Taxonomie des Procaryotes
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Synonymes
         
Acidimicrobidae, Rubrobacteridae, Coriobacteridae et Sphaerobacteridae,
Sous-classes I à IV des Actinobacteria, Classe I du Phylum BXVI du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés

2. Taxonomie

Phylum BXVI. Actinobacteria

Classe I. Actinobacteria

Sous-Classe I. Acidimicrobidae

Ordre I. Acidimicrobiales

Sous-Ordre I. Acidimicrobineae

Famille I. Acidimicrobiaceae: Acidimicrobium, Ferrimicrobium, Ferrithrix, Ilumatobacter

Famille II. Lamiaceae: Lamia

Acidimicrobineae non classées: Aciditerrimonas

Sous-Classe II. Rubrobacteridae

Ordre I. Rubrobacterales

Sous-Ordre I. Rubrobacterineae

Famille I. Rubrobacteraceae: Rubrobacter

Ordre II. Solirubrobacterales

Famille I. Solirubrobacteraceae : Solirubrobacter

Famille II. Conexibacteraceae : Conexibacter

Famille III. Patulibacteraceae : Patulibacter

Ordre III. Thermoleophilales

Famille I. Thermoleophilaceae : Thermoleophilum

Ordre IV. Gaiellales

Famille I. Gaiellaceae: Gaiella

Sous-Classe III. Coriobacteridae

Ordre I. Coriobacteriales

Sous-Ordre I. Coriobacterineae

Famille I. Coriobacteriaceae: Coriobacterium, Adlercreutzia, Asaccharobacter, Atopobium, Collinsella, Cryptobacterium, Denitrobacterium, Eggerthella, Enterorhabdus,Gordonibacter, Olsenella, Paraeggerthella, Slackia

 

Sous-Classe IV. Actinobacteridae (page suivante)

3. Description des genres


Phylum BXVI. Actinobacteria

Classe I. Actinobacteria

Sous-Classe I. Acidimicrobidae

Ordre I.Acidimicrobiales

Sous-Ordre I. Acidimicrobineae

Famille I.Acidimicrobiaceae

Acidimicrobium

Bâtonnets (0,3-0,4 x 1-1,5 microns) formant des filaments de longueur variable, mobiles, Gram positif. Aérobies stricts thermotolérants ou thermophiles modérés et acidophiles. Croissance autotrophe sur fer ferreux. Croissance hétérotrophe sur extrait de levure. Croissance optimale à 45-50 °C et pH 2. ADN: 67-69 mol % G+C. Une espèce isolée d’environnements chauds, acides et riches en soufre et fer, Acidimicrobium ferrooxidans.

Ferrimicrobium (L. ferrum, fer)

Bâtonnets (0,5 x 1-3 microns), mobiles, non sporulés, Gram négatif. Peptidoglycan de type A1gamma. Colonie gélatineuse de 1-3 mm de diamètre, avec dépôt de fer ferrique au centre sur milieu au fer ferreux. Aérobies hétérotrophes croissant sur extrait de levure et quelques substrats organiques comme glycérol, citrate et glutamate. Oxydent le fer ferreux et la pyrite et réduisent Fe(III) en présence d’une source de carbone. Ménaquinone majeure MK-8(H10). Acidophiles extrêmes et mésophiles. Croissance optimale à 35°C et pH 2 (min. 1,4). ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une mine du Pays de Gales, Ferrimicrobium acidiphilum.

Ferrithrix (L. ferrum, fer ; G. thrix, cheveu)

Bâtonnets occasionnels (0,5 x 3-4 microns), mais surtout filaments formant des flocs visibles (1-3 mm de diamètre), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Peptidoglycan de type A1gamma. Colonie rhizoïdale de 1-2 mm de diamètre, avec dépôt de fer ferrique au centre sur milieu au fer ferreux. Hétérotrophes croissant sur extrait de levure, glycérol ou éthanol. Oxydent le fer ferreux et réduisent Fe(III) en présence d’une source de carbone. Facteurs de croissances exigés. Acidophiles, thermophiles modérés. Croissance optimale à 43°C (max 50°C) et pH 1,8 (min. 1,6). ADN : 50 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un site géothermal du Yellowstone, Ferrithrix thermotolerans.

