Taxonomie des Procaryotes
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Bifidobacteriales, Ordres II des Actinobacteridae, Sous Classe V des Actinobacteria,
Classe I du Phylum BXVI du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés du Phylum

2. Taxonomie des Bifidobacteriales

Phylum BXVI. Actinobacteria

Classe I. Actinobacteria

Sous-Classe IV. Actinobacteridae

Ordre I. Actinomycetales

Ordre II. Bifidobacteriales

Famille I. Bifidobacteriaceae: Bifidobacterium, Aeriscardovia, Alloscardovia, Gardnerella, Metascardovia, Parascardovia, Scardovia

Sous-Classe V. Nitriliruptoridae

Ordre I. Nitriliruptorales

Famille I. Nitriliruptoraceae : Nitriliruptor

Ordre II. Euzebyales

Famille I. Euzebyaceae : Euzebya

3.Description des genres de Bifidobacteriales

Ordre II. Bifidobacteriales

Famille I. Bifidobacteriaceae

Bifidobacterium

Bâtonnets de formes variées: cellules courtes, régulières, épaisses aux extrémités pointues; cellules coccoïdes; longues cellules légèrement incurvées avec des protubérances ou des branchements. Extrémités pointues, légèrement bifides, en forme de crosses ou de spatules. Cellules isolées ou en chaînes, en agrégats étoilés, en V ou en palissade. Les colonies sont lisses et blanches. Non mobiles. Anaérobies stricts, aérotolérants en présence de CO2, saccharoclastiques. Production principale d'acétate et de lactate dans un rapport 3:2, ainsi que de faibles quantités de formate, éthanol et succinate. Absence de formation de CO2, butyrate et propionate. La voie enzymatique de fermentation du glucose est celle du shunt du fructose-6-phosphate. Catalase négative. Utilisent l'ammonium comme source d'azote. ADN: 55-67 mol % G+C. Ces organismes sont isolés de l'intestin de l'homme, d'animaux variés et des abeilles. On les rencontre également dans les eaux usées et des échantillons cliniques de l'homme comme les caries. Le genre comporte trente-quatre espèces, dont l'espèce type Bifidobacterium bifidum.

Aeriscardovia  (L. aer, air; L. Scardovia, nom générique bactérien pour honorer Vittorio Scardovi, un microbiologiste italien)

Bâtonnets courts irréguliers (0,6-0,9 x 0,8-1,5 microns), non mobiles, isolés ou en paires, non sporulés, Gram positif. Cellules de 4-6 microns en aérobiose. Colonie gris-blanche, circulaire, plate à convexe, avec bords entiers et 3 mm de diamètre en anaérobiose et 1 mm en aérobiose. Croissance optimale atteinte en anaérobiose. Aérobies chimio-organotrophes. Catalase et oxydase négatives. Utilisent les sucres avec production d’acide. Croissance optimale à 37°C (>25-<48°C).  ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce isolée du caecum de porc, Aeriscardovia (ex Bifidobacterium) aeriphila.

Alloscardovia (G. allos, différent; L. Scardovia, nom de genre)

Bâtonnets courts irréguliers, isolés ou en paires. Gram négatif, non mobiles, non sporulés. Croissance optimale en anaérobiose en 24 h mais faible croissance possible en aérobiose en 72 h. Catalase et oxydase négatives. Métabolisme fermentaire sur les sucres. Hydrolysent l'esculine, hémolysent peu ou pas le sang humain. Croissance en 72 h à 28°C, en 24 h à 37-40°C et en 96 h à 45°C. Pas de croissance à 50°C. ADN: 47-48 mol % G+C. Une seule espèce, Alloscardovia omnicolens, isolée d'échantillons cliniques humains variés comme l'urine, le sang, la salive, le poumon ou la valve aortique. Aucune activité pathogène reconnue.

Gardnerella (H. Gardner, bactériologiste américain)

Bâtonnets pléomorphes (0,5 x 1,5-2,5 microns) ne formant pas de filaments. Gram négatif ou variable. Non mobiles. Exigences nutritionnelles très complexes. Catalase et oxydase absentes. Métabolisme fermentaire produisant des acides sans gaz sur les sucres. L'acétate est le produit final majeur. Hydrolysent l'hippurate, hémolysent le sang humain. Absence d'acides diaminopimélique et téichoïques dans la paroi. Certaines souches sont anaérobies strictes. ADN: 42-44 mol % G+C. Une seule espèce, Gardnerella vaginalis, est l'agent causal de la vaginite bactérienne non spécifique. On l'isole des tractus génito-urinaire humain.

