Taxonomie des Procaryotes
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Groupes trophiques spéciaux

Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
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Synonymes
         

Desulfobacterales, Ordre III des Delta-Proteobactéries,
Classe IV des Proteobactéries, Phylum XIII du Domaine Bacteria

  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés des Delta-Proteobactéries

Fonctions: fermentaires, saprophytes, sulfo- et sulfato-réducteurs, fixateurs d ’azote, syntrophes
Morphologie: coques, vibrions, bâtonnets, spirilles
Croissance: aérobies, anaérobies facultatifs ou stricts, mésophiles et thermophiles
Nutrition: chimio-organotrophes
Habitat: ubiquistes

2. Taxonomie des Desulfobacterales

Classe IV. Delta-Proteobacteria

Ordre I. Desulfurellales Ordre II. Desulfovibrionales

 

Ordre III. Desulfobacterales

FamilleI. Desulfobacteraceae : Desulfobacter, Desulfatibacillum, Desulfatiferula, Desulfatirhabdium, Desulfobacterium, Desulfobacula, Desulfobotulus, Desulfocella, Desulfococcus, Desulfofaba, Desulfofrigus, Desulfoluna, Desulfomusa, Desulfonema, Desulforegula, Desulfosalsimonas, Desulfosarcina, Desulfospira, Desulfotignum

Famille II. Desulfobulbaceae: Desulfobulbus, Desulfocapsa, Desulfofustis, Desulfopila, Desulforhopalus, Desulfotalea, Desulfurivibrio

Famille III. Nitrospinaceae: Nitrospina

 

Ordre IV. Desulfuromonadales Ordre V. Desulfarcales
Ordre VI. Syntrophobacterales Ordre VII. Bdellovibrionales
Ordre VIII. Myxococcales

 

3. Description des genres

Classe IV. Delta-Proteobacteria

Ordre III. Desulfobacterales

Famille I. Desulfobacteraceae

Desulfobacter

Cellules en bâtonnet ou ellipsoïdes ou vibrioïdes (0,5-2,5 x 1,7-8 microns) aux extrémités arrondies, isolées, en paires ou en amas. Non mobiles ou mobiles avec un flagelle polaire. Exigent des vitamines pour la croissance ainsi que NaCl 5 g/l et MgCl2 1 g/l. Croissance optimale à 28-34 °C (0-38 °C), pH 6,2-7,4 (5,3-8,1) et NaCl 10-20 g/l (5-130 g/l). Accepteurs d'électrons : sulfate, sulfite, thiosulfate. Oxydent complètement l'acétate et d'autres composés carbonés simples (lactate, pyruvate, éthanol) et faiblement H2 + acétate. Lithotrophes et diazotrophes pour certaines espèces. Les cellules comportent des cytochromes de type b et c mais pas de désulfoviridine remplacée par la désulforubidine. ADN : 44 à 49 mol % G+C. Le genre comporte six espèces isolées de sédiments anaérobies d’eaux douces, saumâtres ou marines et dans les puits de pétrole de la mer du Nord, dont l'espèce type Desulfobacter postgatei (Postgate, microbiologiste anglais).


Desulfobacter postgatei
Widdel & Pfennig (1984) in Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1, N.R. Krieg & J.G. Holt eds., Williams & Wilkins pubs., p. 675.

Desulfatibacillum  (L. de, de ; L. sulfur, soufre ; L. bacillum, bâtonnet)

Bâtonnets légèrement incurvés (0,6 x 2,2-5,5 microns), non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts réduisant le sulfate. Oxydent complètement leurs substrats tels que le pyruvate, l’acétate, le propionate, le n-butyrate, le butanol, les acides gras (C4-C18), les acides dicarboxyliques en C4, les alcanes (C13-C18) et les alcènes (C7-C23). Réduisent sulfate, sulfite et thiosulfate en H2S. Croissance autotrophe sur H2 + CO2. Prototrophes. Désulfoviridine absente. Croissance optimale à 28-35°C (15-40°C), pH 7,5 (6,6-7,8) et 24 g/l de NaCl (6-45 g/l). ADN : 41 mol % G+C. Deux espèces isolées d’un sédiment marin pollué par un écoulement d’une raffinerie de pétrole, dont Desulfatibacillum aliphaticivorans.

