Taxonomie des Procaryotes
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Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
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Synonymes
         
Clostridiales-1 , Ordre I des Clostridia, Classe 1 des Firmicutes,
Phylum BXIV du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés de la Classe

Fonctions: saprophytes, pathogènes de l’homme et des animaux, emploi en agro-alimentaire, sulfato-réducteurs
Morphologie: bâtonnets souvent sporulés
Croissance: anaérobies stricts, mésophiles ou thermophiles
Nutrition: chimio-organotrophes
Habitat: ubiquistes


2. Taxonomie des Clostridiales

Phylum BXIV. Firmicutes

Classe I. Clostridia

Ordre I. Clostridiales

Famille I. Clostridiaceae: Clostridium, Acidaminobacter, Alkaliphilus, Anaerobacter, Anaerosporobacter, Anoxynatronum, Butyricicoccus, Caloramator, Caloranaerobacter, Caminicella, Clostridiisalibacter, Coprobacillus, Fervidicella, Geosporobacter, Lactonifactor, Lutispora, Natronincola, Oxobacter, Proteiniclasticum, Saccharofermentans, Sarcina, Sporosalibacterium, Tepidimicrobium, Thermobrachium, Thermohalobacter, Thermotalea, Tindallia

Famille II. Lachnospiraceae: Lachnospira, Acetitomaculum, Anaerostipes, Bryantella, Butyrivibrio, Catenibacterium, Catonella, Cellulosilyticum, Coprococcus, Dorea, Hespellia, Johnsonella, Lachnobacterium, Marvinbryantia, Moryella, Natranaerovirga, Oribacterium, Parasporobacterium, Pseudobutyrivibrio, Robinsoniella, Roseburia, Shuttleworthia, Sporobacterium, Syntrophococcus

Famille III. Peptostreptococcaceae: Peptostreptococcus, Filifactor, Micromonas, Schleiferella, Sporacetigenium, Tepidibacter


Famille IV. Eubacteriaceae
Famille V. Peptococcaceae
Famille VI. Heliobacteriaceae
Famille VI. Syntrophomonadaceae
Famille VII. Caldicoprobacteraceae
Famille VIII. Ruminococcaceae
Famille IX. Oscillospiraceae
Famille X. Gracilibacteraceae

Clostridiales non classées
Ordre II. Thermanaerobacterales
Ordre III. Halanaerobiales
Ordre IV. Natranaerobiales


3.Description des Genres


Phylum BXIV. Firmicutes

Classe I. Clostridia

Ordre I. Clostridiales

Famille I. Clostridiaceae

Clostridium (G. closter, aiguille)

Bâtonnets mobiles ou non mobiles, de taille variable, pouvant former de longs filaments ; flagelles péritriches. Spore ovale ou sphérique qui déforme habituellement la cellule. Chimiolithotrophes ou chimioautotrophes (Clostridium thermoautotrophicum). Fermentent les sucres et les peptones en produisant un mélange d'acides organiques et d'alcools. Ces organismes peuvent être saccharolytiques, protéolytiques, les deux ou ni l'un ni l'autre. Ils peuvent métaboliser les alcools, les acides aminés, les purines, les stéroïdes et d'autres composés organiques. Certaines espèces fixent l'azote atmosphérique. Ils sont habituellement catalase négative. La paroi contient de l'acide meso-diaminopimélique. La plupart des espèces sont anaérobies strictes mais la tolérance à l'oxygène est variable. Certaines espèces sont thermophiles. Plusieurs sont cellulolytiques : C. thermocellum est utilisée dans l'industrie. L'ADN comprend de 22 à 55 mol % de G+C. Le genre est très prolifique en espèces : près de 150 décrites actuellement ; l'espèce type est C. butyricum. Les clostridies sont ubiquistes et communes dans le sol, les eaux usées, les sédiments marins, les végétaux en décomposition, les produits animaux et végétaux ainsi que dans le tractus intestinal de l'homme, des vertébrés et des insectes, les tissus infectés et les blessures de l'homme et des animaux. Certaines espèces sont, en effet, pathogènes en émettant des toxines ; c'est le cas de C. botulinum, l'agent du botulisme qui produit des neurotoxines (sept types différents, de A à G), C. perfringens produit cinq types de toxines (A à E) ; souvent isolé des infections intestinales de l'homme et des animaux ; C. tetani, agent du tétanos, très fréquent dans le sol. C. acetobutylicum est l'objet d'intenses recherches pour la production d'acétone et d'alcool butylique. Une nouvelle espèce, C. ultunense, est capable d'une croissance syntrophique obligatoire avec une méthanogène ou une sulfato-réductrice sur acétate.

 


Clostridium termitidis
Hethener et al. (1992) Syst. Appl. Microbiol. 15, 52-58.

Clostridium thermopalmarium
Lawson Anani Soh et al. (1991) Syst. Appl. Microbiol. 14, 135-139.

Alkaliphilus

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,4-0,7 x 3-6 microns), isolés ou en paires, mobiles, sporulés, Gram positif. Anaérobies stricts alcalophiles. Croissance optimale à 40 °C (20-50 °C), pH 10 (8,5-12,5) et NaCl 5 g/l. Utilisent des substrats protéiques comme l’extrait de levure, peptone, tryptone et caséine. Soufre, thiosulfate et fumarate stimulent la croissance comme accepteurs d’électrons. ADN : 36 mol % G+C. Deux espèces, dont Alkaliphilus transvaalensis.

