Taxonomie des Procaryotes
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Synonymes
         
Planctomycetes: Phylum BXVII du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   


















1. Propriétés du phylum

Microorganismes dulçaquicoles chimio-organotrophes aérobies, mésophiles, sous forme de cellules ovoïdes parfois pédonculées réunies en rosettes.

2. Taxonomie

Phylum BXVII. Planctomycetes

Classe I. Planctomycetacia

Ordre I. Planctomycetales

Famille I. Planctomycetaceae: Planctomyces, Aquisphaera, Blastopirellula, Gemmata, Isosphaera, Pirellula, Rhodopirellula, Schlesneria, Singulisphaera, Zavarzinella

Classe II. Phycisphaerae

Ordre I. Phycisphaerales

Famille I. Phycisphaeraceae : Phycisphaera

3. Description des genres


Phylum BXVII. Planctomycetes

Classe I. Planctomycetacia

Ordre I. Planctomycetales


Morphologie: cellules ovoïdes parfois pédonculées réunies en rosettes
Croissance: aérobies, mésophiles
Nutrition: chimio-organotrophes
Habitat: dulçaquicoles

Famille I. Planctomycetaceae

Planctomyces (G. planktos, plancton; G. mykes, champignon)

Ces organismes se rencontrent dans les habitats aquatiques sous forme de microcolonies en rosettes de cellules ovoïdes ou sphériques (0,4-1,5 microns), groupées par la base de leur pédoncule qui est souvent incrusté d'oxyde de fer. Bourgeon produit au pôle opposé du pédoncule pouvant porter des flagelles. Nombreux pili sur les cellules mères (1 micron). Le pédoncule est très fin et difficile à voir en microscopie optique ( 0,05-0,1 micron) ; il est composé de nombreuses fibrilles de 5 nm et peut atteindre 5 microns de long. Il porte un crampon de fixation (" holdfast ") à son extrémité. Le flagelle peut subsister chez la cellule mère. Aérobies stricts. ADN: 50 mol % G+C. Six espèces, dont Planctomyces bekefii.


Planctomyces bekefii
Starr & Schmidt (1989) in Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 3.
J.T. Staley et al. eds., Williams & Wilkins pub., p. 1951.

Aquisphaera (L. aqua, eau; L. sphaera, une sphère)

Cellules sphériques de 1,6-2 microns de diamètre, isolées ou en amas, non mobiles, Gram négatif, paroi sans peptidoglycane. Des trous cratériformes sont distribués sur la surface. Reproduction par bourgeonnement. Colonie rose pâle, translucide et lisse. Aérobies stricts chimiohétérotrophes, catalase et oxydase positives. Hydrolysent amidon, Tweens 20 et 80 et gélatine. Positifs pour phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, phosphatase acide alpha-glucosidase, cystine aminopeptidase, trypsine, alpha-chymotrypsine, beta-glucosidase et alpha-fucosidase (API ZYM). Produisent acétoïne mais ni indole, ni H2S. Arginine dihydrolase, lysine et ornithine décarboxylase absentes. Nitrate non réduit en nitrite. Assimilent D-glucose, D-fructose, D-galactose, L-rhamnose, L-fucose, D-ribose, D-arabinose, L-arabinose, saccharose, maltose, lactose, cellobiose, tréhalose, D-mannitol, alpha-cétoglutarate, acétate, pyruvate et D-glucoronate. Acide produit sur D-arabinose, L-arabinose, D-ribose, D-xylose, L-xylose, D-galactose, D-glucose, D-fructose, D-mannose, L-sorbose, L-rhamnose, mélibiose, saccharose, D-lyxose, D-tagatose, D-fucose, L-fucose et 5-cétogluconate de potassium (API 50 CH). 0xydent alpha-cyclodextrine, NAG, L-arabinose, D-fructose, L - fucose, D-galactose, D-glucose, D-mannitol, D-mannose, raffinose, L-rhamnose, formate, D-glucosaminate, D- glucuronate, DL-lactate, malonate, propionate, L-phénylalanine, L-thréonine et phényléthylamine (BiologG N2). Peptone, extrait de levure, Casamino acides, NAG, ammoniaque, asparagine, aspartate, cystéine, glutamine, ornithine, sérine et thréonine servent de source d’azote. La vitamine B12 est requise pour la croissance. La ménaquinone majeure est MK-6. Les phospholipides prédominants sont la phosphatidylcholine et le phosphatidylglycérol. Croissance optimale à 30-35°C (10-35°C), pH 7,5-8,5 (6,5-9,5) et moins de 2,5 g/l NaCl. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments d’un aquarium d’eau douce, Aquisphaera giovannonii.

