Taxonomie des Procaryotes
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Oceanospirillales et Pseudomonadales, Ordres VIII et IX des Gamma-Proteobactéries,
Classe III des Proteobactéries, Phylum XIII du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés des Gamma-Proteobactéries

Fonctions: fermentaires, saprophytes, nitrifiants, dénitrifiants, méthylotrophes, fixateurs d ’azote, pathogènes
Morphologie: coques, bâtonnets, spirilles
Croissance: aérobies, anaérobies facultatives ou stricts, mésophiles
Nutrition: chimio-organotrophes, lithoautotrophes, photosynthétiques
Habitat: ubiquistes, pathogènes

2. Taxonomie des Oceanospirillales et des Pseudomonadales

Classe III. Gamma-proteobacteria

Ordre I. Chromatiales Ordre II. Acidithiobacillales Ordre III. Xanthomonadales
Ordre IV. Cardiobacteriales
Ordre V. Thiotrichales Ordre VI. Legionellales
Ordre VII. Methylococcales

 

Ordre VIII. Oceanospirillales

Famille I. Oceanospirillaceae: Oceanospirillum, Amphritea, Balneatrix, Bermanella, Marinomonas, Marinospirillum, Neptuniibacter, Neptunomonas, Nitrincola, Oceaniserpentilla, Oceanobacter, Oleibacter, Oleispira, Pseudospirillum, Reinekea, Thalassolituus

Famille II. Halomonadaceae: Halomonas, Aidingimonas, Carnimonas, Chromohalobacter, Cobetia, Deleya, Halotalea, Halovibrio, Kushneria, Modicisalibacter, Salinicola, Volcaniella, Zymobacter

Famille III. Hahellaceae : Hahella, Endozoicomonas, Halospina, Kistimonas, Zooshikella

Famille IV. Alcanivoracaceae : Alcanivorax, Fundibacter, Kangiella

Famille V. Oleiphilaceae : Oleiphilus

Famille VI. Saccharospirillaceae : Saccharospirillum

Famille VII. Litoricolaceae : Litoricola

Oceanospirillales non classées : Salicola, Spongiispira

Ordre IX. Pseudomonadales

Famille I. Pseudomonadaceae: Pseudomonas, Azomonas, Azomonotrichon, Azorhizophilus, Azotobacter, Cellvibrio, Chryseomonas, Flavimonas, Melitea, Mesophilobacter, Rhizobacter, Rugamonas, Serpens

Famille II. Moraxellaceae: Moraxella, Acinetobacter, Alkanindiges, Branhamella, Enhydrobacter, Paraperlucidibaca, Perlucidibaca, Psychrobacter

Pseudomonadales non classées : Dasania

 

Ordre X. Alteromonadales Ordre XI. Vibrionales Ordre XII. Aeromonadales
Ordre XIII. Enterobacteriales
Ordre XIV. Pasteurellales Ordre XV. Salinisphaerales

 

 

3. Description des Genres

Classe III. Gamma-Proteobacteria

Ordre VIII. Oceanospirillales

FamilleI.Oceanospirillaceae

Oceanospirillum (L. oceanus, océan)

Spirilles d'eau salée (0,3 à 1,2 microns de diamètre), un flagelle bipolaire. Formes coccoïdes prédominantes dans les cultures âgées (4 semaines) ; germent en 16 h en milieu neuf. N'utilisent pas les sucres, ne dissimilent pas le nitrate. ADN : 42-48 mol % G+C. Huit espèces connues, dont Oceanospirillum linum.

Amphritea (Amphrite, une nymphe de l'océan dans la mythologie grèque)

Bâtonnets (0,5 x 0,5-2 microns), mobiles par un seul flagelle polaire, Gram négatif. Cellules coccoïdes dans cultures âgées. PHB accumulé. Colonie circulaire, entière, beige. Aérobies stricts. Oxydase et catalase positives. Oxydent divers sucres et acides carboxyliques. Croissance optimale à 31-34°C (<4-40°C), pH 8 (4,6-9,5) et NaCl 30 g/l (3-90 g/l). ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce isolée à 3 000 m de profondeur sur la dorsale atlantique, Amphritea atlantica.

Balneatrix (L. bain)

Bâtonnets droits à incurvés (0,5-0,7 x 2,8-5 microns), mobiles par un seul flagelle polaire. Aérobies stricts. Oxydase positive. Croissance entre 20 et 46 °C et NaCl 0-5 g/l. Croissance inhibée par NaCl 10 g/l. Prototrophes. Nitrate réduit en nitrite. Produisent de l’acide sur les sucres. ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce, Balneathrix alpica.

Bermanella (Tom Berman, microbiologiste américain)

Spirilles fins (0,3-0,6 x 1,8-4,5 microns), mobiles, non sporulés, Gram négatif. PHB accumulé. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent uniquement des acides organiques. Nitrate non réduit. Lipides polaires: diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, un phosphoaminolipide et un glycolipide. Halophiles stricts. Croissance à 15-42°C et 10-120 g/l NaCl. ADN : 44 mol % G+C. Une seule espèce, Bermanella marisrubri, isolée d’eau de surface de la Mer Rouge.

Marinomonas

Bâtonnets mobiles par un seul flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies stricts, oxydase négative. Utilisent sucres et acide organiques. Produisent des mélanines. Réduisent le nitrate en nitrite. ADN : 45-47 mol % G+C. Une seule espèce, Marinomonas mediterranea.

Marinospirillum

Spirilles (0,8-1,2 x 5-15 mm) mobiles, formant des cellules coccoïdes (2-2,5 microns de diamètre), Gram négatif, accumulent du PHB. Aérobies ou microaérophiles, chimiohétérotrophes. Oxydase positive, catalase variable. Croissance optimale à 20-25 °C (4-25 °C), pH 8 (7,5-9) et NaCl 30 g/l (5-90 g/l). ADN : 42-45 mol % G+C. Deux espèces, dont Marinospirillum minutulum.