Desulfatiferula (L. sulfatis, sulfate; L. ferula, petit bâtonnet)

Bâtonnets légèrement incurvés à vibrioïdes (0,45 x 0,8-5 microns), mobiles par flagelles polaires, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts réduisant le sulfate. Oxydent incomplètement leurs substrats tels que les acides gras (C14-C24) et les alcènes (C14-C23). Ne réduisent que le sulfate en H2S. Auxotrophes exigeant des vitamines. Désulfoviridine absente. Croissance optimale à 30-36°C (16-38°C), pH 7,5 (6,6-8,3), 6-10 g/l de NaCl (0-50 g/l) et au moins 0,5 g/l de MgCl2.6H2O. ADN : 46 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment de l'Etang de Berre pollué par un écoulement d’une raffinerie de pétrole, Desulfatiferula olefinivorans.

Desulfatirhabdium (G. rhabdium, petit bâtonnet)

Cellules ovales à bâtonnets (1-1,3 x 2,6-3,5 microns), non sporulées, Gram négatif. Anaérobies stricts. Accepteurs d'électrons : sulfate, thiosulfate. Substrats utilisés : H2/acétate, formate, acétate, butyrate, propionate, éthanol, propanol, butanol, 2,3-butandiol, pyruvate, fumarate, succinate, crotonate, phénol, catechol, benzoate, 4-OH benzoate, palmitate et stéarate. Oxydation complète. Fermentation du pyruvate et du crotonate. Croissance optimale à 28-30°C (15-37°C), pH 7 (6,5-8) et NaCl 5 g/l (0-15 g/l). ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un disgesteur UASB opérant sur butyrate, Desulfatirhabdium butyrativorans.

Desulfobacterium

Bâtonnets ovoïdes (0,7-2 x 1,5-3 microns) non mobiles ou mobiles par un flagelle polaire. Gram négatif. Certaines espèces exigent des vitamines pour leur croissance. Accepteurs d'électrons possibles : sulfate, sulfite, thiosulfate, dithionite, nitrate. Thiosulfate dismuté en sulfate et sulfure sans croissance. Ces organismes oxydent complètement formate, acétate, propionate, alcools, pyruvate, malate, fumarate, succinate, acides gras à longue chaîne (--> C18) et certains composés aromatiques comme l'indole, le phénol, le p-crésol
et le benzoate suivant les espèces. Une espèce autotrophe sur H2 + CO2. Fermentation du lactate, pyruvate, fumarate, malate.
Présence de cytochromes de type b et c mais pas de désulfoviridine. Croissance optimale à 25-35 °C, pH 6,7-7,5, NaCl 14 g/l et MgCl2 2 g/l. ADN : 41 à 58 mol % G+C. Le genre comporte neuf espèces isolées de sédiments anoxiques marins, saumâtres ou d’eaux douces, des eaux usées et des dépôts pétrolifères, dont Desulfobacterium indolicum.

Desulfobacula

Cellules incurvées, ovales à coccoïdes (1-1,5 x 1,2-3 microns), taille variable suivant le substrat, un flagelle polaire, présence d’une capsule, Gram négatif. Accepteurs d'électrons : sulfate, thiosulfate. Substrats utilisés : formate, acétate, butyrate, éthanol, propanol, butanol, pyruvate, malate, fumarate, maléinate, succinate, glutarate, cyclohexane-carboxylate, toluène, phénol, p-crésol, benzoate, phénylacétate, 2-OH benzoate, 4-OH benzoate, 4-OH phénylacétate, 2-aminobenzoate, indole, phénylalanine. Oxydation complète. Parfois prototrophse. La croissance requiert NaCl (20 g/l), MgCl2.6H2O (3 g/l), dithionite (100mM) ; elle est stimulée par le jus de fumier ou les boues de station d’épuration et inhibée par le soufre. Croissance optimale à 28 °C, pH 7-7,1, NaCl 20 g/l et MgCl2
1,5 g/l. ADN : 41-42 mol % G+C. Deux espèces isolées de sédiments marins, dont Desulfobacula toluolica.

