Taxonomie des Procaryotes
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Classification résumée
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Classification de Cavalier-Smith
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Synonymes
         
Flavobacteriia, Classe II des Bacteroidetes: Phylum BXXII du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés des Flavobacteria

Fonctions: parfois pathogènes de l'homme
Morphologie: bâtonnets souvent pigmentés en jaune à orangé
Croissance: aérobies stricts, microaérophiles, ou rarement anaérobies. Mésophiles ou psychrophiles
Nutrition: chimio-organotrophes
Habitat: ubiquistes dans sol et eaux douces et marines, contaminants d'aliments, parfois pathogènes

2. Taxonomie des Flavobacteria


Phylum BXXII. Bacteroidetes

Classe I. Bacteroidia

Classe II. Flavobacteriia

Ordre I. Flavobacteriales

Famille I. Flavobacteriaceae : Flavobacterium, Actibacter, Aequorivita, Aestuariicola, Algibacter, Aquimarina, Arenibacter, Aureitalea, Bergeyella, Bizionia, Capnocytophaga, Cellulophaga, Chryseobacterium, Cloacibacterium, Coenonia, Corallibacter, Costertonia, Croceibacter, Croceitalea, Dokdonia, Donghaeana, Elisabethkingia, Empedobacter, Epilithonimonas, Eudoraea, Euzebyella, Flagellimonas, Flaviramulus, Flavivirga, Formosa, Fulvibacter, Gaetbulibacter, Gaetbulimicrobium, Galbibacter, Gangjinia, Gelidibacter, Gillisia, Gilvibacter, Gramella, Hyunsoonleella, Jejuia, Joostella, Kaistella, Kordia, Kriegella, Krokinobacter, Lacinutrix, Leeuwenhoekiella, Leptobacterium, Lutaonella, Lutibacter, Lutimonas, Maribacter, Mariniflexile, Maritimimonas, Marixanthomonas, Meridianimaribacter, Mesoflavibacter, Mesonia, Muricauda, Muriicola, Myroides, Nonlabens, Olleya, Ornithobacterium, Persicivirga, Pibocella, Planobacterium, Polaribacter, Pontirhabdus, Postechiella, Pseudozobellia, Psychroflexus, Psychroserpens, Riemerella, Robiginitalea, Salegentibacter, Salinimicrobium, Sandarakinotalea, Sediminibacter, Sediminicola, Sejongia, Snuella, Soonwooa, Spongiibacterium, Stanierella, Stenothermobacter, Subsaxibacter, Subsaximicrobium, Tamlana, Tenacibaculum, Ulvibacter, Vitellibacter, Wangia, Wautersiella, Weeksella, Winogradskyella, Yeosuana, Zeaxanthinibacter, Zhouia, Zobellia, Zunongwangia

Famille II. Blattabacteriaceae : Blattabacterium

Famille III. Cryomorphaceae : Cryomorpha, Algoriphagus, Brumimicrobium, Crocinitomix, Fluviicola, Lishizhenia, Owenweeksia, sediminitomix, Wandonia

Famille IV. Schleiferiaceae: Schleiferia

Classe III. Sphingobacteria
Classe IV. Cytophagia

 

Bacteroidetes non classées


3. Description des genres de Flavobacteria

Phylum BXXII. Bacteroidetes   

Classe II. Flavobacteria

Ordre I.Flavobacteriales

Famille I. Flavobacteriaceae

Flavobacterium (L. flavus, jaune)

Bâtonnets à bords parallèles et extrémités arrondies (0,5 x 1-3 microns), non mobiles, pas d'accumulation de PHB, pas de déplacement par glissement. Pigmentation jaune à orangé. Pigments non caroténoïdes probablement du type flexirubine. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Catalase et oxydase négatives, phosphatase positive. La plupart des souches sont protéolytiques (caséine, gélatine). Ne réduisent pas le nitrate. Résistent à de nombreux antibiotiques mais sensibles à la novobiocine utilisée pour les infections par les bactéries Gram-positif. Distribution ubiquiste dans le sol et l'eau; se rencontrent également dans les aliments crus, le lait et l'environnement hospitalier; certaines formes sont pathogènes pour l'homme. ADN : 31 à 42 mol % G+C. Vingt-deux espèces reconnues dont l’espèce type Flavobacterium aquatile. Ce genre ressemble beaucoup au genre Cytophaga avec lequel il forme un complexe. Flavobacterium meningosepticum est l'agent d'une méningite chez les nouveau-nés. Il présente plusieurs sérovars et peut également engendrer une pneumonie chez l'enfant ou l'adulte.

Actibacter (L. acta, rivage marin)

Bâtonnets à extrémités arondies (0,7-0,9 x 2,4-3,2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, lisse, convexe, entière, jaune. Aérobies chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Ne produisent pas d’acide sur sucres. Utilisent peptone, tryptone et extrait de levure ainsi que acétate, citrate, pyruvate, saccharose et L-glutamate. Hydrolysent esculine, gélatine, amidon et Tween 80. Ne réduisent pas le nitrate. Quinone majeure MK-6. Croissance optimale à 37°C (5-45°C), pH 6 (5-8) et 10-30 g/l de NaCl (10-100 g/l). ADN : 43-45 mol % G+C. Une espèce isolée de sédiment marin en Corée du Sud, Actibacter sediminis.

Aequorivita (L. aequor, surface plane de la mer ; L. vita, vie)

Bâtonnets à filaments courts (0,2-0,3 x 0,5-20 microns), non mobiles, isolés ou en paires, Gram négatif. Colonie orangé vif, pigments caroténoïdes. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase positive. Non agarolytiques. Requièrent l’extrait de levure pour la croissance. Utilisent les sucres sans production d’acide. Hydrolysent l’amidon, l’esculine, la L-tyrosine, le Tween 80, l’urée, l’élastine et la gélatine. Psychrotolérants. Croissance optimale à 20°C (-2-25°C). Requièrent au moins 5 g/l NaCl et tolèrent jusqu’à 100 g/l NaCl (opt. 60 g/l). ADN : 38-39 mol % G+C. Deux espèces isolées d’eau de mer sous la banquise antarctique, dont Aequorivita antarctica.

Aestuariicola (L. aestuarium, estuaire; L. incola, habitant)

Cellules pléomorphes ovales ou coccoïdes (0,3-0,5 x 0,5-0,7 microns) pouvant atteindre 10 microns dans les cultures âgées, non mobiles, non sporulées, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, convexe, lisse, brillante, jaune, 1-2 mm de diamètre. Production de pigments caroténoïdes mais pas de flexirubines.Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent Casamino acides, peptone et tryptone. Pas de croissance sur sucres ou acides aminés et organiques. Hydrolysent faiblement Tweens 20, 40 et 60.Quinone majeure MK-6. Sensibles à carbénicilline, céphalotine, chloramphénicol, lincomycine, novobiocine, oléandomycine et tétracycline; résistants à ampicilline, gentamicine, kanamycine, néomycine, pénicilline G, polymyxine B ou streptomycine. Croissance optimale à 25°C (4-33°C), pH 7-8 (5,5-) et 20 g/l de NaCl (5-40 g/l). ADN : 37 mol % G+C. Une espèce isolée de la mer Jaune de Corée, Aestuariicola saemankumensis.

Algibacter (L. alga, algue)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 2-3 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, brillante, orangée, 3-4 mm de diamètre. Production de pigments orangés non diffusibles. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes. Catalase, oxydase, phosphatase alcaline et b-galactosidase positives. Agarolytiques. Produisent de l’acide sur quelques sucres. Hydrolysent agar, gélatine, alginate, amidon, Tween 20 et 40. Ne réduisent pas le nitrate. Quinone majeure MK-6. Sensibles à carbénicilline, lincomycine et oléandomycine ; résistants à ampicilline, benzylpénicilline, gentamicine, kanamycine, néomycine, polymixine B, streptomycine et tétracycline. Croissance optimale à 21-23°C (4-35°C) et 10-60 g/l de NaCl. ADN : 31-33 mol % G+C. Une espèce isolée d’algues vertes  marines, Algibacter lectus.

Aquimarina (L. aqua, eau ; L. marina, marine)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 5-7 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie irrégulière, plate, à bord non entier, de 3-5 mm de diamètre, produisant des pigments caroténoïdes et de flexirubine non diffusibles, jaune foncé à brun. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Hydrolysent caséine, gélatine, amidon, ADN et Tweens 20, 40, 60 et 80. Utilisent les sucres sans production d’acide. Ne réduisent pas le nitrate. Quinone respiratoire principale MK-6. Sensibles à ampicilline, carbenicilline, lincomycine et oleandomycine ; résistants à benzylpénicilline, gentamicine, kanamycine, néomycine et polymyxine B. Croissance entre 4-34°C et 10-80 g/l NaCl. ADN : 32-33 mol % G+C. Deux espèces isolées d’eau de mer dont Aquimarina muelleri.

Arenibacter (L. arena, sable)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 3-5 microns) aux bords légèrement irréguliers, non mobiles, Gram négatif. Colonie orangé profond (pigment caroténoïde non diffusible). Aérobies stricts exigeant NaCl. Chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Alcalitolérants. Utilisent les sucres et faiblement les acides aminés. ADN: 37-38 mol % G+C. Une seule espèce, Arenibacter latericius, isolée de sédiments sableux, d’holothuries et d’une algue brune.

Aureitalea (L. aureus, doré: L. talea, un bâtonnet)

Bâtonnets de forme irrégulière (0,4-0,6 x 0,5-6,0 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Cellules pigmentées en jaune. Pas de production de pigments de type flexirubine. Aérobies stricts. Catalase négative et oxydase positive. Production d’acétoine et réduction du nitrate en N2 (dénitrifiants). Gélatine et amidon hydrolysés mais pas agar. Phosphatase alcaline, leucine-, valine- et cystine-arylamidases, trypsine, alpha-chymotrypsine, phosphatase acide, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase et beta-glucosidase présentes, mais pas estérase (C4), estérase lipase (C8), lipase (C14), N-acétyl-Beta-glucosaminidase, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, alpha-glucosidase, beta-glucuronidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. Acide produit sur glycérol, ribose, glucose, fructose, N-acétylglucosamine, esculine, maltose, D-tagatose, amidon, xylitol, saccharose et tréhalose mais pas sur galactose, mélibiose, mannose, turanose, 5-cétogluconate, D- ou L-arabinose, D- ou L-xylose, méthyl beta-D-xylopyranoside, rhamnose, méthyl alpha-D-mannopyranoside, méthyl alpha-D-glucopyranoside, amygdaline, arbutine, salicine, cellobiose, lactose, mélézitose, inuline, raffinose, gentiobiose, D- ou L-fucose, erythritol, adonitol, sorbose, dulcitol, inositol, mannitol, sorbitol, glycogène, D- ou L-arabitol, gluconate et 2-cétogluconate. L’espèce type contient trois lipides polaires majeurs : phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol et un glycolipide inconnu. Quinone respiratoire majeure MK-6. Croissance entre 15-30°C (opt. 20-25°C), à pH 6,0-9,0 et jusqu’à 40 g/l NaCl qui est requis pour la croissance. ADN : 48 mol% G+C. Une seule espèce isolée de l’Océan Pacifique au Japon, Aureitalea marina.

Bergeyella (D. H. Bergey, microbiologiste américain, initiateur du manuel qui porte son nom)

Bactéries très proches du genre Weeksella. ADN: 35-37 mol % G+C. Une espèce, Bergeyella zoohelcum, isolée du tractus respiratoire des chiens.

Bizionia  (Bartolomeo Bizio, naturaliste italien)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,9-2,3 microns), non mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, luisante, à bord entier, jaune, de 2-4 mm de diamètre. Produisent des pigments caroténoïdes non diffusibles. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Utilisent les sucres sans production d’acide. Hydrolysent caséine, gélatine et Tweens 40 et 80. Produisent H2S. Croissance optimale à 23-25°C (4-36°C) et 10-80 g/l NaCl. ADN : 38 mol % G+C. Cinq espèces isolées du corail et de prélèvements d’eau de mer glacée de l’Antarctique, dont Bizionia paragorgiae.

