Taxonomie des Procaryotes
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Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
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Synonymes
         
Actinomycinae et Micrococcinae, Sous Ordres I et VI des Actinomycetales,
Ordre I des Actinobacteridae, Sous Classe V des Actinobacteria,
Classe I du Phylum BXVI du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















2. Taxonomie des Actinomycinae et Micrococcinae

Phylum BXVI. Actinobacteria

Classe I. Actinobacteria

Sous-Classe IV. Actinobacteridae

Ordre I. Actinomycetales

Sous-Ordre I. Actinomycineae

Famille I. Actinomycetaceae: Actinomyces,
Actinobaculum, Arcanobacterium, Falcivibrio, Mobiluncus, Trueperella, Varibaculum

Sous-Ordre VI. Micrococcineae

Famille I. Micrococcaceae: Micrococcus, Acaricomes, Arthrobacter, Auritidibacter, Citricoccus, Kocuria, Nesterenkonia, Pelczaria, Renibacterium, Rothia, Sinomonas, Stomatococcus, Yania, Yaniella, Zhihengliuella

Famille II. Bogoriellaceae: Bogoriella, Georgenia

Famille III. Rarobacteraceae: Rarobacter

Famille IV. Sanguibacteraceae: Sanguibacter

Famille V. Brevibacteriaceae: Brevibacterium

Famille VI. Cellulomonadaceae: Cellulomonas, Actinotalea, Oerskovia, Paraoerskovia, Tropheryma

Famille VII. Dermabacteraceae: Dermabacter, Brachybacterium, Devriesea, Helcobacillus

Famille VIII. Dermatophilaceae: Dermatophilus, Austwickia, Kineosphaera, Mobilicoccus, Piscicoccus

Famille IX. Dermacoccaceae: Dermacoccus, Branchiibius, Calidifontibacter, Demetria, Kytococcus, Luteipulveratus, Yimella

Famille X. Intrasporangiaceae: Intrasporangium, Aquipuribacter, Arsenicicoccus, Fodinibacter, Humibacillus, Humihabitans, Janibacter, Knoellia, Kribbia, Lapillicoccus, Marihabitans, Nostocoida, Ornithinibacter, Ornithinicoccus, Ornithinomicrobium, Oryzihumus, Phycicoccus, Serinicoccus,Terrabacter, Terracoccus, Tetrasphaera

Famille XI. Jonesiaceae: Jonesia

Famille XII. Microbacteriaceae: Microbacterium, Agreia, Agrococcus, Agromyces, Amnibacterium, Aureobacterium, Chryseoglobus, Clavibacter, Cryobacterium, Curtobacterium, Frigoribacterium, Frondicola, Frondihabitans,Glaciibacter, Gulosibacter, Herbiconiux,  Humibacter, Klugiella, Labedella, Leifsonia, Leucobacter, Marisediminicola, Microcella, Microterricola, Mycetocola, Okibacterium, Phycicola, Plantibacter, Pseudoclavibacter, Rathayibacter, Rhodoglobus, Salinibacterium, Schumannella, Subtercola, Yonghaparkia, Zimmermannella

Famille XIII. Beutenbergiaceae: Beutenbergia, Miniimonas, Salana, Serinibacter

Famille XIV. Promicromonosporaceae: Promicromonospora, Cellulosimicrobium, Isoptericola, Myceligenerans, Xylanibacterium, Xylanimicrobium, Xylanimonas

Famille XV. Ruaniaceae : Ruania, Haloactinobacterium

Famille XVI. Demequinaceae : Demequina, Lysinimicrobium

Micrococcineae non classées : Koreibacter, Luteimicrobium

Sous-Ordre VII. Corynebacterineae
Sous-Ordre VIII. Micromonosporineae

Sous-Ordre IX. Propionibacterineae

Sous-Ordre X. Pseudonocardineae

Sous-Ordre XI. Streptomycineae

Sous-Ordre XII. Streptosporangineae

Sous-Ordre XIII. Frankineae
Sous-Ordre XIV. Glycomycineae

Sous-Ordre XV.
Catenulisporineae
:

Ordre II. Bifidobacteriales

 

3. Description des genres d'Actinomycinae et Micrococcinae

Phylum BXVI. Actinobacteria

Classe I. Actinobacteria

Sous-Classe IV. Actinobacteridae

Ordre I.Actinomycetales

Fonctions: fermentaires, pathogènes, producteurs d’antibiotiques, certains sont fixateurs d’azote et symbiotiques
Morphologie: bâtonnets filamenteux formant un pseudomycelium
Croissance: anaérobies facultatifs ou stricts, mésophiles ou thermophiles
Nutrition: chimio-organotrophes
Habitat: telluriques et pathogènes

 


Extrait du site:
http://www.bact.wisc.edu/Bact303/MajorGroupsOfProkaryotes


Fig. 17. Exemples de la diversité morphologique des actinomycètes polysporés.
Williams & Wellington (1981) in The Prokaryotes, vol. 2 ,
M.P. Starr et al. eds., Springer-Verlag pub., p. 2104.


Fig. 18. Représentation type de quelques genres de Micromonosporacées
croissant sur grains de pollen ou cheveu humain.
D'aprés Rogosa et al. in Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. 7e ed.,
R.E. Buchanan & N.E. Gibbons eds., Williams & Wilkins pub., 1974, p. 873

Sous-Ordre I. Actinomycineae

Famille I. Actinomycetaceae

Actinomyces

Bâtonnets droit ou légèrement incurvés (0,2-1 micron de diamètre), variant considérablement de forme et de taille, formant des filaments de 10 à 50 microns de long avec des vrais branchements. Des bâtonnets courts (1,5 à 5 microns de long) avec parfois des extrémités en crosse, isolés, en paires avec des formes en V,Y,T et palissades, en courtes chaînes ou en amas, sont fréquents. Des bâtonnets de 5 à 10 microns de long et branchés sont également communs. Des coccobacilles peuvent être occasionnellement trouvés. Les filaments qui peuvent prédominer chez certaines espèces, sont droits ou sinueux, montrant divers degrés de branchement et peuvent présenter des extrémités enflées ou en crosse. Organismes non mobiles. Coloration de Gram irrégulière.

Anaérobies facultatifs mais la plupart des espèces sont préférentiellement anaérobies. Le CO2 est indispensable pour une croissance optimale. Plusieurs espèces produisent des microcolonies filamenteuses caractéristiques composées de filaments branchés, septés ou non septés, avec ou sans fragmentation centrale. Les colonies (0,5 à 5 mm de diamètre) peuvent être rugueuses et crevassées ou lisses et muqueuses. La plupart sont blanches à grisâtres, deux espèces présentant des colonies roses ou rouges. Organismes chimio-organotrophes fermentant les sucres en acides sans gaz: formate, acétate, lactate, succinate mais jamais de propionate. Catalase négative ou positive, réduction des nitrates variable. Nécessitent de l'azote organique pour la croissance. Certaines espèces sont hémolysantes. Les acides aminés caractéristiques du peptidoglycane sont la lysine et tantôt l'acide aspartique, tantôt l'ornithine ou aucun des deux; absence de DAP et de glycocolle. Absence d'arabinose et de xylose parmi les sucres de la paroi. ADN: 57-69 mol % G+C. Le genre comporte trente espèces, dont l'espèce type est Actinomyces bovis. Les études sérologiques sont nombreuses et plusieurs sérovars ont été décrits. Ces organismes sont pathogènes pour l'homme et les animaux chez lesquels ils causent des actinomycoses, infections occulaires, intra-utérines, périodontales et des caries. Les actinomycoses sont des processus inflammatoires granulomateux qui entraînent des suppurations et des abcès. Leur étiologie est complexe et met en œuvre d'autres bactéries associées. Chez l'homme, elles affectent la face et le cou, l'aire cervicofaciale ainsi que le thorax et l'abdomen.


Actinomyces sp.

Actinobaculum

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,5 x 1-3 microns), isolés, en paires ou petits agrégats, non mobiles, pléomorphes, parfois branchés, Gram positif. Anaérobies stricts ou facultatifs, catalase négative. Production d’acide (acétate) variable sur glucose. Fermentent quelques sucres en acétate, éthanol et formate. Croissance entre 30-43 °C et pH 7-8. ADN: 55-57 mol % G+C. Deux espèces, dont Actinobaculum suis isolée de l’urine de l’homme et des porcs.

Arcanobacterium (L. arcanus, sécrétrice)

Les formes bacillaires fines, irrégulières prédominent pendant les 18 premières heures de la croissance sur agar au sang. Certaines cellules présentent des formes en V. Puis les organismes deviennent granuleux et segmentés et peuvent ressembler à de petites coques irrégulières. Non mobiles. Anaérobies facultatifs exigeant du CO2 pour une bonne croissance. Catalase absente. Production d'acide sur sucres. Présence de lysine ainsi que d'acide glutamique et d'alanine dans le peptidoglycane de la paroi. Présence de ménaquinones tétrahydrogénées et d'acides gras à longue chaîne droite saturée et monoinsaturée. ADN: 48-52 mol % G+C. Cinq espèces, dont Arcanobacterium haemolyticum pathogène de l'homme chez lequel elle peut causer des infections du pharynx et des lésions de la peau. Elle peut également engendrer des infections chez les animaux de ferme.

Falcivibrio (L. falx, faucille)

Bâtonnets incurvés (0,4-0,6 x 1-5 microns), à extrémités effilées, mobiles par un à quatre flagelles polaires ou latéraux dans la face concave de la cellule. Gram variable. Anaérobies stricts mais pouvant devenir aérotolérants après plusieurs passages et pouvant croître alors dans une atmosphère de 5 % d’oxygène. Oxydase et catalase négatives. Croissance lente sur agar nutritif, stimulée par sérum ou sang entier et par fumarate qui est réduit en succinate et peut être oxydé en milieu complexe en malate. ADN: 50-54 mol % G+C. Deux espèces isolées de prélèvements vaginaux ou cervicaux, dont Falcivibrio grandis. Rôle pathogène inconnu.

Mobiluncus

Bâtonnets incurvés (0,4 x 1,7-2,9 microns), isolés ou en paires, mobiles par plusieurs flagelles subpolaires, Gram positif. Anaérobies saccharolytiques produisant succinate et acétate et parfois lactate. Catalase et oxydase négatives. ADN: 49-52 mol % G+C. Deux espèces isolées du vagin de la femme et associées à des vaginites, dont Mobiluncus curtisii.

Trueperella (Hans Georg Trüper, microbiologiste allemand)

Coccobacilles et bâtonnets courts (0,2-0,9 x 0,3-2,5 microns), isolés, en paires, en palissades en V ou T, ou en amas, non mobiles, non sporulés, Gram positif ou variable. Colonie pinpoint, beta-hémolytique sur agar au sang de mouton, convexe, circulaire, translucide et entière, de 0,5-1,5 mm de diamètre après 2-3 j d’incubation. Le peptidoglycane est de type A5alpha, variations L-Lys-L-Ala-L-Lys-D-Glu ou L-Lys-L-Lys-D-Glu. Le résidu de l’acide muramique du peptidoglycane est N-acétylé. Les sucres cellulaires totaux caractéristiques sont le rhamnose et le glucose. Les acides mycoliques sont absents. Aérobies et anaérobies facultatifs, fermentaires stricts. Le lactate est le métabolite primaire produit sur glucose-extrait de levure avec acétate et succinate comme produits mineurs. Le phospholipide type est de type PI et comprend le DPG, PG, PI et un PGL de composition inconnue. La ménaquinone principale est la MK-10(H4). ADN : 56-66 mol % G+C. Cinq espèces décrites dont l’espèce type Trueperella pyogenes isolée du pus.

Varibaculum (L. varus, courbé)

Bâtonnets courts, droits ou incurvés, diphtéroïdes, non mobiles, "non-acid fast", non hémolytiques, Gram positif. Colonie convexe, entière, luisante, translucide et blanche à grise. Anaérobies stricts catalase négative. Acide produit sur sucres. Glucose fermenté en lactate et succinate. Hydrolysent l'hippurate. Nitrate réduit en nitrite. ADN: 52 mol % G+C. Une seule espèce isolée de prélèvements cliniques humains, Varibaculum cambriensis.

 

    Sous-Ordre VI. Micrococcineae

Famille I. Micrococcaceae

Micrococcus

Cellules sphériques de 0,5 à 2 microns de diamètre, groupées en paires, tétrades ou amas irréguliers. Habituellement non mobiles. Aérobies avec métabolisme respiratoire. Catalase et oxydase positives. Production d'acide sans gaz sur glucose. La plupart des espèces produisent des pigments caroténoïdes et croissent avec 50 g/l de NaCl. Les colonies sont jaunes, orangées, rouge orangé, roses ou rouges. Les microcoques exigent un ou plusieurs acides aminés et vitamines pour leur croissance. ADN: 69-76 mol % G+C. Le genre comporte trois espèces, dont l'espèce type Micrococcus luteus (L. luteus, jaune d'or). Leur habitat primaire naturel est la peau des mammifères; ils ne sont pas pathogènes mais peuvent se rencontrer dans certaines infections particulièrement chez les malades immunodéficients. Leur habitat secondaire est la viande et les produits laitiers, ainsi que le sol et l'eau.

