Taxonomie des Procaryotes
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Introduction
Classification résumée
Classification générale
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Groupes trophiques spéciaux

Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
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Synonymes
         
Propionibacterinae et Pseudocardinae, Sous Ordres IX et X des Actinomycetales,
Ordre I des Actinobacteridae, Sous Classe V des Actinobacteria,
Classe I du Phylum BXVI du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés du Taxon

2. Taxonomie des Propionibacterinae et Pseudocardinae

Phylum BXVI. Actinobacteria

Classe I. Actinobacteria

Sous-Classe V. Actinobacteridae

Ordre I. Actinomycetales

Sous-Ordre IX. Propionibacterineae

Famille I. Propionibacteriaceae: Propionibacterium, Aestuariimicrobium,
Arachnia, Auraticoccus, Brooklawnia, Friedmanniella, Granulicoccus, Luteococcus, Microlunatus, Micropruina, Propionicicella, Propioniciclava, Propionicimonas, Propioniferax, Propionimicrobium, Tessaracoccus

Famille II. Nocardioidaceae: Nocardioides, Actinopolymorpha, Aeromicrobium, Flindersiella, Hongia, Kribbella, Marmoricola, Pimelobacter, Thermasporomyces

Sous-Ordre X. Pseudonocardineae

Famille I. Pseudonocardiaceae: Pseudonocardia, Actinoalloteichus, Actinokineospora, Actinomycetospora, Actinophytocola, Actinosynnema, Alloactinosynnema, Allokutzneria, Amycolata, Amycolatopsis, Crossiella, Faenia, Goodfellowiella, Goodfellowia, Haloechinothrix, Kibdelosporangium, Kutzneria, Labedaea, Lechevalieria, Lentzea, Prauserella, Pseudoamycolata, Saccharomonospora, Saccharopolyspora, Saccharothrix, Sciscionella, Streptoalloteichus, Thermocrispum, Umezawaea, Yuhushiella

Pseudonocardineae non classées: Actinobispora, Thermobispora

Sous-Ordre XI. Streptomycineae
Sous-Ordre XII. Streptosporangineae

Sous-Ordre XIII. Frankineae
Sous-Ordre XIV. Glycomycineae

Sous-Ordre XV. Catenulisporineae

Ordre II. Bifidobacteriales

 
3. Description des genres de Propionibacterinae et Pseudocardinae

Phylum BXVI. Actinobacteria

Classe I. Actinobacteria

Sous-Classe V. Actinobacteridae

Ordre I.Actinomycetales

Sous-Ordre IX.Propionibacterineae

Famille I. Propionibacteriaceae

Propionibacterium

Bâtonnets polymorphes (0,5-0,8 x 1-5 microns) souvent en crosses ou en massues, mais également cellules coccoïdes, bifides ou branchées, isolées, en paires ou courtes chaînes, avec formes en V ou Y, ou en amas ressemblant à des caractères chinois. Non mobiles. Anaérobies ou aérotolérants, catalase positive. Fermentent les sucres en propionate et acétate principalement. Colonie pigmentée (blanc, gris, rose, rouge, jaune, orangé). ADN: 53-67 mol % G+C. Le genre comprend dix espèces réparties en deux groupes d'organismes, isolés du lait et des fromages (ce sont eux qui sont responsables des trous du gruyère) qu'ils parfument (production de proline) et isolés de la peau humaine ou de l'intestin (groupe de l'acnée). Espèce type, Propionibacterium freudenreichii (E. von Freudenreich, bactériologiste suisse).

Aestuariimicrobium (L. aestuarium, estuaire)

Bâtonnets courts pléomorphes à coques (0,6-1,2 x 1,2-2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie circulaire, convexe, lisse, jaune, de 0,8-1 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase positive et oxydase négative. Oxydent les sucres avec production d'acides. Hydrolysent esculine, caséine et Tweens 20, 40, 60 et 80. Nitrate réduit en nitrite. La ménaquinone majeure est MK-9(H4). Le peptidoglycan contient du LL-DAP. Croissance optimale à 30°C (4-40°C) et pH 7,5-8,5. ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un sédiment marin contaminé par du pétrole en Corée, Aestuariimicrobium kwangyangense.

Arachnia = Propionibacterium

Auraticoccus (L. auratus, doré; L. coccus (du G. kokkos, un grain, une graine) une coque)

Cocci (0,8–1,2 micron de diamètre), isolés, en paires, triades ou petits amas, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie orange doré, circulaire, lisse, luisante, à bords réguliers. Le peptidoglycane contient du LLDAP. Les sucres de paroi sont le glucose, rhamnose, arabinose et xylose, ces trois derniers à l’état de traces. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Positifs pour l’hydrolyse de l’esculine et la gélatine, les activités phosphatase alcaline, leucine arylamidase, valine arylamidase, phosphatase acide, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, alpha-glucosidase, beta-glucosidase et N-acétyl-beta-glucosaminidase. Négatifs pour les activités alpha-naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, beta-glucuronidase et arginine dihydrolase et la production d’indole. Positifs pour l’utilisation des sources de carbone suivantes: amygdaline, arbutine, cellobiose, D-fructose, D-glucose, D-mannose, raffinose, galactose, inositol, lactose, maltose, mannitol, mélézitose, mélibiose, N-acétylglucosamine, saccharose, salicine, tréhalose, méthyl alpha-D-glucoside et méthyl alpha-D-mannoside; négatifs pour l’utilisation du 5-cétogluconate, 2-cétogluconate, adonitol, citrate, gluconate, glutarate, L-proline, propionate, quinate, L-tyrosine, valine et méthyl beta-xyloside. Acide produit sur glucose, saccharose et xylose. Les ménaquinones présentes sont MK-8(H2), MK-9(H2), MK-9(H4) et MK-9(H0). Le profil complexe des lipides polaires comprend le phosphatidylglycérol, le diphosphatidylglycérol et neufs lipides non identifiés: lipides L1 et L2, phospholipides PL1 et PL2, glycolipides GL1, GL2, GL3 et GL4 et un phosphoglycolipide PGL1. Croissance optimale à 28°C (15–30°C), pH 6,5–9,0 et avec 10–50 g/l NaCl. ADN : 73,5 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un monument en Espagne, Auraticoccus monumenti.

