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Taxonomie des Procaryotes
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Classification de Cavalier-Smith
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Synonymes
         
Lactobacillales, Ordre II des Bacilli: Classe II des Firmicutes, Phylum BIV du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés du Phylum

Microorganismes ubiquistes chimio-organotrophes en forme de coques et bâtonnets souvent sporulés, aérobies ou anaérobies facultatifs, mésophiles ou thermophiles, saprophytes, pathogènes de l’homme et des animaux, pouvant être employés en agro-alimentaire, certains sont dénitrifiants ou bien bactéries chimio-organotrophes en forme de coques et bâtonnets non sporulés, aérobies, anaérobies facultatifs ou stricts ou micro-aérophiles, mésophiles, surtout rencontrées dans les produits alimentaires.

2. Taxonomie


Phylum BXIV. Firmicutes

Classe II. Bacilli

Ordre I. Bacillales

Ordre II. Lactobacillales

Famille I. Lactobacillaceae: Lactobacillus, Paralactobacillus, Pediococcus, Sharpea

Famille II. Aerococcaceae: Aerococcus, Abiotrophia, Dolosicoccus, Eremococcus, Facklamia, Globicatella, Ignavigranum

Famille III. Carnobacteriaceae: Carnobacterium, Agiticoccus, Alkalibacterium, Allofustis, Alloiococcus, Atopobacter, Atopococcus, Atopostipes, Desemzia, Dolosigranulum, Granulicatella, Isobaculum, Lacticigenium, Lactosphaera, Marinilactibacillus, Pisciglobus, Trichococcus

Famille IV. Enterococcaceae: Enterococcus, Bavariicoccus, Catellicoccus, Melissococcus, Pilibacter, Tetragenococcus, Vagococcus

Famille V. Leuconostocaceae: Leuconostoc, Fructobacillus, Oenococcus, Weissella

Famille VI. StreptococcaceaeStreptococcus, Lactococcus, Lactovum

Lactobacillales non classées: Acetoanaerobium, Chungangia

3. Description des Genres de Lactobacillales


Classe II. Bacilli

Ordre I. Bacillales

Ordre II. Lactobacillales

Fonctions: saprophytes, pathogènes de l’homme et des animaux, emploi en agro-alimentaire
Morphologie: coques et bâtonnets non sporulés
Croissance: aérobies, anaérobies facultatifs ou stricts ou micro-aérophiles, mésophiles
Nutrition: chimio-organotrophes
Habitat: surtout dans les produits alimentaires