Capnocytophaga

Anaérobies stricts de la cavité buccale de l'homme. Exigent une teneur élevée en CO2 plus que l'absence d'O2. Sept espèces, dont Capnocytophaga ochracea.
 

Cellulophaga

Bâtonnets (0,4-0,8 x 1,2-4,7 microns) mobiles par glissement, Gram négatif. Colonie jaune à orangé dont la morphologie change avec la température, le substrat ou la salinité. Faiblement à modérément halophiles. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase positive. Croissance optimale à 25 °C et pH 7-8. ADN: 32-33 mol % G+C. Cinq espèces marines, dont Cellulophaga lytica isolée de la surface d’algues marines.

Chryseobacterium (G. Chryseos, doré)

Bâtonnets (0,5 x 1-3 microns) Gram négatif. Colonie jaune à orangé. Aérobies, chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent les sucres. ADN: 33-38 mol % G+C. Six espèces isolées du sol, de l’eau et de specimens cliniques, dont Chryseobacterium gleum.

Cloacibacterium (L. cloaca, canal)

Bâtonnets pléomorphes (longueur 5-9 microns sur agar, jusqu'à 27 microns en culture liquide), non mobiles, Gram négatif. Colonie jaune à orange, circulaire, entière et très visqueuse, de 1-1,5 mm  de diamètre. Produisent des pigments caroténoïdes mais pas de flexirubine. Anaérobies facultatifs chimio-hétérotrophes, oxydase et catalase positives. Produit majeur de la fermentation ou de l'oxydation du glucose: pyruvate. Hydrolysent amidon, caséine, esculine, gélatine et faiblement ADN. Indole positive. Quinone majeure MK-6. Croissance entre 18 et 36°C, optimum 30°C (>4-<40°C), pH 6-9, optimum 7. ADN : 31 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'eaux non traitées, Cloacibacterium normanense.

Coenonia

Bâtonnets (0,2-0,4 x 1,2-2,5 microns) parfois renflés, en forme d’aiguille ou de citron, en courte chaînes. Non mobiles, Gram négatif. Microaérophiles. Catalase et oxydase positives. Croissance optimale à 37 °C. Produisent de l’acide sur sucres. ADN: 35-36 mol % G+C. Une espèce isolée d’un canard, Coenonia anatina.

Corallibacter (L. corallium, corail)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,4-3,2 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonies orangée de 2-3 mm de diamètre, circulaire à bord entier. Pigments non-diffusibles de type flexirubine produits. Aérobies stricts chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent L-arabinose, mannose et citrate mais pas lactose, saccharose, inositol, mannitol et sorbitol. Produisent de l’acide sur glucose et maltose, mais pas sur L-arabinose, cellobiose, fructose, D-galactose, lactose, raffinose, L-rhamnose, L-sorbose, saccharose, DL-xylose, N-acétylglucosamine, citrate, glycérol, inositol ni mannitol. Esculine, gélatine, amidon, ADN et Tweens 40 et 80 sont hydrolysés, mais pas agar, caséine, Tween 20, urée et chitine. Indole, H2S et acetoïne ne sont pas produits. Arginine dihydrolase, ornithine décarboxylase, lysine décarboxylase et tryptophane désaminase sont absentes. Sur API ZYM, estérase (C4), estérase lipase (C8), lipase (C14), leucine-, cystine- et valine arylamidases, phosphatases acide et alcaline, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, alpha-glucosidase et N-acétylglucosaminidase sont présentes. Les lipides polaires sont la phosphatidyléthanolamine comme composant majeur, trois aminolipides et un lipide inconnus. La quinone respiratoire majeure est MK-6. Croissance optimale entre 10-40°C, à pH 5,5-7,5 (4,0-10,0) et 20-40 g/l NaCl (5-80 g/l). ADN : 34-35 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un corail de la Mer de Chine au Vietnam, Corallibacter vietnamensis.

Costertonia (J.W. Costerton, microbiologiste américain)

Bâtonnets (0,35-0,40 x 0,5-4 microns), mobiles, Gram négatif. Forment des agrégats irréguliers en culture liquide. Colonie orange. Produisent des pigments caroténoïdes mais pas de flexirubine. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, oxydase et catalase positives. Dénitrifiants. Utilisent un grand nombre de sucres, acides organiques et aminés. Positifs pour b-glucosidase, b-galactosidase, uréase, arginine dihydrolase et protéase. Ménaquinone majeure MK-6. Requièrent obligatoirement NaCl, Ca2+ et K+ pour leur croissance. Croissance optimale entre 26 et 32°C (10-35°C), pH 7,5-8 (6,5-9) et 30 g/l NaCl (15-120 g/l). ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce marine isolée en Corée, Costertonia aggregata.

Croceibacter (L. croceus, couleur safran)

Bâtonnets (0,3-0,6 x 1,2-3,1 microns), isolés ou en paires, non mobiles, Gram négatif. Colonie safran ou orange vif, circulaire, convexe. Produisent des pigments caroténoïdes mais pas de flexirubine. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, oxydase négative et catalase, uréase et arginine dihydrolase positives. Pas de production d'acide sur glucose. Hydrolysent amidon, gélatine, ADN, caséine et élastine. Croissance entre 10 et 28°C (>4-<30°C), pH 6-10 et 5-150 g/l NaCl. ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce marine, Croceibacter atlanticus.

Croceitalea (L. croceus, jaune, doré ; L. talea, bâtonnet)

Bâtonnets (0,3-0,6 x 1,0-3,1 microns), non mobiles, Gram négatif. Formation d’agrégats irréguliers en milieu liquide. Colonie circulaire jaune-orangé, de 0,5-1 mm de diamètre. Production de pigments caroténoïdes non diffusibles. Aérobies strictes utilisant principalement les sucres. Catalase positive et oxydase négative. Quinone respiratoire majeure MK-6. Croissance optimale à 29-35°C (10-38°C), pH 8-9 (6,5-10) et 16-31 g/l NaCl (4-54 g/l). ADN : 60-67 mol % G+C. Deux espèces isolées de la rhizosphère de l’algue marine Ecklonia kurome en Corée, dont Croceitalea eckloniae.

Dokdonia (Dokdo, île de la Mer de l’Est, Corée)

Bâtonnets (0,3-0,6 x 1,5-25 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, lisse, légèrement convexe, brillante, jaune, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies chimio-hétérotrophes, oxydase et catalase positives. Croissance sur peptone et Tryptone mais pas sur sucres ni Casamino acides. Hydrolysent l’esculine et le Tween  60. Nitrate réduit en nitrite. Ménaquinone majeure MK-6. Croissance optimale à 30°C (4-35°C), pH 7-8 (5,5- ?) et 20 g/l NaCl (>0-70 g/l). ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce marine, Dokdonia donghaensis.

Donghaeana (Donghae, nom coréen de la Mer de l’Est en Corée)

Longs bâtonnets (0,4-0,6 x 1-30 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, luisante, lisse, orangée, de 0,8-1,4 mm de diamètre. Aérobies stricts ne réduisant pas le nitrate. Chimio-organotrophes. Utilisent peptone et Tryptone mais pas les sucres. Hydrolysent esculine et Tween 60. Menaquinone MK-6. Croissance optimale à 25°C (4-32°C), pH 7-8 (5,5- ?) et 20 g/l NaCl (>0-80 g/l). ADN : 37 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer, Donghaeana dokdonensis.

Elisabethkingia (Elisabeth O. King, microbiologiste médicale)

Bâtonnets (0,5 x 1-2,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, jaune pâle, luisante avec bord entier. Aérobies stricts ne réduisant pas le nitrate. Chimio-organotrophes, catalase, oxydase, phosphatase et b-galactosidase positives. Utilisent quelques sucres avec production d’acide, et des acides organiques naphthylés. Hydrolysent caséine, esculine et gélatine. Croissance optimale à 28-37°C (>5-<42°C). ADN : 35-38 mol % G+C. Deux espèces isolées de méningite et de septicémie, dont Elisabethkingia (ex-Chryseobacterium) meningoseptica.

Empedobacter (G. empedos, fixe)

Bâtonnets (0,5 x 1-2 microns) non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie jaune pâle (flexirubine). Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase positive. Utilisent plusieurs sucres. Fortement protéolytiques. ADN: 31-33 mol % G+C. Une espèce, Empedobacter brevis, isolée de l’eau et de specimens cliniques.

Epilithonimonas (L. epilithon, Epilithon)

Bâtonnets courts (0,6-0,7 x 1-2,5 microns), non mobiles par glissement, Gram négatif. Colonie circulaire, orangée, opaque, lisse, entière, de 3-6 mm de diamètre. Produisent des pigments caroténoïdes orangés. Pigments de flexirubine synthétisés. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Utilisent le Tween 40 et quelques sucres, acides organiques et aminés. Pas de production d’acide sur glucose. Réduisent le nitrate en nitrite. Hydrolysent l’amidon et l’esculine. Croissance entre 4 et 30°C sans NaCl. ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce isolée de pierres couvertes d’epilithon d’une rivière du Pays de Gales, Epilithonimonas tenax.

Eudoraea (L. Eudora, déesse grecque de la mer)

Bâtonnets, non mobiles par glissement, Gram négatif, non sporulés.Colonie punctiforme, opaque, lisse, crème. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent les pentoses, hexoses, polyols, acides organiques et aminés et substrats complexes.Ne réduisent pas le nitrate. Hydrolysent l’esculine. Béta-galactosidase positive. Quinone majeure MK-6. Présence de phosphatidyléthanolamine dans les lipides polaires. Croissance optimale à 30°C (15-33°C), pH 7,5-8,0 (6,5-8,5) et 20 g/l de NaCl (20-60 g/l). ADN : 39 mol % G+C. Une seule espèce isoléede la Mer adriatique, Eudoraea adriatica.

Euzebyella (J. P. Euzéby, microbiologiste français)

Bâtonnets droits (0,4 x 1,4-5 microns) pigmentés, non mobiles, Gram négatif. Pigment de type flexirubine non produit. Colonie jaune-orangé (pigment non diffusible). Croissance muqueuse sur milieu sucré. Aérobies chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives, nitrate non réduit. Ne produisent ni arginine dihydrolase, ni lysine ou ornithine décarboxylase, ni indole sur tryptophane. Hydrolysent esculine et faiblement ADN mais pas gélatine, caséine, alginate, agar, amidon ou Tween 80. Ne produisent pas d’acide sur D-glucose, D-galactose, saccharose, L-arabinose, amygdaline ou mélibiose. Les sources de carbone entraînant une abondante croissance sur milieu de base sont préférentiellement les carbohydrates tels que D-arabinose, D-xylose, D-glucose, D-fructose, D-galactose, tréhalose, D-mannose, L-rhamnose, maltose, cellobiose, saccharose, lactose, mélibiose, salicine, D-gluconate et N-acétyl-glucosamine. Activités positives avec tests API ZYM : phosphatase alcaline, estérase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, phosphatase acide, A-galactosidase, B-galactosidase, A-glucosidase, B-glucosidase, N-acétyl-B-glucosaminidase et A-mannosidase. Avec API 20NE réponses positives pour hydrolyse de l’esculine, B-galactosidase et assimilation du D-glucose, L-arabinose, N-acétylglucosamine et maltose. Les carbohydrates suivants sont acidifiés sur test API 50 CHE (48 h): D-arabinose, L-arabinose, D-xylose, D-glucose, D-fructose, D-mannose, L-rhamnose, méthyl-A-D-mannopyranoside, N-acétylglucosamine, amygdaline, arbutine, esculine, salicine, cellobiose, maltose, lactose et saccharose. Substrats oxydés sur microplates Biolog GN en 48 h d’incubation : A-cyclodextrine, dextrine, glycogène, Tween 40, N-acétyl-D-galactosamine, N-acétyl-D-glucosamine, L-arabinose, cellobiose, D-fructose, D-galactose, gentiobiose, A-D-glucose, A-lactose, lactulose, D-maltose, D-mannose, mélibiose, méthyl B-D-glucosamine, D-psicose, raffinose, D-sorbitol, saccharose, tréhalose, turanose, D-gluconate et glucose1-phosphate. Quinone respiratoire MK6. Les lipides polaires comprennent PE et d’autres lipides non identifiés. Croissance entre 15-37°C, mais pas à 4 ou 40°C, avec 35-100 g/l sels marins (<150 /l). Requièrent des ions sodium et magnésium pour leur croissance. ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer Méditerranée occidentale, Euzebyella saccharophila.