Acaricomes  (L. acari, mites ; L. comes, compagnon)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 1-1,5 microns), non sporulés, Gram positif. Colonie circulaire, convexe, jaunâtre, 1-2 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase positive et oxydase négative. Utilisent dextrine, glucose, fructose, maltose, maltotriose, mannose, saccharose, turanose, acide glutamique et glucose-1-phosphate. Croissance optimale à 25°C (15-30°C) et pH 6-9,5. ADN : 58 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la mite Phytoseiulus persimilis, Acaricomes phytoseiuli.

Arthrobacter (G. arthrus, joint)

En milieu complexe, cet organisme présente un cycle de croissance avec alternance de coques et de bâtonnets. Les cultures stationnaires sont composées de larges cellules coccoïdes de 0,6 à 1 micron de diamètre. Lors de transferts sur milieu neuf, ces cellules enflent et produisent des excroissances caractéristiques en bâtonnets irréguliers avec des formes en V ou plus complexes. Des branchements primaires peuvent être formés mais sans production de vrai mycélium. Les cellules sont non mobiles ou occasionnellement mobiles. La lysine est l'acide aminé dominant du peptidoglycan. Aérobies stricts produisant peu ou pas d'acides sur sucre. Catalase présente. Hydrolysent la gélatine. Biotine exigée par la plupart des espèces. ADN: 59-70 mol % G+C. Le genre comporte trente espèces reconnues, dont l’espèce type Arthrobacter globiformis. Ces organismes se rencontrent principalement dans le sol où ils représentent une fraction importante de la microflore totale. Des espèces psychrophiles ont été isolées de sites glaciaires.

Auritidibacter (L. auris, l’oreille; L. suff. -itis, -itidis, utilisé pour inflammation; L. bacter, bâtonnet)

Coques de 0,3–1 micron de diamètre et bâtonnets (0,4–0,5 x 2,1–2,5 microns), mobiles, non sporulés, Gram positif, avec un cycle bâtonnet–coque. Colonie crème, lisse et entière. Croissance sur BHI agar, DST agar, Columbia agar + 5% sheep’s blood et TSA agar. Peptidoglycan de type L-Lys–Gly–L-Glu, variation A4a. Aucun sucre caractéristique de la paroi détecté dans l’hydrolysat cellulaire. Aérobies catalase positive. Nitrate non réduit. Production d’acétoine positive. Hydrolysent ADN et amidon en 3 jours. Tyrosine faiblement hydrolysée. Adénine, caséine, élastine, esculine, gélatine, guanine, hippurate, hypoxanthine, kératine, testostérone, xanthine et urée non hydrolysées. Acétate, adipate, adonitol, L-arabinose, alcool isoamylique, 2,3-butanediol, cellobiose, citrate, meso-erythritol, D-galactose, D-glucose, D-gluconate, m-hydroxybenzoate, p-hydroxybenzoate, myo-inositol, L-lactate, lactose, maltose, D-mannitol, mélezitose, 1,2-propanediol, raffinose, L-rhamnose, D-sorbitol, saccharose, tréhalose et D-xylose ne sont pas assimilés. Acétamide, L-alanine, gélatine, L-proline et L-sérine ne sont pas utilisés comme sources de carbone et d’azote. Activité positive pour la phosphatase alcaline, ester lipase C8, naphthol-AS-BI phosphohydrolase, alpha-glucosidase et pyrazinamidase. Pas d’activité pour la phosphatase acide, arginine dihydrolase, estérase C4, beta-glucosidase, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, beta-glucuronidase, N-acetyl-beta-glucosaminidase, lipase C14, alpha-mannosidase, alpha-fucosidase, alpha-chymotrypsine, trypsine, cystine arylamidase, leucine arylamidase, pyrrolidonyl arylamidase et valine arylamidase. Les acides gras cellulaires à longue chaine majeurs sont un mélange d’acides saturés à chaine droite, iso- et anteiso-methyl-branchés. La ménaquinone respiratoire prédominante est la MK-10. Les lipides polaires sont le diphosphatidylglycérol, le phosphatidylglycérol, le phosphatidylinositol et un phospholipide inconnu. Croissance optimale à 10–37°C, pH 9,0 (7,4–9,0). Tolèrent 0–120 g/l NaCl. ADN : 60 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’une otite d’un homme de 28 ans, Auritidibacter ignavus.

Citricoccus  (L. citrus, citron ; L. coccus, sphère)

Coques d’environ 1 micron de diamètre, non mobiles, non sporulées, isolées, en courtes chaînes ou en amas. Gram positif. Colonie de 3 mm de diamètre, jaune, ronde, convexe et opaque. Aérobies, oxydase négative, catalase positive. Oxydent les sucres et les acides organiques sans production d’acide. Hydrolysent les Tween 20 et 80 et l’urée. Quinone prédominante, MK-9(H2), polyamine majeure, spermidine. Croissance optimale à 28°C (4-<37°C), pH 6-10 et 70 g/l NaCl (0-100 g/l). ADN : 68 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une peinture murale médiévale d’une église d’Autriche, Citricoccus muralis.

Kocuria (Miroslav Kocur, microbiologiste slovaque)

Cellules coccoïdes à sphériques (diamètre 1-1,5 microns), isolées, en paires ou en tétrade. Colonie rose ou rouge. Halophiles modérés croissant avec NaCl jusqu’à 75 g/l. Aérobies, oxydase négative. Réduisent le nitrate en nitrite. Production d’acides sur quelques sucres. Croissance à 25-37 °C. Saprophytes isolés du sol et des eaux. ADN: 66-75 mol % G+C. Cinq espèces, dont Kocuria rosea.

Nesterenkonia (Olga Nesterenko, microbiologiste ukrainienne)

Cellules coccoïdes à sphériques (0,8-1,5 microns de diamètre), isolées, en paires, en tétrade ou amas irréguliers. Halophiles modérés croissant avec NaCl 60-120 g/l (max. 240 g/l). Aérobies, oxydase positive. Production d’acides sur sucres. Croissance à 20-40 °C et pH 7. Thiamine requise pour la croissance. ADN: 70-72 mol % G+C. Neuf espèces, dont Nesterenkonia halobia.

Pelczaria (M.J. Pelczar, microbiologiste américain) : genre rejeté

Coques (0,6-0,8 micron de diamètre), isolées, en paires ou en tétrades. Gram positif. Colonie rouge-orangé (rhodopine). Aérobies Chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Tolèrent la microaérophilie. Ne produisent pas d’acide sur sucres. Réduisent le nitrate en nitrite. Croissance optimale entre 22 et 30 °C. ADN : 59-60 mol % G+C. Une espèce isolée d’un aquarium, Pelczaria aurantia.

Renibacterium

Bâtonnets courts (0,3-1 x 1-1,5 microns), en paires et courtes chaînes. Non mobiles. Aérobies à croissance lente. Température optimale basse (15-18 °C). La croissance exige de la cystéine. Pas de production d'acide sur sucre. Catalase présente. L'acide aminé du peptidoglycane est la lysine. ADN: 53 mol % G+C. Une seule espèce, Renibacterium salmominarum, pathogène obligée des saumons, génère une infection chronique entraînant l'apparition d'abcès nécrotiques dans le rein principalement, d'où le nom du genre.

Rothia (G.D. Roth, médecin)

Cellules coccoïdes ou filamenteuses de 1 micron de diamètre avec formes irrégulières en crosse ou globuleuses (5 microns), non mobiles. Colonie blanche, lisse ou rugueuse. Catalase positive. Fermentent les sucres principalement en acide lactique. Ne produisent pas de propionate. Peptidoglycane à alanine, acide glutamique et lysine. Polysaccharides de paroi avec galactose, glucose et fructose. ADN: 47-53 mol % G+C. Trois espèces, dont Rothia dentocariosa est un pathogène opportuniste, isolé d'infections abdominales et endocardites. C'est un habitant normal de la cavité orale de l'homme, présent dans la salive.

Sinomonas (L. Sina, Chine)

Bâtonnets courbes (0,5-0,9 x 1,7-4,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif à variable. Existence d’un cycle coque-bâtonnet. Le peptidoglycane est de type A3alpha. Colonie circulaire, convexe, jaune pâle. Aérobies chimio-organotrophes. Catalase faiblement positive et oxydase négative. Utilisent de nombreux sucres. Nitrate réduit en nitrite. Quinones respiratoires majeures MK-9(H2) et MK-8(H2)(rapport 7 :1). Lipides polaires: diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, phosphatidylinositol et une faible quantité de phosphatidylmonomethyléthanolamine. Croissance optimale à 30-37°C (15-42°C), pH 6-8 (5-9) et 0-30 g/l NaCl (<40 g/l). ADN : 71 mol % G+C. Deux espèces dont Sinomonas flava isolée d’un sol de forêt en Chine.

Stomatococcus (G. stoma, bouche) = Rothia

Cellules sphériques de 0,9 à 1,3 microns de diamètre, en paires, tétrades mais le plus souvent en amas. Non mobiles et capsulées. Anaérobies facultatifs, catalase faiblement positive ou négative. Métabolisme fermentaire facultatif. Production d'acide sans gaz sur glucose. Colonie mucoïde, transparente ou blanchâtre, adhérant à l'agar. ADN: 56-60 mol % de G+C. Une seule espèce, Stomatococcus mucilaginosus reclassée dans le genre Rothia. C'est un habitant probablement normal de la bouche et de la partie supérieure du tractus respiratoire de l'homme.

Yania (Sun-Chu Yan, microbiologiste chinois) nom illégitime = Yaniella

Yaniella = Yania

Cellules coccoïdes à ovales (0,4-0,7 micronsde diamètre), isolées ou en amas, non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie jaune, circulaire, opaque, de 2 mm de diamètre. Aérobies, catalase positive, oxydase négative. Utilisent les sucres avec production d’acide sur certains seulement. Uréase positive. Ménaquinones majeures : MK-8, MK-7 et MK-9. Phospholipides : diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, un phospholipide inconnu, un glycolipide inconnu et trace de phosphatidylinositol. Croissance optimale à 28-30°C (10-40°C), pH 7-8 et 0-250 g/l de NaCl. ADN : 53-54 mol % G+C. Deux espèces, dont Yania halotolerans isolée d’un sol salé de Chine.

Zhihengliuella (Zhi-Heng Liu, microbiologiste chinois)

Bâtonnets courts (0,6-1 x 1,5-2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie jaune pâle, circulaire, opaque, de 1 mm  de diamètre. Peptidoglycan de type A4a. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase positive, oxydase négative, produisant de l’acide sur quelques sucres. Hydrolysent amidon et Tweens 20 et 80. Ménaquinones prédominantes: MK-9 et MK-10. Croissance optimale à 28-30°C, pH 8-9 et 100 g/l NaCl. ADN: 66 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un sol salin en Chine, Zhihengliuella halotolerans.

Famille II. Bogoriellaceae

Bogoriella (Lac Bogoria, Kenya)

Bâtonnets irréguliers ou cellules coccoïdes (0,5-0,8 x 1-2,5 microns), isolés, en paires ou petits amas irréguliers, non mobiles, Gram positif. Présence de quelques filaments de 10 mm de long. Colonie jaune. Aérobies ou microaérophiles. Catalase positive et oxydase négative. Alcaliphiles croissant à pH 9-10 et 28-37 °C. Halotolérant. Production d’acides sur sucres. ADN: 70 mol % G+C. Une espèce, Bogoriella caseilytica.

Georgenia (village de St Georgen en Styrie, Autriche)

Cellules exhibant un cycle bâtonnets-coques, isolées ou en petits amas. Les coques ont 1 micron de diamètre et les bâtonnets 1 x 2 microns. Mobiles à non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie de 2 mm, jaune, transparente, circulaire et convexe. Aérobies et anaérobies facultatives, oxydase et catalase positives. Assimilent certains sucres. Hydrolysent l’esculine, la cellulose azur et l’amidon. Réduisent le nitrate en nitrite. Croissance optimale entre 28 et 37°C, pH 6-9 et 50 g/l NaCl. Menaquinone type MK-8, lipides polaires : diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, phosphatidylinositol mannoside, deux phospholipides non identifiés et un glycolipide inconnu. Polyamines majeures spermidine et spermine. ADN : 70-73 mol % G+C. Deux espèces dont Georgenia muralisisolée d’une peinture murale médiévale d’une église en Autriche, .

Famille III. Rarobacteraceae

Rarobacter

Bâtonnets irréguliers (0,2-0,3 x 0,8-1 microns), mobiles par flagelles multiples, Gram positif. Colonie jaune pâle. Anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes, produisant de l’acide sur quelques sucres. N’utilisent pas les acides organiques. Croissance optimale à 30 °C et pH 6-8. Oxydase et catalase positives. Requièrent des hémoprotéines avec biotine et thiamine en aérobiose et CO2 en anaérobiose. ADN: 66 mol % G+C. Deux espèces, dont Rarobacter faecitabidus.