Famille I. Lactobacillaceae

Lactobacillus

Cellules très polymorphes : bâtonnets longs et fins, quelquefois courbes à coccobacilles souvent corynéformes. La formation de chaînes est très commune, la mobilité peu fréquente, à l'aide de flagelles péritriches. Certaines souches présentent des inclusions bipolaires de polyphosphate. Des granulations internes sont révélées par la coloration de Gram ou le bleu de méthylène. Ces organismes ne développent pas d'odeurs caractéristiques mais contribuent à donner du goût à certains aliments fermentés en produisant plusieurs composés volatils (diacétyl et dérivés) et même de l'H2S et des amines dans les fromages. Du point de vue métabolique, les lactobacilles sont à la frontière de l'aérobiose et de l'anaérobiose. Ils possèdent un métabolisme fermentatif et sont saccharoclastiques obligés. Le lactate représente au moins la moitié du carbone des produits formés. Il n'est habituellement pas fermenté. Les autres composés peuvent être l'acétate, l'éthanol, le CO2, le formate ou le succinate. Les acides gras volatils à plus de 2 atomes de carbone ne sont pas produits.
Les lactobacilles sont microaérophiles et certains nécessitent l'anaérobiose pour leur isolement. La réduction du nitrate est très rare et n'intervient qu'à pH 6. La gélatine n'est pas liquéfiée, la caséine non digérée, l'H2S et l'indole non produits. Absence de catalase et d'oxydase ; quelques souches décomposent le péroxyde à l'aide d'une pseudocatalase. La production de pigment est rare (jaune, orange ou rouge brique). Il n'y a pas de cytochromes. La phosphorylation au niveau du substrat s'effectue lors de la fermentation ou de la conversion du carbamylphosphate en CO2 et NH3, étape finale de la fermentation de l'arginine qui est seulement utilisée comme source d'énergie. La respiration de O2 est effectuée par des oxydases à flavine. La fermentation peut être homo- ou hétérolactique selon la présence ou non d'une FDP aldolase et d'une phosphocétolase. Le saccharose peut servir d'accepteur d'électrons pour la plupart des hétérofermenteurs qui le réduisent en mannitol.
Les exigences nutritionnelles sont complexes : acides aminés, peptides, dérivés d'acides nucléiques, vitamines, sels, acides gras ou esters d'acides gras et sucres fermentescibles. Ces exigences sont caractéristiques de chaque espèce et même de certaines souches. La croissance est mésophile avec un pH optimum de 5, 5 à 6, 0. Aucun lactobacille n'est actuellement apte à être transformé par génie génétique bien que de nombreux plasmides aient été identifiés. De nombreux phages ont également été isolés ; ils ont une grande importance sur le plan industriel car ils peuvent entraîner une acidification excessive des aliments. Sept groupes sérologiques ont été établis.
Les lactobacilles se rencontrent dans les produits laitiers, la viande, le poisson, les grains, l'eau, les égoûts, la bière, le vin, les fruits et jus de fruit, les légumes, les sauces et plats cuisinés. Ils constituent une partie de la flore habituelle de la bouche, de l'intestin et du vagin de plusieurs animaux homothermes y compris l'homme. Ils ne sont pas pathogènes exceptés dans le cas des caries dentaires, mais on a trouvé quelques espèces dans certaines infections chez l'homme. Ils jouent un grand rôle dans la conservation des aliments grâce à leur aptitude acidurique ou acidophile. Ils abaissent le pH de leur substrat en dessous de 4, prévenant ainsi ou réduisant de beaucoup la croissance d'autres organismes. On les utilise pour les ensilages, les boissons fermentées, les fromages et yaourts (Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus), les saucisses. Le genre comprend 82 espèces. ADN : 32 à 53 mol % G+C. L'espèce type est L. delbrueckii (M. Delbrück, microbiologiste allemand), elle-même divisée en sous-espèces. Une vingtaine d'espèces sont homolactiques.


Lactobacillus spp.
Kandler & Weiss (1986) in Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2.
N.R.  Krieg & J.G. Holt eds., Williams & Wilkins pub., p. 1210.

Paralactobacillus

Bâtonnets droits (1 x 2, 5-6, 5 microns) isolés, en paires ou courtes chaînes, non sporulés, non mobiles. Gram positif. Homofermentaires produisant acide D(-) et L(+) lactique sur glucose sans gaz. Croissance à 15 °C mais pas à 45 °C et jusqu’à pH 4, 15. Catalase négative. ADN : 46 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un aliment fermenté malaisien, le chili bo, Paralactobacillus selangorensis.

Pediococcus (G. pedium, surface plane)

Cellules sphériques jamais allongées. Les divisions s'effectuent alternativement dans deux plans à angles droits pour former des tétrades pas toujours présentes. Cellules en paires mais jamais en chaîne. Nécessitent des facteurs de croissance complexes et des acides aminés. Le glucose est fermenté en lactate sans gaz par la voie d'Embden-Meyerhof. Catalase et cytochromes absents. ADN : 34 à 42 mol % G+C. Sept espèces, dont Pediococcus damnosus. Ces organismes ne sont pas pathogènes pour les plantes ou les animaux ; on les rencontre dans la bière et les effluents de brasserie, le vin, le cidre, le lait et les produits laitiers, les sauces qu'ils polluent.