Brooklawnia  (Brooklawn, nom d’un lieu contaminé)

Bâtonnets pléomorphes, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Anaérobies facultatifs chimio-hétérotrophes, catalase positive et oxydase négative. Oxydent les sucres. Les métabolites de la fermentation du glucose sont le propionate et l’acétate. La ménaquinone majeure est MK-9(H4). Le peptidoglycan contient du meso-DAP. Croissance optimale à 37°C (10-40°C), pH 6,5 (4,5-8) et 30 g/l de NaCl. ADN : 68 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau souterraine contaminée par des solvants chlorés, Brooklawnia cerclae.

Friedmanniella (Friedmann, microbiologiste américain)

Cellules sphériques à ellipsoïdes (diamètre 0,5-2,2 microns), se présentant souvent en amas plus ou moins réguliers qui se développent dans trois plans perpendiculaires lors des divisions cellulaires. Ces amas forment des agrégats. Gram positif, non mobiles. Colonie orangé. Aérobies stricts, catalase positive, oxydase négative. Chimio-organotrophes utilisant un nombre restreint de substrats carbonés. Croissance optimale à 22 °C (9-25 °C) et pH 6-7,2. ADN: 73 mol % G+C. Quatre espèces, dont Friedmanniella antarctica isolée en Antarctique.

Granulicoccus (L. granulum, un petit grain)

Coques (diamètre 0,3-1,4 microns), isolées, en paires ou rarement en amas, non mobiles, Gram positif. Aérobies chimio-organotrophes. Catalase positive et oxydase négative. Assimilent un grand nombre de sucres, alcools, acides organiques et aminés. La paroi cellulaire contient du peptidoglycan de type A3g. Menaquinone majeure MK-9(H4). Lipides polaires majeurs diphosphatidyl-glycérol et phosphatidyl-glycérol. ADN: 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée de granules aérobies dégradant le phénol, Granulicoccus phenolivorans.

Luteococcus (L. luteus, jaune)

Cellules sphériques (diamètre 0,7-1 micron), isolées, en paires ou en tétrades. Gram positif. Colonie jaune. Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase positives. Production d’acides sur sucres. Glucose fermenté en propionate majoritairement. Croissance optimale à 26-28 °C. ADN: 67 mol % G+C. Deux espèces isolées du sol et de l’eau, dont Luteococcus japonicus.

Microlunatus (L. lunatus, demi-lune)

Coques (diamètre 0,8-2 microns), isolées, en paires ou rarement en amas, non mobiles, Gram positif. Aéeobies chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Réduisent le nitrate en nitrite. Temps de division, 13 h. La teneur en phosphore des cellules peut être extrêmement élevée (> 10 %). Assimilent les sucres. Croissance faible et optimale à 25 °C et pH 7. ADN: 68 mol % G+C. Une espèce isolée de boues activées, Microlunatus phosphovorus.

Micropruina

Coques (diamètre 0,5-2,2 microns), en paires ou amas, non mobiles, Gram positif. Chimio-organotrophes aérobies. Catalase et oxydase positives. Croissance entre 30-35 °C et pH 6-8 et jusqu’à 30 g/l de NaCl. Nitrate réduit en nitrite. Utilisent les sucres et acides organiques. ADN: 70 mol % G+C. Une seule espèce, Micropruina glycogenica, isolée d’un réacteur à boues activées pour la déphosphoration.

Propionicicella

Bâtonnets (0,5 x 1-2,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie blanche, circulaire, convexe, lisse, de 2-3 mm de diamètre. Peptidoglycan de type meso-DAP. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes, catalase et oxydase négatives. Utilisent sucres et acides organiques. Les métabolites de la fermentation du glucose comprennent le formate, l’acétate, le propionate et le succinate. La ménaquinone majeure est MK-9. Croissance optimale à 30°C (15-37°C), pH 6,5 (4,5-8,5) et jusqu’à 40 g/l de NaCl. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée aux USA, Propionicicella superfundia.

