Taxonomie des Procaryotes
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Epsilon-Proteobactéries, Classe V des Proteobactéries, Phylum XIII du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés des Epsilon-Proteobactéries

Fonctions: fermentaires, pathogènes, sulfo-réducteurs
Morphologie:  vibrions, bâtonnets, spirilles
Croissance: aérobies, anaérobies stricts ou microaérophiles, mésophiles
Nutrition: chimio-organotrophes, lithoautotrophes
Habitat: terrestres et pathogènes

2. Taxonomie des Epsilon-Proteobacteria

Classe V. Epsilon-Proteobacteria

Ordre I. Campylobacterales

Famille I. Campylobacteraceae: Campylobacter, Arcobacter, Dehalospirillum, Sulfospirillum

Famille II. Helicobacteraceae: Helicobacter, Sulfuricurvum, Sulfurimonas, Sulfurovum, Thiovulum, Wolinella

Famille III. Hydrogenimonaceae : Hydrogenimonas

Ordre II. Nautiliales

Famille I. Nautiliaceae: Nautilia, Caminibacter, Lebetimonas, Nitratifractor, Nitratiruptor, Thioreductor

Epsilon-Proteobacteria non classées : Thiofractor

3. Description des Genres

Classe V. Epsilon-Proteobacteria

Ordre I.Campylobacterales

Famille I. Campylobacteraceae

Campylobacter (G. campylo, courbé)

Bâtonnets vibrioïdes en " S ", mobiles par un mouvement hélicoïde typique. Un seul flagelle polaire. N'oxydent ni ne fermentent les sucres. Deux groupes en fonction du test catalase. Réduisent NO3- et S° en H2S (sulfo-réducteurs facultatifs). Microaérophiles mais sensibilité à l'oxygène variable selon les espèces. Croissance anaérobie sur fumarate + formate. ADN : 29-35 mol % G+C. Dix-huit espèces décrites dont certaines sont pathogènes pour l'homme et les animaux. Campylobacter fetus, l’espèce type, entraîne l'avortement et des maladies de la reproduction chez les bovins et ovins ; chez l'homme il est associé à la septicémie, l'arthrite septique, la méningoencéphalite, la méningite, l'avortement, l'endocardie, la thrombophlébite et l'entérite aigüe. Plusieurs sérotypes et sérovars ont été décrits. Les espèces non pathogènes se rencontrent dans la cavité buccale de l'homme, la flore génitale des bovins et ovins ainsi que les fécès de mouton.


Campylobacter sp.
Extrait du site:
http://www.kcom.edu/faculty/chamberlain/Website/gallery.htm

Arcobacter

Bâtonnets (0,2-0,9 x 1-3 microns) courbes, en " S " ou hélicoïdes, mobiles par un flagelle polaire non engainé, Gram négatif. Croissance entre 15 et 37 °C en microaérophilie (3-10 % O2). Oxydase et catalase positives. Réduisent le nitrate. N’utilisent pas les sucres, mais les acides organiques et aminés. ADN : 28-31 mol % G+C. Quatre espèces isolées de la rhizosphère de plantes halophiles, de fœtus de différentes espèces d’animaux de ferme et d’autres sources cliniques. Pathogénicité inconnue. Espèce type, Arcobacter nitrofigilis.

Dehalospirillum (L. de, de; G. halos, sel)

Vibrions à spirilles (0,4-0,5 x 2-5 microns), parfois mobiles, Gram négatif. Anaérobies stricts capables d'utiliser le tetrachloroethene comme accepteur terminal d'électrons qui est déhalogéné en cis-1,2-dichloroethene, en présence d’acétate comme source de carbone et de H2 ou formate comme donneur d’électrons. D'autres accepteurs d'électrons tels que le fumarate ou le nitrate, peuvent être réduits. Utilisent une variété de doneurs d'électrons organiques ou minéraux. N’utilisent pas les sucres. Croissance optimale à 30°C et pH 7-7,5. ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce isolée de boues activées, Dehalospirillum multivorans.

