâtonnets (0,3 x 1,0-3,0 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. N’accumulent pas de poly-beta-hydroxybutyrate ni ne produisent de bactériochlorophylle a. Colonie rose, circulaire, convexe et translucide, à bord régulier. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Hydrolysent esculine, gélatine, Tweens 40 et 80, mais pas ADN, caséine ni amidon. Réduisent le nitrate en nitrite. Arginine dihydrolase et uréase présentes. Beta-galactosidase, production d’indole et d’H2S absentes. Assimilent citrate, esculine et xanthine, mais pas acétate, aspartate, éthanol, D-galactose, glycérol, D-glucose, myo-inositol, D-lactose, maltose, D-mannose, D-mannitol, méthanol, D-sorbitol, saccharose, D-xylose, adénine, glycocolle ni hypoxanthine. Alcaline phosphatase, estérase lipase (C8), lipase (C14), leucine-, valine- et cystine arylamidases, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase et N-acétyl-beta-glucosaminidase sont présentes mais estérase (C4), trypsine, alpha-chymotrypsine, phosphatase acide, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, beta-glucuronidase, alpha-glucosidase et beta-glucosidase sont absentes. La quinone respiratoire majeure est la MK-7. Les lipides polaires majeurs sont le diphosphatidylglycérol, la phosphatidyléthanolamine, la phosphatidlylcholine, un phospholipide, un glycolipide et un aminolipide. Halophiles modérés. Croissance optimale à 37°C (25-45°C), pH 7,5-8,0 (6,0-9,0) et 100-150 g/l NaCI (40-230 g/l). ADN : 43 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment d’une mine de sel en Chine, Fodinibius salinus.

Classe IV. Cytophagia

Ordre I. Cytophagales

Famille I. Cytophagaceae

Cytophaga

Bactéries glissantes unicellulaires, Gram-négatif, en forme de bâtonnets minces très courts mais le plus souvent assez longs, polymorphes; peuvent donner des cellules sphériques (microcystes). Pas de production de fructification. On trouve ces organismes en grand nombre dans la nature où ils jouent un rôle important par leurs activités hydrolytiques: agar, cellulose, chitine, pectine, kératine et protéines. La plupart sont aérobies, certains sont anaérobies facultatifs, très peu anaérobies stricts. Ce sont tous des organismes mésophiles avec quelques souches psychrophiles. Quelques espèces sont pathogènes pour les plantes (coton), les poissons ou l'homme. Beaucoup sont colorés (jaune, orangé, rouge) par des pigments de type flexirubine. Ils ressemblent au flavobactéries et s'en distinguent par la mobilité (glissement). Huit espèces décrites, dont Cytophaga hutchinsonii.


Cytophaga diffluens
Reichenbach (1989) in Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 3., J.T. Staley et al. eds.,  Williams & Wilkins pub., p. 2041
.

Adhaeribacter  (L. adhaereo, adhérer à)

Bâtonnets (0,9-1,7 x 2,8-4,1 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, rose. Production de matériel fibrillaire extracellulaire abondant. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent les sucres et acides organiques sans production d’acide ni de gaz. Hydrolysent faiblement l’amidon. Croissance optimale à 30°C (4-37°C). Ne requièrent pas de NaCl et tolèrent jusqu’à 40 g/l NaCl. ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un biofilm d’eau douce, Adhaeribacter aquaticus.

Arcicella (L. arcus, arc ; L. cella, cellule)

Vibrions (0,5-0,75 x 2,5-3 microns), en forme de S ou spirale étirée. Colonie muqueuse et faiblement orangée. Aérobies stricts, utilisant un grand nombre de sucres mais pas les composés en C1, les acides aminés ou organiques. Ne réduisent pas le nitrate. Croissance optimale à 28-30°C (4-40°C), pH 7 et 5-60 g/l de NaCl. ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac russe, Arcicella aquatica.

Dyadobacter (G. dyas, paire; L. bacter, bâtonnet)

Bâtonnets droits à incurvés, en paires ou chaînes de cellules coccoïdes dans les cultures âgées. Non mobiles. Gram négatif. Aérobies anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes. Oxydase et catalase positives. Pigment jaune de type flexirubine. Fermentent le glucose et le saccharose. Croissance entre 15 et 37 °C. ADN: 48 mol % G+C. Une seule espèce isolée du maïs, Dyadobacter fermentans.

Effluvibacter (L. effluvium, effluve)

Bâtonnets irréguliers (0,3-0,5 x 1-3 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Pigments de type caroténoïdes présents. Colonie rose foncé, circulaire, convexe, lisse, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies strictes, oxydase et catalase positives. Utilisent plusieurs sucres avec production d’acide sur certains. Hydrolysent la gélatine et l’amidon. Tests positifs : rouge de méthyl, amylase, protéase, lysine et ornithine décarboxylases. Quinone respiratoire MK-7. Croissance entre 4-37°C (>42°C), pH 6-10 et jusqu’à 80 g/l NaCl. ADN : 60 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau boueuse d’un système de drainage occasionnel en Inde, Effluvibacter roseus.

Ekhidna (L. Ekhidna, une nymphe dragon de mer de la mythologie grecque)

Bâtonnets mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie lisse, convexe, brilliante, entière, jaune vif. pigments de type flexirubine non présents. Aérobies chimio-organohétérotrophes. Oxydase, catalase et phosphatase alcaline positives. Utilisent l’extrait de levure et la peptone. Nitrate non réduit. Hydrolysent l’esculine. Pas de production d’acide sur glucose. Assimilent citrate, malate et phénylacétate. Produisent estérase(C4), estérase lipase (C8), cystine arylamidase leucine arylamidase, valine arylamidase, trypsine, A-chymotrypsine, phosphatase acide et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase. La quinone prédominante est MK-7. Les lipides polaires comprennent la phosphatidyléthanolamine, deux aminolipides inconnus et trois lipides non identifiés. Mésophiles et neutrophiles. Bonne croissance à une salinité voisine de celle de la mer. Croissance optimale à 30°C (20-37°C), pH 8,0 (7,0-9,0) et 30-50 g/l NaCl (20-60 g/l). ADN : 37 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eaux de mer, Ekhidna lutea.

Emticicia (formé arbitrairement à partir de l’acronyme MTCC, Microbial Type Culture Collection and Gene Bank)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 2-5 microns), isolés et parfois en paires, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Pigments de type caroténoïdes présents. Colonie faiblement rose, circulaire, convexe, muqueuse, entière. Aérobies strictes, oxydase et catalase positives. Réduisent le nitrate. Hydrolysent la gélatine, l’amidon, le Tween 60 et l’urée. Test positif : rouge de méthyl. Croissance entre 15-42°C, pH 5-11 et moins de 10 g/l NaCl. ADN : ? mol % G+C. Une seule espèce, Emticicia oligotrophica.

