Taxonomie des Procaryotes
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Synonymes
         
Clostridiales-2 , Ordre I des Clostridia, Classe 1 des Firmicutes,
Phylum BXIV du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés de la Classe

Fonctions: saprophytes, pathogènes de l’homme et des animaux, emploi en agro-alimentaire, sulfato-réducteurs
Morphologie: bâtonnets souvent sporulés
Croissance: anaérobies stricts, mésophiles ou thermophiles
Nutrition: chimio-organotrophes
Habitat: ubiquistes

2. Taxonomie des Clostridiales

Phylum BXIV. Firmicutes

Classe I. Clostridia

Ordre I. Clostridiales

Famille I. Clostridiaceae
Famille II. Lachnospiraceae
Famille III. Peptostreptococcaceae


Famille IV. Eubacteriaceae: Eubacterium, Acetobacterium, Alkalibacter, Alkalibaculum, Anaerofustis, Garciella, Pseudoramibacter

Famille V. Peptococcaceae: Peptococcus, Carboxydothermus, Cryptanaerobacter, Dehalobacter, Desulfitibacter, Desulfitispora, Desulfitobacterium, Desulfonispora, Desulfosporosinus, Desulfotomaculum, Desulfurispora, Pelotomaculum, Sporotomaculum, Syntrophobotulus, Thermincola, Thermoterrabacterium

Famille VI. Heliobacteriaceae: Heliobacterium, Heliobacillus, Heliophilum, Heliorestis

Famille VII. Syntrophomonadaceae: Syntrophomonas, Caldicellulosiruptor, Dethiobacter, Fervidicola, Pelospora, Syntrophospora, Syntrophothermus, Thermohydrogenium, Thermosyntropha

Famille VIII. Caldicoprobacteraceae: Caldicoprobacter

Famille IX. Ruminococcaceae: Ruminococcus, Acetanaerobacterium, Acetivibrio, Anaerofilum, Anaerotruncus, Ethanoligenens, Faecalibacterium, Fastidiosipila, Hydrogenoanaerobacterium, Oscillibacter, Papillibacter, Sporobacter, Subdoligranulum

Famille X. Oscillospiraceae: Oscillispira

Famille XI. Gracilibacteraceae: Gracilibacter

Famille XII. Christensenellaceae: Christensenella

Famille XIII. Defluviitaleaceae : Defluviitalea

Clostridiales non classées : Acidaminobacter, Anaerobranca, Anaerococcus, Anaerosphaera, Anaerovirgula, Anaerovorax, Blautia, Carboxydocella, Dethiosulfatibacter, Finegoldia, Flavonifractor, Fusibacter, Gallicola, Guggenheimella, Helcococcus, Howardella, Micromonas, Mogibacterium, Murdochiella, Parvimonas, Peptoniphilus, Proteiniborus, Proteocatella, Pseudoflavonifractor, Sedimentibacter, Soehngenia, Sporanaerobacter, Sulfobacillus, Symbiobacterium, Thermaerobacter,Tissierella

Ordre II. Thermanaerobacteriales
Ordre III. Halanaerobiales
Ordre IV. Natranaerobiales

3.Description des Genres

Phylum BXIV. Firmicutes

Classe I. Clostridia

Ordre I. Clostridiales

Famille IV. Eubacteriaceae

Eubacterium

Bâtonnets polymorphes, mobiles ou non, anaérobies stricts. Fermentent les sucres en acides organiques avec principalement butyrate, acétate ou formate. Absence de catalase. ADN : 30-55 mol % G+C. Nombreuses espèces (47) isolées dans les cavités internes de l'homme et des animaux, les produits végétaux et animaux, certaines infections de tissus mous et le sol. Certaines espèces sont pathogènes. Espèce type, Eubacterium limosum.

Eubacterium aggregans Mechichi et al. (1998) Anaerobe 4, 283-291.

Acetobacterium

Bâtonnets courts et ovales (1 x 2 microns), fréquemment en paires ou en courtes chaînes. Mobiles par un à deux flagelles subterminaux. Anaérobies stricts. Chimiolithotrophes homoacétogènes (H2+ CO2 --> acétate) et chimio-organotrophes homoacétogènes sur fructose et quelques autres substrats. Catalase absente. L'homoacétogénèse est réalisée par la voie du tétrahydrofolate. Ces organismes sont également capables de convertir le méthanol ou les groupements méthoxyl de composés phénoliques (vanillate, syringate, férulate, triméthoxycinnamate) en acétate. L'oxyde de carbone CO est utilisé comme source de carbone et d'énergie. ADN : 39 à 43 mol % G+C. Le genre comporte sept espèces isolées de sédiments et de digesteurs anaérobies, dont l'espèce type Acetobacterium woodii (H.G. Wood, microbiologiste américain) qui est utilisée en biotechnologie pour l'obtention d'acétate.

Alkalibacter (L. alkali, de l’arabe al-qaliy, cendres de sel)

Bâtonnets (0,5 x 1,5-2,5 microns), extrémités pointues, isolés, en paires et rarement en courtes chaînes, non mobiles, non sporulés, thermosensibles (pas de croissance après chauffage 10 min à 80°C), Gram positif. Anaérobies stricts chimio-organohétérotrophes. Catalase et oxydase négatives. Utilisent quelques mono- et disaccharides, mannitol, peptone et tryptone. Glucose fermenté en acétate, éthanol, formate, H2 et CO2. Prototrophes mais l’extrait de levure dope la croissance. Alcaliphiles et halotolérants. Croissance optimale à 35°C (6-50°C), pH 9 (7,2-10,2) et 0-40 g/l de NaCl (0-100 g/l). ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée de boues anaérobies d’un lac salé russe, Alkalibacter saccharofermentans.

Alkalibaculum (L. alkali, alcalin ; L. baculum, bâton)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 1,5-2,2 microns), non sporulés, mobiles par flagelles péritriches, Gram négatif, positifs pour la lyse de KOH. Peptidoglycane de type B de configuration nouvelle, une variation similaire au type B2alpha contenant de l’acide aspartique. Anaérobies stricts. Fermentent H2:CO2, CO:CO2, glucose, fructose, mannose, turanose, ribose, triméthylamine, pyruvate, méthanol, éthanol, n-propanol et n-butanol. Métabolites de la fermentation du glucose : acétate avec trace d’éthanol et CO2. Vitamines indispensables pour la croissance. L’extrait de levure stimule fortement la croissance. Arabinose, galactose, tréhalose, raffinose, mélibiose, saccharose, maltose, lactose, mélézitose, fucose, xylose, cellobiose, glycérol, dulcitol, mannitol, malonate, glycolate, salicine, amygdaline, choline, bétaïne, méthylamine, diméthylamine, DMSO, adonitol, inositol, esculine, gomme arabique, formate, acétate, propionate, butyrate, lactate, fumarate, 2-butanol, 2-propanol, hexanol, anisate, 3-méthoxyphenol, 3-méthoxycinnamate, 4-méthoxysalicylate, 5-méthoxysalicylate, syringate, peptone, tryptone, Casamino acides et extrait de levure ne sont pas utilisés. N’hydrolysent pas amidon, esculine, gélatine et caséine. Sulfate et nitrate non réduits. Cellulose et agar non dégradés. Sur le kit API Rapid lD 32L, une faible réaction est observée pour la glutamate décarboxylase. Aucune activité n’est détectée pour l’uréase, arginine dihydrolase, alpha-galactosidase, B-galactosidase, B-galactosidase-6-phosphate, A-glucosidase, B-glucosidase, D-arabinosidase, N-acétyl-B-glucosaminidase, D-fucosidase, phosphatase alcaline, arginine arylamidase, proline arylamidase, leucyl glycine arylamidase, phénylalanine arylamidase, leucine arylamidase, pyroglutamate arylamidase, tyrosine arylamidase, alanine arylamidase, glycocole arylamidase, histidine arylamidase, glutamyl glutamate arylamidase ou sérine arylamidase. Sur le kit API Rapid ID 32A, mannose et raffinose ne sont pas fermentés, indole n’est pas produite et nitrate n’est pas réduit. Sur le kit API ZYM, une faible activité enzymatique n’est détectée que pour l’esterase (C4). Pas d’activité pour phosphatase alcaline, esterase lipase (C8), lipase (Cl4), leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, A-chymotrypsine, phosphatase acide, A-galactosidase, B-galactosidase, B-glucuronidase, A-glucosidase, B-glucosidase, A-mannosidase, DL-A-fucosidase. Croissance optimale à 37°C (15-40°C), pH 8,0-8,5 (6,5-10,5). ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol, Alkalibaculum bacchi.