Anaerobacter

Selon les conditions de croissance, bâtonnets épais (1,5-3 x 4-8 microns) formant une à deux spores subterminales aux pôles opposés, ou formes ovales (3-4 x 8 microns) ou sphériques (4-6 microns de diamètre) pouvant former une à plusieurs endospores. Non mobiles, capsule polysaccharidique, Gram positif. Réserve de polysaccharides diffuse dans le cytoplasme. Parfois formation d’appendices entourés par la membrane cytoplasmique et la paroi cellulaire et contenant du cytoplasme. Anaérobies aérotolérants modérés fermentant les sucres. Glucose fermenté en acétate, lactate, butyrate, éthanol, butanol, H2 et CO2. Pas de cytochromes. Prototrophes. Fixent N2. Dissimilent le nitrite en ammoniac. Croissance optimale à pH 6,5-7,5 (5,5-8,5) et à 25-35 °C (15-45 °C). ADN : 29 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol de rizière, Anaerobacter polyendosporus.

Anaerosporobacter

Bâtonnets (0,5-0,6 x 2,3-5,5 microns) mobiles par flagelles péritriches, Gram positif. Spore ovale terminale. Colonie circulaire, convexe, translucide à opaque, blanc-grisâtre, légèrement lisse, de 1-2 mm de diamètre. Anaérobies fermentant les sucres. Catalase négative. Glucose fermenté en formate, acétate et H2. Uréase négative. Hydrolysent l'esculine. Croissance optimale à pH 6,5-7, 5 g/l de NaCl et à 30°C. ADN : 41 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol forestier de Corée, Anaerosporobacter mobilis.

Anoxynatronum

Bâtonnets droits à légèrement incurvés, extrémités pointues, fins (0,7 x 3,8-5 microns), isolés ou en paires, rarement en longs filaments, mobiles par flagelles péritriches, Gram positif, non sporulés, thermosensitifs (pas de croissance après chauffage à 50°C pendant 50 min). Anaérobies aérotolérants, catalase positive. Chimio-organotrophes, substrats fermentés: mono- et disaccharides et substrats protéiniques. Métabolites sur glucose : acétate et éthanol. Réduisent Fe+3 en Fe+2 mais ce processus n'est pas couplé à une production d'énergie. Prototrophes mais les vitamines stimulent la croissance. Alcaliphiles modérés. Croissance optimale à 35 °C (25-41 °C), pH 9,1 (7,1-10,1) et 15-50 g/l de NaCl. temps de division : 9 h. ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'une boue d'un lac sibérien, Anoxynatronum sibiricum.

Butyricicoccus (L. acidum butyricum, acide butyrique )

Cellules coccoïdes (1,2-1,5 microns de long), en paires ou courtes chaînes, non mobiles, Gram positif. Colonie circulaire, lisse, blanche, de 1-2 mm de diamètre. Anaérobies strictes fermentant les sucres et produisant butyrate, H2 et CO2 sur acétate. ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce isolée du caecum de poulet en Belgique, Butyricicoccus pullicaecorum.

Caloramator

Bâtonnets droits à légèrement incurvés, extrémités pointues, ou filaments (0,4-0,8 x 2-100 microns), mobiles par flagelles péritriches ou non mobiles, Gram positif, non sporulés ou à spore subterminale à terminale, sphérique, non déformante. Substrats : glutamate, aspartate, alanine, arginine, thréonine, méthionine, glucose, galactose, fructose, mannose, maltose, ribose, saccharose, xylose, Casamino acides, extrait de levure, caséine, gélatine, casitone, amidon, amylose, dextrine, peptone, cellobiose, pyruvate. Métabolites sur glucose : acétate, lactate, H2, CO2, i-butyrate, i-valérate, n-valérate, lactate. Métabolites sur glutamate : acétate, H2+ CO2 et traces de propionate. Pas de réaction de Stickland. Ne réduisent pas nitrate, sulfate, thiosulfate ni fumarate. Croissance optimale à 50-68 °C (30-80 °C), pH 7-8,1 (6-9,5). temps de division : 20 min. ADN : 26-39 mol % G+C. Quatre espèces isolées de digesteurs ou de sources géothermales, dont Caloramator fervidus.

Caloranaerobacter

Bâtonnets courts (0,3-0,5 x 0,5-2 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, mobiles, Gram négatif, non sporulés. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes fermentant gluten, infusion de cerveau et cœur, glucose, amidon, xylan et pyruvate. Croissance optimale à 65 °C (45-65 °C), pH 7 (5,5-9) et NaCl 30 g/l (10-100 g/l). Temps de division, 15 min. ADN : 26-28 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un fumeur noir hydrothermal de l’Atlantique, Caloranaerobacter azorensis.

Caminicella (L. camini, d’une cheminée ; L. cella, cellule)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 3-10 microns), mobiles par flagelles péritriches, Gram négatif. Sporulation observée en fin de phase stationnaire de croissance. Anaérobies stricts fermentant extrait de levure, peptone, glucose, maltose, galactose et un mélange de vingt acides aminés. Les principaux produits de fermentation sont H2, CO2, butyrate, éthanol, acétate, formate et L-alanine. Croissance optimale à 55-60°C (45-65°C), pH 7,5-8 (4,5-8) et 25-30 g/l de sels de mer (20-60 g/l). Temps de doublement optimal : 45 min. ADN : 23-25 mol % G+C. Une seule espèce isolée de tubes d’Alvinella pompejana collectés dans le Pacifique Est, Caminicella sporogenes.