Propioniciclava (L. acidum propionicum, acide propionique; L. clava, club)

Bâtonnets irréguliers (0,5-0,8 x 0,6-1,8 microns, 3-6 microns en présence de cobalamine), isolés ou en courtes chaines, non mobiles, non sporulés, Gram positif. L’acide diaminé du peptidoglycane est le meso-DAP. La cobalamine (vitamine B12) est essentielle pour la croissance qui est toujours très faible. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes, catalase positive, oxydase négative. Réduisent le nitrate. Fermentent divers carbohydrates (fructose, galactose, glucose, cellobiose, lactose et salicine) et produisent acétate et propionate sur glucose. Hydrolysent l’esculine. Indole et H2S non produits. Sensibles à la bile. La quinone respiratoire majeure est la ménaquinone MK-9(H4). Croissance optimale à 35°C (20-37°C), pH 7,5 (5,3-8,0). L’addition de NaCl inhibe la croissance. ADN : 69-69,5 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un réacteur méthanogène traitant des résidus d’élevage au Japon, Propioniciclava tarda.

Propionicimonas (L. acidum propionicum, acide propionique ; G. monas, unité)

Bâtonnets irréguliers, souvent légèrement incurvés (0,4-0,5 x 1,8-2 microns), souvent en V irrégulier ou en croissant. Non mobiles, non sporulés. Gram positif. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes. Oxydase et catalase négatives. Glucose fermenté en acétate, propionate, lactate, succinate et CO2. Fermentation et production de propionate stimulées par l’addition de cyanocobalamine dans le milieu. Oxydent les sucres et quelques acides organiques. Quinones majeures : MK-9(H4) et MK-10(H4). Croissance optimale à 35°C, pH 6,5 et jusqu’à 20 g/l de NaCl. ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce, Propionicimonas paludicola, isolée d’un marais du Japon.

Propioniferax

Bâtonnets pléomorphes non mobiles, en amas ou en forme de V, Gram positif. Colonie blanche. Croissance optimale à 37 °C (10-40 °C). Anaérobies facultatifs mais croissance luxuriante en aérobiose. Catalase et oxydase positives. Glucose fermenté principalement en propionate. Réduisent le nitrate. ADN: 62 mol % G+C. Une espèce, Propioniferax innocua (ex-Propionibacterium innocuum) isolée de la surface de l’épiderme humain.

Propionimicrobium  (L. acidum propionicum, acide propionique ; G. micros, petit ; G. bios, vie)

Bâtonnets pléomorphes (0,5-0,8 x 1-2,5 microns), souvent diphthéroïdes ou en forme de club. Les cellules peuvent être coccoïdes, isolées, en paires ou courtes chaînes, en forme de V ou Y ou en amas. Non mobiles, non sporulés, Gram positif. Anaérobies stricts chimio-organotrophes. Les métabolites de la fermentation comprennent le propionate, l’acétate, le succinate, l’iso-valérate et plus faiblement le formate. La ménaquinone majeure est MK-9(H4). Le peptidoglycan contient de la lysine et de l’acide aspartique. ADN : 53-54 mol % G+C. Une seule espèce isolée, Propionimicrobium lymphophilum.

Tessaracoccus

Coques (diamètre 0,5-1,1 microns) en tétrades, non mobiles. Accumulent du polyphosphate. Gram positif. Anaérobies facultatifs. Catalase positive, oxydase négative. Réduisent le nitrate. Utilisent un grand nombre de sucres, acides organiques et aminés. Croissance entre 20 et 37 °C (opt. 25 °C) et pH 6-9 (opt. 7,5). ADN: 74 mol % G+C. Une espèce isolée de boues activées, Tessaracoccus bendigoensis.

Famille II.Nocardioidaceae

Nocardioides (G. idea, apparence)

Le mycélium primaire montre des branchements abondants à la surface et dans l'agar, qui se segmentent en fragments irréguliers ou en bâtonnets ou coccoïdes. Présence d'un mycélium aérien composé d'hyphes plus ou moins branchées qui peuvent se fragmenter en bâtonnets plus ou moins allongés qui peuvent redonner un nouveau mycélium. Non acidorésistants. Catalase positive. Organismes sensibles à des phages spécifiques. Paroi de type I. Absence d'acides mycoliques. Présence de phosphatidyl- et acylphosphatidylglycérol. Ménaquinones de type MK-8 (H4). ADN: 66-68 mol % G+C. Sept espèces non pathogènes, isolées du sol, dont Nocardioides albus.

Actinopolymorpha

Cellules irrégulières formant de courtes chaînes ou des agrégats dans les premiers stades de la croissance qui est lente. Les cellules présentent ensuite des degrés variés d’élongation et de renflement, formant des hyphes branchées. Mycélium aérien absent ou très rare. Croissance à la surface de l’agar avec rare pénétration. Coloration jaune à orangé. Gram positif et aérobies stricts. Utilisent les sucres avec production d’acide. ADN: 70 mol % G+C. Une seule espèce, Actinopolymorpha singaporensis.

Aeromicrobium

Bâtonnets ou coccoïdes irréguliers (0,5 x 0,5-1,2 microns), non mobiles, Gram positif. Colonie beige. Croissance optimale à 33-37 °C (21-40 °C). Aérobies stricts exigeant biotine, acide nicotinique et thiamine. Utilisent les sucres. Catalase positive. ADN: 71-73 mol % G+C. Deux espèces isolées du sol, dont Aeromicrobium erythreum.