Neptuniibacter

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,5-0,8 x 1,5-2,3 microns), très mobiles, Gram négatif. Accumulent du PHB. Aérobies stricts chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent surtout les acides organiques et aminés. Exigent de l’eau de mer ou l'équivalent pour la croissance. Requièrent au moins 17 g/l de sels marins et tolèrent jusqu'à 60 g/l. Température de 15 à 37°C. ADN : 47 mol % G+C. Une seule espèce marine isolée en Israël de la Mer méditerranée, Neptuniibacter caesariensis.

Neptunomonas

Bâtonnets (0,7-0,9 x 2-3 microns) mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, oxydase et catalase positives. Utilisent les sucres, acides organiques et aminés, alcools sucrés et quelques hydrocarbures aromatiques polycycliques. Exigent un taux de 50 % de la salinité de l’eau de mer pour la croissance. Température de 4 à 24 °C. ADN : 46 mol % G+C. Une seule espèce marine, Neptunomonasnaphthovorans.

Nitrincola  (L. nitrum, soude; L. incola, habitant)

Bâtonnets courts (0,5 x 1,3-1,5 microns), isolés ou en paires, mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie blanchâtre à beige, entière, lisse, convexe, de 3-4 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent un nombre restreint d’ acides organiques comme le lactate, l’acétate, le pyruvate, le malate, le fumarate et le succinate. Alcaliphiles obligés et halotolérants. Croissance optimale à 37°C, pH 9 (7,5-11) et 50 g/l de NaCl (jusqu’à 75 g/l). ADN : 47 mol % G+C. Une seule espèce isolée de bois en décomposition dans un lac sodé, Nitrincola lacisaponensis.

Oceaniserpentilla (G. okeanos, océan; L. serpentilla, petit serpent)

Cellules vibrioïdes à spiralléesd'un diamètre inférieur à 0,2 microns(0,2-0,6 x 1,8-3,5 microns),très mobiles, non sporulés, Gram négatif.Colonie petite, de 0,5 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase négative et oxydase positive. Utilisent L-alanine, L-proline, L-arabinose, caproate, 3-hydroxybutyrate et 5-ceto-D-gluconate. Psychrophiles. Croissance optimale à2-8°C pouvant s'adapter à 22°C et15 g/l de NaCl. Une seule espèce isolée de l'hémolymphe du poisson Haliotis rubra, Oceaniserpentilla haliotis.

Oceanobacter  (G. okeanos, océan)

Bâtonnets droits, non sporulés, mobiles, Gram négatif. Accumulent du PHB. Aérobies stricts, oxydase positive, catalase positive. Chimio-hétérotrophes n’utilisant pas les sucres. Halophiles. Réduisent le nitrate en nitrite. Quinone isoprénoïde de type Q-8. ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce reclassée du genre Oceanospirillum, Oceanobacter Kriegii.

Oleibacter (L. oleum, huile)

Bâtonnets (0,3–0,6 x 1,5–2,8 microns), mobiles par un flagelle, Gram négatif. Aérobies dégradant les n-Alcanes, catalase et oxydase positives. Utilisent comme seule source de carbone et d’énergie, acétate, propionate et pyruvate, mais pas L-arabinose, D-fructose, D-glucose, ribose, glycolate, citrate, formate, DL-lactate, aspartate, L-asparagine et L-proline. Sur MicroPlates GN2, beta-hydroxybutyate, c-hydroxybutyrate, L-glutamate et Tween 40 et 80 sont oxydés. Sur API 20 NE, positifs pour uréase, gélatinase et réduction du nitrate en nitrite. Sur API ZYM, positifs pour phosphatase acaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), lipase (C14), cystine arylamidase, leucine arylamidase, valine arylamidase, phosphatase acide et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, mais négatifs pour trypsine, alpha-chymotrypsine, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, beta-glucuronidase, alpha-glucosidase, beta-glucosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase, alpha-fucosidase et alpha-mannosidase. La quinone isoprénoïde majeure est Q-9 mais des quantités mineures de Q-8 sont présentes. Les lipides polaires sont le phosphatidylglycérol, un phospholipide positif à la ninhydrine et des glycolipides. Croissance optimale à 25–30°C (10–40°C), pH 6–7 à 9 (6–10) et 10–70 g/l NaCl. ADN : 53 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer en Indonésie, Oleibacter marinus.

Oleispira  (L. oleum, huile ; G. spira, spire)

Cellules vibrioïdes à spiralées (0,4-0,8 x 2-5 microns), mobiles par un seul long (> 5 microns) flagelle polaire, Gram négatif. Colonie opaque, non pigmentée ou jaunâtre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes préférant les substrats carbonés aliphatiques dont le spectre étroit est limité aux hydrocarbones aliphatiques, aux Tweens et aux acides gras volatils. Oxydase et catalase positives. Réduisent le nitrate en nitrite en anaérobiose. Psychrophiles. Croissance optimale à 2-4°C (1-25°C) et 30-50 g/l de NaCl. ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce, Oleispira antarctica, isolée d’eau de mer superficielle de la Mer de Ross en Antarctique.

Pseudospirillum  (G. pseudes, faux)

Bâtonnets incurvés, droits ou en spirilles, non sporulés, mobiles, Gram négatif. Accumulent du PHB. Aérobies stricts, oxydase positive, catalase négative ou positive. Chimio-hétérotrophes n’utilisant pas les sucres. Halophiles. Quinone isoprénoïde de type Q-8. ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce reclassée du genre Oceanospirillum, Pseudospirillum japonicum.

Reinekea  (île Reineke, Baie Pierre le Grand, Mer du Japon, Russie)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,5-1,7 microns), mobiles par un flagelle polaire, isolés ou en agrégats de cellules non flagellées en milieu solide, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, oxydase et catalase positives. Hétérotrophes. Formation d’acide en aérobiose et anaérobiose sur glucose et quelques sucres. Réduisent le nitrate en nitrite. Quinone isoprénoïde majeure Q8. Lipides polaires : phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylinositol et un phospholipide inconnu. Croissance avec 5 à 50 g/l de NaCl et entre 4 et 37°C. Pas de croissance à 40°C et > 50 g/l NaCl. ADN : 51 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins côtiers de la baie Pierre le grand, Mer du Japon, Russie, Reinekea marinisedimentorum.

