Taxonomie des Procaryotes
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Negativicutes, classe 2 des Firmicutes, Phylum BXIV du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés de la classe

La classe est définie en termes de phylogénie sur la base du gène de l'ARN16Sr. Les membres de cette classe arbhorent une structure de paroi de type Gram négatif avec une membrane externe observable par microscopie électronique.

2. Taxonomie des Negativicutes

Phylum BXIV. Firmicutes

Classe I. Clostridia
Classe II. Negativicutes

Ordre I. Selenomonadales

Famille I. Acidaminococcaceae : Acidaminococcus, Phascolarctobacterium, Succiniclasticum, Succinispira

Famille II. Veillonellaceae: Veillonella, Acetonema, Allisonella, Anaeroarcus, Anaeroglobus, Anaeromusa, Anaerosinus, Anaerospora, Anaerovibrio, Centipeda, Dendrosporobacter, Desulfosporomusa, Dialister, Megamonas, Megasphaera, Mitsuokella, Negativicoccus, Pectinatus, Pelosinus, Propionispira, Propionispora, Psychrosinus, Quinella, Schwartzia, Selenomonas, Sporolituus, Sporomusa, Sporotalea, Thermosinus, Zymophilus

3. Description des Genres


Phylum BXIV. Firmicutes

Classe II. Negativicutes

Ordre I. Selenomonadales

Famille I. Acidaminococcaceae

Acidaminococcus

Coques de 0,6 à 1 micron de diamètre souvent réiniformes ou ovales. Utilisent principalement les acides aminés comme source d'énergie et spécialement le glutamate. Moins de 40 % des souches utilisent le glucose. Sur acides aminés, il y a production d'acétate et de butyrate dans le rapport 2:1 et de CO2 mais jamais d'H2. ADN : 56 mol % de G+C. Une seule espèce isolée du tractus digestif de l'homme et du porc, Acidaminococcus fermentans.

Phascolarctobacterium

Bâtonnets pléomorphes (0,5 x 2 ou 0,5 x 5-20 microns), branchés, non mobiles, Gram négatif. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase négative. Fermentent le succinate en propionate. Croissance inhibée par le fumarate. Forment des colonies satellites autour des colonies d’Escherichia coli produisant du succinate. Croissance optimale entre 30 et 37 °C. ADN : 41-42 mol % G+C. Une seule espèce isolée des fécès de koala, Phascolarctobacterium faecium.

Succiniclasticum

Bâtonnets courts (0,3-0,5 x 1,8 microns), non mobiles, formant de gros amas. Gram négatif. Anaérobies stricts ne fermentant que le succinate en propionate. Exigent du jus de rumen ou de l’extrait de levure pour la croissance. Température optimum 39 °C. ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce isolée du rumen, Succiniclasticum ruminis.

Succinispira

Bâtonnets incurvés (0,5 x 2-10 microns), spirales de trois à quatre tours, très mobiles par flagelles latéraux. Gram négatif ; absence de cytochromes. Colonie blanche. Anaérobies stricts fermentant les acides organiques et certains acides aminés mais pas les sucres ou les alcools. Auxotrophes. Croissance optimale à 37°C, pH 7,4-7,7 (6,7-8,5) et NaCl 0,2 g/l (0-19 g/l). ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une culture mixte sur glycolate inoculée par un effluent de digesteur, Succinispira mobilis.

Famille II. Veillonellaceae

Elle comprend des coques de diamètre variable, groupées de façon caractéristique en paires, non mobiles. Le Gram est négatif mais la décoloration est difficile à obtenir. Oxydase et catalase négatives. Nutrition complexe. Chimio-organotrophes. Production de gaz abondante. Fermentation des sucres variable. Parasites des animaux à sang chaud et de l'homme ; se rencontrent particulièrement dans le tractus digestif.

Veillonella (A. Veillon, microbiologiste français qui isola le premier l'espèce type)

Coques (0,3-0,5 micron de diamètre) en diplocoques, amas ou courtes chaînes. Présence d'une pseudocatalase atypique sans porphyrine. Fermentent pyruvate, lactate, malate, fumarate et oxaloacétate. Ne fermentent pas les sucres et les polyols. Fermentent le lactate en acétate, propionate, CO2 et H2. Nutrition complexe, CO2 indispensable pour la croissance. ADN : 36-43 mol % G+C. Huit espèces parasites de la bouche et des tractus digestif et respiratoire de l'homme et certains animaux, dont l'espèce type Veillonella parvula (L. parvula,très petit).