Flindersiella (Flinders University, Australie)

Actinobactéries non-acide-alcool-fast, Gram positif. Colonie lisse à rugueuse, blanche sur ISP 4 et jaunâtre sur ISP 5, Bennett's agar et NA. Elle est jaune-grisâtre sur ISP3 et ISP7 et jaune pâle sur ISP2, vert olive sur HPDA et devient pourpre-bleuâtre après 30 jours. La souche type produit un pigment orange-grisâtre sur tyrosine agar. Le mycélium de substrat se développe bien sur la plupart des milieux, mais le mycélium aérien est rarement formé. Le mycélium de substrat est branché avec des épaisseurs irrégulières et se fragmente en courtes chaines ou agrégats. Les spores sont de fins bâtonnets sur des courtes chaines qui se développent sur le mycélium aérien. Des spores blanches sont produites sur ISP 3, ISP 4, ISP 7 et HPDA. Les hydrolysats de cellules entières contiennent A2pm dans la configuration LL de l’acide diaminopimélique. Les sucres cellulaires totaux sont le ribose, glucose et rhamnose. Aérobies, catalase positive. Diphosphatidylglycérol et phosphatidylglycérol sont présents. La ménaquinone majeure est la MK-10 (H6). Croissance optimale à 27-37°C (15 et 37°C), pH 6-10 (5-10) et en présence de moins de 30 g/l NaCl (jusqu’à 50 g/l). ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée sur une racine d’eucalyptus en Australie, Flindersiella endophytica.

Hongia (S-W Hong, microbiologiste coréen)

Mycélium aérien blanc, se fragmentant en bâtonnets. Le mycélium interne est crémeux et se fragmente en bâtonnets ou filaments. Aérobies Gram positif. Oxydase négative, catalase et uréase positives. Chimio-organotrophes non mobiles. Utilisent les sucres et acides organiques. Croissance entre 10 et 37 °C. ADN: 71 mol % G+C. Une seule espèce, Hongia koreensis, isolée d’une mine d’or en Corée

Kribbella

Le mycélium végétatif présente des hyphes qui sont excessivement branchées et pénètrent l’agar. Elles se fragmentent souvent en bâtonnets ou cellules coccoïdes. Le mycélium aérien est composé d’hyphes qui se fragmentent en bâtonnets plus ou moins longs. Colonie en forme de lichen. Gram variable. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Croissance à 20-37 °C et pH 5-9. ADN: 68-70 mol % G+C. Deux espèces isolées du sol, dont Kribbella flavida.

Marmoricola

Cellules sphériques (diamètre 0,5-0,7 micron), isolées, en paires, tétrades ou petits amas. Non mobiles. Gram positif. Colonie orangé. Aérobies, catalase positive et oxydase négative. Pas de production d’acide sur sucres. ADN: 72 mol % G+C. Une seule espèce, Marmoricola aurantiacus, isolée d’une statue de marbre d’un cimetière allemand.

Pimelobacter = Nocardioides

Thermasporomyces (G. therme, chaleur; G. prefix. a, non; G . spora, une spore; G. mukes, champignon)

Produisent un mycélium végétatif branché. Non sporulés, Gram positif. Bonne croissance sur milieu ISP 3. La paroi contient acide glutamique, glycocole, alanine et acide LL-diaminopimélique dans un rapport molaire de 1,0 : 3,9 : 0,6 : 0,5. Les sucres de paroi sont le rhamnose et l’arabinose. Aérobies hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Positifs pour la réduction du nitrate, l’hydrolyse de la gélatine, la coagulation et la peptonisation du lait. Caséine, carboxyméthylcellulose et xylane sont hydrolysés, mais pas l‘amidon, xanthine et L-tyrosine. Utilisent raffinose, sorbitol, lactose, cellobiose et D-arabinose, mais pas citrate ni succinate. Acide produit sur mannose et maltose, mais pas sur L-rhamnose, sorbitol, inositol ou D-galactose. Activités enzymatiques détectées sur API ZYM : phosphatase alcaline, C4 et C8 estérases, leucine arylamidase, alpha-chymotrypsine, naphthol phosphohydrolase, trypsine, alpha-galactosidase, alpha-glucosidase, lipase C14, valine arylamidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase et alpha-mannosidase. Activités non détectées : beta-galactosidase, beta-glucosidase, beta-glucuronidase et alpha-fucosidase. Les ménaquinones majeures sont MK-9(H4) (41,2 %), MK-10(H4) (27,7 %) et MK-11(H4) (30,8 %). Les lipides polaires sont des phosphoglycolipides positifs à la ninhydrine, le phosphatidylglycérol, le diphosphatidylglycérol et un glycolipide inconnu. Croissance optimale à 50–55°C (35 -62°C), pH 7,0 (5,7–10,0) et jusqu’à 50 g/l NaCl. ADN : 69 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un compost, Thermasporomyces composti.

    Sous-Ordre X. Pseudonocardineae

Famille I. Pseudonocardiaceae

Pseudonocardia

Les mycéliums de surface et aérien portent des chaînes de spores (Fig. 17). Les hyphes sont segmentées, souvent en forme de zig-zag, avec une tendance à former des renflements apicaux ou intercalaires. Les hyphes s'allongent ou bourgeonnent. Les fragments se comportent comme des spores ou bien sont divisés secondairement par un processus de sporulation. La paroi des hyphes comporte deux membranes, les spores sont jointives, sans espace de séparation. Les colonies sont pigmentées en jaune à ocre. Neuf espèces isolées du sol et du fumier, dont Pseudonocardia thermophila.