Clostridiisalibacter

Bâtonnets (0,5 x 3-8 microns), isolés, mobiles par flagelles péritriches, Gram positif. Spores sphériques et terminales. Anaérobies stricts hétérotrophes, utilisant extrait de levure, peptone, Bio-trypticase et Casamino acides. Incapables d'utiliser les sucres comme sources de carbone. Fermentent pyruvate, succinate et fumarate en présence d'extrait de levure ainsi que les acides aminés suivants: cystéine, sérine, lysine (oxydée en acétate) et valine (oxydée en isobutyrate). Halophiles modérés et thermotolérants. Croissance optimale à 42°C (25-50°C), pH 6,8 (5,5-8,5) et 50 g/l de NaCl (10-100 g/l). ADN : 33 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'une mare au maroc, Clostridiisalibacter paucivorans.

Coprobacillus (L. copro, fécès)

Bâtonnets (0,4 x 1,2-1,7 microns) en chaînes, non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts fermentant les sucres. Fermentent le glucose en acétate et lactate. Croissance optimale à 37 °C. ADN : 32-34 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fécès humains, Coprobacillus catenaformis.

Fervidicella (L. fervidus, chaud, brûlant; L. cella, une chambre, une
cellule)

Bâtonnets légèrement incurvés (1,0 x 2,5-6,0 microns), mobiles par flagelles péritriches, spores sphériques terminales à subterminales, Gram négatif. Anaérobies stricts. Utilisent extrait de levure et tryptone comme seules sources de carbone. L’extrait de levure ou la typtone sont requis pour la croissance avec d’autres substrats. Utilisent peptone, glucose, saccharose, fructose, maltose, mannitol, amidon, pectine, pyruvate, Casamino-acides, méthionine, sérine et thréonine, mais pas galactose, mannose, lactose, cellobiose, rhamnose, raffinose, arabinose, inositol, glycérol, éthanol, formate, acétate, propionate, lactate, aspartate, succinate, glycocolle, adénine, guanine, acide urique, cafféine, purine, leucine, alanine, isoleucine, arginine, histidine ou H2-CO2. Métabolites de la fermentation du glucose : éthanol, acétate, CO2 et H2. Fe(III), Mn(IV), V(V) and Co(III) sont réduits en présence d’extrait de levure, mais pas le soufre élémentaire, sulfate, sulfite, thiosulfate, nitrate ou nitrite. Fe(III) est également réduit en présence de tryptone, peptone, Casamino-acides mais pas amidon, xylane, chitine, glycérol, éthanol, pyruvate, benzoate, lactate, acétate, propionate, succinate, glycocolle, sérine, lysine, thréonine, arginine, glutamate, valine, leucine, histidine, alanine, aspartate, isoleucine, méthionine ou H2-CO2. Sensibles au chloramphénicol, streptomycine, tétracycline, pénicilline, ampicilline et NaCl >20 g/l. Croissance optimale à 50°C (37-55°C) et à pH 7 (5-9). ADN : 34-36 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un mat microbien du Grand bassin Artésien d’Australie, Fervidicella metallireducens.

Geosporobacter (G. ge, la Terre)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés, longs et fins (0,5 x 3-5 microns), non mobiles, sporulés, Gram positif. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes. Fermentent les sucres et les acides aminés. Glucose fermenté en acétate. Faiblement halotolérants. Croissance à 30-55°C (opt. 42°C) et pH 7,3. ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un puits artésien en France, Geosporobacter subterraneus.

Lactonifactor (L. lactonum, lactone; L. factor, fabriquant)

Bâtonnets souvent fusiformes (1-1,5 x 1,5-3 microns), non mobiles, isolées ou en paires, non sporulés, Gram positif. Colonie circulaire, entière, blanc-grisâtre, convexe, opaque, non hémolytique et de 2 mm de diamètre. Anaérobies stricts, catalase et indole négatives. Utilisent les sucres. Les cellules catalysent la conversion des lignanes à structure butane-1,4-diol en lignanes à structure butyrolactone. ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fécès humain, Lactonifactor longoviformis.

Lutispora (L. lutum, boue)

Bâtonnets (0,6-0,8 x 5-8,5 microns), faiblement mobiles, sporulés, Gram positif. Colonie ronde, lisse, translucide, jaune pâle. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase négative. Exigent l'extrait de levure. Utilisent peptone, tryptone, Casamino acides, hydrolysat de caséine, pyruvate et quelques acides aminés mais pas les sucres. Tryptone fermentée en acétate, iso-butyrate, propionate et isovalérate. Modérés thermophiles. Croissance optimale à 55-58°C (40-60°C), pH 7,5-8 (6-9) et sans NaCl (0-20 g/l). ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un bioréacteur méthanogène thermophile, Lutispora thermophila.

Natronincola

Bâtonnets flexibles (0,7-1 x 2-6 microns), péritriches, isolés, en paires ou longs filaments, Gram positif, multiplication par fission souvent inégale avec formation de mini-cellules rondes et terminales. Spore terminale, sphérique, sporange non déformé. Substrats utilisés : histidine, glutamate, pyruvate, peptone. Métabolites produits : acétate, formate. La croissance requiert extrait de levure et NaHCO3. Croissance optimale à 37 °C (max 45 °C), pH 9,4 (8-10,5) en milieu fortement alcalin ou 8,5-8,7 (7,9-9,2) en milieu salé et NaCl 80-100 g/l (40-160 g/l). ADN : 32 mol % G+C. Une seule espèce, Natronoincola histidinovorans isolée du lac Magadi, Kenya (lac sodé).