Famille IV. Sanguibacteraceae

Sanguibacter

Bâtonnets courts irréguliers (0,5 micron de diamètre), mobiles, Gram positif. Colonie jaune pâle. Anaérobies facultatifs, catalase positive, oxydase négative. Production d’acide sur sucres. Croissance optimale à 25-30 °C. ADN: 69-70 mol % G+C. Trois espèces isolées du sang de bovins, dont Sanguibacter keddieii.

Famille V. Brevibacteriaceae

Brevibacterium

En milieu complexe, existence d'un cycle coques-bâtonnets. Dans les cultures âgées (3 à 7 j), cellules coccoïdes de 0,6 à 1 micron de diamètre. Dans les cultures jeunes, bâtonnets minces et irréguliers souvent en forme de V. Absence de vrai mycélium. Organismes non mobiles, aérobies stricts. Production d'acide sur sucres faible ou absente. Catalase positive. Protéolytiques. L'acide aminé du peptidoglycane est l'acide meso-diaminopimélique (DAP). La paroi ne contient pas d'arabinose. Certaines espèces produisent des pigments caroténoïdes jaune à rouge orangé. Brevibacterium iodinumproduit des cristaux extracellulaires bleus à pourpres d'iodinine, un dérivé de la phénazine. La présence d'acides teichoïques dans les parois distingue les brevibactéries des autres corynéformes. ADN: 60-67 mol % G+C. Le genre comporte douze espèces reconnues, dont l'espèce type B. linens (L. linens, salissant). Ces organismes se rencontrent dans les produits laitiers et spécialement les fromages dont ils colorent la surface et produisent certains aromes (méthanethiol et autres composés soufrés). Certaines espèces seraient des habitants de la peau de l'homme et provoqueraient des odeurs indisposantes. Enfin, certaines souches pourraient contaminer les poissons et d'autres aliments.

Famille VI. Cellulomonadaceae

Cellulomonas

Bâtonnets minces et irréguliers (0,5-0,6 x 2-4 microns), droits, angulaires ou légèrement incurvés avec formes en V. Branchements primaires mais absence de mycélium vrai. Bâtonnets courts dans les cultures âgées. Cellules mobiles par un flagelle polaire ou subpolaire ou bien quelques flagelles latéraux ou non mobiles. Peptidoglycane à ornithine; polysaccharide de paroi sans galactose comme sucre principal. Présence de quinones tétrahydrogénées (MK-9). Anaérobies facultatifs. Colonie jaune. Production d'acide sur glucose en aérobiose et en anaérobiose. Catalase positive. Organismes cellulolytiques, amylolytiques et protéolytiques. Réduction du nitrate en nitrite. Exigent biotine et thiamine. ADN: 71-76 mol % G+C. Quatorze espèces isolées du sol, du fumier et lisiers, dont l’espèce type, Cellulomonas flavigena (L. flavus, jaune; L. gigno, produire). Plusieurs espèces ont été étudiées de façon intensive pour les enzymes de la cellulolyse et pour la production de protéine à partir de cellulose.

Actinotalea (G. actinis, rayon; L. talea, bâtonnet fin)

Bâtonnets corynéformes exhibant un fort polymorphisme. Non mobiles, Gram positif. Peptidoglycan avec L-ornithine et D-aspartate. Sucres de paroi: glucose, rhamnose et ribose. Ménaquinone majeure MK-10(H4). Anaérobies facultatifs. ADN : 76 mol % G+C. Une seule espèce reclassée du genre Cellulomonas, Actinotalea fermentans.

Oerskovia (J. ørskov, microbiologiste danois) = Cellulomonas

Hyphes végétatives extrêmement branchées, de 0,5 micron de diamètre, à la surface et dans l'agar, se fragmentant en bâtonnets mobiles. Pas de mycélium aérien. Les bâtonnets sont monotriches quand ils sont petits et péritriches après allongement. Non acidorésistants. Paroi de type IV, phospholipides de type PV. Ménaquinones de type MK-9 (H4). Anaérobies facultatifs. Catalase positive en aérobiose. Métabolisme du glucose oxydatif et fermentatif. ADN: 70-75 mol % G+C. Deux espèces dont Oerskovia turbata (L. turbata, agité), reclassées dans le genre Cellulomonas. On trouve ces organismes dans le sol, les plantes en décomposition, les eaux usées de brasserie et certains échantillons cliniques dont le sang.

Paraoerskovia (G. para, suite à ; L. Oerskovia, nom de genre)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 1,0-1,6 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Pas de production d’un mycélium aérien. Paroi de type A4alpha avec résidus d’acide muramique acétylé. Sucres cellulaires mannose et galactose. Présence de pigments caroténoïdes. Colonie crémeuse, jaune, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies anaérobies facultatifs chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent quelques sucres avec production d’acide sur certains. Nitrate réduit. Lipide polaire unique phosphatidylglycérol. Quinone respiratoire majeure MK-9(H4). Croissance optimale à 28°C (10-35°C), pH 7-8 (6-10) et sans NaCl (0-80 g/l). ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment d’une plage du Japon, Paraoerskovia marina

Tropheryma

Bâtonnets courts (0,3 x 0,8-1,7 microns), non mobiles. Colorations de Gram et Ziehl négatives. Culture négative en l’absence de cellules hôtes. Tendance à s’agréger en masse dans une matrice extracellulaire. Temps de division: 18 j. ADN: 59 mol % G+C. Pathogènes oportunistes pour l’homme, causant la maladie de Whipple, une infection systémique avec fièvre, perte de poids, diarrhées, polyadénopathie et polyarthrite. Occasionnellement responsables d’atteintes cardiaques comme myocardite, péricardite et endocardite ou du système nerveux central sous forme de démence, léthargie et déficit neurologique ou maladie des yeux comme l’uvéite. Une seule espèce, Tropheryma whipplei.

Famille VII. Dermabacteraceae

Dermabacter (G. derma, peau)

Bâtonnets courts, non mobiles, Gram positif. Anaérobies facultatifs produisant de l’acide sur les sucres. Catalase positive, oxydase négative. Croissance à 37 °C et 50 g/l de NaCl. ADN: 62 mol % G+C. Une espèce, Dermabacter hominis .

Brachybacterium (G. brachy, court)

Cellules de forme variable avec un cycle bâtonnets-coques (0,5-0,8 x 1,5-2,5 microns), formes en V, non mobiles. Gram positif. Aérobies mais présentent une très faible croissance anaérobie. Croissance optimale à 25-30 °C. Catalase positive, oxydase négative. Produisent de l’acide sur sucres. ADN: 68-72 mol % G+C. Sept espèces, dont Brachybacterium faecium isolée d’une littière de poulailler.

Devriesea (L. A. Devriese, microbiologiste vétérinaire)

Bâtonnets courts (1-2 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie sur agar au sang de mouton, petite, lisse, mucoïde, blanchâtre, entourée d'une zone étroite d'hémolyse. Catalase et béta-galactosidase positives et oxydase négative. Production d'acide sur glycérol et arbutine. Uréase et VP positifs. Ménaquinone MK-8. Lipides polaires majeurs: phosphatidylglycérol et quelques phospholipides et glycolipides non identifiés. ADN: 61 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la peau et de lésions d'organes de différentes espèces de lézards, Devriesea agamarum.

Helcobacillus (G. helkos, blessure)

Bâtonnets courts (0,4 x 0,7-1,0 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. L’isomère de DAP est le meso-Dpm. Sucres cellulaires totaux avec de grandes quantités de galactose, ribose et un peu de glucose. Colonie circulaire, lisse, luisante, blanche, de 1 mm de diamètre. Aérobies chimio-hétérotrophes montrant une très légère croissance anaérobie, catalase positive et oxydase négative. Production d’acides sur divers sucres. Nitrate réduit en nitrite. Hydrolysent gélatine. Quinone respiratoire unique MK-7. Lipides polaires : phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol, phosphatidylcholine, phosphatidyléthanolamine et des glycolipides inconnus. Croissance optimale à 37°C. ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un échantillon clinique cutané humain en france, Helcobacillus massiliensis.

Famille VIII. Dermatophilaceae

Dermatophilus

Pas de mycélium aérien. Longs filaments branchés à angle droit. Les septums sont formés dans des plans transversaux horizontaux et verticaux longitudinaux, libérant ainsi plus de huit rangées parallèles de cellules coccoïdes (spores) mobiles par une touffe de flagelles. Paroi de type III avec madurose. Peptidoglycane de type A1gamma. Chimio-organotrophes non fermentaires mais produisent de l'acide sur certains sucres. Catalase positive. Croissance sur milieu complexe. Anaérobies facultatifs. Ménaquinone prédominante MK-8(H4). Les lipides polaires majeurs sont le phosphatidylglycérol, le phosphatidylinositol et la lyso-phosphatidyléthanolamine. Organismes pathogènes des mammifères envahissant l'épiderme non corné de la peau. Deux espèces, dont Dermatophilus congolensis.

Austwickia (Peter K.C. Austwick, botaniste)

Mycélium branché à cocci, Gram positif. Le mycélium se divise en cocci mobiles ou bâtonnets courts. Peptidoglycane de type A1gamma. Anaérobies facultatifs. Les ménaquinones prédominantes sont la MK-8(H4), MK-8 et MK-8(H2). Les lipides polaires majeurs sont le diphosphatidylglycérol, le phosphatidylglycérol, le phosphatidylinositol et la lyso-phosphatidyléthanolamine. ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une tortue, Austwickia (ex Dermatophilus) chelonae.

Kineosphaera (G. kinesis, mouvement ; L. sphaera, sphère)

Coques (1-2 microns de diamètre), mobiles, non sporulées, en paires ou amas, Gram positif. PHB accumulé. Colonie jaune pâle, irrégulière, "umbonate", à bords ondulés, 2-3 mm de diamètre. Aérobies strictes, oxydase positive et catalase négative. Utilisent les sucres et quelques acides organiques. Ménaquinone majeure, MK-8(H4). Phospholipides : phosphatidylglycérol, phosphatidylinositol, diphosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine et phosphatidylcholine. Croissance optimale à 30°C (10-35°C), pH 7 (6-10,2) et jusqu’à 30 g/l NaCl. ADN : 71 mol % G+C. Une seule espèce isolée de boues activées, Kineosphaera limosa (L. limosa, boueux).

Mobilicoccus

Cocci (0,7-1,2 microns de diamètre), mobiles par flagelles péritriches, non sporulés, Gram positif. Peptidoglycane de type A1gamma. Les sucres de paroi majeurs sont le ribose et le mannose. Colonie circulaire, lisse, jaune-orangé. Anaérobies facultatifs. Acide produit sur N-acétyl-glucosamine, D-galactose, D-glucose, D-fructose, inositol, D-maltose, D-mannose, D-ribose, D-saccharose et D-tréhalose. Phosphatase alcaline, alpha-glucosidase, leucine arylamidase et pyrazinamidase positives. Le nitrate est réduit et l’acétoïne produite. La ménaquinone prédominante est la MK-8(H2). Les lipides polaires majeurs sont le diphosphatidylglycérol, le phosphatidylglycérol et le phosphatidylinositol. Croissance optimale à 28°C (10-37°C), pH 7,0 (6,0-9,0) et 10 g/l NaCl (0-70 g/l). ADN : 72 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’intestin d’un poisson au Japon, Mobilicoccus pelagius.

Piscicoccus (L. piscis, un poisson)

Cocci (0,7-1,0 microns de diamètre), en amas ou agrégats, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Peptidoglycane de type A1gamma. Les sucres de paroi majeurs sont le ribose et le mannose. Colonie circulaire, rugueuse, jaune-orangé. Anaérobies facultatifs. Catalase positive, oxydase négative. Acide produit sur arbutine, D-galactose, D-glucose, D-fructose, D-maltose, D-mannose, D-raffinose, D-saccharose et D-tréhalose. Phosphatase alcaline, phosphatase acide, beta-galactosidase, alpha-glucosidase, beta-glucosidase, leucine arylamidase et pyrazinamidase positives. Le nitrate est réduit et l’esculine hydrolysée. La ménaquinone prédominante est la MK-8(H4). Les lipides polaires majeurs sont le phosphatidylglycérol, le phosphatidylinositol et la lyso-phosphatidyléthanolamine. Croissance optimale à 28°C (10-37°C), pH 6,0-7,0 (5,0-9,0) et 0-10 g/l NaCl (0-50 g/l). ADN : 72 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’intestin d’un poisson au Japon, Piscicoccus intestinalis.

Famille IX. Dermacoccaceae

Dermacoccus

Cellules coccoïdes à sphériques (diamètre 0,9-1,6 microns), isolées, en paires, en tétrades ou amas irréguliers. Colonie orangé. Aérobies, oxydase positive. Production d’acides sur sucres. Croissance jusqu’à 50 g/l de NaCl et entre 25-37 °C. ADN: 66-71 mol % G+C. Une espèce, Dermacoccus nishinomiyaensis.