Actinoalloteichus

Mycélium Gram positif avec hyphes branchées de couleur bleue à grise, formant des chaînes droites de spores. Aérobies stricts croissant entre 20 et 37 °C sur milieu avec extrait de levure et extrait de malt, avec production d’un pigment noir soluble. Utilisent quelques sucres. Croissance à des températures supérieures à 15 °C et inférieures à 45 °C. ADN: 73 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sols cultivés, Actinoalloteichus cyanogriseus.

Actinokineospora

Hyphes branchées. Mycélium jaune non fragmenté. Gram positif. Spores ovales ou coccoïdes (1,3-2 micronsde diamètre), mobiles, formées en chaînes. Chaînes de spores et mycélium s’aggrègent parfois. Aérobies stricts. Croissance entre 11 et 36 °C (opt. 20-30 °C). Produisent H2S et réduisent le nitrate en nitrite. Utilisent des sucres. ADN: 69-70 mol % G+C. Cinq espèces isolées du sol et des litières dont Actinokineospora riparia.

Actinomycetospora

Actinomycète non mobile, non acide "fast", Gram positif. Le mycelium végétatif dans le substrat est jaune-orangé pâle à vif et se fragmente en bâtonnets. Pas de formation de pigment soluble. Pas de mycelium aérien. Forment des courtes chaînes de spores lisses en bâtonnets courts directement sur le mycélium végétatif. La paroi contient de l'acide meso-diaminopimélique. Paroi de type IV avec arabinose et galactose. Le lipide principal est la phosphatidylcholine avec phosphatidylinositol et phosphatidylglycérol. Ménaquinone majeure MK-9(H4). Utilisent plusieurs sucres et acides aminés comme sources de carbone sans production d'acide. ADN: 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol en Thailande, Actinomycetospora chiangmaiensis.

Actinophytocola (G. actis, actinos, un rayon; G. phuton, une plante; L. incola, un habitant)

Actinomycètes Gram positif, non-acid-fast, non mobiles. Mycélium de substrat jaune melon non fragmenté et sur certains milieux, production d’un mycélium aérien couleur pêche. Pas de production de pigment soluble. Production de spores cylindriques sur le mycélium aérien, mais pas de structures de sporange observées. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase négative. Utilisent citrate, D-fructose, D-glucose et L-rhamnose. Production d’acide sur L-arabinose, D-fructose et D-glucose. Bonne croissance sur oat-meal agar et oat-meal-nitrate agar. Dégradent l’amidon. Négatifs pour la réduction du nitrate et la production de pigments de mélanine et d’H2S. La paroi cellulaire contient l’acide meso-diaminopimélique, l’alanine, l’acide glutamique et l’acide muramique acétylé. Les sucres cellulaires totaux sont l’arabinose, le galactose, le mannose, le rhamnose et le ribose. Les acides mycoliques sont absents. La ménaquinone est la MK-9(H4). Les phospholipides polaires sont la phosphatidyléthanolamine,l’hydroxyphosphatidyléthanolamine. Croissance optimale entre 18-28°C (12-30°C), à pH 6-7 (5-10) et jusqu’à 20 g/l NaCl. Une seule espèce isolée des racines de riz thaï, Actinophytocola oryzae.

Actinosynnema (G. actinos, rayon; G. syn, ensemble; G. nema, ver)

Les fines hyphes (0,5 micron de diamètre) sont différentiées en (1) hyphes internes au substrat, longs filaments branchés qui pénètrent l’agar et forment des synnemata, des corps en forme de dômes ou bien des colonies plates à la surface de l’agar et (2) hyphes aériennes (0,5-1 micron de diamètre) qui proviennent des synnemata, des dômes ou des colonies. Les hyphes portent des chaînes de spores mobiles en milieu liquide. Gram positif. Paroi cellulaire de type III. Aérobies, catalase positive. Chimio-organotrophes mésophiles. Croissance à pH 7-7,5 et entre 10 et 38 °C. ADN: 72-74 mol % G+C. Deux espèces isolées de plantes, dont Actinosynnema mirum.

Alloactinosynnema (G. allos, autre; Actinosynnema, nom de genre)

Gram positif. Mycelium de substrat très branché, blanc à rose, pouvant se fragmenter en bâtonnets. Hyphes aériennes blanches qui se différencient en longues chaînes de spores à surface lisse. Ces chaînes de spores et les hyphes aériennes s'agrègent souvent en amas. Sur certains milieux, production de structures semblables à des sporanges. Des pigments jaune-clair diffusibles sont produits sur certains milieux. Contiennent de l'acide meso-diaminopimélique. Les sucres cellulaires totaux sont le galactose et le ribose. Chimio-organotrophes mésophiles aérobies. Les phospholipides sont le diphosphatidylglycérol, le phosphatidylglycérol et la phosphatidylcholine. La ménaquinone prédominante est la MK-9(H4). Résistent au lysozyme. Croissance optimale à 28-32°C (20-37°C), pH 7-7,5 (6,0-8,0) et entre 0-30 g/l NaCl. ADN: 68 mol % G+C. Une espèce isolée d'un sol de Chine, Alloactinosynnema album .