Thalassolituus (G. thalassa, la mer ; L. lituus, bâtonnet incurvé)

Cellules vibrioïdes à spiralées (0,6 x 1,2-3,5 microns), polymorphes, mobiles par un à quatre flagelles polaires, Gram négatif. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Oxydase positive. Utilisent l’acétate, les hydrocarbones aliphatiques de C7 à C20 ainsi que leurs dérivés oxydés. Hydrolysent les Tweens. Phospholipides majeurs : phosphatidyléthylamine et phosphatidylglycérol. Halophiles stricts exigeant des ions sodium. Croissance optimale à 20-25°C (4-30°C), pH 8 (7,5-9) et 23 g/l NaCl (5-57 g/l). ADN : 53 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments et d’eau de mer en Sicile, enrichis en n-tetradecane comme seule source de carbone, Thalassolituus oleivorans.

Famille II.Halomonadaceae

Halomonas (G. halos, sel)

Bâtonnets pléomorphes (0,6-0,8 x 1,6-1,9 microns) pouvant former des filaments flexueux. Mobiles par quatre à sept flagelles polaires ou latéraux. Croissance aérobie ou anaérobie avec ou sans nitrate sur glucose seulement. Colonie blanche à jaune. Parfois dénitrifiants. Halotolérants jusqu'à 325 g/lde NaCl. ADN : 60 mol % G+C. Vingt-deux espèces, dont Halomonas elongata.

Aidingimonas (L. Aiding, lac de Chine ; L. monas, unité)

Bâtonnets courts (0,1-0,3 x 0,7-1,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie incolore à jaune brun, plate, opaque, à bords légèrement irréguliers. Anaérobies facultatifs. Catalase positive et oxydase négative. Nitrate réduit en anaérobiose. Production d’acides sur plusieurs sucres. Hydrolysent Tween 20 et urée. Présence d’ubiquinone Q-9. Lipides polaires : DPG, PE, PI, PI mannosides, 2 phospholipides inconnus, 2 phosphoglycolipides inconnus et un glycolipide inconnu. Halophiles modérés. Croissance optimale à 37°C (10-45°C) pH 7-8 (5-10) et 50-100 g/l NaCl (10-250 g/l). ADN : 57-58 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac salé de Chine, Aidingimonas halophila.

Carnimonas

Bâtonnets droits à légèrement incurvés, isolés ou en paires, non mobiles, Gram négatif. Oxydase et catalase positives. Aérobies stricts. Chimio-organotrophes. Production d’acides sur sucres. Faiblement ou modérés halophiles. Croissance optimale à 28-30 °C et NaCl < 80 g/l. Une seule espèce, Carnimonas nigrificans.

Chromohalobacter

Bâtonnets (0,6-1 x 1,5-4 microns) parfois allongés, péritriches, Gram négatif. Colonie bleu violet à brun. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase positive, oxydase négative. Croissance optimale avec 100 g/l de sel, 37 °C et pH 7,5. Production d’acide sur sucres. Utilisent également des acides aminés et des polyols. Nitrate réduit en nitrite. ADN : 62-65 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la mer Morte, Chromohalobacter marismortui.

Cobetia (Cobet, scientifique qui décrivit cet organisme comme Arthrobacter marinus)

Bâtonnets droits (0,8-1,2 x 1,6-4 microns), isolés et en paires, mobiles par deux à cinq flagelles péritriches. Gram négatif. Accumulent des granules de PHB. Colonie ronde, brillante, lisse et crème. Aérobies stricts chimio-organotrophes oxydase négative. Production d'acides sur sucres. Hydrolysent ADN, caséine et tyrosine. Test positifs: citrate de Simmons, uréase, phosphatase et ONPG. Organismes marins exigeant de 5 à 200 g/l de NaCl avec un optimum de 50 g/l. Croissance entre 10 et 42°C (opt. 37°C) et pH 5-10 (opt. 7,5). ADN : 62 à 64 mol % de G+C. Une seule espèce marine, Cobetia (ex Halomonas) marina.

Deleya (J. Deley, microbiologiste belge) = Halomonas

Bâtonnets droits (0,8-1,1 x 1,5-3 microns) mobiles par quatre à douze flagelles péritriches ou deux à cinq flagelles polaires. Formes d'involution présentes dans cultures âgées. Accumulent des granules de PHB. Aérobies chimio-organotrophes non dénitrifiants et non fixateurs de N2. Organismes marins exigeant de 4 à 12 g/l de NaCl. Utilisent un grand nombre de composés carbonés (47 à 85) variés. Les composés aromatiques sont clivés en position ortho. ADN : 52 à 58 mol % de G+C. Une seule espèce marine, Deleya aquamarina rattachée depuis peu au genre Halomonas.

Halotalea (L. talea, bâtonnet)

Bâtonnets, mobiles par flagelles péritriches, non sporulés, Gram négatif. Colonie petite, jaune pâle. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Oxydase et catalase positives. Utilisent quelques sucres, acides aminés et organiques. Produisent de l'acide sur quelques sucres. Tolèrent jusqu'à 450 g/l de glucose et 600 g/l de maltose. Présence d'ubiquinone-9 dans la chaîne respiratoire. Halotolérants et alcalitolérants. Croissance optimale à 32-37°C (5-45°C), pH 7 (5-11) et 0-30 g/l NaCl (0-150 g/l). ADN : 64 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'eau résiduelle d'huilerie d'olives en Grèce, Halotalea alkalilenta.