Acetonema

Bâtonnets droits et fins (0,3-0,4 x 6-60 microns), péritriches, isolés ou en courtes chaînes, Gram négatif. Spore sphérique, terminale, déformante, 1 micron de diamètre. Colonie circulaire, 1-2 mm de diamètre, légèrement brune. Anaérobies stricts, catalase positive, oxydase négative. Homoacétogènes utilisant H2+ CO2 pour former de l’acétate. Utilisent également des sucres et quelques acides organiques pour produire principalement butyrate, acétate, H2 et CO2. Croissance optimale à 30-33 °C (19-40 °C) et pH 7,8 (6,4-8,6). Exigent l’extrait de levure ou la Biotrypcase. ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tractus digestif d’un termite, Acetonema longum.

Allisonella (M.J. Allison, microbiologiste américain)

Cellules ovoïdes (0,4-0,8 x 1-8 microns), en paires ou chaînes, non mobiles, non sporulées, Gram négatif. Très résistantes à la monensine. Anaérobies facultatives chimio-hétérotrophes utilisant l'histidine pour produire de l'histamine et CO2 dans un milieu contenant de l'extrait de levure et du butyrate. Le seul autre acide aminé utilisé est la lysine qui ne permet cependant pas la croissance. N'utilisent pas les sucres et acide organiques. Croissance optimale à 39°C avec un temps de doublement de 110 min. ADN : 45-48 mol % G+C. Une seule espèce isolée du rumen et fecès de bovidé, Allisonella histaminiformans.

Anaeroarcus

Vibrions (0,5 x 1,5-3 microns) mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif, non sporulés, anaérobies stricts fermentant citrate, fumarate, malate, lactate, pyruvate, 1,2-propanediol, dihydroxyacétone, fructose, aspartate, glutamate, glycérol phosphate, extrait de levure, Biotrypcase et Casamino acides. Métabolites produits : acétate + propionate ou succinate ou propanol ou 1,3-propanediol. Auxotrophes. Croissance optimale à 35 °C (13-43 °C), pH 6,8 (5,3-8,4) et NaCl 0 g/l (0-12 g/l). ADN : 44 mol % G+C. Une seule espèce, Anaeroarcus (ex-Anaerovibrio) burkinensis isolée d’un sol de rizière du Burkina Faso.

Anaeroarcus burkinensis
Ouattara et al., Int. J. Syst. Bacteriol. 1992, 42, 390-397.

Anaeroglobus (G. an, non ; G. aer, air ; L. anaero, sans air ; L. globus, sphère)

Cellules coccoïdes à ellipsoïdales (0,5-1,1 microns de diamètre), en paires ou courtes chaînes, non mobiles, non sporulées, Gram négatif. Colonie petite, circulaire, convexe, translucide, lisse, non pigmentée. Anaérobies stricts, catalase négative. Non hémolytiques. Fermentent très peu de sucres dont le galactose et le mannose en acétate, propionate, isobutyrate, butyrate et isovalérate. ADN : 51,8 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tractus digestif et de la bouche, Anaeroglobus geminatus (L. geminatus, en paire).

Anaeromusa

Bâtonnets mobiles avec jusqu’à seize flagelles latéraux, Gram négatif, anaérobies stricts, non sporulés. Fermentent et oxydent les acides aminés en produisant acétate, propionate et succinate. Croissance optimale à 38 °C (25-46 °C), pH 6,8-7,2 (5-8,5). ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un digesteur méthanogène, Anaeromusa(ex-Selenomonas) acidaminophila.

Anaerosinus

Vibrions ou spirales, mobiles, Gram négatif. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes. Catalase négative. Présence de cytochrome b. ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce, Anaerosinus(ex-Anaerovibrio) glycerini.

Anaerospora

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,4-0,6 x 3,1-14,3 microns), mobiles par un ou une touffe de flagelles polaires, sporulés, Gram négatif. Spore ovale multiple. Anaérobies stricts. Catalase et oxydase négatives. Biochimiquement relativement inerte. Croissance sur agar au sang de mouton. Non hémolytiques. Croissance optimale à 37°C. ADN : 44-50 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une intraveineuse d’un drogué, Anaerospora hongkongensis.