Anaerofustis (L. fustis, bâtonnet)

Bâtonnets fins (0,5 x 1-3 microns), Gram positif, non sporulés. Colonie grise, circulaire, élevée, lisse, à bord entier, de 1,5 mm de diamètre. Anaérobies stricts, catalase négative, chimio-organotrophes fermentant quelques sucres ( --> acétate et butyrate sur bouillon peptone+extrait de levure+glucose). Résistent à 20 % de bile. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée de selles humaines, Anaerofustis stercorihominis.

Garciella (Jean-Louis Garcia, microbiologiste français)

Bâtonnets droits (0,5-0,7 x 1,4-2,8 microns), isolés ou en paires, mobiles par un flagelle subpolaire, Gram positif. Spores terminales déformantes. Colonie ronde de 2 mm de diamètre. Anaérobies stricts chimio-organotrophes. Exigent l’extrait de levure pour leur croissance. Fermentent les sucres, certains acides organiques et les Casamino acides. La fermentation du glucose produit lactate, acétate, butyrate, H2, CO2 et des traces de L-alanine. Réduisent le thiosulfate en H2S et le nitrate en ammonium. Les autres accepteurs d’électrons ne sont pas utilisés. Le thiosulfate ou le nitrate dopent la croissance. Thermophiles modérés et halotolérants. Croissance optimale à 55°C (25-60°C), pH 7,5 (5,5-9) et 10 g/l de NaCl (0-100 g/l). Résistent à kanamycine, chloramphénicol, ampicilline mais pas à vancomycine et rifampycine. ADN : 31 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un puits offshore du Golfe du Mexique, Garciella nitratireducens.

Pseudoramibacter

Bâtonnets (0,3-0,6 x 1,6-7,5 microns) assemblés en paires simulant un oiseau en vol ou des caractères chinois. Mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts fermentant les sucres en formate, acétate, butyrate, caproate et H2. Croissance optimale à 35-37 °C (25-45 °C). ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’infections diverses de l’homme, Pseudoramibacter alactolyticus.


Famille V. Peptococcaceae
 

Peptococcus (G. pepto, digérer)

Coques anaérobies, 0,3 à 1,3 microns de diamètre, isolées, en paires, en tétrades ou en amas irréguliers. Colonie noire sur agar au sang. Chimio-organotrophes, ne fermentent pas les sucres. Produisent H2S et ammoniaque. Métabolisent les peptones et les acides aminés. ADN : 50 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l'ombilic humain, du vagin et occasionnellement de spécimens cliniques, Peptococcus niger.

Carboxydothermus

Bâtonnets droits ou légèrement incurvés (0,4-0,5 x 1,3-2,4 microns), un à deux flagelles latéraux, isolés, en paires ou courtes chaînes, Gram positif, non sporulés, lyse rapide en fin de croissance. Colonie circulaire, blanche, translucide, 0,5-1 mm de diamètre. Anaerobies stricts, thermophiles, chimiolithoautotrophes utilisant CO pour produire H2 et CO2. Croissance stimulée par 0,5 g/l d’extrait de levure, optimale à 70-72 °C (40-82 °C) et pH 6,8-7 (6,4-8). Temps de division : 120 min. ADN : 39 mol % G+C. Deux espèces dont Carboxydothermus hydrogenoformans isolée d’une source volcanique des Iles Kouriles.

Cryptanaerobacter (G. kryptos, caché)

Bâtonnets courts (1 x 2 microns), Gram positif. Spores jamais observées mais les cellules résistent à la pasteurisation qui a été employée pour isoler la bactérie. Colonie de 1 mm de diamètre, avec bord diffus, brunâtre. Anaérobies stricts. Le phénol est carboxylé en 4-hydroxybenzoate (OHB), le 4-OHB est décarboxylé en phénol et déhydroxylé en acide benzoïque. Le phénol ou le 4?OHB sont exigés pour la croissance, leur transformation en benzoate produisant l’énergie nécessaire. Croissance optimale à 30-37°C et pH 7,5-8 mais faible (4 x 106 cellules/ml). ADN : 51 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un consortium méthanogène de différentes origines, Cryptanaerobacter phenolicus.

Dehalobacter

Bâtonnets (0,3-0,5 x 2-3 microns) isolés ou en paires, mobiles par un flagelle latéral, Gram négatif. Présence de cytochrome b et ménaquinones. Anaérobies stricts, catalase négative. Auxotrophes exigeant des acides aminés pour la croissance. Chimiolithohétérotrophes. Bactéries déchlorantes. Donneur d’électrons : H2. Accepteurs d’électrons : tétrachloroéthène et trichloroéthène. Source de carbone : acétate. Croissance optimale à 25-35 °C et pH 6,8-7,6. Temps de division : 19 h. ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiment du Rhin, Dehalobacter restrictus.

Desulfitibacter (L. de, loin de; L. sulfitis, sulfite; L. bacter, bâtonnet)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 2,5-9,6 microns), mobiles, Gram positif. Spore terminale. Anaérobies chimio-hétérotrophes, croissance par fermentation ou réduction du sulfite ou du thiosulfate. Substrats utilisés : bétaïne, formate, lactate, méthanol et pyruvate ainsi que choline sur sulfite. Extrait de levure exigé pour la croissance. Soufre élémentaire, sulfite, thiosulfate, nitrate et nitrite utilisés comme accepteurs d'électrons. Croissance optimale à 35-37°C (23-44°C), pH 8-9,5 (7,6-10,5) et NaCl 0-5 g/l (0-50 g/l). ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce, Desulfitibacter alkalitolerans, isolée d'un biofilm d'un système de chauffage de pH élevé au Danemark.

Desulfitispora (L. de, de; L. sulfis-itis, sulfite; L. spora, une spore)

Bâtonnets (0,7–0,8 x 2–4 microns), mobiles par un flagelle subpolaire, sporulés, Gram positif. Spores terminales déformantes. Anaérobies stricts avec un métabolisme respiratoire. Utilisent les composés du soufre (thiosulfate, sulfite et soufre élémentaire) sauf le sulfate, comme accepteurs d’électrons, et des acides organiques à courte chaîne (lactate et pyruvate) comme donneurs d’électrons et source de carbone. Fermentent le pyruvate. Alcaliphiles obligés tolérant modérement le sel. Croissance optimale à pH 9,5 (8,5-10,3) et 25 g/l NaCl (5-90 g/l); mésophiles avec un maximum à 43°C. ADN : 37-38 mol % G+C. Une seule espèce isolée de lacs sodés de Russie, Desulfitispora alkaliphila.


Desulfitobacterium

Bâtonnets légèrement incurvés (0,5-0,7 x 2,5-4 microns), pléomorphes en phase stationnaire, mobiles par un à quatre flagelles. Gram positif. Croissance optimale à 37 °(13-45 °C) et pH 7,5 (6-9). Temps de division, 3,5 h. Anaérobies résistant à la microaérophilie. Bactéries déchlorantes. Utilisent uniquement le pyruvate en présence de 0,1 % d’extrait de levure. Formation de lactate, acétate et CO2. Le lactate est remplacé par le 4-hydroxyphénylacétate et le succinate avec le 3-chloro-4-hydroxyphénylacétate ou le fumarate comme accepteurs d’électrons. Déchlorent aussi les chlorophénols. ADN : 45 mol % G+C. Quatre espèces, dont Desulfitobacterium dehalogenans isolée de sédiments d’un lac.

Desulfonispora

Bâtonnets (0,7-1 x 2-5 microns) mobiles, Gram positif, spore subterminale non déformante. Anaérobies stricts, oxydase et catalase négatives. Haute teneur en cytochrome b dans la fraction membranaire. Croissance mésophile sur taurine uniquement, avec production d’acétate, ammoniaque et thiosulfate. Ne réduisent pas le sulfate ni le nitrate. ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce, Desulfonispora thiosulfatigenes.

Desulfosporosinus

Bâtonnets renflés et incurvés (0,7-1,5 x 2,3-5 microns), isolés, en paires ou en chaînes, péritriches ou mobiles par un flagelle latéral, Gram négatif ou variable. Spore ovale subterminale, légèrement déformante. Paroi multicouche. Accepteurs d’électrons : sulfate, thiosulfate, sulfite, soufre, DMSO, Fe (III). Réduction du nitrate variable. Donneurs d'électrons : H2+ CO2 + acétate, lactate, pyruvate (+ thioglycolate), méthanol, éthanol. Croissance autotrophe sur H2 + CO2. Oxydation incomplète en acétate, pas de fermentation ou fermentation du lactate, pyruvate, éthanol, méthanol. Perchloroéthène réduit en présence de sulfate et pyruvate. Bisulfite réductase P582. Croissance optimale à 30-37 °C (10-42 °C). ADN : 45-47 mol % G+C. Cinq espèces dont Desulfosporosinus (ex-Desulfotomaculum) orientis.