Desulfobotulus

Vibrions, sigmoides, spirilles (1,5 x 3,5-5,5 microns), un flagelle polaire. Substrats utilisés: lactate, pyruvate, butyrate, acides gras à longue chaîne --> C18. Accepteurs d'électrons : sulfate, sulfite. Oxydation incomplète en acétate et propionate. Croissance sur pyruvate sans sulfate. Prototrophes. Présence de cytochromes b et c. Croissance optimale à 34 °C (15-38 °C), pH 7,7 (6,5-9,3). ADN : 53 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments d’eaux douces, Desulfobotulus sapovorans.

Desulfocella

Vibrions (0,5-0,7 x 2-4 microns) mobiles par un flagelle polaire, appendices polaires filamenteux, non sporulés, Gram négatif. Accepteur d'électrons : sulfate. Donneurs d'électrons : butyrate, valérate, caproate, heptanoate, octanoate, pélargonate, décanoate, laurate, myristate, palmitate, 2-méthylbutyrate, pyruvate, L-alanine. Oxydation incomplète. Prototrophes. Croissance stimulée par l’extrait de levure (0,25-2 g/l). Absence de désulfoviridine. Croissance optimale à 34 °C (14-37 °C), pH 6,5-7,3 (5,8-7,6), NaCl 40-50 g/l (20-190 g/l) et MgCl2 0,2-10 g/l (< 60 g/l). Temps de division : 20 h. ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment de lac salé, Desulfocella halophila.

Desulfococcus

Cellules sphériques (1,5-2,2 microns de diamètre) ou citriformes (1,4 x 2,3 microns), isolées ou en paires, généralement non mobiles, présentant des granules de PHB intracytoplasmiques. Présence d’une capsule épaisse. Gram négatif. Exigent des vitamines pour la croissance. Chimio-organotrophes oxydant complètement les acides gras volatils et à longue chaîne (--> C16), le lactate, le pyruvate, les alcools, le benzoate et les composés aromatiques voisins lors de la réduction du sulfate ou d’autres composés oxygénés du soufre, en H2S. En l'absence d'accepteur d'électrons, le lactate ou le pyruvate sont fermentés en acétate et propionate. Les cellules renferment des cytochromes de type b et c et la désulfoviridine. Croissance optimale à 35 °C (15-37 °C), pH 7,3 (6,8-7,8), NaCl 7-20 g/l et MgCl2 1-3 g/l. ADN : 57 mol % G+C. Deux espèces isolées de sédiments anoxiques d'eaux douces, saumâtres ou marines ainsi que dans les digesteurs anaérobies, dont l’espèce type Desulfococcus multivorans. D. niacini, monotriche, utilise H2+ CO2 et le nicotinate.


Desulfococcus multivorans
Widdel & Pfennig  (1984) in Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1, N.R. Krieg & J.G. Holt eds., Williams & Wilkins pubs., p. 674.

Desulfofaba

Bâtonnets à extrémités arrondies, légèrement incurvés, en forme de cacahuète (3,1 x 5,4-6,2 microns), mobiles, souvent en amas denses, Gram négatif. Accepteurs d'électrons : sulfate, thiosulfate, sulfite. Donneurs d'électrons : formate, propionate, butyrate, lactate, pyruvate, malate, succinate, fumarate, éthanol, propanol, butanol, glycérol, glycine, alanine. Oxydation incomplète, fermentent pyruvate, fumarate. Prototrophes. Absence de désulfoviridine, présence de ménaquinone MK-8. Ne dismutent pas le thiosulfate ni le soufre élémentaire. Halophiles. Croissance optimale à 7 °C (-1,8-10 °C), pH 7,1-7,6, NaCl 14-25 g/l et MgCl2 0,15-25 g/l. Temps de division : 144 h. ADN : 53 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins froids, Desulfofaba gelida.

