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Taxonomie des Procaryotes
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Classification résumée
Classification générale
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Groupes trophiques spéciaux

Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
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Synonymes
         
Bacillales, ordre 1 des Bacilli: Classe II des Firmicutes, Phylum BIV du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés du Phylum

Microorganismes ubiquistes chimio-organotrophes en forme de coques et bâtonnets souvent sporulés, aérobies ou anaérobies facultatifs, mésophiles ou thermophiles, saprophytes, pathogènes de l’homme et des animaux, pouvant être employés en agro-alimentaire, certains sont dénitrifiants ou bien bactéries chimio-organotrophes en forme de coques et bâtonnets non sporulés, aérobies, anaérobies facultatifs ou stricts ou micro-aérophiles, mésophiles, surtout rencontrées dans les produits alimentaires.

2. Taxonomie


Phylum BXIV. Firmicutes

Classe II. Bacilli

Ordre I. Bacillales

Famille I. Bacillaceae: Bacillus, Aeribacillus, Alkalibacillus, Allobacillus, Amphibacillus, Anaerobacillus, Anoxybacillus, Aquisalibacillus, Caldalkalibacillus, Caldibacillus, Calditerricola, Cerasibacillus, Falcibacillus, Filobacillus, Geobacillus, Gracilibacillus, Halalkalibacillus, Halobacillus, Halolactibacillus, Lentibacillus, Lysinibacillus, Marinicoccus, Microaerobacter, Natribacillus, Natronobacillus, Oceanobacillus, Ornithinibacillus, Paraliobacillus, Paucisalibacillus, Pelagibacillus, Piscibacillus, Pontibacillus, Psychrobacillus, Saccharococcus, Salibacillus, Salimicrobium, Salinibacillus, Salirhabdus, Salsuginibacillus, Sediminibacillus, Streptohalobacillus, Tenuibacillus, Terribacillus, Thalassobacillus, Tumebacillus, Virgibacillus, Viridibacillus, Vulcanibacillus

Famille II. Planococcaceae: Planococcus, Bhargavaea, Caryophanon,Chryseomicrobium, Filibacter, Jeotgalibacillus, Kurthia, Marinibacillus, Paenisporosarcina, Planomicrobium, Sporosarcina, Ureibacillus

Famille III. Listeriaceae: Listeria, Brochothrix

Famille IV. StaphylococcaceaeStaphylococcus, Jeotgalicoccus , Macrococcus, Nosocomiicoccus, Salinicoccus

Famille V. SporolactobacillaceaeSporolactobacillus, Pullulanibacillus, Sinobaca, Sinococcus, Tuberibacillus

Famille VI. Paenibacillaceae: Paenibacillus, Ammoniphilus, Aneurinibacillus, Brevibacillus, Cohnella, Fontibacillus, Oxalophagus, Saccharibacillus, Thermobacillus

Famille VII. AlicyclobacillaceaeAlicyclobacillus

Famille VIII. Thermoactinomycetaceae: Thermoactinomyces,Desmospora, Kroppenstedtia, Laceyella, Marininema, Mechercharimyces, Melghirimyces, Planifilum, Seinonella, Shimazuella, Thermoflavimicrobium

Famille IX. Pasteuriaceae : Pasteuria Turicibacter

Bacillales non classées : Exiguobacterium, Gemella, Geomicrobium, Rummeliibacillus, Solibacillus,Thermalkalibacillus, Thermicanus,

Ordre II. Lactobacillales

 

3. Description des Genres


Classe II. Bacilli

Ordre I. Bacillales

Fonctions: saprophytes, pathogènes de l’homme et des animaux, emploi en agro-alimentaire, certains sont dénitrifiants
Morphologie: coques et bâtonnets souvent sporulés
Croissance: aérobies ou anaérobies facultatifs, mésophiles ou thermophiles
Nutrition: chimio-organotrophes
Habitat: ubiquistes
 

Famille I. Bacillaceae

Bacillus

Bâtonnets droits (0, 5-2, 5 x 1, 2-10 microns) isolés ou en chaînes plus ou moins longues, à spore unique très résistante. La coloration de Gram est positive, surtout en début de croissance ; elle peut également être négative. Mobiles par flagelles péritriches. Aérobies ou anaérobies facultatifs. La morphologie des colonies et leur taille sont très variables. Production de pigments sur certains milieux. Aptitudes physiologiques très diverses : psychrophiles à thermophiles, acidophiles à alcalophiles, plus ou moins tolérants aux sels. Catalase présente. Oxydase positive ou négative. Chimio-organotrophes, prototrophes à auxotrophes exigeant plusieurs facteurs de croissance. Le peptidoglycane de la paroi de la majorité des espèces est du type acide meso-diamino-pimélique. Les phospholipides dominants sont la phosphatidyléthanolamine et le phosphatidylglygérol. La spore peut présenter plusieurs localisations : centrale, paracentrale, subterminale, terminale ou latérale. Elle peut déformer ou non le sporange. Trois groupes avaient été proposés basés sur ces distinctions. Plusieurs espèces produisent une capsule polysaccharidique. La formation de la spore est un processus multiphasique qui comprend sept étapes successives. La levée de la dormance implique trois processus séquentiels : l'activation, la germination et la croissance.
Une seule espèce, Bacillus schlegelii, est capable d'une croissance autotrophe dans une atmosphère de O2 + CO2 + H2 ou O2+ CO. Certaines espèces fixent l'azote atmosphérique : B. polymyxa et B. macerans. D'autres dénitrifient : B. azotoformans , B. licheniformis. De très nombreuses études génétiques ont été réalisées sur B. subtilis qui est l'espèce type du genre ; plus de 355 gènes ont été localisés sur la carte chromosomique.
Grâce à l'extrême résistance de leur spore, ces organismes sont ubiquistes. Leur habitat primaire est le sol où ils jouent un rôle important dans les cycles du carbone et de l'azote. Ils peuvent aussi contaminer les aliments. Deux espèces sont pathogènes pour l'homme et les animaux : B. anthracis engendre la maladie du charbon ou anthrax chez les animaux de ferme mais transmissible à l’homme ; B. cereus (L. cereus, de cire) est l'agent d'infections diverses chez les mammifères. L'espèce B. thuringiensis (L. thuringiensis, de la province de Thuringe, Allemagne) est pathogène pour les insectes avec quatre autres espèces ; elle parasite les moustiques (larves) en produisant un cristal protéique voisin de la spore, dans la cellule, mais hors de l'exosporium. Une toxine est libérée de ce cristal par action enzymatique. Cette propriété est employée pour la lutte biologique contre certains insectes dont les moustiques. D'autres espèces moins importantes ont été retrouvées dans plusieurs types de maladies des mammifères. Le genre comporte actuellement soixante et onze espèces reconnues. Le G+C de l'ADN varie de 32 à 69 mol %.


   
Bacillus anthracis     Bacillus thermoamylovorans
 Extrait du site: http://www.bact.wisc.edu/Bact303/MajorGroupsOfProkaryotes
Combet-Blanc et al. (1995) Int. J. Syst. Bacteriol. 45, 9-16.


Bacillus (spores)
Sneath (1986) in Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2,
N.R. Krieg & J.G. Holt eds., Williams & Wilkins pubs., p. 1107.

Aeribacillus (L. aer, aeris, air; L. bacillus, un petit bâtonnet)

Bâtonnets (0,8-0,9 x 2-5 microns), isolés, en paires ou en chaînes, mobiles, sporulés, Gram positif. Endospores ellipsoïdes à cylindriques, centrales à terminales, légèrement déformantes. Aérobies, catalase et oxydase positives. Ménaquinone principale MK-7. Lipides polaires prédominants : diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, quatre glycolipides inconnus, un glycophospholipide inconnu, un phospholipide inconnu et deux lipides polaires inconnus. Thermophiles et alcalitolérants. ADN : 39-41 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sources chaudes terrestres et reclassée du genre Geobacillus, Aeribacillus pallidus.

Alkalibacillus  (L. alkali, de l’arabe al-qaliy, cendres de sel)

Bâtonnets (0, 3-0, 5 x 3-8 microns), mobiles par flagelles péritriches, sporulés, spore sphérique, terminale et déformante, Gram variable. Colonie blanc crème à légèrement jaunâtre. Aérobies stricts, catalase positive. Utilisent les sucres avec production d’acide. Nitrate non réduit. Croissance alcaliphile à pH 9, 7 pour l’espèce type. Croissance optimale à 30°C (15-40°C), pH 8 (7-9) et 100-120 g/l de NaCl (50-200 g/l) pour l’autre espèce. ADN : 38-41 mol % G+C. Deux espèces isolées de lacs salés dont Alkalibacillus (ex Bacillus) haloalkaliphilus.

Allobacillus (G. –allos, autre; L. bacillus, un bâtonnet)

Bâtonnets (0,6 x 2,0–3,0 microns), mobiles, sporulés, Gram positif. Spores sphériques, terminales, déformantes. Colonie ronde, entière, convexe et blanc-transparent, de 0,6–0,8 mm de diamètre sur agar Ma après 48 h d’incubation à 37°C. L’acide mésodiaminopimélique est présent dans le peptidoglycane. Pas d’accumulation de granules de poly-beta-hydroxybutyrate. Aérobies, oxydase et catalase positives. Négatifs pour la DNase, lipase (huile de maïs) et l’hydrolyse de l’amidon, caséine, gélatine et Tweens 20, 40, 60 et 80. Sur tests API 20NE, négatifs pour la réduction du nitrate et nitrite, la production d’indole, la production d’acide sur glucose, l’arginine dihydrolase, la beta-glucosidase, protéase, beta-galactosidase, uréase, et pour l’assimilation du glucose, mannose, N-acétylglucosamine, maltose, malate, arabinose, mannitol, gluconate, caprate, adipate, citrate et phényl acétate. Dans le système API ZYM, positifs pour la phosphatase alcaline, C4 estérase, C8 estérase, trypsine et alpha-chymotrypsine mais négatifs pour la lipase (C14), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, phosphatase acide, naphthol-ASBI-phosphohydrolase, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, beta-glucuronidase, alpha-glucosidase, beta-glucosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. Les composés suivants sont oxydés dans le système Biolog GP2: dextrine, Tween 40, Tween 80, mannane, N-acétyl-D-glucosamine, N-acétyl-beta-D-mannosamine, acide D-galacturonique, D-fructose, alpha-D-glucose, maltose, maltotriose, D-mannose, 3-méthyl-D-glucose, méthyl alpha-D-glucoside, D-psicose, D-ribose, saccharose, tréhalose, turanose, D-xylose, lactose, méthyl beta-D-glucoside, acide alpha-cétoglutarique, acide D-lactique méthyl ester, acide pyruvique méthyl ester, acide c-hydroxybutyrique, acide alpha-cétovalérique, acide L-lactique, acide pyruvique, L-alanine, D-alanine, L-alanyl glycine, L-sérine, 2,3-butanediol, glycérol, adénosine, 29-deoxy adénosine, thymidine et uridine. Sensibles à gentamicine, chloramphénicol, kanamycine, streptomycine, pénicilline G, ampicilline, novobiocine, tétracycline et rifampicine mais résistants à l’acide nalidixique. Le test KOH et la L-alanine aminopeptidase sont négatifs. Les lipides polaires majeurs sont le diphosphatidylglycérol et le phosphatidylglycérol. La quinone respiratoire majeure est la MK-7. Croissance optimale à 37°C, pH 7 et avec 60 g/l NaCl. ADN : 45 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’une pâte de crevettes, Allobacillus halotolerans.

