Taxonomie des Procaryotes
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Halanaerobiales et Natranaerobiales, Ordres III et IV des Clostridia: Classe 1 des Firmicutes,
Phylum BXIV du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















 

1. Propriétés de la Classe

Fonctions: saprophytes, pathogènes de l’homme et des animaux, emploi en agro-alimentaire, sulfato-réducteurs
Morphologie: bâtonnets souvent sporulés
Croissance:anaérobies stricts, mésophiles ou thermophiles
Nutrition: chimio-organotrophes
Habitat: ubiquistes

2. Taxonomie des Halanaerobiales et des Natranaerobiales

Phylum BXIV. Firmicutes

Classe I. Clostridia

 

Ordre III. Halanaerobiales

Famille I. Halanaerobiaceae: Halanaerobium, Halanaerocella, Halocella, Haloincola, Halothermothrix,

Famille II. Halobacteroidaceae: Halobacteroides, Acetohalobium, Fuchsiella, Halanaerobacter, Halanaerobaculum, Halonatronum, Natroniella, Orenia, Selenihalanaerobacter, Sporohalobacter

Halanaerobiales non classées: Halarsenatibacter

Ordre IV. Natranaerobiales

Famille I. Natranaerobiaceae : Natranaerobius, Natronovirga

 

3. Description des Genres


Phylum BXIV. Firmicutes

Classe I. Clostridia

Ordre III. Halanaerobiales

Fonctions: fermentaires
Morphologie: bâtonnets parfois sporulés
Croissance: anaérobies stricts, mésophiles, rarement thermophiles
Nutrition: chimio-organotrophes
Habitat: milieux hypersalés

Famille I. Halanaerobiaceae

Halanaerobium

Bâtonnets droits (0,4-1,2 x 1-5 microns), non sporulés, Gram négatif, non mobiles ou péritriches, isolés ou en paire, division par fission sans septum. Colonie non pigmentée, diamètre 0,5-3 mm. Fermentent sucres, pectine, acides aminés, Biotrypcase, n-acétylglucosamine. Métabolites produits : acétate, butyrate, propionate, lactate, éthanol, H2, CO2. Méthylmercaptan à partir de la méthionine. Accepteurs d'électrons possibles : thiosulfate, S° ; croissance inhibée par H2 en l’absence de thiosulfate. Pas de cytochromes. Oxydase et catalase négatives. Halophiles présentant une croissance optimale à 34-42 °C (15-50 °C), pH 6,3-7,4 (5,4-10) et NaCl 100-125 g/l (20-300 g/l). Temps de division : 2,5-10 h. ADN : 27-37 mol % G+C. Neuf espèces isolées de lacs salés ou de puits de pétrole, dont Halanaerobium praevalens isolée de sédiments de surface du Grand Lac salé aux E.U.

 


Halanaerobium lacusrosei
Cayol et al. (1995) Int. J. Syst. Bacteriol. 45, 790-797.

Halanaerocella

Bâtonnets flexueux (0,8–1 x 8–15 microns), non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts hyperhalophiles. Fermentent glucose, galactose, mannose, fructose, xylose, cellobiose, lactose, maltose, saccharose et mannitol. L’extrait de levure est requis pour la croissance sur sucres. Le glucose est fermenté en lactate, formate, éthanol, acétate, H2 et CO2. Croissance optimale à 40–45°C (25–47°C), pH 7,3 (6,2–8,8) et 150 g/l NaCl (60-260 g/l). Temps de division optimal de 3,5 h. ADN : 32,7 mol% G+C (HPLC). Une seule espèce isolée d’un carottage pétrolier, Halanaerocella petrolearia.

Halocella

Bâtonnets droits ou légèrement incurvés (0,4-0,6 x 3,8-12 microns), isolés ou en paires, parfois en chaînes de 5-7 cellules, péritriches, non sporulés, Gram négatif, division par constriction. Colonie circulaire, diamètre 0,5-1 mm, opaque, blanche. Substrats utilisés : cellulose, amidon, cellobiose, galactose, glucose, mannose, sucrose, sorbitol. Produits : acétate, éthanol, lactate, H2, CO2. Croissance optimale à 39 °C (20-50 °C), pH 7 (5,5-8,5) et NaCl 150 g/l (50-200 g/l). ADN : 29 mol % G+C. Une seule espèce, Halocella cellulolytica, isolée de couches algaires et sédiments salés.