Halovibrio = Halomonas


Kushneria (Donn J. Kushner, microbiologiste canadien)

Bâtonnets (1 x 2-5 microns), isolés ou en paires, mobiles, non sporulés, Gram négatif. Pas de production d’exopolysaccharide et de poly-hydroxyalcanoate. Colonie circulaire, convexe, lisse, entière, orange, de 0,5-1 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase positive et oxydase négative. Utilisent certains sucres et acides organiques. Quinone majeure Q9. Lipides polaires: diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine ainsi que des phospholipides, glycolipides et un aminoglycolipide non identifiés. Halophiles modérés. Croissance optimale à 37°C (20-40°C), pH 7-8 (5,5-8,5) et 100 g/l NaCl (50-175 g/l). ADN : 59-62 mol % G+C. Quatre espèces dont trois reclassées du genre Halomonas et l’espèce type Kushneria aurantia isolée de la surface des feuilles de Avicennia germinans d’un sol de mangrove.

Modicisalibacter (L. modicus, modéré, L. salis, salé)

Bâtonnets (0,6-1 x 1-4 microns), mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, lisse, convexe, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Oxydase négative et catalase positive. Utilisent quelques sucres, tryptone, peptone et Casamino acides. Halophiles modérés. Croissance optimale à 37°C (4-45°C), pH 7,2 (5-10) et 100 g/l NaCl (1-250 g/l). ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'une eau d'injection de puits pétrolier off-shore en Tunisie, Modicisalibacter tunisiensis.

Salinicola (L. salinae, marais salant ; L. incola, habitant)

Bâtonnets (0,5-0,6 x 1,1-1,4 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, lisse, convexe, entière, jaune. Aérobies chimio-organotrophes. Catalase positive, oxydase négative. Utilisent les sucres avec production d’acides. Hydrolysent amidon, gélatine, urée et Tween 80. Lipoquinone respiratoire majeure Q9. Halophiles modérés. Croissance optimale à 30-37°C, pH 6-8 et 30-100 g/l NaCl (5-300 g/l). ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sols de mines salées de Russie après croissance sur naphthalène, Salinicola socius.

Volcaniella = Halomonas

Zymobacter (G. zyme, enzyme)

Bâtonnets (0,7-0,9 x 1,3-2,4 microns), Gram négatif. Anaérobies facultatifs, catalase positive, chimio-organotrophes. Fermentent le glucose en éthanol et CO2. Fermentent les hexoses, les di- et trisaccharides et les alcools sucrés. Croissance entre pH 3 et 10 (opt. 6) et 21-39 °C (opt. 30 °C). ADN : 55-56 mol % G+C. Une seule espèce, Zymobacter palmae.

Famille III. Hahellaceae

Hahella

Bâtonnets mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif, anaérobies facultatifs. Colonie rosâtre. Utilisent plusieurs sucres comme substrats carbonés et produisent de l’acide. Nitrate réduit en nitrite. Halophiles avec croissance optimale à NaCl 20 g/l, pH 7 (6-10) et entre 10 et 45 °C. Produisent des polysaccharides extracellulaires. ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce marine, Hahella chejuensis.

Endozoicomonas (G. endo, dans; G. zoicos, animal)

Bâtonnets mobiles, non sporulés, Gram négatif. Les cellules possèdent de nombreuses vésicules dérivées de la paroi. Colonie circulaire, beige, convexe, lisse et brillante, de 4-5 mm de diamètre. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Chimio-organotrophes. Produisent des acides sur sucres. Nitrate réduit en nitrite. Hydrolysent l'esculine. Quinones isoprénoïdes Q-9. Croissance entre 4 et 37°C (opt. 25-30°C). ADN 50 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tube digestif d'un mollusque marin, Endozoicomonas elysicola.

Halospina (G. halos, sel ; L. spina, épine)

Bâtonnets longs et flexibles (0,7-1 x 3-7 microns) aux extrémités effilées, non mobiles, Gram négatif. Aérobies anaérobies facultatifs chimio-organotrophes. N’utilisent pas les sucres. Dénitrifiants sur acides gras à courtes chaîne comme donneurs d’électrons et sources de carbone. Oxydent thiosulfate et tetrathionate pendant leur croissance aérobie hétérotrophe. Ubiquinone majeure : Q-9. Produisent majoritairement la glycine bétaïne et minoritairement l’ectoïne comme solutés compatibles. Halophiles extrêmes. Croissance optimale à 145-175 g/l NaCl (115-290 g/l). ADN : 60 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sédiment d’un lac hypersalé de Russie, Halospina denitrificans.

Kistimonas (L. Kistum, Korea Institute of Science and Technology KIST)

Bâtonnets mobiles Gram négatif. Colonie jaune pâle. Pas de production d’un pigment fluorescent sur milieu de King B. Aérobies stricts utilisant un grand nombre de sucres. Oxydase et gélatinase positives. Quinone isoprénoïde Q-9. Croissance optimale à 25°C (15-30°C), entre pH 5-10 et avec moins de 90 g/l de NaCl. ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce isolée du poisson étoile Asterias amurensis en Corée, Kistimonas asteriae.

Zooshikella (Zoo Shik Lee, microbiologiste coréen)

Bâtonnets légèrement incurvé (0,7-0,9 x 1,5-2,5 microns), mobiles par un seul flagelle polaire, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, entière, brillante, opaque, visqueuse, rouge-jaunâtre à rouge, de 4-5 mm  de diamètre. Production d’un pigment rouge (pic d’absorption maximale à 540 nm) avec un éclat métallique vert. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent quelques sucres, acides organiques et aminés. Produisent de l’acide sur glucose. Réduisent le nitrate. Tests positifs : arginine dihydrolase, ornithine décarboxylase, hydrolyse de l’ADN, de la gélatine et de la lécithine, production de phosphatase alcaline, estérase, Quinone isoprénoïde majeure : Q-9. Halophiles stricts. Croissance optimale à 35°C, pH 7 et 30-40 g/l NaCl (10-70 g/l). ADN : 40-42 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment marin de Corée, Zooshikella ganghwensis (Ganghwa, île de Corée).