Amphibacillus (G. amphi, deux côtés ou double)

Bâtonnets (0, 3-0, 5 x 0, 9-1, 9 microns), Gram positif, sporulés. Spore ovale rapidement libérée par la lyse du sporange. Anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes. Glucose fermenté en éthanol, acétate et formate. Glucose oxydé en acétate. Croissance à pH 8-10. ADN : 36-38 mol % G+C. Une seule espèce isolée du compost, Amphibacillus xylanus.

Anaerobacillus

Bâtonnets produisant des endospores ellipsoïdes, isolés ou en paires, mobiles par flagelles péritriches ou non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts ou aérotolérants chimio-organotrophes. Métabolisme fermentatif ou respiration anaérobie. Catalase positive. La plupart des espèces sont capables d’hydrolyser et d’utiliser des carbohydrates polymériques. Capables de réduire l’arsenate. Diazotrophes, nitrogénase avec gène nifH présente. Mésophiles et alcaliphiles obligés ou modérés. Halotolérants ou halophiles modérés. ADN : 36,2–40 mol % G+C (Tm). La plupart des souches sont obtenues d’habitats à pH élevé. Quatre espèces reclassées du genre Bacillus dont l’espèce type Anaerobacillus arseniciselenatis.

Anoxybacillus

Bâtonnets droits (0, 4-0, 85 x 2, 5-3 microns) isolés, en paires ou en chaînes, mobiles ou non, Gram positif. Formes en Y. Spore sphérique, terminale. Anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes, alcaliphiles ou alcalitolérants, thermophiles. Métabolisme fermentaire sur sucres (--> acétate + H2). Nitrate réduit en nitrite. Croissance entre 30 et 72 °C (opt. 60-65 °C), pH 6-10, 5 (opt. 6-9, 7) et NaCl 10 g/l. ADN : 42 mol % G+C. Deux espèces, dont Anoxybacillus pushchinensis isolée du fumier.

Aquisalibacillus (L. aqua, eau; L. salis, sel)

Bâtonnets droits (0, 5 x 2-10 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, crème, de 1 mm de diamètre. La paroi contient du peptidoglycan du type A4béta, avec L-ornithine et D-asparagine. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, modérés halophiles. Catalase positive et oxydase négative. Pas de production d'acides sur sucres. Nitrate et nitrite réduits. Ménaquinone prédominante MK-7. Croissance optimale à 37°C (20-55 °C), pH 7, 5 (7-10) et NaCl 100 g/l (30-200 g/l). ADN : 46 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l'eau d'un lac salé de Chine, Aquisalibacillus elongatus.

Caldalkalibacillus (L. caldus, chaud; L. alkali, alcalin)

Bâtonnets (0, 5 x 3-6, 55 microns), non mobiles, Gram positif, spores sphériques terminales déformantes. Colonie ronde, convexe, translucide, lisse, entière, jaune-pâle. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent de nombreux sucres et acides organiques. Produisent de l’acide sur sucres. Hydrolysent faiblement l'amidon. Indole positifs. Quinone majeure MK-7. Thermophiles modérés et alcaliphiles obligés. Croissance optimale à 60°C (45-65°C), pH 8, 5 (7, 5-10) et 15 g/l de NaCl (0-60 g/l). ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude alcaline en Chine,   Caldalkalibacillus thermarum.

Caldibacillus

 

Calditerricola (L. caldus, chaud; L. terra, sol; L. suff. -cola de L. incola, habitant)

Longs bâtonnets non sporulés, Gram négatif. Aérobies. Hydrolysent amidon et protéine telles qu’albumine et caséine. Dans un milieu synthétique, biotine, acide folique, thiamine, glutamine et méthionine sont requis pour la croissance à 70°C; à 80°C, histidine, isoleucine, leucine, lysine, méthionine, sérine, tryptophane, phénylalanine et valine sont également requis. L’amidon est utilisé comme source de carbone. Lipides polaires majeurs : phosphatidyléthanolamine, phosphoglycolipide et aminophospholipide. Iso-C17 : 0 est l’acide gras cellulaire le plus abondant. Une polyamine branchée, N4-aminopropylspermine, est présente comme polyamine majeure. Putrescine, spermidine et spermine sont présentes comme polyamines mineures. Thermophiles extrèmes. Croissance optimale à 72-78 °C (56–83°C), pH 7,0-7,5 (6,3–9,1) et avec 16-20 g/l NaCl (0–40 g/l). ADN : 64-70 mol% G+C. Deux espèces isolées d’un compost au Japon, dont Calditerricola satsumensis.

Cerasibacillus  (L. cerasum, une cerise)

Bâtonnets (0, 8 x 2, 5-5 microns), en paires ou courtes chaînes, mobiles, Gram positif, spores sphériques terminales. Colonie ronde, opaque, jaune-brun. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Produisent de l’acide sur sucres. Ne réduisent pas le nitrate. Hydrolysent la gélatine. Quinone majeure MK-7. Croissance optimale à 50°C (30-55°C), pH 8-9 (7, 5-10) et faibles concentrations en NaCl (<100 g/l). ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un digesteur d’ordures ménagères,   Cerasibacillus quisquiliarum.

Falcibacillus (L. falsus, faux)

Bâtonnets (0,7–1.0 x 1,8–3,5 microns), mobiles par flagelles péritriches sporulés, Gram positif. Spores ellipsoides et subterminales. Colonie circulaire, plate et rosâtre après 2 jours d’incubation à 37°C sur milieu TYB. Aérobies. Utilisent esculin, gluconate, 2-cétogluconate et D-xylose, but pas N-acétylglucosamine, D-adonitol, D-arabinose, L-arabinose, D-arabitol, L-arabitol, arbutin, cellobiose, dulcitol, erythritol, D-fructose, D-fucose, L-fucose, D-galactose, D-gentiobiose, D-glucose, glycérol, glycogène, inositol, inuline, 5-cétogluconate, D-lactose, amygdaline, D-lyxose, maltose, mannitol, D-mannose, mélezitose, mélibiose, méthyl alpha-D-glucoside, méthyl alpha-D-mannoside, méthyl beta-D-xyloside, raffinose, L-rhamnose, D-ribose, D-salicin, sorbitol, L-sorbitose, amidon, saccharose, D-tagatose, tréhalose, turanose, xylitol ou L-xylose (API CHB tests). Caséine et gélatine sont hydrolysées, mais pas Tween 80, chitine, amidon, ADN, pectine et tyrosine. Faible activité catalase. Activités oxydase, beta-galactosidase, arginine dihydrolase, lipase, méthyl alpha-D-glucosidase, ornithine décarboxylase, lysine décarboxylase et uréase absentes. Pas de réduction du nitrate et du nitrite. Test deVoges–Proskauer positif, indole non produite. La ménaquinone prédominante est MK-7 et le peptidoglycane de paroicontient de l’acide meso-diaminopimélique. Le profile lipidique polaire consiste en diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, deux aminophosphoglycolipides, cinq phospholipides inconnus, deux phosphoglycolipides et un glycolipide. Mésophiles et neutrophiles. Croissance optimale à 30-37°C (15-42°C), pH 7-8 (6,0-8,5) et moins de 30 g/l NaCl. ADN : 42 mol% G+C (HPLC). Une seule espèce reclassée du genre Bacillus, Falsibacillus pallidus isolée d’un sol forestier en Chine.

Filobacillus

Bâtonnets (0, 3-0, 4 x 3-7 microns) mobiles par un flagelle latéral. Gram positif. Spore sphérique terminale et déformante. Catalase positive et oxydase négative. Halophiles alcalitolérants nécessitant 20 à 230 g/l de NaCl (opt. 80-140 g/l). Croissance optimale à 33-38 °C et pH 7, 3-7, 8 (6, 5-8, 9). Pas de production d’acide sur glucose. ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce, Filobacillus milensis.

Geobacillus

Bâtonnets sporulés péritriches ou non mobiles, isolés ou en courtes chaînes, Gram positif. Spore ellipsoïde ou cylindrique, terminale à subterminale, déformant peu ou pas le sporange. Production de pigments variable. Chimio-organotrophes aérobies ou anaérobies facultatifs. Thermophiles. Croissance optimum à 55-65 °C (37-75 °C), pH 6, 2-7, 5 (6-8, 5). Souvent prototrophes. Acide sans gaz produit sur sucres. Catalase positive, oxydase variable. ADN : 48-58 mol % G+C. Huit espèces, dont l’espèce type Geobacillus (ex-Bacillus) stearothermophilus.

Gracilibacillus

Bâtonnets (0, 4-0, 6 x 2-5 microns) péritriches, sporulés ou filaments. Spore ellipsoïde terminale et déformante. Colonie blanche crémeuse. Aérobies, chimio-organotrophes halotolérants. Réduisent le nitrate. Utilisent sucres et acides organiques. Croissance entre 6-50 °C (opt. 47 °C), pH 5-10 (opt. 7, 5) et NaCl 0-200 g/l (opt. 0 g/l). ADN : 38-39 mol % G+C. Deux espèces, dont Gracilibacillus halotolerans, isolée du Grand Lac Salé des E.U.