Desulfofrigus

Bâtonnets à extrémités arrondies, légèrement incurvés (0,8 x 3,2-6,1 microns), mobiles, isolés ou en amas, Gram négatif. Accepteurs d'électrons : sulfate, sulfite, thiosulfate, citrate de fer (III). Donneurs d'électrons : formate, H2 + CO2 + acétate, acétate, butyrate, valérate, caproate, caprate, palmitate, lactate, pyruvate, fumarate, malate, éthanol, propanol, butanol, glycérol, glycine, alanine, sérine. Oxydation incomplète à complète. Fermentent lactate, pyruvate, malate. Prototrophes. Absence de désulfoviridine, présence de ménaquinone MK-9. Ne dismutent pas le thiosulfate ni le soufre élémentaire. Halophiles. Croissance optimale à 10-18 °C (-1,8-27 °C), pH 7,0-7,5, NaCl 10-25 g/l et MgCl2 0,03-20 g/l. Temps de division, 19-169 h. ADN : 52-53 mol % G+C. Deux espèces isolées de sédiments marins froids, dont Desulfofrigus oceanense.

Desulfoluna (L. luna, croissant de lune)

Bâtonnets à extrémités arrondies, légèrement incurvés (0,8-0,9 x 1,6-3,4 microns), mobiles par un seul flagelle polaire, Gram négatif. Colonie grisâtre, mince, étalée.
Accepteurs d'électrons sulfate, sulfite et thiosulfate. Donneurs d'électrons formate, butyrate, lactate, pyruvate, malate, éthanol, propanol, butanol, glycérol et H2. Oxydation incomplète en acétate. Fermentent pyruvate (en acétate et butyrate) et malate. Absence de désulfoviridine, présence de ménaquinone MK-8(H4). Catalase et oxydase négatives. Croissance optimale à 30°C (10-35°C), pH 6,3 (5,6-8,5), NaCl 20 g/l (10-65 g/l) et MgCl2.6H2O 3-20 g/l. ADN: 62 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins du Japon, Desulfoluna butyratoxydans.

Desulfomusa

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (2-3 x 3-6 microns), un flagelle polaire. Gram négatif. Présence d’inclusions sphériques (0,1-0,2 microns de diamètre). CaCl2 (10 mM) et MgCl2 (50 mM) requis pour la croissance. Substrats utilisés : propionate, alanine, éthanol, butanol, pyruvate, succinate, fumarate. Accepteurs d'électrons : sulfate, sulfite, soufre. Oxydation incomplète en acétate et CO2. Pas de métabolisme fermentaire. Présence de catalase. Fixent l’azote. Croissance optimale à 20 °C et pH 7,2-7,4. ADN : 53 mol % G+C. Une seule espèce, Desulfomusa hansenii, isolée de racines de l’algue marine Zostera marina.

Desulfonema

Filaments multicellulaires pouvant atteindre 1 mm de long, avec septa visibles. Présence de granules de PHB. Les filaments sont attachés à la surface et se meuvent par glissement avec rotation simultanée possible. La coloration de Gram peut être positive bien que la structure de la paroi soit de type Gram négatif. La membrane externe a une structure ondulée. Chimio-organotrophes ou chimiolithotrophes, anaérobies stricts. Réduisent le sulfate et d'autres composés oxygénés du soufre en H2S. Les acides gras et d'autres acides organiques sont utilisés comme donneurs d'électrons et sources de carbone ; l'oxydation est complète et donne du CO2. Les vitamines sont exigées pour la croissance de même que le NaCl pour les souches marines. Présence de désulfoviridine. Croissance optimale à 30-32 °C (15-37 °C), pH 7-7,6 (6,5-8,8), NaCl 12-20 g/l, MgCl2 2-5 g/l et CaCl2 0,2-1 g/l. Temps de division, 14-30 h. ADN : 34 à 55 mol % G+C. Trois espèces isolées de sédiments anaérobies riches en sulfate et matière organique, dont l'espèce type
Desulfonema limicola.


Desulfonema limicola
Widdel et al. (1983) Arch. Microbiol. 134, 286-294.