Fibrella (L. fibra, une fibre ou filament; L. dim. suff. –ella)

Bâtonnets (0,8 x 1,1–6,9 microns) non mobiles formant des filaments multicellulaires jusqu’à 400 microns. Gram négatif. Pigments de type flexirubine non produits. Colonie rose, convexe, circulaire et régulière. Croissance sur milieu R2A, SM, NB et 5 g/l d’extrait de levure et sur YT agar et TSA mais pas sur blood agar ou MacConkey agar, ou sur peptone. Anaérobies facultatifs, catalase positive et oxydase négative. Nitrate non réduit. Hydrolysent agar, agarose, amylopectine, caséine, CM-cellulose, amidon et xylane mais pas pectine. Sur API 20E, négatifs pour arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase et uréase, utilisation du citrate et production d’H2S et indole. Sur API ZYM, positifs pour trypsine, alpha-chymotrypsine, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, alpha-glucosidase, phosphatase alcaline, esterase (C4), esterase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, phosphatase acide, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, beta-glucosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase; négatifs pour lipase (C14) et beta-glucuronidase. Sur API 20NE, positifs pour beta-galactosidase, hydrolyse de l’esculine et gélatine et assimilation de arabinose, glucose, maltose, mannose et N-acétylglucosamine; gluconate faiblement assimilé. Négatifs pour la réduction du nitrate, la production d’indole, la fermentation du glucose, l’arginine dihydrolase et l’urease et l’assimilation du D-mannitol, caprate, adipate, malate, citrate trisodique et phénylacetate. Sur API 50CH après 7 jours d’incubation, assimilent L-arabinose, D-ribose, D-xylose, méthyl beta-D-xylopyranoside, D-galactose, D-glucose, D-fructose, D-mannose, méthyl alpha-D-mannopyranoside, méthyl alpha-D-glucopyranoside, N-acétylglucosamine, amygdaline, arbutine, esculine, salicine, cellobiose, maltose, lactose, mélibiose, saccharose, tréhalose, inuline, mélézitose, raffinose, amidon, glycogène, gentiobiose, turanose et 2-cétogluconate; gluconate faiblement assimilé. N’assimilent pas glycérol, érythritol, D-arabinose, L-xylose, D-adonitol, L-sorbose, L-rhamnose, dulcitol, inositol, D-mannitol, D-sorbitol, xylitol, D-lyxose, D-tagatose, D- et L-fucose, D- et L-arabitol et 5-céetogluconate. Le lipide polaire majeur est la phosphatidyléthanolamine avec plusieurs aminolipides, phospholipides et aminophospholipides inconnus. La seule quinone respiratoire est la MK-7. Résistent à amikacine (30 mg), colistine (30 U), gentamicine (10 mg), kanamycine (30 mg), polymyxine B (300 U) et vancomycine (10 mg). Sensibles à amoxicilline (10 mg), amoxicilline/ acide clavulanique (20/10 mg), chloramphénicol (30 mg), ciprofloxacine (5 mg), pénicilline G (10 U), rifampicine (30 mg), streptomycine (30 mg) et tétracycline (30 mg). Croissance optimale à 25–30°C (10–40°C ), pH 7,0 (6,0–8,0), sans NaCl (0-5 g/l). ADN : 56.5 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’une boue littorale de la Mer du Nord en Allemagne, Fibrella aestuarina.

Fibrisoma (L. fibra, une fibre, un filament; G. soma, corps)

Bâtonnets formant des filaments (1,1 x 6,9-8,6 microns), non mobiles, Gram négatif. Production de pigments de type caroténoïde mais pas de flexirubine. En début de phase exponentielle, des longueurs de 366 microns peuvent être atteintes. Colonie orange, convexe, circulaire, avec bords réguliers. Anaérobies facultatifs, catalase positive et oxydase négative. Nitrate non réduit. Croissance sur milieu R2A, SM, NB, 0,5 % extrait de levure, YT mais pas sur sang, MacConkey et TS ni sur peptone. Agar, agarose et amylopectine sont hydrolysés, amidon, caséine et xylane plus faiblement. Sur API ZYM système, trypsine, alpha-chymotrypsine, alpha-galactosidase, Beta-galactosidase, alpha- glucosidase, phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, phosphatase acide, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase, Beta-glucosidase, N-acétyl-Beta-glucosaminidase et alpha-mannosidase sont présentes; lipase (C14), Beta-glucuronidase et alpha-fucosidase sont absentes. Sur API 20NE, positifs pour Beta-galactosidase, assimilation de l’esculine et hydrolyse de la gélatine; négatifs pour la réduction du nitrate, la production d’indole, la fermentation du glucose, l’arginine dihydrolase et l’uréase ainsi que l’assimilation du glucose, arabinose, mannose, mannitol, N-acétylglucosamine, maltose, gluconate, caprate, adipate, malate, citrate trisodique et phénylacétate. Sur API 208, négatifs pour l’arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase et uréase, l’utilisation du citrate et la production d’H2S et d’indole. Sur API 50CH, l’esculine est le seul substrat assimilé. Pas de croissance sur glucose, arabinose, lactose ni maltose. Les lipides polaires majeurs sont la phosphatidyléthanolamine, avec trois aminophospholipides et trois aminolipides non identifiés. La seule quinone respiratoire est la MK-7. Résistent à amikacine (30 microg), colistine (30 U), gentamicine (10 microg), kanamycine (30 microg) et polymyxine B (300 U). Sensibles à amoxicilline (10 microg), amoxicilline/ acide clavulanique (20/10 microg), chloramphénicol (30 microg), ciprofloxacine (5 microg), pénicilline G (10 U), rifampicine (30 microg), streptomycine (30 microg) et tétracycline (30 microg). Croissance optimale à 20-30° (10-40°C), pH 6-7 et sans NaCl (0-20 g/l). ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la côte de la Mer du Nord en Allemagne, Fibrisoma limi.

Flectobacillus (L.flecto, courber; L. bacillus, bâtonnet)

Cellules en anneaux de 1 à 10 microns de diamètre ou en forme de C. Très longs filaments > 50 microns. Colonie rose. ADN: 34-40 mol % G+C. Une seule espèce, Flectobacillus major.

Flexibacter (L. flexus, flexible)

Aérobies ou anaérobies facultatifs, cellules jeunes en long filament (20-100 microns), dans le sol ou l'eau douce. Polymorphisme poussé, cellules âgées en bâtonnets courts ou coccobacilles non mobiles. Contiennent de la flexirubine. ADN: 48 mol % G+C. Quatorze espèces, dont Flexibacter flexilis.

Hymenobacter (G. hymen, pellicule)

Bâtonnets courts, non mobiles, Gram négatif. Présence de granules de polyphosphate près des pôles. Formation d’exopolymères s’étalant en couches fines rouges à rosâtres sur la surface de l’agar. Aérobies hétérotrophes. Croissance entre -0,5 et 32 °C avec un optimum entre 10 et 27 °C. Substrats carbonés limités à quelques sucres, acides organiques et aminés. Grande capacité hydrolytique de polymères excepté pour la cellulose et la pectine. ADN: 55-61 mol % G+C. Deux espèces isolées d’un grés et du sol de l’Antarctique, dont Hymenobacter roseosalivarius.

Larkinella (John M. Larkin, microbiologiste américain)

Cellules en anneaux ou fers à cheval (0,5-0,9 x 1,5-3 microns), mobiles par glissement, non sporulées. Gram négatif. Colonie circulaire, luisante, entière, de 1-2 mm de diamètre. Production de pigments rose pâle non diffusibles. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Croissance sur divers sucres sans production d’acide. Hydrolysent gélatine et Tween 40. b-galactosidase positive. Quinone respiratoire majoritaire, MK-7. Croissance entre 10-40°C et 0-20 g/l de NaCl. ADN : 53 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau provenant d’un générateur de vapeur d’une usine pharmaceutique en Belgique, Larkinella insperata.