Haloincola = Halanaerobium

Halothermothrix

Bâtonnets (0,4-0,6 x 20 microns) isolés ou en paires, péritriches, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, diamètre 0,5-1 mm, plate, jaune. Substrats utilisés : arabinose, cellobiose, fructose, galactose, glucose, mélibiose, mannose, ribose, xylose, amidon. La croissance requiert de l’extrait de levure. Produits : acétate, éthanol, H2, CO2. Croissance optimale à 60 °C (45-68 °C), pH 6,5-7,0 (5,5-8,2) et NaCl 50-100 g/l (40-200 g/l). Temps de division : 4,2 h. ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce, Halothermothrix orenii, isolée de sédiments d’un lac hypersalé, le Chott El Guettar en Tunisie.


Halothermothrix orenii
Cayol et al. (1994) Int. J. Syst. Bacteriol. 44, 534-540.

 

FamilleII. Halobacteroidaceae

Halobacteroides

Bâtonnets flexibles (0,3-0,6 x 0,7-20 microns), péritriches, en paires, chaînes ou filaments, Gram négatif ; une sphère terminale (diamètre 3 microns) apparaît en fin de croissance. Absence de peptidoglycane dans la paroi. Non sporulés ou spore ronde, terminale. Colonie circulaire, diamètre 0,5-2 mm, jaunâtre à grise, surface lisse. Substrats utilisés : sucres, pyruvate, amidon. Produits : éthanol, acétate, H2, CO2. La croissance requiert biotine, p-amino-benzoate. Réduisent parfois le S°. Catalase et oxydase négatives, absence de cytochrome. Croissance optimale à 37-45 °C (28-52 °C), pH 6,5-7 (6-8) et NaCl 100-150 g/l (100-300 g/l). Temps de division : 1-2 h. ADN : 31-32 mol % G+C. Trois espèces, dont Halobacteroides halobius isolée de sédiments de la mer Morte en Israël.

Acetohalobium

Bâtonnets incurvés (0,7-1,0 x 2-5 microns), en paires ou longues chaînes, mobiles par deux flagelles subpolaires, non sporulés, formant des sphères polaires de 0,6 micron de diamètre, Gram négatif. Colonie circulaire, blanche à jaune pâle, 0,5-1 mm de diamètre, bords irréguliers. Anaérobies stricts, chimiolithoautotrophes. Croissance homoacétogène sur H2 + CO2 ou 30 % CO. Croissance chimio-organotrophe sur substrats carbonés. Croissance inhibée par streptomycine, benzylpénicilline, kanamycine, vancomycine, tétracycline (100 mg/ml). Lyse en fin de croissance. Substrats utilisés : bétaine (--> acétate + TMA), triméthylamine TMA (--> acétate + DMA + MMA), formate, lactate, pyruvate, histidine, Casamino acides (--> acétate). Croissance optimale à 38-40 °C (max. 48 °C), pH 7,4-8 (5,6-8,4) et NaCl 150-180 g/l (100-250 g/l). ADN : 34 mol % G+C. Une seule spèce, Acetohalobium arabaticum, isolée d’une lagune salée de Crimée en Géorgie.

Fuchsiella

 

Halanaerobacter

Bâtonnets flexibles (0,3-0,5 x 1,4-8 microns), Gram négatif, péritriches, non sporulés. Cellules courtes dégénérées et sphéroplastes dans cultures âgées. Colonie opaque, lisse, bords entiers, jaune pâle, diamètre 0,5-2 mm. Substrats utilisés : glucose, fructose, galactose, mannose, mannitol, tréhalose, sucrose, maltose, cellobiose, chitine. Faible croissance sur amidon et tryptone. Métabolites produits : acétate, isobutyrate, éthanol, propionate, formate, H2, CO2. Oxydase et catalase négatives. Croissance optimale à 30-45 °C (10-50 °C) pH 7,4-7,8 (5,5-8,5) et NaCl 150-180 g/l (100-250 g/l). Temps de division : 2,5 h. ADN : 32-34 mol % G+C. Deux espèces, dont Haloanaerobacter chitinovorans isolée de sédiments d'un marais salant du sud de la Californie.