Famille IV.Alcanivoracaceae

Alcanivorax

Bâtonnets (0,6-0,8 x 1,6-2,5 microns) non mobiles, Gram négatif. Aérobies, catalase et oxydase positives. Sources de carbone et d’énergie : hydrocarbones aliphatiques et acides gras à courte chaîne. Production d’un mélange de surfactants (glucose gras) dont quatre acides 3-hydroxydécanoique reliés entre eux par des liaisons esters et couplés par une liaison glycoside au glucose. Croissance à 4-35 °C (opt. 25-30 °C) et NaCl 10-125 g/l (opt. 30-100 g/l). Nitrate réduit en nitrite. ADN : 53-54 mol % G+C. Une seule espèce, Alcanivorax borkumensis.

Fundibacter

Bâtonnets (0,3-0,7 x 0,8-1,8 microns) non mobiles, Gram négatif. Présence de pili. Croissance entre 10 et 40 °C (opt. 30 °C) et NaCl entre 5 et 150 g/l (opt. 30 g/l). Anaérobies facultatifs réduisant le nitrate. Utilisent pyruvate, acétate et tétradécane, hexadécane et pristane en milieu riche. ADN : 64 mol % G+C. Une seule espèce marine, Fundibacter jadensis.

Kangiella (Kook Hee Kang, microbiologiste coréen)

Bâtonnets (0,2-0,5 x 1,5-4,5 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie lisse, élevée, circulaire à irrégulière, faiblement brun-jaunâtre, 2-3 mm de diamètre. Aérobies, Catalase et oxydase positives. Dénitrifiants. Peptone requise pour la croissance. Hydrolysent caséine, tyrosine, Tween 20, 40 et 60. Pas de production d’acide sur sucres. Lipoquinone respiratoire majeure : ubiquinone-8 (Q-8). Sensibles à polymyxine, streptomycine, pénicilline, chloramphénicol, ampicilline, céphalotine et érythromycine. Resistants à novobiocine et tétracycline. Croissance optimale à 30-37°C (4-43°C), pH 7-8 (5,5- ?) et 20-30 g/l NaCl (>0-120 g/l). ADN : 44 mol % G+C. Deux espèces isolées de sédiments marins en Corée, dont Kangiella koreensis.

Famille V. Oleiphilaceae

Oleiphilus (L. oleum, huile ; G. philos, aimant)

Bâtonnets épais (0,7-1,4 x 1,5-2 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Utilisent seulement les hydrocarbures aliphatiques et leurs dérivés de C11 à C20 comme sources de carbone. Sur n-hexadecane, accumulent des inclusions cristallines de n-hexadecanoate et n-octanoate qui peuvent atteindre 50 % du volume de la cellule en fin de phase exponentielle. Réduisent le nitrate en nitrite. Croissance optimale à 25-30°C (10-37°C) et 25-50 g/l NaCl (0,6-105 g/l). ADN : 49 mol % G+C. Une seule espèce isolée, Oleiphilus messinensis.

FamilleVI. Saccharospirillaceae

Saccharospirillum  (G. sakkharos, sucre)

Spirilles (0,5-1 x 2-12 microns), mobiles par un seul flagelle polaire, pouvant former des corps coccoïdes dans les cultures âgées, non sporulés, Gram négatif. Présence de PHB. Colonie circulaire, à bords irréguliers, lisse, convexe, blanchâtre, beige ou jaunâtre. Aérobies à microaérophiles, hétérotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent divers sucres et acides carboxyliques. Biotine et acide nicotinique stimulent la croissance. Quinone respiratoire majeure Q-8. Réduisent le nitrate en nitrite en anaérobiose. Hydrolysent l’ADN et la gélatine et parfois l’amidon et le Tween 80. Produisent H2S. Sensibles à chloramphénicol, streptomycine, pénicilline G, tétracycline et polymyxine B. Croissance optimale entre 16 et 33°C  (<2,5-43°C), à pH 6,5-8,6 (>5,5-<9,5) et entre 20 et 60 g/l de NaCl (10-150 g/l). ADN : 54-55 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac de l’Antarctique, Saccharospirillum impatiens.

Famille VII. Litoricolaceae

Litoricola (L. litoris, littoral; L. incola, habitant)

Bâtonnets courts (0,5-0,7 x 0,8-1,3 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie lisse, convexe, circulaire, opaque, crème, 1 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs, Catalase négative et oxydase positive. Pas de production d'acide lors de la fermentation du glucose. Utilisent sucres, acides organiques et aminés. Hydrolysent l'esculine. Sensibles à chloramphénicol, érythromycine, gentamicine, kanamycine, rifampicine, streptomycine, tétracycline et vancomycine. Resistants à ampicilline et pénicilline-G. Croissance optimale à 25°C (15-30°C), pH 7 (5-10) et 30-35 g/l NaCl (15-100 g/l). ADN : 58 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins en Corée, Litoricola lipolytica.

Oceanospirillales non classées

Salicola  (L. salis, sel; L. incola, habitant)

Bâtonnets mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Oxydase et catalase positives. Utilisent les sucres. Hydrolysent la gélatine et l’urée. Arginine dihydrolase et lysine décarboxylase positives. Halophiles extrêmes. Croissance optimale à 35°C, pH 7 (6-8) et 150 g/l NaCl (100-300 g/l). ADN : 61-62 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un salin des Andes péruviennes, Salicola marasensis.

Spongiispira (L. spongia, éponge; L. spira, spirale)

Cellules spirallées (0,3-0,4 x 2-5 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulées, Gram négatif. Colonie diffuse, plate, circulaire, beige. Aérobies, chimio-hétérotrophes, catalase négative et oxydase positive. Faible utilisation de substrats. Lipase positive. Croissance optimale à 20-30°C (6-37°C), pH 7-8 (6,5-8,5) et 20-30 g/l NaCl (20-70 g/l). ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l'éponge marine Isops phlegraei en Norvège, Spongiispora norvegica.

