Taxonomie des Procaryotes
Accueil
Introduction
Classification résumée
Classification générale
Liste alphabétique

Groupes trophiques spéciaux

Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
Biblio
Plan du site
 
Synonymes
         

Pasteurellales et Salinisphaerales, Ordres XIV et XV des Gamma-Proteobactéries,
Classe III des Proteobactéries, Phylum XIII du Domaine Bacteria

  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés des Proteobactéries

Fonctions: fermentaires, saprophytes, nitrifiants, dénitrifiants, méthylotrophes, fixateurs d ’azote, pathogènes
Morphologie: coques, bâtonnets, spirilles
Croissance: aérobies, anaérobies facultatives ou stricts, mésophiles
Nutrition: chimio-organotrophes, lithoautotrophes, photosynthétiques
Habitat: ubiquistes, pathogènes

2. Taxonomie des Pasteurellales et des Salinisphaerales

Classe III. Gamma-proteobacteria

Ordre I. Chromatiales Ordre II. Acidithiobacillales Ordre III. Xanthomonadales Ordre IV. Cardiobacteriales Ordre V. Thiotrichales Ordre VI. Legionellales
Ordre VII. Methylococcales

Ordre VIII. Oceanospirillales

Ordre IX. Pseudomonadales
Ordre X. Alteromonadales
Ordre XI. Vibrionales
Ordre XII. Aeromonadales
Ordre XIII. Enterobacteriales

 

Ordre XIV. Pasteurellales

Famille I. Pasteurellaceae: Pasteurella, Actinobacillus, Aggregatibacter, Avibacterium, Basfia, Bibersteinia, Bisgaardia, Chelonobacter, Gallibacterium, Haemophilus, Histophilus, Lonepinella, Mannheimia, Necropsobacter, Nicoletella, Phocoenobacter, Volucribacter

Ordre XV. Salinisphaerales

Famille I. Salinisphaeraceae : Salinisphaera

Gamma-Proteobacteria non classées:

Alkalimonas, Arenicella, Arsukibacterium, Chromatocurvus, Cocleimonas, Congregibacter, Eionea, Gallaecimonas, Gilvimarinus, Halioglobus, Marinicella, Methylohalomonas, Methylonatrum, Orbus, Panacagrimonas, Plasticicumulans, Porticoccus, Sedimenticola, Simiduia, Solimonas, Spongiibacter, Steroidobacter, Sulfuricella, Thiohalobacter, Thiohalomonas, Thiohalophilus, Thiohalorhabdus, Thioprofundum, Umboniibacter, Zhongshania


3. Description des Genres

Classe III. Gamma-Proteobacteria

Ordre XIV. Pasteurellales

FamilleI. Pasteurellaceae

Cette famille comprend des bâtonnets droits, souvent coccoïdes, pléomorphes, non mobiles. Les cellules contiennent des diméthylménaquinones. Aérobies avec des degrés variables de microaérophilie, et anaérobies facultatifs, mésophiles. Font fermenter les sucres avec production d'acides mais rarement de gaz. Utilisent fumarate et nitrate comme accepteurs terminaux d'électrons. Oxydase, catalase et phosphatase alcaline positives. Exigent une source d'azote organique ainsi que divers facteurs de croissance. Ce sont des parasites des vertébrés et en particulier des mammifères et des oiseaux. L'ADN varie de 38 à 47 mol % de G+C.

Pasteurella (L. Pasteur)

Cellules sphériques, ovoïdes ou en bâtonnets (0,3-1 x 1-2 microns). Coloration bipolaire fréquente. Non mobiles. Gélatinase absente. Tests RM et VP négatifs, décarboxylases absentes. Font fermenter les sucres sans production de gaz. Certaines souches virulentes produisent une capsule qui est souvent perdue après plusieurs repiquages. Pasteurella haemolytica produit une zone de ß-hémolyse caractéristique. Pasteurella aerogenes est la seule espèce qui produit du gaz. Certaines espèces ont été l'objet de nombreuses études sérologiques et antigéniques. ADN : 40-45 mol % G+C. Le genre comporte dix-huit espèces dont l’espèce type, Pasteurella multocida (L. multus, nombreux ; L. caedo, tuer), engendre une septicémie hémorragique des bovins en régions tropicale et subtropicale et le choléra aviaire des volailles et oiseaux sauvages ; c'est également un envahisseur secondaire des lésions pulmonaires des bovins, ovins, porcins et caprins. C'est aussi un organisme commensal de la bouche d'animaux domestiques qui peuvent le transmettre par morsure. Il entraîne également chez l'homme des infections sporadiques variées comme pathogène occasionnel et envahisseur secondaire : méningite, encéphalite, otite, septicémie, sinusite, péritonite, bronchite et arthrite. Pasteurella haemolytica a un rôle primaire ou secondaire dans la pneumonie du bétail.