Halalkalibacillus

Bâtonnets (0, 3-0, 5 x 2-3 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram positif. Spore sphérique, terminale, déformante. Colonie crème et opaque. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Pas de production d’acides sur sucres. Quinone majeure MK-7. Alcaliphiles, mésophiles et halophiles. Croissance optimale à 30-37°C (20-40°C), pH 8, 5-9 (5, 5-10) et NaCl 100-150 g/l (50-250 g/l). ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol au Japon, Halalkalibacillushalophilus.

Halobacillus

Bâtonnets ou cellules sphériques à ovoïdes (0, 7-1 x 1, 4-4, 5 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, mobiles par flagelles insérés aux deux pôles ou latéraux, Gram positif. Spore ellipsoïde à sphérique, centrale à subterminale, non déformante. Colonie orangé. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, halophiles modérés. Catalase et oxydase positives. Production d’acides sur sucres. Croissance optimale à 35°C (10-44°C), pH 7, 5 (6-9, 5) et NaCl 100 g/l (5-300 g/l). Temps de division : 0, 42-0, 48 h. ADN : 40-43 mol % G+C. Trois espèces, dont Halobacillus halophilus.

Halolactibacillus  (G. halos, sel ; L. lactis, lait)

Bâtonnets (0, 6-0, 9 x 3, 6-4, 5 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, mobiles par flagelles péritriches, Gram positif, non sporulés. Colonie ronde, transparente, convexe, entière, jaune pâle, 0, 8-1, 5 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes, catalase et oxydase négatives. Utilisent les hydrates de carbone avec production d’acétate, pyruvate et lactate. Glucose fermenté en lactate, formate, acétate et éthanol. Ne réduisent pas le nitrate. Hydrolysent faiblement l’amidon. Pas de cytochromes ni de quinones respiratoires. Faiblement halophiles et très halotolérants;  alcaliphiles. Croissance optimale à 30-40°C (5-45°C), pH 8-9, 5 (6-10) et 20-30 g/l NaCl (0-255 g/l). ADN : 39-41 mol % G+C. Deux espèces isolées d’algues en décomposition au Japon dont Halolactibacillus halophilus.

Lentibacillus  (L. lentus, lent ; L. bacillus, petit bâtonnet)

Bâtonnets (0, 4-0, 7 x 2-4 microns), mobiles par un seul flagelle, Gram variable. Spore sphérique à ovale, terminale, déformante. Colonie de 1-2 mm de diamètre après sept jours d’incubation, lisse, ronde à légèrement irrégulière, crème. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Oxydent les sucres sans production d’acide. Croissance optimale à 30°C (15-40°C), pH 6-8 et 40-80 g/l NaCl (>0-230 g/l). ADN : 44 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un marais salant de Corée, Lentibacillus salicampi.

Lysinibacillus (L. lysinum, lysine)

Bâtonnets (0, 4-1, 5 x 3-5 microns), mobiles. Spore sphérique ou ellipsoïde, terminale, déformante. Colonie de 2-3 mm de diamètre après 2 jours d’incubation, entière, ronde, plate à "umbonate", opaque, butyreuse. Peptidoglycan de type A4a(Lys-Asp). Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Oxydent les sucres sans production d’acide. Lipoquinone majeure MK-7. Lipides polaires majeurs: diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol et phosphoglycolipide positif à la ninhydrine. Croissance optimale à 37°C (16-45°C), pH 7-8 (5, 5-9, 5) et jusqu'à 50 g/l NaCl. ADN : 35-38 mol % G+C. Trois espèces, dont Lysinibacillus boronitolerans isolée du sol au Japon.

Marinococcus

Coques (1-1, 2 microns de diamètre) isolées, en paires, tétrades ou amas, mobiles par un à deux flagelles, Gram positif. Colonie jaune-orangé ou incolore. La croissance exige du sel (NaCl 50 à 200 g/l). Aérobies stricts, catalase positive, chimio-organotrophes. Production d’acide sur sucres variable. Croissance optimale à 30-37 °C. ADN : 44-47 mol % G+C. Deux espèces isolées d’eau de mer, marais salants et sols salés, dont Marinococcus halophilus.

Microaerobacter

Bâtonnets (0,5 x 2-10 microns), isolés, mobiles, non sporulés, Gram positif. Anaérobies et microaérophiles (optimum 5-10% d’O2), chimio-organotrophes. Oxydase positive, catalase négative. Lithotrophes (oxydation de H2 en présence d’extrait de levure) en anaérobiose. Réduisent le nitrate en azote (dénitrifiants) avec extrait de levure, tryptone, acides aminés, glucose, saccharose, lactate, pyruvate, valérate, octanoate, palmitate, eicosanoate, tetracosanoate et H2 comme donneurs d ‘électrons. Pas de fermentation. Prototrophes. Thermophiles avec une température optimale de 55°C (37-70°C), un pH optimum de 6,5-7,0 (6,3-7,9) et halotolérants avec un optimum de 15-30 g/l de NaCl (jusqu’à 70 g/l). ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude de Tunisie, Microaerobacter geothermalis.

Natribacillus (L. natron (derivé de l’Arabe natrun ou natron), soude, carbonate de sodium; L. bacillus, bâtonnet)

Bâtonnets (1,0-1,5 x 3,0-5,0 microns), mobiles, sporulés, Gram positif. Spores ovales terminales déformantes produites en phase stationnaire. La paroi contient de la muréine de type A1gamma acide diamino-pimélique. Colonie crémeuse et opaque. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Réduction du nitrate négative. Ornithine-, arginine- et lysine- décarboxylases négatives. Tyrosine et gélatine sont hydrolysées mais pas amidon, pullulane, caséine, Tween 80, tributyrine, ADN, hippurate, esculine, urée, xanthine et hypoxanthine. lndole et H2S non produits. Utilisent D-Mannitol, raffinose, tréhalose, D-sorbitol et saccharose mais pas L-arabinose, cellobiose, D-fructose, D-galactose, D-glucose, glycérol, lactose, maltose, D-mannose, ribose et D-xylose. Acide produit sur lactose et saccharose mais pas sur L-arabinose, cellobiose, D-fructose, D-galactose, D-glucose, glycérol, maltose, D-mannitol, D-mannose, raffinose, ribose, D-sorbitol, tréhalose ni D-xylose. Quinone isoprénoïde MK-7. Lipides polaires : phosphatidylglycérol et diphosphatidylglycérol. Alcalitolérants, mésophiles et halophiles. Croissance optimale à 30°C (2O-4O°C), pH 8,0-8,5 (6,5-10,0) et 100-150 g/l NaCl (70-230 g/l). ADN : 47 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un sol de jardin au Japon, Natribacillus halophilus.

Natronobacillus (G. natron, soude)

Bâtonnets fins et incurvés (0, 4-0, 5 x 2-6 microns), péritriches, Gram positif, sporulés. Présence d'un pigment jaune membranaire absorbant à 435 nm. Le peptidoglycan contient du meso-DAP. Anaérobies aérotolérants et extrêmement sulfure tolérants. Fixateurs d'azote atmosphérique. Utilisent des sucres simples et quelques polymères naturels tels qu'amidon, xylan et glycogène. Glucose fermenté en acétate, éthanol et formate. Phospholipides dominants: acide phosphatidique, phosphatidyléthanolamine et phosphatidylglycérol. Bactérie alcaliphile obligée et halotolérante extrême. Croissance optimale à 36-38°C, pH 9, 5-10 (7, 5-10, 6) et 60-90 g/l NaCl (10-240 g/l). ADN : 36-39 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sols salés de Russie et d'Egypte,   Natronobacillus azotifigens.

Oceanobacillus

Bâtonnets (0, 6-0, 8 x 2, 5-3, 5 microns), péritriches, Gram positif. Spore ellipsoïde, terminale à subterminale, déformant légèrement le sporange. Colonie circulaire, blanc crème. Aérobies chimio-organotrophes produisant de l’acide sur sucres. Catalase positive et oxydase variable. Hydrolysent gélatine, caséine, Tweens 40 et 60. Test négatifs : VP, réduction du nitrate, indole, H2S, uréase, ADNase. Quinone majeure MK-7. Alcaliphiles facultatifs, halotolérants extrêmes. Croissance entre 15-42°C (opt. 30°C), pH 6, 5-10 (opt. 7-9, 5) et 0-210 g/l de NaCl (opt. 30 g/l). ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins collectés à 1050 m de p^rofondeur au Japon, Oceanobacillus iheyensis.

Ornithinibacillus (L. ornithina, ornithine)

Bâtonnets (0, 4 x 2-6 microns), isolés ou en courtes chaînes, mobiles, Gram positif, spores ovales terminales et déformantes. Colonie ronde, élevée, régulière et orange-brunâtre, pouvant atteindre 10 mm. L'acide aminé caractéristique de la paroi est l'ornithine. peptidoglycan de type A4b. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Utilisent les sucres avec production d'acide sur certains. Hydrolysent la gélatine. Quinone majeure MK-7. Lipide polaire prédominant: diphosphatidylglycérol. Halotolérants à halophiles modérés. Croissance optimale à 42°C (15-45°C), pH 7-10 et 5-40 g/l NaCl (0-100 g/l). ADN : 36-41 mol % G+C. Une seule espèce isolée du lait en Allemagne, Ornithinibacillus bavariensis.

Paraliobacillus (G. paralios, littoral)

Bâtonnets (0, 4-0, 5 x 2, 3-4, 5 microns), isolés, en paires ou en courtes chaînes, mobiles par flagelles péritriches, Gram positif, spores sphériques à ellipsoïdes terminales et déformantes. Colonie ronde, convexe, régulière, jaune et transparente, pouvant atteindre 1, 1-1, 5 mm de diamètre. L'acide aminé caractéristique du peptidoglycan de la paroi est l'acide meso-diaminopimélique.Aérobies anaérobies facultatifs, catalase positive. Utilisent surtout les sucres et les alcools sucrés. Glucose oxydé en acétate et pyruvate.Glucose fermenté en lactate, formate, acétate et éthanol.Hydrolysent l'amidon. Quinone majeure MK-7. Faiblement halpohiles et très halotolérants. Faiblement alcaliphiles. Croissance optimale à 37-40°C (10-47°C), pH 7-8, 5 (5, 5-9, 5) et 7, 5-30 g/l NaCl (0-220 g/l). ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce isoléed'une algue marine en décomposition au Japon, Paraliobacillus ryukyuensis.