Blastopirellula  (G. blastos, bourgeon ; Pirellula, nom de genre bactérien)

Cellules ovoïdes, ellipsoïdes ou piriformes, isolées ou en rosettes attachées par le plus petit pôle cellulaire. Les bourgeons sont formés aux pôles larges. Cellules adultes non mobiles. Formation de structures en cratère et de fimbriae dans les régions cellulaires supérieures. Paroi cellulaire protéinée sans peptidoglycan. Colonie grisâtre à blanc-brunâtre. Non sporulés. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Polyamine majeure sym-homospermine ; ménaquinone majeure MK-6. Phospholipide majeur phosphatidylglycérol. Une seule espèce reclassée du genre Pirellula, Blastopirellula marina.

Gemmata (L. gemmare, germer)

Cellules sphériques à piriformes (1,4-3 microns de diamètre), se multipliant par bourgeonnement, mobiles par flagelles multitriches, Gram négatif. Contiennent des inclusions noires de fibrilles nucléaires. S’attachent à son support par secrétion d’un mucus. Colonie rose. Temps de génération, 13 h. Aérobies, catalase positive, oxydase négative. Utilisent les sucres. Croissance entre 16 et 35 °C. ADN: 63-65 mol % G+C. Une espèce isolée d’eau douce, Gemmata obscuriglobus.

Isosphaera (G. iso, égal; L. sphaera, sphère)

Cellules sphériques (2-2,5 microns de diamètre), en chaînes jusqu’à cent cellules. Division par bourgeonnements intercalaires ou terminaux. Une vacuole de gaz par cellule. Mobilité par glissement. Présence de pili. Gram variable. Présence de caroténoïdes. Aérobies stricts, chimiohétérotrophes. Utilisent les sucres. Croissance optimale à 40-55 °C et pH 7,8-8,8. ADN: 62 mol % G+C. Une espèce isolée de sources chaudes, Isosphaera pallida.

Pirellula (L. pirum, poire)

Cellules piriformes, mobiles, bourgeonnantes, non pédonculées, formant fréquemment des rosettes par attachement des pôles pointus. Gram négatif. Aérobies utilisant les sucres et la pectine. ADN: 56-59 mol % G+C. Deux espèces, dont Pirellula (ex-Pirella) staleyi.

Rhodopirellula (G. rhodon, la rose ; L. Pirellula, nom de genre bactérien)

Cellules ovoïdes, ellipsoïdes ou piriformes (1-2,5 x 1,2-2,3 microns), isolées ou en rosettes attachées par le plus petit pôle cellulaire. Les bourgeons sont formés aux pôles larges. Les bourgeons peuvent présenter un seul flagelle sub-polaire inséré au pôle le plus proche. Cellules adultes non mobiles. Formation de structures en cratère et de fimbriae dans les régions cellulaires supérieures. Paroi cellulaire protéinée sans peptidoglycan. Colonie ronde, lisse, rose à rouge. Non sporulées. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Utilisent principalement les sucres. Hydrolysent l’esculine, la gélatine et l’amidon. Polyamines majeures : putrescine, cadavérine et sym-homospermine ; ménaquinone majeure MK-6. Phospholipides majeurs : phosphatidylcholine et phosphatidylglycérol. Sensibles à la tétracycline mais résistantes à la streptomycine, ampicilline et pénicilline. Croissance optimale entre 28 et 30°C. Vitamine B12 et eau de mer indispensables pour la croissance. ADN : 53-57 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer baltique, Rhodopirellula baltica.