Sharpea (Michaela E. Sharpe, microbiologiste)

Bâtonnets (0,7-1 x 2-10 microns), en courtes chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie brune, ronde à légèrement irrégulière, à bords ondulés, plate, lisse, transparente, butyreuse, 1-2,5 mm de diamètre. La paroi contient m-Dpm, acide glutamique et alanine. Anaérobies stricts chimio-hétérotrophes fermentant le glucose en lactate et CO2 et plusieurs sucres avec production d'acide. Croissance optimale à 37°C (-40°C) et 30 g/l NaCl (0-45 g/l). ADN: 37-38 mol % G+C. Une espèce isolée de fécès de cheval, Sharpea azabuensis .

Famille II. Aerococcaceae

Aerococcus

Cellules sphériques de 1 à 2 microns de diamètre, formant des tétrades en milieu liquide. Non mobiles et microaérophiles. Catalase absente ou présence d'une pseudocatalase non hémique. H2O2 est produit en aérobiose. La croissance en milieu solide est très faible. Fermentent les sucres en acide sans gaz. ADN : 35-40 mol % G+C. Cinq espèces, dont Aerococcus viridans. Ces organismes sont des saprophytes mais ont été associés à l'endocardite humaine et à une maladie mortelle de la langouste appelée gaffkémie.

Abiotrophia

Coques pléomorphes avec formes coccoïdes, ovoïdes ou bacillaires. Non mobiles, Gram positif. Anaérobies facultatifs, oxydase et catalase négatives. Glucose fermenté en acide lactique principalement sans production de gaz. Pas de croissance à 10 ou 45 °C et avec 65 g/l de NaCl. Nutrition très complexe. Composés sulfydryl ou vitamine B6 requis. Croissance satellite de Staphylococcus epidermis sur agar au sang. ADN : 37-47 mol % G+C. Quatre espèces, dont Abiotrophia defectiva.

Dolosicoccus

Coques isolées, en paires ou courtes chaînes, non mobiles. Gram positif. Anaérobies facultatifs, catalase négative. Pas de croissance à 10 ou 45 °C et avec 65 g/l de NaCl. Faible production d’acide sans gaz sur glucose. ADN : 40 mol % G+C. Une espèce isolée du sang humain, Dolosicoccus paucivorans.

Eremococcus

Coques isolées, en paires ou courtes chaînes, Gram positif, a-hémolytiques. Anaérobies facultatifs, catalase négative. Pas de croissance à 10 °C ou à 100 g/l de NaCl. Production d’acide sans gaz sur glucose. ADN : 40 mol % G+C. Une espèce isolée du système génital des chevaux, Eremococcus coleocola.

Facklamia (Flackam, microbiologiste américain)

Coques non mobiles, en paires ou amas, Gram positif. Anaérobies facultatifs, catalase négative. Pas de production d’acide sur sucres. Croissance avec 50 g/l de NaCl. ADN : 41 mol % G+C. Cinq espèces, dont Facklamia hominis isolée d’un abcès.

Globicatella (L. globus, sphère; L. catella, petite chaîne)

Cellules ovoïdes non mobiles, en paires ou courtes chaînes, Gram positif. Anaérobies facultatifs, catalase négative. Production d’acide sans gaz sur sucres. Hémolytiques. Croissance sur 65 g/l de NaCl mais pas à 10 et à 45 °C. ADN : 37 mol % G+C. Une espèce isolée de spécimens cliniques humains, Globicatella sanguinis.

Ignavigranum (L. ignavus, fainéant; L. granum, grain)

Coques isolées, en paires ou en amas, non mobiles, Gram positif. Anaérobies facultatifs, catalase négative. Croissance à 45 °C avec 65 g/l de NaCl. Faible production d’acide sans gaz sur glucose. Les autres sucres ne sont en général pas acidifiés. ADN : 40 mol % G+C. Une espèce isolée d’une blessure infectée, Ignavigranum ruoffiae.

Famille III. Carnobacteriaceae

Carnobacterium (L. carnis, chair)

Bâtonnets droits et minces, isolés, en paires ou courtes chaînes, mobiles ou non mobiles, Gram positif. Anaérobies hétérofermentaires produisant principalement de l’acide L(+) lactique sur glucose. Production de gaz variable mais plus fréquemment négative. Catalase négative. Croissance à 0 °C mais pas à 45 °C. ADN : 33-37 mol % G+C. Sept espèces isolées de viandes emballées et stockées au froid, dont Carnobacterium divergens. Egalement agents de lactobacillose des salmonidés.