Oxobacter (G. oxos, vinaigre)

Bâtonnets Gram positif formant des spores ovales, terminales à subterminales. Anaérobies stricts. Pyruvate catabolisé en acétate et CO2, CO en acétate et butyrate, méthoxybenzénoïdes en butyrate et hydroxybenzénoïdes. Les sucres, acides organiques et aminés et les alcools ne sont pas utilisés. ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce, Oxobacter pfennigii.

Proteiniclasticum (L. proteinum, protéine; L. clasticus (du G. klastos)
Cassant, brisant)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 0,6-2,0 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts. Protéolytiques. N’utilisent pas les carbohydrates. Peptone de soja, tryptone et acides aminés utilisés comme sources de carbone et d’azote. Les produits majeurs de fermentation sur milieu PY sont l’acétate, le propionate et l’iso-butyrate. Utilisent peptone de soja, tryptone, L-phénylalanine, L-leucine, L-méthionine, L-sérine, L-valine, L-thréonine et L-histidine, mais pas cellobiose, glucose, xylose, arabinose, maltose, salicine, mannitol, lactose, glycérol, mélézitose, rafinose, rhamnose, L-alanine, L-cystéine, L-aspartate, L-glutamate, L-glycocolle, L-isoleucine, L-lysine, L-asparagine, L-proline, L-glutamine, L-arginine ou L-tryptophane. Propionate produit sur L-méthionine et L-leucine. Iso-butyrate produit sur L-thréonine. Liquéfient la gélatine mais ne réduisent pas le nitrate. Esculine hydrolysée. Ne produisent pas H2S ou indole. Le test de Voges-Proskauer est négatif. Mésophiles et neutrophiles. Croissance optimale à 38-39°C (24-46°C) et pH 7,0-7,3 (5,6-8,7). Temps de génération de 1,8 h sur milieu à 39°C. ADN : 41 mol % G+C. Une seule espèce isolée du rumen de yak, Proteiniclasticum ruminis.

Saccharofermentans (G. sakchâr, sucre; L. fermentans, fermentant)

Cellules ovales (0,6-0,9 x 1,2-1,8 microns), non mobiles, Gram positif. Anaérobies stricts chimio-organotrophes, oxydase et catalase négatives. Seuls quelques sucres sont fermentés. Les produits majeurs de la fermentation du glucose sont acétate, lactate et fumarate. Le sulfate n’est pas réduit. Cellulose non dégradée. L’esculine est hydrolysée mais pas la gélatine. Acide produit sur D-glucose, D-fructose, esculin, saccharose, amidon, dulcitol, mannitol, inositol et adonitol. Cellobiose, lactose, mélibiose, tréhalose, amygdaline et érythritol sont faiblement fermentés. Pas de production d’acide sur L-arabinose, L-galactose, maltose, D-xylose, glycogène, inuline, mannose, raffinose, rhamnose, ribose, salicine, sorbose, sorbitol, méthanol, éthanol, 1-propanol, citrate, fumarate, malate, succinate, malonate, hippurate, gluconate, succinate, B-hydroxybutyrate, phénylacétate, cellulose ou xylane. Uréase, lécithinase, lipase et indole non produits. Test au rouge de méthyl positif mais Voges-Proskauer négatif. Nitrate non réduit. H2S non produit sur peptone ou thiosulfate. Les composés azotés inorganiques tels que NH4CI, (NH4)2SO4, (NH4)2HPO4 et KNO3 ne peuvent pas servir de source d’azote. Croissance optimale à 37°C (20-42°C), pH 6,5 (5,0-7,5). ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce, Saccharofermentans acetigenes, isolée d’un digesteur UASB traitant des résidus de brasserie.


Sarcina (L. sarcina, paquet)

Cellules sphériques de 1,8 à 3 microns de diamètre, en paquets de huit ou plus. Certaines cellules peuvent apparaître isolées ou en plus petits groupes. Les divisions s'effectuent dans trois plans perpendiculaires. Non mobiles. Anaérobies strictes fermentant les sucres en CO2, H2, acétate, éthanol ou butyrate. Catalase négative. Exigent des acides aminés et quelques vitamines pour la croissance. Peuvent croître à pH 1 à 9,8. ADN : 28 à 31 mol % G+C. Deux espèces isolées du sol, du contenu de l'estomac des animaux, des fécès de l'homme ainsi que des graines de céréales, dont l'espèce type Sarcina ventriculi.

Sporosalibacterium (G. spora, une spore; L. sal, salis, sel)

Rod-shaped, (0,5 x 5,0–10,0 microns), isolés ou en paires, mobiles par un flagelle, sporulés, Gram positif. Spore ovoïde à sphérique et subterminale à terminale, apparaissant principalement dans les cultures âgées. Anaérobies stricts, chimioorganotrophes. Croissance sur extrait de levure, peptone, bio-Trypticase, pyruvate, fumarate, glucose, fructose et mannitol, mais pas sur Casamino acides. extrait de levure requis pour sa croissance. Soufre, sulfate, thiosulfate, nitrate et nitrite non utilisés. Halophiles modérés et faiblement thermotolérants. Croissance optimale à 40°C (20–48°C), pH 6,9 (6,2–8,1) et 40 g/l NaCl (jusqu’à 150 g/l). ADN : 31 mol% G+C (HPLC).Une seule espèce isolée d’un sol pollué par des hydrocarbures en Tunisie, Sporosalibacterium faouarense.