Paucisalibacillus  (L. paucus, peu ; L. salis, sel)

Bâtonnets (0, 5 x 3-7 microns), mobiles par deux flagelles polaires, Gram positif, spores ovales terminales et non déformantes. Colonie petite, sphérique, lisse, beige. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase négative. Utilisent sucres et substrats protéinés. Ne réduisent pas le nitrate. Hydrolysent l’amidon, l’esculine, la gélatine et les Tweens 20, 40, 60 et 80. Quinone majeure MK-7. NaCl non requis mais améliore la croissance. Croissance optimale entre 20-45°C, pH 8-8, 5 (7-9) et 10 g/l NaCl (0-80 g/l). ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce, Paucisalibacillus globulus.

Pelagibacillus (L. pelagus, la mer)

Bâtonnets (0, 4-0, 7 x 1, 5-4 microns), mobiles par flagelles péritriches, Gram positif, spores ellipsoïdales subterminales ou centrales et déformantes. Colonie circulaire, blanc-crème, de 3-5 mm de diamètre. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase négative. Produisent de l’acide sur sucres. Ne réduisent pas le nitrate. Hydrolysent l’amidon, la caséine, l'esculine, la gélatine et les Tweens 40, 60 et 80. Quinone majeure MK-7. Halotolérants modérés. Croissance optimale à 30°C (15-43°C), pH 7, 5 (5, 5-9) et 0-20 g/l NaCl (0-140 g/l). ADN : 43 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer cotière de Corée, Pelagibacillus goriensis.

Piscibacillus (L. piscis, poisson)

Bâtonnets (0, 4-0, 5 x 1, 5-4 microns), mobiles par flagelles péritriches, Gram positif, spores ovales terminales et déformantes. Colonie circulaire, blanche à crème, de 0, 9-3, 9 mm de diamètre. Aérobies et faiblement anaérobies, catalase et oxydase positives. Produisent de l’acide sur sucres. Ne réduisent pas le nitrate. Hydrolysent l'amidon, la caséine, la gélatine, l'urée et l'ADN. Quinone majeure MK-7. Halophiles. Croissance optimale à 37°C (15-48°C), pH 7 (5-9) et 100-200 g/l NaCl (20-300 g/l). ADN : 37 mol % G+C. Une seule espèce isolée de poisson fermenté en Thaïlande, Piscibacillus salipiscarius.

Pontibacillus  (L. pontus, la mer)

Bâtonnets (0, 6-0, 9 x 2, 3-3 microns), mobiles par flagelles péritriches, Gram positif, spores sphériques terminales et déformantes. Colonie circulaire, faiblement convexe, lisse, jaune. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase négative. Produisent de l’acide sur sucres. Ne réduisent pas le nitrate. Hydrolysent l’amidon, la caséine et le Tween 80. Quinone majeure MK-7. Halophiles modérés. Croissance optimale à 30-35°C (15-45°C), pH 7, 5-8, 5 (6, 5-9, 5) et 20-50 g/l NaCl (10-150 g/l). ADN : 41-42 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un marais salant de Corée, Pontibacillus chungwhensis.

Psychrobacillus (G. psychros, froid)

Bâtonnets, mobiles, sporulés, Gram-positif. Une morphologie coccoïde ou sphérique peut se rencontrer sur certains milieux pour l’espèce type. Spores terminales, rondes ou cylindriques, déformantes ou non déformantes. Aérobies stricts. Négatifs pour l’utilisation du citrate, l’hydrolyse de la gélatine, la production d’indole et l’uréase. MK-8 est la ménaquinone majeure avec MK-7 et des quantités mineures de MK-6 et MK-9. Les lipides polaires majeurs sont le diphosphatidylglycérol (DPG), le phosphatidylglycérol (PG), la phosphatidyléthanolamine (PEA) et des quantités mineures de deux phospholipides (PL1 et PL 2) et quatre lipides inconnus (UL 1, 2, 6, et 7). Le peptidoglycane de paroi est de type A4Beta avec l’ornithine comme acide diaminé en position 3 de la sous-unité peptide. ADN : 35,7 à 36,6 mol % G+C. Trois espèces décrites dont l’espèce type Psychrobacillus insolitus isolé du sol.

Saccharococcus

Coques (1-2 microns de diamètre) en amas irréguliers, non mobiles, Gram positif. Aérobies, hétérotrophes. Catalase et oxydase positives. Thermophiles avec un optimum entre 68-70 °C et un maximum entre 75-78 °C. Produisent de l’acide sans gaz sur les sucres. L’acide L(+) lactique est le principal métabolite de la dégradation des sucres. ADN : 48 mol % G+C. Deux espèces isolées de sucrerie de betterave, dont Saccharococcus thermophilus.

Salibacillus

Deux espèces dont Salibacillus (ex-Bacillus) salexigens. Même définition que le genre Bacillus.

Salimicrobium (L. sal, sel)

Bâtonnets ou coques, Gram positif. Le peptidoglycan contient de l'acide meso-diaminopimélique. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Ménaquinone majeure MK-7. Halophiles modérés. Croissance mésophile. ADN : 45-52 mol % G+C. Trois espèces isolées de marais salants, dont Salinimicrobium (ex Marinococcus) album.

Salinibacillus  (L. salinus, salé; L. bacillus, petit bâtonnet)

Bâtonnets (0, 3-0, 6 x 1-3, 5 microns), mobiles par un flagelle polaire ou des flagelles péritriches, Gram positif. Colonie de 1-2 mm de diamètre après deux jours d’incubation, à bord entier ou dentelé. Aérobies stricts, oxydase variable et catalase positive. Oxydent les sucres avec ou sans production d’acide. Hydrolyse de l’amidon variable. Halophiles modérés. Croissance entre 20-52°C, 10-300 g/l NaCl et pH optimum 6, 5-8. ADN : 40 mol % G+C. Deux espèces isolées d’un lac chinois, dont Salinibacillus aidingensis.

Salirhabdus (L. salis, sel; L. rhabdus, un bâtonnet)

Bâtonnets (0, 3-0, 4 x 2, 9-8, 6 microns), mobiles, Gram positif, spores ovales, terminales et déformantes. Colonie crème. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent les sucres, acides organiques et aminés, avec production d’acide sur certains sucres. Extrait de levure ou vitamines exigées pour la croissance. Dénitrifiants. Hydrolysent la gélatine, l’hippurate et les Tweens 20, 40, 60 et 80. Ménaquinone majeure MK-7. Halotolérants. Croissance optimale à 37-45°C (>10-<55°C), pH 7-8, 5 (>5, 5-<10) et 40-60 g/l NaCl (0-160 g/l). ADN : 37 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un marais salant de l'archipel du Cap Vert, Salirhabdus euzebyi.

Salsuginibacillus (L. salsuginis, eau salée)

Bâtonnets (0, 7-0, 8 x 2, 4-4, 3 microns), isolés ou en paires, mobiles, Gram positif, spores ellipsoïdes, centrales à subterminales. Colonie ronde, entière, non pigmentée, 1 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase positive et oxydase négative. Utilisent quelques sucres et acides organiques. Nitrate réduit en nitrite. Ménaquinone majeure MK-7. Halophiles modérés et alcalitolérants. Croissance optimale à 37°C (20-50°C), pH 8, 5 (5, 8-10) et 100 g/l NaCl (30-200 g/l). ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac salé de Chine, Salsuginibacillus kocurii.

Sediminibacillus (L. sediminis, sédiment)

Bâtonnets (0, 9 x 1, 5-7 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, mobiles, Gram positif, non sporulés. Peptidoglycan de type A1gamma avec meso-DAP. Colonie ronde, entière, crème, 1 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent les sucres avec production d'acides. Nitrate et nitrite réduits.Ménaquinone majeure MK-7. Phospholipides DPG, PG et un glycolipide inconnu. Halophiles modérés. Croissance optimale à 37°C (15-55°C), pH 7, 5 (5-9, 5) et 50-75 g/l NaCl (0-200 g/l). ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac salé de Chine, Saliminibacillus halophilus.

Streptohalobacillus (G. streptos, courbe; G. hals, sel; L. bacillus, bâtonnet)

Bâtonnets (0,2–0,4 x 2–8 microns), isolés, en paires ou courtes ou longues chaines, mobiles par flagelles péritriches, non sporulés, Gram positif. Colonie circulaire, blanche, opaque, légèrement convexe, de 0,2–0,4 mm de diamètre. Le peptidoglycane de paroi est de type A1c avec acide meso-diaminopimélique. Anaérobies facultatifs, oxydase positive et catalase négative. Croissance en l’absence de sucres. Acétate, éthanol et lactate sont les produits majeurs de la fermentation du glucose. Nitrate réduit en nitrite. Tests positifs pour la réaction du rouge de méthyl, amylase, pullulanase et beta-glucosidase, mais négatifs pour la production d’H2S, d’indole, la réaction de Voges–Proskauer, l’uréase, protéase, lipase, DNase, phosphatase et gélatinase. Acide produit sur glycérol, D-xylose, D-glucose, D-fructose, D-mannose, D-mannitol, N-acétylglucosamine, amygdaline, esculine, salicine, cellobiose, maltose, saccharose, tréhalose, mélézitose, raffinose, amidon, glycogène, xylitol, gentiobiose, turanose, D-arabitol et 5-cétogluconate, mais pas sur L-arabinose, D-galactose, L-sorbose, L-rhamnose, arbutine, mélibiose, D-sorbitol, érythritol, D-ribose, D-arabinose, L-xylose, D-adonitol, méthyl beta-D-xylopyranoside, dulcitol, inositol, méthyl alpha-D-glucopyranoside, inuline, lactose, lyxose, D-tagatose, D- et L-fucose, L-arabitol, gluconate, 2-cétogluconate ou méthyl alpha-D-mannopyranoside. La quinone isoprénoïde majeure est MK-6. Croissance optimale à 37°C (20–40°C), pH 7,5 (6,5–9,0) et avec 70 g/l NaCl (0–200 g/l). ADN : 36 mol% G+C (Tm). Une seule espèce isolée d’un sol salé de Chine, Streptohalobacillus salinus.

Tenuibacillus  (L. tenuis, fin)

Bâtonnets (0, 3-0, 5 x 2-6 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram positif, spores sphériques, terminales et déformantes. Colonie ronde, translucide, convexe, brune, 1-2 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent les saccharides, polysaccharides et alcools sucrés sans production d’acide. Ne réduisent pas le nitrate. Hydrolysent la gélatine, l’esculine, la caséine et les Tweens 40 et 60. Halophiles. Croissance optimale à 36-41°C (21-42°C), pH 7-8 (6, 5-9) et 50-80 g/l NaCl (10-200 g/l). ADN : 37 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac hypersalé de Chine, Tenuibacillus multivorans.