Anaerovibrio

Bâtonnets légèrements incurvés (0,5x 1,2-3,6 microns), mobiles par un flagelle polaire en milieu liquide. Température de croissance très limitée (entre 35 et 45 °C). Lipolytiques, utilisent glycérol, fructose, ribose et lactate comme sources de carbone. Le glycérol est fermenté principalement en propionate ; les autres composés sont fermentés en acétate, propionate, CO2 et traces d'H2 et succinate. Des vitamines sont exigées pour la croissance. H2S est produit. Une seule espèce, Anaerovibrio lipolyticus habite le rumen des ovidés et bovidés où elle réalise l'hydrolyse des triacylglycérols et phospholipides et la fermentation du glycérol.

Centipeda (L. centipeda, centipède)

Bâtonnets longs avec trois ou plusieurs courbes (0,7 x 4-17 microns), tel des serpentins, mobiles par des touffes de flagelles insérées selon une spirale sur les deux côtés de la cellule. Le nombre de touffes s'accroît avec la taille des cellules. Anaérobies stricts fermentant les sucres en acides sans gaz : propionate et succinate et lactate en petites quantités. Absence d'oxydase, catalase et uréase. Réduisent le nitrate en nitrite. ADN : 53 mol % G+C. Une seule espèce, Centipeda periodontii isolée de lésions du périodonte de l'homme mais dont la pathogénicité n'a pas été démontrée.

Dendrosporobacter (G. dendro, arbre)

Bâtonnets droits, mobiles, Gram négatif, sporulés. Anaérobies stricts, catalase et oxydase négatives. Chimio-organotrophes. Fermentent les sucres en acétate, propionate, propanol et H2. ADN : 49 mol % G+C. Une seule espèce, Dendrosporobacter(ex-Clostridium) quercicolus.

Desulfosporomusa

Dialister

Bâtonnets non mobiles, Gram négatif, anaérobies stricts. Une seule espèce isolée d’abcès dentaires et du système respiratoire de l’homme, Dialister pneumosintes.

Megamonas

Bâtonnets très larges (2-3 x 5-11 microns), granuleux, contenant de la volutine, capsulés, Gram négatif, non mobiles. Anaérobies. Croissance stimulée par les sucres fermentescibles. Croissance optimale à 37 °C (25-45 °C) et pH compris entre 4,8 et 8,6. Production de gaz variable sur glucose. ADN: 35 mol % G+C. Une espèce isolée du tractus intestinal des poules, de l’homme et des chiens, Megamonas hypermegale (ex-Bacteroides hypermegas).

Megasphaera

Coques de 2 microns ou plus de diamètre, en paires et parfois en chaînes. Produisent du gaz. Fermentent le lactate en acétate, propionate, acides gras en C4 linéaires et branchés, valérate, CO2 et peu d'H2. Le glucose est fermenté avec production de 60 % de caproate. Utilisent le pyruvate mais pas succinate, fumarate et malate. ADN : 54 mol % de G+C. Deux espèces isolées du rumen des ovidés et bovidés et l'intestin et les fécès de l'homme, dont Megasphaera elsdenii (S.R. Elsden qui isola le premier l'organisme).

Mitsuokella (Mitsuoka, microbiologiste japonnais)

Bâtonnets (0,8-1,5 x 3-20 microns) isolés, en courtes chaînes ou en amas irréguliers, non mobiles, Gram négatif. Anaérobies exigeant des sucres fermentescibles. Croissance optimale à 37 °C. ADN : 56-58 mol % G+C. Une seule espèce isolée des fécès de l’homme et du porc,
Mitsuokella multacida (ex-Bacteroides multiacidus).

Negativicoccus

Coccoïdes (0,4 microns de diamètre), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie sur agar au sang Columbia très petite, moins de 0,5 mm de diamètre après 48 h, circulaire, convexe et translucide. Anaérobies et microaérophiles. Non réactifs sur la plupart des tests biochimiques conventionnels. Asaccharolytiques. Activités arginine arylamidase positive et phosphatase alcaline inconstante. Métabolites : acétate et propionate et traces de 2-hydroxyvalérate acid. Lactate peut être produit. Croissance activée par succinate. Une seule espèce isolée d’échantillons cliniques humains et du microbiome de la peau humaine, Negativicoccus succinicivorans.