Allokutzneria (G. allos, autre; L. Kutzneria, nom de genre)

Forment des corps ressemblant à des sporanges et contenant des hyphes mais pas de spores. Produit également des chaînes aériennes de spores. Mycélium dans le substrat sujet à fragmentation variable. Paroi avec acide meso-diaminopimélique. L'hydrolysat total de cellule contient arabinose, galactose et mannose. Le type acyl de la paroi est l'acétyl. Les phospholipides principaux sont la phosphatidyléthanolamine,  la phosphatidylméthyléthanolamine, la phosphatidyléthanolamine avec deux acides gras-OH, la lyso-phosphatidylméthyléthanolamine, le diphosphatidylglycérol, le phosphatidylglycérol et la lyso-phosphatidyléthanolamine. Ménaquinone dominante MK-9(H4) avec traces de MK-9(H2), MK-9(H6) et MK-10(H4). Acides mycoliques absents. ADN: 72 mol % G+C. Une seule espèce reclassée du genre Kibdelosporangium, Allokutzneria albata.

Amycolata = Pseudonocardia

Amycolatopsis (G. opsis, apparence; qui ressemble au genre Amycolata)

Hyphes végétatives branchées (0,5-2 microns de diamètre) ayant tendance à se fractionner. Mycélium aérien pas toujours présent. Hyphes aériennes stériles ou se segmentant en chaînes de fragments ovales ou en forme de spores. Absence d’endospores, gaines, synnemata, sporanges ou sclérotes. Non mobiles. Gram positif. Aérobies, catalase positive, mésophiles. Paroi de type IV, composition en sucres de la paroi de type A, ménaquinone MK-9, phospholipides de type PII. ADN: 66-69 mol % G+C. Treize espèces isolées du sol, de matériel végétal ou de spécimens cliniques, dont Amycolatopsis orientalis.

Crossiella

Production d’un mycélium branché dans le substrat (diamètre 0,5 micron) et d’un mycélium aérien. Fragmentation du mycélium en bâtonnets non mobiles, Gram positif. Production de pseudosporanges en forme de sclérotes déformant l’extrémité des hyphes aériennes. Aérobies catalase positive. Hydrolysent caséine, esculine, gélatine, amidon, tyrosine et urée. Nitrate réduit en nitrite. Production d’acide sur sucres. Température de croissance 10-33 °C. ADN: 71 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol, Crossiella cryophila.

Faenia = Saccharopolyspora

Goodfellowiella (Michael Goodfellow, microbiologiste anglais)

Actinomycètes aérobies Gram positif, "non-acid fast", non mobiles. Hyphes végétatives  (0,5 micron de diamètre), branchées, pénétrant l’agar, jaune pâle à jaune brunâtre. Hyphes aériennes blanches produites sur certains milieux, devenant bleues selon le milieu. Production d'un pigment soluble violet pâle sur agar/amidon/sels minéraux et bleu-vert sur agar/extrait de levure/extrait de malt. Production de conidies ovoïdes par fragmentation du mycélium. Contiennent de l'acide meso-diaminopimélique; les sucres totaux sont le galactose et le ribose. Catalase positive. Hydrolysent caséine, esculine, gélatine, hypoxanthine, amidon, tyrosine et urée. Réduisent faiblement le nitrate. Assimilent quelques acides organiques. Production d'acide sur sucres.  Phospholipides: diphosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, phosphatidyléthanolamine avec acides gras hydroxylés et traces de phosphatidylinositol et phosphatidylinositol mannosides. Hydroquinones majeures: MK-9(H4) et MK-10(H4). Croissance optimale à 30°C (15-45°C) et moins de 40 g/l de NaCl. ADN: 68 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol en Russie, Goodfellowiella (ex Actinomadura) coeruleoviolacea.

Goodfellowia = Goodfellowiella

Haloechinothrix (G. hals, halos, sel; G. echinos, hérisson; G. thrix, cheveu)

Actinomycètes filamenteux Gram positif. Mycélium de substrat blanc-jaunâtre, fragmenté en bâtonnets ne formant pas de chaînes de spores à maturité. Mycélium aérien blanc et épineux. Pas de pigments diffusibles détectés. L’hydrolysat de cellule contient l’acide meso-diaminopimélique. Glucose, glucosamine, mannose et un sucre inconnu sont les sucres cellulaires totaux majeurs. Aérobies stricts. Utilisent D-mannose, rhamnose, tréhalose, érithritol, dulcitol, xylitol, amidon, citrate trisodique, L-lysine, alanine, L-arginine, L-asparagine, glycocolle, L-histidine, L-proline, L-sérine, L-thréonine, L-tyrosine et hypoxanthine comme seule source de carbone ou d’azote. N’utilisent pas D-arabinose, cellobiose, D-fructose, galactose, D-glucose, lactose, maltose, raffinose, D-ribose, saccharose, D-xylose, glycérol, inositol, mannitol, sorbitol, acétate, propionate, adénine, méthionine, L-phénylalanine ou xanthine. Sur API 50CH, ne produisent pas d’acides. Hydrolysent amidon et Tweens 20, 40, 60 et 80 mais pas esculine, caséine, cellulose, chitine et urée. Négatifs pour la liquéfaction de la gélatine, la réduction du nitrate, la peptonisation et la coagulation du lait et la production d’H2S et de la mélanine. Sur API ZYM, positifs pour esterase (C4), esterase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase. Les phospholipides sont le diphosphatidylglycérol, le phosphatidylglycérol, la phosphatidyléthanolamine, le phosphatidylinositol, les phosphatidylinositol mannosides et un phospholipide inconnu. La ménaquinone prédominante est la MK-8(H4). Halophiles modérés. Croissance optimale à 37°C (20-45°C), pH 7 (4-8) et 150 g/l NaCl (90-230 g/l). ADN : 68 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un lac salé de Chine, Haloechinothrix alba.