Ordre IX. Pseudomonadales

Famille I. Pseudomonadaceae

Groupe vaste et très important de bactéries Gram-négatif vivant comme saprophytes dans le sol, les eaux douces et marines ou comme agents pathogènes pour les animaux et les plantes. Les caractères de base communs sont la forme en bâtonnet droit ou légèrement incurvé, la présence de flagelles polaires, le Gram négatif et l'absence de spore. Plusieurs genres répondent à cette définition. Quinze font partie de la famille en raison de l'absence de gaine et des propriétés physiologiques particulières comme la nutrition chimioorganotrophe, un métabolisme strictement respiratoire, l'absence de fermentation et de photosynthèse et la capacité de croître aux dépends d'un large spectre de substrats carbonés à l'exception des composés en C1. Certains sont des agents actifs de la minéralisation de la matière organique et de la contamination des aliments.

Groupe vaste et très important de bactéries Gram-négatif vivant comme saprophytes dans le sol, les eaux douces et marines ou comme agents pathogènes pour les animaux et les plantes. Les caractères de base communs sont la forme en bâtonnet droit ou légèrement incurvé, la présence de flagelles polaires, le Gram négatif et l'absence de spore. Plusieurs genres répondent à cette définition. Quinze font partie de la famille en raison de l'absence de gaine et des propriétés physiologiques particulières comme la nutrition chimio-organotrophe, un métabolisme strictement respiratoire, l'absence de fermentation et de photosynthèse et la capacité de croître aux dépends d'un large spectre de substrats carbonés à l'exception des composés en C1. Certains sont des agents actifs de la minéralisation de la matière organique et de la contamination des aliments.

Pseudomonas (G. pseudes, faux; G. monas, bâtonnet)

Bâtonnets (0,5-1 x 1,5-5 microns). De nombreuses espèces accumulent des granules de PHB. Mobiles par un ou plusieurs flagelles polaires. Chez quelques espèces, possibilité de flagelles latéraux à longueur d'onde plus courte. Aérobies, métabolisme respiratoire strict. NO3-  parfois réduit en gaz (dénitrifiants). Certaines espèces fixent l’azote atmosphérique (diazotrophes). Pas de facteurs de croissance requis. Catalase positive. Oxydase positive ou négative. Chimio-organotrophes. Quelques espèces sont chimiolithotrophes et utilisent H2 ou CO comme source d'énergie. G+C de l'ADN compris entre 58 et 70 mol %. Soixante-quinze espèces actuellement reconnues dont l’espèce type Pseudomonas aeruginosa.

Certaines espèces comme Pseudomonasfluorescens sont fluorescentes. La fluorescence est produite par des pigments émis sous certaines conditions de croissance (déficience en fer), sous excitation ultra violette (milieu de King). Les pseudomonades fluorescentes phytopathogènes sont caractérisées par l'absence d'arginine dihydrolase. Ils occasionnent des nécroses sur les fruits, les tiges et les feuilles, des galles, des cancers, des rouilles et des infections vasculaires chez la plupart des principaux groupes de plantes supérieures. Pseudomonas aeruginosa entraîne des infections de blessures, brûlures et conduits urinaires. C'est l'agent du pus bleu.

Les tests d'identification des Pseudomonadacées comprennent le screening nutritionnel (150 composés carbonés au moins), la production de pigments mis en évidence par le milieu de King (agents chélatant le fer comme l'EDTA) : pyocyanine bleu et pyoverdine vert ; accumulation du poly-ß-hydroxybutyrate (PHB) décelé au microscope après coloration spécifique ; dégradation de la testostérone et du PHB ; mécanismes d'ouverture du cycle aromatique (ortho ou meta) ; réaction de l'arginine dihydrolase ; production d'acides à partir des sucres ; hydrolyse du tween 80 (activité lipolytique) ; réduction des nitrates ; croissance chimiolithotrophe (H2 ou CO) ; test de l'oxydase (avec la N, N'-diméthyl-p-phénylènediamine), de la gélatinase et de la catalase.


Pseudomonas spp.
Extrait du site: http://www.bact.wisc.edu/Bact303/MajorGroupsOfProkaryotes

Les Pseudomonas ont attiré l'attention des généticiens à cause de leur dispersion ubiquiste, leur importance biologique et médicale, leur versatilité nutritionnelle et biochimique et la facilité de leur culture en laboratoire. Pseudomonas aeruginosa a été le plus étudié. Les 3 systèmes habituels de recombinaison génétique se retrouvent chez ces organismes : conjugaison, transduction, transformation. Plusieurs plasmides ont été étudiés comme facteurs de fertilité, résistance à différents agents, dégradation de composés carbonés inusuels ; leur taille moyenne est de 10 à 60 mégadaltons. Utilisés en génie génétique pour la dépollution d'hydrocarbures. De nombreux phages lytiques et tempérés ont été décelés. La lysogénie est courante chez les Pseudomonas. Enfin, certaines espèces produisent des bactériocines. La structure antigénique a été étudiée chez les espèces médicales. La sensibilité aux antibiotiques a révélé que plusieurs espèces étaient résistantes à de nombreux antibiotiques grâce aux ß-lactamases.

Azomonas (G. a, non; G. zoe, vie; G. monas; monade; azoe, ne supportant pas la vie = azote)

Cellules ovoïdes de 2 microns de diamètre ou plus et de longueur variable, pléomorphes. Parfois Gram-variable. Ne produisent pas de kyste. Mobiles par flagelles péritriches ou polaires. Pigments solubles dans l'eau et pigments fluorescents produits par toutes les souches. Même caractéristiques qu'Azotobacter. ADN : 52 à 58 mol % de GC. Trois espèces, dont Azomonas agilis.