Terribacillus (L. terra, terre)

Bâtonnets (0, 6-1 x 2, 3-4, 8 microns), non mobiles, sporulés, spore ellipsoïde subterminale déformante, Gram positif. Colonie circulaire, convexe, jaune pâle. Aérobies stricts, catalase positive. Utilisent les sucres avec production d’acide. Hydrolysent la gélatine. Produisent de l'acétoïne. Nitrate non réduit. Ménaquinone majeure MK-7. Halotolérants. Croissance entre 5-45°C, pH 5-10 et 0-190 g/l de NaCl (opt. 10-50 g/l). ADN : 44-46 mol % G+C. Deux espèces isolées du sol au Japon, dont Terribacillus saccharophilus.

Thalassobacillus  (G. thalassa, mer)

Bâtonnets (1-1, 2 x 2-4 microns), mobiles par flagelles péritriches, sporulés, spore ellipsoïde, centrale, Gram variable. Colonie circulaire, régulière, convexe, crème. Aérobies stricts, catalase positive, oxydase négative. Utilisent les sucres avec production d’acide. Hydrolysent gélatine et Tween 80. Nitrate réduit en nitrite. Ménaquinone majeure MK-7. Halophiles modérés. Croissance optimale à 37°C (15-45°C), pH 7 (6-10) et 75-100 g/l de NaCl (5-200 g/l). ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol salé d’Espagne, Thalassobacillus devorans.

Tumebacillus (L. tume, enflé, gonflé)

Bâtonnets (0, 5 x 3-3, 5 microns), non mobiles, sporulés, spore terminale, Gram positif. Paroi avec acide meso-diaminopimélique et peptidoglycan de type Al-gama. Colonie jaune. Aérobies stricts chimio-lithoautotrophes (soufre) et hétérotrophes, catalase et oxydase négatives. Utilisent les sucres et les Casamino acides. Ménaquinone majeure MK-7. Sensibles à ampicilline, chloramphénicol, érythromycine, rifampicine, streptomycine et tétracycline.  Résistants à pénicilline. Croissance optimale à 25-30°C (5-37°C). ADN : 53, 1 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un permafrost de la région arctique du Canada, Tumebacillus permanentifrigoris.

Virgibacillus

Bâtonnets (0, 5-0, 7 x 2-5 microns) mobiles, formant souvent des chaînes, Gram positif. Spore sphérique à ellipsoïde, terminale à subterminale, déformante. Anaérobies facultatifs, catalase positive. Auxotrophes. Croissance stimulée par NaCl 40 g/l. Croissance optimale à 37 °C (15-50 °C). Production d’acides sans gaz sur sucres. ADN : 37-38 mol % G+C. Deux espèces, dont Virgibacillus pantothenticus.

Viridibacillus (L. viridis, vert)

Bâtonnets droits à extrémités arondies, sporulés, isolés ou en paires, mobiles, Gram positif. Spore ronde, terminale et déformante. Production d'un pigment vert. Colonie luisante, opaque, irrégulière à bord lobé, plate, 3x5 à 6x6 mm. Aérobies hétérotrophes. Catalase positive et oxydase négative. Pas de production d'acide sur sucres sauf fructose. Hydrolysent gélatine. Quinone majeure MK-8 et MK-7. Croissance entre 5 et 40°C avec 20 g/l de NaCl (<70 g/l). ADN : 35-40 mol % G+C. trois espèces isolées du sol et reclassées du genre Bacillus, dont Viribacillus arvi.

Vulcanibacillus  (L. vulcanus, dieu romain du feu)

Bâtonnets (0, 2-0, 3 x 4-5 microns), isolés, non mobiles, sporulés, Gram positif. Colonie lenticulaire, crème. Anaérobies stricts, catalase et oxydase négatives. Utilisent les substrats protéïques, les sucres, l’éthanol et le pyruvate. Nitrate réduit en nitrite. Ménaquinone majeure MK-7. Phospholipides : diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, deux phospholipides inconnus et un aminophospholipide inconnu. Thermophiles modérés et neutrophiles adaptés à la salinité de l’eau de mer. Croissance optimale à 55°C (37-60°C), pH 7 et 20-30 g/l de NaCl. ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce, Vulcanibacillus modesticaldus.

FamilleII. Planococcaceae

Planococcus (G. planos, errant)

Cellules sphériques de 1 à 1, 2 microns de diamètre, isolées, en paires, en groupes de trois cellules et occasionnellement en tétrades. Gram-positif à variable. Mobiles par un à deux flagelles. Aérobies. Catalase-positive. Colonie jaune-orangé. Bonne croissance jusqu'à 120 g/l de NaCl. La plupart des souches hydrolysent la gélatine mais n'utilisent pas les sucres. N'exigent pas de facteurs de croissance. ADN : 40-50 mol % G+C. Quatre espèces isolées de l'eau de mer et de certains coquillages et crustacés marins (palourde, crevette), dont Planococcus citreus.

Bhargavaea (Pushpa Mittra Bhargava, biologiste indien)

Bâtonnet (2 x 6 microns de long), isolés, en paires ou amas, non mobiles, non sporulés, Gram positif. Peptidoglycan avec acide diaminopimélique, lysine et acide glutamique. Colonie, circulaire, convexe, lisse et entière, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies chimio-hétérotrophes, catalase, oxydase, uréase et lipase positives. Nitrate réduit en nitrite. Quinones majeures MK-6 et MK-8. Croissance optimale à 37°C (15-55°C), pH 7-7,5 et jusqu’à 60 g/l NaCl. Temps de division 5 h. ADN : 57-62 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment marin profond en Inde, Bhargavaea cecembensis.

Caryophanon (G. caryum, noyau; G. phanus, visible)

Trichomes multicellulaires, légèrement incurvés (1, 5-3 x 10-20 microns) aux extrémités arrondies, souvent en courtes chaînes. Mobiles par flagelles péritriches. Aérobies stricts utilisant principalement l'acétate comme source de carbone. La biotine est indispensable et la thiamine stimule la croissance. Catalase fortement positive, cytochrome oxydase négative. ADN : 41-46 mol % G+C. Deux espèces isolées de la bouse de vache, dont Caryophanon latum (L. latum, large).

Chryseomicrobium (G. chruseos, doré)

Bâtonnets (0,3-0,7 x 1,7-2,9 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie jaune. Le peptidoglycane de paroi est de type A4alpha avec un pont interpeptide L-Lys-D-Asp. Aérobies, catalase positive et oxydase négative. Caséine hydrolysée mais pas gélatine, amidon ni esculine. Production d’H2S, formation d’indole et uréase négatives ainsi que Rouge de méthyl, test de Voges-Proskauer et oxydation/fermentation. N’hydrolysent pas l’ONPG. Nitrate non réduit en nitrite. Acide produit sur glucose, salicine, fructose, maltose, saccharose, inuline, mélibiose et cellobiose. Sur Biolog GP2, positifs pour l’oxydation de l’alpha-cétovalérate, glycérol, gamma-hydroxybutyrate, pyruvate, L-sérine, D-ribose, pyruvate méthyl ester, L-alanine, 2-desoxyadénosine et L-arabinose. Négatifs pour l’oxydation de l’alpha- et beta-cyclodextrine, glycogène, inuline, mannane, lactose, méthyl beta-D-glucoside, L-alaninamide, tréhalose, D-lactate méthyl ester, D-alanine, arbutine, L-lactate, xylitol, D- et L-malate, raffinose, L-asparagine, L-fucose, L-rhamnose, adénosine 5’-monophosphate, mélézitose, alpha-hydroxybutyrate, glycyl L-glutamate, Tweens 40 et 80, D-galacturonate, mélibiose, salicine, propionate, L-pyroglutamate, uridine 5'-monophosphate, gentiobiose, méthyl alpha-D-galactoside, sédoheptulosane, D-fructose 6-phosphate, N-acétyl-beta-glucosamine, D-gluconate, méthyl beta-D-galactoside, D-sorbitol, p-hydroxyphénylacétate, succinamate, putrescine, alpha-D-glucose 1-phosphate, amygdaline, myo-inositol, méthyl alpha-D-glucoside, saccharose, N-acétyl-L-glutamate et DL-alpha-glycérol phosphate. Les ménaquinones sont MK-7, MK-8, MK-7(H2) et MK-6. Les lipides polaires sont le diphosphatidylglycérol, le phosphatidylglycérol, la phosphatidyléthanolamine, la phosphatidylcholine, un phospholipide inconnu, un lipide inconnu et un glycolipide inconnu. Croissance à 4-45°C, pH 6-9 et 0-60 g/l NaCl. ADN : 53 mol% G+C. Une seule espèce isolée de la mer du golfe du Bengale en Inde, Chryseomicrobium imtechense.

Filibacter

Filaments (1, 1 x 8-150 microns) constitués de cellules cylindriques, droites ou incurvées (1, 1 x 3-30 µm), séparées par des constrictions. Filaments flexibles mais non branchés et non engaînés. Mobilité par glissement. Colonie spiralée non pigmentée. Gram négatif. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Utilisent uniquement les acides aminés. Croissance optimale à 20 °C (4-26 °C) et pH 7, 4. ADN : 44 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment lacustre, Filibacter limicola.

Jeotgalibacillus (jeotgal, aliment coréen traditionnel)

Bâtonnets (1-1, 2 x 2-4 microns) mobiles par flagelles péritriches, Gram variable. Spore ronde terminale à subterminale et déformante. Colonie jaune-orangé. Anaérobies facultatifs. Catalase et oxydase positives. Acide produit sur sucres. Nitrate réduit en nitrite. Croissance en présence de NaCl 190 g/l, optimale à 30-35 °C et pH 7-8. ADN : 44 mol % G+C. Une seule espèce isolée du jeotgal, un plat fermenté de produits marins traditionnel coréen, Jeotgalibacillus alimentarius.

Kurthia (H. Kurth, bactériologiste allemand)

Dans les cultures jeunes (12 à 24 h), bâtonnets réguliers en chaînes souvent parallèles (0, 8-1, 2 x 2-4 microns). Dans les cultures âgées (3-7 j), cellules coccoïdes formées par la fragmentation des bâtonnets. Mobiles par flagelles péritriches. Aérobies stricts. Colonie rhizoïde. Pas de production d'acide sur les sucres. Catalase positive, oxydase absente. Requièrent des facteurs de croissance. ADN : 36-38 mol % G+C. Trois espèces, dont Kurthia zopfii (W. Zopf, botaniste allemand), isolées de la viande et ses dérivés. La contamination s'effectue aux abattoirs. On les trouve également dans les fécès des animaux de ferme.