Ilumatobacter (G. ilumatos, sédiment)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,3-1,6 microns), non mobiles, Gram négatif. Peptidoglycan avec LL-DAP, glycocolle, alanine et hydroxyglutamate. Le type acyl est le glycolyl. Colonie incolore. Aérobies stricts. Ménaquinone majeure MK-9(H8). Croissance à 26-31°C, pH 7-11 et eau de mer. ADN : 68 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment d’estuaire au Japon, Ilumatobacter fluminis.

Famille II. Lamiaceae

Lamia (Institute of Applied Microbiology, Université de Tokyo, Japon)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1,2-1,7 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. La paroi contient acide glutamique, alanine et meso-DAP. Peptodoglycane de type A1gamma et de type glycolyl. Sucres de paroi : rhamnose, mannose, arabinose, galactose et xylose. Colonie petite, circulaire, convexe, lisse, luisante, blanche, de 0,2-0,3 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Nitrate réduit en azote (dénitrifiants). Utilisent des sucres et quelques acides organiques. Hydrolysent la gélatine. Menaquinone majeure MK-9(H6). Croissance optimale à 28-30°C (10-45°C). ADN : 74 mol % G+C. Une seule espèce isolée du concombre de mer Holothuria edulis au Japon, Iamia majanohamensis.

Acidimicrobineae non classées

Aciditerrimonas (L. acidum, un acide; L. terra, sol; L. monas, une unité)

Bâtonets courts (0,5-0,6 x 0,8-1,1 microns), mobiles avec flagelles
péritriches, non sporulés, Gram positif. Le peptidoglycane contient l’acide meso-diaminopimélique. Anaérobies facultatifs et autotrophes par réduction du fer ferrique avec hydrogène en anaérobiose. Pas d’oxydation du fer ferreux. Croissance hétérotrophe avec extrait de levure et plusieurs sucres (glucose, lactose, mannose et xylose). La quinone majeure est la MK-9(H4). Les phospholipides comprennent la phosphatidyl-N-méthyléthanolamine et un phosphoglycolipide positif à la ninhydrine. Thermoacidophiles, croissance optimale à 50°C (35-58°C) et pH 3,0 (2,0-4,5). ADN : 74 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un solfatar au Japon, Aciditerrimonas ferrireducens.

        Sous-Classe II. Rubrobacteridae

Ordre I. Rubrobacterales

Sous-Ordre I. Rubrobacterineae

Famille I. Rubrobacteraceae

Rubrobacter

Bâtonnets irréguliers (0,8-1 x 1-4 microns), non mobiles, Gram positif. Colonie rose rougeâtre. Aérobies, catalase positive. Utilisent quelques sucres sans production d’acide. Réduisent le nitrate en nitrite. Croissance optimale à 46-48 °C, pH 7-7,4 et NaCl 60 g/l. Deux espèces, dont Rubrobacter radiotolerans isolé d’une source chaude radioactive du Japon.

Ordre II. Solirubrobacterales

Famille I. Solirubrobacteraceae

Solirubrobacter  (L. solum, sol ; L. Rubrobacter, genre de bactérie)

Bâtonnets (0,7 x 1,4 microns), en longues chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie ronde, convexe, rose. Aérobies stricts, catalase positive, oxydase négative. Utilisent les sucres communs et quelques acides aminés. Sensibles à la dessiccation. Croissance optimale à 28-30°C (19-38°C) et à pH 6,5 (6-7,5). ADN : 72 mol % G+C. Une seule espèce, Solirubrobacter pauli (Eldor A. Paul, microbiologiste du sol américain).

Famille II. Conexibacteraceae

Conexibacter  (L. conexi, lié ; L. bacter, bâtonnet)

Petits bâtonnets (0,6-0,7 x 0,9-1,2 microns), isolés ou en paires, mobiles par de longs flagelles péritriches, non sporulés, Gram positif. Colonie lisse, mucoïde à collante, blanche à crème. Peptidoglycan de type A1g, acides mycoliques absents. Quinone isoprénoïde majeure MK-7(H4). Lipides polaires : phosphatidylinositol et un lipide inconnu ; lipides amino-fonctionnels et glycolipides absents. Aérobies, catalase et oxydase positives. Utilisent quelques sucres et acides organiques. Réduisent le nitrate en nitrite, hydrolysent la gélatine et l’esculine. Croissance optimale à 28-37°C et pH 7-7,5. ADN : 71 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol forestier tempéré, Conexibacter woesei.