Azomonotrichon = Azomonas

Azorhizophilus = Azotobacter

Azotobacter (F. azote, G. bacter, bâtonnet)

Ce genre constitue un groupe cohérent de bactéries hétérotrophes aérobies dont la principale caractéristique est de fixer l'azote atmosphérique dans un milieu pauvre ou dépourvu d’O2, avec un composé carboné comme source d'énergie. Bien que certains membres puissent présenter une croissance associative avec des plantes supérieures, différente de la symbiose, on désigne généralement ces bactéries comme des fixateurs de N2 (diazotrophes) libres. Les cellules sont larges, Gram-négatif ou variable et souvent mobiles ; certaines espèces forment des kystes et accumulent du PHB. Ce sont des habitants réguliers du sol, des eaux et de la surface des racines (rhizosphère) et des feuilles (phyllosphère). Dans la rhizosphère, ils forment des associations bénéfiques aux plantes, en utilisant directement les exsudats racinaires comme source de carbone. Deux genres distincts par la formation de kystes et leur composition de l'ADN. Larges cellules ovoïdes de 1,5 à 2 microns de diamètre, pléomorphes (bâtonnets à coccobacilles). Peuvent former des amas ou des chaînes. Forment des kystes de résistance. Mobiles par flagelles péritriches ou non mobiles. Aérobies mais peuvent croître sous des faibles tensions d'O2 (microaérophiles). Certaines souches produisent des pigments solubles ou insolubles dans l'eau. Chimio-organotrophes utilisant les sucres, les alcools et les acides organiques. Peuvent fixer 10 mg de N2 par g de sucre consommé. Molybdène requis pour la nitrogénase. Catalase-positive. Gamme de pH étendue : 4,8 à 8,5. ADN : 63-67 mol % G+C. Six espèces, dont Azotobacter chroococcum (G. chroa, couleur ; G. coccus, grain).


Azotobacter chroococcum
Tchan & New  (1984) in Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1, N.R.
Krieg & J.G. Holt eds., Williams & Wilkins pubs., p. 221.

Cellvibrio

Bâtonnets légèrement incurvés, mobiles par une flagellation mixte : un flagelle polaire et jusqu’à onze flagelles latéraux de différentes épaisseur et longueur d’onde. Gram négatif. Colonie jaune-orangé. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Produisent de l’acide sur sucres. Hydrolysent la cellulose. Prototrophes. ADN : 46-54 mol % G+C. Une seule espèce, Cellvibrio mixtus.

Chryseomonas (G. chryseos, doré)

Bâtonnets mobiles par dix à douze flagelles polaires, Gram négatif. Colonie jaune vif. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase négative. Chimio-organotrophes saccharolytiques. Croissance entre 18 et 42 °C. ADN : 54-56 mol % G+C. Une seule espèce, Chryseomonas polytricha. Saprophytes ou commensaux de l’homme et d’autres animaux à sang chaud pour lesquels ils peuvent être occasionnellement pathogènes.

Flavimonas = Pseudomonas

Une seule espèce Flavimonas oryzihabitans.

Melitea (L. Melite, nymphe de la mer dans la mythologie grecque)

Bâtonnets (0,6-0,8 x 1,6-2,0 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies strictes utilisant les sucres et quelques acides organiques. Catalase et oxydase positives. Ubiquinone Q-8. Lipides polaires : diphosphatidylglycérol et phosphatidylglycérol. Croissance optimale à 30°C (15-37°C), pH 8 (6-10) et 42 g/l NaCl (7-70 g/l). ADN : 57 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’eau de mer en Espagne, Melitea salexigens

Mesophilobacter

Bâtonnets (0,5-0,6 x 1-2 microns) pléomorphes, non mobiles, Gram négatif. Colonie brun-jaunâtre. Aérobies, catalase et oxydase positives. Résistent à la pénicilline. Croissance optimale à 33-37 °C. Nitrate réduit en nitrite. Production d’acide sans gaz sur sucres. Croissance sur 70 g/l de sel. ADN : 44-47 mol % G+C. Une seule espèce marine, Mesophilobacter marinus.

Rhizobacter

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,9-1,3 x 2,1-2,5 microns), mobiles par flagelles polaires ou latéraux ou mixtes. Gram négatif, encapsulés. Accumulent du PHB. Colonie blanche à jaunâtre. Aérobies prototrophes. Croissance floculaire en milieu liquide. Oxydase et catalase positives. Réduisent le nitrate. ADN : 67-71 mol % G+C. Phytopathogènes occasionnant des gales sur les racines de carotte. Une seule espèce isolée du sol, Rhizobacter dauci.

Rugamonas

Bâtonnets (0,8-0,9 x 2,4-4 microns) mobiles par un à plusieurs flagelles subpolaires, Gram négatif. Accumulent des granules de prodigiosine. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Chimio-organotrophes utilisant sucres, acides organiques et aminés. Dénitrifiants. Croissance entre 4 et 30 °C (opt. 25 °C), pH 5-9 et NaCl 0-5 g/l. Colonie rose. ADN: 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’eau d’une rivière, Rugamonas rubra.

Serpens (L. serpent)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 8-12 microns) présentant en phase stationnaire une taille plus grande (16-25 microns) et des protubérances sphériques. Extrêmement flexibles et capables de se mouvoir tel un serpent sur gel d'agar. Possèdent une touffe bipolaire (amphitriche) de quatre à dix flagelles et quelques flagelles latéraux. Aérobies stricts mais préfèrent des teneurs en O2 plus faibles que l'air. Catalase et oxydase positives, chimio-organotrophes. Le lactate est la seule source effective de carbone et d'énergie. Ne réduisent pas le nitrate. Se rencontrent dans les sédiments des mares. Ce genre est phylogénétiquement relié à l'espèce Pseudomonas pseudoalcaligenes qui aurait pu perdre son système de synthèse des septa. ADN : 66 mol % G+C. Une seule espèce connue, Serpens flexibilis.


Serpens volutans
Hespell (1984) in Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1, N.R.
Krieg & J.G. Holt eds., Williams & Wilkins pubs., p. 375.

 

Famille II.Moraxellaceae

Moraxella (V. Morax, ophtalmologiste suisse qui reconnut l'espèce type)

Bâtonnets courts et trapus, souvent coccoïdes (1-1,5 x 1,5-2,5 microns), groupés fréquemment en paires ou courtes chaînes (division dans un seul plan). Pléomorphisme induit par manque d'oxygène ou incubation à haute température. La plupart des espèces exigent des facteurs de croissance complexes inconnus. Colonie non pigmentée. Pas de formation d'acide à partir des sucres. Très sensibles à la pénicilline. G+C de l'ADN compris entre 40 et 47 mol %. Quinze espèces parasites souvent bénins des membranes muqueuses de l'homme et d’autres animaux pouvant devenir des pathogènes opportunistes, dont Moraxella lacunata.

