Taxonomie des Procaryotes
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Desulfuromonadales et Desulfarcales, Ordes IV et V des Delta-Proteobactéries,
Classe IV des Proteobactéries, Phylum XIII du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés des Delta-Proteobactéries

Fonctions: fermentaires, saprophytes, sulfo- et sulfato-réducteurs, fixateurs d ’azote, syntrophes
Morphologie: coques, vibrions, bâtonnets, spirilles
Croissance: aérobies, anaérobies facultatifs ou stricts, mésophiles et thermophiles
Nutrition: chimio-organotrophes
Habitat: ubiquistes

2. Taxonomie des Desulfuromonadales et Desulfarcales

Classe IV. Delta-Proteobacteria

Ordre I. Desulfurellales Ordre II. Desulfovibrionales
Ordre III. Desulfobacterales

 

Ordre IV. Desulfuromonadales

Famille I. Desulfuromonadaceae: Desulfuromonas,
Desulfuromusa, Malonomonas, Pelobacter

Famille II. Geobacteraceae: Geobacter, Geoalkalibacter, Geopsychrobacter, Geothermobacter, Trichlorobacter

Ordre V. Desulfarcales

Famille I. Desulfarculaceae : Desulfarculus

Ordre VIII. Myxococcales

3. Description des genres

Classe IV. Delta-Proteobacteria

 

Ordre IV. Desulfuromonadales

Famille I. Desulfuromonadaceae

Desulfuromonas

Bâtonnets droits ou légèrement incurvés ou ovoïdes (0,4-0,9 x 1-4 microns), mobiles par un flagelle latéral ou subpolaire qui engendre un mouvement d'hélice. Ces organismes présentent un métabolisme respiratoire utilisant le soufre élémentaire comme accepteur final d'électrons et produisent H2S (réduction dissimilatrice). Cependant le malate ou le fumarate peuvent être fermentés en acétate et succinate. Les colonies sont pigmentées en rose ou couleur pêche. Organismes chimio-organotrophes oxydant complètement en CO2 l'acétate et d'autres substrats carbonés simples : éthanol, propanol, pyruvate, lactate, propionate et glutamate. Le soufre élémentaire peut être remplacé comme accepteur d'électrons par des composés contenant des liaisons poly-ou disulfures (cystine, glutathion oxydé). Cette bactérie se développe très bien en syntrophie avec des bactéries phototrophes vertes du soufre (chlorobiacées). ADN : 50 à 63 mol % G+C. Six espèces isolées de sédiments anaérobies de lacs salés, eaux saumâtres et marines ainsi que d'eaux douces, dont l'espèce type Desulfuromonas acetoxidans.


Desulfuromonas acetoxidans
Pfennig (1984) in Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1, N.R.
Krieg & J.G. Holt eds., Williams & Wilkins pubs., p. 665.

Desulfuromusa

Bâtonnets incurvés en forme de bananes (0,5-1 x 2-6 microns), mobiles par un flagelle subpolaire, Gram négatif. Colonie filamenteuse blanchâtre. Anaérobiea stricta. Réduisent le soufre élémentaire en H2S. Oxydation complète des substrats organiques comme lacétate et le propionate. Utilisent les acides gras à courtes chaînes, les acides organiques et aminés. Certaines espèces utilisent le fumarate, le malate, le nitrate, le diméthyl sulfoxyde et le citrate de fer (III) comme accepteurs délectrons et dismutent le fumarate, malate, aspartate et maléate. Croissance optimale à 25-35 °C et pH 6,5-7,9. ADN : 46-47 mol % G+C. Quatre espèces isolées de sédiments marins, dont Desulfuromusa kysingii.

Malonomonas

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,4 x 3,1-4 microns), isolés, en paires, courtes chaînes ou agrégats, mobiles par un à deux flagelles polaires, Gram négatif.  Anaérobie microaérotolérant chimioorganotrophe. Décarboxyle le malonate en acétate, fermente le fumarate et le malate en succinate et CO2. Prototrophe. Faible activité catalase et oxydase. Croissance optimale dans eau de mer à 28-30 °C (22-45 °C) et pH 7,1-7,3 (6-8,5). ADN: 47-50 mol % G+C. Une seule espèce isolée dun sédiment marin, Malonomonas rubra.

Pelobacter (G. pelos, boue)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 1,5-3,5 microns) aux extrémités arrondies, en paires ou chaînes, mobiles dans les cultures jeunes avec flagelles subpolaires ou péritriches. Métabolisme fermentaire d'un petit nombre de substrats : acide gallique, pyrogallol, acide 2,4,6-trihydroxybenzoïque, phloroglucinol, acétylène, acétoïne, éthanolamine, choline, 1,2-propanediol, glycérol, alcools. Produisent acétate, CO2 et H2 principalement. Métabolisent l'éthanol en syntrophie avec des utilisateurs anaérobies d'hydrogène (méthanogènes ou sulfato-réducteurs). ADN : 47 à 57 mol % G+C. Six espèces isolées de sédiments anaérobies, dont Pelobacter acidigallici. L'organisme " S " de l'association " Methanobacillus omelianskii " appartient à ce genre.