Flagellimonas

Bâtonnets (0,2-0,3 x 1,1-2,3 microns), formant des agrégats irréguliers, mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie circulaire, orangée, opaque, convexe, entière. Produisent des pigments caroténoïdes non diffusibles mais pas de flexirubine. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase positive, oxydase négative. Utilisent quelques sucres et acides organiques et aminés. Hydrolysent la caséine. Quinone majeure MK-6. Croissance entre 17 et 36°C, pH 7-9 et 25-70 g/l NaCl (opt. 27-31 g/l). ADN : 56 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la rhizosphère de l'algue marine Ecklonia kurome en Corée, Flagellimonas eckloniae.

Flaviramulus (L. flavus, jaune ; L. ramulus, rameau)

Bâtonnets durant la phase exponentielle (0,2-0,3 x 1-3 microns), cellules pléomorphes durant la phase stationnaire (0,2-0,3 microns de diamètre) avec des allongements de 1 à 30 microns. Des cellules branchées ou recourbées sont également présentes durant cette phase. Les cellules dégénèrent ensuite en sphéroplastes de 0,5-1 mm de diamètre.  Cellules mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, luisante, jaune profond, entière. Produisent des pigments caroténoïdes jaune et orange. Pigments de flexirubine absents. Aérobies stricts hétérotrophes, catalase et phosphatase alcaline positives, oxydase négative. Exigent l’eau de mer, l’extrait de levure ou la thiamine et des acides aminés pour leur croissance. Utilisent divers sucres avec production d’acides. Hydrolysent L-tyrosine, esculine, carragène, amidon, urée, gélatine, ADN et les Tweens 20, 40 et 80. Produisent H2S sur cystéine. Quinone respiratoire majeure : ménaquinone-6. Croissance optimale entre 17,5-22,8°C (-2-34°C), pH 6,5-8,2 (6,5-8,6) et 24-60 g/l de sels de mer (3-60 g/l). ADN : 31-32 mol % G+C. Une seule espèce isolée du fond de la mer de Norvège à -1300 m, Flaviramulus basaltis.

Flavivirga (L. flavus, jaune; L. virga, un bâtonnet)

Bâtonnets aux extrémités arrondies (0,3-0,4 x 2,5-7,5 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, jaune, convexe, translucide, luisante et entière. Produisent des pigments caroténoïdes non-diffusibles avec des pics d’absorption à 454 et 478 nm avec parfois des pigments de type flexirubine (test au KOH). Pas de croissance sur cétrimide ni MacConkey agars. Aérobies parfois microaérophiles, catalase positive, oxydase variable. Requièrent des sels de mer mais pas d’extrait de levure pour la croissance. Produisent des acides sur carbohydrates. Produisent acétoine. Réduisent le nitrate en nitrite. Ne produisent pas indole ni H2S. N’utilisent pas le citrate. Hydrolysent esculine, gélatine, Tween 60 et Tween 80 mais pas agar, adénine, acides alginiques, caséine, cellulose microcrystalline, chitine, jaune d’œuf, élastine, hypoxanthine, pectine ni xanthine. Positifs pour phosphatase alcaline, leucine arylamidase, valine arylamidase, phosphatase acide et naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase, mais négatifs pour uréase, arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase, tryptophane desaminase, estérase (C4), esterase lipase (C8), lipase (C14), cystine arylamidase, trypsine, alpha-galactosidase, Beta-glucuronidase, alpha-glucosidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase (API ZYM et API 20E). Sur système API 50CH de l’acide est produit sur D-galactose, D-glucose, D-mannose, L-rhamnose, citrate ferrique d’esculine, cellobiose et L-fucose. La quinone isoprénoïde majeure est la ménaquinone 6 (MK-6). Les lipides polaires majeurs sont la phosphatidyléthanolamine et un nombre variable de lipides contenant un groupement aminé, de phospholipides et de lipides inconnus. Croissance optimale à 25°C (4-30°C), avec 30 g/l sels de mer (20-70 g/l). Pas de croissance sur milieu de ZoBell sans sels de mer mais avec NaCl seulement. ADN : 27-33 mol % G+C. Deux espèces isolées d’eau de mer en Corée, dont Flavivirga jejuensis.

Formosa (L. formosa, beau, fin)

Bâtonnets (0,4-0,9 x 0,8-1,8 microns), à bords légèrement irréguliers et extrémités pointues, mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. N’accumulent pas de PHB. Colonie circulaire, convexe, jaune pâle, de 1-3 mm de diamètre. Produisent des pigments caroténoïdes avec un pic d’absorbance à 455 et 480 nm. Flexirubine absente. Anaérobies facultatifs fermentant le glucose en réduisant le nitrate (dénitrifiantes). Chimio-organotrophes, catalase positive, oxydase négative. Utilisent le Tween 40 et quelques sucres, acides organiques et aminés. Hydrolysent faiblement amidon, urée et gélatine. Alcalitolérants. Croissance optimale à 23°C (>4-<37°C), pH 8-8,5 (>5-<10) et 0-60 g/l NaCl. ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’algues brunes, Formosa algae.

Fulvibacter (L. fulvus, brun-jaune)

Bâtonnets(0,5-0,7 x 5-14 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, brun-jaunatre, de 1-2 mm de diamètre. Produisent des pigments caroténoïdes avec un pic d’absorbance à 425, 452 et 478 nm. Flexirubines absentes.Aérobies stricts chimio-organotrophes. Utilisent les Tween 20, 40 et 80, la caséine, l'esculine, la gélatine et l'amidon ainsi que glutamate, pyruvate, peptone et extrait de levure. Ménaquinone majeure MK-6.Croissance optimale à 25-30°C (10-37°C), pH 7-9 (6-10) et 10-50 g/l NaCl. ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments de la mer du Japon, Fulvibacter tottoriensis.

Gaetbulibacter (gaetbul, nom coréen de plateau marin)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 3-4,5 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Pas de flexirubine. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Produisent de l’acide sur sucres. Utilisent cellobiose, fructose, galactose,  glucose, xylose et rhamnose. Réduisent le nitrate en anaérobiose. Hydrolysent l’esculine, la tyrosine et le Tween 20. Ménaquinone majeure MK-6. Croissance optimale à pH 7-8 (>5) et 20-50 g/l de NaCl (0-80 g/l). ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment de plateau marin en Corée, Gaetbulibacter saemankumensis.

Gaetbulimicrobium (gaetbul, nom coréen de plateau marin)

Bâtonnets (0,2-0,3 x 1-15 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Pigments caroténoïdes produits mais pas de flexirubine. Colonie circulaire à irrégulière, légèrement élevée, lisse, orangée, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies stricts. Ne produisent pas d’acide sur sucres. Utilisent maltose et pyruvate. Hydrolysent l’esculine, l’hypoxanthine, la tyrosine et le Tween 60. Ménaquinone majeure MK-6. Croissance optimale à 37°C (10-41°C), pH 7-8 (>5) et 20-30 g/l de NaCl (>0-<10 g/l). ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment de plateau marin en Corée, Gaetbulimicrobium brevivitae.

Galbibacter (L. galbus, jaune)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 1-3 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie jaune, irréguli!ère. Requièrent de l’eau de mer pour la croissance. Aérobies stricts, chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent quelques acides aminés et sucres sans production d'acide. Hydrolysent amidon, esculine et gélatine. Réduisent le nitrate en nitrite. Croissance entre 10 et 42°C (opt. 25-30°C) et 30-70 g/l NaCl (opt. 30-50 g/l) . ADN: 37 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un sédiment marin au Japon, Galbibactermesophilus.

Gangjinia (L. Gangjinia, Gangjin Bay, Mer du Sud en Corée)

Bâtonnets Gram négatif, pigmentés en orange, non flagellés. Colonie orange, circulaire, de 1,0–3,0 mm de diamètre, convexe, lisse et entière.
Production de pigments de type caroténoïdes non diffusibles avec pics d’absorption à 451 nm, 474 nm et 503 nm, mais absence de pigments de type flexirubine. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Pas de croissance anaérobie sur marine agar. Acétoine, indole et H2S non produits. Nitrate non réduit. Hydrolysent caséine, amidon et ADN, mais pas agar, carboxyméthylcellulose, chitine ou Tweens. Arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase, tryptophane désaminase et uréase absentes. Sur API ZYM, phosphatase alcaline, leucine arylamidase, valine arylamidase, phosphatase acide, naphthol-AS-BIphosphohydrolase, alpha-glucosidase et N-acétyl-beta-glucosaminidase sont présentes, mais pas esterase (C4), estérase lipase (C8), lipase (C14), cystine arylamidase, trypsine, alpha-chymotrypsine, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, beta-glucuronidase, beta-glucosidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. Sur API 50CH, acide seulement produit en aérobiose sur esculin-citrate ferrique et 5-cétogluconate. Sur les MicroPlates GN2, les substrats suivants sont utilisés comme seule source de carbone: mélibiose, raffinose, L-rhamnose, méthyl pyruvate, alpha-cétoglutarate, alpha-cétovalerate, propionate, L-alanyl glycocole, L-glutamate, L-leucine, L-ornithine, L-phénylalanine, thymidine, putrescine, alpha-cyclodextrine, dextrine, glycogène, acétate, hydroxybutyrate, glucuronamide, L-alanine, glycyl L-glutamate, L-proline et phényléthylamine. Aucune des autres sources de carbone des Microplates GN2 n’est utilisée. La quinone respiratoire majeure est la MK-6. Résistent à kanamycine (30 mg), gentamicine (10 mg), néomycine (30 mg) et polymyxine B (300 mg), mais sensibles à ampicilline (10 mg), pénicilline (10 IU), streptomycine (10 mg) et tétracycline (30 mg). Croissance optimale à 25–30°C (20–30°C), pH 7,0–8,0 (6,0–9,0) et 30 g/l NaCl (20–40 g/l). ADN : 39 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’eau marine côtière en Corée, Gangjinia marincola.

Gelidibacter

Bâtonnets (0,5 x 1-4 microns) pouvant former des filaments de 50 microns de long qui se fragmentent en bâtonnets courts. Cellules coccoïdes (diamètre 0,5-2 microns) dans cultures âgées. Mobiles par glissement. Colonie jaune. Requièrent de l’eau de mer et une source d’azote organique (glutamate) pour la croissance. Aérobies stricts, chimiohétérotrophes. Utilisent des acides organiques et quelques sucres. Psychrophiles croissant entre 0 et 25 °C (opt. 15-18 °C). ADN: 36-38 mol % G+C. Une espèce isolée de la banquise antarctique, Gelidibacter algens.

Gillisia (Monique Gillis, bactériologiste belge)

Bâtonnets (0,7 x 3 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie convexe, ronde, entière, translucide, jaune, de 1-3 mm de diamètre. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Ne produisent pas d’acide sur sucres. N’utilisent pas le glucose. Ne réduisent pas le nitrate. Hydrolysent l’esculine et la gélatine. Croissance optimale à 20°C (5-25°C) et jusqu’à 50 g/l de NaCl. ADN : 37-39 mol % G+C. Trois espèces isolées d’amas microbiens d’un lac et de prélèvements de glace en Antarctique, dont Gillisia limnaea.