Actinobacillus (G. actis, rayon)

Cellules sphériques, ovales ou bâtonnets (0,4 x 0,6-1,4 microns), souvent bacillaires mais mêlées à des coques qui sont positionnées en forme de Code Morse caractéristique. Formes longues (6 mm) occasionnelles. Non mobiles. Colonie très adhésive, difficile à récupéreret à courte viabilité (5 à 7 jours). Fermentent le glucose et le fructose sans production de gaz. Réduisent le nitrate en nitrite. ß-galactosidase présente, indole négatif, uréase positive. Croissance en milieu complexe uniquement. Parasites des mammifères et des oiseaux, on les rencontre comme organismes commensaux dans les tractus alimentaire, respiratoire et génital. Ce sont des pathogènes occasionnels. ADN : 40 à 43 mol % G+C. Le genre renferme dix-sept espèces reconnues. L'espèce type est Actinobacillus lignieresii
(J. Lignières, bactériologiste qui isola le premier cet organisme).

Aggregatibacter  (L. aves, oiseaux)

Bâtonnets ou coccobacilles (0,5 x 1,5-1,7 microns), isolés, en paires ou petits amas, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie de 1-2 mm de diamètre, blanc grisâtre, non hémolytique, d’abord rugueuse, adhérente, en forme d’étoile due à la « fimbriation » et la production d’un exopolysaccharide contenant de l’hexoseamine. Les cellules issues de ces colonies croissent en milieu liquide de façon agrégée et adhèrent aux parois du flacon de culture. Les cultures successives sur milieu solide donnent des colonies lisses, non adhérentes, croissant de façon dispercée en milieu liquide. Plusieurs espèces sont capnophiles et requièrent 5-10% de CO2 pour leur isolement. Anaérobies facultatifs. Catalase variable, oxydase négative et phosphatase alcaline positive. Production d’acides sur sucres. Nitrate réduit en nitrite. Fermentation des sucres variable. Font partie de la microflore orale mais peuvent se retrouver dans le sang et le cerveau sous forme d’endocardites et d’abcès. ADN : 43 mol % G+C. Trois espèces reclassées des genres Actinobacillus et Haemophilus, dont Aggregatibacter actinomycetemcomitans.

Avibacterium  (L. aves, oiseaux)

Bâtonnets ou cellules pléomorphes, isolés, en paires ou courtes chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie non hémolytique, grisâtre, opaque, avec une consistance butyreuse, lisse, brillante, circulaire à bord entier, de 2 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs ou microaérophiles. Catalase, oxydase et phosphatase positives. Croissance parfois symbiotique. Nitrate réduit en nitrite. Fermentent les sucres avec production d’acide sans gaz. Test de la porphyrine et de l’alanine aminopeptidase positif. ADN : 44-47 mol % G+C. Quatre espèces isolées de l’intestin de volailles, dont Avibacterium gallinarum.

Basfia (nom dérivé de la Société allemande BASF SE de Ludwigshafen)

Bâtonnets pléomorphes, non mobiles, Gram négatif. Colonie luisante, grise, de 0,1-0,5 mm de diamètre. Non hémolytiques. Aérobies chimio-hétérotrophes, catalase négative et oxydase positive. Production d’acides sur sucres. Bonne croissance anaérobie facultative sur agar au sang à 37°C. Produisent du succinate sur glucose en anaérobiose. Production d'acides sur sucres variable. ADN : 43 mol % G+C. Une seule espèce isolée du rumen d'une vache en Suisse, Basfia succiniciproducens.