Marinibacillus

Bâtonnets (0, 8-1, 1 x 2-7 microns) isolés, en paires, courtes chaînes ou filaments, péritriches, Gram positif. Spore ronde ou faiblement ellipsoïde, terminale à subterminale, non déformante ou déformant légèrement le sporange. Aérobies produisant de l’acide sur sucres. Catalase et oxydase positives. Test négatifs : rouge de méthyl, VP, dénitrification, indole, lysine et ornithine décarboxylase, arginine dihydrolase, hydrolyse de l’amidon et de la chitine. Autres tests variables suivant la souche. Bactérie marine exigeant de l’eau de mer pour sa croissance. ADN : 40-42 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins, Marinibacillus marinus.

Paenisporosarcina (L. paeni, presque; L. Sporosarcina, nom de genre bactérien)

Bâtonnets et/ou coques (2-4 microns de long), non mobiles, sporulés avec spores rondes terminales à subterminales, Gram positif. Peptidoglycan de type A4alpha. Colonie lisse, opaque, entière, crème, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Production d’acide sur glucose. Nitrate non réduit. Hydrolysent amidon et caséine. Ménaquinone majoritaire MK-7 et/ou MK-8. Lipides polaires: diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, phosphatidylethanolamine, un aminophospholipide, un aminolipide et un lipide inconnu. Croissance optimale à 25-30°C (15-37°C), pH 7-8 (6-9) et 0 g/l NaCl (0-30 g/l). ADN : 46 mol % G+C. Deux espèces dont Paenisporosarcina quisquiliarum isolée d’un sol en Inde.

Planomicrobium

Bâtonnets courts à coques, Gram positif à variable, non sporulés, mobiles par un flagelle polaire ou péritriches. Colonie jaune à orangé. Aérobies, catalase positive, oxydase négative ou faiblement positive. Uréase négative, nitrate non réduit. Hydrolysent caséine et gélatine. ADN : 35-47 mol % G+C. Trois espèces, dont Planomicrobium koreense.

Sporosarcina

Cellules sphériques ou ovales ; une première division donne des diplocoques ou des paires de cellules ovales. Les cellules se divisent alors en deux ou trois plans perpendiculaires pour former des tétrades ou des paquets de huit ou plusieurs cellules. Formation d'endospores. Les cellules sont généralement mobiles par un ou plusieurs flagelles. Aérobies strictes. Les colonies sont colorées en jaune pâle ou orange brillant. Catalase et oxydase présentes. La plupart des souches exigent des facteurs de croissance. ADN : 40-41 mol % G+C. Une seule espèce, Sporosarcina ureae. Ces organismes se rencontrent dans le sol, le fumier, l'eau de mer.

Ureibacillus

Bâtonnets (0, 5-0, 7 x 1-6 microns) mobiles, Gram négatif, isolés ou en chaînes. Spore sphérique, terminale à subterminale, déformant le sporange. Aérobies thermophiles. Croissance entre 37 et 65 °C à pH 9 et NaCl 50 g/l. Utilisent esculine et urée. Pas de production d’acide sur sucres. ADN : 36-42 mol % G+C. Deux espèces, dont Ureibacillus thermosphaericus.

Famille III. Listeriaceae

Listeria (Lord Lister, chirurgien anglais)

Bâtonnets courts, réguliers (0, 4-0, 5 x 0, 5-2 microns), aux extrémités arrondies, parfois incurvés, isolés, en courtes chaînes ou en V ou en groupes parallèles à l'axe longitudinal. Des filaments de 6 à 20 microns ou plus peuvent se développer dans les cultures âgées ou rugueuses. Pas de capsule. Mobiles par quelques flagelles péritriches. Aérobies et anaérobies facultatifs. Les colonies apparaissent gris bleuâtre avec des reflets bleu-vert en lumière oblique. Certaines espèces réalisent une ß-hémolyse sur agar au sang. Bonne croissance sur bouillon nutritif avec 100 g/l de NaCl. Catalase positive, oxydase négative. Présence de cytochromes. La fermentation du glucose produit principalement de l'acide lactique, sans gaz. Le test de Voges-Proskauer est positif. N'utilisent pas le citrate. Facteurs de croissance exigés. Hydrolysent l'esculine et l'hippurate mais pas l’urée, la gélatine, la caséine et le lait.
La lysogénie est commune chez ce genre. Plusieurs bactériocines sont produites. Les espèces ont été regroupées en sérovars. Ces organismes sont largement distribués dans la nature où on les rencontre dans l'eau, la boue, les égoûts, les végétaux et dans les fécès des animaux et de l'homme. Quelques espèces sont pathogènes pour l'homme et les animaux. ADN : 36-38 mol % G+C. Le genre comporte une demi-douzaine d'espèces, dont l'espèce type Listeria monocytogenes (L. monocytum, monocyte ; G. gennaio, produire) est pathogène et est impliquée dans une méningite accompagnée de septicémie chez l'homme. Il peut y avoir une infection intra-utérine qui entraîne la mort du fœtus. Chez l'enfant, la listériose peut donner une forme disséminante, la granulomatose infantiseptique. Cette espèce engendre également des avortements, encéphalites et septicémies chez les bovins et ovins.

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Listeria monocytogenes

Brochothrix (G. brochos, boucle; G. thrix, fil)

Bâtonnets réguliers (0, 6-0, 75 x 1-2 microns), isolés, en courtes chaînes ou en longs filaments repliés en masses noueuses. Aspect coccoïde dans les cultures âgées. Non mobiles. Anaérobies facultatifs. Les colonies ont un aspect en œuf frit. Elles ne sont pas pigmentées ni hémolytiques. Présence de catalase et de cytochromes. Le glucose est fermenté en acide lactique et quelques autres composés. Le métabolisme aérobie du glucose accumule principalement de l'acétoïne et de l'acétate. Le test de VP est positif. Les enzymes du cycle de Krebs sont pour la plupart absentes. Exigences nutritionnelles complexes. ADN : 36 mol % de G+C. Deux espèces, dont Brochothrix thermosphacta (G. therme, chaleur ; G. sphactos, victime) qui est un organisme polluant de la viande en produisant des métabolites malodorants qui rendent la viande et ses dérivés impropres à la consommation. Grande importance économique.

Famille IV. Staphylococcaceae

Staphylococcus (G. staphyle, grappe)

Cellules sphériques de 0, 5 à 1, 5 microns de diamètre, isolées, en paires, en tétrades et se divisant dans plusieurs plans pour former des amas irréguliers. Non mobiles. La paroi cellulaire contient du peptidoglycane et de l'acide teichoïque. L'acide aminé présent dans le peptidoglycane est la L-lysine. Anaérobies facultatifs, excepté Staphylococcus saccharolyticus qui est anaérobie strict. Habituellement catalase positive. Tolèrent 100 g/l de NaCl. Métabolisme respiratoire et fermentatif avec prédominance de l'un ou l'autre suivant les espèces. Présence de pigments caroténoïdes. En anaérobiose, production d'acide lactique sur glucose. Le lactose et le galactose sont métabolisés par la voie de Leloir (D-tagatose-6-phosphate). Les sucres et(ou) les acides aminés sont utilisés comme sources de carbone et d'énergie. En aérobiose, le glucose est oxydé en acétate + CO2. Exigences nutritionnelles variées. Résistent à la lyse par le lysozyme mais sensibles à la lysostaphine et aux antibactériens tels que le phénol et ses dérivés et les halogènes. Ces organismes abritent de nombreux bactériophages. On les rencontre sur la peau et dans les glandes de la peau et les membranes muqueuses des animaux à sang chaud. On peut également les isoler de produits animaux (viande, lait, fromage) et de l'environnement (sol, poussière, air, eaux). Certaines espèces sont des pathogènes opportunistes de l'homme et(ou) des animaux. On les trouve alors dans le sang, le pus, les urines, les fécès. ADN : 30-39 mol % G+C. Le genre comporte actuellement trente-six espèces dont l'espèce type S. aureus (L. aureus, doré), agent de nombreuses infections comme furonculoses, impétigo, nécroses épidermiques, pneumonies, ostéomyélites, méningites, endocardites, mastites, abscès variés, entérocolites, infections urogénitales. Il est souvent impliqué dans les infections nosocomiales en milieu hospitalier. L'antibiotique le plus efficace est la novobiocine.


Staphylococcus aureus
extrait du site:
http://www.meddean.luc.edu/lumen/DeptWebs/microbio/med/gram/slides/slide7.htm

Jeotgalicoccus  (jeotgal, plat de fruits de mer traditionnel coréen)

Coques de 0,6-1,1 microns de diamètre, non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie lisse, faiblement convexe, circulaire à légèrement irrégulière et jaunâtre. Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase positives. Utilisent les sucres. Nitrate non réduit. Hydrolysent la tyrosine mais pas l’esculine, la caséine, l’hypoxanthine, l’amidon, le Tween 80 et la xanthine. La ménaquinone majeure est MK-7. Croissance optimale à 30-35°C (4-42°C), pH 7-8 (>5, 5) et 20-50 g/l de NaCl (0-200 g/l). ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée du jeotgal, Jeotgalicoccus halotolerans.

Macrococcus

Cellules sphériques à coccoïdes (diamètre 1, 1-2, 5 microns), non mobiles, Gram positif. Aérobies, accessoirement anaérobies facultatifs, catalase et oxydase positives. ADN : 38-45 mol % G+C. Quatre espèces, dont Macrococcus equipercicus isolée du lait et des produits carnés de bovins, ovins, caprins et baleine.

Nosocomiicoccus

Coques non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie petite, lisse, convexe, luisante, circulaire et jaunâtre. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Faible production d'acide sur L-arabinose. Nitrate non réduit. Hydrolysent la gélatine. Les ménaquinones majeures sont MK-7 et MK-8. Le lipide polaire majeur est un aminophospholipide inconnu. Croissance optimale à 30-37 °C, pH 7,5-8 et 10-30 g/l de NaCl (0-140 g/l). ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'échantillons cliniques, Nosocomiicoccus ampullae.