Sulfurospirillum

Vibrions à spirilles (0,3-0,5 x 1-3 microns), formant des chaînes hélicoïdes. Mobiles par flagellation polaire, Gram négatif. Microaérophiles oxydant quelques acides organiques. Oxydase positive. N’utilisent pas les sucres. Fermentent le fumarate et le malate en anaérobiose. En présence d’acétate et de bicarbonate comme source de carbone, et de H2 ou formate comme donneur d’électrons, peuvent réduire des composés de l’azote et du soufre (mais pas le sulfate). Présence de cytochromes bet c. Croissance entre 20 et 36°C. ADN : 38-42 mol % G+C. Sept espèces isolées de matières organiques en décomposition dans des habitats d’eaux douces, dont Sulfurospirillum deleyianum.

Famille II.Helicobacteraceae

Helicobacter

Bâtonnets (0,3-1 x 1,5-5 microns) courbes, hélicoïdes ou droits, mobiles par un flagelle polaire ou par de multiples flagelles mono- ou bipolaires ou latéraux, Gram négatif. Formation de corps sphériques ou coccoïdes dans cultures âgées. Croissance optimale à 37°C en microaérophilie. H2 requis ou stimulant. Oxydase et catalase positives. Chimio-organotrophes n’utilisant pas les sucres, mais les acides organiques et aminés. Sensibles à l’ampicilline, rifampine et tétracycline mais résistantes à la triméthoprim. ADN : 35-44 mol % G+C. Vingt-cinq espèces isolées de la muqueuse gastrique de l’homme et des animaux, du sang et des fécès d’hommes homosexuels et de l’intestin des hamsters, dont Helicobacter pylori, responsable des ulcères de l’estomac.

Sulfuricurvum  (L. sulfur, soufre ; L. curvus, courbe)

Bâtonnets incurvés (0,4 x 1-2 microns), parfois spiralés en phase exponentielle, mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies et microaérophiles chimio-lithoautotrophes stricts. Catalase négative et oxydase positive. Oxydent les composés réduits du soufre tels que les sulfures, le soufre élémentaire ou le thiosulfate ainsi que l’hydrogène comme donneurs d’électrons, avec l’oxygène et le nitrate (réduit en nitrite) comme accepteurs d’électrons et le CO2 ou le bicarbonate comme source de carbone (autotrophes). Pas de croissance avec acides organiques ou sucres. Croissance optimale à 25°C (10-35°C), pH 7 (6-8) et avec moins de 10 g/l de NaCl. ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’eau de drainage d’une réserve souterraine de pétrole au Japon, Sulfuricurvum kujiense.

Sulfurimonas

Bâtonnets courts (0,5-1 x 1,5-2,5 microns), mais plus longs et spiralés selon les conditions de croissance, mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie blanche. Aérobies anaérobies facultatifs exigeant moins de 15% d’oxygène (optimum 5-8%), chimio-lithoautotrophes stricts. Croissance avec sulfure, soufre élémentaire ou thiosulfate comme donneurs d’électrons, et l’oxygène, le nitrate ou le nitrite comme accepteur d’électrons et le CO2 comme source de carbone. Croissance optimale à 23-26°C (5-45°C), pH 6-7,5 (4,5-9,5) et avec 40 g/l de sels de mer (16-60 g/l). ADN : 35-36 mol % G+C. Trois espèces isolées d’environnements hydrothermaux profonds ou sulfureux marins, dont une espèce reclassée du genre Thiomicrospira et l’espèce type Sulfurimonas autotrophica isolée de la fosse d’Okinawa, Japon.

Sulfurovum (L. sulfur, soufre ; L. ovum, œuf)

Cellules cocoïdes ou bâtonnets courts (0,4-0,8 x 0,5-1,2 microns), non mobiles, Gram négatif. Anaérobies facultatifs chimio-lithoautotrophes, utilisant le soufre ou le thiosulfate comme donneur d’électrons et l’oxygène (<7,5 %, opt. 5 %) ou le nitrate comme accepteur d’électrons avec le CO2 comme source de carbone. Pas de croissance sur sucres, acides organiques, alcools et hydrogène. Croissance optimale à 28-30°C (10-40°C), pH 6,5-7 (4,5-9) et 40 g/l de sels de mer (10-60 g/l). ADN : 48-49 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source hydrothermale profonde du Japon, Sulfurovum lithotrophicum.