Gilvibacter (L. gilvus, jaune)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 3-5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Produisent des pigments caroténoïdes non diffusibles. Flexirubines absentes. Colonie irrégulière et jaune. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent quelques sucres sans production d’acide. Hydrolysent gélatine, ADN et CMC-cellulose. Nitrate réduit en nitrite. Quinone respiratoire majeure MK-6. Croissance optimale à 25-30°C (15-37°C) et 30-40 g/l NaCl (<70 g/l). ADN : 43 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un sédiment marin au Japon, Gilvibacter sediminis.

Gramella (Hans Christian Gram, pharmacologiste et pathologiste danois)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 2,1-2,7 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, luisante, à bord entier, jaune orangé, de 2-4 mm de diamètre. Produisent des pigments caroténoïdes non diffusibles. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Utilisent quelques sucres avec production d’acide. Hydrolysent amidon, caséine, gélatine, ADN, Tweens 40 et 80. Quinone respiratoire majeure MK-6. Croissance optimale à 23-25°C (4-37°C) et 10-150 g/l NaCl. ADN : 40 mol % G+C. Deux espèces dont Gramella echinicola  isolée du hérisson de mer.

Hyunsoonleella (Hyun-Soon Lee, microbiologiste coréen)

Bâtonnets (0,3-0,6 x 1,8-2,2 microns), non mobiles, Gram négatif. Production de pigments caroténoïdes jaunes non diffusibles dont la zeaxanthine. Colonie circulaire, convexe, faiblement irrégulière, de 1,0-1,5 mm de diamètre. Aérobies stricts. Oxydase et catalase positives. Pas de production d’acide sur sucres. Nitrate non réduit. Hydrolysent esculine, Tweens 80, gélatine et CMC-cellulose. Quinone respiratoire majeure MK-6. Croissance optimale à 30-35°C (15-35°C), pH 7-8 (5,5-9,5) et 30-70 g/l sels de mer. ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer en Corée, Hyunsoonleella Jejuensis .

Jejuia (Jeju, île de Corée)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 1,8-2,6 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, faiblement convexe, régulière, orange pâle. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Production d’acide sur quelques sucres. Nitrate non réduit. Hydrolysent esculine, Tweens 20 et 80 et amidon. Quinone respiratoire majeure MK-6. Croissance optimale à 25-30°C (15-35°C), pH 7-8,5 (6,5-9) et 20-40 g/l NaCl (10-60 g/l). ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer en Corée, Jejuia pallidilutea.

Joostella ( P.J. Jooste qui proposa le premier le nom de la famille Flavobacteriaceae)

Bâtonnets (0,2-0,3 x 1-2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, luisante, translucide, à bord entier, jaune vif, devenat mucoïde après 3 jours d'incubation. Produisent des pigments caroténoïdes non diffusibles. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase, oxydase et phosphatases acide et alcaline positives. Utilisent quelques sucres avec production d’acide sur cellobiose. Hydrolysent amidon, esculine et Tween 80 mais pas agar, caséine ou gélatine. Indole et réduction du nitrate négatifs. Quinone respiratoire majeure MK-6. Croissance optimale à 30°C (10-37°C), pH 5,3-7,6 (5,3-10,5) et 10-30 g/l NaCl (0-150 g/l). ADN : 30 mol % G+C. Une seule espèce Joostella marina isolée de la Mer de l'Est en Corée.

Kaistella (KAIST, Korea Advanced Institute of Science and Technology)

Bâtonnets non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, faiblement convexe, lisse, opaque et jaune. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent quelques  sucres et acides organiques sans production d’acide. Hydrolysent l’esculine et la gélatine. Produisent de l’indole. Quinone isoprénoïde majeure MK-6. Croissance optimale à 37°C. ADN : 41 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau minérale en Corée, Kaistella koreensis.

Kordia (KORDI, Korea Ocean Research and Development Institute)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 2-5 microns), non mobiles, Gram négatif. Pigments de type caroténoïdes présents. Colonie jaunâtre, convexe, entière et ronde. Aérobies strictes, oxydase positive, catalase négative. Utilisent plusieurs sucres et exigent des ions Na+, Ca2+ et Mg2+. Requièrent 10-50 g/l de NaCl avec un optimum à 30 g/l à 30°C et pH 7-8. Pas de production d’acide sur sucres. Hydrolysent la gélatine, l’amidon et le lait écrémé. Nitrate réduit en nitrite. Quinone respiratoire : ménaquinone 6. ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer riche en algues rouges en Corée, Kordia algicida.

Kriegella (Noel R. Krieg, microbiologiste américain)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,2-1,4 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, luisante, entière, orangée, de 1-2 mm de diamètre. Production de pigments caroténoïdes non diffusibles. Aérobies strictes chimio-organotrophes utilisant les sucres avec formation d’acides. Catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Quinone respiratoire majeure MK-6. Croissance optimale à 25-28°C (4-37°C et 10-20 g/l NaCl (10-60 g/l). ADN : 39-41 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’eau de mer au Japon, Kriegella aquimaris.

Krokinobacter (G. krokinos, jaune)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 2,5-4 microns), Gram négatif. Produisent des pigments caroténoïdes jaunâtres. Pas de formation de flexirubines. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent de nombreux sucres et acides aminés. Hydrolysent gélatine, caséine et ADN. Croissance optimale à 20°C et 30 g/l de NaCl (>0-<100 g/l). ADN : 33-39 mol % G+C. Trois espèces isolée de sédiments marins au Japon, dont Krokinobacter genikus.

Lacinutrix (L. lacus, lac; L. nutrix, nourricier)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,4-0,5 x 1-2 microns), non mobiles, non sporulés. Gram négatif. Produisent des pigments jaunes d’or non diffusibles. Pas de formation de flexirubines. Colonie ronde, convexe, entière, butyreuse, jaune d’or. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Catalase et phosphatase alcaline positives. Prototrophes.  Pas de formation d’acide sur sucres. Hydrolysent gélatine,Tween 80 et L-tyrosine. Psychrophiles. Croissance optimale entre 1 et 25°C (-2-<30°C) et 17-23 g/l de NaCl (6-115 g/l). ADN : 37 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un copépode d’un lac Antarctique, Lacinutrix copepodicola.

Leeuwenhoekiella (Antonie van Leeuwenhoek, microbiologiste hollandais)

Bâtonnets (0,5-0,6 x 1,6-2,3 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Production de pigments jaunes non diffusibles. Pas de flexirubines. Colonie circulaire, brillante, entière, jaune, 2-4 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase, oxydase, b-galactosidase et phosphatase alcaline positives. Formation d’acide sur sucres. Hydrolysent amidon, caséine, gélatine, Tweens  20, 40 et 80. Lipoquinone majeure MK-6. Croissance optimale à 21-25°C (4-37°C) et 0-50 g/l NaCl (0-150 g/l). ADN : 35-38 mol % G+C. Deux espèces marines, dont Leeuwenhoekiella (ex-Cytophaga) marinoflava.

Leptobacterium (G. leptos, fin)

Bâtonnets droits (0,5-0,6 x 8,5-9 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, jaune pâle. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Production d’acide sur citrate, maltose, 5-cétogluconate et D-arabinose. Nitrate non réduit. Quinone majeure MK-6. Halophiles modérés. Croissance optimale à 25-30°C (17-30°C), pH 6-7 (6-9) et NaCl indispensable et toléré jusqu’à 40 g/l. ADN : 42-44 mol % G+C. Une seule espèce Leptobacterium flavescens isolée d’une éponge marine Clathria eurypa dans la République de Palau.

Lutaonella (Lutao, petite ile volcanique de l’Océan Pacifique)

Bâtonnets courts (0,4-0,5 x 1-2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Présence de granules de PHB. Colonie circulaire, luisante, transparente, régulière, jaune. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase positive et oxydase négative. Utilisent divers sucres et acides aminés comme sources de carbone. Pas de production d’acide sur sucres. Nitrate non réduit. Quinone respiratoire majeure MK-6. Faiblement halophiles ; requièrent de l’eau de mer ou 10-30 g/l de sels de mer. Croissance optimale à 40-45°C (25-55°C), pH 8 (6-9) et 30-50 g/l NaCl (20-60 g/l). ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude côtière de Taïwan, Lutaonella thermophila.

Lutibacter

Bâtonnets (0,3-0,8 x 1-5,7 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Apparition de cellules sphériques dans les cultures agées. Production de pigments caroténoïdes jaunes non diffusibles mais pas de flexirubines. Colonie circulaire, convexe, brillante, entière, opaque, jaune. Aérobies strictes exigeant des ions Na+. Chimio-organotrophes catalase positive et oxydase négative. Utilisent sucres, acides organiques et aminés ainsi que peptone et Tryptone. Formation d’acide sur sucres négative. Hydrolysent amidon, gélatine, esculine et ADN. Lipoquinone majeure MK-6. Croissance optimale à 25-30°C (5-30°C), pH 7-8 et 10-50 g/l de sels de mer. ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment marin litoral de Corée, Lutibacter litoralis.

Lutimonas (L. lutum, boue)

Bâtonnets (0,7-1 x 1,6-2,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Production de pigments caroténoïdes jaunes non diffusibles mais pas de flexirubines. Colonie circulaire, lisse, entière, opaque, jaune, de 1-3 mm de diamètre. Aérobies strictes exigeant des ions Na+. Chimio-organotrophes catalase et oxydase négatives. Utilisent sucres, acides organiques et aminés.Formation d’acide sur sucres négative. Hydrolysent amidon et gélatine. Croissance optimale à 25°C (3-37°C), pH 8 (5-11) et 15-25 g/l de NaCl (5-75 g/l). ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tractus digestif d'un ver marin du litoral de Corée, Lutimonas vermicola.

Maribacter

Bâtonnets (0,25-0,7 x 1,2-10 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Production de pigments jaunes non diffusibles. Colonie circulaire, brillante, entière, jaune à jaune-orangé, 2-4 mm de diamètre. Aérobies strictes exigeant des ions Na+. Chimio-organotrophes catalase et oxydase négatives, alcaline phosphatase positive. Formation d’acide sur sucres variable selon les espèces. Hydrolysent selon les espèces agar, amidon, gélatine, alginate, ADN, Tween  20, 40 et 80. Lipoquinone majeure MK-6. Croissance optimale à 21-24°C (4-33°C) et 10-70 g/l de NaCl. ADN : 35-39 mol % G+C. Quatre espèces isolées de la Mer du Japon, dont Maribacter sedimenticola.

Mariniflexile (L. marinus, marin ; L. flexilis, flexible)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 2-3 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie orange de 2 à 3 mm de diamètre, circulaire, convexe, luisante, translucide. Anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes. Oxydase, catalase et phosphatase alcaline positives. Peuvent fermenter le glucose. Quinone respiratoire majeure : MK-6. Hydrolysent la gélatine. Forment des acides sur fucose et xylose; utilisent lactose, mannose et saccharose. Ne produisent pas H2S et ne réduisent pas le nitrate ni ne produisent indole et acétoïne (VP). Croissance optimale à 23-25°C (4-37°C) et entre 0 et 60 g/l de NaCl. ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce, Mariniflexile gromovii, isolée de l’oursin Strongylocentrotus intermedius dans la Mer du Japon.

Maritimimonas (L. maritimus, maritime ; L. monas, unité)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 0,8-1,2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, lisse, convexe, jaune, luisante, entière, de 2 mm de diamètre. Aérobies chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Production d’acide sur glucose. Hydrolysent la gélatine. Quinone isoprénoïde majeure MK-6. Croissance optimale à 30°C (10-37°C), pH 7 (5-9) et 40-50 g/l de sels de mer (30-60 g/l). ADN : 32 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une raie de la mer du Sud en Corée, Maritimimonas rapanae.