Tepidimicrobium (L. tepidus, chaud)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,5-0,6 x 3-7 microns), isolés ou en courtes chaînes, mobiles par une flagellation péritriche, non sporulés, Gram positif. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes utilisant plusieurs substrats protéiques. Réduisent le soufre élémentaire et le thiosulfate (en sulfure), le Fe(III), l’ADQS, le fumarate et le sélénite. Résistent aux rayons gamma à la dose de 5-10 kGy. Neutrophiles et thermophiles modérés. Croissance optimale à 50°C (26-62°C), pH 7,5-8 (5,5-9,5) et entre 0 à 35 g/l de NaCl. ADN : 33 mol % G+C. Une seule espèce isolée, Tepidimicrobium ferriphilum.

Thermobrachium

Bâtonnets, formes en Y et L (1,5-14 x 0,5-1,2 microns), isolés ou en chaînes, péritriches, Gram positif, non sporulés. Protéolytiques utilisant extrait de levure seul ou avec glucose, saccharose, fructose, galactose, maltose. Métabolites produits : acétate, formate, H2, CO2 et traces d’éthanol. La croissance requiert de l’extrait de levure. Croissance optimale à 62-67 °C (37-75 °C) et pH 8-8,5 (5-9,3). Temps de division : 10 min. ADN : 30-31 mol % G+C. Une seule espèce isolée de compost, sources thermales et sédiments, Thermobrachium celere.

Thermohalobacter

Bâtonnets (0,5 x 3-8 microns) isolés ou en paires, mobiles par flagelles latéraux, Gram négatif non sporulés. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes. Croissance optimale à 65 °C, pH 7 (5,2-8,8) et NaCl 50 g/l (20-150 g/l). Fermentent les sucres en produisant acétate, éthanol, H2 et CO2. ADN : 33 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un marais salant de l’étang de Berre en France, Thermohalobacter berrensis.

Thermotalea (G. thermos, chaud ; L. talea, bâtonnet)

Bâtonnets légèrement incurvés (0,6-0,7 x 3-3,5 microns), mobiles par flagelles péritriches, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes fermentant plusieurs sucres et Casamino acides, leucine et sérine. Fermentent le glucose en éthanol et acétate. Croissance sur extrait de levure ou tryptone. Réduisent Fe(III), Mn(IV) et soufre élémentaire. Croissance optimale à 50°C (30-55°C) et pH 8 (6,5-9). ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un aquifère chaud d’Australie, Thermotalea metallivorans.

Tindallia (Brian Tindall, microbiologiste américain)

Bâtonnets (0,5-0,6 x 1,2-2,5 microns) isolés, en paires ou en chaînes, non mobiles, Gram positif. Multiplication par fisssion. Anaérobies stricts, mésophiles (19-47 °C, opt. 37 °C), alcaliphiles (pH 7,5-10,5, opt. 8,5), halophiles (opt. NaCl 30-60 g/l). Fermentent un nombre limité d’acides aminés et organiques. Produisent principalement de l’acétate. Réduisent DMSO en DMS et Fe(III) en Fe(II). Prototrophes. ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac sodé du Kenya, le lac Magadi, Tindallia magadensis.

Famille II. Lachnospiraceae

Lachnospira (G. lachnos, cheveux crépus)

Bâtonnets incurvés (0,4-0,6 x 2-4 microns) aux extrémités pointues. La structure de la paroi est de type Gram positif. Mobiles par flagelle monotriche latéral à subpolaire. Anaérobies stricts. Colonie filamenteuse, d'apparence laineuse. Fermentent le glucose en formate, lactate, acétate, éthanol, CO2 et H2. Hydrolysent la pectine avec formation complémentaire de méthanol. Deux espèces isolées du rumen des bovidés, dont Lachnospira multipara (L. pario, produire).

Acetitomaculum

Vibrions (0,8 x 2,3-3,2 microns) mobiles, Gram positif. Colonie circulaire, 2-3 mm de diamètre, convexe, entière, translucide, lisse. Substrats utilisés : H2+ CO2, formate, CO, glucose, cellobiose, fructose, esculine, férulate, syringate (--> acétate). Prototrophes mais croissance stimulée par le jus de rumen. Catalase négative. Croissance optimale à 38 °C (34-43 °C) et pH 6,8 (6,4-7,3). ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée du rumen, Acetitomaculum ruminis.

Anaerostipes (L. stipes, bâton)

Bâtonnets (0,5-0,6 x 2-4 microns), en courtes chaînes de 4 cellules, non mobiles, non sporulés, coloration de Gram positive mais Gram négatif dans cultures âgées. Colonie blanche, opaque, circulaire, convexe, lisse, luisante, non hémolytique, de 1-3 mm de diamètre. Anaérobies stricts catalase et oxydase négatives. Fermentent le glucose majoritairement en butyrate, acétate et lactate. Utilisent l'acétate. Produisent arginine dihydrolase, phosphoamidase et a-galactosidase. Réduisent le nitrate en nitrite. ADN : 46 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fécès humains, Anaerostipes caccae.