Desulfotomaculum (L. tomaculum, saucisse)

Bâtonnets droits ou incurvés (0,3-1,5 x 3-9 microns), aux extrémités arrondies ou pointues, habituellement isolés mais parfois en chaînes. Coloration de Gram négative mais structure multicouche de la paroi cellulaire. Mobiles par flagelles péritriches ou polaires. Spore ovale à ronde, terminale à subterminale, déformant peu les cellules. Produisent des colonies noires en présence de sels ferreux. Anaérobies stricts capables de respirer sulfate, sulfite et composés soufrés oxydés avec production d’H2S. Les espèces utilisant le lactate et le pyruvate réalisent une oxydation incomplète en acétate et CO2 ; d’autres espèces oxydent complètement l'acétate (Desulfotomaculum acetoxidans) ou les acides gras à longue chaîne et le benzoate (D. sapomandens) (L. sapo, savon ; L. mando, manger lentement). Les cellules contiennent un cytochrome b et sont caractérisées par l'absence de cytochrome c3. Des facteurs organiques de croissance sont souvent exigés. Quelques souches sont thermophiles. Ces organismes se rencontrent dans le sol, les eaux douces, les forages géothermiques, l'intestin des insectes, le rumen, les champs pétrolifères et dans certaines contaminations d'aliments. Certaines espèces sont capables d'une croissance autotrophe sur H2 + CO2. La sulfite réductase est une protéine originale qui absorbe à 582 nm (P582). ADN : 37-50 mol %. Vingt espèces décrites, dont l'espèce type est D. nigrificans. Genre hétérogène qui sera prochainement reclassé en plusieurs nouveaux genres.

Desulfotomaculum geothermicum
Daumas et al. (1988) Anton. Leeuwenhoek J. Microbiol. 54, 165-178.

Desulfotomaculum sapomendens
Cord-Ruwisch & Garcia (1985) FEMS Microbiol. Lett. 29, 325-330.

Desulfurispora

Bâtonnets (0,6-1 x 2-9 microns), mobiles, sporulés, Gram positif. Spore ovale terminale dans cultures âgées. Anaérobies stricts utilisant sulfate, sulfite, thiosulfate et soufre élémentaire comme accepteurs d'électrons. Donneurs d'électrons: H2/CO2, acides organiques, sucres, alcools et acides gras. Fermentent le lactate et le pyruvate. Menaquinone majeure MK-7. Croissance optimale à 59-61°C (40-67 °C), pH 7-7,3 (6,4-7,9) et NaCl 0 g/l (0-10 g/l). ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un traitement d'eaux usées, Desulfurispora thermophila.

Pelotomaculum (G. pelos, boue noire ; L. tomaculum, saucisse)

Cellules en forme de saucisses (0,7-0,8 x 1,7-2,8 microns), non mobiles, paroi de type Gram positif. Endospores sphériques et centrales. Anaérobies stricts, croissance syntrophe avec méthanogènes hydrogénotrophes sur propionate, éthanol, lactate, éthylène glycol, 1-butanol, 1-propanol, 1-pentanol et 1,3-propanediol. En culture pure, fermentent le pyruvate et le fumarate. Le fumarate sert également d’accepteur d’électrons en présence de propionate, éthanol ou lactate. Quinones majeures : MK-7 et MK-7(H4). Croissance optimale à 55°C (45-65°C, pH 7 (6,7-7,5) et 0-4 g/l NaCl (0-5 g/l). ADN : 52,8 mol % G+C. Une seule espèce, Pelotomaculum thermopropionicum.

Sporotomaculum

Bâtonnets (0,6-0,8 x 2-3 microns), extrémités pointues, isolés ou en paires, Gram positif, faiblement mobiles. Spore centrale, sphérique et déformante. Chimio-organohétérotrophes, anaérobies stricts utilisant uniquement le 3-hydroxybenzoate comme seule source d’énergie et de carbone qui est fermenté en butyrate, acétate et CO2. Pas de réduction du nitrate, sulfate, thiosulfate, sulfite, fer, oxygène ou fumarate. Croissance optimale à 30 °C (24-37 °C) et pH 7,3-7,6 (6,8-8,1). ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce, Sporotomaculum hydroxybenzoicum, isolée du tractus digestif du termite Cubitermes speciosus.


Sporotomaculum hydroxybenzoicum
Brauman et al. (1998) Int. J. Syst. Bacteriol. 48, 215-221.


Syntrophobotulus

Bâtonnets légèrement incurvés (2,5-3,5 x 0,5 microns), non mobiles, isolés ou en petits agrégats, Gram positif. Spore ovale terminale dans cultures âgées. Fermentent le glyoxylate en culture pure (--> H2, CO2, glycolate). Oxydent le glycolate en syntrophie avec hydrogénotrophes (--> H2+CO2). N'utilisent pas sulfate, sulfite, thiosulfate, soufre, nitrate. Pas de cytochrome, menaquinone-7-10 et MK-9. Prototrophes. Croissance optimale à 28 °C (15-37 °C), pH 7,3 (6,7-8,3) et NaCl 0 g/l. ADN : 47 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments non salés anaérobies et de boues de station d'épuration, Syntrophobotulus glycolicus.

Thermincola (G. thermos, chaud ; L. incola, habitant)

Bâtonnets droits, épais, aux extrémités arrondies (0,5 x 0,6-3 microns), non sporulés, Gram positif. Mobiles par un à deux flagelles latéraux. Anaérobies stricts. Croissance chimio-lithotrophe sur CO suivant l’équation CO + H2O ---> CO2 + H2. Requièrent 200 mg/l d’extrait de levure ou d’acétate. Pas de croissance sur H2 ni CO avec fer ferrique. Croissance non stimulée par soufre élémentaire, thiosulfate, sulfate et nitrate qui ne sont pas réduits lors de la croissance sur CO. Pas de croissance organotrophe sur peptones, sucres et alcools. Croissance inhibée par pénicilline, érythromycine, streptomycine, rifampicine, vancomycine et tétracycline. Thermophiles alcalitolérants. Croissance optimale à 55°C (37-68°C) et pH 8 (6,7-9,5). ADN : 44-46 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude de la région du lac Baïkal, Thermincola carboxydiphila.

Thermoterrabacterium

Bâtonnets droits à légèrement incurvés, extrémités arrondies (0,3-0,4 x 1,6-2,7 microns), mobiles, isolés ou en paires, Gram positif, non sporulés. Colonie ronde, diamètre 0,5-0,8 mm, non pigmentée. Substrats : CO2+ glycérol, lactate, 1,2-propanediol, glycérate, pyruvate, extrait de levure et faiblement glucose, fructose, mannose (--> acétate). Donneurs d'électrons : glycérol. Accepteurs d'électrons : oxydes de Fe3+, citrate de Fe3+ (--> Fe2+ (magnétite, sidérite) + acétate). Utilisent H2 en présence de Fe3+. Réduisent 9,10-anthraquinone-2,6-disulfonic acide, fumarate (--> succinate), thiosulfate (--> S°). Prototrophes. Croissance optimale à 65 °C (50-74 °C), pH 6,0-6,2 (5,5-7,6) et NaCl 0-10 g/l. ADN : 41 mol % G+C. Une seule espèce, Thermoterrabacterium ferrireducens isolée de sources chaudes du parc de Yellowstone aux E.U.


Famille VI. Heliobacteriaceae
 

Heliobacterium

Bâtonnets légèrement incurvés (0,8-1 x 2,5-9 microns), ou spirilles (1-12 x 2,5-9 microns), mobiles par des flagelles polaires à subpolaires. Mouvements glissants chez une espèce. Lyse rapide en phase stationnaire. Présence d’endospores. Une espèce thermophile. Contient une nouvelle bactériochlorophylle g. Cultures vert-brun. Pas de membranes intracytoplasmiques ou de chlorosomes. Pas de vésicules de gaz. Photohétérotrophes anaérobies, chimio-organotrophes à l’obscurité par fermentation du pyruvate. Croissance optimale à 37-42 °C et pH 7 (5,5-8). Fixent l’azote. ADN : 45-55 mol % G+C. Cinq espèces, dont l’espèce type Heliobacterium chlorum.

Heliobacillus

Bâtonnets (1 x 7-10 microns). Croissance optimale à 38-42 °C et pH 6,5-7. ADN : 50 mol % G+C. Une seule espèce, Heliobacillus mobilis, très mobile par flagelles péritriches.