Marixanthomonas

Bâtonnets (0,4-0,5 x 2,2-2,8 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie jaunâtre de 4 à 5 mm de diamètre, circulaire, lisse, luisante, opaque, à bord entier. Pigment jaune non diffusible. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase et catalase positives. Hydrolysent la gélatine et les Tweens 20, 40 et 80. Ne forment pas d’acide sur les sucres ; ces derniers ne sont pas utilisés. Quinone respiratoire majeure : MK-6. Lipides polaires: sphingolipide, phosphatidylethanolamine, lysophosphatidylethanolamine, aminophospholipide et un lipide inconnu. Psychrotolérants. Croissance optimale à 25-28°C (5-33°C), pH 6,5-8,5 et entre 30 et 50 g/l de NaCl (10-120 g/l). ADN : 37 mol % G+C. Une seule espèce, Marixanthomonas ophiurae, isolée d'un specimen d'ophiuroïde dans la Mer des Fidji.

Meridianimaribacter (L. meridianus, méridional; L. mare, la mer)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1,15-2,3 microns), entourés d'un composé extracellulaire inconnu, mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, lisse, luisante, humide en apparance, entière, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase positive. Hydrolysent la gélatine. Utilisent sucres et acides organiques. Croissance optimale à 30-37°C (9-37°C), pH 7,8 (6,5-8,5) et entre 5 et 20 g/l de NaCl (5-40 g/l). ADN : 33 mol % G+C. Une seule espèce, Meridianimaribacter flavus , isolée de sable de mer en Chine.

Mesoflavibacter (G. mesos, milieu; L. flavus, jaune)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 0,75-5,3 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Certaines cellules présentent des microstructures ressemblant à des vésicules et peuvent être connectées par un réseau. Colonie circulaire, convexe, lisse, contenant des pigments caroténoïdes jaunes non diffusibles avec la zeaxanthine comme composant majeur. Absence de flexirubine. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase et catalase positives. Hydrolysent amidon, esculine, caséine, gélatine et Tween 80. Production d’acide sur les sucres ; utilisent mannose et mannitol. Quinone respiratoire majeure : MK-6. Croissance optimale à 35-37°C (16-44°C), pH 7-8 (5,5-11) et entre 40 et 60 g/l de NaCl (>0-<100 g/l). ADN : 32 mol % G+C. Une seule espèce, Mesoflavibacter zeaxanthinifaciens, isolée d'eau de mer au Japon.

Mesonia (dérivé de MES, Marine Experimental Station of Pacific Institute of Bioorganic Chemistry, FEB RAS)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,6-2,3 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie jaune ou blanchâtre de 2 à 4 mm de diamètre, circulaire, luisante, à bord entier. Pigment jaune non diffusible. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase, catalase et phosphatase alcaline positives. Quinone respiratoire majeure : MK-6. Hydrolysent gélatine, caséine et Tweens 20, 40 et 80 mais pas agar, alginate, amidon, cellulose et chitine. Ne forment pas d’acide sur les sucres ; ces derniers ne sont pas utilisés. Produisent H2S mais ne réduisent pas le nitrate ni ne produisent indole et acétoïne (VP). Croissance optimale à 21-23°C (4-34°C) et entre 10 et 150 g/l de NaCl. ADN : 33-34 mol % G+C. Une seule espèce, Mesonia algae, isolée de l’algue verte Acrosyphonia sonderi dans la Mer du Japon.

Muricauda

Bâtonnets (0,3-0,6 x 1,1-2,7 microns) développant un appendice long et épais (20-30 nm) dans les cultures âgées (3-4 j) qui semble servir pour se connecter à une autre cellule. Non mobiles. Gram négatif. Colonie jaune. Profil d’acides gras caractérisé par un grand nombre d’acides gras branchés. Anaérobies facultatifs utilisant des sources de carbone complexes en anaérobiose. Catalase négative et oxydase positive. Croissance optimale à 20-30 °C (8-40 °C) et 30 g/l de NaCl (5-90 g/l). ADN: 41 mol % G+C. Une seule espèce, Muricauda ruestringensis, isolée d’un sédiment marin sur hexadécane.

Muriicola (L. muria (ou muries) liqueur de sel; L. incola, habitant)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 1,7-2,3 microns, non mobiles, non sporulés
Gram négatif. Pigments caroténoïdes produits avec zéaxanthine comme composant majeur, mais pas de pigments de type flexirubine. Colonie jaune-orangé, faiblement convexe, circulaire avec bords entiers.Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Nitrate réduit en nitrite. Hydrolysent l’esculine mais pas Tween 20 ou 80, gélatine, amidon, carboxylméthylcellulose, tyrosine, caséine et urée. Phosphatase alcaline, estérase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, phosphatase acide, trypsine, alpha-galactosidase, Beta-galactosidase, alpha-glucosidase, Beta-glucosidase et N-acetyl-B-glucosaminidase présentes, mais pas lipase (C14), Beta-glucuronidase et alpha-fucosidase. Faibles activités avec estérase (C4), alpha-chymotrypsine, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase et alpha-mannosidase (API ZYM). Positifs pour les tests Biolog GN2 avec acyclodextrine, dextrine, D-fructose, D-galactose, gentiobiose, alpha-D-glucose, alpha-D-lactose, lactulose, maltose, melibiose, methyl Beta-D-glucoside, raffinose, saccharose, D-trehalose, xylitol, acétata, gamma-hydroxybutyrate, alpha-cétoglutarate, alpha-cétovalerate, propionate, succinate, L-glutamate, glycyl L-aspartate, glycyl L-glutamate, L-leucine, L-proline, L-threonine et putrescine. Les autres substrats organiques du Biolog GN2 ne sont pas oxydés. Quinone isoprénoïde majeure MK-6. Le phospholipide polaire prédominant est la phosphatidyléthanolamine. Croissance optimale à 25-30°C (15-35°C), pH 7,0-8,5 (6,5-9,0) et 20-40 g/l NaCl (10-50 g/l). ADN : 48 mol % G+C (HPLC). Une seule espèce isolée de la mer en Corée, Muriicola jejuensis.

Myroides (G. myron, parfum; G. oides, semblable)

Bâtonnets (0,5 x 1-2 microns), parfois en chaînes de quatre à dix cellules, non mobiles, Gram négatif. Colonie jaune. Produisent une odeur de fruit caractéristique. Aérobies stricts. Croissance optimale à 37 °C (18-< 42 °C). Réduisent le nitrite mais pas le nitrate. ADN: 30-35 mol % G+C. Deux espèces isolées de spécimens cliniques et d’environnements hospitaliers, dont Myroides odoratus.

Nonlabens (L. non, non ; L. labens, glissant)

Bâtonnets courts, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Pas de production de pigment diffusible ou de type flexirubine. Colonie circulaire, convexe, entière, lisse, orangée, de 2-4 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Croissance sur milieu complexe contenant extrait de levure et peptone. Utilisent le seul saccharose avec production d’acide. Hydrolysent l’ADN, la gélatine, l’amidon et les Tweens 20, 40 et 80. Produisent de l’acétoïne. MK-6 seule quinone respiratoire. Croissance entre 12 et 44°C (opt. 28-36°C), pH 5-10 et 20-40 g/l de NaCl. ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un tapis microbien dans une mangrove des Bahamas, Nonlabens tegetincola.

Olleya (June Olley, microbiologiste)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 2-2,5 microns), mobiles par glisssement, non sporulés, absence de PHB. Gram négatif. Production de pigments caroténoïdes mais pas de flexirubine. Colonie circulaire, convexe, entière, butyreuse, jaune-orangé, translucide, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent les sucres avec production d’acide. Exigent l’extrait de levure ou peptone. Hydrolysent l’élastine, la gélatine, la tyrosine et le Tween 80. Croissance entre 4 et 30°C (<37°C), pH 5-9 et 10-50 g/l de NaCl (opt. 10-30 g/l). ADN : 49 mol % G+C. Une seule espèce isolée de particules océaniques, Olleya marilimosa.

Ornithobacterium (G. ornis, oiseau)

Bâtonnets courts et renflés (0,2-0,9 x 1-3 microns), non mobiles, Gram négatif. Croissance aérobie, microaérophiles, anaérobies ou avec une atmosphère enrichie en CO2. Oxydase positive, catalase négative. Prototrophes. Croissance entre 30 et 42 °C. Utilisent les sucres. ADN: 37-39 mol % G+C. Une espèce isolée du tractus respiratoire des volatiles (poulet, oie…), Ornithobacterium rhinotracheale.

Persicivirga  (L. persicum, pêche;  L. virga, bâtonnet)

Bâtonnets longs, irréguliers, droits à incurvés (0,5-0,6 x 2,2-7,5 microns), non mobiles par glissement, non sporulés. Gram négatif. Produisent des pigments orangé non diffusibles. Formation de flexirubines. Colonie circulaire, opaque, crémeuse, lisse, à bord entier, pêche-orangé, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Catalase et oxydase négatives. Pas de formation d’acide sur glucose. Aucune croissance sur les substrats des tests API 20NE et BIOLOG GN2. Xylanolytiques. Hydrolysent gélatine et Tweens 80. Sensibles à rifampicine; résistants à chloramphénicol, pénicilline G, kanamycine, ampicilline, streptomycine et tetracycline. Croissance entre 4 et 20°C et à 50 g/l de NaCl mais pas à 100 g/l. ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’eau de mer en Grande Bretagne, Persicivirga xylanidelens.

Pibocella (PIBOC, Pacific Institute of Bioorganic Chemistry)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,6-2,3 microns), mobiles par glissement, non sporulés. Gram négatif. Produisent des pigments jaune-orangé non diffusibles. Pas de formation de flexirubines. Colonie circulaire, luisante, convexe, à bord entier, jaune, de 2-4 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Pas de formation d’acide sur sucres exepté sur D-maltose. Hydrolysent amidon, caséine, gélatine et Tweens 20, 40 et 80. Lipoquinone majoritaire MK-6. Sensibles à ampicilline, carbénicilline, lincomycine, oleandomycine, streptomycine et tetracycline; résistants à benzylpénicilline, gentamicine, kanamycine, néomycine et polymyxine B. Croissance entre 4 et 33°C (opt. 21-23°C) et entre 10 et 130 g/l de NaCl. ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une algue verte, Pibocella ponti.

Planobacterium (G. planos, errant)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 1,0-1,5 microns), entourés d’appendices longs et épais, mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, entière , mucoïde, jaune pâle. Aérobies anaérobies facultatifs chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent divers sucres, acides aminés et organiques comme sources de carbone. Production d’acides sur certains sucres. Nitrate non réduitQuinone respiratoire MK-6. Croissance optimale à 30°C (18-37°C), pH 7-8 (6-12) et sans NaCl (0-30 g/l). ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol de désert en Chine, Planobacterium taklimakanense.

Polaribacter

Bâtonnets (0,25-1,6 x 2-48 microns) non mobiles, coccoïdes dans culture âgées, Gram négatif. Psychrophiles ou psychrotrophes. Pigment orangé, saumon ou rose. Présence de vésicules de gaz dans certaines espèces. Aérobies produisant des acides sur sucres. ADN: 31-33 mol % G+C. Quatre espèces isolées de la banquise antarctique, dont Polaribacter filamentus.