Desulforegula

Bâtonnets (1-1,3 x 2,6-3 microns) mobiles, Gram négatif. Accepteur d'électrons : sulfate. Donneurs d'électrons : acides gras de C4 à C17. Oxydation incomplète. Présence de désulfoviridine. Croissance optimale à 25-30 °C (max 32 °C) et NaCl 1 g/l. Une espèce isolée de sédiments marins froids et de sédiments lacustres, Desulforegula conservatrix.

Desulfosalsimonas (L. de, de; L. sulfur, soufre; L. salsus, salé; L. monas, unité)

Bâtonnets (0,8-1,0 x 2-4 microns), parfois en filaments, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts chimio-hétérotrophes sulfato-réducteurs, utilisant sulfate, thiosulfate ou sulfite comme accepteurs d’électrons. Les donneurs d’électrons sont les acides carboxyliques à courte chaîne, les alcools primaires en C2-C4 et H2. Utilisent propionate, pyruvate, lactate, butyrate, iso-butyrate, fumarate, éthanol, 1-propanol,1-butanol, extrait de levure et H2/acétate. Oxydent complètement le lactate et le propionate et incomplètement l’éthanol et le propanol. N’utilisent pas l’acétate. L’extrait de levure est requis pour la croissance. Mésophiles, neutrophiles et halophiles. Croissance optimale à 40°C (15-40°C), pH 6,0-8,3 et 60 g/l NaCl (jusqu’à 200 g/l). ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments du Grand Lac salé d’Utah, USA,
Desulfosalsimonas propionicica.

Desulfosarcina

Cellules irrégulières en amas typiques de sarcines qui sédimentent en milieu liquide. Cellules isolées, coccoïdes à ellipsoïdes (1-1,5 x 1,5-2,5 microns), renfermant des granules de PHB. Habituellement non mobiles mais formes monotriches polaires possibles. NaCl (10 g/l) et MgCl2 (2 g/l) exigés pour la croissance. Organismes chimio-organotrophes ou chimio-autotrophes oxydant complètement formate, acétate, propionate, butyrate, acides gras à longue chaîne carbonée (--> C14), acides organiques, alcools, benzoate et composés aromatiques similaires. Croissance autotrophe sur H2 + CO2. En l'absence d'accepteur d'électrons, le lactate ou le pyruvate sont fermentés en acétate et propionate. Croissance optimale à 33 °C (15-38 °C), pH 7,4 (6,7-9), NaCl 10 g/l et MgCl2 2 g/l. Les cellules renferment des cytochromes de type b et c mais pas de désulfoviridine. ADN : 51 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments anaérobies d’eaux saumâtres et marines, Desulfosarcina variabilis.


Desulfosarcina variabilis
Widdel & Pfennig (1984) in Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1,
N.R. Krieg & J.G. Holt eds., Williams & Wilkins pubs., p. 678.

Desulfospira

Bâtonnets incurvés (0,7-0,8 x 1-2 microns) non mobiles, isolés, en paires ou en chaînes, Gram négatif. Accepteurs d'électrons : sulfate, sulfite, thiosulfate, soufre. Donneurs d'électrons : formate + CO2, H2+ acétate, butyrate, caprylate, laurinate, myristinate, crotonate, a-cétoglutarate, glutarate, 3-oxoglutarate, fumarate, maléate, succinate, oxalacétate, pyruvate, lactate, glycolate, glycérol, choline, bétaine, proline, extrait de levure. Oxydation complète. Absence de désulfoviridine, présence de cytochrome c et catalase. Croissance optimale à 26-30 °C (8-30 °C), pH 7,4-7,6 (6,5-7,9), NaCl 12-20 g/l (6-40 g/l) et MgCl2 1-3 g/l (1-21 g/l). ADN : 50 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins, Desulfospira joergensenii.

