Taxonomie des Procaryotes
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Acidobacteria: Phylum BXXI du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés du Phylum

Bâtonnets chimio-organotrophes aérobies ou anaérobies stricts, chimio-organotrophes, acidophiles et mésophiles.

2.Taxonomie


Phylum BXXI. Acidobacteria

Classe I. Acidobacteria

Ordre I. Acidobacteriales

Famille I. Acidobacteriaceae: Acidobacterium, Acidicapsa, Bryocella, Edaphobacter, Granulicella, Telmatobacter, Terriglobus

Acidobacteria non classées : Acidipila, Bryobacter, Thermotomaculum

Classe II. Holophagae

Ordre I. Holophagales

Famille I. Holophagaceae: Holophaga , Geothrix

Ordre II. Acanthopleuribacterales

Famille I. Acanthopleuribacteraceae: Acanthopleuribacter

 

3. Description des Genres

Classe I. Acidobacteria

Ordre I. Acidobacteriales

Famille I. Acidobacteriaceae

Acidobacterium

Bâtonnets (0,3-0,8 x 1,1-2,3 microns) péritriches, capsulés, Gram négatif. Colonie orangé. Aérobies. Catalase positive. Chimio-organotrophes utilisant les sucres. Saccharolytiques. Acidophiles et mésophiles. Croissance à pH 3-6 et 25-37 °C. ADN: 60-61 mol % G+C. Une espèce isolée d’un environnement minier acide, Acidobacterium capsulatum.

Acidicapsa

 

Edaphobacter (G. edaphos, sol)

Bâtonnets courts ovoïdes (0,5-0,9 x 1,0-2,1 microns) mobiles, non capsulés, non sporulés, Gram négatif.Colonie circulaire et beige. Aérobies. Catalase positive.Chimio-organotrophes utilisant glucose, lactose, glutamate et glutamine ainsi que d'autres sucres et alcools sucrés. Bonne croissance dans milieu avec 0,05 % peptones de caséine, 0,01 % glucose et 0,025 % extrait de levure. Acidophiles et mésophiles. Croissance optimale à pH 5,5 et 30°C. ADN: 56-57 mol % G+C. Deux espèces isolées de sols en Allemagne, dont Edaphobacter modestus.


Granulicella (L. granulum, un petit grain; L. cella, une cellule)

Bâtonnets isolés (0.4-1,0 x 1.5-15,0), en paires ou courtes chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Reproduction par fission binaire. Produisent des substances extracellulaires amorphes de type polysaccharide. Présence de formes globulaires dans cultures âgées. Colonie rose pâle à rouge. Pigments caroténoïdes. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Oxydase variable et catalase positive. Les sucres sont leurs substrats préférés. Capables d’hydrolyser plusieurs polysaccharides mais pas la cellulose ou la chitine. Acidophiles et mésophiles. Ne produisent pas H2S sur thiosulfate ou indole sur tryptophane. La ménaquinone prédominante est MK-8. NaCl inhibe la croissance à des concentrations supérieures à 35 g/l. ADN : 57-59 mol % G+C. Quatre espèces isolées de terrains inondés acides et de tourbières en Sibérie, dont l’espèce type Granulicella paludicora.

Telmatobacter (G. telma, telmatos, marais, tourbière ; L. bacter (du G. baktron), un court bâtonnet)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 2,0-10,0 microns, jusqu’à parfois 180 microns), isolés, mobiles par un seul flagelle subpolaire, non sporulés, Gram négatif. Reproduction par division cellulaire normale. Colonie blanche à beige. Meilleure croissance sur milieu liquide que sur milieu gélosé. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes, oxydase négative, catalase faiblement positive. Sucres et Pectine sont les substrats préférés. Capables de faire fermenter les sucres et plusieurs polysaccharides dont la cellulose crystalline. Utilisent (0.5 g/l) D-arabinose, cellobiose, D-fructose, D-galactose, D-glucose, lactose, D-lactulose, maltose, D-mannose, mélézitose, mélibiose, raffinose, L-rhamnose, saccharose, D-xylose, D-salicine, D-galacturonate, D-glucuronate, pyruvate, arbutine et inuline. Fermentent glucose, fructose, saccharose, cellobiose, maltose, mélibiose, cellulose, raffinose, xylose, galactose et galacturonate. Les produits de fermentation sont l’acétate et l’hydrogène, avec des traces de 2-méthylbutyrate et 3-méthylacétate. La production d’éthanol et de butanol est variable en fonction du substrat utilisé. Hydrolysent esculine, laminarine, pectine, amidon, xylane et cellulose mais pas alginate de sodium, carboxyméthyl-cellulose, chitine, chitosane, sulfate de chondroïtine, héparine, fucoïdane, lichenane ni pullulane. Ne produisent pas H2S sur thiosulfate ni indole sur tryptophane. Positifs pour phosphatase acide, estérase (C4), alpha-galactosidase, beta-galactosidase, beta-glucuronidase, beta-glucosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase, alpha-fucosidase, valine arylamidase et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase. Sources d’azote utilisées : ammonium, Casamino acides, peptone et extrait de levure mais pas nitrate, nitrite, L-glutamine, L-tyrosine, DL-valine, DL-tryptophane, L-méthionine, glycocolle, DL-thréonine, L-proline, L-arginine, L-asparagine ni L-cystéine. Les Lipides polaires sont la phosphatidyléthanolamine et plusieurs phospholipides et aminophospholipides inconnus. La quinone est la MK-8. Acidophiles et mésophiles. NaCl inhibe la croissance à des concentrations supérieures à 1 g/l. Sensibles au chlorure de sodium, au sulfate de sodium et au chlorure de potassium (mais pas au phosphate de potassium) à des concentrations supérieures à 0,6 g/l. Croissance optimale à 20-28°C (4-35°C) et pH 4,5-5,0 (3,0-7,5). ADN, 57,6 mol % G+C. Une seule espèce isolée de tourbières acides de Sibérie, Telmatobacter bradus.