Heliophilum

Bâtonnets droits à extrémités arrondies (0,8-1 x 5-8 microns), formant des faisceaux de plusieurs cellules, mobiles par flagelles polaires à subpolaires, sporulés. Bactériochlorophylle g. Croissance optimum à 37-40 °C et pH 6,5-7. ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce, Heliophilum fasciatum.

Heliorestis

Bâtonnets droits à incurvés, à filaments courts (0,8-1,2 x 10-20 microns), péritriches. Sporulés. Alcaliphiles. Croissance optimale à 30 °C et pH 9. ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce, Heliorestis daurensis.

 

 

Famille VII. Syntrophomonadaceae
 

Syntrophomonas

Bâtonnets légèrement hélicoïdes ou incurvés (0,5-1 x 2-7 microns), avec extrémités arrondies, isolés, en paires ou courtes chaînes hélicoïdes. Mobiles à l'aide de deux à huit flagelles insérés latéralement sur une ligne de la face concave de la cellule. Paroi multicouche inhabituelle pour une bactérie Gram négatif. Présence de PHB. Les colonies lisses, convexes, circulaires avec bord entier, apparaissent en roll-tubes après 3 à 20 semaines d'incubation et peuvent atteindre 2 à 3 mm de diamètre. Réalisent la ß-oxydation des acides gras en syntrophie avec méthanogènes ou sulfato-réducteurs. Dégradent butyrate, caproate, caprylate ou d'autres acides gras jusqu'à 18 atomes de carbone en propionate, acétate et H2. La croissance est stimulée par les vitamines B, les acides aminés et le jus de rumen. Temps de division de 3,5 jours. Deux espèces isolées de sédiments aquatiques, digesteurs et rumen, dont l'espèce type Syntrophomonas wolfei (R.S. Wolfe, microbiologiste américain).

Caldicellulosiruptor

Bâtonnets droits, extrémités arrondies, parfois cellules coccoïdes (0,4-1 x 3-9 microns), non mobiles mais parfois présence de deux flagelles subterminaux, Gram négatif, non sporulés, isolés, en paires ou en chaînes. Colonie de 0,5-5 mm de diamètre, crème à jaunâtre, en bouton. Substrats : arabinose, cellulose amorphe, Avicell, cellobiose, fructose, galactose, glucose, glycogène, gommes, lactose, laminarine, lichenine, maltose, mannose, pullulane, pectine, rhamnose, amidon, saccharose, xylose, xylane, dextrine, inositol, mannitol, raffinose, ribose, tagatose et extrait de levure. Métabolites sur cellulose : lactate, acétate, éthanol, H2, CO2. Prototrophes mais croissance stimulée par l’extrait de levure ou les vitamines. Croissance optimale à 68-78 °C (42-82 °C) et pH 7-7,5 (5,5-9). Temps de division : 2 h. ADN : 35-37 mol % G+C. Cinq espèces, dont Caldicellulosiruptor saccharolyticus isolée de bois décomposé dans une source géothermale de Nouvelle Zélande.

Dethiobacter

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,5-4 microns), mobiles par flagelles péritriches, Gram positif, sporulés avec spore terminale déformante. Anaérobies stricts, autotrophes facultatifs avec H2 comme donneur d'électrons, utilisent les composés soufrés sauf le sulfate, comme accepteurs d'électrons et les acides gras à courte chaîne et H2 comme donneurs d'électrons. Utilisent l'acétate comme source de carbone. Alcaliphiles obligés et halotolérants modérés. Croissance optimale à 45°C, pH 9,5 (8,5-10,3) et 20 g/l NaCl (10-100 g/l). ADN : 46-47 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments de lacs sodés de Mongolie, Dethiobacter alkaliphilus.

Fervidicola (L. fervidus, brulant; L. incola, habitant)

Bâtonnets légèrement incurvés (0,8-1,1 x 1,2-12 microns), mobiles par flagelles péritriches, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts, faible croissance sur extrait de levure qui est requis pour la croissance sur tryptone, peptone, sucres et quelques acides organiques et aminés. Glucose fermenté en acétate, éthanol, H2 et CO2. Fe(III), Mn(IV), thiosulfate et soufre élémentaires sont réduits. Croissance inhibée par chloramphénicol, streptomycine, tétracycline, pénicilline et ampicilline ainsi que NaCl à des concentrations supérieures à 20 g/l. Thermophiles, croissance optimale à 70°C (55-80°C) et pH 7,0 (5-9). ADN : 47-49 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude du Grand Bassin Artésien australien, Fervidicola ferrireducens.

Pelospora

Bâtonnets longs (0,8 x 4,5-6,5 microns), mobiles par un flagelle subpolaire, Gram négatif. Spore ovale terminale. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes fermentant le glutarate et le méthylsuccinate en butyrate, isobutyrate et CO2, et le succinate en propionate. Croissance optimale à 37°C (20-37°C), pH 7,1-8,2 (6-8,2) et NaCl 1 g/l (< 20 g/l). ADN : 48-50 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments d’eau douce, Pelospora glutarica.

Syntrophospora = Syntrophomonas

Bâtonnets légèrement incurvés, extrémités arrondies (0,4 x 4,5-6 microns), non mobiles, isolés ou en amas, Gram négatif à légèrement positif, pas de membrane externe. Spore ovale (0,75-1,5 mm), terminale. Syntrophes obligatoires utilisant les acides gras à longue chaîne (AGLC) de C4 à C11 : butyrate, valérate, caproate, heptanoate, caprylate, pélargonate, caprinate, undécanoate et 2-méthylbutyrate avec accumulation transitoire de butyrate. Métabolites produits : acétate pour les AGLC pairs, acétate + propionate pour les AGLC impairs et 2-méthylbutyrate. Culture pure sur crotonate (--> acétate + butyrate). Pas d’accepteurs d’électrons utilisés. Prototrophes ; croissance inhibée par phosphate > 10 mM. Croissance optimale à 28-34°C (> 20-< 40°C), pH (6,5-7,5), NaCl 10 g/l et MgCl2.6H2O 1,5 g/l. Temps de division : 72-96 h. Une seule espèce isolée de sédiments anaérobies d’eaux douces et marines, Syntrophospora bryantii.

Syntrophothermus

Bâtonnets légèrement incurvés (0,4-0,5 x 2-4 microns), faiblement mobiles, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts croissant uniquement sur crotonate en culture pure. Syntrophes utilisant les acides gras saturés de C4 à C10 avec une méthanogène hydrogénotrophe. Croissance optimale à 55 °C (45-60 °C) et pH 6,5-7 (5,8-7,5). ADN : 51 mol % G+C. Une seule espèce, Syntrophothermus lipocalidus.

Thermohydrogenium

Bâtonnets (0,4-0,8 x 1-11 microns) isolés, en paires ou en courtes chaînes, non mobiles, Gram négatif atypique, non sporulés. Absence de membrane externe. Substrats : extrait de levure (> 1 %), glucose, fructose, saccharose, galactose, maltose, mannose, xylose, amidon et ± pyruvate. Métabolites sur glucose : H2, CO2, éthanol, acétate et traces d’isopropanol, butanol, butyrate, lactate. La croissance requiert 0,02 % d’extrait de levure, pas inhibée par H2. Source d'azote : ammonium, urée, certains acides aminés, hydrolysat de caséine, peptone, extrait de levure. Ne réduisent pas S°et SO42-. Croissance optimale à 65°C (45-75°C) et pH 7-7,4 (5-8). ADN : 33,2-34 mol % G+C. Une seule espèce, Thermohydrogenium kirishiense isolée de levure industrielle.

Thermosyntropha

Bâtonnets droits ou légèrement incurvés (2-3,5 x 0,3-0,4 microns), non mobiles, en paires ou en chaînes, non sporulés, Gram positif. Colonie petite, diamètre 0,5 mm, blanche. Thermophiles alcalitolérants, peptidolytiques et lipolytiques utilisant en syntrophie la b-oxydation du butyrate (C4) au stéarate, oléate et linoléate (C18). Substrats : huile d’olive, tributyrine, trilaurine, tripalmitine, tristéarine, trioléine, butyrate, valérate, caproate, heptanoate, caprylate, pélargonate, caprate, laurate, myristate, palmitate, stéarate, oléate, linoléate. Fermentent en culture pure : extrait de levure, Tryptone, Casamino acides, crotonate (--> acétate+butyrate), bétaïne (--> acétate), pyruvate, ribose et xylose. Croissance optimale à 60-66°C (52-70°C) et pH 8,1-8,9 (7,15-9,5). Temps de division : 1 h. ADN : 44 mol % G+C. Une seule espèce, Thermosyntropha lipolytica, isolée d’une source hydrothermale alcaline du Kenya.