Halanaerobaculum

Bâtonnets (0,7-1,0 x 4-13 microns), non mobiles, isolés, en paires ou longues chaînes, non sporulés, Gram négatif. Colonie ronde, entière, lisse, opaque, jaunâtre. Anaérobies stricts fermentant glucose, galactose, cellobiose, mannose, maltose, saccharose, pyruvate et amidon. Substrats non utilisés: Casamino acides, fructose, lactate, mannitol, raffinose, D-ribose, D-xylose. Produits de la fermentation du glucose: acétate, butyrate, lactate, H2, CO2. Requièrent l’extrait de levure. Croissance optimale à 42 °C (30-50°C), pH 7,2-7,4 (5,9-8,4) et NaCl 200-220 g/l (140-300 g/l). TD : 2,1 h. ADN: 34,3 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments d’un lac hypersalé de Tunisie, le chott El-Djerid, Halanaerobaculum tunisiense.

Halonatronum

Bâtonnets légèrement flexibles (0,4-0,6 x 3,5-10 microns), péritriches, Gram négatif, présentant des sphéroplastes et de longues et épaisses cellules dégénérées durant la phase stationaire. Spore terminale, sphérique, sporange déformé. Substrats utilisés: glucose, fructose, saccharose, maltose, amidon, glycogène, N-acétyl-D-glucosamine et plus faiblement peptone et extrait de levure. Produits de la fermentation du glucose: formate, éthanol, acétate, H2, CO2. Substrats non utilisés: autres hexoses, pentoses, dissacharides, sucres alcools, cellulose, acides mono- et dicarboxyliques, alcools, amines, casamino acides, polysaccharides insolubles. Croissance stimulée par l'extrait de levure, les Casamino acides (méthionine et sérine, 10 mg/l). Réduisent le soufre sans gain d’énergie. Croissance optimale à 36-55 °C (18-60 °C), pH 8-8,5 (7,7-10,3) et NaCl 70-120 g/l (30-170 g/l) . Temps de division: 2,5 h. ADN: 34,3 mol % G+C. Une seule espèce, Halonatronum saccharophilum isolée du lac Magadi, Kenya (lac sodé).

Natroniella

Bâtonnets larges aux extrémités arrondies (1-1,2 x 6-15 microns), péritriches, isolés, en paires ou courtes chaînes, Gram négatif, formant des sphéroplastes durant la phase stationnaire. Spore terminale, sphérique, sporange non déformé. Substrats utilisés : lactate, pyruvate, glutamate, éthanol, propanol. Métabolite produits : acétate (+ propionate/propanol). Croissance stimulée par l’extrait de levure ou les vitamines. Croissance optimale à 37 °C (28-42 °C), pH 9,7-10 (8,1-10,7) et NaCl 120-150 g/l (100-260 g/l). ADN : 32 mol % G+C. Une seule espèce, Natroniella acetigenaisolée du lac Magadi, Kenya (lac sodé).

Orenia

Bâtonnets (0,6-1 x 3-13 microns) péritriches, Gram négatif. Spore terminale, sphérique et déformante. Colonie circulaire, diamètre 0,5-2 mm, translucide, grise, surface brillante, bord irrégulier. Substrats utilisés : glucose, fructose, mannose, maltose, tréhalose, saccharose, cellobiose, mannitol, amidon, glycogène. Métabolites produits : acétate, éthanol, butyrate, formate, lactate, H2, CO2. Oxydase et catalase négatives, absence de cytochrome. Réduisent le thiosulfate. Croissance optimale à 36-45 °C (10-52 °C), pH 7,2-7,4 (5,5-8,5) et NaCl 50-100 g/l (20-250 g/l). ADN : 29-34 mol% G+C. Trois espèces, dont Orenia marismortui isolée de sédiments de la mer Morte en Israël.