Salinicoccus

Cellules sphériques (1-2, 5 microns de diamètre), isolées, en paires, tétrades ou amas, non mobiles, Gram positif. Colonie rose. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Ne produisent pas d’acide sur sucres. Bactéries marines exigeant NaCl 9 à 250 g/l (opt. 100 g/l). Croissance à 15-40 °C (opt. 37 °C) et pH 6-9 (opt. 7, 5-8). ADN : 51 mol % G+C. Deux espèces isolées de marais salants, dont Salinicoccus roseus.

Famille V. Sporolactobacillaceae

Sporolactobacillus

Bâtonnets droits (0, 7-0, 8 x 3-5 microns) isolés, en paires, rarement en courtes chaînes. Mobiles par un petit nombre de longs flagelles péritriches. Organismes microaérophiles réalisant une fermentation homolactique des hexoses. Catalase et cytochromes absents. Présence de ménaquinones mais pas d'ubiquinones. Ne réduisent pas les nitrates et ne forment pas d'indole. Exigences nutritionnelles complexes (biotine, pantothénate, leucine, valine). Les pentoses ne sont pas fermentés. ADN : 38-39 mol % G+C. Cinq espèces isolées du sol et des aliments pour volaille, dont Sporolactobacillus inulinus.

Pullulanibacillus (L. pullulanum, pullulan)

Bâtonnets à extrémités rondes ou carrées (0, 5-1 x 2-10 microns), isolés ou en chaînes, non mobiles, Gram positif, spores ovales et déformantes. Le peptidoglycan contient l’acide meso-diaminopimélique, l’alanine, l’acide glutamique, le galactose, le glucose et le rhamnose. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase positive, oxydase négative. Ne réduisent pas le nitrate. Quinones isoprénoïdes majeures : MK-5 et MK-7. Acidophiles modérés. ADN : 43-47 mol % G+C. Une seule espèce reclassée du genre Bacillus, Pullulanibacillus naganoensis.

Sinobaca (ex Sinococcus)

Coques (0, 8-1 microns de diamètre), mobiles par de nombreux flagelles, Gram positif. Peptidoglycan de type A1g. Colonie orange, circulaire, opaque, de 1, 5-1, 8 mm de diamètre. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase négative, chimio-organotrophes. Utilisent les sucres avec production d’acide. Croissance optimale à 28°C, pH 8-9, 5 et 100 g/l KCl. ADN : 47 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol salé en Chine, Sinobaca (ex Sinococcus) qinghaiensis.

Sinococcus (L. sinae, de Chine) nom illégitime = Sinobaca

Tuberibacillus  (L. tuber, enflure)

Bâtonnets (0, 3-0, 5 x 3-7 microns), non mobiles, sporulés, isolés ou en chaînes. Gram positif. Spore ovale (0, 5-0, 7 x 0, 7-microns), terminale et déformante.  Colonie ronde, crème, translucide. Le peptidoglycan contient l’acide meso-diaminopimélique, l’alanine et la glutamine mais pas de sucres. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Production d’acide sur glucose et arabinose. La réduction du nitrate dépend de la souche. Hydrolysent la caséine. Quinone majeure MK-7. Thermophiles croissant entre 40 et 60°C avec un optimum à 50-55°C. Neutrophiles croissant entre pH 5 et 7. Croissance entre 0 et 40 g/l de NaCl. ADN : 46-47 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un compost au Japon, Tuberibacillus calidus.

Famille VI. Paenibacillaceae

Paenibacillus

Bâtonnets Gram positif, formant des spores ovales, subterminales à terminales. Anaérobies stricts produisant acétate, formate, lactate et éthanol lors de la fermentation, avec une production abondante d’H2. Le pyruvate est fermenté en acétate et formate, le gluconate en acétate, formate et éthanol. ADN : 50 mol % G+C. Vingt-sept espèces reclassées du genre Clostridium, dont Paenibacillus polymyxa.

Ammoniphilus

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0, 6-1, 1 x 1-8 microns), isolés, en paires, courts ou longues chaînes, péritriches, Gram variable. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Chimio-organotrophes utilisant l’oxalate comme seule source de carbone et d’énergie. Isolées de la rhizosphère. Croissance optimale à 28-30 °C (10-40 °C) et pH 8-8, 5 (6, 8-9, 5). ADN : 45-46 mol % G+C. Deux espèces, dont Ammoniphilus oxalaticus.

Aneurinibacillus

Bâtonnets (0, 7-0, 9 x 3-5 microns) péritriches, Gram variable. Spore ellipsoïde déformante. Colonie gris-jaunâtre. Aérobies stricts. Catalase positive, oxydase variable. Nitrate réduit en nitrite. Croissance optimale à 37 °C (20-50 °C) et pH 7 (5-9). Production d’acides sans gaz sur sucres. ADN : 41-43 mol % G+C. Trois espèces, dont Aneurinibacillus aneurinilyticus.

Brevibacillus

Bâtonnets (0, 7-0, 9 x 3-5 microns) péritriches, Gram variable. Spore ellipsoïde déformante. Colonie gris-jaunâtre. Aérobies stricts ou anaérobies facultatifs pour une espèce (B. laterosporus). Catalase positive, oxydase variable. Croissance optimale à 30 °C et pH 7. Une espèce thermotolérante à 45-48 °C (B. thermoruber). Production d’acides sans gaz sur sucres. ADN : 43-57 mol % G+C. Dix espèces, dont Brevibacillus brevis.

Cohnella  (Ferdinand Cohn, microbiologiste allemand)

Bâtonnets non mobiles, Gram positif, sporulés. Aérobies stricts, oxydase positive. Utilisent les sucres sans production d’acide. Hydrolysent l’esculine et le p-nitrophénol b-D-glucopyranoside. Lipides polaires : diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine et lysylphosphatidylglycérol. Quinone majeure MK-7. Thermotolérants. Croissance optimale à 25-30°C (?-55°C). ADN : 59 mol % G+C. Deux espèces dont Cohnella thermotolerans isolée d’une amidonnerie en Suède.

Fontibacillus (L. fontis, fontaine, source)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 3-5 microns), isolés ou en paires, sporulés, Gram positif. Spores ellipsoïdes, terminales à subterminales, déformantes. Colonie ronde, convexe, opaque, à bords irréguliers, blanc crémeux. Anaérobies facultatifs, oxydase et catalase positives. Production d'acides sur de nombreux sucres. Nitrate non réduit. Ménaquinone prédominante MK-7. Lipides polaires majeurs PG, DPG, PE et APGL. Croissance entre 20-42°C, pH 6-11 et 20 g/l NaCl. ADN: 46 mol% G+C. Une seule espèce isolée d'une source d'eau chaude en Inde, Fontibacillus aquaticus.

Oxalophagus (G. oxalis, oseille -> acide oxalique, G. phagus, glouton)

Bâtonnets droits Gram positif, formant des spores ovales centrales à subterminales. Anaérobies stricts, catalase négative. Pas de cytochromes. Oxalate et oxamate décarboxylés en formate. Pas de croissance avec d’autres substrats carbonés. ADN : 35-37 mol % G+C. Une seule espèce, Oxalophagus oxalicus.

Saccharibacillus (L. Saccharum, nom générique d'une plante)

Bâtonnets (0, 8-1 x 3-4 microns), mobiles par flagelles polaires à subpolaires, Gram variable, sporulés. Spore centrale à subterminale, lisse non déformante. Colonie circulaire, à bords irréguliers, rose pâle, opaque, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes. Catalase et oxydase négatives. Utilisent quelques sucres avec production d'acides. Produisent de l'acétoïne. Réduisent le nitrate en nitrite. Présence de cellulases, xylanases et béta-galactosidase. Ménaquinone majeure MK-7. Lipides prédominants: diphosphatidylglycérol, phosphodiphosphatidylglycérol et un phospholipide inconnu. Croissance optimale à 28 °C (8-40°C) et pH 7. ADN : 58 mol % G+C. Une seule espèce isolée des tissus de la plante Saccharum officinarum, Saccharibacilus sacchari.

Thermobacillus

Bâtonnets courts (0, 4-0, 5 x 2-2, 8 microns), non mobiles. Gram négatif. Spore ellipsoïde déformante, paracentrale à subterminale. Aérobies, catalase positive et oxydase négative. La croissance exige 30 g/l de NaCl. Hydrolysent l’amidon et l’esculine. Utilisent de nombreux sucres. Thermophiles, croissance optimale à 55 °C (max. 63 °C) et pH 7, 8 (6, 5-8, 5). Produisent une grande quantité de xylanase extracellulaire. ADN : 57 mol % G+C. Une seule espèce, Thermobacillus xylanilyticus, isolée d’un sol français et brevetée.

Famille VII. Alicyclobacillaceae

Alicyclobacillus (G. aliphos, gras, G. kyklo, cercle)

Bâtonnets droits (0, 3-0, 8 x 2-4, 5 microns), souvent en courtes chaînes de 5 à 6 cellules, sporulés, spore ellipsoïde ou ovale, subterminale à terminale, non ou peu déformante. Gram positif ou variable. Colonie non pigmentée, plate, à bord irrégulier. Anaérobies facultatifs. Utilisent quelques sucres et les Casamino acides. Requièrent ou pas des facteurs de croissance. La ménaquinone majeure est MK-7. Croissance acidophile entre 40-70°C et pH 2-6. ADN : 52-60 mol % G+C. Trois espèces isolées d’eaux thermales acides terrestres ou acqueuses et reclassées du genre Bacillus dont Alicyclobacillus (ex Bacillus) acidocaldarius.

Famille VIII. Thermoactinomycetaceae

Thermoactinomyces

Formation de spores uniques sur le mycélium et les hyphes aériennes. Les sporophores peuvent être simples ou branchés et courts, si bien que les spores paraissent sessiles, directement fixées sur le mycélium. Espèces thermophiles (40 à 60 °C). Paroi de type III, aérobies. Sept espèces, dont Thermoactinomyces vulgaris.

Desmospora (G. desmos, chaîne)

Mycélium végétatif Gram positif non fragmenté formant des colonies ayant l’aspect du cuir et couvertes d’un mycélium aérien long, modérément branché, droit ou flexueux, jaune. Ce mycélium porte de longues chaînes d’arthrospores et des endospores cessiles isolées sur des sporophores simples non branchés. Pas de formation d’éléments mobiles. Paroi de type III. Peptidoglycane avec acide meso-diaminopimélique. Aucun sucre détecté dans la paroi. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Catalase positive. Utilisent certains sucres et acides organiques. Hydrolysent caséine, élastine, esculine, gélatine et urée. Quinone respiratoire majeure MK-7. Lipides polaires: phosphatidylmonomethyléthanolamine, diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine et deux phospholipides inconnus. Thermotolérants. Croissance à 37-50°C. ADN : 49 mol % G+C. Une seule espèce isolée du crachat d’un patient tuberculeux, Demospora activa.