 


Famille VIII. Caldicoprobacteraceae

Caldicoprobacter (L. caldus, chaud; G. kopros, fumier; L. bacter, bâtonnet)

Bâtonnets droits ou incurvés (4-14 x 0,4-0,5 microns), non mobiles, isolés ou en paires, sporulés, Gram positif. Spores (0,4-0,6 microns de diamètre) terminales et déformantes. Les cellules non sporulées forment des protubérances rondes en phase stationnaire, non viables. Sucres principaux de paroi: galactose et mannose. Peptidoglycane de type A1gamma. Anaérobies stricts chimio-organotrophes. Fermentent de nombreux sucres dont le glucose en lactate, acétate, éthanol, CO2 et H2. Thermophiles. Croissance optimale à 70°C (44-77°C), pH 7,2 (5,9-8,6) et 0-20 g/l NaCl. ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce, Caldicoprobacter oshimai, isolée de faecès de mouton aux USA.

 

Famille IX. Ruminococcaceae

Ruminococcus (L. ruminalis, du rumen)

Cellules coccoïdes (0,3-1,5 x 0,7-1,8 microns), aux extrémités rondes, pointues ou lancéolées, en paires ou en chaînes. Certaines cellules sont mobiles avec un à trois flagelles. Coloration de Gram négative mais paroi de type Gram positif. Anaérobies stricts fermentant les sucres en acétate, formate, succinate, lactate, éthanol, CO2 et H2. Ne fermentent pas les acides aminés et les peptides. Catalase absente. ADN : 39-46 mol % de G+C. Le genre comporte treize espèces isolées du rumen, du gros intestin et du coecum de nombreux animaux. L'espèce type, Ruminococcus flavefaciens (L. flavus, jaune ; L. faciens, produisant) est cellulolytique.

Acetanaerobacterium (L. acetum, vinaigre ; G. an, non ; G. aer, air ; G. baktron, petit bâtonnet)

Bâtonnets fins (0,2-0,4 x 4-8 microns), mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie circulaire, légèrement convexe, blanche et translucide, 1,5-3 mm de diamètre. Anaérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase négatives. Acides aminés et peptides peuvent servir de source d’azote. Utilisent les mono-, di- et oligosaccharides avec production d’acide. Glucose fermenté en acétate, éthanol, H2 et CO2. Hydrolysent l’amidon, l’esculine et la gélatine. Production d’arginine dihydrolase. Croissance optimale à 37°C (20-42°C) et pH 6,5-7 (5-7,5). ADN : 48-50 mol % G+C. Une seule espèce isolée de boues anaérobies d’effluent de papèterie, Acetanaerobacterium elongatum.

Acetivibrio (L. acetum, vinaigre)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,5-0,9 x 1,5-10 microns), formant des chaînes de 40 microns de long. Mobiles au moyen d'un seul flagelle localisé à environ un tiers de la distance entre les pôles ou bien à l'aide de plusieurs flagelles alignés ou en touffe et localisés sur la face concave des cellules. Métabolisent parfois la peptone. La fermentation des sucres engendre principalement de l'acide acétique ; de l'acide formique est produit par certaines souches mais jamais de propionate, butyrate, succinate et lactate. Les autres produits de la fermentation sont H2, CO2 et l'éthanol. Deux espèces sur les quatre décrites hydrolysent la cellulose : l'espèce type, Acetivibrio cellulolyticus et A. cellulosolvens ; elles ont été isolées d'enrichissements méthanogènes. Une troisième espèce a été isolée du colon des porcs mais n'est pas pathogène.

Anaerofilum

Bâtonnets droits et fins (0,2-0,6 x 3-6 microns), péritriches ou non mobiles, Gram positif. Forment des sphéroplastes en phase stationnaire. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes. Catalase négative. Fermentent les sucres avec production de lactate, acétate, éthanol, formate, 2,3-butanediol et CO2. ADN : 54-55 mol % G+C. Deux espèces isolées d’eaux d’égoût, dont Anaerofilum pentosovorans.

Anaerotruncus (L. truncus, bâtonnet)

Bâtonnets fins (0,5 x 2-5 microns), non sporulés, Gram positif. Colonie irrégulière, à bord entier, translucide, grise, de 2-3 mm de diamètre. Anaérobies stricts, chimio-hétérotrophes, catalase négative. Fermentent peptone + extrait de levure + glucose, fructose, mannose ou cellobiose en acétate et butyrate. Ne réduisent pas le nitrate. Produisent de l’indole. Sensibles à vancomycine et kanamycine, résistants au sulfate de colistine. Croissance à 36-40°C et pH 5,5-11. ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fécès humains, Anaerotruncus colihominis.

Ethanoligenens (L. ethanol, ethanol ; L. genens, produisant)

Bâtonnets droits (0,4-0,8 x 1,5-8 microns), mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie ronde, opaque, légèrement concave, blanc laiteux, de 1,5-3 mm de diamètre. Le peptidoglycan contient l’acide LL-diaminopimélique. Anaérobies stricts chimio-organotrophes, oxydase et catalase négatifs. Fermentent divers mono-, di- et oligosaccharides. La fermentation du glucose produit éthanol, acétate, H2 et CO2. Les accepteurs d’électrons ne sont pas utilisés. Hydrolysent gélatine, urée et esculine. Tests positifs : indole, rouge de méthyl et VP. Croissance optimale à 35°C (20-44°C) et pH 4,5-5 (3,5-9). ADN : 48-49 mol % G+C. Une seule espèce isolée de boues anaérobies, Ethanoligenens harbinense.

Faecalibacterium (L. faecalis, fécal)

Bâtonnets non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts utilisant l’acétate avec production de butyrate, D-lactate et formate. ADN : 47-57 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fécès humains, Faecalibacterium (ex Fusobacterium) prausnitzii.

Fastidiosipila (L. fastidiosus, fastidieux ; L. pila, boule)

Petites coques de 0,5 micron de diamètre, Gram positif. Colonie petite, grise. Anaérobies stricts à croissance faible mais également microaérophiles avec 2 et 6 % d’O2. Production de petites quantités d’acide acétique et butyrique sur bouillon avec granules de viande. a- et b-galactosidase, a- et b-glucosidase, alanine, phénylalanine et proline arylamidase et b-mannosidase positives. Hydrolysent l’hippurate. Sensibles à kanamycine (100 mg) et vancomycine (5 mg) ; résistants à colistine sulfate (10 mg) et metronidazole (5 mg). ADN : 33 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sang humain, Fastidiosipila sanguinis.

Hydrogenoanaerobacterium

Bâtonnets droits et fins (0,3-0,4 x 2-14,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif atypique. Colonie circulaire, lisse, blanche, semi-opaque, de 1-1,5 mm de diamètre. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes fermentant les mono, di- et oligosaccharides ainsi que des substrats complexes comme extrait de levure et peptone. Catalase et oxydase négatives. Fermentent le glucose en éthanol, acétate, H2 et CO2. Croissance optimale à 37°C (24-45°C) et pH 6,5-7 (4,5-9). ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un réacteur UASB de laboratoire en Chine, Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans.

Oscillibacter (L. oscillum, oscillation)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0, 5 x 2, 5-6 microns et jusqu'à 30 microns en culture prolongée), mobiles par flagelles péritriches, Gram négatif. Anaérobies stricts, catalase négative. Fermentent les sucres avec production d'acide. Glucose fermenté en acide n-valérique. Croissance optimale à 30°C (15-35°C), pH 6-6, 5 (5, 5-8, 5) et avec moins de 40 g/l de NaCl. ADN : 53 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'eau d'un élevage de clams au Japon, Oscillibacter valericigenes.

Papillibacter (L. papilla, téton; L. bacter, bâtonnet)

Bâtonnets aux extrémités pointues en forme de téton, non mobiles, non sporulés, isolés, en paires ou en chaînes, Gram positif. Anaérobies stricts utilisant un nombre restreint de composés aromatiques (cinnamate, 3- et 4-méthoxycinnamates) et le crotonate, mais ni sucres, ni acides organiques, ni alcools. Croissance optimale à 37 °C (15-40 °C, pH 7,5 (6,9-8,5) et NaCl 5-10 g/l. ADN : 56 mol % G+C. Une seule espèce,
Papillibacter cinnamivorans, isolée d’un digesteur traitant des résidus de Karité en Afrique.

 


Papillibacter cinnamivorans
Defnoun et al. (2000) Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50, 1221-1228.