Pontirhabdus (L. pontus, la mer; L. rhabdus, un bâtonnet)

Bâtonnets aux extrémités arrondies (0,4-0,6 x 1,0-2,4 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Produisent des pigments caroténoïdes non diffusibles mais pigments de type flexirubine absents. Requièrent des sels marins mais pas d’extrait de levure. Colonie jaune, convexe, translucide, luisante, circulaire et entière. Aérobies, oxydase et catalase positives. Nitrate non réduit en nitrite ou azote. Produisent l’acétoïne mais pas indole ou H2S. N’utilisent pas le citrate. Pas de production d’acide sur glucose. Décomposent élastine, gélatine, pectine, esculine, Tweens 20, 40, 60 et 80 et L-tyrosine, mais pas agar, amidon, adénine, acide alginique, caséine, cellulose, chitine, jaune d’œuf, hypoxanthine ou xanthine. Positifs pour phosphatase alcaline, leucine arylamidase, valine arylamidase, trypsine, phosphatase acide, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase et faiblement positifs pour estérase lipase (C8). Négatifs pour uréase, arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase, tryptophane désaminase, estérase (C4), lipase (C14), cystine arylamidase, alpha-chymotrypsine, alpha-galactosidase, alpha-glucosidase, beta-glucuronidase, beta-glucosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. Sur API 50 CH, utilisent xylose, D-galactose, D-mannose, salicine, cellobiose, maltose, lactose et saccharose. Produisent faiblement de l’acide sur D-fructose et salicine. La quinone isoprenoïde majeure est MK-6. Croissance optimale à 30°C (4-35°C), pH 7 (5,5-8,5) et 20-30 g/l de sels de mer (10-70 g/l). Pas de croissance sur NaCl. ADN : 30 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer en Corée, Pontirhabdus pectinivorans.

Postechiella

 

Pseudozobellia

Bâtonnets (0,2-0,4 x 1,0-3,2 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie, circulaire, enfoncée dans l’agar, luisante, entière, orange foncé, de 2-3 mm de diamètre. Production de pigments de type flexirubine. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Nitrate non réduit. Produisent des acides sur L-arabinose, L-rhamnose et L-fucose. Hydrolysent esculine, agar, gélatine, alginate, ADN, tyrosine et Tweens 20, 40 et 60. Menaquinone majeure MK-6. Croissance entre 4-49°C et 5-80 g/l NaCl (opt. 40-50 g/l). ADN : 47-49 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’algue verte marine Ulva fenestrata au Japon, Pseudozobellia thermophila.

Psychroflexus

Bâtonnets à filaments hélicoïdals de longueur indéterminée (0,4-1,5 x 5-50 microns) dans cultures jeunes avec une mobilité faible par glissement, cellules coccoïdes dans les cultures âgées, Gram négatif. Pigment caroténoïde orangé. Aérobies stricts, chimiohétérotrophes, catalase et oxydase positives. Exigent l’extrait de levure. Production d’acide faible sur sucres. Psychrophiles (0-20 °C, opt. 10-15 °C), faiblement ou modérément halophiles, exigeant de l’eau de mer pour la croissance. ADN: 32-36 mol % G+C. Deux espèces isolées de glace marine et lacustre en Antarctique, dont Psychroflexus torquis.

Psychroserpens

Bâtonnets ou vibrions (0,5-0,6 x 2-6 microns) dans les cultures jeunes avec spirilles (--> 20 microns) et cellules coccoïdes (diamètre 0,5-2 microns) dans les cultures âgées. Non mobiles. Colonie jaune-orangé. Requièrent de l’eau de mer, de l’extrait de levure et(ou) des vitamines pour la croissance. Psychrophiles croissant entre 0 et 20 °C (opt. 10-12 °C). Pigments caroténoïdes jaunes. Aérobies stricts, chimiohétérotrophes. Pas de production d’acide sur sucres qui ne sont pas utilisés. ADN: 27-29 mol % G+C. Une espèce isolée d’un lac antarctique, Psychroserpens burtonensis.

Riemerella (Riemer, microbiologiste qui décrivit le premier cette bactérie)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1-2,5 microns) isolés, en paires ou courtes chaînes, non mobiles, Gram négatif. Croissance optimale à 37 °C. Requièrent de la thiamine pour la croissance. Oxydase et catalase positives. ADN: 35 mol % G+C. Une espèce isolées de septicémies d’oiseaux de basse-cour, Riemerella anatipestifer.

Robiginitalea (L. robiginis, de la rouille ; L. talea, bâtonnet)

En phase exponentielle, bâtonnets droits (0,3-0,7 x 1,6-5,6 microns), en phase stationnaire, cellules coccoïdes de 0,6-1,2 microns de diamètre, non mobiles, non sporulés, absence de PHB. Gram négatif. Production de pigments caroténoïdes mais pas de flexirubine. Colonie circulaire, rouille-orangé, opaque. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent les pentoses, hexoses, oligosaccharides, acides sucrés et acides aminés. Hydrolysent l’amidon et l’esculine. Halophiles modérés. Croissance entre 10 et 44°C (>4-<48°C), pH 6-9 et 2,5-100 g/l de NaCl. ADN : 55-56 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer des Sargasses, Robiginitalea biformata.

Salegentibacter

Bâtonnets isolés, en paires ou parfois en chaînes. Non mobiles ou mobiles par glissement, non sporulés. Gram négatif. Colonie jaune. Pas de flexirubine. Aérobies, chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Quinone respiratoire majeure MK-6. Halophiles modérés et très halotolérants (0-200 g/l de NaCl) avec un optimum à 10-80 g/l. Psychrotolérants (0-42°C). ADN: 37-44 mol % G+C. Cinq espèces isolées d'eaux et de sédiments marins, plantes marines, invertébrés et lacs hypersalés, dont Salegentibacter salegens isolée d’un lac salé de l’Antartique.

Salinimicrobium

Bâtonnets (0,6-1 x 1,2-2,4 microns), en chaînes, non mobiles, non sporulés. Gram négatif. Colonie jaune, circulaire, lisse, convexe. Pas de flexirubine. Aérobies facultatifs, chimio-organotrophes. Catalase positive et oxydase négative. Produisent de l'acide sur sucres. Quinone respiratoire majeure MK-6. Halophiles modérés. Croissance optimale à 32-35°C (10-48°C), pH 7,5-8 (6-9) et 20-30 g/l de NaCl (5-100 g/l). ADN: 42-44 mol % G+C. Deux espèces isolées de lacs salés, dont Salinimicrobium (ex Salegentibacter) catena.

Sandarakinotalea  (G., sandarakinos, orangé ; L. talea, bâtonnet)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 3-5 microns), pouvant former de longs filaments de 5-10 microns après 6-7 jours d’incubation, non mobiles, non sporulés. Gram négatif. Formation de pigments caroténoïdes faiblement orangés, non diffusibles. Pas de formation de flexirubines. Colonie circulaire ou irrégulière. Aérobies, chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent dextrine, glycogène, maltose, mannitol et quelques acides organiques et aminés. Hydrolysent amidon, ADN et gélatine. Quinone isoprénoïde majoritaire MK-6. Requièrent des sels de mer pour leur croissance. Croissance entre 10 et 40°C (opt. 15-20°C) et 10-70 % d’eau de mer artificielle. ADN : 35-37 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment marin du Pacifique au Japon, Sandarakinotalea sediminis.

Sediminibacter (L. sediminis, sédiment)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 1-2,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Pigments caroténoïdes et flexirubines absents. Colonie incolore devenant brune. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent sucres et acides aminés. Hydrolysent amidon, gélatine et ADN et faiblement caséine. Nitrate non réduit. Quinone respiratoire majeure MK-6. Croissance optimale à 25-30°C (10-37°C) et 30-40 g/l NaCl (10-60 g/l). ADN : 39 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un sédiment marin au Japon,  Sediminibacter furfurosus.

Sediminicola  (L. sedimentum, sédiment ; L. incola, habitant)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 3-5 microns), pouvant former de longs filaments de 5-10 microns après 7 jours d’incubation, non mobiles, non sporulés. Gram négatif. Formation de pigments caroténoïdes jaune d’or, non diffusibles. Pas de formation de flexirubines. Aérobies, chimio-organotrophes. Catalase et oxydase (faiblement) positives. Utilisent de nombreux sucres et quelques acides organiques et aminés. Pas de formation d’acide sur sucres. Réduisent le nitrate. Hydrolysent amidon, caséine et gélatine. Croissance entre 10 et 30°C (opt. 20°C) et 10-100 % d’eau de mer artficielle ; NaCl seul ne peut assurer la croissance. ADN : 38-40 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment de la Mer du Japon, Sediminicola luteus.

Sejongia  (King Sejon Station, King George Island, Antarctique)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1-3,1 microns), non mobiles, non sporulés. Gram négatif. Pas de formation de flexirubines. Colonie jaune, circulaire, convexe, translucide et butyreuse, à bord entier devenant mucoïde. Aérobies, microaérophiles et faiblement anaérobies facultatives, chimio-organotrophes. Catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Pas de formation d’acide sur sucres en aérobiose. Fermentent les sucres avec production d’acide. Hydrolysent caséine et gélatine. Quinone isoprénoïde majoritaire MK-6. Psychrotolérants. Croissance entre 4 et 31°C (opt. 19-21°C), pH 6-11 (opt. 7-8) et 0-30 g/l de NaCl (opt. 0 g/l). ADN : 34-36 mol % G+C. Deux espèces isolées d’un sol de l’Antarctique, dont Sejongia antarctica.

Snuella (Seoul National University, SNU)

Bâtonnets aux extrémités arrondies (0,6-0,7 x 1,5-2,7 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie jaune, convexe, translucide, luisante, circulaire et entière. Produisent des pigments caroténoïdes non diffusibles mais pigments de type flexirubine absents. Requièrent des sels marins mais pas d’extrait de levure. Aérobies et microaérobies, oxydase et catalase positives. Nitrate réduit en azote (dénitrifiants). Pas de production d’acétoïne, indole ou H2S. N’utilisent pas le citrate. Pas de production d’acide sur glucose. Décomposent esculine, amidon, Tweens 20, 40, 60 et 80, et L-tyrosine, mais pas agar, adénine, acide alginique, caséine, cellulose, chitine, jaune d’œuf, élastine, gélatine, pectine, hypoxanthine ou xanthine. Positifs pour phosphatase alcaline, leucine arylamidase, valine arylamidase, phosphatase acide, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase, beta-galactosidase et N-acétyl-Beta-glucosaminidase, et faiblement positifs pour trypsine et alpha-glucosidase. Négatifs pour uréase, arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase, tryptophane désaminase, estérase (C4), estérase lipase (C8), lipase (C14), cystine arylamidase, alpha-chymotrypsine, alpha-galactosidase, beta-glucuronidase, beta-glucosidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. Sur API 50 CH, produisent de l’acide sur D-arabinose, D-xylose, D-galactose, D-glucose, D-fructose, D-mannose, méthyl alpha-D-mannopyranoside, méthyl alpha-D-glucopyranoside, N-acétylglucosamine, amygdaline, arbutine, esculine, citrate ferrique, salicine, cellobiose, maltose, lactose, mélibiose, saccharose, tréhalose, raffinose, amidon et gentiobiose. La quinone isoprenoïde majeure est MK-6. Croissance optimale à 30°C (10-40°C), pH 7 (6-9) et 30-40 g/l de sels de mer (10-70 g/l). Pas de croissance sur NaCl. ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer en Corée, Snuella lapsa.

Soonwooa (Pr. Soon-Woo Hong, microbiologiste coréen)

Bâtonnets (0,6 x 1,8 microns) non mobiles, Gram négatif. Pigments caroténoïdes présents, mais pigments de type flexirubine absents. Colonie circulaire, légèrement convexe, luisante, lisse, entière, jaunâtre. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, oxydase et catalase positives. Croissance sur TSA mais pas sur Mac Conkey agar. Nitrate non réduit. Pas de production d’indole ou d’H2S. Arginine dihydrolase, lysine
décarboxylase, ornithine décarboxylase et DNase présentes. Hydrolysent amidon, gélatine et CM-cellulose, mais pas caséine, esculine ou cellulose crystalline (papier filtre). Sur API ZYM, présence de phosphatase alcaline, estérase( C4), estérase lipase (C8), Ieucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, alpha-chymotrypsine, phosphatase acide, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase, D-glucosidase, N-acétyl-B-glucosaminidase et alpha-fucosidase. Sur MicroPlates GN2, n’oxydent pas D-fructose, pyruvate méthyl ester, hydroxybutyrate, D-sérine, phényléthylamine, putrescine ou 2-aminoéthanol; tous les autres substrats sont oxydés. Quinone respiratoire majeure MK-6. Lipides polaires majeurs : phosphatidyléthanolamine et plusieurs aminolipides. Croissance optimale à 30°C (15-30°C), pH 7 (6-8) et 7,5 g/l NaCl (0-15 g/l). ADN : 30 mol % G+C. Une seule espèce isolée dans la Mer Jaune de Corée, Soonwooa buanensis.