Leadbetterella (Edward R. Leadbetter, microbiologiste américain)

Bâtonnets (0,6-0,9 x 2-7 microns), non mobiles, non sporulés. Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, entière, orangé. Production d’un pigment orange non diffusible. Synthétisent des flexirubines. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Croissance sur divers sucres. Hydrolysent esculine, gélatine, amidon, tyrosine et Tween 20. Production d’indole et b-galactosidase positive. Quinone respiratoire majoritaire, MK-7. Croissance entre 15-45°C, pH 6-8 et 10 g/l de NaCl (<30 g/l). ADN : 33 mol % G+C. Une seule espèce isolée de compost issu du traitement du coton en Corée, Leadbetterella byssophila.

Litoribacter (L. Iitus, -oris, littoral, plage ; L. bacter, bâtonnet)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1,2-1,5 microns), Gram négatif. Colonie circulaire, 2-3 mm de diamètre, convexe, lisse et rouge vif. Les cellules contiennent des caroténoïdes mais pas de bactériochlorophylle a. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Hydrolysent l’esculine, amidon et Tween 40 mais pas la gélatine, CM-cellulose ou Tween 20 ou 80. Sur les tests API 50CH, acide produit sur amygdaline, esculine, cellobiose, L-fucose, gentiobiose, D-glucose, Iactose, maltose, D-mannose, méthyl A-D-glucopyranoside, raffinose, salicine, amidon et saccharose. Sur API 20NE, tests positifs pour la réduction du nitrate, l’hydrolyse de l’esculine, l’arginine dihydrolase, uréase et B-galactosidase. Utilisent fructose, galactose, glycérol, glucose, lactose, D-mannitol, D-mannose, raffinose, ribose, amidon, saccharose, D-sorbitol, tréhalose, acétate, benzoate, citrate et malate comme seule source de carbone. Sur API ZYM, tests positifs pour A-galactosidase, phosphatases alcaline et acide, estérase (C4), estérase lipase (C8), lipase (Cl4), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, A-chymotrypsine, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase A- et B-glucosidases et N-acétyl-B-glucosaminidase. Quinone isoprenoïde prédominante MK-7. Sensibles à (microg par disque) vancomycine (30), norfloxacine (10), érythromycine (15), novobiocine (5), tétracycline (30), ampicilline (10), amikacine (30), ciprofloxacine (5), pénicilline (10 IU) et clindamycine (2). Résistants à tobramycine (10). Croissance optimale à 28°C (20-37°C), pH 8,5 (7,5-10,5) et 5-25 g/l NaCl (0-90 g/l). ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée du bord d’un lac sodé de Chine, Litoribacter ruber.

Meniscus (G. meniskos, croissant de lune)

Bâtonnets droits ou incurvés (0,7-1 x 2-3 microns). Cellules isolées, en paires, spiralées à pas serré, en forme de S (deux cellules dont une inversée) et de beignets ou anneaux de 3 microns de diamètre. Non mobiles et encapsulés. Vacuoles de gaz disposées en rang. Colonie blanche. Chimio-organotrophes, anaérobies aérotolérants, métabolisme fermentaire sans production de gaz. Catalase et oxydase négatives. Auxotrophes (Vitamine B12, thiamine, CO2). ADN: 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée de digesteurs anaérobies mais probablement présent dans les sédiments lacustres, Meniscus glaucopis.

Microscilla (G. micros, petit; L. oscillum, balancement)

Bâtonnets longs, fins et flexibles (0,5-0,6 micron de diamètre), de 10 à plus de 100 micronsde long, mobiles par glissement. Masse cellulaire jaune à orangé. Présence de pigments caroténoïdes. Aérobies stricts, chimio-organotrophes utilisant les peptones comme seule source d’azote. Bactéries marines. ADN: 37-44 mol % G+C. Une espèce, Microscilla marina.

Persicitalea (L. persicum, pêche; L. talea; fin bâtonnet)

Bâtonnets droits (0,3-0,5 x 3-6 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, rose pâle. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent de nombreux sucres avec production d'acide. Hydrolysent l'agar. Quinone respiratoire majoritaire, MK-7. Croissance optimale à 25-30°C (>4-<45°C), pH 7 (5-10) et pas de NaCl (0-70 g/l). ADN : 56 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'eau de mer au Japon, Persicitalea jodogahamensis.

Pontibacter (L. pontus, la mer)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 1,2-1,9 microns), à mobilité glissante. Gram négatif. Colonie de 2-3 mm de diamètre, circulaire, brillante, convexe, lisse, rose. Production d’un pigment caroténoïde non diffusible mais pas de flexirubines. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase, oxydase et phosphatase alcaline  positives. Décomposent l’agar, la gélatine, l’ADN et les Tweens 20 et 40. Oxydent les sucres sans formation d’acide. Ne requièrent pas Na+ ou sels de mer pour la croissance. Croissance optimale à 25-28°C (6-43°C) et entre 0 et 100 g/l de NaCl. ADN : 49 mol % G+C. Une seule espèce marine, Pontibacter actinarium.

Rhodocytophaga (G. rhodos, rosé; L. Cytophaga, nom de genre bactérien)

Bâtonnets à filaments (0,3-0,9 x 2,5-25,0 microns), non mobiles, Gram négatif. Pigments de type flexirubine absents. Colonie rose-rougeâtre, convexe, entière. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Hydrolysent CM-cellulose, ADN, amidon et Tween 80, mais pas agar, caséine, chitine, hypoxanthine, pectine ou xanthine. Assimilent D-glucose, D-mannose, N-acétylglucosamine, maltose, L-rhamnose, saccharose, salicine et mélibiose, mais pas D-ribose, D-mannitol, L-arabinose, inositol, itaconate, subérate, malonate, acétate, lactate, L-alanine, 5-cétogluconate de potassium, glycogène, 3-hydroxybenzoate, L-sérine, L-fucose, D-sorbitol,propionate, valérate, citrate trisodique, L-histidine,2-cétogluconate de potassium , 3-hydroxybutyrate, 4-hydroxybenzoate, caprate, adipate, malate, phénylacétate ou L-proline. Positifs pour phosphatase alcaline, esterase (C4), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, phosphatase acide, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase, alpha-galactosidase et N-acétyl-Beta-glucosaminidase, mais négatifs pour estérase lipase (C8), lipase (C14), trypsine, alpha-chymotrypsine, Beta-galactosidase, Beta-glucuronidase, alpha-glucosidase, Beta-glucosidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. Les lipides polaires sont la phosphatidyléthanolamine, un aminolipide inconnu et plusieurs lipides polaires inconnus. La quinone respiratoire majeure est la ménaquinone-7 (MK-7). Croissance optimale à 30°C (10-35°C) et pH 7 (7-8). ADN : 45 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un échantillon d’air en Corée, Rhodocytophaga aerolata.