Sporobacter

Bâtonnets légèrement incurvés (0,2-0,4 x 1-2 microns), péritriches, Gram positif. Spore terminale déformante. Anaérobies stricts utilisant 3,4,5-triméthoxycinnamate (TMC), sinapate, 3,4-diméthoxycinnamate, 3,4,5-triméthoxybenzoate, férulate, syringate, vanillate. Métabolites sur TMC : acétate, diméthylsulfure et méthanethiol. Croissance optimale à 32-35 °C (20-40 °C), pH 6,7-7,2 (5,9-8,8) et NaCl 0-5 g/l (< 12,5 g/l). L’extrait de levure est requis pour la croissance. Temps de division : 25 h. ADN : 57 mol % G+C. Une seule espèce, Sporobacter termitidis isolée du tractus digestif du termite xylophage Nasutitermes lujae.

Sporobacter termitidis
Grech-Mora et al. (1996) Int. J. Syst. Bacteriol. 46, 512-518.

Subdoligranulum (L. subdolus, illusoire; L. granulum, petit grain)

Cellules coccoïdes polymorphes (0,6 à 2,5 microns), non mobiles, non sporulées, Gram négatif. Colonie circulaire, concave, blanc-grisâtre, de 1 mm de diamètre. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase négative. Fermentent le glucose en butyrate et lactate avec des trraces d'acétate et succinate. Hydrolysent l'esculine. Croissance optimale à 37°C. ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tube digestif de l'homme, Subdoligranulum variabile.


Famille X. Oscillospiraceae
 

Oscillospira

Grands bâtonnets ou filaments de 3 à 6 microns de large, divisés par de larges septa rapprochés en nombreuses cellules en forme de disque. Mobiles par de nombreux flagelles latéraux. Coloration de Gram négative. Cet organisme n'a pas encore été obtenu en culture pure. Anaérobies stricts se rencontrant dans le tractus digestif des herbivores. Une seule espèce décrite, Oscillospira guilliermondii.

 

Famille XI. Gracilibacteraceae

Gracilibacter (L. gracilis, mince)

Bâtonnets droits à incurvés (0,2-0,4 x 2-7 microns), non mobiles malgré la présence tardive de 1 à 5 flagelles, Gram de type positif malgré la coloration négative. Non sporulés. Parfois présence d’autoplastes (formes en L) en fin de phase stationnaire. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes utilisant plusieurs protéines et hydrates de carbone en présence d’extrait de levure. Fermentent le glucose en acétate, lactate et éthanol. Neutrophiles et thermophiles modérés. Croissance optimale à 42,5-46,5°C (25-54°C), pH 6,8-7,8 (4,8-8,5) et 5 g/l de NaCl (0-15 g/l). ADN : 43 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un système de traitement d’eau aux USA, Gracilibacter thermotolerans.

Famille XII. Christensenellaceae

Christensenella (Professor Henrik Christensen)

Bâtonnets courts (0,4 x 0,8-1,9 microns), isolés ou en paires, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. La paroi contient acide glutamique, sérine, alanine et LL-A2pm. Les sucres cellulaires totaux sont le ribose, rhamnose, galactose et glucose. Colonie après 4 jours de croissance à 37°C, de 0,1 mm de diamètre, circulaire et beige. Anaérobies stricts utilisant des sucres variés avec production d’acides gras volatils. Catalase et oxydase négatives. Glucose fermenté en acétate et butyrate. Négatifs pour l’hydrolyse de l’esculine, la gélatine et l’urée, la formation d’indole et la réduction du nitrate. Acide produit sur glucose, salicine, D-xylose, L-arabinose et L-rhamnose et faiblement sur D-mannose mais pas sur cellobiose, D-mannitol, mélézitose, raffinose, D-sorbitol, tréhalose, glycérol, lactose, maltose ou saccharose. Sur systèmes API (API Rapid ID 324 et API ZYM), positifs pour alpha-arabinosidase, beta-galactosidase, beta-glucosidase, glutamate décarboxylase et naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase. Négatifs pour N-acetyl-Beta-glucosaminidase, phosphatases acide et alcaline, alanine arylamidase, arginine arylamidase, arginine dihydrolase, chymotrypsine, cystine arylamidase, estérase (C4), esterase lipase (C8), alpha-fucosidase, alpha-galactosidase, alpha-glucosidase, Beta-glucuronidase, glutamyl glutamate arylamidase, glycine arylamidase, histidine arylamidase, leucine arylamidase, leucyl glycine arylamidase, Iipase (C14), alpha-mannosidase, phénylalanine arylamidase, 6-phosphate-Beta-galactosidase, proline arylamidase, pyroglutamate arylamidase, serine arylamidase, trypsine, tyrosine arylamidase et valine arylamidase. Quinones respiratoires non détectées. Croissance optimale à 37-40°C (25-43°C) et pH 7,5 (6,0-9,0). Résistent à 20 % de bile. Pas de croissance avec 50 g/l NaCl. ADN : 51 mol% G+C. Une seule espèce isolée de fèces humains, Christensenella minuta.

Famille XIII. Defluviitaleaceae

Defluviitalea (L. defluvium, eau d’égout, effluent ; L. talea, un bâtonnet)

Bâtonnets (5-10 microns de long), non mobiles, sporulés, Gram positif. Spores terminales. Anaérobies stricts fermentant cellobiose, glucose, mannose, maltose, mannitol, saccharose et xylose. Extrait de levure exigé pour la croissance. Thermophiles. Croissance optimale à 50-55°C (45-60°C), pH 7,0-7,5 et 5 g/l NaCl (0-20 g/l). ADN : 35 mol% G+C. Une seule espèce isolée en Tunisie, Defluviitalea saccharophila.

Clostridiales non classées

Acidaminobacter

Bâtonnets (0,5-0,6 x 1,5-3,7 microns) aux extrémités pointues, non mobiles. Fermentent essentiellement les acides aminés en acétate, ainsi que le pyruvate et le citrate. En syntrophie avec des méthanogènes ou des sulfato-réducteurs, peuvent utiliser d'autres acides aminés et le malate. Forment des acides gras branchés à partir des acides aminés branchés. ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments anaérobies, Acidaminobacter hydrogenoformans.

Anaerobranca

Bâtonnets (8-22 x 0,5-0,65 microns), flagellation péritriche, Gram positif, non sporulés, branchés (un à trois) donnant des cellules filles par restriction. Substrats : extrait de levure, peptone, tryptone (--> H2, CO2, acétate), succinate (--> fumarate). La croissance requiert de l’extrait de levure. Ne réduisent pas le sulfate, le thiosulfate et le S°. Croissance optimale à 57 °C (30-66 °C) et pH 8,5 (6,5-10,3). ADN : 33-34 mol % G+C. Une seule espèce, Anaerobranca horikoshii isolée d’une source chaude du parc de Yellowstone, E.U.

Anaerococcus

Coques non mobiles, en paires, tétrades, amas ou chaînes. Gram positf, anaérobies stricts. Métabolisent peptones et acides aminés en produisant acide butyrique, lactique, propionique et succinique. Fermentent plusieurs sucres. ADN : 25-33 mol % G+C. Six espèces isolées du vagin et de secrétions purulentes variées, dont Anaerococcus prevotii.

Anaerosphaera

Coques de 0,7-0,9 microns de diamètre, non mobiles, Gram positif. Production de spores thermotolérantes. Le peptidoglycane contient de la lysine. Anaérobies stricts. Catalase et oxydase négatives. N’utilisent pas les sucres ni les acides organiques. Utilisent peptone ou acides aminés avec production majeure d’acétate et butyrate. Croissance optimale à 35-37°C (10-37°C), pH 6,7 (5,8-7,8) et sans NaCl (0-40 g/l). ADN : 33 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un digesteur méthanogène traitant des résidus de bétail au Japon, Anaerosphaera aminiphila.

Anaerovirgula (L. virgula, petit bâtonnet)

Petits bâtonnets aux extrémités arondies (0,4-0,5 x 2,5-5 microns), mobiles, isolés, en paires ou courtes chaînes, sporulés avec spores terminales, Gram positif. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase négative. Fermentent les sucres et les produits de protéolyse. Capables de respiration par la réaction de Stickland (proline + isoleucine et proline + leucine). Sensibles à gentamicine, tetracycline, rifampicine et chloramphénicol et résistants à ampicilline et kanamycine. Alcaliphiles. Croissance à 10-45°C (opt. 35°C), pH 6,7-10 (opt. 8,5) et NaCl 5-90 g/l (opt. 10-20 g/l). ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments anaérobies et alcalins d’un lac californien, Anaerovirgula multivorans.