Metascardovia (G. meta, près de; L. Scardovia, nom de genre bactérien microbiologiste Italien Vittorio Scardovi)

Bâtonnets courts et irréguliers, Gram positif. Colonie sur Brucella HK blood agar gris-brun, rugueuse, légèrement convexe. Les acides aminés de paroi sont Glu-Lys-Ser-(Ala). Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase négatives. Fermentent L-arabinose, ribose, D-xylose, galactose, glucose, fructose, mannose, amygdaline, arbutine, salicine, cellobiose, maltose, lactose, mélibiose, saccharose, tréhalose, mélézitose, raffinose, gentiobiose, D-turanose et 2-céto-gluconate. Métabolites de la fermentation du glucose : acétate et lactate (ratio 3:2). Ne fermentent pas glycérol, érythritol, D-arabinose, L-xylose, adonitol, alpha-méthyl-D-xylopyranoside, D-ribose, rhamnose, dulcitol, inositol, mannitol, sorbitol, alpha-méthyl-D-mannopyranoside, alpha-méthyl-D-glucopyranoside, N-acétyl-glucosamine, inuline, amidon, glycogène, xylitol, D-lyxose, D-tagatose, D-fucose, L-fucose, D-arabitol, L-arabitol, gluconate et 5-céto-gluconate. Positifs pour alpha-galactosidase, beta-galactosidase, alpha-glucosidase, beta-glucosidase, alpha-arabinosidase, arginine-, proline-, phénylalanine-, leucine-, tyrosine-, alanine-, glycocolle-, histidine-, sérine-arylamidases, estérase, estérase lipase, phosphatase acide et alpha-phosphoamidase. N’hydrolysent pas esculin et gélatine, ne
produisent pas l’indole, ne réduisent pas le nitrate. Croissance optimale à 37°C (25-45°C). ADN : 53 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la plaque dentaire du hamster doré, Metascardovia criceti.

Parascardovia

Petits bâtonnets de forme variable, non sporulés, non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts saccharoclastiques. Fermentent le glucose en L(+)-lactate et acétate (proportion moléculaire de 1/2). Fermentent le dextrane. ADN : 54-56 mol % G+C.  Une seule espèce isolée de caries humaines et reclassée du genre Bifidobacterium, Parascardovia denticolens.

Scardovia  (Vittorio Scardovi, microbiologiste italien)

Petits bâtonnets, ou cellules coccoïdes ou de forme variable, non sporulés, non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts saccharoclastiques. Fermentent le glucose en L(+)-lactate et acétate (proportion moléculaire de 1/2,9). Fermentent le dextrane. ADN : 44-46 mol % G+C.  Une seule espèce isolée de caries humaines et reclassée du genre Bifidobacterium, Scardovia inopinata.
 

Sous-classe V. Nitriliruptoridae

Ordre I. Nitriliruptorales

Famille I. Nitriliruptoraceae

Nitriliruptor (L. nitrilum, nitrile ; L. ruptor, casseur)

Bâtonnets (0,4 x 1,5-3 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Le peptidoglycane contient le meso-DAP. Colonie plate, s’étalant, incolore. Aérobies chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent les acides organiques à courte chaîne, les sucres et sucres-alcools, les amides et les nitriles aliphatiques en C3-C6 ainsi que des substrats organiques complexes. Alcalophiles et tolérant modérément le sel. Croissance optimale à 32°C, pH 9-9,5 (8,2-10,6) et 10-20 g/l NaCl (5-120 g/l). ADN : 71 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments d’un lac sodé de Russie, Nitriliruptor alkaliphilus.

Ordre II. Euzebyales

Famille I. Euzebyaceae

Euzebya (Paul Marie Euzeby, microbiologiste français).

Bâtonnets (0,6-0,8 x 1,5-6.0 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie pulvinate avec un bord entier, de couleur tangerine, opaque avec une texture dure. La paroi contient rhamnose et galactose ainsi que l’acide meso-diaminopimélique. Le peptidoglycane est de type Al-gamma, avec un acyl de type acétyl. Aérobies chimio organotrophes, oxydase et catalase positives. Pas de croissance en l’absence de chlorure de sodium. Hydrolysent gélatine et urée, produisent de l’acétoïne, assimilent L-arabinose et mélibiose. Négatifs pour B-galactosidase, arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase, tryptophane desaminase, utilisation du citrate, production d’H2S et indole, assimilation de amygdaline, D-glucose, inositol, D-mannose, rhamnose, saccharose et sorbitol, et réduction du nitrate en nitrite et du nitrite en N2. Ménaquinone MK-9(H4). Contiennent du phosphatidylglycérol comme lipide polaire. Croissance optimale à 20-28°C (>10-<40°C), pH 7-9 et 5-120 g/l NaCl (>0-<150 g/l). ADN : 68 mol% G+C. Une seule espèce isolée de l’épiderme ventral du concombre de mer Holothuria edulis au Japon, Euzebya tangerina.



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