Rhodonellum (G. rhodon, une rose)

Bâtonnets (0,7-1 x 0,8-3 microns), Gram négatif. Colonie blanche à faiblement rouge. Production d'un pigment rouge de caroténoïdes. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase positive, oxydase négative. Utilisent un large spectre de substrats carbonés. Psychrophiles et alcaliphiles. Croissance optimale à 5°C (0-22°C), pH 9,2-10 (7,5-10,7) et pas de NaCl (0-30 g/l). ADN : 44 mol % G+C. Une seule espèce, Rhodonellum psychrophilum.

Rudanella (RDA, Rural Development Administration, Corée)

Bâtonnets (0,7–1 x 2,5–50 microns), non mobiles, non sporulés, formant souvent des filaments. Gram négatif. Colonie orange, convexe et circulaire avec des marges claires après 3 jours de culture sur R2A. Pas de production de pigments de type flexirubine. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Nitrate non réduit. Hydrolysent caséine, tyrosine, Tween 80 et amidon, mais pas chitine, CM-cellulose, ADN, hypoxanthine, pectine ou xanthine. Sur API 20NE tests, les cellules ne sont positives que pour la beta-galactosidase. Test négatifs pour la réduction du nitrate, la production d’indole, la fermentation du glucose, l’arginine dihydrolase, l’uréase, l’hydrolyse de l’esculine et de la gélatine. Sur les test API 20NE et API ID 32GN, seul le glycogène est assimilé. Sur les tests API ZYM, les cellules sont positives pour la phosphatase alcaline, l’estérase (C4), l’estérase lipase (C8), la leucine arylamidase, la valine arylamidase, la cystine arylamidase, la phosphatase acide, la naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, la beta-glucosidase, la N-acétyl-beta-glucosaminidase et l’alpha-mannosidase. Tests négatifs pour la lipase (C14), la trypsine, l’alpha-chimotrypsine, l’alpha-galactosidase, la beta-galactosidase, la beta-glucuronidase, l’alpha-glucosidase et l’alpha-fucosidase. Lipides polaires majeurs : phosphatidyléthanolamine et des aminolipides inconnus. Croissance optimale à 30°C (5–40°C), pH 7,0 (6,0–9,0) et 0–20 g/l NaCl. ADN : 55 mol% G+C (HPLC). Une seule espèce, Rudanella lutea, isolée de l’air en Corée.

Runella (Rune, anciens alphabet)

Bâtonnets droits ou incurvés, le degré de courbure variant dans la même culture, pouvant donner des anneaux de 2 à 3 microns de diamètre. Des filaments de 14 microns peuvent apparaître. Colonie rose. ADN: 49-50 mol % G+C. Une seule espèce, Runella slithyformis.

Siphonobacter (G. siphôônos, tube; L. bacter, bâtonnet)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 1,3-2,7 microns), isolés ou en paires, non mobiles, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, catalase positive et oxydase négative. Bonne croissance sur R2A agar, nutrient and TSA, mais pas sur Macconkey agar. Production d’acide sur cellobiose, D-fructose, L-fucose, D-galactose, gentiobiose, D-glucose, Iactose, maltose, D-mannose, mélézitose, mélibiose, D-rhamnose, L-rhamnose, amidon, saccharose, D-tagatose, tréhalose, turanose, N-acétylglucosamine, amygdaline, arbutine et inuline, mais pas sur D-fucose, D-ribose, L-sorbose, D-adonitol, D-arabitol, dulcitol, erythritol, glycérol, inositol, D-mannitol, D-sorbitol, xylitol ou gluconate. Positifs pour Phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, alpha-chymotrypsine, phosphatase acide, naphthol-ASBl-phosphohydrolase, alpha-galactosidase, Beta-glucuronidase, N-acétyl-Beta-glucosaminidase et alpha-fucosidase. Hydrolysent gélatine, amidon et Tween 80, mais pas caséine ni urée. Le test du rouge de méthyl est positif mais pas celui de Voges-Proskauer. Nitrate non réduit. La quinone isoprénoide majeure est la ménaquinone MK-7. Le lipide polaire est la phosphatidyléthanolamine. Croissance entre 4 et 37°C et pH 5-9, mais pas avec 25 g/l NaCl. ADN : 54,5 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un biofilm développé sur la surface interne d’une conduite d’eau ultrapure d’un système de réfrigération d’un digesteur hongrois, Siphonobacter aquaeclarae.

Spirosoma (G. spira, spire; G.soma, corps)

Bâtonnets droits ou incurvés, jusqu'à 6 microns avec parfois de longs filaments de 50 microns. Des anneaux de 10 microns de diamètre externe peuvent être formés par les cellules. Non mobiles. Aérobies stricts, oxydant les sucres mais pas les alcools en acides. Les colonies contiennent un pigment soluble dans l'eau, jaune ou rose. Chimio-organotrophes. Présents dans le sol et les eaux douces ou marines. ADN: 34-53 mol % G+C. Une seule espèce, Spirosoma linguale.

Sporocytophaga (L. spora , spore; L. Cytophaga, nom du genre)

Bâtonnets flexibles (0,3-0,5 x 5-8 microns), isolés, formant des sphéroplastes et des cellules déformées dans les cultures âgées, et une forme de résistance, les microcystes (1,5 microns de diamètre). Mobiles par glissement. Gram négatif. Aérobies, chimio-organotrophes. Cellulolytiques utilisant quelques sucres seulement. Production d’un mucus extracellulaire. Protrotrophes. Catalase positive. Croissance optimale à 30 °C. ADN: 36 mol % G+C. Une seule espèce, Sporocytophaga myxococcoides.

Famille II. Cyclobacteriaceae

Cyclobacterium

Cellules en forme d’anneaux ou de fers à cheval (0,3-07 x 0,8-1,5 microns), parfois en spirales, hélices ou bâtonnets droits. Formes filamenteuses ou pléomorphes rares. Non mobiles. Gram négatif, encapsulés. Croissance optimale à 20-25 °C avec 30 g/l de NaCl ou de l’eau de mer. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Production d’acide sur sucres. Oxydase et catalase positives. ADN: 34 mol % G+C. Une espèce marine, Cyclobacterium marinum.

Aquiflexum (L. aqua, eau ; L. flexus, courbe)

Bâtonnets (0,3-0,6 x 1,1-4,8 microns), non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, lisse, convexe et à bord entier, rouge et transparente à l’état jeune mais virant opaque (pigments caroténoïdes). Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Hydrolysent esculine, gélatine et amidon. Utilisent les sucres avec production d’acide. Réduisent le nitrate en nitrite. Production d’aminopeptidase mais n’assimilent pas les acides aminés. Croissance inhibée par 5 g/l d’extrait de levure. Croissance entre 4-40°C (opt. 30°C), pH 7-9 (opt. 7) et 0-60 g/l NaCl (opt. 15 g/l). ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer, Aquiflexum balticum.

Belliella (Russell Bell, microbiologiste aquatique suédois)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 0,9-3 microns), Gram négatif. Présence de caroténoïdes mais pas de flexirubines. Colonie circulaire, lisse, convexe, entière, rose et transparente devenant orangée et opaque. Aérobies chimio-hétérotrophes, oxydase et catalase positives. Produisent de l’acide sur sucres. Hydrolysent l’esculine, l’amidon et l’ADN. Nitrate réduit en nitrite. Croissance optimale à 25°C (4-37°C), pH 7 (6-10) et 0-30 g/l NaCl (0-60 g/l). ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce marine, Belliella baltica.