Anaerovorax

Bâtonnets légèrement incurvés (0,7-0,8 x 1,9-2,7 microns), mobiles par trois à cinq flagelles insérés sur la face concave, Gram positif, non sporulés. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes fermentant putrescine (--> acétate, butyrate, NH4+ et H2), 4-aminobutyrate (--> acétate, butyrate, NH4+) et 4-hydroxybutyrate (--> acétate, butyrate). Croissance optimale à 37 °C (12-50 °C), pH 7,2-7,6 (5,1-8) et NaCl 0-20 g/l. ADN : 29-31 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments saumâtres, Anaerovorax odorimutans.

Blautia (Michael Blaut, microbiologiste allemand)

Cellules coccoïdes ou ovales avec souvent des extrémités pointues, non mobiles, habituellement non sporulése, Gram positif. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes avec un métabolisme fermentaire. Certaines espèces utilisent H2/CO2 comme source majeure d'énergie. Acétate, éthanol, H2, lactate et succinate sont les produits majeurs de la fermentation du glucose. ADN : 37-47 mol % G+C. Sept espèces reclassées des genres Clostridium, Streptococcus, Ruminococcus, Peptostreptococcuset isolées de faecès animaux et humains, dont Blautia (ex Clostridium) coccoides.

Carboxydocella (L. carboxydum, monoxyde de carbone ; L. cella, cellule)

Bâtonnets droits et courts (0,4-0,5 x 1-3 microns), isolés ou en courtes chaînes, mobiles par flagelles latéraux, Gram positif. Colonie ronde, blanche, translucide. Anaérobies stricts, chimio-lithoautotrophes, croissance sur CO comme seule source d’énergie avec formation équimoléculaire de H2 et CO2. Pas de croissance sur les autres substrats. Ne réduisent ni le soufre élémentaire ni le sulfate. Thermophiles et neutrophiles. Croissance optimale à 58°C (40-68°C) et pH 7 (6,5-7,6). Croissance inhibée par pénicilline, ampicilline, streptomycine, kanamycine et néomycine. ADN : 45-47 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un geyser du Kamchatka, Carboxydocella thermautotrophica.

Dethiosulfatibacter (L. de, de; L. thiosulfatis, thiosulfate)

Bâtonnets droits (0,6-0,8 x 2,2-4,8 microns), isolés, en paires ou en courtes chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram positif mais coloration Gram négatif. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase négative, fermentent des substrats protéïques, quelques acides aminés simples et acides organiques mais ni les sucres, ni les acides gras ou alcools. Acétate, propionate et autres acides gras à courte chaîne sont produits par fermentation ou oxydation incomplète. Réduisent le thiosulfate et le soufre élémentaire en sulfure. Absence de désulfoviridine. Vitamines exigées pour la croissance qui est fortement stimulée par l'extrait de levure. Mésophiles, neutrophiles et faiblement halophiles. Croissance optimale à 28-30°C, pH 7,8 et 20-30 g/l NaCl. ADN : 41 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la baie de Tokyo, Dethiosulfatibacter aminovorans.

Finegoldia (S.M. Finegold, microbiologiste américain)

Coques pléomorphes (0,8-1,6 microns de diamètre), en amas ou tétrades, occasionnellement en paires ou courtes chaînes, non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts fermentant le glucose en acétate avec de petites quantités de lactate et succinate. Utilisent les peptones et les acides aminés. Protéolytiques. ADN : 32-34 mol % G+C. Une seule espèce, Finegoldia (ex-Peptostreptococcus) magna.

Flavonifractor (L. flavonum, flavone ; L. fractor, briseur)

Bacilles à mobilité, sporulation et Gram variables. Anaérobies stricts asaccharolytiques, fermentant faiblement glucose, fructose et ribose. Capables de dégrader la quercétine et d’autres flavonoïdes. Produits majeurs du métabolisme : acétate et butyrate. ADN : 58-62 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’échantillons cliniques, Flavonifractor plautii reclassée des espèces Clostridium orbiscindens et Eubacterium plautii , dans le cluster IV des Clostridiales.

Fusibacter

Bâtonnets fusiformes (1 x 2-5 microns), isolés ou en paires, mobiles par un à quatre flagelles péritriches. Gram positif. Anaérobies stricts utilisant cellobiose, fructose, glucose, mannitol et ribose. Métabolites produits : butyrate, acétate, CO2 et H2. Requièrent de l’extrait de levure pour la croissance. Utilisent thiosulfate et soufre comme accepteurs d’électrons. Croissance optimale à 37 °C (20-45 °C), pH 7,3 (5,7-8) et NaCl 0-30 g/l (0-100 g/l). ADN : 43 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un puits de pétrole, Fusibacter paucivorans.


Fusibacter paucivorans
Ravot et al. (1999) Int. J. Syst. Bacteriol. 49, 1141-1147.

Gallicola

Coques non mobiles, isolées ou en paires, Gram positif. Anaérobies stricts ne fermentant pas les sucres. Fermentent les protéines en acide acétique et lactique. ADN : 27-34 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fécès de poules, Gallicola barnesae.

Guggenheimella (Bernhard Guggenheim, microbiologiste suisse)

Bâtonnets courts à coccoïdes (0,4 x 0,5-1,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Colonie blanche, opaque, brillante, de 0,5 mm de diamètre. Anaérobies stricts. Produits de fermentation : butyrate et faible quantité d’isovalérate, isobutyrate, propionate et acétate. N’utilisent pas les sucres. Résistants à fosfomycine (100 mg/l), rifampicine (1 mg/l), polymixine (5 mg/l) et acide nalidixique (30 mg/l). Pas de croissance à 25 ou 45°C ; pH optimum 7,5-8 (6,5-9). ADN : 44 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une dermatite de génisse, Guggenheimella bovis.

Helcococcus (G. helcos, blessure)

Coques non mobiles, Gram positif. Anaérobies facultatifs, catalase négative. Production d’acides sans gaz sur sucres. Fermentent le glucose en lacate et acétate. Lipophiles, croissance fortement stimulée par Tween 80 ou sérum. ADN : 30 mol % G+C. Deux espèces isolées de blessures et d’ulcères de l’homme, dont Helcoccus kunzii.

Howardella (Bernard Howard, microbiologiste néo-zélandais)

Cellules coccoïdes (0,6 x 0,8 microns), isolées, en paires ou courtes chaînes de 6-8 cellules, non mobiles, non sporulées, Gram positif. Colonie circulaire, entière, en dôme, blanche, de 1 mm de diamètre. Anaérobies strictes ne fermentant pas les sucres. Croissance stimulée par acétate. Urée requise. ADN: 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée du rumen de mouton, Howardella ureilytica.

Micromonas = Parvimonas

Coques (0,3-0,7 microns de diamètre) isolées, en chaîne ou en amas, non mobiles, Gram positif. Colonie blanche à grise, fréquemment entourée d’un halo jaune-brun de 2 mm de large. Anaérobies stricts. Milieu riche fermenté principalement en acétate avec de petites quantités de succinate et lactate. Peptones et acides aminés utilisés majoritairement. ADN : 27-29 mol % G+C. Une seule espèce faisant partie de la microflore normale de la bouche et probablement du tractus gastro-intestinal et génito-urinaire de l’homme, Micromonas micros, quelquefois isolée de spécimens pathologiques, en particulier de la bouche.

Mogibacterium

Bâtonnets courts (0,2-0,3 x 1 micron), non mobiles, isolés, en chaînes ou en amas. Gram positif, non sporulés. Anaérobies stricts à croissance faible sur protéines. Ne fermentent pas les sucres. Produisent uniquement du phényl acétate. Très peu de tests biochimiques positifs. ADN : 45-46 mol % G+C. Trois espèces isolées du péritoine humain, dont Mogibacterium pumilum.

Murdochiella (David A. Murdoch, microbiologiste anglais)

Coques (0,5-0,6 microns de diamètre), en paires ou courtes chaînes, non mobiles, Gram positif. Colonie sur agar au sang Brucella après 5 jours, grise, plate ou faiblement convexe, circulaire, entière, opaque avec un diamètre de 2-3 mm. Anaérobies stricts. Ne fermentent pas les sucres. Sur milieu PY et PYG, produisent surtout lactate et des quantités modérées d’acétate, butyrate et succinate. Asaccharolytiques. Pas de production d’acide sur glucose ou autres sucres. Catalase et uréase négatives, indole positive. Nitrate non réduit. Sensibles à la bile. N’hydrolysent pas l’esculine ni la gélatine. Réactions positives pour l’arginine dihydrolase, l’arginine-, la phénylalanine-, la proline-, la Ieucine-, la leucyl glycocolle-, l’alanine-, la tyrosine-, l’histidine- et la sérine arylamidase. Sensibles à la vancomycine et kanamycine, résistants à la colistine sulfate et SPS. Une seule espèce isolée d’échantillons cliniques humains, Murdochiella asaccharolytica.