Thiovulum (G. thium, soufre; L. ovum, oeuf)

Cellules rondes à ovoïdes de 5 à 25 microns de diamètre, contenant des inclusions de soufre orthorhombique souvent concentrées à une extrémité mais pouvant remplir la cellule, et mobiles à l'aide de flagelles péritriches par rotation autour de l'axe dans la section du déplacement. Les cellules possèdent un organelle fibrillaire ou antapical à leur extrémité postérieure qui sécrète une tige de mucus qui permet aux cellules de s'attacher aux surfaces solides. Gram négatif. Microaérophiles catalase négative. Chimio-lithotrophes oxydant les sulfures. Chimiotactisme élevé vis à vis de O2 et H2. Les cellules sont souvent groupées dans une matrice muqueuse. Une seule espèce isolée d'eaux douces ou d'environnements marins, Thiovulum majus. Pas encore isolés en culture pure.

Wolinella (M.Wolin, bactériologiste américain qui isola le premier cet organisme sous le nom de Vibrio)

Cellules hélicoïdes, incurvées ou droites (0,5-1 x 2-6 microns) aux extrémités arrondies ou effilées, mobiles par un flagelle polaire. Utilisent H2 et le formate comme donneurs d'électrons et comme sources d'énergie, et fumarate et nitrate comme accepteurs d'électrons. Le formate est oxydé en CO2 et le fumarate réduit en succinate. Les sucres ne sont pas fermentés et donc inutilisés pour la croissance. Produisent H2S, catalase négative. Réduisent nitrate et nitrite en ammonium et oxyde nitreux en azote. ADN : 42 à 48 mol % G+C. Une seule espèce isolée du rumen des bovidés et d'infections dentaires de l'homme, mais potentiel pathogène inconnu, Wolinella succinogenes.
 

Famille III. Hydrogenimonaceae

Hydrogenimonas

Bâtonnets courts (0,7-1 x 1,5-3,5 microns), très mobiles par un flagelle polaire, isolés, Gram négatif. Anaérobies ou microaérophiles (jusqu’à 2% d’oxygène). Chimio-lithoautotrophes stricts, thermophiles. Utilisent l’hydrogène moléculaire comme donneur d’électrons et l’oxygène moléculaire, le nitrate (réduit en ammonium) ou le soufre élémentaire (réduit en H2S) comme accepteurs d’électrons. Croissance stimulée par de hautes teneurs en calcium. Prototrophes. Croissance optimale à 55°C (35-65°C), pH 5,9 (4,9-7,2) et 32 g/l de NaCl (16-56 g/l). ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’émission de cheminée hydrothermale profonde de l’Océan indien, Hydrogenimonas thermophilus.

 

Ordre II. Nautiliales

Famille I.Nautiliaceae

Nautilia (le Nautile, sous-marin français océanographique de l’IFREMER)

Bâtonnets courts (0,4-0,75 x 1,1-2,0 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie blanche. Anaérobies stricts utilisant H2 ou le formate comme source d’énergie, le soufre élémentaire comme accepteur d’électrons et le CO2 comme source de carbone. N’utilisent pas les sucres, peptides, acides organiques et alcools en présence ou en l’absence de soufre élémentaire. N’utilisent pas le sulfate, thiosulfate, nitrate, fumarate et fer ferrique comme accepteurs d’électrons mais utilisent faiblement le sulfite et le soufre colloïdal. Utilisent seulement le CO2 et le formate mais pas l’acétate, le pyruvate, la méthylamine, le méthanol ou le malate comme sources de carbone. Utilisent NH4Cl, NaNO3, le glutamate, l’extrait de levure, la gélatine, la Tryptone et l’urée comme sources d’azote. Sensibles à la rifampicine, au chloramphénicol, à la vancomycine, la pénicilline et la streptomycine. Thermophiles modérés croissant entre 37 et 68°C avec un optimum à 53°C. Neutrophiles croissant entre pH 6,4 et 7,4 avec un optimum à pH 6,8-7,0. Croissent à des concentrations en NaCl comprises entre 8 et 50 g/l avec un optimum à 30 g/l. ADN : 34,7 mol % G+C. Une seule espèce, Nautilia lithotrophica, isolée de fragments du tube du ver Alvinella pompejana prélevé sur un site hydrothermal profond de la dorsale Pacifique Est.