Chimaereicella (L. chimaereus, chimère, monstre mytologique avec un corps de chèvre, une tête de lion et une queue de serpent ; L. cella, cellule)

Longs bâtonnets (0,5 x 2,1-3,3 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, petite, rouge. Aérobies chimio-hétérotrophes, oxydase et catalase positives. Croissance sur sucres et quelques acides organiques. Production d’acide sur sucres. Hydrolysent l’arbutine, l’esculine, la gélatine, l’hipurate et l’amidon. Nitrate réduit en nitrite. Ménaquinone majeure MK-7. Croissance optimale à 30°C (>10-<40°C), pH 8 (>7-<11,3) et sans NaCl (0-30 g/l). ADN : 44 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une eau d’un puits au Portugal, Chimaereicella alkaliphila.

Echinicola (L. echinus, oursin ; L. incola, habitant)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 1,2-1,9 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Pigments de type caroténoïdes non diffusibles. Colonie rose, circulaire, convexe, lisse, de 2-3 mm de diamètre, enfoncée dans l’agar. Aérobies anaérobies facultatives, chimio-organotrophes, oxydase, catalase et phosphatase alcaline positives. Fermentent le glucose. Quinone respiratoire MK-7. Croissance entre °C °C), pH et jusqu’à  g/l NaCl. ADN : mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’Océan Pacifique, Echinicola pacifica.

Fontibacter (L. fons, fontis, une source)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1,5-3,0 microns) non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Accumulent des granules de poly-Beta-hydroxybutyrate. Colonie circulaire, lisse, orange et régulière. Aérobies et oxydase positive. Utilisent cellobiose, fructose, galactose, glucose, maltose, mannose, mélibiose, saccharose et tréhalose. Hydrolysent o-nitrophényl (NP)-Beta-D-galactopyranoside, pNP-alpha-D-glucopyranoside, pNP-Beta-D-glucopyranoside, bis-pNP-phosphate, pNP-phosphoryl-choline et L-glutamate-gamma-3-carboxy-p-nitroanilide(NA). sym-homospermidine est la polyamine majeure. Le système quinone majeur est la ménaquinone MK-7. Le profil des lipides polaires est surtout composé de PE, trois lipides polaires et un aminolipide. Croissance sur Nutrient agar et Tryptic soja agar à 25-40°C (>20-<45°C) avec 10-30 g/l NaCl (<40 g/l), mais pas sur Mac Conkey agar. ADN : 53 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude à Taïwan, Fontibacter flavus.

Hongiella (Soon-Woo Hong, microbiologiste coréen)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1-1,8 microns), extrémités arrondies, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, à bord entier, convexe, opaque, butyreuse et orangée. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives, chimio-hétérotrophes , mésophiles et neutrophiles. Nitrate réduit en nitrite. Produisent amylase, ADNase et gélatinase. Quinone isoprénoïde majeure MK-7. Croissance optimale à 35-40°C, pH 7 et 10 g/l NaCl. ADN : 37-42 mol % G+C. Trois espèces isolées du sol dont l’espèce type, Hongiella mannitolivorans.

lndibacter (L. India, Inde)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 2-3 microns), isolés, non mobiles, non sporulés, Gram- négatif. Colonie circulaire, lisse, opaque, convexe, entière, rouge-orangé, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Production d’acide sur plusieurs sucres qui sont les substrats majeurs. Gélatinase, uréase et lipase négatives. Nitrate réduit en nitrite. Quinones respiratoires prédominantes MK-4 et MK-7. Phospholipides : phosphatidylglycérol, phosphatidylcholine et phosphatidyléthanolamine et un lipide inconnu. Croissance entre 15-40°C (opt. 30-37°C), pH 7,5-12 et jusqu’à 80 g/l de NaCl. ADN : 42-44 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac haloalcalin en Inde, lndibacter alkaliphilus.

Mongoliitalea (L. Mongolia, Mongolie; L. talea, bâtonnet)

Bâtonnets (0,5-1,0 x 3,0-8,0 microns), Gram négatif. Colonie circulaire, lisse, convexe, rouge-orangé après plus de 3 jours d’incubation à 30°C sur MA. Aérobies chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Assimilent alpha-cyclodextrine, dextrine, arabinose, cellobiose, D-fructose, D-galactose, alpha-D-glucose, alpha-lactose, lactulose, maltose, raffinose, saccharose, tréhalose, turanose, alpha-cétoglutarate, succinate, glucuronamide, L-alaninamide, L-alanine, L-alanyl glycocolle, L-asparagine. L-glutamate acid, gamma-aminobutyrate, L-ornithine et L-thréonine. Acide produit sur L-arabinose, D-glucose, D-fructose, D-mannose, méthyl alpha-D-mannoside, amygdaline, arbutine, esculine, salicine, cellobiose, maltose, lactose, mélibiose, saccharose, raffinose, amidon, beta-gentiobiose, turanose et 2-cétogluconate. N’hydrolysent pas les Tweens 20,40 et 80. Nitrate réduit en nitrite et H2S produit. Positifs pour phénylalanine désaminase, phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine-, valine- et cystine arylamidases, trypsine, alpha-chymotrypsine, phosphatase acide, naphthol-phosphohydrolase, beta-galactosidase, alpha-glucosidase, beta-glucosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase et alpha-mannosidase. Quinone respiratoire majeure MK-7. Phospholipides majeurs : phosphatidylcholine, phosphatidylglycérol et phosphatidyléthanolamine. Halotolérants et alcaliphiles, mais NaCl non requis pour la croissance. Croissance optimale à 33°C (0-40°C), pH 9,0 (6,5-12,0) et 10 g/l NaCl (0-55 g/l). ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac salin et alcalin en Mongolie, Mongoliitalea lutea.

Nitritalea (L. nitrum, soude naturelle; L. talea, un batonnet)