Pectinatus (L. pectinatus, peigné)

Bâtonnets légèrement incurvés (0,7-0,8 x 2-32 microns) aux extrémités arrondies, devenant hélicoïdes en vieillissant. En phase de déclin, les cellules s'arrondissent. Les jeunes cellules sont très mobiles avec une apparence en " X " ; les cellules plus âgées ont une nage serpentiforme. Les flagelles sont localisés sur un seul côté de la cellule sans être concentrés en un point comme dans le genre Selenomonas ; leur nombre dépend de la taille de la cellule et varie de 1 à 23 ou plus. Fermentent les sucres en acides gras volatils (acétate, propionate), acides organiques (succinate, lactate) et CO2. ADN : 40 mol % G+C. Deux espèces, dont Pectinatus cerevisiiphilus (L. cerevisia, bière) a été isolée de bière contaminée.

Pelosinus (G. pelos, boue; L. sinus, courbe)

Bâtonnets légèrement incurvés (0,6 x 2-6 microns), mobiles par jusqu'à 6 flagelles péritriches, sporulés, Gram négatif. Endospores ovales, terminales et déformantes. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes. Fermentent des sucres , acides organiques et aminés et l'extrait de levure mais pas le glycérol. Capables d'utiliser le Fe(III) et l'AQDS comme accepteurs d'électrons en présence d'un substrat fermentescible. Croissance optimale entre 22 et 30°C (4-36°C) et pH 7 (5,5-8). ADN : 41 mol % G+C. Une seule espèce isolée de dépôts de kaolin en Russie, Pelosinus fermentans.

Propionispira

Bâtonnets incurvés à hélicoïdes (1 x 7 microns), mobiles par flagellation péritriche. Fermentent un large spectre de composés carbonés dont le glucose, le lactose, le xylose et le lactate, en propionate, acétate et CO2. Le fumarate est réduit en succinate et propionate. Capables de fixer l'azote atmosphérique. ADN : 37 mol % de G+C. Une seule espèce, Propionispira arboris isolée de bois humide alcalin (peuplier, cotonier).

Propionispora

Bâtonnets incurvés à hélicoïdes (0,6 x 2,2-6 microns), mobiles par une touffe de flagelles insérés dans la partie concave de la cellule. Spore terminale légèrement déformante. Anaérobies stricts chimio-organotrophes. Fermentent les polyols tels que érythritol, xylitol, mannitol et sorbitol ainsi que le fructose en propionate, acétate, CO2 et traces de H2. L'extrait de levure dope la croissance. ADN : 48 mol % de G+C. Une seule espèce, Propionispora vibrioides.

Psychrosinus (G. psychros, froid ; L. sinus, courbe)

Bâtonnets incurvés (0,2-0,3 x 1-3 microns), isolés, mobiles, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes. Fermentent lactate, fumarate et faiblement pyruvate ou malate. Acétate et propionate sont majoritairement produits sur lactate. Prototrophes. Psychrophiles. Croissance optimale à 14-15°C (-2-22°C) et pH 7 (6,2-7,5) ; 5 g/l NaCl sont inhibiteurs. Une seule espèce isolée d’un lac gelé d’Antarctique, Psychrosinus fermentans.

Quinella (J. I. Quin, microbiologiste du rumen)

Cellules ovales (3-4 x 5-8 microns), isolées ou en paires, avec une mobilité tombante due à une rangée de flagelles situés sur un côté de la cellule. Gram négatif. Anaérobies stricts fermentant quelques sucres avec production de lactate, acétate, propionate et CO2. Température optimale 37-39 °C. Une seule espèce encore non axénique du rumen, Quinella ovalis.

Schwartzia

Bâtonnets incurvés (0,35-0,6 x 1,6-3,3 microns), mobiles par flagelles latéraux, Gram négatif. Formation de filaments hélicoïdaux de 30 microns. Anaérobies asaccharolytiques fermentant le succinate en propionate. Catalase et oxydase négatives. Auxotrophes. Croissance optimale à 39 °C. ADN : 46 mol % G+C. Une seule espèce isolée du rumen, Schwartzia succinovorans.