Terriglobus (L. terra, Terre; L. globus, balle)

Bâtonnets courts et renflés (0,6 x 1,0 micron), non mobiles, Gram négatif. Produisent une matrice extracellulaire qui facilite la floculation cellulaire en milieu liquide incubé sous une atmosphère contenant 2 % ou 20% d’oxygène. Colonie rose due à la présence de caroténoïdes, de 1 mm de diamètre après 7 jours d’incubation, circulaire, convexe et entière. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase positive, oxydase négative. Utilisent D-glucose, D-fructose, D-galactose, D-mannose, D-xylose, D-arabinose, saccharose, D-maltose, D-raffinose, D-cellobiose, succinate, D-glucuronate et acide D-gluconique; n’utilisent pas D-mannitol, méthyle cellulose, carboxyméthyle cellulose, acétate, pyruvate, formate, maléate, un mélange d’acides organiques, D-galacturonate, constituents monomériques de la lignine ou acides humiques. Acidophiles modérés (pH range 5,0-7,0, optimum 5-6). Temps de division 10-15 h. ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol aux USA, Terriglobus roseus.

Acidobacteria non classées

Acidipila (L. acidum, un acide ; L. pila, une balle ou sphère)

Coques à coccobacilles (0,5–0,8 microns de diamètre ), non mobiles, capsulés, Gram négatif. Colonie circulaire, lisse, translucide, muqueuse, rose. Aérobies, chimio-organotrophes. Utilisent L-arabinose, D-xylose, D-fructose, D-glucose, D-galactose, D-mannose, glycérol, cellobiose, D-lactose, maltose, tréhalose, gluconate, myo-inositol, saccharose, L-glutamate, histidine, Casamino acides, extrait de levure et peptone. N’utilisent pas D-mannitol, D-sorbitol, méthanol, éthanol, acétate, propionate, butyrate, caprylate, lactate, succinate, fumarate, malate, tartrate, benzoate, aminobutyrate, malonate, oxalate, phydroxybenzoate, alanine, L-aspartate, leucine ni sérine. Ménaquinone-8 est la quinone majeure. Acidophiles, croissance optimale à 30°C (22–37°C) et pH 4,5 (3,0–6,0). ADN : 59,5 mol% G+C (HPLC). Une seule espèce isolée, Acidipila rosea.

Bryobacter (G. bryon, mousse)

Coccoïdes ou bâtonnets courts (0,5-0,8 x 0,8-1,3 microns) agrégés en amas irréguliers, non mobiles, encapsulés, Gram négatif. Colonie très petite, non pigmentée. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase positive, oxydase et uréase négatives. Utilisent préférentiellement des sucres variés. Capables d'hydrolyser plusieurs polysaccharides. A l'exception du glucuronate et du galacturonate, les acides organiques sont faiblement ou pas utilisés. Quinones majeures MK-9 et MK-10. Acidotolérants et mésophiles. Croissance optimale à 22-28°C (4-33°C), pH 5,5-6,5 (4,5-7,2) et moins de 15 g/l NaCl. ADN: 55-57 mol% G+C. Une seule espèce isolée d'une tourbière de Sibérie, Bryobacter aggregatus.