Bâtonnets (0,7-0,8 x 2-3 microns), isolés, Gram négatif. Multiplication par fission binaire. Colonie circulaire, 2-3 mm de diamètre, lisse, orange-rougeâtre, opaque, convexe et entière. Aérobies, catalase, oxydase et gélatinase positives. Assimilent pyruvate, succinate, citrate, saccharose, lactose, fructose, glucose, raffinose, tréhalose, mélibiose, mannose, inuline, dulcitol, inositol, cellobiose, D-nitrophényl B-galactoside, malonate, isoleucine, DL-aspartate, L-valine, L-histidine, glutamine et glutamate mais pas acétate, esculine, xylose, maltose, galactose, L-arabinose, gluconate, glycérol, salicine, glucosamine, sorbitol, mannitol, adonitol, méthyl alpha-D-glucoside, ribose, rhamnose, mélézitose, méthyl alpha-D-mannoside, xylitol, D-arabinose, sorbose, L-proline, phénylalanine, L-arginine, thréonine, L-tyrosine, L-sérine, leucine, L-méthionine ou L-gluconate. Produisent de l’acide sur saccharose, glucose, sorbitol, cellobiose, inositol, D-fructose, mannose, dulcitol, inuline et mélibiose mais pas sur xylose, érythritol, raffinose, méthyl alpha-D-glucoside, arabinose, maltose, amygdaline, galactose, mannitol, glycogène, ribose, sorbose, mannoside ou esculine. Amylase, lipase et urease négatives. Tests positifs pour ornithine décarboxylase et lysine décarboxylase, négatifs pour B-galactosidase, arginine dihydrolase et phénylalanine désaminase, rouge de méthyl et réaction de Voges-Proskauer. N’hydrolysent pas amidon, Tween 60 et esculine. Nitrate non réduit en nitrite et H2S non produit. Quinones respiratoires prédominantes MK-4 et MK-5. Les phospholipides comprennent le phosphatidylglycérol et la phosphatidyléthanolamine. Sensibles à amikacine, ampicilline, colistine, cefuroxime, norfloxacine, érythromycine, novobiocine, céfopérazone, streptomycine, ciprofloxacine, gentamicine-G, céfazoline, nitrofurantoine, carbenicilline, pénicilline G, lomefloxacine, co-trimoxazole, tétracycline, rifampicine, chloramphénicol, bacitracine, roxithromycine, polymixine B, lincomycine et vancomycine ; résistent à kanamycine, acide nalidixique et tobramycine. Croissance optimale à 37°C (25-40°C), entre pH 7,5-12 et tolèrent jusqu’à 220 g/l NaCl. ADN : 49 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un lac indien, Nitritalea halalkaliphila.

                        Famille III.Flammeovirgaceae

Flammeovirga

Bâtonnets longs et flexibles (0,5-0,7 x 6-30 microns), mobiles par glissement, Gram négatif. Coloration rouge orangé. Oxydase positive, catalase négative. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Bactéries marines. Croissance optimale à 25-30 °C et pH 7. Hydrolysent alginate, agar, gélatine et amidon. ADN: 35-37 mol % G+C. Une espèce, Flammeovirga aprica.

Aureibacter (L. aureus, doré)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 3,5-4,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie sur marine agar circulaire, convexe et jaune-doré. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Réduction du nitrate et nitrite négative. Gélatine et amidon sont hydrolysés. Positifs pour o-nitrophényl-beta-D-galactosidase (ONPG) et la production de lysine décarboxylase et tryptophane désaminase. Négatifs pour le test de Voges-Proskauer, l’utilisation du citrate et la production d’arginine dihydrolase, ornithine décarboxylase, H2S et indole. Acide produit sur galactose, glucose, esculine, citrate ferrique, fructose, mélibiose, mannose, saccharose, tréhalose, turanose, D-lyxose, D-tagatose et 5-cétogluconate. Les activités phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, chymotrypsine, phosphatase acide, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase et N-acétyl-beta-glucosaminidase sont positives. La ménaquinone respiratoire majeure est MK-7. Croissance optimale à 30°C (20-37°C), pH 7 (6-9) et jusqu’à 70 g/l NaCl. La croissance exige du NaCl mais pas de l’eau de mer. ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’eau de mer au Japon, Aureibacter tanicatorum.

Cesiribacter (CSIR - Council of Scientific and Industrial Research de l’Inde)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 3 microns), isolés, multiplication par fission binaire, non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, de 0,5-1,5 mm de diamètre, lisse, luisante, orange pâle, translucide, élevée avec bord entier. Aérobies stricts, positifs pour catalase, oxydase, ornithine décarboxylase, Iysine décarboxylase et lipase et négatifs pour ADNase, gélatinase et uréase. Production d’acide sur glucosamine et ribose mais pas sur D- ou L-arabinose, xylose, rhamnose, cellobiose, mélibiose, saccharose, raffinose, tréhalose, glucose, lactose, maltose, fructose, galactose, mannose, inuline, mannitol, méthyl-alpha D-glucoside, mélézitose, méthyl-alpha D-mannoside, malonate, adonitol, gluconate de sodium, glycérol, salicine, dulcitol, inositol, sorbitol ni xylitol. Assimilent glucosamine et ribose mais pas L- ou D-arabinose, xylose, rhamnose, cellobiose, mélibiose, saccharose, raffinose, tréhalose, glucose, lactose, maltose, fructose, galactose, mannose, inuline, mannitol, méthyl alpha-D-glucoside, mélézitose, méthyl alpha-D-mannoside, malonate, adonitol, gluconate de sodium, glycérol, salicine, dulcitol, inositol, sorbitol ou ribitol. Tryptophane désaminase négative, indole non produit. Test du rouge de méthyl et de Voges-Proskauer négatifs. Amidon et caséine non hydrolysés. Tweens 20, 40, 60 et 80 et esculine hydrolysés. Nitrate réduit, H2S non produit. Quinone respiratoire prédominante MK-4. Les phospholipides comprennent le diphosphatidylglycérol et la phosphatidyléthanolamine. Croissance optimale à 30-37°C (18-37°C), pH 6-8 et jusqu’à 50 g/l NaCl. ADN : 51 rnol% G+C. Une seule espèce isolée d’une boue de volcan aux Indes, Cesiribacter andamanensis.

Fabibacter (L. faba, haricot)

Bâtonnets incurvés (0,5 x 1-5 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Pigments de type caroténoïdes présents, flexirubines absentes. Colonie rose, circulaire, convexe, lisse, entière, de 2-4 mm de diamètre. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Utilisent quelques sucres avec production d'acides. Hydrolysent l'ADN et les Tweens 20, 40 et 80. Quinone isoprénoïde majeure MK-7. Croissance entre 12-36°C (opt. 28-90°C), pH 5-10 et 0 à 120 g/l NaCl. ADN : 42-43 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l'éponge marine Tedania ignis, Fabibacter halotolerans.

Flexithrix (L. flexus, flexible; G. thrix, cheveux)

Sur agar, très longs filaments (500 microns) présentant des faux branchements et apparemment entourés d'une gaine. Ils émettent des cellules en forme de bâtonnets de 5 à 15 microns de long sur 0,7 micron de large, qui glissent à grande vitesse (60 à 120 microns/min). Sur agar dur (2 %), les colonies forment des amas hémisphériques. En milieu liquide, la bactérie se développe sous sa forme unicellulaire, pigmentée en jaune vif par la zéaxanthine (caroténoïde). Elle n'hydrolyse pas la cellulose, l'agar, l'amidon, la gélatine et l'alginate. ADN : 37 mol% G+C. Une seule espèce marine, Flexithrix dorotheae.

Limibacter (L. limus, boue)

Bâtonnets longs (0,3-0,5 x 15-40 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe et de couleur abricot à orangé pâle. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase et catalase positives. Utilisent les sucres avec production d'acide. Hydrolysent la gélatine. Quinone majeure MK-7. Croissance optimale à 27-30°C (17-37°C), pH 7 (7-9) et jusqu'à 65 g/l de NaCl. ADN: 28 mol % G+C. Une espèce isolée de la mer, Limibacter armeniacum.