Famille III. Patulibacteraceae

Patulibacter (L. patulus, étendu)

Bâtonnets (0,6-0,7 x 1,2-1,5 microns), mobiles par de longs flagelles, non sporulés, Gram positif. Colonie plate, transparente, blanchâtre à jaunâtre. Le peptidoglycan de type acétyl, contient le meso-DAP, l’alanine et l’acide glutamique. Aérobies stricts, catalase positive, oxydase négative. Utilisent de nombreux sucres et quelques acides organiques. Quinone isoprénoïde majeure DMK-7. Croissance entre 16-28°C, à pH 6-8 et moins de 20 g/l de NaCl. ADN : 72 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol, Patulibacter minatonensis.

Ordre III. Thermoleophilales

Famille IThermoleophilaceae

Thermoleophilum (G. thermus, chaleur; L. oleum, huile; G. philos, aimer)

Bâtonnets courts (0,4 x 0,7-1,5 microns), non mobiles, Gram négatif. Aérobies utilisant quelques n-alcanes de C13 à C20. Prototrophes. Croissance optimale à 60 °C (45-70 °C) et à pH 7 (5,8-8). ADN : 69-70 mol % G+C. Deux espèces isolées de sources chaudes, dont Thermoleophilum album.

Ordre IV. Gaiellales

Famille I. Gaiellaceae


 
Gaiella (L. Gaiella, Gaia, déesse grecque de la Terre)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1,0–3,0 microns), non mobiles, Gram négatif. Peptidoglycane de type A1gamma (meso-Dpm directement cross-lié; glycocolle en position 1 de la sous-unité peptide). Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Nitrate réduit en nitrite. Gélatine dégradée mais pas esculine ni hippurate. Sur API ZYM, positifs pour phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), phosphatase acide et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase. Assimilent glucose, D-fructose, D-mannose, D-ribose, D-xylose, myo-inositol, alpha-cétoglutarate, DL-lactate, acétate, pyruvate, glutamate, L-alanine, L-asparagine, L-lysine, proline, L-glutamine, L-arginine, L-sérine et ornithine. Trois phospholipides et deux phosphoglycolipides inconnus. Croissance optimale à 35-37°C (>15-<45°C), pH 6,5-7,5 (>5-<9) et moins de 10 g/l NaCl. ADN : 72 mol % G+C (HPLC). Une seule espèce isolée d’un aquifère profond au Portugal, Gaiella occulta.

Sous-Classe III. Coriobacteridae

Ordre I.Coriobacteriales

Sous-Ordre I.Coriobacterineae

Famille I. Coriobacteriaceae

Coriobacterium (G. koris, punaise)

Bâtonnets irréguliers ou en forme de poires en chaînes de 150 microns, non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts. Glucose fermenté en acétate, lactate, éthanol, H2 et CO2. ADN: 61 mol % G+C. Une espèce isolée du tractus digestif de la punaise, Coriobacterium glomerans.

Adlercreutzia (H. Adlercreutz, professeur finlandais)

Coccobacilles (0,6-0,7 x 1,5-2,7 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie circulaire, entière, faiblement convexe, lisse, grise, de 1-2 mm de diamètre. Anaérobies stricts asaccharolytiques. Aucun métabolite détecté sur milieu peptone-extrait de levure + glucose. Croissance stimulée par l'arginine. Quinone respiratoire principale ménaquinone DMMK-6. ADN: 64-67 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fécès humains, Adlercreutzia equolifaciens.

Asaccharobacter (G. a, non, pas; G. saccharon, sucre)

Bâtonnets (0,45 x 2,3-2,7 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Le peptidoglycan de paroi contient l'acide meso-diaminopimélique, l'alanine et l'acide glutamique. Colonie lisse, claire, sans couleur, de 1 mm de diamètre. Anaérobies stricts asaccharolytiques, catalase négative. Production de traces d'acides organiques (lactate, acétate et succinate) sur milieu peptone-extrait de levure + glucose. Croissance stimulée par l'arginine mais pas par le Tween 80. Croissance avec 20% de bile. Lipoquinone principale inconnue. ADN: 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée de ceacum de rat, Asaccharobacter celatus.