Selenomonas (G. selene, lune)

Bâtonnets incurvés à hélicoïdes (0,9-1,1 x 3-6 microns), formant des chaînes en hélice. Mobiles au moyen d'une touffe de flagelles (au minimum 16) insérée dans la partie concave de la cellule. Font fermenter les sucres et parfois les acides aminés et le lactate. Le glucose est fermenté principalement en acétate, propionate, CO2 et/ou lactate ; des traces d'H2 et de succinate peuvent être produites. Catalase négative. ADN : 54-61 mol % G+C. Le genre comporte neuf espèces. L'espèce type, Selenomonas sputigena (L. sputum, crachat ; L. gigno, produire) a été isolée de la cavité buccale de l'homme, tandis que S. ruminantium se rencontre en grand nombre dans le rumen de divers ruminants ainsi que dans le cæcum de l'écureuil et du porc.

Sporolituus (G. spora, spore ; L. lituus, bâtonné incurvé)

Bâtonnets incurvés (0,8-1 x 2-10 microns), à mobilité paresseuse avec flagelles péritriches, sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts. Utilisation du citrate et malate. Réduisent thiosulfate et sulfite. Thermophiles. Croissance optimale à 55°C (45-60°C), pH 7 (6,5-8) et moins de 10 g/l de NaCl. ADN : 54-56 mol % G+C. Une seule espèce isolée du Grand bassin artésien d’Australie, Sporolituus thermophilus.

Sporomusa (L. sporus, spore; L. musa, banane)

Bâtonnets incurvés (0,5-1 x 1-5 microns), mobiles par flagelles unilatéraux insérés dans la partie concave de la cellule. La paroi de type Gram négatif, contient un lipopolysaccharide. Présence de spores résistantes à la chaleur. Oxydase négative, catalase positive. Chimio-organotrophes, anaérobies stricts fermentant des composés N-méthylés, des acides aminés, alcools, diols, acides gras et pyruvate ou glycérol. Les sucres ne constituent pas un substrat préférentiel. Egalement chimiolithotrophes ; utilisent H2+ CO2 pour produire de l'acétate (homoacétogénèse). Présence de cytochromes b et c et de quinones. ADN : 41 à 47 mol % G+C. Le genre comprend sept espèces isolées du sol et de digesteurs, dont l'espèce type Sporomusa sphaeroides.


Sporomusa acidovorans
Ollivier et al. (1985) Arch. Microbiol. 142, 307-310.

Sporotalea (G. spora, une spore; L. talea, fin bâtonnet).

Bâtonnets longs (0,5?0,7 x 2,2?12 microns), isolés ou en paires. Forment des endospores résistantes à la chaleur. Mobiles par flagelles péritriches. Gram-positif mais réaction Gram-negative avec le test au KOH. Anaérobies stricts chimio-organotrophes, catalase négative. Fermentent cellobiose, glucose, fructose, lactose, citrate, lactate, mannitol, oxaloacetate, glutamate et glycérol en propionate, acétate et CO2. Le malate est fermenté en acétate, succinate et propionate. Fumarate et aspartate sont fermentés en succinate et acétate. Possèdent un cytochrome de type b. Les "resting cells" réduisent l'oxygène. Croissance entre 19-35°C (opt.30°C) et pH 6,2-8,2 (opt. 7). Une seule espèce isolée du tractus digestif du termite T. macrothorax, Sporotalea propionica.

Thermosinus (G. thermos, chaleur ; L. sinus, courbe)

Bâtonnets incurvés (0,5 x 2,6-3 microns), non sporulés, Gram négatif. Mobiles par flagellation latérale. Anaérobies stricts chimio-organotrophes. Fermentent les sucres et le pyruvate avec formation d’acétate, H2 et CO2 sur glucose. Croissance chimio-lithotrophe sur CO suivant l’équation CO + H2O ---> CO2 + H2. Réduisent le fer ferrique sur CO, saccharose ou lactose avec formation d’acétate, H2S et CO2. Croissance inhibée par pénicilline, ampicilline, streptomycine, kanamycine et néomycine. Thermophiles. Croissance optimale à 60°C (40-68°C) et pH 6,8-7 (6,5-7,6). ADN : 51-53 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une mare chaude du Yellowstone, Thermosinus carboxydivorans.

Zymophilus (G. zyme, levure, G. philus, amoureux)

Bâtonnets légèrement incurvés à hélicoïdaux (0,7-1 x 3-30 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, mobiles, Gram négatif. La mobilité est perdue après plusieurs repiquages. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes. Glucose fermenté en acétate et propionate. Croissance optimale à 30 °C. ADN : 38-41 mol % G+C. Deux espèces isolées de levures de brasserie, dont Zymophilus raffinosivorans.

 

 

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