Marinicola  (L. marinus, marin ; L. incola, habitant)

Bâtonnets (0,2-0,3 x 2-4 microns), mobiles par glissement, non sporulés. Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, brillante, lisse, orangé profond, de 1-2 mm de diamètre. Production d’un pigment orange non diffusible. Synthétisent des flexirubines. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Croissance sur Casamino acides, peptone et tryptone mais pas sur sucres. Hydrolysent faiblement les Tweens 20, 40, 60 et 80. Quinone respiratoire majoritaire, MK-7. Croissance optimale à 30°C (4-40°C), pH 7-8 (>5,5) et entre 20 et 30 g/l de NaCl (<90 g/l). ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la mer en Corée, Marinicola seohaensis.

Marinoscillum (L. marinus, marin ; L. oscillum, vibration)

Filaments flexibles(0,2-0,5 x 10->100 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie orange-abricot. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Nitrate non réduit. Croissance sur nombreux sucres, acides organiques et aminés. Pas de production d’acides sur glucose. N’hydrolysent pas agar, amidon et urée. Quinone isoprénoïde majeure MK-7. Croissance optimale à 33°C (15-45°C), pH 7-7,5 (5-9,5) et 25 g/l NaCl (5-120 g/l). ADN : 41-44 mol % G+C. Deux espèces dont Marinoscillum pacificum isolée d’une éponge marine en Micronésie.

Marivirga (L. mare, la mer, L. virga, bâtonnet)

Bâtonnets longs, fins et flexibles (0,4-0,5 x 10-100 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, orange foncé, luisante, de 2-4 mm de diamètre après 72 h d’incubation. Produisent des pigments non diffusibles orange ou jaune; pigments de type flexirubine non produits. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Cytochrome oxydase, catalase et phosphatase alcaline positives. Arginine dihydrolase, ornithine décarborylase, lysine décarboxylase et tryptophane déaminase absentes. Nitrate non réduit. Indole et acétoine (test de Voges Proskauer) non produits. Hydrolysent gélatine, Tweens 20, 40 et 80 et ADN. Agar, amidon, urée, cellulose (CM-cellulose et papier filtre) et chitine non hydrolysés. Pas de production d’acide sur L-arabinose, cellobiose, L-fucose, D-galactose, glycérol, lactose, mélibiose, raffinose, L-rhamnose, L-sorbose, saccharose, tréhalose, DL-xylose, N-acétylglucosamine, citrate, acétate, fumarate, malate, adonitol, dulcitol, inositol ou mannitol. Sur API 50 CH, production d’acide sur esculine et arbutine seulement. Utilisent D-Glucose, D-mannose et saccharose. Quinone respiratoire majeure MK-7. Croissance optimale à 28-32°C (10-40°C) en présence de 40-70 g/l NaCl (5-120 g/l ). ADN : 36-37 mol % G+C. Deux espèces isolées d’aquariums marins et reclassées du genre Flexibacter dont Marivirga tractuosa.

Perexilibacter (L. perexilis, très fin)

Bâtonnets droits (0,3-0,5 x 10-20 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, orangée.  Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase et catalase positives. Hydrolysent gélatine. Quinone majeure MK-7. Bactéries marines exigeant de l'eau de mer pour leur croissance, contenant 0-35 g/l NaCl. Croissance optimale à 30-37°C (>4-<45°C) et pH 7 (5-10). ADN: 43 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins, Perexilibacter aurantiacus.

Persicobacter (G. persikon, pêche)

Bâtonnets flexibles (0,5 x 4-30 microns), mobiles par glissement, Gram négatif. Coloration rose à orangé. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase positive et catalase négative. Décomposent alginate, gélatine, agar et amidon. Croissance optimale à 25-30 °C et pH 7. ADN: 40-42 mol % G+C. Une espèce marine, Persicobacter diffluens.

Rapidithrix (L. rapidus, rapide; G. thrix, cheveu)

Filaments flexibles, non branchés (0,7 x 20-100 microns), mobiles par glissement. Gram négatif. Colonie gris olive. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Oxydase positive et catalase négative.  Utilisent les sucres avec production d'acide sur certains. Hydrolysent amidon, gélatine, tyrosine et Tween 20 et 80. Quinone respiratoire majeure MK-7. Croissance optimale à 25-30°C et entre pH 5-10. ADN: 40-43 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'algues marines en Thaïlande, Rapidithrix thailandica.

Reichenbachia= Reichenbachiella

Reichenbachiella (Hans Reichenbach, microbiologiste allemand)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 5-15 microns), à mobilité glissante. Gram négatif. Colonie de 3-5 mm de diamètre, circulaire, brillante, à bord entier, enfoncée dans l’agar. Production d’un pigment orange non diffusible. Synthétisent des flexirubines. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Décomposent l’agar, l’amidon, l’alginate, la gélatine, l’ADN, l’urée et le Tween 20. Oxydent les sucres sans formation d’acide. Quinone respiratoire majoritaire, MK-7. Croissance optimale à 25-28°C (4-35°C) et entre 10 et 60 g/l de NaCl. ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer du Japon, Reichenbachiella agariperforans.

Roseivirga (L. roseus, rose; L. virga, bâtonnet)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 2,1-3,2 microns), non mobiles par glissement, non sporulés. Gram négatif. Colonie circulaire, rose, de 2-4 mm de diamètre. Production de pigments caroténoïdes non diffusibles. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase, oxydase, phosphatase alcaline et b-galactosidase positives. Pas de production d’acide sur sucres. Hydrolysent gélatine, ADN et Tween 20. Quinone respiratoire majoritaire, MK-7. Croissance optimale à 23-25°C (4-39°C) et entre 10 et 80 g/l de NaCl. ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer du Japon, Roseivirga ehrenbergii.

Sediminitomix (L. sedimen, –inis, sédiment; L. tomix, un filament)

Longs Bâtonnets (0,5-0,7 x 10-35 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie large, orangée (saproxanthine), entière. Sensibles à un traitement à 55°C pendant 10 min. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Hydrolysent amidon, gélatine, ADN, esculine, alginate, Tweens 20, 40 et 80 mais pas cellulose, CM-cellulose, chitine, caragénane, urée. Production d’H2S positive mais indole négative. Croissance sur 1% peptone agar avec eau de mer artificielle, mais pas sur 1% tryptic soja agar avec eau de mer artificielle ou sur boîtes de Pétri avec caséine [0,2% Bacto tryptone, 0,1% Bacto yeast extract, 1,2% caséine et 1,5% agar avec eau de mer artificielle]. Nitrate réduit en nitrite mais pas en azote. Positifs pour beta-glucosidase et beta-galactosidase, phosphatase alcaline, phosphatase acide, leucine arylamidase et valine arylamidase sur API ZYM. Acides produits sur D-xylose, galactose, glucose, amygdaline, esculine, cellobiose, amidon, glycogène, gentiobiose et 2-cétogluconate sur API 50CH. La quinone respiratoire principale est la MK-7. Requièrent NaCl. Croissance optimale à 25-30°C (15-40°C) et 20-40 g/l NaCl. ADN : 38 mol% G+C. Une seule espèce isolée de sédiment marin au Japon, Sediminitomix flava.

Thermonema

Filaments d’apparence unicellulaire (0,25-0,3 x 60 microns), mobiles par glissement. Gram négatif. Aérobies. Oxydase et catalase positives. Thermophiles, croissance optimale à 60 °C (-> 70 °C) et pH neutre. Protéolytiques utilisant les acides aminés. ADN: 47 mol % G+C. Deux espèces isolées de sources chaudes, dont Thermonema lapsum.