Bibersteinia (Ernst L. Biberstein, microbiologiste américain)

Bâtonnets pléomorphes isolés, en paires ou courtes chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie sur agar au sang de bœuf ronde, réguliaire, grisatre ou jaunâtre,
semi-transparente à la périphérie, de 2 mm de diamètre après 24 h à 37°C. Certaines souches sont hémolytiques et CAMP-positives. Anaérobies facultatifs ou microaérophiles. Nitrate réduit sans production de gaz. La réaction de Hugh–Leifson avec (+)-D-glucose est fermentative sans production de gaz. Tests de la porphyrine, phosphatase et alanine aminopeptidase positifs. Réactions négatives pour citrate de Simmons, malonate-base, croissance en présence de KCN, Voges–Proskauer, rouge de méthyl et uréase. Tests négatifs pour ONPG, arginine dehydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase, phénylalanine déaminase, indole, gélatinase et hydrolyse des Tweens 20 et 80. Acide formé sur D-ribose, D-mannitol, D-sorbitol, D-fructose, D-glucose, D-mannose, maltose, saccharose, D-tréhalose et dextrine. Acide non produit sur adonitol, D-arabitol, D-arabinose, L-arabinose, myoérythritol, dulcitol, D-fucose, L-fucose, D-galactose, D-glycogène, inuline, lactose, D-mélibiose, D-mélézitose, L-rhamnose, L-sorbose, D-turanose, xylitol, D-xylose ou L-xylose. Réactions pour alpha-fucosidase, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, beta-glucuronidase (PGUA), alpha-mannosidase et beta-xylosidase negatives. Réactions variables pour catalase et oxydase et production d’acide sur glycérol, myoinositol, cellobiose, raffinose, esculine, amygdaline, arbutine, gentiobiose et salicine. Réactions variables avec alpha-glucosidase et beta-glucosidase. ADN : 43 mol% G+C. Une seule espèce, Bibersteinia (ex Pasteurella) trehalosi, pathogène important des moutons, primairement associée avec de sérieuses infections systémiques des agneaux mais également associée à une pneumonie.

Bisgaardia (Magne Bisgaard, microbiologiste Danois)

Bâtonnets pléomorphes, non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, faiblement convexe, lisse, grise, d’un diamètre de 0,5 mm après 48 h d’incubation aérobie à 37°C. Non-hémolytiques. Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase positives. Facteurs X ou V non requis pour la croissance. Pas de croissance sur MacConkey agar. Réaction de Voges-Proskauer et tests pour l’arginine dihydrolase, ornithine décarboxylase, lysine décarboxylase, uréase et indole négatifs. Nitrate réduit en nitrite. Acide produit sur D-glucose, D-galactose, D-mannitol, D-mannose, D-sorbitol, saccharose et tréhalose, mais pas sur D-xylose. Phosphatase alcaline et alpha-fucosidase produites en grande quantité mais pas alpha-glucosidase. Pathogénicité inconnue. Croissance à 22°C, mais pas à 42°C. ADN : 39,5 mol % G+C. Une seule espèce isolée de poumons et autres tissus de phoque, Bisgaardia hudsonensis.

Chelonobacter (G. chelone, tortue)

Bâtonnets pléomorphes, non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, faiblement élevée, lisse, luisante, opaque, entière, de 1-1,5 mm de diamètre. Zone de beta-hémolyse. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Production d’acides sur sucres. Nitrate réduit. ADN : 47 mol % G+C. Une seule espèce isolée de tortues malades, Chelonobacter oris.

Gallibacterium  (L. gallus, poule)

Bâtonnets ou cellules pléomorphes, isolés ou en paires, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie fortement hémolytique, grisâtre, opaque, avec une consistance butyreuse, lisse, brillante, circulaire à bord entier, de 1-2 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs ou microaérophiles. Catalase, oxydase et phosphatase positives. Nitrate réduit. Fermentent les sucres avec production d’acide sans gaz. Test ONPG et PNPG positifs. ADN : 40-43 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’intestin de canard, Gallibacterium anatis.