Caminibacter (L. camini, d’une cheminée ; L. bacter, bâtonnet)

Bâtonnets (0,5 x 1-1,5 microns), mobiles par flagelles polaires, Gram négatif. Anaérobies stricts oxydant obligatoires de l’hydrogène. Chimio-lithoautotrophes à mixotrophes (croissance hétérotrophe sur extrait de levure, tryptone, peptone, infusion de cerveau/cœur et gélatine). Réduisent le soufre élémentaire et le nitrate et plus faiblement la cystine. Croissance optimale à 60°C (50-70°C), pH 5,5-6,0 (5,0-7,5) et 20-25 g/l NaCl (10-40 g/l). Temps de division de 1,5 h. ADN : 28-30 mol % G+C. Trois espèces dont Caminibacter hydrogeniphilus isolée de tubes de jeunes Alvinella pompejana sur un site hydrothermal profond du Pacifique Est.

Lebetimonas (L. lebes, chaudron)

Bâtonnets courts (0,6-0,8 x 1,5-2,5 microns), isolés, mobiles par un flagelle polaire. Gram négatif. Anaérobies stricts, chimio-lithoautotrophes stricts. Utilisent l’hydrogène moléculaire comme donneur d’électrons et le soufre élémentaire (qui est réduit en H2S) comme accepteur d’électrons. Prototrophes. Utilisent nitrate ou amonium comme source d’azote. Thermophiles et acidophiles. Croissance optimale à 50°C (30-68°C), pH 5,2 (4,2-7) et 20 g/l NaCl (6-50 g/l) qui est exigé pour la croissance. ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un système de colonisation in situ, déployé sur une cheminée hydrothermale profonde de  l’Arc des Marianes, Lebetimonas acidiphila.

Nitratifractor (L. nitratis, nitrate ; L. fractor, casseur)

Bâtonnets courts (0,6 x 2,5 microns), non mobiles, Gram négatif. Anaérobies ou microaérophiles, chimio-lithoautotrophes stricts. Utilisent l’hydrogène moléculaire comme donneur d’électrons et l’oxygène ou le nitrate (réduit en azote) comme accepteur d’électrons. Croissance optimale à 37°C (28-40°C), pH 7 (5,6-7,6) et 30 g/l de NaCl (15-35 g/l) qui est exigé pour la croissance. ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un système hydrothermal profond du Japon, Nitratifractor salsuginis.

Nitratiruptor (L. nitratis, nitrate ; L. ruptor, casseur)

Bâtonnets courts (0,8 x 2,5 microns), Gram négatif. Anaérobies ou microaérophiles, chimio-lithoautotrophes stricts. Utilisent l’hydrogène moléculaire comme donneur d’électrons et l’oxygène ou le nitrate (réduit en azote) comme accepteur d’électrons. Thermophiles. Croissance optimale à 55°C (40-57°C), pH 6,4 (5,4-6,9) et 25 g/l de NaCl (15-40 g/l) qui est exigé pour la croissance. ADN : 30 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un système hydrothermal profond du Japon, Nitratiruptor tergarcus.

Thioreductor (G. thios, soufre ; L. reductor, réducteur)

Bâtonnets courts (0,5 x 2 microns), très mobiles par un flagelle polaire. Gram négatif. Anaérobies stricts, chimio-lithoautotrophes stricts. Utilisent l’hydrogène moléculaire comme donneur d’électrons et le soufre élémentaire (qui est réduit en H2S) ou le nitrate (qui est réduit en ammonium) comme accepteurs d’électrons. Halophiles modérés. Croissance optimale à 32°C (20-42°C), pH 6 (5-6,5) et 25 g/l NaCl (20-40 g/l) qui est exigé pour la croissance. ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments hydrothermaux profonds au Japon, Thioreductor micantisoli.
 

Epsilon-Proteobacteria non classées

Thiofractor (G. thio, soufre; L. fractor, casseur)

Bâtonnets plus ou moins incurvés (0,5 x 1,4-1,6 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Anaérobies stricts, chimiolitho-autotrophes stricts, capables d’utiliser l’hydrogène moléculaire comme donneur d’électrons et le soufre élémentalire comme accepteur d’électrons. Cytochrome oxydase et catalase négatives. NaCl absoluement requis pour la croissance. Quinone respiratoire majeure MK-6. Lipides polaires : phosphatidyléthanolamine, diphosphatidylglycérol, phosphatidylsérine, phospholipide et lipides inconnus. Croissance optimale à 37°C (15-45°C), pH 6,0 ( 5,3-8,0) et 25 g/l NaCl (15-40 g/l). ADN : 35 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’une cheminée hydrothermale profonde de l’Arc nord des Marianes, Thiofractor thiocaminus.

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