Agitococcus

Coques (1-2 microns de diamètre) se renflant par l’accumulation de granules soudanophiles dans les cultures âgées, mobiles par glissement et tremblement, pas de flagelles ni fimbriae, capsulées, Gram négatif. Aérobies, chimio-organotrophes métabolisant les Tweens. Oxydase positive, catalase négative. Pas de production d’acide sur glucose. Croissance entre 15 et 37 ° et entre pH 6 et 10. ADN : 40-43 mol % G+C. Une espèce isolée d’eaux douces, Agitococcus lubricus.

Alkalibacterium

Bâtonnets (0, 4-0, 6 x 1, 3-3 microns) isolés, en paires ou petits amas, faiblement mobiles par flagelles polaires. Petite colonie (diamètre 0, 8-1 mm) blanc pâle bien que la coloration de la culture après centrifugation soit jaune-orangé. Gram positif. Halotolérants, psychrotolérants et alcalophiles croissant à pH 8, 5 et à 27-32 °C et NaCl 30-50 g/l. Aérobies utilisant les sucres. Catalase et oxydase négatives. ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée des eaux de lavage des olives (margines), Alkalibacterium olivoapovliticus.

Allofustis  (G. allo, l’autre ; L. fustis, bâton)

Bâtonnets Gram positif, non sporulés. Anaérobies facultatifs, catalase négative. Ne produisent pas d’acide sur sucres. Présence de l’arginine dihydrolase, de la leucine arylamidase et de l’acide pyroglutamique arylamidase. Indole et Voges-Proskauer négatifs. Nitrate non réduit. Produisent une réaction b-hémolytique sur sang de mouton. Croissance optimale à 37°C. ADN : 39 mol % G+C. Une seule espèce isolée de semence de porc, Allofustis seminis.

Alloiococcus (G. alloios, différent)

Cellules ovoïdes en paires ou tétrades, Gram positif. Aérobies, catalase positive et oxydase négative. Pas de production d’acide sur sucres. Croissance lente sur milieu solide. Tolèrent jusqu’à 65 g/l de NaCl. ADN : 44-45 mol % G+C. Une espèce isolée d’otites, Alloiococcus otitis.

Atopobacter

Bâtonnets courts irréguliers, Gram positif. Colonie grise. Croissance à 25 °C mais pas à 42 °C. Anaérobies facultatifs, catalase négative. Production d’acide sans gaz sur glucose. Une seule espèce isolée du phoque commun, Atopobacter phocae.

Atopococcus  (G. atopos, étrange)

Cellules coccoïdes en paires ou courtes chaînes, non mobiles, non sporulées, Gram positif. a-hémolytiques sur agar au sang de cheval.  Aérobies, catalase et oxydase négatives. Production d’acides sur sucres. Hydrolysent l’esculine et l’hippurate. Croissance optimale à 30°C en présence de 80-90 g/l de NaCl (halotolérants). ADN : 46 mol % G+C . Une seule espèce isolée de poudre humide de tabac, Atopococcus tabaci.

Atopostipes

Bâtonnets courts, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie de 0, 5 mm de diamètre, grise, lisse, circulaire et entière. Anaérobies facultatifs. Catalase négative. Fermentent le glucose en lactate, acétate et formate. Produisent de l'acide sur glucose. Uréase négative. Croissance optimale à 28-30°C (<33°C). ADN : 44 mol % G+C. Une seule espèce isolée de lisier de porcs, Atopostipes suicloacale.

Desemzia

Bâtonnets courts (0, 5-0, 8 x 1-1, 5 microns), isolés ou en paires, Gram positif. Microaérophiles. Catalase et oxydase négatives. Fermentent le glucose en acide L-lactique. ADN : 40 mol % G+C. Une espèce, Desemzia incerta.