Haemophilus (G. haima, sang; G. philos, aimer)

Bâtonnets ou coccoïdes pléomorphes, exigeant des facteurs de croissance préformés du sang : facteur X (protoporphyrine ou protohème) et(ou) facteur V (NAD ou NADP). Nitrate réduit en nitrite ou en NH4. Fermentent le glucose en acétate, lactate et succinate. Capsule présente chez plusieurs espèces. Sur milieu déficient en facteurs de croissance, les colonies apparaissent sur le pourtour d'autres colonies synthétisant ces facteurs ; c'est le phénomène de satellitisme caractéristique de ce genre. Plusieurs plasmides et bactériophages ont été décrits chez différentes espèces. De nombreux biovars et sérovars ont été caractérisés, spécialement pour l'espèce type Haemophilus influenzae. Ces organismes font partie de la microflore indigène de la muqueuse du système respiratoire et de la cavité buccale de l'homme et de diverses espèces animales (porc, mouton, singe, oiseaux et en général de nombreux mammifères). Haemophilus influenzae, malgré son nom, n'est pas impliqué dans l'influenza épidémique mais intervient comme pathogène primaire d'infections envahissantes aigües et purulentes telles que la méningite infantile, ou pathogène secondaire d'infections chroniques telles que bronchite, sinusite, conjonctivite et otite. Le genre comprend dix-sept espèces dont l'ADN varie de 37 à 44 mol % de G+C, toutes parasites obligatoires des muqueuses.


Haemophilus ducreyi
Extrait du site:
http://www.kcom.edu/faculty/chamberlain/Website/gallery.htm

Histophilus  (G. histos, tissu ; L. philus du G. philos, aimant)

Bâtonnets ou coccobacilles non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Produisent de l’indole et un pigment jaune. Grande variabilité phénotypique. Colonie de 1-1,5 mm de diamètre. Anaérobies, oxydase positive. Fermentent certains sucres sans production de gaz. Nécessitent souvent 5-10 % CO2 pour leur croissance. Phosphatase alcaline positive, nitrate réduit en nitrite. Hémolyse variable. Exigent la thiamine monophosphate pour leur croisance. ADN : 38 mol % G+C. Agent aetiologique de nombreuses maladies du bétail (TME, pneumonie, septicémie, mastite, arthrite, myocardite, maladies de la reproduction). Une seule espèce isolée d’un cerveau de bovin, Histophilus somni.

Lonepinella (Lone Pine Koala Sanctuary, zoo privé de Brisbane, Australie)

Bâtonnets de taille variable incluant des formes cocoïdes (0,5 x 2 microns), des petits bâtonnets (0,5 x 3-5 microns) et des filaments (0,5 x 50-100 microns). Non mobiles, Gram négatif. Anaérobies facultatifs. Oxydase et catalase négatives. Produisent de l’acide gallique sur acide tannique et convertissent l’acide gallique en pyrogallol. Utilisent le glucose, l’arabinose et le mélibiose amygdaline. Croissance optimale à 35 °C (> 15-< 40 °C). ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fécès de koala, Lonepinella koalarum

Mannheimia (ville de Mannheim, Allemagne)

Bâtonnets ou coccobacilles, non mobiles, Gram négatif, non sporulés. Anaérobies facultatifs ou microaérophiles. Mésophiles. Oxydase variable, réduisent le nitrate. Fermentent les sucres sans production de gaz. Cinq espèces isolées de maladies animales variées, dont Mannheimia haemolytica.

Necropsobacter (G. nekros, corps mort; G. opsis, apparence)

Coques ou bâtonnets pléomorphes non mobiles, Gram négatif. Colonie sur agar au sang de bovin régulière, circulaire, faiblement élevée, à bord entier, de 2 mm de diamètre après 24 h d’incubation à 37°C. Pas d’hémolyse sur agar au sang de bovin. Anaérobies facultatives, catalase et oxydase positives. Réaction de fermentation d’Hugh et Leifson positive avec (+)-D-glucose. Positifs pour le test de la porphyrine, la réduction du nitrate, le rouge de méthyl à 37°C et la phosphatase. Acide produit sur (+)-L-arabinose, (+)-L-rhamnose, (+)-D-xylose, dulcitol, (+)-D-galactose, (+)-D-mannose, maltose, tréhalose et mélibiose. Une réaction est observée pour l’alpha- glucosidase (PNPG). Négatifs pour la croissance symbiotique, l’uréase, l’ornithine décarboxylase, formation d’indole et gaz sur (+)-D-glucose, la production d’acides sur (-)-D-mannitol et la beta-glucuronidase (PGUA). Production de l’ubiquinone et de la déméthylménaquinone. ADN : 52,5 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une lésion pulmonaire chez le cochon d’inde, Necropsobacter rosorum.