Spongiibacterium (L. spongia, éponge)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 2,0-2,5 microns), non mobiles, dépourvus d’appendices, Gram négatif. Les cellules produisent des pigments jaunes non-diffusibles qui n’appartiennent pas aux flexirubines. Après 4 jours d’incubation sur milieu malt-agar, colonie de 1,0-1,5 mm de diamètre, convexe et circulaire, avec des bords légèrement irréguliers. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Esculine, arginine, ADN et urée sont hydrolysés, mais pas agar, gélatine, carboxyméthyl-cellulose, caséine, amidon et Tweens 20, 40, 60 et 80. Acétoïne produite, mais pas indole ni H2S. Nitrate non réduit. Lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase et tryptophane désaminase sont absentes. Acide produit sur glucose, mais pas sur amygdaline, arabinose, inositol, mannitol, mélibiose, rhamnose, sorbitol ni saccharose. Glucose, mannose, mannitol, N-acétylglucosamine, adipate, malate et phénylacétate sont assimilés, mais pas arabinose, maltose, gluconate, caprate ni citrate. Sur API ZYM, phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine-, valine- et cystine arylamidases, trypsine, alpha-chymotrypsine, phosphatase acide, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase, alpha-galactosidase, alpha- et beta-glucosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase et alpha-mannosidase sont présentes, mais pas lipase (C14), beta-galactosidase, beta-glucuronidase et alpha-fucosidase. La quinone respiratoire majeure est MK-6. La phosphatidyléthanolamine est le seul lipide polaire détecté. Sensibles à (microg par disque) carbénicilline (100), chloramphénicol (100) et pénicilline G (10 U), mais résistants à ampicilline (10), gentamicine (10), kanamycine (30), néomycine (30), oléandomycine (15), polymyxine B (30), streptomycine (10) et tétracycline (30). Croissance optimale à 30°C (20-35°C), pH 7,0-8,0 (6,0-10,0) et 20-30 g/l NaCl (10-60 g/l). Na+ seul ne supporte pas la croissance; des sels de mer sont requis pour la croissance. ADN : 41,7 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une éponge marine en Corée, Spongiibacterium flavum.

Stanierella (Roger Y. Stanier, microbiologiste canadien)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 3-5 microns), isolés ou en paires, non mobiles, non sporulés. Gram négatif. Produisent des pigments non diffusibles. Pas de formation de flexirubines. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase, phosphatase alcaline et b-galactosidae positives, catalase négative. Pas de formation d’acide sur sucres. Hydrolysent caséine, ADN et Tweens 20, 40 et 80. Lipoquinone majoritaire MK-6. croissance entre 4 et 34°C et entre 10 et 50 g/l de NaCl. Sensibles à ampicilline, lincomycine, oleandomycine et streptomycine ; résistants à benzylpénicilline, carbénicilline, gentamicine, kanamycine, néomycine et polymyxine B. ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un aquarium marin de Californie, Stanierella(ex-Cytophaga) latercula.

Stenothermobacter  (G. stenos, étroit)

Bâtonnets (>2,5 microns de long), aux extrémités pointues, en chaîne de 4 cellules au plus, lentement mobiles par glissement, non sporulés. Gram négatif. Produisent des pigments orangés non diffusibles. Pas de formation de flexirubines. Colonie ronde, convexe, entière, lisse, orangée, de 2-4 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase positive et catalase très faiblement positive. Utilisent les sucres sans formation d’acide, les acides organiques et aminés. Hydrolysent gélatine, amidon et Tweens 20, 40 et 80. Produisent de l’acétoïne. Quinone respiratoire MK-6. Croissance entre 20 et 36°C (opt. 28-30°C), pH 6-10 et 20-60 g/l de NaCl. ADN : 41 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’éponge marine Lissodendoryx isodictyalis, Stenothermobacter spongiae.

Subsaxibacter (L. sub, sous ; L. saxum, pierre)

Coccobacilles (0,3-0,5 x 0,4-1 microns), mobiles par glissement, non sporulés. Gram négatif. Produisent des pigments orangés non diffusibles. Pas de formation de flexirubines. Colonie ronde, convexe, entière mais s’étalant sur gélose molle, butyreuse. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Catalase et phosphatase alcaline positives. Requièrent l’extrait de levure pour une bonne croissance.  Pas de formation d’acide sur sucres. Hydrolysent gélatine etTween 80. Psychrophiles. Croissance optimale entre 1 et 15°C (-2-<25°C) et 17-23 g/l de NaCl (6-75 g/l). ADN : 25 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un biofilm cyanobactérien d’une zone quartzique non glacée d’Antarctique, Subsaxibacter broadyi.

Subsaximicrobium (L. sub, sous ; L. saxum, pierre)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1-6 microns), mobiles par glissement sur milieu gélosé dilué, non sporulés. Gram négatif. Formation de cellules sphériques (diamètre 1-3 microns) dans cultures âgées. Produisent des pigments jaunes à orangés non diffusibles. Pas de formation de flexirubines. Colonie ronde, convexe, entière, butyreuse. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Phosphatase alcaline et a-glucosidase positives. Prototrophes.  Pas de formation d’acide sur sucres. Hydrolysent amidon, esculine, gélatine,Tween 80 et L-tyrosine. Psychrophiles. Croissance optimale entre 1 et 20°C (-2-<25°C) et 17-23 g/l de NaCl (15-115 g/l). ADN : 39-40 mol % G+C. Deux espèces isolées de biofilms cyanobactériens d’une zone quartzique non glacée d’Antarctique, dont Subsaximicrobium wynnwilliamsii.

Tamlana (Tamla, ancien nom de l'Ile Jeju, Corée)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 0,7-1,1 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, opaque, couleur safran. Pigments caroténoïdes non diffusibles. Pas de formation de flexirubines. Aérobies chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent de nombreux sucres, acides organiques et aminés. Ne forment pas d’acides sur les sucres. Décomposent l’ADN et l'esculine. Réduisent le nitrate en nitrite. Quinone majeure : MK-6. Croissance optimale à 25-30°C (20-37°C), pH 6,1-8,1 (6,1-10,1) et avec 10 à 30 g/l de sels de mer. ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un sédiment de plage en Corée, Tamlana crocina.

Tenacibaculum (L.tenax , tenir bon; L. baculum, bâtonnet)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,5-30 microns) mobiles par glissement. Gram négatif. Colonie jaune (zéaxanthine). Aérobies stricts, hétérotrophes. Catalase et oxydase positives. Exigent de l’eau de mer pour la croissance. Croissance à 28-35 °C (15-40 °C) et pH 5,3-9. Utilisent peptides et acides aminés seulement. ADN: 31-33 mol % G+C. Quatre espèces marines, dont Tenacibaculum maritimum.

Ulvibacter  (L. Ulva, nom générique de l’algue verte Ulva fenestrata)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 2,5-7,3 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, brillante, entière, visqueuse, jaune-orangé, de 2 à 4 mm de diamètre. Pigment jaune-orangé non diffusible. Formation de flexirubines. Aérobies chimio-organotrophes, oxydase, catalase et phosphatase alcaline positives. Ne forment pas d’acides sur les sucres. Décomposent la gélatine, les Tween 20 et 40 et l’ADN. Réduisent le nitrate. Quinone majeure : MK-6. Croissance optimale à 21-23°C (4-36°C) et avec 10 à 60 g/l NaCl. ADN : 37-38 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’algue verte Ulva fenestrata, Ulvibacter litoralis.

Vitellibacter (L. vitellus, jaune œuf)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 3-10 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Production de pigments jaune-orangé non diffusibles et des flexirubines. Colonie circulaire, luisante, convexe, entière, 2-4 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Pas de formation d’acide sur sucres. Hydrolysent gélatine, caséine, ADN, élastine, Tween 20 et 40. Quinone respiratoire majeure MK-6. Croissance entre 4 et 43°C (opt. 28°C) et avec 10 à 60 g/l de NaCl. ADN : 41 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’holothurie Apostichopus japonicus collectée dans la Mer du Japon en Russie, Vitellibacter vladivostokensis.

Wangia (nom illégitime)

Wautersiella (Georges Wauters, microbiologiste belge)

Bâtonnets (2-3 microns de long), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie de 2 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Phosphatase alcaline positive. Produisent de l’acide sur glucose et maltose. Hydrolysent gélatine, urée et faiblement caséine. Ne réduisent pas le nitrate mais réduction du nitrite variable. Produisent de l’indole. Existence de deux génomovars. Croissance à 20, 30 et 37°C. ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une blessure et du sang, Wautersiella falsenii.

Weeksella

Proches des genres Bergeyella, Empedobacter et Chryseobacterium. ADN: 35-38 mol % G+C. Une espèce, Weeksella virosa.

Winogradskyella (Sergey Winogradsky, microbiologiste russe)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 4-7,3 microns), mobiles par glissement, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, brillante, entière, jaune, visqueuse, de 2-4 mm de diamètre. Production de pigments jaunes non diffusibles. Pas de formation de flexirubines. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Produisent de l’acide sur quelques sucres. Hydrolysent gélatine, amidon et ADN. Ne réduisent pas le nitrate. Sensibles à carbénicilline, lincomycine et oléandomycine ; résistants à ampicilline, benzylpénicilline, gentamicine, kanamycine, néomycine, polymixine B, streptomycine et tétracycline. Croissance optimale à 21-25°C (4-37°C) et 10-80 g/l de NaCl. ADN : 35-36 mol % G+C. Quatre espèces isolées d’algues vertes et brunes marines, dont Winogradskyella thalassocola.

Yeosuana (Ville de Yeosu, Corée)

Bâtonnets (0,2-0,3 x 0,7-2 microns), Gram négatif, non mobiles, non sporulés. Colonie brun-jaunâtre.  Pigments caroténoïdes non diffusibles. Aérobies stricts chimio-organotrophes,  oxydase négative, catalase faible. Utilisent les sucres et les hydrocarbones aromatiques polycycliques. Quinones majeures MK-5 et MK-6. Croissance optimale à 33-36°C (23-39°C), pH 7 (5-8) et 10 g/l de NaCl (5-30 g/l). ADN: 51 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments d'estuaire en Corée,  Yeosuana aromativorans.

Zeaxanthinibacter (L. zeaxanthinum, zeaxanthine)

Bâtonnets (0,2-0,4 x 1,2-3,9 microns), Gram négatif, mobilité par glissement. Présence de vésicules dans certaines cellules. Colonie convexe, translucide, luisante, lisse, avec pigment caroténoïde jaune de zeaxanthine comme composé majeur. Pas de production de flexirubines. Bactéries marines chimio-hétéroorganotrophes, aérobies stricts hydrolysant esculine, gélatine, amidon et Tween 80. Produisent des acides sur sucres. Quinone majeure MK-6. Croissance optimale à 28-30°C (16-40°C), pH 7-8 (5,5-11) et 40 g/l de NaCl (>0-<80 g/l). ADN: 47 mol % G+C. Une seule espèce marine isolée au Japon, Zeaxanthinibacter enoshimensis.