Branchiibius (L. branchiae, les branchies des poissons; L. bius, (du G. bios) vie)

Cellules coccoïdes (0,7 x 09 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie circulaire, convexe, entière, lisse et jaune pâle, de 1,0 mm de diamètre après 2 semaines d’incubation à 28°C. Mélanine non produite. Le peptidoglycane contient L-Lys, D-Ser, L-Ser, Gly, D-Glu et D-Ala. Le type acyl de l’acide muramique du peptidoglycane est l’acétyl. Les sucres cellulaires totaux sont le galactose, mannose, rhamnose, ribose, glucose et arabinose. Les acides mycoliques sont absents. Aérobies à microaérobies halotolérants. Nitrates réduits. Gélatine hydrolysée. Décomposent faiblement le malate de calcium et la cellulose. H2S non produit. Sur API ZYM, positifs pour estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, phosphatase acide, phosphohydrolase, beta-galactosidase, alpha-glucosidase, beta-glucosidase et N-acétyl-beta-glucosaminidase. Utilisent D-glucose, D-fructose, saccharose et D-mannitol mais pas L-arabinose, D-xylose, L-rhamnose, raffinose ou inositol. Les ménaquinones sont MK-8(H2) et MK-8(H4). Les phospholipides sont le phosphatidylinositol, phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol et un phospholipide non identifié. Croissance optimale à 20–37°C (< 50°C), avec jusqu’à 70 g/l NaCl. ADN : 68 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’une branche de Physiculus japonicus au Japon, Branchibius hedensis.

Calidifontibacter (L. calidus, chaud; L. fons, fontis, source; L. bacter, un bâtonnet)

Bâtonnets courts (1-2 microns de long), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Le peptidoglycan est de type A4alpha avec liaison Lys-Gly-Ser-Asp. Colonie blanc-crémeux à jaune, opaque avec un bord rugueux. Aérobies stricts, catalase positive. Positifs pour la réduction du nitrate et l’hydrolyse de la caséine, gélatine et Tween 80. Négatifs pour la production d’H2S, l’hydrolyse de l’amidon, ADN et esculine. Production d’acides sur différents sucres. Sur API ZYM, positifs pour estérase, estérase lipase, leucine arylamidase, phosphatase acide, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase et alpha-glucosidase. La ménaquinone présente est MK-8(H4). Les lipides polaires majeurs sont DPG, PG, PI, PIM et PS. Croissance entre 20-37°C (opt. 30°C), pH 5,0-8,0 et tolèrent un maximum de 40 g/l NaCl. ADN : 77 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude en Inde, Calidifontibacter indicus.

Demetria (G. Demeter, déesse grecque de l’agriculture)

Bâtonnets courts à cellules coccoïdes (0,8-1,2 x 0,8-3 microns), isolés, en paires, courtes chaînes ou petits amas irréguliers. Gram positif. Non mobiles. Colonie blanche à jaune pâle. Aérobies à microaérophiles. Catalase positive, oxydase négative. Production d’acides sur sucres. Croissance optimale à 28 °C. ADN: 66 mol % G+C. Une espèce isolée du sol, Demetria terragena.

Kytococcus (G. kytos, peau)

Cellules coccoïdes à sphériques (diamètre 0,8-1,1 microns), non mobiles, Gram positif. Aérobies chimio-organotrophes, catalase positive, oxydase négative. Croissance avec 100 g/l de NaCl à 28-36 °C. Pas de production d’acide sur sucres. ADN: 68-69 mol % G+C. Une espèce, Kytococcus sedentarius.

Luteipulveratus (L. luteus, jaune ; L. pulveratus, pulvérulent)

Coccoïdes irréguliers à bâtonnets courts (0,5-1,0 x 0,8-1,2 microns), isolés, en paires, courtes chaînes ou petits amas irréguliers, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie circulaire, convexe, entière, lisse, jaune pâle à brillant, de 1-3,5 mm de diamètre. Production d’un pigment jaune hydrosoluble. Formation d’un mycélium aérien rudimentaire, poudreux, blanc et stérile. Le peptidoglycane de type A4alpha contient L-lysine, alanine, acide aspartique, acide glutamique et sérine. Sucres cellulaires totaux : galactose, mannose, rhamnose, ribose et glucose. Aérobies stricts, catalase positive. Production d’acide sur glucose, maltose et saccharose. Nitrate non réduit. Hydrolysent gélatine, arbutine, Tween 20 et urée. Phospholipides majeurs : phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol et phosphatidylinositol. Ménaquinones majeures MK-8(H4) et MK-8(H6). Croissance optimale à 20-28°C et jusqu’à 20 g/l NaCl. Pas de croissance à 37°C et avec plus de 30 g/l NaCl. ADN : 68 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un sol de prairie en Mongolie, Luteipulveratus mongoliensis.

Yimella (YIM, Yunnan Institute of Microbiology, Chine)

Coccoïdes (0,7-0,9 x 1,3-1,8 microns), en amas irréguliers, non mobiles, non sporulés, sans capsule, Gram positif. Peptidoglycane de type A4alpha. Sucres de paroi : galactose et fucose. Colonie circulaire, lisse, opaque, orange. Aérobies et anaérobies facultatifs sur nitrate. Catalase positive et oxydase négative. Production d’acide sur de nombreux sucres. Hydrolysent cellulose, gélatine et Tweens 20,40,60 et 80. Ménaquinone prédominante MK-8(H4). Lipides polaires : diphosphatidylglycérol, phosphatidylinositol, un phospholipide contenant de la glucosamine et un phospholipide inconnu. Halotolérant. Croissance optimale à 28°C (22-42°C), pH 6-7 (5-9) et 0-10 g/l NaCl (0-80 g/l). ADN : 65-66 mol % G+C. Une seule espèce isolée comme contaminant d’une plaque de gélose d’un laboratoire de microbiologie en Chine, Yimella lutea.

Famille X.Intrasporangiaceae

Intrasporangium

Mycélium branché (1 micron de diamètre) se fragmentant en éléments de taille et forme variables. Pas de mycélium aérien. Des vésicules ovales en forme de citron (5-15 microns de diamètre) sont formées à l'extrémité des hyphes ou à l'intérieur (" sporanges "). Dans certaines de ces vésicules, on peut distinguer des corps ronds ou ovales (1,2-1,5 µm de diamètre) non mobiles. Sur milieu neuf, ces cellules germent pour redonner un mycélium. Organismes non acidorésistants, aérobies, catalase positive, préférant des milieux complexes contenant peptone et extrait de viande. Ne croissent pas sur les milieux synthétiques habituels employés pour les actinomycètes. Paroi de type I (LL-DAP-glycocolle), phospholipides de type P IV (phospholipide inconnu à glucosamine). Acides gras à chaîne linéaire saturés et insaturés. ADN: 70 mol % G+C. Une seule espèce, Intrasporangium calvum (L. calvum, chauve) isolée de l'air.

Aquipuribacter (L. aqua, eau; L. purus, pur)

Cellules exhibant un cycle bâtonnet (0,9-1,1 x 3,8-6,2 microns)-coque (0,9-1,4 microns de diamètre), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Le peptidoglycane est de type A1gamma lié à l’acide meso-diaminopimélique. Colonie orange pâle, lisse, convexe et circulaire sur milieu gélosé R2A après 7 jours d’incubation. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase négative. Utilisent L-arabinose et 5-cétogluconate de potassium mais pas D-xylose, D-fructose, D-galactose, D-glucose, D-mannitol, arbutine, cellobiose, maltose, lactose, mélibiose, saccharose, tréhalose, raffinose, gentiobiose, N-acétylglucosamine ni salicine. Ne réduisent pas le nitrate en nitrite. L’esculine est hydrolysée. H2S et indole non produits. Phosphatase alcaline, phosphatase acide, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, alpha-chymotrypsine, valine arylamidase, N-acétylglucosaminidase, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, alpha-glucosidase et beta-glucosidase sont présentes mais naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase et trypsine sont absentes. La ménaquinone prédominante est MK-10(H4). Les lipides polaires majeurs sont le phosphatidylglycérol, deux phospholipides et un glycolipide inconnus. Croissance optimale à 20-28°C (20-37°C), pH 7-8 et jusqu’à 25 g/l NaCl. ADN : 75 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un digesteur en Hongrie, Aquipuribacter hungaricus.

Arsenicicoccus  (L. arsenicum, arsenic)

Coques en amas, non sporulées, Gram positif. Anaérobies facultatifs, catalase positive. Produisent de l’acide sur sucres. Réduisent le nitrate. Quinone respiratoire majeure MK-8(H4). Hautement tolérants à l’arsenic (V). Possèdent des mécanismes de réduction de AS(V) couplés à la respiration ou leur conférant la résistance à l’arsenic. ADN : 72 mol % G+C. Une seule espèce isolée dans le nord de la Suède, Arsenicicoccus bolidensis.

Fodinibacter (L. fodina, mine)

Bâtonnets courts irréguliers (0,3-0,6 x 0,7-2,2 microns), isolés ou en amas, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Peptidoglycan de type A1gamma et contient meso-DAP, acide glutamique et alanine. Absence d’acides mycoliques. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent quelques sucres et acides organiques. Production d’acide sur glucose. Nitrate réduit en nitrite. Hydrolysent esculine, gélatine, Tweens 20, 40 et 80. Quinone respiratoire majeure MK-8(H4). Lipides polaires détectés : phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylinositol et 2 phospholipides inconnus. Croissance optimale à 28°C (15-37°C), pH 6,5-7,5 et jusqu’à 25 g/l NaCl. ADN : 72 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une mine en Chine, Fodinibacter luteus.

Humibacillus

Bâtonnets irréguliers (0,4-1,1 x 1,1-1,9 microns),Gram positif. Peptidoglycan de type A3gamma, contenant LL-A2pm, glycocolle, alanine et acide glutamique. Aérobies stricts, catalasepositive, chimio-organotrophes. Utilisent quelques sucres.Quinone repiratoire majeure MK-8(H4). Croissance optimale à 27-32°C (7-32°C), pH 7 (5-11) et jusqu'à 30 g/l de NaCl. ADN : 69-70 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol de rizière du Japon, Humibacillus xanthopallidus.

Humihabitans (L. humus, sol)

Bâtonnets (0,5 x 1-2,2 microns), formant des hyphes branchées et un mycelium végétatif fragmenté, Gram positif. Colonie jaune pâle. Aérobies, catalase positive. Utilisent les sucres. Peptidoglycan de type A, ménaquinone majeure MK-8(H4). Croissance entre 8 et 40°C et pH 5-11. NaCl toléré jusqu’à 30 g/l. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol de rizière au Japon, Humihabitans oryzae.

Janibacter (L. Janus, dieu romain à deux faces)

Bâtonnets courts (0,4 x 1,4 microns) ou cellules coccoïdes (diamètre 0,3-1,2 microns), isolés, en paires ou en amas irréguliers, non mobiles, Gram positif. Aérobies, chimio-organotrophes, catalase positive, oxydase négative. Croissance optimale à 28 °C et avec jusqu’à 40 g/l de NaCl. ADN: 70 mol % G+C. Trois espèces isolées de boues activées et d’eaux d’égoût, dont Janibacter limosus.

Knoellia  (Hans Knöll, chercheur allemand pionnier dans le domaine des antibiotiques)

Bâtonnets (0,4-1,2 x 1,7-6 microns) et coques (0,6-1,4 microns de diamètre), irréguliers, non mobiles, isolés, en paires, courtes chaînes ou amas, non sporulés. Gram positif. Présence d’un cycle bâtonnets-coques. Colonie blanche à crémeuse, lisse, circulaire, convexe et opaque, avec bord entier. Aérobies à microaérophiles, catalase positive et oxydase négative. Production d’acide sur certains sucres. Peptidoglycan de type A-1g, ménaquinone majeure MK-8(H4), lipides polaires majeurs diphosphatidyl-glycérol, phosphatidyl-éthanolamine et phosphatidyl-inositol. Nitrate réduit en nitrite. Production d’H2S mais pas d’indole. Rouge de méthyl et VP négatifs. Croissance optimale à 28°C (< 37°C) et pH 5-9. NaCl toléré jusqu’à 40 g/l. ADN : 68-69 mol % G+C. Deux espèces isolées d’environnements souterrains, dont Knoellia sinensis.

Kribbia  (Dénommé de l’acronyme KRIBB, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology)

Bâtonnets courts irréguliers (0,4-0,6 x 1-1,5 microns) ou coques, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie jaune pâle. Aérobies, catalase positive, oxydase et uréase négatives.  Croissance anaérobie sur nitrate qui est réduit en nitrite. Utilisent acétate, benzoate, cellobiose et pyruvate et faiblement glucose, maltose, saccharose et tréhalose avec production d’acide. Hydrolysent caséine, gélatine, esculine et Tweens 20, 40, 60 et 80. Peptidoglycan contenant l’acide meso-diaminopimélique. Ménaquinone majeure MK-8(H4). Cellules sensibles à ampicilline, céphalotine, gentamicine, novobiocine, tetracycline, oleandomycine, néomycine, streptomycine, pénicilline G, chloramphénicol et carbénicilline ; résistantes à polymyxine B et kanamycine. Croissance optimale à 30°C (8-42°C) et pH 6,5-7,5. ADN : 69-70 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment littoral de Corée, Kribbia dieselivorans.