Schlesneria (Heinz Schlesner, microbiologiste allemand)

Cellules ellipsoïdes (0,6-1,5 x 1,3-2,1 microns), isolées, en paires ou en rosettes. Capsulées. Reproduction par bourgeonnement. Les bourgeons sont formés au pôle libre des cellules mères. Les cellules filles sont mobiles par deux flagelles sub-polaires. Cellules adultes non mobiles. Les cellules sont connectées les unes aux autres par des appendices fibrillaires nombreux. Tige courte rarement observée. Colonie petite non pigmentée. Non sporulées. Aérobies facultatifs, chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent principalement les sucres. Capacité hydrolytique faible. Ménaquinone majeure MK-6. Croissance optimale entre 15 et 26°C (4-32°C) et pH 5-6,2 (4,2-7,5). NaCl  inhibiteur à 5 g/l. ADN : 54-57 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Sibérie, Schlesneria paludicola.

Singulisphaera (L. singuli, seul)

Cellules sphériques (1,6-2,6 microns de diamètre), isolées, en paires ou en agrégats sans forme particulière. Non mobiles. Capsulées. Reproduction par bourgeonnement. Les cellules s'attachent aux surfaces à l'aide d'un "holdfast" amorphe. Tige courte non observée. Colonie opaque non pigmentée. Non sporulées. Aérobies capables de croissance microaérophile, chimio-organotrophes, catalase, oxydase et uréase positives.Utilisent principalement les sucres. Prototrophes. Capacité hydrolytique positive. Ménaquinone majeure MK-6. Acidophiles modérés et mésophiles, sensibles à NaCl. Croissance optimale entre 20 et 26°C(4-33°C) et pH 5-6,2 (4,2-7,5).NaCl  inhibiteur au delà de 5 g/l. ADN : 57-60 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'une tourbière de Russie, Singulisphaera acidiphila.

Zavarzinella (George A. Zavarzin, microbiologiste russe)

Cellules éllipsoïdes isolées ou en rosettes, reproduction par bourgeonnement. Les cellules adultes (2-2,5 x 2,5-3,2 microns) sont non mobiles. Les cellules filles sont mobiles par un à deux flagelles. Produisent un type inhabituel de pédoncule. Les cellules s'attachent aux surfaces par un crampon amorphe. Colonie rose. Aérobies chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives, uréase négative. Utilisent principalement les sucres. Acidophiles modérés et neutrophiles. Hydrolysent laminarine, pectine, sulfate de chondroïtine, esculine, amidon, gélatine, lichenane et xylane. Facteurs de croissance requis. La quinone majeure est MK-6. Acidophiles modérés. Croissance optimale à 20-25°C (10-30°C), pH 5,5-6 (3,8-7,2) et moins de 6 g/l de NaCl. ADN: 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée de Sphagnum d'une tourbière de Sibérie, Zavarzinella formosa.

 

Classe II. Phycisphaerae

Ordre I. Phycisphaerales

Famille I. Phycisphaeraceae

Phycisphaera (L. phycos, plante marine ; L. sphaera, sphère)

Cellules sphériques (0,5-1,3 microns de diamètre), mobiles par un seul flagelle, présence de pili, Gram négatif. Reproduction par fission binaire. Colonie circulaire, lisse et rose à rouge. Présence d’un pigment caroténoïde. Anaérobies facultatifs, catalase positive et oxydase négative. Fermentent le xylose. Agarolytiques. Nitrate réduit en nitrite. Ménaquinone majeure MK-6. Croissance optimale à 25-30°C (10-30°C). ADN : 73 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’algue marine Porphyra sp. au Japon, Phycisphaera mikurensis.









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