Dolosigranulum (L. dolosus, trompeur; L. granulum, granule)

Cellules ovoïdes (1 x 2 microns) non mobiles, en paires ou amas, Gram positif. Anaérobies facultatifs mais meilleure croissance en aérobiose. Catalase négative. Faiblement a-hémolytiques. Production d’acide sur sucres. ADN : 41 mol % G+C. Une espèce isolée de spécimens cliniques humains, Dolosigranum pigrum.

Granulicatella

Coques isolées, en paires ou courtes chaînes. Gram positif pléomorphe, croissance lente, parfois satellite de staphylocoques. Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase négatives. Production d’acide lactique sur glucose, sans gaz. Croissance entre > 10 °C et < 45 °C. ADN : 36-38 mol % G+C. Trois espèces, dont Granulicatella adiacens isolée de la microflore de la gorge, des urines et du sang de malades d’endocardite.

Isobaculum  (G. isos, semblable ; L. baculum, petit bâtonnet)

Bâtonnets non mobiles, non sporulés, Gram positif. Non pigmentés, non hémolytiques. Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase négatives. Production d’acides sur glucose, glycérol, ribose et tréhalose. Glucose fermenté en acétate et L(+)-lactate. Hydrolysent l’esculine. Sensibles à la vancomycine (disque de 30 mg). Croissance à 10°C mais pas à 45°C ni en présence de 65 g/l NaCl. ADN : 39 mol % G+C . Une seule espèce isolée de l’intestin grêle du blaireau, Isobaculum melis (L. meles, blaireau).

Lacticigenium (L. acidum lacticum, acide lactique ; L. genium, qui produit)

Bâtonnets ovales (0,6-0,7 x 1,8-2,5 microns), mobiles par flagelles péritriches, non sporulés, Gram négatif mais positif au test KOH. La muréine de la paroi est de type A4alpha et contient L-Lys-L-Glu. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes. Catalase négative. Production d’acides sur sucres. Fermentation du glucose en acide lactique majoritairement. Halophiles modérés. Croissance optimale à 30°C (<35°C), pH 7 (6,5-8,5) et 30 g/l sels de mer (<170 g/l). ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau d’un puits pétrolier du japon Lacticigenium naphthae.

Lactosphaera

Coques (1-1, 5 microns de diamètre) non mobiles, Gram positif. Anaérobies, chimio-organotrophes. Catalase négative. Sucres et acides organiques fermentés en lactate, formate, acétate, éthanol et CO2. Croissance à 0-42 °C, pH 5, 5-9 et NaCl 0-20 g/l. Requièrent la biotine. Pas de cytochrome. ADN : 45 mol % G+C. Une espèce isolée d’un digesteur anaérobie, Lactosphaera pasteurii.

Marinilactibacillus  (L. marinus, marin ; L. lactis, lait ; L. bacillus, bâtonnet)

Bâtonnets droits (0, 4-0, 5 x 2, 3-4, 5 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, mobiles par flagelles péritriches, non sporulés, Gram positif. Colonie jaunâtre, opaque, lenticulaire, 2-4 mm de diamètre. Le peptidoglycan est du type A4b, Orn-D-Glu. Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase négatives. Produisent de l’acide sur les sucres, alcools de sucres et composés analogues. Glucose fermenté principalement en L(+) lactate avec des traces de formate, acétate et éthanol (2 :1 :1) sans gaz. Nitrate non réduit, gélatine non liquéfiée. Ammoniaque faiblement produite sur arginine. Faiblement halophiles mais très halotolérants. Alcaliphiles. Croissance optimale à 37-40°C (-1, 8-45°C), pH 8, 5-9 (6-10) et 20-37, 5 g/l de NaCl (0-205 g/l). ADN : 35-36 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’éponge, de coquillages et d’algues en décomposition, Marinilactibacillus psychrotolerans.