Lapillicoccus (L. lapillus, caillou)

Coques (diamètre 0,2-0,3 micron), isolées ou en paires, non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie circulaire, plate, ondulée et jaune brillant. Aérobies, oxydase négative, catalase positive. L'acide aminé du peptidoglycan de paroi est le LL-DAP. Le type acyl de l'acide muramique est acétylé. Pas d'acides mycoliques. Ménaquinone majeure MK-8(H4). Lipides polaires: diphosphatidylglycérol et phosphatidylinositol. Assimilation de quelques sucres. Croissance optimale à 30°C (20-37°C), pH 7,1 (4,1-11,1) et 0-20 g/l NaCl. . ADN: 74 mol % G+C. Une espèce isolée du sol en Corée, Lapillicoccus jejuensis.

Marihabitans (L. mare, mer; L. habitans, habitant)

Bâtonnets irréguliers ou coques (0,6-1,0 x 0,8-1,3 microns),non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie jaune brillant. Le peptidoglycan de paroi est de type A et contient meso-A2pm, alanine et acide glutamique. Les sucres de la paroi sont galactose, glucose et ribose. Pas d'acides mycoliques. Aérobies, oxydase négative, catalase positive. Assimilation de quelques sucres. Hydrolysent caséine et gélatine. Ménaquinone majeure MK-8(H4).Lipides polaires: phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol, un phospholipide inconnu et phosphatidylinositol mannosides.  Croissance entre 18-34°C, à pH 9 et jusqu'à 70 g/l NaCl. ADN: 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la mer au Japon, Marihabitans asiaticum.

Nostocoida

Cellules coccoïdes (0,3-0,6 x 0,7-1,5 microns), non mobiles, Gram positif, formant des filaments (0,6-0,9 microns) parfois branchés. Anaérobies facultatifs, aérobies ou microaérophiles, chimiohétérotrophes. Croissance à 11-35 °C (opt. 23-30 °C) et jusqu’à pH 5,3. Une espèce isolée de boues activées traitant des eaux usées, Nostocoida limicola.

Ornithinibacter (L. ornithinum, ornithine)

Bâtonnets (0,57–0,80 x 0,75–1,12 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif, formant des hyphes branchées. La paroi contient la L-Orn comme acide diaminé majeur dans le peptidoglycane. Colonie jaune vif. Aérobies, utilisent L-rhamnose, L-proline et glycocole mais pas D-xylose, lactose, D-galactose, cellobiose, D-fructose, raffinose, sorbitol, inositol, L-cystéine, L-arginine, L-asparagine, sorbate ou 4-aminobutyrate. Uréase négative, catalase positive et oxydase négative. Ne réduisent pas le nitrate. Dégradent amidon, mais pas cellulose, gélatine ou Tweens 20 et 80. Coagulation et peptonisation du lait négatives. Indole produit. H2S non produit. Test au rouge de méthyl négatif. Ménaquinone prédominante MK-8(H4). Lipides polaires majeurs : phosphatidylinositol, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol et un glycolipide inconnu. Sensibles à ampicilline et rifamycine, résistants à gentamicine, kanamycine, néomycine, tétracycline, érythromycine, acide nalidixique, novobiocine, rifampicine et chloramphénicol. Croissance optimale à 34°C (4–45°C ), pH 7,2 (5,0–10,2) et 10 g/l NaCl (0–50 g/l). ADN 70 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer en Chine, Ornithinibacter aureus.

Ornithinicoccus

Coques irrégulières (diamètre 0,8-1,3 microns), isolées, en paires, courtes chaînes ou amas, non mobiles, Gram positif. Aérobies à microaérophiles. Oxydase négative, catalase positive. Production d’acide sur quelques sucres. Nitrate réduit en nitrite. Croissance optimale à 28-37 °C. ADN: 72 mol % G+C. Une espèce isolée du sol, Ornithinicoccus hortensis.

Ornithinimicrobium

Bâtonnets courts irréguliers (1,4-3,2 x 0,6-1 microns) ou coques irrégulières (diamètre 0,7 à 1,4 microns), isolés, en paires, courtes chaînes ou amas. Gram positif, non mobiles et non sporulés. Colonie blanchâtre à jaune vif, diamètre 0,3-1,2 mm. Aérobies à microaérophiles. Oxydase négative, catalase positive. Produisent de l’acide sur sucres. Nitrate réduit en nitrite. Croissance optimale entre 37 et 42 °C. ADN: 70 mol % G+C. Une seule espèce, Ornithomicrobium humuphilum.

Oryzihumus  (L. oryza, riz; L. humus, sol)

Bâtonnets irréguliers (0,4-0,9 x 0,9-1,9 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie jaune pâle. Aérobies à microaérophiles, catalase positive. Utilisent glucose, maltose, saccharose et tréhalose. Peptidoglycane de type A contenant acide meso-diaminopimélique, alanine et acide glutamique. Le type acyl de la chaîne glycane du peptidoglycane est l’acétyl. Les acides mycoliques sont absents. Ménaquinone majeure MK-8(H4). Cellules sensibles à érythromycine, rifampicine, novobiocine, streptomycine et chloramphénicol et résistantes à aztreonam. Croissance entre 15-37°C, pH 4-9 et jusqu’à 50 g/l de NaCl. ADN : 72-73 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol de rizière au Japon, Oryzihumus leptocrescens.

Phycicoccus  (L. phycos, herbe marine)

Cellules coccoïdes (0,5-0,9 micron de diamètre), isolées, en paires, courtes chaînes ou amas, non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie jaune, circulaire, lisse, translucide. Peptidoglycan avec meso-DAP. Absence d’acides mycoliques.  Aérobies stricts, catalase positive, oxydase négative. Utilisent de nombreux sucres, acides organiques et aminés. Réduisent le nitrate en nitrite. Hydrolysent caséine, ADN, esculine, gélatine, élastine et amidon. Ménaquinone majeure MK-8(H4). Lipides polaires majeurs : phosphatidyléthanolamine, phosphatidylinositol et diphosphatidylglycérol.  Halophiles modérés. Croissance optimale à 30°C (4-37°C), pH 7,1 (5,1-10,1) et 70 g/l de NaCl. ADN : 74 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’herbes marines sèches de la Mer de Corée, Phycicoccus jejuensis.

Serinicoccus  (L. serinum, sérine)

Coques (0,5-0,9 microns de diamètre), non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie jaune, circulaire, convexe, entière, opaque et butyreuse, 3-4 mm de diamètre. Aérobies stricts, catalase positive, oxydase négative. Utilisent acétate et divers sucres. Réduisent le nitrate en nitrite. Hydrolysent caséine, ADN, esculine, gélatine, amidon, Tween 80 et tyrosine. Ménaquinone majeure MK-8(H4). Lipides polaires majeurs : phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol, phosphatidylinositol et un glycolipide inconnu.  Halophiles modérés. Croissance optimale à 35°C (10-35°C), pH 8 (6-11) et 20-30 g/l de NaCl (0-140 g/l). ADN : 72 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer de Corée, Serinicoccus marinus.

Terrabacter

Bâtonnets irréguliers (0,6-1,2 x 2-6 microns) avec un cycle bâtonnets-coccoïdes (diamètre 0,5-0,8 micron) en milieu complexe, occasionnellement mobiles. Parfois longs bâtonnets avec branchements. Gram positif. Colonie grise ou blanche. Croissance à 10-35 °C (opt. 25-30 °C). Catalase positive, oxydase négative. Aérobies stricts ne produisant pas d’acide sur sucres. Nitrate réduit en nitrite. ADN: 70-73 mol % G+C. Une espèce, Terrabacter tumescens.

Terracoccus

Cellules sphériques à ellipsoïdes (0,7-1,3 microns de diamètre), isolées, en paires, tétrades, petits amas irréguliers ou paquets de sarcines plus ou moins réguliers. Non mobiles, Gram positif. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, oxydase négative et catalase positive. Pas de formation d’acide sur sucres ou alcools. Peu de substrats organiques utilisés. ADN: 73 mol % G+C. Une espèce isolée du sol, Terracoccus luteus

Tetrasphaera

Cellules coccoïdes (diamètre 0,5-1,4 microns), isolées, en paires, en tétrades ou amas, non mobiles, Gram positif. Accumulation de PHB. Aérobies à culture très lente sur un nombre restreint de substrats. Catalase positive. ADN: 68-71 mol % G+C. Deux espèces isolées de boues activées, dont Tetrasphaera japonica

Famille XI.Jonesiaceae

Jonesia (Dorothy Jones, microbiologiste anglaise)

Bâtonnets irréguliers (0,3-0,5 x 2-3 microns), formes en Y et en club, cellules coccoïdes et filamenteuses dans cultures âgées. Mobiles par flagelles péritriches. Gram positif. Anaérobies facultatifs, catalase positive et oxydase négative. Production d’acide sans gaz sur sucres. Croissance optimale à 30 °C (10-40 °C) et 50 g/l de NaCl. Cellulolytique. ADN: 56-59 mol % G+C. Une espèce dénitrifiante isolée du sang de bœuf, Jonesia (ex-Listeria) denitrificans.

Famille XII. Microbacteriaceae

Microbacterium

Petits bâtonnets minces et irréguliers (0,4-0,8 x 1-4 microns) dans les cultures jeunes, avec formes en V. Dans les cultures âgées, les bâtonnets sont plus courts et coccoïdes. Non mobiles ou mobiles avec un à trois flagelles. L'acide aminé du peptidoglycane est la lysine. Présence de ménaquinones insaturées avec onze à douze unités isoprènes (MK-11 et MK 12). Aérobies mais faible croissance anaérobie possible. Colonie souvent jaunâtre. Métabolisme respiratoire mais parfois également fermentatif. Production d'acides sur sucres en milieu peptoné. Catalase positive. Nutrition complexe (Vitamine B et acides aminés). ADN: 69-75 mol % G+C. Vingt-huit espèces. L'espèce type, Microbacterium lacticum, se rencontre dans le lait et les produits laitiers traités à la chaleur. Elle est thermodurique. D’autres espèces isolées des eaux d'égoût et des boues activées.

Agreia (Nina S. Agre, microbiologiste russe)

Bâtonnets de forme irrégulière (0,4-0,5 x 1,2-2,5 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, faiblement mobiles, Gram positif. Colonie jaune orangé devenant rouge à brun orangé avec l’âge. Peptidoglycane de type B. Aérobies utilisant un large spectre de sucres et acides organiques. Faible production d’H2S et test de VP positif. Mésophiles avec un optimum de température compris entre 24 et 26 °C. ADN: 67 mol % G+C. Une seule espèce, Agreia bicolorata, isolée d’une plante parasitée par le nématode Heteroanguina,.

Agrococcus (G. agros, sol)

Bâtonnets courts à cellules sphériques ou ovoïdes (0,7-1 x 0,7-1,7 microns), isolés, en paires, courtes chaînes ou petits amas irréguliers. Non mobiles. Gram positif. Colonie blanche à orangé. Aérobies ou microaérophiles. Catalase positive, oxydase négative. Production d’acides sur sucres. ADN: 74 mol % G+C. Deux espèces isolées du sol, dont Agrococcus jenensis.

Agromyces (G. agros, champ; G. myces, champignon)

Croissance initiale sur milieu gélosé sous forme d'éléments filamenteux (1 micron ou moins de diamètre) qui se fragmentent progressivement pour libérer des cellules coccoïdes irrégulières, non mobiles. Microaérophiles à aérobies. Catalase négative, oxydase négative. Présence d'acide 2,4 - diaminobutyrique (2,4-DAB) dans la paroi avec alanine, acide glutamique, glycocolle et rhamnose. Sensibles au lysozyme. ADN: 71-77 mol % G+C. Quatre espèces, dont Agromyces ramosus isolée du sol.

Amnibacterium (L. amnis, rivière; L. bacterium, bâtonnet)

Bâtonnets courts (0,15–0.20 x 0,25–0,30 microns), non mobiles, Gram positif. Colonie de 1,0–1,5 mm de diamètre, lisse, jaune, circulaire et convexe. L’acide diaminé du peptidoglycan est l’acide L-2,4-diaminobutyrique. Aérobies, oxydase négative, catalase positive. Positifs pour l’hydrolyse de l’esculine et faiblement positifs pour la beta-galactosidase, mais négatifs pour la réduction du nitrate, la production d’indole, la fermentation du glucose, l’arginine dihydrolase, l’uréase et l’hydrolyse de la gélatine (API 20 NE). Adipate, L-arabinose, caproate, citrate, gluconate, N-acétyl-D-glucosamine, D-glucose, malate, maltose, D-mannitol, D-mannose et phénylacetate ne sont pas utilisés comme seule source de carbone et d’énergie (API 20 NE). Positifs pour l’alpha-glucosidase, beta-glucosidase, l’esterase (C4), l’esterase lipase (C8) et la leucine arylamidase, faiblement positifs pour la phosphatase acide, cystine arylamidase, alpha-galactosidase, beta-glucuronidase, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase et valine arylamidase, mais négatifs pour la phosphatase alcaline, alpha-chymotrypsine, alpha-fucosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase, beta-glucosidase, lipase (C14), alpha-mannosidase et trypsine (API ZYM). Positifs pour la production d’acide sur esculine, citrate ferrique et 5-cétogluconate, faiblement positifs pour arbutine et D-tagatose, mais négatifs pour N-acétylglucosamine, D-adonitol, amidon, amygdaline, D-arabinose, L-arabinose, D-arabitol, L-arabitol, cellobiose, dulcitol, érythritol, D-fructose, D-fucose, L-fucose, D-galactose, gentiobiose, méthyl alpha-D-glucopyranoside, D-glucose, glycérol, glycogène, inositol, inuline, lactose, D-lyxose, maltose, D-mannitol, méthyl alpha-D mannopyranoside, D-mannose, mélézitose, mélibiose, 2-cétogluconate, gluconate, raffinose, L-rhamnose, D-ribose, saccharose, salicine, D-sorbitol, méthyl beta-L-sorbose, tréhalose, turanose, xylitol, D-xylopyranoside, D-xylose et L-xylose (API 50 CHB). Les ménaquinones prédominantes sont MK-11 et MK-12. Les acides gras majeurs sont anteiso- et iso-branchés. Les lipides polaires majeurs sont le phosphatidylglycérol et trois phospholipides inconnus. Croissance optimale à 30°C (10-37°C), pH 6,0 (5,0-8,0) et jusqu’à 20 g/l NaCl. ADN : 73 mol% G+C. Une seule espèce isolée en Corée, Amnibacterium kyonggiense.