Bryocella (G. bryon, mousse; L. cella, une chambre, en biologie une cellule)

Bâtonnets (0,7-1,0 x 1,7-4,0), isolés, en paires ou en rosettes dans les cultures âgées, non mobiles, capsulés, Gram négatif. Reproduction par division cellulaire normale. Colonie rose pâle. Pigments caroténoïdes. Aérobies stricts chimio-organotrophes, oxydase négative et catalase positive. Sucres et hétéropolysaccharides sont les substrats préférés pour la croissance. Utilisent (0.5 g/l) glucose, cellobiose, fructose, galactose, lactose, leucrose, maltose, mannose, mélibiose, mélézitose, raffinose, rhamnose, saccharose, xylose, N-acétylglucosamine, fumarate, lactate et éthanol. HydroIysent pectine, lichenane, fucoïdane, sulfate de chondroïtine et gomme de gellane. Sur API ZYM, positifs pour beta-galactosidase, phosphatase acide, estérases (C4 et C8), leucyl- et valyl- arylamidases, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, alpha- et beta-glucosidases, N-acétyl-beta-glucosaminidase et beta-glucuronidase. Utilisent les sources d’azote suivantes : ammoniaque, nitrate, Bacto peptone, Bacto yeast extract, glutamine, thréonine et tyrosine. Des facteurs de croissance sont requis. Lipides polaires majeurs : phosphohexoses, phosphatidylglycérol et phosphatidyléthanolamine. La quinone est MK-8. Acidophiles et mésophiles. Croissance optimale à 20-24°C (6-32°C) et à pH 4,7-5,2 (3,2-6,6). NaCl inhibe la croissance à des concentrations supérieures à 30 g/l. ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une culture d’enrichissement méthanotrophe obtenue d’une tourbière à sphaignes en Russie, Bryocella elongata.

Thermotomaculum (G. therme, chaleur; L. tomaculum, une sorte de saucisse)

Bâtonnets (0,3-0,6 x 2,0-6,8 microns), non mobiles, Gram négatif. Anaérobies stricts hétérotrophes fermentaires. Fermentent extrait de levure et tryptone. Quinones majeures : ménaquinone-7 et -8. Lipides polaires majeurs : phosphatidyléthanolamine, aminophospholipides et phospholipides non identifiés. Thermophiles. Croissance optimale à 55°C (37-60°C), pH 6,6 (5,5-8,5) et 25 g/l NaCl (15-45 g/l). ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un champ hydrothermal marin profond, Thermotomaculum hydrothermale.

Classe II. Holophagae

Ordre I. Holophagales

Famille I. Holophagaceae

Holophaga (G. holos, entier; G. phagein, manger)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 1-3 microns) non mobiles, Gram négatif. Anaérobies stricts utilisant les substituants méthyls des composés aromatiques méthylés avec formation de sulfures méthylés si présence de sulfure dans le milieu. Homoacétogénèse simultanée ou alternative des substituants méthyls. Croissance optimale à 28-32 °C (10-35 °C) et pH 6,8-7,5 (5,5-8). ADN: 63 mol % G+C. Une espèce isolée de sédiments de mare, Holophaga foetida.

Geothrix

Bâtonnets (0,1 x 1-2 microns), isolés ou en chaînes, non mobiles, non sporulés. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes oxydant l’acétate ou d’autres acides organiques en utilisant le Fe(III) ou le fumarate comme accepteur d’électrons; peuvent également utiliser Mn(IV), nitrate, 2,6-anthraquinone disulfonate. Présence de cytochrome c. Fermentent le citrate (--> acétate et succinate) et le fumarate. Croissance optimale à 35 °C. Une espèce isolée d’un aquifère contaminé par du pétrole, Geothrix fermentans.

Ordre II. Acanthopleurobacterales

Famille I. Acanthopleuribacteraceae

Acanthopleuribacter ( L. Acanthopleura, nom d'un coquillage marin)

Bâtonnets (0,7-1,0 x 2,4-4,7 microns), mobiles par flagelles péritriches, Gram négatif. Colonie sur marine agar circulaire, lisse et jaune. Aérobies strictes. Catalase et oxydase positives. Nitrate et nitrite non réduits, acide non produit sur glucose et indole non produit sur tryptophane. Beta-Glucosidase et protéase présentes. Arginine dihydrolase et uréase non détectées. Pas de fermentation du glucose en anaérobiose. Utilisent alpha-D-glucose, L-alanine, hydroxy-L-proline, L-sérine, L-thréonine, inosine, uridine et thymidine. Activités dans API ZYM détectées pour phosphatase alcaline, leucine arylamidase, valine arylamidase, trypsine, phosphatase acide, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase et N-acétyl-beta-glucosaminidase. Tests pour esterase C4, ester lipase C8, cystine arylamidase et beta-glucosidase faiblement positifs. Activités de la lipase C4, chymotrypsine, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, beta-glucuronidase, alpha-glucosidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase non observées. Quinones isoprénoïdes majeures MK-6 et MK-7. Acides gras majeurs iso-C15 : 0, iso-C17 : 0, C16 : 0 et C20 : 5v3c (acide cis-5,8,11,14,17-eicosapentaenoïque). Croissance optimale à 30°C (15–30°C) et pH 7-8 (5–9). ADN : 57 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un spécimen de chiton Acanthopleura japonica, collecté d’une plage au Japon, Acanthopleuribacter pedis.

 








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