Kibdelosporangium (G. kibdelos, faux)

Hyphes végétatives filamenteuses (0,4-1 micron de diamètre), modérément branchées, pénétrant l’agar. Peuvent présenter des degrés variables de fragmentation et portent souvent des structures spécialisées dichotomiques et septées, divergeant d’un pédoncule commun. Les hyphes aériennes portent de longues chaînes de conidies et de sporanges. Ces structures sont entourées d’une paroi constituée d’hyphes amalgamées dans une matrice amorphe représentant les spores. Elles germent directement. Gram positif. Paroi cellulaire de type IV. Aérobies chimio-organotrophes mésophiles. ADN: 66 mol % G+C. Trois espèces isolées du sol, dont Kibdelosporangium aridum.

Kutzneria (H-J. Kutzner, microbiologiste allemand)

Mycélium aérien branché et cotoneux. Sporange globuleux (diamètre 10-48 microns) formant des sporangiophores de 50 microns de long par septation d’hyphes enroulées et non branchées. Spores sphériques à ovales, non mobiles. Gram positif. Aérobies chimio-organoptrophes. Mésophiles ou thermotolérants. ADN: 70-71 mol % G+C. Trois espèces isolées du sol, dont Kutzneria viridogrisea.

Labedaea

Lechevalieria (Lechevalier, microbiologiste américain)

Production d’un mycélium branché (diamètre 0,5 micron). Gram positif. Résistent au lysozyme. Catalase positive. Aérobies stricts. Deux espèces, dont Lechevalieria aerocolonigenes.

Lentzea (F. A. Lentze, microbiologiste allemand)

Le mycélium interne est branché (diamètre 0,5-0,7 micron) et jaune orangé. Mycélium aérien blanc se fragmentant en bâtonnets. Gram positif. Aérobies, catalase positive. Hydrolysent caséine, esculine, hypoxanthine, amidon et tyrosine. Croissance avec 40-50 g/l de NaCl. Assimilent les sucres et quelques acides organiques. Produisent de l’acide sur sucres. Croissance à 20-37 °C. ADN: 67 mol % G+C. Cinq espèces, dont Lentzea albidocapillata isolée d’une péritonite carcinomateuse.

Prauserella

Mycélium très branché (diamètre 0,6-0,8 micron), se fragmentant en bâtonnets irréguliers en 24-48 h sur milieu riche. Pas de formation d’hyphes aériennes. Colonie crémeuse à jaunâtre. Croissance entre 10 et 45 °C (opt. 34 °C) et pH optimal 6,8-7,2. Production d‘acide sur sucres. Utilisent un grand nombre de substrats carbonés. ADN: 67-69 mol % G+C. Une espèce, Prauserella rugosa.

Pseudoamycolata = Pseudonocardia

Saccharomonospora

Spores uniques sur le mycélium aérien, sessiles sur hyphes branchées ou issues de sporophores courts et latéraux. Colonie colorée en vert profond avec mycélium aérien bleu-vert ou gris-vert. Certaines souches produisent des antibiotiques comme la thermoviridine. Paroi de type IV. Cinq espèces dont l’espèce type thermophile, Saccharomonospora viridis, isolée des litières, composts et tourbes ainsi que des silos à grains et des meules de foin.

Saccharopolyspora (L. saccharum, canne à sucre)

Mycélium branché (0,4-0,6 micron de diamètre), septé, se fragmentant en bâtonnets (1 x 0,5 micron) dans les parties les plus âgées (Fig. 17). Mycélium aérien (0,5-0,7 micron de diamètre) droit ou spiralé, segmenté en chaînes de spores séparées par des espaces vides et retenues dans une gaine qui présente des touffes de poils. Les colonies sont fines, élevées ou convexes, mucoïdes ou gélatineuses avec mycélium aérien épars, souvent produit en touffes dans les parties âgées. Paroi de type IV, ménaquinones MK-9 (H4). Non acidorésistants. Aérobies. Utilisent de nombreux composés organiques. Dégradent l'adénine. Résistent à de nombreux antibiotiques mais sensibles au lysozyme. ADN: 77 mol % G+C. Une seule espèce, Saccharopolyspora hirsuta, isolée de bagasse de canne à sucre.

Saccharothrix (G. sacchar, sucre; G. thrix, cheveu)

Mycélium végétatif branché (0,5 micron de diamètre). Mycélium aérien parfois produit. Les hyphes végétatives et aériennes se fragmentent en éléments ovoïdes ou en bâtonnets non mobiles. Gram positif. Résistent au lysozyme. Aérobies, catalase positive. Chimio-organotrophes. Croissance optimale à 28-32 °C. ADN: 70-76 mol % G+C. Quinze espèces isolées du sol, dont Saccharothrix australiensis.

Sciscionella (SCISCIO, South China Sea Institute of Oceanology)

Mycelium de substrat fragmenté et mycélium aérien clairsemé, Gram positif. Paroi de type IV avec peptidoglycane avec acide meso-diaminopimélique. Sucres de la paroi: arabinose, galactose, glucose. Colonie blanc-jaunâtre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Catalase positive, oxydase négative. Utilisent les sucres. Hydrolysent gélatine et les Tweens. Quinone respiratoire majeure MK-9(H4). Lipides polaires majeurs : phosphatidylmethyléthanolamine, diphosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylcholine, phosphatidylinositol et un phospholipide inconnu. Croissance optimale à 28°C (10-37°C), pH 7 (6-8) et 30-50 g/l NaCl (0-130 g/l).ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment marin à 500 m de profondeur en Chine, Sciscionella marina.