Desulfotignum

Bâtonnets courts (0,5-0,7 x 1,5-3,0 microns), mobiles, isolés ou en paires, Gram négatif, non sporulés. Accepteurs d'électrons : sulfate, thiosulfate, sulfite. Soufre, nitrate et nitrite non réduits. Donneurs d'électrons : H2 + CO2, formate, acétate, butyrate, crotonate, acides gras --> C18, lactate, pyruvate, malate, fumarate, succinate, maléinate, benzoate, 4-hydroxybenzoate, phénol, phénylalanine, phénylacétate. Oxydation complète mais l’acétate s’accumule aux hautes concentrations en substrats. Fermentent faiblement le pyruvate. Auxotrophes nécessitant des vitamines pour la croissance. Halophiles. Croissance optimale à 28-32 °C (10-42 °C), pH 7,3 (6,5-8,2) et NaCl 10-25 g/l (5-110 g/l). ADN : 62 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins côtiers de la mer Baltique, Desulfotignum balticum.

Famille II. Desulfobulbaceae

Desulfobulbus

Cellules ellipsoïdes (1-1,3 x 1,5-2 microns), souvent en forme de citron ou d'oignon, aux extrémités pointues, isolées, en paires ou en chaînes, mobiles par un flagelle polaire. Gram négatif, inclusions polysaccharidiques. Les vitamines sont exigées pour la croissance. Chimio-organotrophes oxydant incomplètement le propionate, le lactate, le pyruvate, l'éthanol, le propanol et H2 + CO2 (+ acétate) en acétate. Accepteurs d'électrons : sulfate, sulfite, thiosulfate. En l'absence de sulfate ou d’autres composés oxygénés du soufre comme accepteur final d'électrons, ces organismes font fermenter le pyruvate, le lactate, le malate ou le fumarate en propionate et acétate. Le nitrate est réduit en ammonique. La croissance sur hydrogène exige de l'acétate comme source de carbone, en présence de bicarbonate. La sulfite réductase est la désulforubidine. Présence de cytochromes de type b et c. Croissance optimale à 29-39 °C (10-43 °C), pH 7-7,2 (6,0-8,6) et NaCl 0-20 g/l. Temps de division, 10-12 h. ADN : 51-60 mol % G+C. Le genre renferme quatre espèces isolées de sédiments anaérobies d'eaux douces, saumâtres ou marines mais également du rumen, d’eaux usées, de digesteurs et de puits de pétrole, dont Desulfobulbus propionicus.


Desulfobulbus propionicus
Widdel & Pfennig  (1984) in Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1,
N.R. Krieg & J.G. Holt eds., Williams & Wilkins pubs., p. 677.

Desulfocapsa

Bâtonnets, extrémités légèrement pointues (0,5-0,9 x 2-4 microns), mobiles par un flagelle subpolaire, non sporulés, Gram négatif. Accepteur d'électrons : sulfate. Donneurs d'électrons :éthanol, propanol, butanol. Oxydation incomplète en acétate, propionate et butyrate (respectivement). Croissance inhibée par 15 g/l NaCl. Autotrophes. Dismutation du soufre (+ Fe3+), thiosulfate et sulfite en sulfure + sulfate. Inhibition par 5 mM molybdate. La croissance requiert NaCl 1,5 g/l + MgCl2 0,2 g/l. Prototrophes. Absence de désulfoviridine, présence de cytochrome c. Croissance optimale à 30 °C (4-35 °C), pH 6,7-7,5 (6-8,2). Temps de division, 9-24 h. ADN : 47-51 mol % G+C. Deux espèces isolées d’un sédiment marin oxydé de surface et d’un sédiment lacustre, dont Desulfocapsa thiozymogenes.

Desulfofustis

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,5 x 2-4,5 microns), un flagelle subterminal, isolés, Gram négatif. Accepteurs d'électrons : sulfate, sulfite, soufre. Donneurs d'électrons : glycolate, glyoxylate, lactate, malate, fumarate, succinate, extrait de levure, H2 + CO2 + acétate. Oxydation incomplète en acétate. Présence de ménaquinone-5 (H2), désulforubidine, cytochromes b, c. Croissance optimale à 28 °C (15-37 °C), pH 7,3 (6,7-8,3), NaCl 20 g/l et MgCl2 1,5 g/l. ADN : 56 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins anoxiques, Desulfofustis glycolicus.