Atopobium (G. atopos, étrange)

Bâtonnets courts souvent renflés au centre, ou petites coques qui apparaissent elliptiques, isolés, en paires et courtes chaînes, non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts fermentant le glucose en lactate, acétate et formate. Catalase négative. ADN: 35-46 mol % G+C. Cinq espèces, dont Atopobium minutum.

Collinsella

Bâtonnets isolés (0,3-0,7 x 1,2-4,3 microns) ou chaînes de 6 à 120 cellules coccoïdes, non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts fermentant le glucose en H2, éthanol, formate et lactate. ADN: 60-61 mol % G+C. Trois espèces, dont Collinsella aerofaciens isolée de fécès humains.

Cryptobacterium

Bâtonnets courts, non mobiles, isolés ou en amas, Gram variable. Anaérobies stricts. Catalase négative. Asaccharolytiques ne produisant pas de composés volatils. Croissance faible. Test biochimiques souvent négatifs. ADN: 50-51 mol % G+C. Une espèce isolée du péritoine d’un malade atteint de péritonite, Cryptobacterium curtum.

Denitrobacterium

Bâtonnets (0,5-1 x 1-1,5 microns) aux extrémités bulbeuses, non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes. Nitrate, 2- et 3-nitropropanol, 3-nitropropionate, nitroéthanol, nitroéthane, 1-nitropropane, 2-nitrobutane, DMSO et oxyde de triméthylamine utilisés comme accepteurs d’électrons. Hydrogène, formate et lactate donneurs d’électrons avec production d’acétate. ADN: 56-60 mol % G+C. Une seule espèce isolée du rumen, Denitrobacterium detoxificans.

Eggerthella

Bâtonnets (0,2-0,4 x 0,2-2 microns) isolés, en paires et courtes chaînes, non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts. Fermentent le glucose en acétate, lactate et succinate. Catalase négative. Croissance stimulée par l'arginine. ADN: 6-65 mol % G+C. Trois espèces dont Eggerthella lenta (ex-Eubacteriumlentum).

Enterorhabdus (G. enteron, intestin ; G. rhabdos, bâtonnet)

Bâtonnets (0,5 x 2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Peptidoglycan avec acide LL-diaminopimelique. Sucres cellulaires: galactose et ribose. Colonie circulaire, entière, élevée, translucide à faiblement opaque. Anaérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase négatives. Aérotolérants. Quinone respiratoire majeure MMK-6. Croissance optimale à 30-40°C et pH 6,9-7,1. ADN : 64 mol % G+C. Une seule espèce Enterorhabdus mucosicola isolée de l’intestin d’une souris.

Gordonibacter (Jeffrey J. Gordon, généticien américain)

Bâtonnets courts à coccobacilles (0,5-0,6 x 0,8-1,2 microns), mobiles par flagelles subpolaires, non sporulés, Gram positif. Colonie petite, blanc pâle, semi-translucide. Anaérobies stricts, catalase positive, catabolisant très peu de substrats carbonés. Croissance sur quelques acides aminés, dextrine et glucose-6-phosphate. Glucose non fermenté. Hydrolysent l’arginine. Ménaquinone majoritaire MK-6. Lipides polaires : diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol et 4 glycolipides. ADN : 66 mol % G+C. Une seule espèce, Gordonibacter pamelaeae, isolée du colon d’un patient soufrant de la maladie de Crohn.

Olsenella

Petits bâtonnets elliptiques (0,6-0,8 x 0,8-2 microns), isolés, en paires et courtes chaînes, non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts. Fermentent le glucose en acétate et lactate. Catalase négative. ADN: 63-64 mol % G+C. Deux espèces isolées de la cavité orale de l’homme et du rumen, dont Olsenella uli.

Paraeggerthella (L. para, près de ; Eggerthella, nom de genre bactérien)

Même description que le genre Eggerthella avec les différences suivantes. Ménaquinone majoritaire MK-6. Lipides polaires : diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol et 4 glycolipides. ADN : 61-62 mol % G+C. Une seule espèce, Paraeggerthella hongkongensis, reclassée du genre Eggerthella.

Slackia

Coques, coccobacilles ou bâtonnets courts, non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts ne fermentant pas les sucres. Catalase négative. ADN: 60-64 mol % G+C. Deux espèces, dont Slackia exigua.

 

 

 








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