Parvimonas = Micromonas

Peptoniphilus

Coques non mobiles, en paires, courtes chaînes, tétrades ou petits amas. Gram positif. Anaérobies stricts ne fermentant pas les sucres. Produisent de l’acide butyrique par fermentation des protéines. ADN : 30-34 mol % G+C. Cinq espèces isolées de spécimens cliniques humains, dont Peptoniphilus asaccharolyticus.

Proteiniborus (L. proteinum, protéine; L. boros, glouton)

Bâtonnets (0,5-0,6 x 1,4-3,8 microns), non mobiles, non sporulés, Gram positif. Le peptidoglycan de paroi contient beaucoup de L-lysine mais pas d'acides diaminopiméliques. Colonie circulaire, lisse, entière, légèrement convexe, blanche, de 0,5 mm de diamètre. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes. Fermentent l'extrait de levure et la peptone en éthanol, acétate, H2 et CO2. Nitrate réduit. Croissance entre 20-48°C (opt. 37°C) et pH 6,4-10 (opt. 8,5-8,8). ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce isolée de granules d'un réacteur méthanogène UASB, Proteiniborus ethanoligenes.

Proteocatella (L. proteinum, protéine ; L. catella, petite chaîne)

Bâtonnets flexibles (0,7-0,8 x 3-5 microns), en longues chaînes, mobiles, sporulés, Gram positif. Spore sphérique non déformante. Anaérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase négative. Fermentent peptone, bacto-tryptone, Casamino acides, oxalate, amidon, chitine et extrait de levure avec production d’acétate, butyrate, éthanol et H2-CO2 sur peptone. Alcalitolérants, psychrotolérants mésophiles. Croissance optimale à 29°C (2-37°C), pH 8,3 (6,7-9,7) et 5 g/l NaCl (0-40 g/l). ADN : 39,5 mol % G+C. Une seule espèce isolée du guano du pingouin Spheniscus magellanicus, Proteocatella sphenisci.

Pseudoflavonifractor

Bâtonnets droits ou incurvés (1,6-7,1 microns de long), isolés, en paires, courtes chaînes ou filaments, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, incolore, translucide, de 0,5 mm de diamètre. Anaérobies stricts asaccharolytiques. Fermentent faiblement les sucres en acétate et succinate. Hydrolysent l’esculine. Nitrate non réduit. La croissance est stimulée par 0,2 g/l de Tween 80 mais inhibée par 20% de bile. Croissance optimale entre 37 et 45°C. ADN : 60 mol % G+C. Une seule espèce reclassée du genre Bacteroides, Pseudoflavonifractor (ex Bacteroides) capillosus, isolée de fécès humains.

Sedimentibacter (L. sedimentum, sédiment)

Bâtonnets légèrement incurvés (0,5-0,7 x 3,7-6 microns), isolés, en paires ou en chaînes, mobiles par flagelles péritriches, sporulés, Gram positif. Anaérobies stricts exigeant l’extrait de levure. Catalase négative. Fermentent le pyruvate en acétate et butyrate avec des traces de propionate, lactate, isobutyrate et isovalérate ainsi que les acides aminés par la réaction de Stickland. Ne fermentent pas les sucres et ne produisent pas d’H2. Production de sulfures. Croissance optimale à 37°C (14-40°C) et pH 6,8-7,3 (5,8-8,0). ADN : 34 mol % G+C. Deux espèces isolées de sédiments d’eaux douces, dont Sedimentibacter (ex-Clostridium) hydroxybenzoicus.

Soehngenia (Nicolas L. Soehngen, microbiologiste hollandais)

Bâtonnets droits ou légèrement épaissis au milieu (0,5-0,7 x 2-11 microns), isolés, en paires ou chaînes, faiblement mobiles au début de la phase exponentielle de croissance par des flagelles péritriches, les cellules plus âgées perdant leur mobilité. Formation rare d’une spore terminale ou sub-terminale, ronde à ovale. Gram positif. Colonie rhizoïde, crème foncé, 1-1,2 mm de diamètre. Anaérobies aérotolérants capables de croître avec 50 % d’air. Catalase négative. Saccharolytiques et faiblement protéolytiques. Fixent l’azote moléculaire. Produits majeurs de fermentation de l’extrait de levure : H2, CO2 et acétate ; produits majeurs de fermentation du glucose : formate, H2, CO2, acétate et éthanol. Sulfite et thiosulfate faiblement réduits en H2S. Benzaldéhyde dismutée en benzoate et benzylalcool. Production d’indole. Croissance optimale à 30-37°C (15-40°C) et pH 7 (6-7,5). ADN : 43 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un digesteur anaérobie, Soehngenia saccharolytica.

Sporanaerobacter (L. spora, spore ; L. anaero, anaérobie ; L. bacter, bâtonnet)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 3-5 microns), isolés ou en paires, mobiles par quelques flagelles latéraux. Gram positif. Anaérobies stricts, hétérotrophes. Fermentent les peptides, les acides aminés et quelques sucres en présence d’extrait de levure. Le glucose est fermenté en acétate, H2 et CO2. Réalisent la réaction de Stickland avec la leucine comme donneuse d’électrons et le glycocole ou la sérine comme accepteurs d’électrons. Réduisent le soufre élémentaire mais pas le sulfate, thiosulfate, sulfite, nitrate ou nitrite. Mésophiles et thermophiles modérés présentant une croissance entre 25 et 50°C (optimum 40°C), entre pH 5,5 et 8,5 (optimum 7,5) et entre 0 et NaCl 40 g/l (optimum 0 g/l). ADN : 32 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un digesteur UASB au Mexique, Sporanaerobacter acetigenes.

Sulfobacillus

Bâtonnets (0, 6-0, 8 x 1-6 microns) isolés, en paires ou courtes chaînes, non mobiles, Gram positif. Spore ronde à légèrement ovale, paracentrale à terminale, déformante. Colonie rouge-brun. Aérobies stricts, chimiolithotrophes facultatifs. Oxydent le g, le fer et la pyrite. Peuvent croître en hétérotrophie sur glucose. Acidophiles (pH optimal 1, 9-2, 4). Croissance optimale à 50 °C (28-60 °C). Trois espèces isolées d’environnements miniers, dont Sulfobacillus thermosulfidooxidans utilisé en biolixiviation.

Symbiobacterium

Bâtonnets droits (0, 25-0, 35 x 1, 5-7 microns), isolés ou en paires, Gram négatif, non mobiles, non sporulés. Microaérophiles exigeant un métabolite bactérien diffusible pour sa croissance en culture pure. Catalase positive. Produit de l'indole. Quinone majeure Q-6. Croît à 45-65 °C et à pH 7, 5. ADN: 65 mol % G+C. Une seule espèce, Symbiobacterium thermophilum, isolée d'un compost au Japon, dans une culture mixte avec un Bacillus.

Thermaerobacter

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,3-0,6 x 2-7 microns), isolés ou en paires, non mobiles, Gram variable. Aérobies hétérotrophes, thermophiles neutrophiles. Requièrent de l’eau de mer pour la croissance. Utilisent des substrats organiques variés comme l’extrait de levure, peptone, cellulose, chitine, amidon, caséine, Casamino acides et des sucres. Croissance entre 50 et 80 °C (opt. 75 °C), pH 5,4-9,5 (opt. 7-7,5) et NaCl 5-50 g/l (opt. 20 g/l). ADN : 73 mol % G+C. Une seule espèce, Thermaerobacter marianensis, isolée de la fosse des Marianes, à 10 897 m de profondeur.

Tissierella (P.H. Tissier qui décrit le premier cet organisme)

Bâtonnets droits (0,6-0,9 x 2-8 microns), isolés ou en paires, mobiles par flagelles péritriches. Peuvent former des filaments de 20 µm. Anaérobies stricts produisant principalement acétate, butyrate et isovalérate sur glucose-peptone-extrait de levure. Présence d'une 6-phosphogluconate deshydrogénase mais absence de la glucose-6-phosphate deshydrogénase, de la glutamate deshydrogénase et de la malate deshydrogénase. Présence de meso-diaminopimélate dans le peptidoglycane. Les acides gras sont à chaîne linéaire saturée et à chaîne branchée d'iso-méthyl. Ménaquinones absentes. ADN : 28 mol % G+C. Trois espèces, dont Tissierella praeacuta isolée de fécès humains.

 

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