Desulfopila (L. pila, pilier)

Bâtonnets droits à extrémités arrondies (0,7-1,2 x 1,9-3,8 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie grisâtre, fine et étendue. Anaérobies stricts, catalase et oxydase négatives. Accepteurs d'électrons : sulfate, sulfite, thiosulfate et fumarate. Donneurs d'électrons : pyruvate, lactate, fumarate, éthanol, propanol, butanol et glycérol. Oxydation incomplète en acétate ou propionate + succinate sur fumarate. Fermentent pyruvate et fumarate. Croissance optimale à 35 °C (10-40 °C), pH 7,5 (6,3-8,5) et NaCl 10 g/l (0-50 g/l). ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins au Japon, Desulfopila aestuarii.

Desulforhopalus

Bâtonnets, extrémités arrondies (0,9-1,8 x 1,7-5 microns), isolés ou en chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram négatif, pas de vacuoles de gaz. Accepteurs d'électrons : sulfate, sulfite, thiosulfate, nitrate. Donneurs d'électrons : H2+ acétate, formate, lactate, pyruvate, fumarate, succinate, butyrate, propionate, éthanol, propanol, butanol, Casamino acides et plus lentement propionate, isobutyrate, caproate. Oxydation incomplète en acétate. Fermentation : lactate, pyruvate et 2- aminoéthanesulfonate (taurine)(--> ammoniaque, acétate, H2S). Pas de dismutation du thiosulfate ou du soufre. La croissance requiert NaCl 5 g/l et MgCl2,6H2O 1 g/l. Facteurs de croissance : pyridoxamine, nicotinate, 4-aminobenzoate. Absence de désulfoviridine. Croissance optimale à 18-31°C (0-35 °C), pH 6,8-7,4 (5,7-8,2) et NaCl 20 g/l (5-50 g/l). Temps de division, 22 h. ADN : 48-51 mol % G+C. Deux espèces isolées de sédiments marins, dont Desulforhopalus vacuolatus.
 
 


Desulforhopalus singaporensis
Lie et al. (1999) Appl. Environ. Microbiol. 65, 3328-3334.

Desulfotalea

Bâtonnets à extrémités arrondies (0,7 x 1,6-2,7 microns), mobiles, isolés ou en amas de plusieurs centaines de cellules, Gram négatif. Accepteurs d'électrons : sulfate, citrate de fer (III). Donneurs d'électrons : formate, lactate, pyruvate, éthanol, glycérol, sérine, H2 + CO2 + acétate. Oxydation incomplète. Fermentent le pyruvate. Prototrophes. Absence de désulfoviridine, présence de ménaquinone MK-6. Ne dismutent pas le thiosulfate ni le soufre élémentaire. Halophiles. Croissance optimale à 18 °C (-1,8-26 °C), pH 7,2-7,9, NaCl 19-25 g/l et MgCl2 3-14 g/l. Temps de division, 33 h. ADN : 42 mol % G+C. Deux espèces isolées de sédiments marins froids, dont Desulfotalea psychrophila.

Desulfurivibrio

Vibrions (0,4-0,5 x 1,5-2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts. Accepteur d'électrons : composés soufrés sauf le sulfate.Donneurs d'électrons : acides gras à courte chaîne et H2. Autotrophes facultatifs avec H2 comme donneur d'électrons. Réduisent le nitrate en ammonium. Alcaliphiles obligés et halotolérants modérés. Croissance optimale à 42°C, pH 9,5 (8,5-10,3) et NaCl 30-60 g/l (10-150 g/l). ADN : 40-41 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments d'un lac salé d'Egypte, Desulfurivibrio alkaliphilus.

Famille III.  Nitrospinaceae

Nitrospina

Bâtonnets longs et fins (0,3-0,4 x 2,6-6,5 microns) non mobiles. Pas de cytomembranes caractéristiques mais parfois des invaginations de la membrane cytoplasmique sont présentes. Le cytoplasme contient souvent de nombreux dépôts de glycogène. ADN : 58 mol % G+C. Une seule espèce marine connue, Nitrospina gracilis.


Nitrospina gracilis
Watson et al. (1989) in Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, Vol. 3,
J.T. Staley et al. eds, Williams & Wilkins pub., p. 1815.

 

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