Acinetobacter (G. akinetos, incapable de mouvement)

Bâtonnets (0,9-1,6 x 1,5-2,5 microns) devenant sphériques à l'état stationnaire. En paires ou en chaînes de longueur variable. Oxydase négative, catalase positive. Pas de facteurs de croissance exigés. Le glucose est le seul sucre utilisé par certaines souches. Nombreuses souches encapsulées. Absence de cytochrome c. Résistent à la pénicilline. Se rencontrent habituellement dans le sol, l'eau et les égoûts. Peuvent causer des infections nosocomiales chez l'homme. ADN : 38 à 47 mol % G+C. Sept espèces, dont Acinetobacter calcoaceticus (L. acetate de calcium).


Acinetobacter calcoaceticus
Extrait du site:
http://www.kcom.edu/faculty/chamberlain/Website/gallery.htm

Alkanindiges  (L. alkanum, alcane ; L. indiges, en manque)

Coques à bâtonnets courts (0,9-1,6 x 1,5-2,5 microns), non mobiles, Gram variable dû à la présence d’une matrice exocellulaire mais paroi de type Gram négatif. Non sporulés. Accumulent de larges inclusions intracellulaires sur hexadecane. Catalase positive. Utilisent hexadécane, heptadécane, pristane, squalane et les Tweens. Croissance très faible en l’absence d’alcanes linéaires < C16. Une seule espèce, Alkanindiges illinoisensis.

Branhamella = Moraxella

Enhydrobacter (G. enhydros, aquatique)

Bâtonnets à coccobacilles (0,5-0,7 x 1-5 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, non mobiles, Gram négatif. Présence de vacuoles de gaz quand cultivés sur certains acides organiques. Anaérobies facultatifs oxydant les acides organiques et fermentant les sucres. Catalase et oxydase positives. Microaérophiles. Croissance optimale à 37-39 °C (20-41 °C) et pH 5-9,5. Réduisent le nitrate en nitrite. ADN : 66 mol % G+C. Une seule espèce isolée de zones anaérobies d’un lac, Enhydrobacter aerosaccus.

Paraperlucidibaca (G. para, tel; L. Perlucidibaca, un nom de genre bactérien)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 1,0-3,5 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, élevée, lisse, semi-transparente, blanc-jaunâtre, de 0,5-1,0 mm de diamètre après 7 j d’incubation à 20°C. Aérobies stricts, catalase négative et oxydase positive. Utilisent D-glucose, D-fructose, maltose, D-mannose, saccharose et tréhalose, acétate, benzoate et pyruvate comme source de carbone et d’énergie, mais pas L-arabinose, cellobiose, D-galactose, D-xylose, citrate, L-malate, formate, salicine, succinate ni L-glutamate. Hydrolysent Tweens 20,40, 60 et 80, mais pas esculine, caséine, gélatine, hypoxanthine, amidon, L-tyrosine, xanthine ni urée. Nitrate non réduit en nitrite. Avec le système API ZYM, positifs pour estérase (C 4), estérase lipase( C8) et leucine arylamidase, mais négatifs pour phosphatase alcaline, Iipase (C14), valine arylamidase, cystine arylamidase trypsine, alpha-chymotrypsine, phosphatase acide, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase, N-acétyl-B-glucosaminidase, alpha-galactosidase, B-galactosidase, B-glucuronidase, alpha-glucosidase, B-glucosidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. L’ubiquinone prédominante est la Q-11. Croissance optimale à 20°C (10-30°C), pH 7,5-8,0 et sans NaCl (0-50 g/l). ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer en Corée, Paraperlucidibaca baekdonensis.

Perlucidibaca (L. perlucidus, transparent; L. baca, baie, petit fruit rond)

Bâtonnets courts (0,5-0,7 x 0,7-1,2 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, lisse, butyreuse, entière et transparente, de 0,5-1 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs fermentant les sucres sans production d'acide. Catalase négative et oxydase positive. Réduisent faiblement le nitrate en nitrite. Indole produit. Quinone respiratoire majeure Q-8. Croissance optimale à 30°C (8-37°C), pH 7 (6-10) et 0 g/l de NaCl (0-10 g/l). ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'une mare artificielle de Corée, Perlucidibaca piscinae.

Psychrobacter (G. psychros, froid)

Coccobacilles (0,9-1,3 x 1,5-3,8 microns) non mobiles et non pigmentés, à petits bâtonnet plus ou moins longs, psychrophiles croissant à 5 °C avec un optimum à 20 °C. Pas de croissance à 35 °C. Formes en paires fréquentes. Aérobies formant des acides sur sucres. Réduction du nitrate en nitrite. Hydrolysent l'urée et le tween 80. ADN : 44-46 mol % G+C. Six espèces isolées de l'eau de mer, des poissons, du porc, de plats cuisinés, et de pus, dont Psychrobacter immobilis.

Pseudomonadales non classées

Dasania (Dasan, scientifique coréen et station coréenne de recherche arctique)

Bâtonnets irréguliers (0,3-0,4 x 0,7-2,2 microns), mobiles par une flagellation polaire monotriche, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, entière, jaune. Pas de production de pigments diffusibles. Aérobies stricts n'utilisant pas les sucres. Pas de production d'acide. Catalase et oxydase positives. Réduisent le nitrate en nitrite et azote (dénitrifiants). Produisent acétoïne.Indole non produit. Quinone respiratoire unique Q-8. Croissance optimale à 17-22°C (4-30°C), pH 7-8 (7-10) et 30-40 g/l de NaCl (10-90 g/l). ADN : 37 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un sédiment marin du Spitsberg, Norvège, Dasania marina.

 

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