Pisciglobus (L. piscis, poisson ; L. globus, balle, sphère, globe)

Coques (0,6-1,0 micron de diamètre), en paires, tétrades ou amas, non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie circulaire, élevée ou faiblement convexe, entière, non pigmentée. Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase négatives. Fermentent le glucose en L-lactate sans gaz. Production d’acide sur D-amygdaline, esculine, arbutine, D-galactose, gentiobiose, D-glucose, N-acétylglucosamine, D-fructose, cellobiose, lactose, maltose, D-mannose, méthyl alpha-D-glucoside, méthyl alpha-D-glucopyranoside, D-mannitol, D-ribose, saccharose, salicine et tréhalose. Ne réduisent pas le nitrate et n’hydrolysent pas la gélatine, la caséine, l‘amidon et la tributyrine. Positifs pour le test du rouge de méthyl et l’hydrolyse de la L-arginine. Croissance entre 15-40°C, pH 5-9 et tolèrent jusqu’à 100 g/l NaCl. ADN : 39 mol% G+C. Une seule espèce isolée de sauce de poisson fermentée en Thaïlande, Pisciglobus halotolerans.

Trichococcus (G. thrix, cheveux)

Cellules sphériques à ovoïdes (1-1, 5 x 1-2, 5 microns), en longs filaments non branchés de vingt à plusieurs centaines de cellules, non mobiles, Gram positif. Forment des flocs en culture agitée. Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase négatives. Production d’acide sur sucres. Nutrition complexe. Croissance à 4-39 °C (opt. 25-30 °C) et pH 5, 8-9 (opt. 8). ADN : 47 mol % G+C. Une espèce isolée de boues de stations d’épuration, Trichococcus flocculiformis.

Famille IV. Enterococcaceae

Enterococcus

II regroupe les dix-neuf espèces de streptocoques entérocoques avec l'espèce type Enterococcus faecalis (L. faecis, fécès). Ces organismes sont localisés dans le tractus intestinal de l'homme et des animaux. Leur particularité est de croître en présence de 65 g/l de NaCl et à pH 9, 6. Le pH final de leur croissance sur glucose atteint 4, 2 à 4, 6.

Bavariicoccus (L. Bavaria, Bavière)

Coques de 0,9-1,2 microns de diamètre, non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie petite, lisse, de 1 mm de diamètre en aérobiose et 2 mm en anaérobiose. Le peptidoglycan de type A4alpha contient alanine, acide glutamique, lysine et acide aspartique. Anaérobies aérotolérants, catalase négative. Utilisent certains sucres et pyruvate. Glucose fermenté en lactate, éthanol et acétate. Quinones non détectées. Lipides polaires dominés par un glycolipide inconnu et des quantités modérées de diphosphatidylglycérol et phosphatidylglycérol. Croissance entre 10-40°C, pH 5,5 et 110 g/l de NaCl. ADN : 38-39 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un fromage en Allemagne, Bavariicoccus seileri.

Catellicoccus  (L. catella, petite chaîne)

Coques en paires ou chaînes, non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie non hémolytique, semi-translucide, ronde, entière, 0, 25-0, 55 mm de diamètre après 24 h de croissance sur agar au sang. Anaérobies facultatifs, catalase négative. Pas de croissance sur milieu liquide conventionnel avec ou sans sérum. Croissance stimulée par CO2. Croissance sur 10% de bile. Production d’acide sur tréhalose. Quelques sucres sont fermentés. Pas de croissance à 10°C. ADN : 38 mol % G+C . Une seule espèce isolée d’entérites et de péritonites en Ecosse, Catellicoccus marimammalium.

Melissococcus (G. melissa, abeille)

Coques lancéolées en chaînes, quelques fois polymorphes. Non mobiles, anaérobies ou microaérophiles. Fermentent le glucose et le fructose avec une production d'acide faible. Exigent la cystéine ou la cystine pour la croissance. ADN : 29-30 mol % G+C. Une seule espèce, Melissococcus plutonius.

Pilibacter  (L. pilum, javelot)

Bâtonnets irréguliers pointus, droits à incurvés, isolés, en paires ou palissades, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie a-hémolytique sur agar au sang, crème. Anaérobies, catalase et oxydase négatives. Production d’acide sur quelques sucres. Hydrolysent l’esculine. Rouge de méthyl positif. Résistant à l’optochine et sensibilité variable à la bacitracine. Croissance à 20°C mais pas à 42°C ou avec 65 g/l NaCl. ADN : 38 mol % G+C . Une seule espèce isolée de l’intestin du termite de Formose Coptotermes formosanus, Pilibacter termitidis.