Kroppenstedtia (Reiner M Kroppenstedt, microbiologiste allemand)

Gram positif. Mycélium de substrat et aérien produisant des chaines d’arthrospores et d’endospores thermorésistantes, ces dernières isolées sur des sporophores non branchés. Colonie ivoire, nuageuse, plate, irrégulière, avec un bord ondulé et une surface terne, formant des rides radiales avec un mycélium aérien blanc épars. Pas de formation de pigments. Pas de sucre détecté dans les hydrolysats de cellules entières, impliquant un chimiotype de paroi de type 1. Aérobies chimio-organotrophes. Hydrolysent caséine, gélatine et esculine. Uréase positive. La ménaquinone prédominante est la MK-7. Les phospholipides prédominants sont le diphosphatidylglycérol, la phosphatidyléthanolamine et le phosphatidylglycérol (profil de type PII). Thermotolérants. Croissance entre 25 et 50°C, et pH 5,0-8,5. ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol en Allemagne, Kroppenstedtia eburnea.

Laceyella  (John Lacey, microbiologiste anglais)

Mycelium aérien blanc. Production d’un pigment soluble brun-jaune ou gris-jaune. Endospores sessiles produites sur sporophores. Gram positif. Le peptidoglycan de la paroi contient du meso-DAP mais pas de sucres caractéristiques. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Utilisent les sucres. Ménaquinone majeure MK-9. Thermophiles. Croissance optimale à 50-55°C. ADN : 48-49 mol % G+C. Deux espèces isolées du sol, de la canne à sucre et d’un échantillon clinique, dont Laceyella (ex-Thermoactinomyces) sacchari.

Marininema

Mechercharimyces (L. mecherchar, lac marin sur l'île Mecherchar, République de Palau; G. mukes, champignon)

Mycelium aérien blanc et mycelium dans le substrat bien développé, branché et septé. Pas de production de pigment soluble, mais un pigment brun foncé sur L-tyrosine. Formation d'endospores sur des sporophores ou sur le mycelium suivant l'espèce. Gram positif. Le peptidoglycan de la paroi contient du meso-DAP, de l'acide glutamique et de l'alanine mais pas de sucres caractéristiques. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Hydrolysent gélatine et caséine. Ménaquinone majeure MK-9. Croissance optimale à 30°C (15-37°C). ADN : 45 mol % G+C. Deux espèces isolées de sédiments lacustres, dont Mechercharimyces mesophilus.

Melghirimyces

 

Planifilum (L. planus, plat; L. filum, filament)

Cellules Gram positif. Mycélium aérien non formé. Endospores isolées sur le mycélium. Le peptidoglycan de la paroi contient du meso-DAP, alanine et acide glutamique mais pas de sucres caractéristiques. Colonie jaune crème, lustrée avec des rides radiales. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Hydrolysent l'amidon et la caséine. Ménaquinone majeure MK-7. Thermophiles. Croissance optimale à 55-65°C (50-67°C). ADN : 59-60 mol % G+C. Deux espèces isolées d'un procédé de compostage thermophile au Japon, dont Planifilum fimeticola.

Seinonella  (Akio Seino, microbiologiste japonais)

Mycelium aérien blanc, mycélium dans le substrat blanc à jaunâtre. Endospores sessiles produites sur des hyphes flexueuses des mycélium aérien et profond. Gram positif. Le peptidoglycan de la paroi contient du meso-DAP. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Utilisent les sucres. De fortes concentrations de peptone et extrait de levure ainsi que de la vitamine B sont essentielles pour une bonne croissance. Ménaquinone majeure MK-7. Ne réduisent pas le nitrate. Mésophiles. Croissance optimale à 35°C (25-<45°C) et pH 7-8 (>5). ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol, Seinonella (ex-Thermoactinomyces) peptonophila.

Shimazuella (Akira Shimazu, microbiologiste japonais)

Mycelium aérien blanc, abondant et non fragmenté. Mycélium dans le substrat bien développé, branché et septé. Pas de production de pigment soluble. Endospores produites isolément sur le mycélium. Gram positif. Le peptidoglycan de la paroi contient du meso-DAP, de l'acide glutamique et de l'alanine mais pas de sucres caractéristiques. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Hydrolysent amidon et caséine. Ménaquinones majeures MK-9 et MK-10 dans un rapport 7:3. Mésophiles. Croissance optimale à 32°C (20-37°C). ADN : 39 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol en Corée du Sud, Shimazuella kribbensis.

Thermoflavimicrobium  (G. thermos, chaud ; L. flavus, jaune)

Mycelium aérien jaune et abondant. Endospores sessiles produites sur sporophores branchés dichotomiquement. Gram positif. Le peptidoglycan de la paroi contient du meso-DAP mais pas de sucres caractéristiques. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Utilisent les sucres. Ménaquinone majeure MK-7. Thermophiles. Croissance optimale à 55°C (>30°C) avec 5g/l NaCl (<10 g/l). ADN : 43 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol et de compost, Thermoflavimicrobium (ex-Thermoactinomyces) dichotomicum.
 

Famille IX. Pasteuriaceae

Pasteuria (F. Pasteur)

Bactéries bourgeonnantes se rencontrant dans les habitats aquatiques où elles s'attachent aux particules diverses. Cellules en forme d'œuf (0, 5-1, 0 x 1, 0-5, 0 microns) avec bourgeon au pôle le plus large. Forment des rosettes attachées par le renflement de fixation. Un flagelle subpolaire et nombreux pili au pôle reproductif. Aérobies stricts utilisant les sucres et les polysaccharides. ADN : 57 mol % G+C. Quatre espèces, dont Pasteuria ramosa, parasite des nématodes.


Pasteuria penetrans (spore)
Sayre & Starr (1989) in Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 4.
S.T. Williams et al. eds., Williams & Wilkins pub., p. 2603.

 

Bacillales non classées

Exiguobacterium

Formes variables, du bâtonnet (1, 2 x 3, 2 microns) en phase exponentielle à une forme coccoïde (1, 1 x 1, 4 microns) en phase stationnaire ; mobiles par flagelles péritriches, Gram positif. Colonie aérobie orange. Anaérobies facultatifs, catalase positive et oxydase négative. Production d’acide sur sucres. Glucose fermenté en lactate, acétate et formate. Croissance optimale à 37 °C (7-43 °C) et pH 8, 5-9, 5 (6, 5-11, 5). ADN : 52-56 mol % G+C. Quatre espèces, dont Exiguobacterium aurantiaca.

Gemella

Coques isolées (0, 5 micron de diamètre), en paires ou courtes chaînes. La coloration de Gram est indéterminée mais la paroi est de type Gram-positif. Non mobiles. Hémolyse du sang de lapin ou de cheval. Fermentent les sucres en acide. Nutrition complexe. Certaines souches réduisent les nitrites. Aérobies ou anaérobies facultatifs. ADN : 34 mol % G+C. Cinq espèces, dont Gemellahaemolysans. Organismes parasites de l'homme que l'on trouve dans les sécrétions des bronches. Non pathogènes.

Geomicrobium (G. ge, sol)

Cellules non mobiles, Gram positif, non sporulées, en forme de haricot (0,5-0,7 x 1,0-1,2 microns), formant des amas irréguliers de 2-20 cellules. La paroi contient une muréine de type A1gamma avec acide meso-diaminopimélique. Colonie brune, opaque, de 1-1,5 mm de diamètre. Aérobies strictes, catalase et oxydase positives. Production d’acide sur sucres qui sont seuls utilisés. Hydrolysent caséine et gélatine. Nitrate non réduit. Quinones isoprenoïdes prédominantes MK-7 et MK-6. Pas de croissance sans NaCl. Alkaliphiles, mésophiles et halophiles. Croissance optimale à 30°C (20-40°C), pH 8,5-9 (6-10) et 100-150 g/l NaCl (50-250 g/l). ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol forestier au Japon, Geomicrobium halophilum.

Rummeliibacillus (John Rummel, astrobiologiste américain)

Bâtonnets (1,0-1,1 x 2,6-3,3 microns), sporulés, mobiles, Gram positif. Spores rondes terminales et déformantes. Paroi avec L-lys-D-Glu ou Lys-Asp. Colonie non pigmentée, translucide, lisse, circulaire et entière, de 1 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase positive et oxydase négative. Produisent des acides sur sucres. Quinone isoprénoïde majeure MK-7. Lipides polaires : PG, DPG, PE, un APL, un AL et deux PL inconnus. Croissance optimale à 28-32°C (5-65°C) et jusqu’à 50 g/l NaCl. ADN : 34 mol % G+C. Deux espèces dont Rummeliibacillus stabekisii isolée du Kennedy Space Center de Floride.

Solibacillus (L. solum, sol)

Bâtonnets sporulés, Gram positif. Spores rondes terminales et déformantes. Paroi de type A4alpha (lysine, acide glutamique et alanine). Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes. Catalase positive et oxydase négative. Quinone isoprénoïde majeure MK-7. Lipides polaires : PG, DPG, PE, PS et un PL inconnu. Une seule espèce Solibacillus (ex Bacillus) silvestris.

Thermalkalibacillus (G. thermos, chaud ; A. alkali, cendres de soude)

Bâtonnets sporulés, Gram positif. Aérobies hétérotrophes. Thermophiles et alcaliphiles facultatifs ou alcalitolérants. ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la caldera du Mont Uzon au Kamchatka, Thermalkalibacillus uzonensis.

Thermicanus (G. thermos, chaud; L. icanus, capable)

Bâtonnets mobiles, Gram positif. Microaérophiles facultatifs, thermophiles. Utilisent les sucres en microaérophilie et quelques acides organiques en aérobiose. Produits de fermentation : acétate, succinate, éthanol, formate, lactate et H2. Réduit Fe(III) en Fe(II). Présence de cytochrome b. Croissance commensale sur oligosaccharides avec Moorella thermoacetica par transfert interespèces d’hydrogène, de formate et de lactate. Croissance optimale à 55-60 °C et pH 6, 5-7. Temps de division, 1, 5-2 h. ADN : 50 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol, Thermicanus aegyptius.

 

 


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