Tunicatimonas (L. Tunicata, nom scientifique d’un subphylum (Tunicates); L. monas, une unité)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 15-30 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie de 1-2 mm de diamètre, circulaire, luisante, à bord entier et rose-rougeâtre. Pigments de type flexirubine absents. Aérobies stricts, catalase positive, oxydase négative. Sur API 50 CH, acide produit sur D-arabinose, L-arabinose, D-xylose, L-xylose, méthyl-beta-D xylopyranoside, galactose, glucose, fructose, mannose, rhamnose, méthyl-alpha-D-mannopyranoside, méthyl-alpha-D-glucopyranoside et N-acétylglucosamine. Nitrate et nitrite non réduits. N’hydrolysent pas gélatine, amidon, agar, caséine, ADN, tyrosine, Tween 20 et 80 et urée. Le test de l’o-nitrophényl beta-D-galactosidase (ONPG) est positif mais le test de Voges-Proskauer, l’utilisation du citrate, l’arginine dihydrolase, la lysine décarboxylase et l’ornithine décarboxylase, la production d’H2S et de l’indole sont négatifs (API 20E). Sur API ZYM, phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), lipase (C4), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, alpha-chymotrypsine, phosphatase acide, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase et N-acétyl-beta-glucosaminidase sont présentes. La quinone respiratoire majeure est la ménaquinone 7 (MK-7). Croissance optimale à 25-30°C (20-37°C), pH 7 (6-10) et jusqu’à 90 g/l NaCl. ADN : 53 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’anémone de mer Diadumene lineate au Japon, Tunicatimonas pelagia.

 

Famille IV. Rhodothermaceae

Rhodothermus

Bâtonnets droits aux extrémités courbes (0,5 x 2-2,5 microns), isolés, Gram négatif. Présence d’une capsule. Colonie rougeâtre. Aérobies, thermophiles neutrophiles hétérotrophes et halophiles. Catalase positive, oxydase négative. Croissance sur sucres mais pas sur acides aminés. Croissance optimale à 65 °C, pH 7 et 20 g/l de NaCl. ADN: 65 mol % G+C. Une espèce, Rhodothermus marinus isolée d’une source chaude sous-marine.

Rubricoccus (L . ruber, rougeâtre)

Coccoïdes amorphes rougeâtres de 0,3-0,5 microns de diamètre, non mobiles, Gram négatif. Aérobies stricts. Catalase positive et oxydase négative. Positifs pour estérase (C 4), estérase lipase (C8), lipase (C14), leucine-, valine- et cystine arylamidase, trypsine, alpha-chymotrypsine, phosphatase acide et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, mais négatifs pour phosphatase alcaline, N-acétyl-beta-glucosaminidase, alpha- et beta-galactosidases, alpha- et beta-glucosidases, beta-glucuronidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. Produisent acétoïne, réduisent nitrate en azote (dénitrifiants) et hydrolysent faiblement la gélatine. Acides produits sur esculine, 2-cétogluconate, turanose et arabinose. La quinone respiratoire majeure est la MK-7. Croissance optimale à 20-30°C (5-37°C), pH 5-9 et 10-50 g/l NaCl. ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’Océan Pacifique au Japon, Rubricoccus marinus.

Salinibacter  (L. salinae, marais salant ; L. bacter, bâtonnet)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,4 x 2-6 microns), mobiles, Gram négatif. Colonie rouge, circulaire, convexe, à bord entier, 1 mm de diamètre. Aérobies hétérotrophes. Oxydase et catalase positives. Pas de production d’acides sur sucres. Hydrolysent l’amidon et la gélatine. Nitrate non réduit. Sensibles à pénicilline G, ampicilline, chloramphénicol, streptomycine, novobiocine, rifampicine, ciprofloxacine. Insensibles à streptomycine, kanamycine, bacitracine, tétracycline, colistine, anisomycine et aphidicoline. Halophiles extrêmes exigeant un minimum de 150 g/l de sels, avec un optimum entre 150 et 300 g/l. Croissance optimale entre 37-47°C et pH 6,5-8,0. ADN : 66,5 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un marais salant en Espagne, Salinibacterruber.

Salisaeta (L. salis, sel ; L. saeta, soie de porc)

Long bâtonnet droit à légèrement incurvé (15-30 microns de long), Gram négatif. Colonie rouge, circulaire, convexe et entière. Aérobies chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent glucose, saccharose, maltose et glycérol avec production d’acide. Nitrate non réduit. Halophiles. Croissance optimale à 37-46°C (25-50°C), pH 6,5-8,5 (6-9) et 100 g/l NaCl et 50 g/l MgCl2.6H2O. ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée en Israel, Salisaeta longa.

 

Bacteroidetes non classées

Fulvivirga (L. fulvus, jaune brunâtre; L. virga, bâtonnet)

Bâtonnets (0,2-0,3 x 2,3-2,5 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie irrégulière, luisante, jaune brunâtre, de 2-3 mm  de diamètre.  Production de pigments non diffusibles et/ou diffusibles (noir) mais pas de flexirubine. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Ne produisent pas d'acide sur sucres. Hydrolysent caséine, gélatine, amidon, élastine, ADN et Tweens 40 et 80. Ménaquinone majeure MK-7. Croissance entre 14-44°C (opt. 35-37°C) et 0-100 g/l de NaCl (opt. 20-30 g/l). ADN : 60 mol % G+C. Une seule espèce Fulvivirga kasyanovii isolée d'eau de mer au Viet Nam.

Marinifilum (L. marinus, marin ; L. filum, bâtonnet)

Cellules filamenteuses (0,5 microns de large et de longueur variable), avec une structure semblable à des flagelles de 0,3-3,8 microns de long, devenant sphériques dans les cultures âgées. Colonie circulaire aux bords érodés, de couleur ivoire à brun-ivoire. Anaérobies facultatifs, oxydase positive et catalase négative. Chimio-organotrophes. Fermentent les sucres avec production majeure d’acétate et propionate sur glucose. Nitrate réduit en nitrite. Production d’indole positive. Quinone respiratoire majeure MK-7. Halophiles modérés. Croissance optimale à 33°C (20-37°C), pH 7 (6-8) et 30 g/l de sels de mer artificiels (10-70 g/l). ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins en Corée, Marinifilum fragile.

Ohtaekwangia (Oh Tae-Kwang, microbiologiste coréen)

Bâtonnets (0,2–0,6 x 1,0–7,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie irrégulière, jaune. Production de pigments de type flexirubine. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Nitrate non réduit en nitrite. Hydrolysent esculine, caséine et Tween 80, mais pas hypoxanthine, xanthine, amidon ni urée. La ménaquinone prédominante est MK-7. Les lipides polaires majeurs sont la phosphatidyléthanolamine, un aminolipide inconnu et deux lipides non identifiés. Croissance optimale à 30°C (10-39°C), pH 6,5–7,5 (5,0- 9,0) et en l’absence de NaCl (jusqu’à 2 g/l). ADN : 43–45 mol% G+C (HPLC). Deux espèces isolées en Corée dont Ohtaekwangia koreensis.

Toxothrix

 

 

 

 








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