Tetragenococcus

Cellules sphériques, parfois ovoïdes, souvent en paires, formant également des tétrades par division dans deux plans perpendiculaires. Non mobiles, Gram positif. Chimio-organotrophes présentant une nutrition complexe exigeant plusieurs facteurs de croissance. Anaérobies facultatifs fermentant les sucres en L(+) lactate sans gaz. Catalase négative. Croissance avec 50 à 100 g/l NaCl. ADN : 34-36 mol % G+C. Une espèce, Tetragenococcus halophilus.

Vagococcus (L. vagus, vagabond)

Cellules ovoïdes, mobiles par flagelles péritriches, isolées, en paires ou en courtes chaînes, allongées dans l’axe de la chaîne. Gram positif. Anaérobies facultatifs, catalase négative. Croissance entre 10 et 40 °C et avec 40 g/l de NaCl. Chimio-organotrophes fermentant le glucose principalement en acide lactique. Production d’acide sur sucres. ADN : 34 mol % G+C. Quatre espèces isolées de fécès de poulets et d’eau de rivière, dont Vagococcus fluvialis.

Famille V. Leuconostocaceae

Leuconostoc (G. leucus, clair; L. nostoc, genre de cyanobactérie)

Cellules sphériques mais souvent lenticulaires sur agar ; en paires ou en chaînes. Non mobiles. Anaérobies facultatifs. Colonie blanche, petite (< 1 mm). Exigent des facteurs de croissance complexes et des acides aminés. Le glucose est fermenté par la voie de l'hexose monophosphate et la voie de la phosphocétolase. Les produits de la fermentation sont le CO2, l'éthanol et l'acide lactique. Certaines souches ont un métabolisme oxydatif et forment de l'acétate. Les polysaccharides et les alcools ne sont pas fermentés. Le malate est converti en lactate. Absence de catalase et de cytochromes. N'hydrolysent pas l'arginine. Non hémolytiques et non protéolytiques. Non pathogènes. ADN : 38-44 mol % G+C. Le genre comporte dix espèces isolées sur les plantes et dans le lait et les produits laitiers (fromages, beurre). Les espèces dextranogènes causent de graves dégâts à la canne à sucre et la betterave à sucre. l'espèce type est Leuconostoc mesenteroides.

Fructobacillus

Bâtonnets isolés, en paires ou chaînes, non mobiles, Gram positif. Colonie beige, lisse, de 1-2 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs. Croissance active sur fructose et plus faible sur glucose. Hétérofermentaires produisant lactate, CO2 et acétate sur glucose ou fructose. Ethanol non produit. La majeure partie du lactate produit est l'isomère D. Croissance optimale à 30°C et pH 6, 5. Xérotolérants. Bonne croissance sur 50 g/l de NaCl et 400 g/l de fructose. ADN : 42-45 mol % G+C. Le genre comporte quatre espèces reclassées du genre Leuconostoc et isolées de fruits. L'espèce type est Fructobacillus fructosus.

Oenococcus (G. oinos, vigne)

Cellules sphériques à ellipsoïdes, en paires ou chaînes. non mobiles, Gram positif. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes. Catalase négative. Pas de cytochrome. Non protéolytiques. Acidophiles. Croissance à 20-30 °C, pH 4, 8 sur milieu riche, non inhibées par 10 % d’éthanol. Glucose fermenté en lactate, CO2 et éthanol ou acétate. ADN : 38-42 mol % G+C. Une espèce isolée du vin, Oenococcus oeni.

Weissella (N. Weiss, microbiologiste allemand)

Bâtonnets courts ou coccoïdes, isolés, en paires ou courtes chaînes, non mobiles, Gram positif. Peptidoglycane à base de lysine avec des ponts peptides contenant alanine ou sérine et alanine. Anaérobies facultatifs, catalase négative. Absence de cytochromes. Chimio-organotrophes, nutrition complexe. Hétérofermentaires produisant du DL lactate sur glucose. Aciduriques. Croissance à 15 °C mais pas à 45 °C. ADN : 37-47 mol % G+C. Huit espèces dont l’espèce type, Weissella viridescens.