Bryantella = Marvinbryantia

Butyrivibrio

Bâtonnets incurvés (0,3-0,8 x 1-5 microns), souvent en chaînes ou filaments parfois hélicoïdes. Coloration de Gram négative mais structure de type Gram positif. Mobiles par un à plusieurs flagelles polaires ou subpolaires. Anaérobies stricts. Fermentent les sucres en butyrate principalement. ADN : 36 à 42 mol % G+C. Deux espèces isolées du rumen et des fécès de l'homme, du lapin et du cheval, dont Butyrivibrio fibrisolvens qui hydrolyse la cellulose, l'amidon, la pectine et/ou les hémicelluloses.

Catenibacterium

Bâtonnets (0,4 x 1,2-2 microns) en chaîne entrelacée. Anaérobies stricts. Produisent des acides sur sucres. ADN : 36-39 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fécès humains, Catenibacterium mitsuokai (Mitsuoka, microbiologiste japonnais).

Catonella (Elizabeth Cato, microbiologiste américaine)

Bâtonnets (0,7-1,2 x 1,6-4 microns), en paires ou courtes chaînes, non mobiles, Gram négatif. Anaérobies fermentant le glucose majoritairement en acétate avec un peu de formate et lactate. ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’abcès dentaires et de péritonites, Catonella morbi.

Cellulosilyticum (L. cellulosum, cellulose; L. lyticum (du G. lutikon), capable de dissoudre)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,3-1,0 x 2,5-4,0 microns), isolés, non mobiles, sporulés, encapsulés avec mucus, Gram positif. Spores elliptiques à rondes, terminales. Colonie vert-jaune ou incolore, circulaire, plate ou légèrement convexe, à bord ondulé, 1-10 mm de diamètre. Anaérobies stricts. Produisent acétate comme métabolite majeur. Butyrate non formé. Hydrolysent cellulose et xylane et fermentent le cellobiose. Indole, catalase, gélatinase non produites. Sulfate et nitrate non réduits. Mésophiles, croissance optimale à 38-40°C (15-46°C), pH 6,7-7,7 (5,7-9,1). ADN : 33-36 mol% G+C. Deux espèces dont Cellulosilyticum ruminicola isolée du rumen de yack.

Coprococcus (G. copro, fécès)

Coques anaérobies strictes, non mobiles, en paires ou en chaînes, parfois cellules allongées. Fermentent les sucres en butyrate, acétate, formate, propionate et/ou lactate. ADN : 39 à 42 mol % G+C. Trois espèces isolées des fécès et de l'intestin de l'homme, dont l'espèce type Coprococcus eutactus.

Dorea (Joël Doré, microbiologiste français)

Bâtonnets ( 0,6-1,4 microns de long), non mobiles, Gram positif, non sporulés. Anérobies stricts. Oxydase et catalase négatives. Fermentent le glucose et quelques autres sucres en éthanol, formate, acétate, H2 et CO2 avec ou sans lactate mais jamais de butyrate. Nitrate non réduit. Gélatine et amidon non hydrolysés. ADN : 40-45,6 mol % G+C. Deux espèces isolées de l’intestin humain, dont Dorea (ex-Eubacterium) formicigenerans.

Hespellia (Robert B. Hespell, microbiologiste américain)

Bâtonnets (0,5-1 x 1,5-5 microns), non mobiles, isolées, en paires ou courtes chaînes, non sporulés, Gram positif. Colonie grise, convexe, lisse, brillante et translucide. Anaérobies stricts, catalase et oxydase négatives. Utilisent les sucres qui sont fermentés en formate, acétate, lactate, propionate et hydrogène. Hydrolysent l’amidon et l’esculine mais pas la gélatine. Nitrate non réduit, indole non produit. Les acides gras à longue chaîne cellulaires sont des mélanges complexes d’acides gras et de diméthylacétals avec quelques aldéhydes. ADN : 44 mol % G+C. Deux espèces isolées de lisier de porc dont l’espèce type, Hespellia stercorisuis.

Johnsonella (J. L. Johnson, microbiologiste américain)

Bâtonnets (0,8 x 3,7-6,4 microns) isolés ou en paires, avec parfois partie centrale renflée, non mobiles, Gram négatif, anaérobies. Ne fermentent pas les sucres. Produisent de l’acétate sur milieu riche. ADN : 32 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’abcès dentaires et de périodonties, Johnsonella ignava.

Lachnobacterium

Bâtonnets longs et droits (0,6-0,75 x 2-3 microns), en chaînes ou filaments, généralement non mobiles, non sporulés, Gram positif. Anaérobies stricts. Croissance optimale à 39-42 °C. Fermentent les sucres avec production principale d’acide lactique. ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée du rumen et fécès de bovins, Lachnobacterium bovis.

Marvinbryantia = Bryantella (Marvin P. Bryant, microbiologiste américain)

Bâtonnets courts (0,7 x 1,2 microns), en paires ou courtes chaînes, non mobiles, Gram positif, non sporulés. Anaérobies stricts, oxydase et catalase négatives. Ne requièrent pas d'extrait de rumen pour la croissance. Métabolites sur glucose en présence d'une forte concentration de formate: acétate. Métabolites sur glucose en présence d'une faible concentration de formate: succinate, lactate et acétate. Cellulolytiques mais peuvent perdre cette activité après stockage prolongé à -76°C. Croissance sur sucres et cellulose en présence de formate (54 mM). ADN : 50 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fécès humains, Marvinbryantia (ex Bryantella) formatexigens.