Zhouia ( Pei-Jin Zhou, microbiologiste chinois)

Bâtonnets (0,25-0,3 x 1,3-3 microns), Gram négatif, non mobiles, non sporulés. Colonie circulaire, légèrement élevée, lisse, jaune à jaune pâle, de 2-3 mm de diamètre.  aérobies stricts chimio-hétéroorganotrophes,  hydrolysant l'amidon et la gélatine. Utilisent quelques sucres. Produisent de l’acide sur cellobiose. Croissance optimale à 30°C (7-42°C), pH 7,2-7,4 (6-8) et 45-50 g/l de NaCl (>80 g/l). ADN: 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée en Chine,  Zhouia amylolytica.

Zobellia

Bâtonnets (0,2 x 1,5-8 microns), Gram négatif, mobilité par glissement. Colonie jaune à orangé avec pigment de type flexirubine. Bactéries marines chimiohétéroorganotrophes, aérobies stricts hydrolysant les galactanes des algues rouges tels que l’agar et les carragénanes. Produit de l’acide sur sucres. ADN: 42-44 mol % G+C. Deux espèces, dont Zobellia galactanovorans.

Zunongwangia (Zu-Nong Wang, microbiologiste chinois)

Bâtonnets (0,3-0,6 x 1,5-3,3 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Production de pigments jaunes non diffusibles mais pas de flexirubines. Colonie circulaire, lisse, convexe, entière, jaune à orange, 1-3 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Formation d’acides sur sucres. Dénitrifiants. Hydrolysent gélatine, caséine et Tween 20, 40 et 80. Quinone respiratoire majeure MK-6. Croissance entre 4 et 38°C (opt. 25-30°C), pH 5-8,5 et avec 0 à 120 g/l de NaCl (opt. 30 g/l). ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un sédiment marin profond, Wangia profunda.

Famille II. Blattabacteriaceae

Blattabacterium

Bâtonnets épais, droits ou légèrement incurvés (1 x 1,6-9 microns), de taille variable. Les formes longues se rencontrent dans des cellules spécialisées du tissu gras abdominal, les mycétocytes, les formes courtes dans les gonades et les embryons des blattes. Les organismes sont enveloppés par la membrane des cellules hôtes. Paroi de type Gram négatif. Non mobiles. Possèdent les enzymes du cycle tricarboxylique et des cytochromes. Culture in vitro impossible. On pense que ces microorganismes procurent des facteurs nutritionnels à l'hôte. ADN 26-28 mol % de G+C. Une seule espèce, Blattabacterium cuenoti.
 

Famille III.Cryomorphaceae

Cryomorpha (G. kryos, froid ; G. morphe, forme)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés aux extrémités arrondies, ne formant pas de microcystes, de vésicules de gaz ou de cellules circulaires ou hélicoïdales. Non mobiles. Masse cellulaire fortement pigmentée en orangé. Colonie circulaire, lisse, convexe, à bord entier, orangée. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, exigeant des ions Na+, l’extrait de levure et des vitamines pour leur croissance. Catalase négative, oxydase positive. N’utilisent pas les sucres. Bactéries marines adaptées au froid avec une croissance optimale à 16-19°C (-2-25°C) et 6-60 g/l de NaCl. ADN : 36-37 mol % G+C. Une seule espèce isolée de glace marine,  Cryomorpha ignava.

Algoriphagus (L. algor, froid ; G. phagos, glouton)

Coccobaciles (0,3-0,4 x 0,3-0,9 microns) à filaments courts (0,4 x 10-20 microns), extrémités arrondies, ne formant pas de microcystes, de vésicules de gaz ou de cellules circulaires ou hélicoïdales. Non mobiles. Produisent des pigments rose et rouge non diffusibles. Colonie circulaire, lisse, convexe, à bord entier, rose saumon à rouge. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase négative, oxydase positive. Utilisent les sucres avec production d’acide. Hydrolysent la caséine. Bactéries marines adaptées au froid avec une croissance optimale à 16-19°C (-2-25°C) et 6-60 g/l de NaCl. ADN : 35-44 mol % G+C. Cinq espèces isolées de glace marine et de couches algaires de lacs salés, de sols et d'eaux douces dont Algoriphagus ratkowskyi.

Brumimicrobium (L. bruma, hiver)

Bâtonnets droits ou légèrement incurvés avec extrémités arrondies, ne formant pas de microcystes, de vésicules de gaz ou de cellules circulaires ou hélicoïdales. Mobiles par glissement. Masse cellulaire fortement pigmentée en orangé. Colonie circulaire, lisse, convexe, à bord entier, orangée. Anaérobies facultatifs chimio-hétérotrophes exigeant des ions Na+, l’extrait de levure et des vitamines pour leur croissance. Catalase positive, oxydase négative. Pas de production oxydative d’acide sur sucres. Utilisent uniquement le glucose en aérobiose en présence de vitamines. Hydrolysent le Tween 80. Bactéries marines adaptées au froid avec une croissance optimale à 16-19°C (-2-25°C) et 6-60 g/l de NaCl. ADN : 38-40 mol % G+C. Une seule espèce isolée de glace marine et de sédiments marins, Brumimicrobium glaciale.

Crocinitomix (L. crocinus, provenant du safran ; L. tomix, ficelle)

Bâtonnets ou filaments, ne formant pas de microcystes, de vésicules de gaz ou de cellules vibrioïdes, circulaires ou hélicoïdales. Mobiles par glissement. Masse cellulaire pigmentée en jaune. Colonie circulaire, lisse, convexe, à bord légèrement irrégulier, à consistance butyreuse, jaune safran. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes exigeant des ions Na+ et des composés organiques comme la peptone ou la tryptone pour leur croissance. Catalase positive, oxydase négative. N’utilisent pas les sucres. Hydrolysent le Tween 80. Production d’H2S sur L-cystéine. Bactéries marines adaptées au froid avec une croissance optimale à 25°C (0-30°C) et 6-60 g/l de NaCl. ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’environnements marins, Crocinitomix catalasitica.

Fluviicola (L. fluvius, rivière; L. -cola, habitant)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,5-5,7 microns) formant de rares filaments jusqu’à 51 microns de long, mobiles par glissement, Gram négatif. Colonie circulaire, plate, luisante, transparente, jaune- orangé, de 1-5 mm de diamètre. Produisent des pigments caroténoïdes jaune-orangé et des flexirubines. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase positive, oxydase négative. N’utilisent pas les sucres. Croissance sur agar nutritif. Hydrolysent l’ADN et faiblement la gélatine. Sensibles à ampicilline, pénicilline G, rifampicine et tetracycline; résistants à chloramphénicol, streptomycine et kanamycine. Croissance optimale à 20°C (4-25°C). ADN : 37 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’eau d’une rivière anglaise, Fluviicola taffensis.

Lishizhenia (Li Shizhen, 1518-1593, naturaliste chinois)

Bâtonnets courts et flexibles (0,3-0,5 x 0,5-3,8 microns) ; les cellules peuvent s’élargir et former des filaments durant la phase stationnaire. Mobiles par glissement mais non flagellés, non sporulés. Gram négatif. Colonie lisse, convexe, luisante, translucide, à bord entier, orange. Produisent des pigments caroténoïdes mais pas de flexirubine. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Exigent des sels de mer ainsi que de l’extrait de levure ou de la peptone. N’utilisent pas les sucres. Quinone respiratoire majeure MK-6. Sensibles à ampicilline (10 mg), chloramphénicol (30 mg), pénicilline G (2 U), rifampicine (10 mg), tetracycline (30 mg) et polymyxine B (300 U) ; résistants à kanamycine (10 mg), sulfate de gentamicine (10 mg) et spectinomycine (10 mg). Croissance optimale à 27-30°C (4-37°C), pH 7 (5-9) et 10-30 g/l de NaCl (10-75 g/l). ADN : 35-36 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la mer à Hong Kong, Lishizhenia caseinilytica.

Owenweeksia  (Owen B. Weeks, microbiologiste)

Bâtonnets courts (0,3-0,5 x 0,5-4 microns) formant des filaments en présence de 1 g/l deTween 20. Incubées au froid ou à température ambiante, les cellules peuvent s’élargir à une, aux deux extrémités ou entièrement. Mobiles par glissement mais non flagellés, non sporulés. Colonie lisse, convexe, luisante, translucide, à bord entier, orange. Produisent des pigments caroténoïdes mais pas de flexirubine. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Exigent des sels de mer ainsi que de l’extrait de levure ou de la peptone. Hydrolysent la gélatine. Quinone respiratoire majeure MK-6. Sensibles à ampicilline (10 mg), chloramphénicol (30 mg), érythromycine (10 mg), pénicilline G (2 U), rifampicine (10 mg), streptomycine (10 mg), tetracycline (30 mg) et polymyxine B (300 U) ; résistants à kanamycine (10 mg), sulfate de gentamicine (10 mg) et spectinomycine (10 mg). Croissance optimale à 25-33°C (4-37°C) et pH 6-8 (5,2-9). ADN : 39-40 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la mer à Hong Kong, Owenweeksia hongkongensis.

Sediminitomix (L. sediminis, sédiment; L. tomix, filament)

Longs bâtonnets (0,5-0,7 x 10-35 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie large, irrégulière et orangée (saproxanthine). Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase et catalase positives. Produisent de l'acide sur sucres. NaCl exigé pour la croissance. Décomposent amidon, gélatine, esculine, ADN, alginate et Tweens 20, 40 et 80 et faiblement l'agar. Nitrate réduit en nitrite. Quinone respiratoire majeure MK-7. Croissance à 15-40 °C (opt. 25-30°C) et 20-40 g/l NaCl. ADN: 38 mol % G+C. Une seule espèce marine isolée au Japon, Sediminitomix flava.

Wandonia (Wando, une île de Corée)

Bâtonnets (0,2-0,3 x 2-5 microns), mobiles par glissement, Gram négatif. Colonie circulaire, plate, transparente, de 1-3 mm de diamètre. Masse cellulaire pigmentée en jaune-orangé ; synthèse de flexirubines. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. N’utilisent pas les sucres. Nitrate non réduit. Hydrolysent caséine et gélatine. Croissance optimale à 30-37°C (25-42°C) et 10-60 g/l NaCl. ADN : 38 mol% G+C. Une seule espèce isolée de l’abalone Haliotis discus dans une aquaculture de Corée, Wandonia haliotis.

Famille IV. Schleiferiaceae

Schleiferia (Karl-Heinz Schleifer, microbiologiste allemand)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 0,5-1,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie irrégulière, orange. Aérobies stricts, oxydase positive et catalase négative. L’extrait de levure et la vitamine B12 sont indispensables pour la croissance. Nitrate réduit en azote (dénitrifiants). Gélatine, caséine, ADN et hippurate sont hydrolysés mais pas amidon, esculine, arbutine et xylane. Phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, phosphatase acide et naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase sont positives dans le système API ZYM; les autres activités sont négatives. Glucose, fructose, galactose, mannose, D-arabinose, saccharose, maltose, lactose, tréhalose, acétate, succinate, fumarate, aspartate, glutamate, proline, L-glutamine, L-arginine, L-ornithine et thréonine sont assimilés. Production d’acide sur API 50 CH avec D-arabinose, L-arabinose, D-ribose, D-xylose, L-xylose, D-galactose, D-glucose, D-fructose, D-mannose, L-sorbose, N-acétylglucosamine, maltose, amidon, turanose, D-lyxose, D-tagatose et 5-cétogluconate de potassium. La quinone respiratoire majeure est Q-6. Les lipides polaires sont composés d’un aminophospholipide, deux aminolipides et trois lipides inconnus. Légèrement thermophiles. Croissance optimale à 50°C (30-60°C), pH 7,5-8,5 (>6-<10) et sans NaCl (jusqu’à 30 g/l). ADN : 43 mol % G+C (HPLC). Une seule espèce isolée d’une source chaude aux Açores, Schleiferia thermophila.

 

 

 

 








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