Aureobacterium (L. aureus, doré) = Microbacterium

Bâtonnets courts, minces et irréguliers (0,4-0,6 x 0,6-3 microns), avec formes en V. Formes coccoïdes dans cultures âgées. Très exigeants sur le plan nutritionnel. Aérobies stricts, catalase positive. Production d'acide lente et faible sur sucres. Utilisent quelques acides organiques. Peptidoglycane à ornithine, glycolyl et résidus acétyl. ADN: 65-76 mol % G+C. Quatorze espèces isolées des plantes, du sol, du lait et des produits laitiers et des eaux usées et reclassées dans le genre Microbacterium.. Espèce type, Aureobacterium liquefaciens.

Chryseoglobus (G. chryseos, doré; L. globus, balle)

Bâtonnets courts et fins, pléomorphes, mobiles, non sporulés, Gram positif. Des protubérances bulbeuses sont formées aux extrémités ou au milieu des cellules. Le peptidoglycane contient de la L-lysine. Colonie jaune, élevée, entière, translucide, circulaire, lisse et d’environ 1 mm de diamètre après 3 jours à 30°C et pH 7. Produisent des pigments jaunes diffusibles. Aérobies stricts, catalase positive, oxydase négative. Utilisent L-arabinose, ribose et esculine comme seules sources de carbone et d’énergie, mais pas l’adonitol, glucose, mannose, mannitol, N-acétylglucosamine, fructose, maltose, gluconate, caprate, adipate, malate, citrate, phénylacétate, glycérol, érythritol, D-arabinose, D-xylose, L-xylose, méthyl-beta-D-xyloside, galactose, sorbose, rhamnose, dulcitol, inositol, sorbitol, méthyl-alpha-D-mannoside, méthyl-alpha-D-glucoside, amygdaline, arbutine, salicine, cellobiose, lactose, mélibiose, saccharose, tréhalose, inuline, mélézitose, raffinose, amidon, glycogène, xylitol, beta-gentiobiose, turanose, D-lyxose, D-tagatose, D- ou L-fucose, D- ou L-arabitol, gluconate, 2–cétogluconate ou 5-cétogluconate. Produisent beta-galactosidase, alpha-glucosidase, esculine hydrolase et leucine arylamidase. Nitrate non réduit. Ne produisent pas la lysine décarboxylase, l’ornithine décarboxylase, la tryptophane désaminase, la gélatinase, l’arginine dihydrolase, l’indole ou l’uréase. Les quinones respiratoires sont MK-12, MK-13 et MK-14. Les acides mycoliques sont absents. Diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol et un glycolipide inconnu sont détectés dans les extraits des lipides polaires. Croissance optimale à 30°C (20-40°C), à pH 7-8 (6-11) et sans NaCl (0-30 g/l). ADN : 68 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un système réfrigérant en Corée, Chryseoglobus frigidaquae.

Clavibacter (L. clava, bâton)

Bâtonnets pléomorphes (0,2 x 5 microns), non mobiles, souvent arrangés en forme de V, Gram positif. Colonie blanche ou jaune. Aérobies stricts. Croissance optimale à 20-29 °C. Production d’acide lente et faible sur sucres. Catalase positive, oxydase négative. ADN: 65-75 mol % G+C. Cinq espèces phytoparasites de la canne à sucre, dont Clavibacter michiganensis.

Cryobacterium (G. kryos, froid)

Bâtonnets pléomorphes (0,5-0,7 x 1-1,8 microns), non mobiles, branchés dans les jeunes cultures. Colonie rose. Aérobies. Croissance optimale à 9-12 °C (< 18 °C). Catalase positive. Produisent des acides sur sucres. ADN: 65 mol% G+C. Une espèce isolée d’un sol de l’Antarctique, Cryobacterium psychrophilum.

Curtobacterium (L. curtus, court)

Petits bâtonnets irréguliers devenant coccoïdes dans les cultures âgées. Généralement mobiles par flagellation latérale. Aérobies stricts, catalase positive. Production d'acide lente et faible sur sucres. Assimilent les acides organiques. Protéolytiques. Le peptidoglycane contient de l'ornithine. Présence de ménaquinones. ADN: 68-75 mol % G+C. La plupart de ces organismes ont été isolés de plantes; une seule espèce est phytopathogène. Le genre comporte deux espèces, dont l'espèce type Curtobacterium citreum.

Frigoribacterium

Bâtonnets irréguliers (0,2-0,3 x 1-1,5 microns), mobiles, Gram positif, non sporulés. Catalase positive, oxydase négative. Croissance optimale à 4-10 °C (2-25 °C). Aérobies utilisant sucres et quelques acides organiques. ADN: 71 mol % G+C. Une seule espèce, Frigoribacterium faeni.

Frondicola (L. frons, frondaison; L. incola, habitant)

Bâtonnets irréguliers (0,2-0,4 x 0,5-1 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Présence d'inclusions intracellulaires. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase positive et oxydase négative. Utilisent quelques sucres, acides organiques et aminés. Quinones repiratoires majeures MK-7 et MK-8. Croissance optimale à 25°C (15-37°C), pH 9,1 (6-9,5). ADN : 70-72 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'une litière de forêt de pins en Australie, Frondicola australicus.

Frondihabitans (L. frons, feuille ; L. habitans, habitant)

Ce genre a été créé pour remplacer le genre Frondicola reconnu comme illégitime. Bâtonnets irréguliers, non sporulés, Gram positif. Aérobies stricts utilisant des sucres, acides organiques et aminés. Le peptidoglycane de paroi est de type B2beta. Les ménaquinones sont MK-7 et MK-8. Les lipides polaires sont diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol et au moins six glycolipides dont trois sont probablement des diglycosyl diglycérides et quatre phospholipides non identifiés. Une seule espèce connue, Frondihabitans australicus.

Glaciibacter (L. glacies, glace)

Bâtonnets irréguliers (0,3-0,5 x 1,1-1,8 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram positif. Formes en V en début de croissance en milieu liquide. Cycle bâtonnet-coque. Peptidoglycane de type B2gamma et contenant de l’acide 2,4-diaminobutyrique. Acide muramique de type acétyl. Colonie circulaire, convexe, lisse, blanche. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase positive et oxydase négative. Acides produits sur certains sucres. Ménaquinones majeures MK-12et MK-13 ou MK-11 et MK-12. Psychrophiles. Croissance optimale à 20°C (-5-25°C). ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce Glaciibacter superstes isolée d’un permafrost en Alaska.

Gulosibacter  (L. gulosus, gourmet)

Bâtonnets irréguliers (0,5-0,6 x 0,8-1 microns), tendant à former des filaments courts et branchés, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie de 1 mm de diamètre. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives, chimio-organotrophes. Utilisent quelques composés organiques comme la putrescine, le méthyl-pyruvate, l’acide p-hydroxyphénylacétique, l’adénosine, l’inosine, la thymidine et l’uridine. Nitrate réduit en nitrite. Croissance en milieu minéral additionné de l’herbicide thiocarbamaté, le molinate.  L’acide diaminé du peptidoglycan est la D-ornithine. Quinone repiratoire majeure MK-9. Croissance optimale à 35-37°C (10-41°C), pH 5,5-10,5 et 10 g/l de NaCl (<80 g/l). ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un effluent d’une usine chimique produisant le molinate au Portugal, Gulosibacter molinativorax.

Herbiconiux (L. herba, plante; L. coniux, femme, épouse)

Bâtonnets droits ou incurvés (0,6–0,75 x 0,8–1,0 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie jaune, lisse, circulaire, luisante, régulière. Le peptidoglycane contient L- et D-DAB, glycocole, alanine et acide threo-3-hydroxyglutamique. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Les lipides polaires sont le diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, des glycolipides et phospholipides non identifiés. Quinone respiratoire majeure MK-11, avec MK-10 comme composant mineur. Croissance optimale à 21-30°C (4-37°C). ADN : 66 mol% G+C. Deux espèces dont Herbiconiux (ex Leifsonia) ginsengi isolée d’une racine de ginseng.

Humibacter (L. humus, sol, humus)

Bâtonnets courts (0,5-0,6 x 1-1,5 microns), tendant à former des formes en V au début de la phase de croissance, mobiles, non sporulés, Gram positif. L’acide diaminé du peptidoglycan est la D-ornithine en combinaison avec l'acide 2,4-diaminobutyrique. L'acide muramique est acétylé.Colonie de 1-2 mm de diamètre, circulaire, blanche et opaque. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase négative, chimio-organotrophes. Utilisent les sucres. Nitrate réduit en nitrite. Assimilent les sucres avec production d'acide. Quinones repiratoires majeures MK-11 et MK-12. Croissance optimale à 30°C (22-36°C), pH 7 (5,5-8) et moins de10 g/l de NaCl (<30 g/l). ADN : 68 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un compost, Humibacter albus.

Klugiella (Michael J. Klug, microbiologiste américain)

Bâtonnets irréguliers (0,4-0,8 x 0,6-3,4 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Peptidoglycan de type B, avec lysine comme acide diaminé et alanine comme N terminal du pont interpeptide. Rhamnose seul sucre de la paroi. Colonie ronde, convexe, jaune. Aérobies strictes utilisant les sucres avec production d’acides. Catalase positive et oxydase négative. Ménaquinones respiratoires majeures MK-12 et MK-11. Croissance optimale à 28°C (4-30°C), pH 8 (6-11) et 10 g/l NaCl (<30 g/l). ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tube digestif des larves de l’insecte Tipula abdominalis aux USA, Klugiella xanthotipulae.

Labedella (David P. Labeda, microbiologiste américain)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 1-4,4 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Pas de formation de mycélium ni de branchement ou de forme en V. Colonie lisse, circulaire, convexe, translucide et jaune. L’acide diaminé du peptidoglycan est la D-ornithine. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase négative, chimio-hétérotrophes. Utilisent les sucres avec production d'acide sur certains. Hydrolysent gélatine, esculine, ADN et amidon. Nitrate non réduit en nitrite. Quinones repiratoires majeures MK-10 et MK-11. Croissance entre 10-37°C), pH 5,1-10,1 (opt. 7,1) et jusqu'à 50 g/l de NaCl. ADN : 68 mol % G+C. Une seule espèce marine isolée en Corée, Labedella gwakjiensis.

Leifsonia (Leifson, microbiologiste américain)

Bâtonnets irréguliers ou filaments se fragmentant en bâtonnets plus courts ou coccobacilles. Gram positif. Branchements primaires dans les cultures jeunes de certaines espèces. Mobiles par flagelles péritriches longs. Peptidoglycan de type B contenant du DAB. Colonie blanche à jaune. Aérobies stricts, catalase positive, oxydase variable. Ménaquinone MK-11. Phospholipides principaux: phosphatidylglycérol et diphosphatidylglycérol. Croissance entre 7 et 37 °C (opt. 24-28 °C). Utilisent les sucres avec production d’acide. ADN: 66-73 mol % G+C. Dix espèces, dont Leifsonia aquatica.

Leucobacter

Bâtonnets (0,2-0,3 x 1-1,5 microns) non mobiles, Gram positif. Aérobies. Catalase positive, oxydase négative. Croissance à pH 10 et avec 20-50 g/l de NaCl. Assimile des acides organiques. ADN: 66 mol % G+C. Une espèce isolée comme contaminant d’une boîte de Pétri, Leucobacter komagatae.