Moryella (Francine Mory, microbiologiste française)

Bâtonnets allongés (0,5-0,6 x 0,8-1,7 microns), isolés, en paires ou occasionnellement en courtes chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram positif bien que la coloration de Gram apparaisse souvent négative. Colonie circulaire, convexe, non pigmentée, non hémolytique, de 0,5-1 mm de diamètre. Anaérobies stricts, indole positive. Pas de production d'acide sur sucres. Cellules sensibles à pénicilline G, ampicilline, amoxicilline, imipenem, céfalotine, céfoxitine, céfotaxime, latamoxef et metronidazole, modérément résistantes à tétracycline et résistantes à érythromycine, rifampicine et trimethoprim sulfamethoxazole. ADN : 50 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tractus digestif de l'homme, Moryella indoligenes.

Natranaerovirga (L. natron (dérivé de l’arabe natrun ou natron), soude, carbonate de sodium; N. natrono-, appartenant à la soude; G. an, non; G. aer, aeros, air; L. virga, bâtonnet)

Bâtonnets de longueur variable (0,35-0,60 x 2-20 microns), non mobiles, sporulés, Gram positif. Spore ellipsoïde à ronde, terminale. Anaérobies stricts avec un métabolisme fermentatif. Catalase négative. Saccharolytiques, utilisent des polymères d’acide galacturonique comme substrats tels que des polygalacturonates et pectine. Acétate et formate sont produits lors de la fermentation de l’acide galacturonique. Les lipides polaires sont le phosphatidylglycérol, le diphosphatidylglycérol et plusieurs phospho-, glyco- et aminophospholipides non identifiés. Alcaliphiles obligés et hautement tolérants au sel. Croissance optimale à pH 9,7-10 (8,0-10,6), 0,4-1,0 M NaCl (0,2-3,5 M) et un maximum de 41-45°C. ADN : 30-31 mol % G+C. Deux espèces isolées de lacs et sols sodés, dont Natranaerovirga pectinivora.

Oribacterium (L. oris, de la bouche)

Bâtonnets ovoïdes allongés (0,8-1 x 1,7-2,2 microns), isolés, en paires ou occasionnellement en courtes chaînes, mobiles par 2 à 4 flagelles latéraux, non sporulés, Gram positif bien que la coloration de Gram apparaisse souvent négative. Colonie circulaire, convexe, non pigmentée, de 1-1,5 mm de diamètre. Anaérobies stricts, faiblement fermentatifs, produisant acétate, lactate et du gaz. Indole positive. Cellules sensibles à pénicilline G, ampicilline, amoxicilline, ticarcilline, mezlocilline, imipenem, céfalotine, céfoxitine, céfotaxime, latamoxef, chloramphénicol, clindamycine et rifampicine, modérément résistantes à tétracycline et résistantes à érythromycine et trimethoprim sulfamethoxazole. ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la bouche et du tractus respiratoire supérieur, Oribacterium sinus.

Parasporobacterium

Bâtonnets dédoublés (0,3-0,5 x 1,5-2 microns), Gram négatif. Insensibles à la lyse par 0,1 g/l SDS. Anaérobies stricts déméthylant les composés aromatiques méthylés comme le syringate, le triméthoxybenzoate et le gallate. Formation de méthanethiol et diméthyl sulfure. Croissance optimale entre 0-1,8 g/l de NaCl (max. 8 g/l), pH 6,5-7 et 34-37 °C. Une seule espèce isolée de sédiment lacustre, Parasporobacterium paucivorans.

Pseudobutyrivibrio

Bâtonnets droits à incurvés (0,3-0,5 x 1-3 microns), mobiles par un flagelle polaire ou subpolaire. Gram négatif. Non sporulés. Anaérobies stricts fermentant les sucres avec production majoritaire de butyrate. Glucose fermenté en lactate, formate, butyrate et acétate. Croissance optimale à 39 °C. Temps de division : 20 min. ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée du rumen, Pseudobutyrivibrio ruminis.

Robinsoniella (Isadore M. Robinson, microbiologiste américain)

Bâtonnets ovoïdes à courts (0,4-0,8 x 1-10 microns), isolés ou en paires, sporulés avec spore subterminale non déformante, Gram positif. Peptidoglycane avec acide meso-diaminopimélique. Sucres de la paroi: galactose, glucose, rhamnose et une grande quantité de ribose. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes fermentant les sucres. Catalase et oxydase positives. Fermentent le glucose en acétate et succinate. Aucune quinone respiratoire détectée. Lipides polaires majeurs : phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, un aminophosphoglycolipide, un aminophospholipide, des glycolipides et des phospholipides. ADN : 49 mol % G+C. Une seule espèce isolée de lisier de porcs aux USA, Robinsoniella peoriensis.

Roseburia (T. Rosebury, microbiologiste américain)

Bâtonnets légèrement incurvés (0,5 x 2,5-5 microns), isolés ou en paires, très mobiles par 20 à 35 flagelles latéraux insérés sur la face concave et parfois à un pôle de la cellule. Anaérobies stricts fermentant le glucose en butyrate avec utilisation de l'acétate. Catalase absente. ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée du cecum de souris, Roseburia cecicola.

Shuttleworthia (Cyril Shuttelworth, microbiologiste anglais)

Bâtonnets courts, légèrement incurvés (0,4-0,6 x 1-2,5 microns), isolés, en paires, courtes chaînes ou amas diphthéroïdes, non sorulés, Gram positif. Colonie de 0,9 mm de diamètre, circulaire, entière, grise, convexe et colonies satellites de 0,2-0,3 mm, très convexes, blanches, opaques et luisantes. Un troisième type de colonies crème apparaît après cinq jours d’incubation. Anaérobies stricts saccharolytiques, fermentent les sucres ; les composés fermentés sont différents selon les types de colonies. Le glucose est fermenté en acétate, butyrate et lactate. Hydrolysent l’esculine et produisent de l’indole. ADN : 51 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la cavité orale de l’homme, Shuttleworthia satelles.