Streptoalloteichus (G. streptos, courbé; G. allos, différent; G. teichos, paroi)

Hyphes tenues et branchées. Mycélium aérien portant des chaînes de 5 à 50 spores (0,5-1,2 microns de diamètre). Les hyphes végétatives portent des sporanges ovales à sphériques qui enveloppent une spore ou une seule rangée de 2 à 4 spores mobiles par un flagelle polaire. Aérobies chimio-organotrophes. Mésophiles ou thermotolérants. Croissance optimale à 45 °C (20-54 °C). Gram positif. Une espèce isolée du sol, Streptoalloteichus hindustanus.

Thermocrispum

Mycélium produisant des hyphes branchées filamenteuses. Le mycélium aérien est blanc et le mycélium interne est jaune. Les hyphes aériennes s’agglomèrent en pseudosporanges qui se fragmentent en bâtonnets. Aérobies Gram positif, catalase positive. Croissance optimale à 45-55 °C (20-62 °C) et pH 6-11. Réduisent le nitrate en nitrite en aérobiose. Utilisent quelques sucres et acides organiques. ADN: 69-73 mol % G+C. Deux espèces isolées du compost, dont Thermocrispum municipale.

Umezawaea (Hamao Umezawa, microbiologiste japonais)

Mycélium dans le substrat branché (0,3-0,5 micron de diamètre), mycélium aérien produit sur certains milieux. Conidies ovoïdes ou cylindriques (0,3-0,5 x 1,1-1,9 microns) produites par fragmentation du mycélium dans le substrat. Production de pseudosporanges sur certains milieux. Contiennent de l'acide meso-diaminopimélique comme acide diaminé. L'acide muramique du peptidoglycan de la paroi cellulaire est du type acétyl. Les sucres totaux sont le galactose, le mannose et le ribose avec une trace de rhamnose. Les phospholipides sont essentiellement la phosphatidyléthanolamine, le phosphatidylinositol, une phosphatidyléthanolamine avec des acides gras hydroxylés et une lysophosphatidyl- éthanolamine. La ménaquinone prédominante est la MK-9(H4) avec des traces de MK-10(H4). Les acides mycoliques sont absents. ADN: 74 mol % G+C. Une seule espèce reclassée du genre Saccharothrix, Umezawaea tangerina.

Yuhushiella (Professeur Yuhu Shi, microbiologiste chinois)

Actinomycètes Gram positif, non-acide-fast, non mobiles. Mycélium végétatif droit à flexueux, lisse et branché, jaune pâle. Les hyphes peuvent enfler et s’agréger mais leur fragmentation est rarement observée. Deux types de sporanges sont observés: des renflés (0,5–2 microns) sont formés à l’extrémité des branches du mycélium et des post-pseudosporanges (5–10 microns) sont formés à partir d’agrégation du mycélium. Les post-pseudosporanges, similaires aux pseudosporanges de Thermocrispum et Crossiella, ne sont pas entourés d’une paroi bien définie et contiennent des hyphes qui se fragmentent en structures semblables à des bâtonnets, mais ces hyphes ne sont pas totalement septées. Un pigment soluble brun est produit lors de la culture à 37–45°C. La paroi contient l’acide meso-diaminopimélique. Les hydrolysats de cellules contiennent ribose, arabinose, glucose et galactose (paroi de chimiotype IV). Aérobies. Caséine, amidon, L-tyrosine, acide urique et urée sont hydrolysés ou décomposés. Adénine, allantoine, xylane, hypoxanthine et xanthine ne sont pas hydrolysées ni décomposés. Phospholipides : diphosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylméthyléthanolamine, phosphatidylinositol mannosides, phospholipides inconnus et phospholipides contenant de la glucosamine. Acides mycoliques absents mais présence d’acide muramique de type N-acétylé. La ménaquinone prédominante est la MK-9(H4). Croissance optimale à 37–45°C, pH 9,0 and 35 g/l NaCl. ADN : 70 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un sol désertique de Chine, Yuhushiella deserti.

 

Pseudonocardineae non classées

Actinobispora

Hyphes végétatives jaunâtres et aériennes blanches, branchées mais non fragmentées. Gram positif. Spores non mobiles formées par paires longitudinales sur les hyphes végétatives et isolées ou par paires longitudinales sur les hyphes aériennes. Aérobies utilisant les sucres sans formation d’acide. Nitrate réduit. Croissance à 45 °C. ADN: 71 mol % G+C. Quatre espèces isolées du sol, dont Actinobispora yunnanensis.

Thermobispora

Mycélium jaune produisant des hyphes (diamètre 0,5-0,8 micron). Gram positif. Mycélium aérien blanc, branché, produisant des paires de spores longitudinales disposées alternativement sur des branchements de l’hyphe principale. Les spores sont lisses, sphériques et non mobiles (diamètre 1,2-3 microns). Pas de fragmentation du mycélium. Aérobies stricts thermophiles avec une croissance optimale à 50-65 °C. ADN: 70 mol % G+C. Une espèce, Thermobispora bispora.

 


   








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