Marisediminicola (L. mare, la mer; L. sedimen -inis, sédiment ; L. – cola (du L. incola, habitant))

Bâtonnets courts (0,2-0,3 x 0,7-0,9 microns), mobiles, Gram positif. Colonie jaune pâle, lisse, circulaire, convexe, à bord entier. Pas de formation de mycélium. Le peptidoglycane de paroi est du groupe B2Beta avec ornithine comme acide diaminé. Aérobies stricts. Catalase positive, oxydase négative. Seule l’esculine est utilisée comme seule source de carbone (API 50CH). Acide non produit sur une large variété de carbohydrates autres que l’esculine. Pas de réduction du nitrate ni de production d’H2S. Positifs pour l’hydrolyse du para-nitrophényl-Beta-D-galactopyranoside et l’esculine. Test de production d’indole et de Voges-Proskauer négatif. Tests pour leucine arylamidase, valine arylamidase et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase positifs. Test faiblement positif pour les activités cystine arylamidase, estérase (C4) et estérase lipase (C8). Arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase, uréase, tryptophan desaminase, gélatinase, trypsine, amylase, phosphatase alcaline, phosphatase acide, Iipase (C14), alpha-galactosidase, ortho-nitrophényl-Beta-D-galactopyranosidase, Beta-glucuronidase, alpha-glucosidase, Beta-glucosidase, N-acétyl-Beta-glucosaminidase, alpha-mannosidase, alpha-fucosidase et alpha-chymotrypsine sont négatifs. Ménaquinone majeure MK-10. Lipides polaires : diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol et quelques glycolipides. Croissance optimale à 18-23°C (0-26°C), pH 6-8 (5-10) et 20-40 g/l NaCl (0-60 g/l). ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment sableux marin de l’Antarctique, Marisediminicola antarctica.

Microcella

Bâtonnets petits (0,4 x 0,8-1,6 microns), non sporulés, Gram positif. Colonie petite, jaune, circulaire, convexe, lisse. Peptidoglycan de type B avec lysine. Aérobies stricts, oxydase négative et catalase positive. Utilisent les sucres et quelques acides organiques. Hydrolysent l’amidon, la gélatine, l'arginine et l’arbutine. Quinones majeures : MK-12 et MK-13. Croissance optimale à 35°C (>10-<45°C), pH 8,5-9 (>7-<10,5) et sans NaCl mais tolèrent jusqu'à 70 g/l de NaCl. ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'eau d'un forage au Portugal, Microcella putealis.

Microterricola (G. micros, petit; L. terricola, habitant du sol)

Bâtonnets irréguliers (0,4 x 0,5-0,6-1,2 microns), mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie jaune pâle. Peptidoglycan contient DAB, glychocol, alanine et acide glutamique. Aérobies stricts, catalase positive. Utilisent quelques sucres. Quinone majeure MK-12. Croissance entre10-38°C,(optimale à 15-30°C) et pH 6-11. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol au Japon, Microterricola viridarii.

Mycetocola

Bâtonnets irréguliers (0,2-0,4 x 2-3,5 microns) non mobiles, Gram positif. Aérobies stricts. Colonie jaune, circulaire, convexe et lisse. Croissance optimale à 25 °C (> 4 -< 33 °C). Catalase positive, oxydase négative. Production d’acide sur sucres. Détoxiquent les tolaasines produites par Pseudomonas tolaasii. ADN: 64-65 mol % G+C. Trois espèces, dont l’espèce type Mycetocola saprophilus.

Okibacterium (L. oka, nom d’une rivière ; G. bakterion, petit bâtonnet)

Bâtonnets irréguliers (0,4-0,6 x 0,7-1,5 microns), non sporulés, avec prédominance dans les cultures âgées de cellules ovoïdes ou coccoïdes irrégulières, isolées ou en paires. Non mobiles, Gram positif. Colonie jaune, circulaire, parfois convexe, opaque, brillante, butyreuse. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Utilisent un large spectre de substrats carbonés. Produisent des acides sur sucres. Hydrolysent l’amidon et l’esculine. Quinones majeures : MK-10 et MK-11. Phospholipides principaux : phosphatidylglycérol et diphosphatidylglycérol. Le rhamnose est le sucre prédominant de la paroi cellulaire. Croissance optimale à 24-27°C (7-37°C). Tolèrent 60 g/l de NaCl. ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée des graines de la plante Fritillaria ruthenica, Okibacterium fritillariae.

Phycicola (L. phycos, algue marine; L. -cola, habitant)

Bâtonnets mobiles ou coques non mobiles selon l'âge (0,4-0,5 x 0,8-1,2 microns), non sporulés, avec prédominance dans les cultures âgées de cellules ovoïdes ou coccoïdes irrégulières, isolées ou en paires. Gram positif. Colonie jaune à la lumière et blanche à l'obscurité, circulaire, lisse, entière, 1-2 mm de diamètre. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase négative.  Produisent des acides sur sucres. Hydrolysent l’esculine. Nitrate réduit en nitrite. Quinone majeure : MK-11. Phospholipides principaux : phosphatidylglycérol, phosphatidylinositol et diphosphatidylglycérol.  Croissance optimale à 25°C (4-30°C), pH 7,1-8,1 (6,1-10,1) et 20 g/l de NaCl (< 30 g/l). ADN : 69,8 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'algue marine en Corée, Phycicota gilvus.

Plantibacter  (L. planta, plante ; L. bacter, bâtonnet)

Bâtonnets pléomorphes parfois en forme de V, non mobiles, Gram positif, non sporulés. Colonie jaune, ronde, légèrement convexe, entière, brillante. Aérobies stricts, oxydase négative, catalase positive. Hydrolysent l’esculine, l’ADN, les Tween 60 et 80 et parfois l’amidon. Produisent de l’acide sur sucres. Quinones : MK-10 et MK-11. Croissance optimale à 25°C, lente à 32°C. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la phyllosphère de graminées, Plantibacter flavus (L. flavus, jaune). Corynéforme.

Pseudoclavibacter  (G. pseudes, faux)

Bâtonnets irréguliers (0,4-0,5 x 0,9-1,1 microns), non sporulés, non mobiles, Gram positif. Colonie jaune de 2-3 mm de diamètre. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Chimio-organotrophes utilisant les sucres, alcools, acides organiques et bases azotées. Quinone respiratoire MK-9. Croissance optimale à 28-30°C (10-35°C), pH 6-10 et 10 g/l de NaCl (<80 g/l). ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée du beurre, Pseudoclavibacter helvolus.

Rathayibacter (Rathay, phytopathologiste australien)

Bâtonnets courts irréguliers et polymorphes (0,4-0,8 x 0,5-1,8 microns), avec formation de courtes chaînes et de formes en V. Non mobiles. Gram positif. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Catalase positive. Exigeants sur le plan nutritionnel. Croissance optimale à 24-28 °C (16-35 °C). Utilisent sucres et acides organiques. ADN: 63-72 mol % G+C. Une espèce isolée de céréales, Rathayibacter(ex-Clavibacter) rathayi.

Rhodoglobus  (G. rhodon, la rose ; L. globus, balle)

Bâtonnets minces (0,15-0,2 x 1-1,2 microns), avec des protubérances bulbeuses (0,8 micron de diamètre), mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie lisse, ronde, convexe, translucide, rougeâtre, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies stricts. Catalase positive. Pas de production d’acide sur sucres. Ménaquinones majeures : MK-11 et MK-12. Ne réduisent pas le nitrate. Croissance optimale à 18°C (-2-21°C). ADN : 62 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac de l’Antarctique, Rhodoglobus vestalii (J. Robie Vestal, microbiologiste américain).

Salinibacterium

Bâtonnets irréguliers, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Aérobies stricts, hétérotrophes. Oxydase négative et catalase positive. Production d’acides sur quelques sucres. Hydrolysent l’ADN et la gélatine. Nitrate non réduit. Sensibles à streptomycine, ampicilline et carbénicilline, résistants à kanamycine, néomycine, polymyxine B et tétracycline. Croissance optimale entre 25-28°C (4-37°C), à pH 7,2-7,5 (4,5-11) et avec 10 à 30 g/l de NaCl (0-100 g/l). ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce, Salinibacterium amurskyense (baie Amursky, Russie).

Schumannella (P. Schumann, microbiologiste allemand)

Bâtonnets (0,5-0,6 x 1,1-1,6 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Le peptidoglycane contient acide glutamique, glycocolle, alanine et acide 2,4-diaminobutyrique. Colonie circulaire, convexe, gommeuse, jaune. Aérobies chimio-organotrophes. Catalase positive, oxydase négative. Utilisent les sucres avec production d’acides sur certains. Quinone respiratoire majeure MK-11. Croissance entre 8-35°C et pH 5-9 sans NaCl (0-30 g/l). ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lichen au Japon, Schumannella luteola.

Subtercola

Bâtonnets courts irréguliers (0,2-0,3 x 0,6-1 micron), isolés ou en forme de V, non sporulés, Gram positif. Colonie jaune. Psychrophiles. Croissance optimale à 15-17 °C (2-28 °C). Aérobies utilisant les sucres et les acides organiques. ADN: 64-68 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un aquifère, Subtercola boreus.

Yonghaparkia  (Yong-Ha Park, microbiologiste coréen)

Bâtonnets plus ou moins courts (0,2-0,4 x 0,6-1,4 microns), non sporulés, Gram positif. Colonie circulaire, faiblement convexe, lisse, luisante, jaune, de 1,5-2 mm de diamètre. Aérobies. Hydrolysent l’amidon et le Tween 40. Quinones majeures MK12. Croissance entre 10 et 37°C, à pH 9 et 0-20 g/l de NaCl. ADN : 71-72 mol % G+C. Une seule espèce Yonghaparkia alkaliphila isolée d’un sol alcalin de Corée.

Zimmermannella  (O.E.R. Zimmermann, microbiologiste allemand)

Bâtonnets plus ou moins courts (0,3-0,5 x 0,5-3 microns), isolés ou en paires, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie circulaire, convexe, lisse et généralement blanche. Aérobies, catalase positive, oxydase variable. Production d’acide sur certains sucres. Quinones majeures MK8 à MK-10. Croissance optimale à 30°C. ADN : 62-68 mol % G+C. Quatre espèce dont Zimmermannella helvola isolée du beurre.

Famille XIII. Beutenbergiaceae

Beutenbergia

Bâtonnets (1-3 mm) et coques (diamètre 0,7-1 micron), irréguliers, isolés, en paires, courtes chaînes ou amas, non mobiles. Gram positif. Colonie jaune. Aérobies à microaérophiles. Oxydase négative, catalase positive. Production d’acide sur sucres. Nitrate réduit en nitrite. Croissance optimale à 28 °C et jusqu'à 40 g/l de NaCl. ADN: 71 mol % G+C. Une espèce isolée du sol Beutenbergia cavernae.

Miniimonas (L. minius, vermillion; L. monas, une unité)

Coccoides (1,0–1,7 microns de diamètre) ou bâtonnets (0,6–3,7 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif, avec un cycle bâtonnets-coques. En aérobiose pendant 7 jours sur mimieu LB agar ou IL8 agar, formation d’une masse cellulaire vermillion. Colonie circulaire, lisse, de 1–4 mm de diamètre en 7 jours à 30°C sur mimieu LB agar. Anaérobies facultatifs, oxydase négative et catalase positive. Nitrate réduit en nitrite. H2S non produit. Hydrolyse de l’amidon négative. Sur API ZYM, positifs pour esterase lipase (C8), leucine arylamidase, naphthol AS-BI-phosphohydrolase, alpha-galactosidase,
beta-galactosidase, alpha-glucosidase et beta-glucosidase, mais négatifs pour phosphatase alcaline, lipase (C14), valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, chymotrypsine, beta-glucuronidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. Faiblement positifs pour estérase (C4) et phosphatase acide. Utilisent comme seule source de carbone L-arabinose, D-mannose, D-xylose, D-glucose, D-fructose, L-rhamnose et maltose monohydrate, mais pas D-mannitol. Formation anaérobie d’acide sur API 20A positive pour glucose, saccharose, maltose, D-xylose, L-arabinose, D-mannose, raffinose, L-rhamnose et tréhalose, faiblement positive pour cellobiose et négative pour D-mannitol, lactose, salicine, glycérol, mélézitose et D-sorbitol. Sur API 20A, en anaérobiose, positifs pour l’hydrolyse de l’esculine, mais négatifs pour la gélatine et la production d’indole, l’arginine dihydrolase et l’uréase. Ménaquinone majeure MK-8(H4). Acides gras branchés de type iso- et anteiso- et chaines droites de type saturé. Le peptidoglycan de paroi contient Orn, Ser, Ala et Glu. Les sucres cellulaires totaux sont le galactose, xylose et ribose. Les acides mycoliques sont absents. Le type acyl de l’acide muramique est l’acétyl. Les lipides polaires sont le phosphatidylglycérol, le diphosphatidylglycérol, le phosphatidylinositol et un phospholipide inconnu. Faible croissance à 25–30°C. Croissance optimale à pH 7–7,5 (5–11), en l’absence de NaCl 0-50 g/l). ADN : 74 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un sable marin au Japon, Miniimonas arenae.

Salana (L. salana, rivière Saale, Allemagne)

Bâtonnets (0,4-0,7 x 1,2-3 microns) ou coques, irréguliers, non mobiles. Gram positif. Anaérobies facultatifs par réduction du sélénate en sélénium. Formation d’acides sur sucres en aérobiose. Catalase et oxydase variables. Croissance optimale à 30-37 °C à pH 5. ADN: 75 mol % G+C. Une espèce isolée d’un enrichissement déchlorant inoculé avec un sédiment de rivière, Salana multivorans.