Selenihalanaerobacter

Bâtonnets (0,6 x 2-8 microns) isolés ou en paires, non mobiles, Gram négatif, non sporulés, s’agrégeant en amas avec dépôt externe de sélénium. Accepteurs d’électrons : sélénate, nitrate et triméthylamine-N-oxyde (faible croissance). Substrats utilisés : glucose, glycérol. Métabolites produits : acétate, CO2, sélénite, sélénium (précipité rouge). Pas d’utilisation de glucose ou glycérol en l’absence de sélénate. Accepteurs d’électrons non utilisés : sulfate, sulfite, thiosulfate, fumarate, oxygène, arsénate, nitrite, sélénite, acide Fe(III)-nitriloacétique. La croissance requiert 2,5 g/l d’extrait de levure. Présence de cytochromes. Croissance optimale à pH 7,2 (5,3-8,9) et NaCl 200 g/l (100-240 g/l). ADN : 31 mol % G+C. Une seule espèce, Selenihalanaerobactershriftii isolée de sédiments de la mer Morte en Israël.

Sporohalobacter

Bâtonnets de taille variable (0,5-0,6 x 2,5-15 microns), péritriches, Gram négatif. Spore terminale, sphérique, déformante, vacuoles de gaz. Colonie circulaire, diamètre 0,5-1 mm, translucide, grise, surface brillante, bord irrégulier. Substrats utilisés : glucose, fructose, maltose, saccharose, amidon. Métabolites produits : acétate, propionate, n-butyrate, isobutyrate, isovalérate, H2. Oxydase et catalase négatives, absence de cytochrome. Production d'indole à partir du tryptophane. Gélatine non hydrolysée. Croissance optimale à 37-45 °C (25-52 °C) et NaCl 30-60 g/l (40-200 g/l). Temps de division : 8 h. ADN : 32 mol % G+C. Une seule espèce, Sporohalobacter lortetii, isolée de sédiments de la mer Morte en Israël.

Halanaerobiales non classées


Halarsenatibacter (G. halos, sel ; L. arsenatis, arsénate)

Bâtonnets légèrement incurvés, 0,5 x 3 microns, mobiles par une paire de flagelles latéraux, mobilité hélicoïde et sinueuse, Gram négatif. Anaérobies strictes. Croissance dissimilatrice (respiration) par réduction de l’arsénate en arsénite, du Fe(III) en Fe(II) et du soufre élémentaire en sulfure. Croissance chimio-autotrophe avec sulfure comme donneur d’électrons et arsénate comme accepteur d’électrons. Catalase positive. Utilisent quelques sucres et acides organiques mais pas d’acides gras ni aminés. Sensibles à un mélange de vancomycine, kanamycine, pénicilline et tétracycline. Halophiles extrêmes et alcaliphiles. Croissance optimale à 44°C (28-55°C), pH 9,4 (8,7-9,8) et à la saturation en NaCl (350 g/l) (200-350 g/l). ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac californien, Halarsenatibacter silvermanii.

 

Ordre IV. Natranaerobiales

Famille I. Natranaerobiaceae

Natranaerobius (G. natron, carbonate de sodium)

Bâtonnets (0,2-0,4 x 3-5 microns), non mobiles, Gram positif, non sporulés. Colonie irrégulière à circulaire, opaque, blanche. Anaérobies chimio-organotrophes, oxydase et catalase négatives. Croissance par fermentation ou réduction du fumarate, du thiosulfate, du nitrate et du citrate de fer (III) . Substrats utilisés : sucres, acides organiques et peptones. Extrait de levure exigé pour la croissance. Saccharose fermenté en formate et acétate. Halophiles et alcaliphiles obligés, thermophiles. Croissance optimale à 53°C (34-57°C), pH 9,5 (8,3-10,6) et NaCl 100-135 g/l. ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un lac sodé d'Egypte, Natranaerobius thermophilus.

Natronovirga (G. natron, soude ; L. virga, bâtonnet)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 4-5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Peptidoglycan de type alpha-4-beta Orn-Gly-Asp. Colonie ovoïde et opaque, jaune-blanche. Anaérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase négatives. Fermentent plusieurs sucres, acétate, pyruvate et Casamino acides avec production de lactate et acétate sur pyruvate en présence de 2 g/l d’extrait de levure et de tryptone. Utilisent MnO2 et nitrate comme accepteurs d’électrons. Halophiles extrêmes, alcaliphiles obligés et thermophiles. Croissance optimale à 51°C (26-56°C), pH 9,9 (8,5-11,5) et 225 g/l NaCl (180-300 g/l). ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac salé d’Egypte, Natronovirga wadinatrunensis.

 



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