Famille VI. Streptococcaceae

Streptococcus (G. streptus, flexible)

Cellules sphériques ou ovoïdes avec un diamètre inférieur à 2 microns, en paires ou chaînes, non mobiles. Les chaînes de cellules peuvent atteindre cinquante individus. Certaines espèces forment une capsule ou excrètent des polysaccharides solubles et insolubles. La plupart des espèces ne sont pas pigmentées bien que certaines présentent une coloration jaune, orange ou rouge. Anaérobies facultatifs ou stricts. Métabolisme fermentatif avec production d'acide lactique sans gaz sur sucres. Certaines espèces fermentent les acides organiques (malate et citrate) et les acides aminés (sérine et arginine). Catalase négative. Exigences nutritionnelles complexes et variables.
De nombreuses espèces sont commensales ou parasites de l'homme ou des animaux ; certaines sont très pathogènes. Peu d'espèces sont saprophytes et se rencontrent dans l'environnement. ADN : 34-46 % G+C. Le genre renferme quarante-sept espèces dont l'espèce type Streptococcus pyogenes (G. pyum, pus ; G. gennaio, engendrer). La sérologie est importante pour la classification et l'identification de ces espèces. La plupart sont sensibles à un large spectre d'antibiotiques dont la pénicilline. On les trouve sur les membranes muqueuses de la bouche et des tractus respiratoire, alimentaire et génital, ainsi que la peau de l'homme et des animaux. Ils sont également présents dans le lait et les produits laitiers, certains aliments et les végétaux, et dans les eaux contaminées. Les différentes espèces sont regroupées en catégories : streptocoques pyogéniques, oraux, entérocoques, lactiques, anaérobies et autres. Les premiers sont les streptocoques hémolytiques qui réalisent une ß-hémolyse du sang et contiennent un antigène polysaccharidique de paroi utilisé pour leur classification (schéma de Lancefield).

Lactococcus

Cellules ovoïdes (0, 5-1 micron de diamètre), allongées dans le sens de la chaîne, en paires ou courtes chaînes, rarement mobiles, Gram positif. Microaérophiles utilisant les sucres avec production d’acide. ADN : 39 mol % G+C. Cinq espèces isolées du lait, des produits laitiers, de plantes et d’aliments surgelés ou secs, dont Lactococcus (ex-Streptococcus) lactis.

Lactovum (L. lactis, lait; L. ovum, œuf)

Cellules ovoïdes (0, 7-1 micron de diamètre), en paires, non mobiles, Gram positif. Les cellules contiennent de multiples membranes intracellulaires et de couches de la paroi cellulaire. Anaérobies aérotolérants chimio-organotrophes fermentant les sucres avec production de lactate sur glucose (fermentation homolactique) ou éthanol, formate et acétate sur galactose. Catalase et oxydase négatives, absence de cytochromes cytoplasmiques. Croissance entre 0 et 35°C et pH 3, 5-7, 5. temps de division de 4, 7 h à 25°C et pH 6, 3. ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce isolées d'un sol forestier acide, Lactovum miscens.
 

Lactobacillales non classées

Acetoanaerobium

Bâtonnets droits (0, 8 x 1-5 microns), mobiles par trois ou quatre flagelles péritriches. Le Gram est négatif mais la structure de la paroi est atypique ; elle est composée de deux couches distinctes. Colonie rhizoïde et granuleuse. Fermentent les sucres principalement en acétate, avec d'autres acides gras volatils sur extrait de levure. Homoacétogènes sur H2+ CO2 avec un temps de doublement de 27 h (3 h en croissance hétérotrophe). ADN : 37 mol % G+C. Une seule espèce connue, Acetoanaerobium noterae (Notera, un site d'exploitation pétrolière en Galilée, Israël).

Chungangia
 
 

 

 

 

 



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