Serinibacter (L. serinum, sérine)

Bâtonnet irrégulier (0,4-0,5 x 1-2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Peptidoglycan de type A4alpha. Sucre cellulaire majeur galactose. Absence d’acides mycoliques. Le type acyl de l’acide muramique est le N-acetyl. Colonie circulaire, lisse, jaunâtre à orange. Culture liquide rose jaunâtre. Anaérobies facultatifs, catalase positive et oxydase négative. Production d’acides sur divers sucres. Ménaquinone MK-8(H4). Lipides polaires : phosphatidylglycérol et phosphatidyléthanolamine. Croissance optimale à 28°C (10-37°C), pH 7 (6-9) et 0-50 g/l NaCl (0-100 g/l). ADN : 71 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tractus digestif d’un poisson au Japon, Serinibacter salmoneus.

Famille XIV. Promicromonosporaceae

Promicromonospora

Hyphes branchées et septées (0,5-1 micron de diamètre) sur la surface et dans l'agar, se fragmentant en éléments de taille et forme variables, puis en bâtonnets ou coccobacilles avec des formes en Y ou V qui peuvent redonner des nouveaux mycéliums. Les hyphes aériennes sont droites ou incurvées, quelquefois branchées, habituellement fragmentées en bâtonnets ou coccobacilles. Paroi de type IV avec lysine comme principal acide aminé en position 3 dans le peptidoglycane. Absence d'acides mycoliques et d'acides teichoïques. Parmi les acides gras, prédominance des types branchés iso et anteiso (C15:0). Présence de phosphatidylglycérol et d'un phospholipide inconnu à glucosamine. Ménaquinones de type MK-9 (H4). Non acidorésistants, aérobies, catalase positive, mésophiles. Organismes hydrolytiques (esculine, caséine, gélatine, amidon, urée, ADN). Sensibles à des phages spécifiques du taxon. ADN: 70-75 mol % G+C. Trois espèces, dont Promicromonospora citrea isolée du sol.

Cellulosimicrobium

Dans les cultures jeunes, production d’un mycélium primaire qui va se fragmenter en bâtonnets irréguliers, incurvés, formant des V. Puis les bâtonnets se racourcissent jusqu’à devenir sphériques. Gram positif, non mobiles. Chimio-organotrophes aérobies et anaérobies facultatifs produisant des acides sur de nombreux sucres. Catalase positive. Cellulolytiques. Réduisent le nitrate. ADN: 74 mol % G+C. Une seule espèce, Cellulosimicrobium cellulans.

Isoptericola  (L. isoptera, ordre de termites ; L. cola, habitant)

Bâtonnets, formes en V ou coccobaciles non mobiles, formant un mycélium primaire, Gram positif. Muréine de type peptidoglycan A4a, variation A11.31. Sucres cellulaires : galactose, rhamnose et glucose (4 :2 :1). Ménaquinone principale MK9(H4). Anaérobies facultatifs, cellulolytiques et xylanolytiques. Production d’acide sur quelques sucres. ADN : 70-72 mol % G+C. Une seule espèce reclassée du genre Cellulosimicrobium, Isoptericola variabilis.

Myceligenerans  (L. mycelium, filament ; L. generans, produisant)

Organisme sporulé formant un mycelium bien développé et branché, sur et dans le milieu gélosé. Gram positif. Mycelium aérien absent. Le mycelium de surface comporte des cellules fragmentées ainsi que des chaînes de spores avec une à deux spores formées aux extrémités du mycelium. Spores coccoïdes non mobiles. Colonie jaunâtre à jaune, de 1-5 mm de diamètre. Aérobies bien que certains sucres soient fermentés en microaérophilie. Sucres de la paroi cellulaire : glucose, mannose et galactose. Ménaquinones majeures : MK-9(H4) et MK-9(H6). Les cellules contiennent du phosphatidylglycérol, du diphosphatidylglycérol, du phosphatidylinositol, trois phospholipides inconnus et un glycolipide inconnu. Croissance optimale entre 20 et 30°C (4-50°C), à pH entre 7 et 9 (4-13) et entre 20 à 70 g/l de NaCl (20-175 g/l). ADN : 72 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un pâturage en Chine, Myceligenerans xiligouense.

Xylanibacterium (L. xylanum, xylane)

Bâtonnets courts, non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie circulaire, convexe, blanche, opaque, de 1 à 3 mm de diamètre. Aérobies ou anaérobies facultatifs. Chimio-organotrophes xylanolytiques. Oxydase positive, catalase négative. Utilisent l’acétate et quelques sucres comme sources de carbone mais pas le glucose. Produisent xylanases, b-xylosidase et b-galactosidase. Hydrolysent l’esculine. Ne réduisent pas le nitrate. Ménaquinones majeures : MK-9(H4) et MK-8(H4). Croissance optimale à 30°C et pH 7. ADN : 72 mol % G+C. Une seule espèce isolée de bois d’orme en décomposition, Xylanibacterium ulmi.

Xylanimicrobium (L. xylanum, xylane)

Bâtonnets pléomorphes en phase exponentielle (0,4-0,6 x 0,6-3 microns), cellules sphériques en phase stationnaire (0,5-0,7 micron de diamètre), isolés ou en paires. Formation d’un mycélium nocardioforme en aérobiose sur milieu de base avec glucose. Pas de mycélium aérien. Non mobiles, non sporulés, Gram positif. Anaérobies facultatifs fermentant certains sucres dont le glucose en formate, lactate, éthanol et acétate. En aérobiose, utilisent xylane et carboxyméthylcellulose. Production d’acides sur certains sucres. Catalase, oxydase et aminopeptidase positives. Réduisent le nitrate en nitrite, hydrolysent la gélatine. Ménaquinone majeure MK9(H4). Croissance optimale à 35°C et pH 7,5. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’intestin du scarabée Pachnoda marginata, Xylanimicrobium (ex Promicromonospora) pachnodae.

Xylanimonas (L. xylanum, xylane)

Cellules coccoïdes (0,8 x 1,1 microns), non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie circulaire, convexe, blanche, opaque, de 1 à 3 mm de diamètre. Aérobies ou anaérobies facultatifs. Chimio-organotrophes xylanolytiques. Oxydase positive, catalase faible. Utilisent quelques sucres comme sources de carbone mais pas le glucose. Produisent amylases, cellulases, gélatinase, xylanases et b-galactosidase. Hydrolysent l’esculine. Réduisent le nitrate et produisent de l’acétoïne (test de VP). Ménaquinones majeures : MK-9(H4) et MK-8(H4). Croissance optimale à 30°C et pH 7. ADN : 73 mol % G+C. Une seule espèce, Xylanimonas cellulosilytica.

Famille XV. Ruaniaceae

Ruania (JI-Sheng Ruan, microbiologiste chinois)

Coques (0,5-0,8 micron de diamètre), non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie jaune pâle, convexe. Peptidoglycan de type A4a. Sucres totaux: galactose et glucose. Aérobies stricts, catalase positive, oxydase négative. Utilisent sucres (avec production d'acides), acides organiques et aminés. Réduisent le nitrate en nitrite. Hydrolysent l'amidon. Ménaquinone majeure MK-8(H4). Lipides polaires majeurs : phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol et un glycolipide inconnu.  Halotolérants modérés. Croissance optimale à 28°C (20-37°C), pH 6,5-10,5 (5,5-12,5) et jusqu'à 100 g/l de NaCl. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol en Chine, Ruania albidiflava.

Haloactinobacterium (G. hals, halos, sel; G. actis, actinos, un rayon; L. bacterium, un bâtonnet).

Bâtonnets courts ((0,3-0,4 x 0,6-0,7 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Le peptidoglycane est de type A4-alpha avec L-Lys-L-Glu comme pont interpeptide. Les sucres cellulaires totaux sont glucosamine, arabinose, mannose et deux sucres inconnus. Colonie blanc crémeux, circulaire, lisse, opaque et non pigmentée. Aérobies, anaérobies facultatifs en présence de nitrate, catalase positive et oxydase négative. Sur MicroPlates GP2, oxydent L-arabinose, D-fructose, L-fucose, D-galactose, alpha-D-glucose, maltose, D-mannose, D-psicose, D-ribose, saccharose, D-xylose, méthyl B-D-galactoside, pyruvate, pyruvate, méthyl ester, DL-alpha-glycérol phosphate, DL-lactate, acétate, glycérol et amygdaline. Produisent de l’acide sur cellobiose, DL-arabinose, D-fructose, L-fucose, D-galactose, D-glucose, maltose, D-mannose, L-rhamnose, D-ribose, D-tagatose, turanose, D-xylose, D-adonitol, érythritol, glycérol, méthyl B-D-xylopyranoside, N-acétylglucosamine, esculine et Salicine. Rouge de méthyl et test de Voges-Proskauer négatifs. Cellulose et esculine hydrolysées, mais pas gélatine, caséine, dextrine, amidon, ADN, chitine, urée et Tweens 20, 40, 60 et 80. Réduction du nitrate et production d’H2S, mélanine et indole négative. Sur API ZYM, positifs pour estérase (C4), esterase lipase (C8), cystine arylamidase, B-galactosidase, B-glucosidase, A-mannosidase et N-acétyl-B-glucosaminidase. La ménaquinone prédominante est la MK-8(H4). Les lipides polaires
sont le diphosphatidylglycérol, le phosphatidylglycérol, le phosphatidylinositol, un phosphoglycolipide inconnu et un phospholipide inconnu. Halophiles modérés. Croissance optimale à 37°C (10-40°C), pH 7-8 (6-10) et 70-100 g/l NaCl (20-160 g/l). ADN : 68-69 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un lac salé de Chine, Haloactinobacterium album.

Famille XVI. Demequinaceae

Demequina (nom dérivé de demethylmenaquinone, une quinone non usuelle trouvée dans ce microorganisme)

Bâtonnets aux extrémités rondes (0,25-0,35 x 0,6-1,2 microns),  non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie circulaire, translucide, à bord entier, jaune, de 3-4 mm de diamètre. Peptidoglycan de type A avec L-ornithine, alanine, glycocol, sérine, D-glutamate et aspartate. Aérobies stricts, catalase positive, oxydase négative. Pas de production d’acide sur sucres. Décomposent la carboxyméthylcellulose, l'ADN et l'esculine. Quinone unique DMK-9(H4). Lipides polaires majeurs : phosphatidylinositol, diphosphatidylglycérol et un phospholipide inconnu. Croissance optimale à 33,5°C (5-35°C), pH 7 (6-11) et 20-40 g/l de NaCl (0-120 g/l). ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce marine, Demequina aestuarii.

Lysinimicrobium

Micrococcineae non classées

Koreibacter (L. Korea, Corée)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1,5-2,3 microns), non mobiles, Gram positif. Le peptidoglycan est de type A3a avec Lys-Ser comme pont inter-peptide. Le sucre cellulaire total est le galactose. Colonie jaune pâle, circulaire, convexe, entière, d’environ 0,5-0,8 mm de diamètre après 5 jours d’incubation à 30°C. Aérobies stricts, oxydase négative, catalase positive. Hydrolysent l’ADN mais pas caséine, cellulose, chitine, élastine, hypoxanthine, amidon, tyrosine et xanthine. Tests API-ZYM positifs pour alpha-glucosidase et N-acétyl-beta-glucosaminidase, faiblement positifs pour esterase (C4) et estérase lipase (C8) et négatifs pour phosphatase alcaline, lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, alpha-chymotrypsine, phosphatase acide, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, alpha-galactosidase, Beta-galactosidase, Beta-glucuronidase, Beta-glucosidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. Acide produit sur maltose, L-rhamnose, tréhalose et glycérol, mais pas sur D-arabinose, L-arabinose, cellobiose, dextrine, D-fructose, D-galactose, D-glucose, inuline, lactose, D-mannose, mélézitose, alpha-méthyl D-glucoside, alpha-méthyl D-mannoside, raffinose, salicine, L-sorbose, saccharose, D-xylose, D-dulcitol, meso-érythritol, myo-inositol, D-mannitol, D-sorbitol ou D-xylitol. La ménaquinone majeure est la MK-9(H4). Les lipides polaires sont le phosphatidylglycérol et le phosphatidylinositol. Croissance optimale à 25-30°C (10-37°C), pH 7,1 (4,1-12,1) et 10-40 g/l NaCl (0-100 g/l). ADN : 68 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une algue marine côtière de Corée, Koreibacter algae.

Luteimicrobium (L. luteus, jaune)

Les cellules exhibent un cycle bâtonnet (0,5-0,7 x 1-3 microns)-coccus (0,7 micron de diamètre) et sont non mobiles, non sporulées et Gram positif. Le peptidoglycane de la paroi est de type A4alpha. Colonie circulaire, rugueuse et jaune. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase négative. Production d’acide sur plusieurs sucres. Nitrate réduit en nitrite. La ménaquinone prédominante est MK-8(H2) et les lipides polaires majeurs sont le diphosphatidylglycérol et le phosphatidylglycérol. Croissance optimale à 28°C (10-35°C), pH 6 (5-9) et 10 g/l NaCl (0-50 g/l). ADN : 73 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol au Japon, Luteimicrobium subarcticum.


 


 

 





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