Sporobacterium

Bâtonnets légèrement incurvés (0,4-0,8 x 5-10 microns), péritriches, Gram positif, spore sphérique déformante. Anaérobies stricts utilisant crotonate, méthanol, 3,4,5-triméthoxybenzoate, 3,4,5-triméthoxycinnamate, syringate, 3,4,5-triméthoxyphénylacétate, 3,4,5-triméthoxyphényl-propionate, férulate, sinapate, vanillate, 3,4-diméthoxybenzoate, 2,3-diméthoxybenzoate, gallate, 2,4,6-trihydroxybenzoate, pyrogallol, phloroglucinol et quercétine. Métabolites produits : acétate, butyrate. Croissance optimale à 37-40 °C (25-45 °C), pH 7,2 (6,5-8,5) et NaCl 0-30 g/l. ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un digesteur méthanogène traitant des effluents d’huilerie d’olive, Sporobacterium olearium.


Sporobacterium olearium
Mechichi et al. (1999) Int. J. Syst. Bacteriol. 49, 1741-1748

Syntrophococcus

Coques de 1 à 1, 3 microns de diamètre, non mobiles, en courtes chaînes. Utilisent les sucres et le pyruvate comme donneurs d'électrons et le formate et divers composés aromatiques méthoxylés comme accepteurs d'électrons : caféate, férulate, syringate, triméthoxybenzoate, vanilline, vanillate. Dans tous les cas, on obtient de l'acétate avec le composé aromatique déméthoxylé. Capables de croître en syntrophie sur fructose avec une méthanogène. Une seule espèce, Syntrophococcus sucromutans.

Famille III. Peptostreptococcaceae

Peptostreptococcus

Coques (0,5-0,6 microns de diamètre) anaérobies strictes. Cellules isolées, en paires, tétrades, amas irréguliers ou chaînes. Chimio-organotrophes métabolisant les peptones et acides aminés en acétate avec souvent d'autres acides gras volatils. Une espèce fermente les sucres en acétate, formate, succinate et lactate. ADN : 27 à 45 mol % G+C. Le genre comprend treize espèces, dont l'espèce type Peptostreptococcus anaerobius. Ces organismes ont été isolés d'une grande variété de spécimens cliniques. Ils constituent une partie de la flore vaginale normale et se rencontrent dans la bouche, l'intestin et les conduits génitaux de l'homme et des animaux domestiques. D'autres espèces ont été isolées des ovins et bovins.

Filifactor (L. filum, fil, L. factor, fabricant)

Bâtonnets longs à filaments, Gram positif, formant des spores ovales subterminales. Anaérobies stricts. Produits de fermentation : acétate, butyrate, isobutyrate, formate et isovalérate. Pyruvate fermenté en butyrate. Deux espèces, dont Filifactor villosus.

Micromonas = Parvimonas


Schleiferella (K.H. Schleifer, microbiologiste allemand)

Coques (0,7-0,9 microns de diamètre), en amas, non mobiles, non sporulées, Gram positif. Le peptidoglycan contient des sous-unités peptide d’alanine-ornithine liées à des ponts interpeptide de glutamate. Les sucres cellulaires totaux comprennent arabinose/xylose, glucose, mannose, galactose et glucosamine. Anaérobies strictes. Produits majeurs de fermentation sur milieu riche : acétate, butyrate avec de plus petites quantités de propionate. Peuvent utiliser des peptones et des acides aminés comme sources d’énergie. Asaccharolytiques. Catalase et uréase négatives. ADN : 30-34 mol % G+C. Quatre espèces reclassées du genre Peptostreptococcus dont Schleiferella (ex Peptostreptococcus) asaccharolytica.

Sporacetigenium (G. spora, spore ; L. acetum, vinaigre ; G. gennao, produire)

Bâtonnets droits (0,9-1 x 3,6-7,3 microns), mobiles, sporulés, Gram positif. Peptidoglycan avec meso-DAP. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes, oxydase et catalase négatives. Fermentent quelques mono- et disaccharides. Fermentent le glucose en éthanol, acétate, H2 et CO2. Hydrolysent l’amidon et l’esculine. Neutrophiles à alcaliphiles et mésophiles. Croissance optimale à 37°C (20-42°C) et pH 6,5-7 (5-9,5). ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un digesteur traitant des ordures ménagères et eaux d’égout, Sporacetigenium mesophilum.

Tepidibacter (L. tepidus, chaud)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,7-0,9 x 3,5-6 microns), isolés ou en courtes chaînes, mobiles par une flagellation péritriche, Gram positif. Endospores rondes, réfractiles, terminales et déformantes. Anaérobies stricts, chimio-organotrophes utilisant plusieurs protéines et hydrates de carbone en présence d’extrait de levure. Fermentent le glucose en éthanol, acétate et H2. Réduisent le soufre élémentaire en sulfure. Neutrophiles et thermophiles modérés. Croissance optimale à 50°C (33-60°C), pH 6,5-6,8 (4,8-8,5) et entre 15 à 60 g/l de NaCl. ADN : 24 mol % G+C. Deux espèces isolée de sources hydrothermales profondes du Pacifique et de l'Atlantique, dont Tepidibacter thalassicus.



 

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