Famille II. Geobacteraceae

Geobacter

Bâtonnets (0,6 x 1-2 microns) non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Chimio-organotrophes anaérobies stricts oxydant lacétate avec réduction concomittante du Fe(III). Donneurs délectrons : acétate, éthanol, lactate, formate, propionate, butyrate, succinate, benzoate, toluène, H2 + citrate. Accepteurs délectrons : Fe(III), Mn(IV), fumarate, 2,6-anthraquinone disulfonate. Réduisent le soufre et U(VI) sans gain dénergie. Présence de cytochromes c. Croissance optimale à 25-35 °C, pH 6,5. Huit espèces isolées de sédiments aquifères profonds ou de sédiments destuaires, dont Geobacter metallireducens.

Geoalkalibacter

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1-5 microns), mobiles par un à trois flagelles latéraux, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts chimio-autotrophes  oxydant lacétate avec réduction concomittante du Fe(III). Donneurs délectrons : acétate, pyruvate, oxalate, éthanol, lactate, propionate, tryptone, tartrate, arginine et sérine. Accepteurs délectrons : hydroxyde amorphe de Fe(III) (--> sidérite ou magnétite), EDTA-Fe(III), Mn(IV), 2,6-anthraquinone disulfonate et soufre. Requièrent extrait de levure ou vitamines. Fixent l'azote atmosphérique. Présence de cytochromes c. Croissance optimale à 35 °C (18-39°C), pH 8,6 (7,8-10) et 0-50 g/l de NaCl. ADN: 55 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments de lacs sodés, Geoalkalibacter ferrihydriticus.

Geopsychrobacter

Bâtonnets incurvés (0,22 x 2,5 microns), isolés ou en chaïnes, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts chimio-organotrophes  oxydant lacétate ou le malate avec réduction concomittante du Fe(III), S°, Mn(IV) ou AQDS. Capables également de transférer directement les électrons à une électrode. La réduction de l'oxyde de Fe(III) faiblement cristallin entraîne la formation de magnétite. Donneurs délectrons : aspartate, glutamate, glycocole, alanine, méthionine, acétate, succinate, malate, citrate, fumarate, pyruvate, peptone, tryptone, Casamino acides, extrait de levure, acétoïne, éthanol, hydrogène, benzoate ou stéarate. Présence abondante de cytochromes c. Croissance optimale à 22°C (4-30°C). ADN: ? mol % G+C. Une seule espèce isolée de la surface d'une électrode anaérobie sur un sédiment marin riche en fuel, Geopsychrobacter electrodiphilus.

Geothermobacter

Bâtonnets (0,5 x 1,2-1,5 microns), isolés ou en chaînes, très mobiles par une flagellation monotriche subpolaire, nombreux pili, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts chimio-organotrophes  oxydant acétate, pyruvate, DL-malate, glutamate, propionate, butyrate, éthanol et méthanol avec réduction concomittante du Fe(III) ou du nitrate. La réduction de l'oxyde de Fe(III) faiblement cristallin entraîne l'accumulation extracellulaire d'une gaîne ultrafine de magnétite. Le nitrate est réduit en ammoniaque. Présence abondante de cytochromes c donnant une coloration rose aux cultures. Les cellules secrètent également une épaisse couche d'une matice d'EPS en conditions défavorables. Croissance optimale à 55°C (35-65°C), pH 6 (5-7,75) et 19 g/l NaCl (5-50 g/l). ADN: 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un site hydrothermal marin en Oregon, Geothermobacter ehrlichii.

Trichlorobacter

Bâtonnets courts incurvés, non mobiles, Gram négatif. Anaérobies stricts oxydant lacétate et lacétoïne en réduisant le trichloroacétate en dichloroacétate et chlorure. Réduisent également le soufre et le fumarate. Pas de croissance en milieu complexe et solide. Prototrophes. Temps de division, 6 h. Une seule espèce isolée du sol, Trichlorobacter thiogenes.

 

Ordre V. Desulfarcales

Famille I. Desulfarculaceae

Desulfarculus

Vibrions, sigmoides, spirilles (0,5-0,7 x 1,5-4 microns), un flagelle polaire, Gram négatif. Accepteurs d'électrons: sulfate, sulfite, thiosulfate. Substrats utilisés: formate, acétate, propionate, butyrate, isobutyrate 2-méthylbutyrate, 3-méthylbutyrate, AGLC --> C18. Oxydation complète. Présence de cytochrome b et c. Prototrophe. Croissance optimale à 35-39 °C (max.: 43 °C) et pH 7,8 (6,5-8,2). ADN: 66 mol % G+C. Une seule espèce, Desulfoarculus baarsii.

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