Nicoletella (Jacques Nicolet, microbiologiste suisse)

Bâtonnets pléomorphes Gram négatif, non mobiles. Capnophiles présentant une bonne croissance sur agar au chocolat avec 5% de CO2. Colonie grise typique, non hémolytique,  de 0,5-2 mm de diamètre, qui peut être déplacée sur la plaque de gélose comme un grain de semoule sans perdre sa forme qui permet d'identifier la bactérie d'un simple coup d'œil! Catalase, oxydase et uréase positives. Biochimiquement inertes. Nitrate réduit en nitrite. Pas de production d’acide sur sucres. ADN : ? mol % G+C. Une seule espèce, Nicoletella semolina, isolée de la trachée d'un cheval.

Phocoenobacter

Bâtonnets Gram négatif, non mobiles. Anaérobies facultatifs non hémolytiques. Croissance faible ou nulle sans la présence de sang ou de sérum. Catalase négative, oxydase positive. Nitrate réduit en nitrite. Tests VP et b-galactosidase positifs. Production d’acides sur glucose. ADN : 42 mol % G+C. Une seule espèce, Phocoenobacter uteri, isolée de l’utérus d’un marsoin.

Volucribacter  (L. volucris, oiseau)

Bâtonnets non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, faiblement élevée, entière, lisse, opaque, grisâtre, butyreuse, 2 mm de diamètre. Catalase et oxydase variables, phosphatase faiblement positive. Fermentent les sucres avec production d’acide variable. Réduisent le nitrate en nitrite. ADN : 40-41 mol % G+C. Deux espèces isolée de perroquets atteints de septicémie, dont Volucribacter psittacicida.

 

Ordre XV. Salinisphaerales

Famille I. Salinisphaeraceae

Salinisphaera

Cellules coccoïdes (0,7-1,2 microns), isolées ou en paires, mobiles par un flagelle polaire, non sporulées, Gram négatif. Colonie circulaire, petite, jaune-brun. Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase positives. Oxydent les sucres sans production d’acide. Halophiles modérés et piezotolérants. Croissance optimale à 30-37°C (5-42°C), pH 6,5-7,5 (4-8) et 100 g/l de NaCl (10-280 g/l). ADN : 62 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer Rouge, Salinisphaera shabanensis.

 

Gamma-Proteobacteria non classées

Alkalimonas (L. alkali, de l’arabe al-qaliy, cendres de sel)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 1,7-4 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent sucres et acides aminés sans production d’acide. Hydrolysent caséine, gélatine, amidon et Tween 80. Nitrate réduit en nitrite. Mésophiles, alcaliphiles et halophiles modérés. Sensibles à streptomycine, érytromycine et chloramphénicol ; résistants à vancomycine et bacitracine. Quinone majeure Q-8. Croissance optimale à 37°C (10-42°C), pH 10-10,5 (7,5-11) et 20-30 g/l de NaCl (0-70 g/l). ADN : 52-56 mol % G+C. Deux espèces isolées de lacs sodés, dont Alkalimonas amylolytica.

Arenicella (L. arena, sable; L. cella, une chambre, une cellule)

Bâtonnets (0,5-0,6 x 3-4 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie lisse, luisante, jaune foncé, régulière, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies chimio-organohétérotrophes, oxydase et catalase positives. Ions sodium essentiels pour la croissance. Faible croissance sur D-glucose, mélibiose, L-arabinose, D-ribose, D-xylose et L-alanine. Pas de croissance sur maltose, saccharose, D-galactose, N-acétylglucosamine, lactose, raffinose, L-rhamnose,D-mannose, cellobiose, glycérol, acétate, glutamate, DL-méthionine, D-mannitol, citrate, L-asparagine, L-arginine, L-phénylalanine, L-valine, L-lysine, L-leucine et L-histidine. Négatifs pour la production d’H2S. Positifs pour l’hydrolyse de gélatine, amidon et Tweens 20, 40 et 80. La caséine est hydrolysée en 3-5 jours. Pas de production d’acide observée sur D-glucose, maltose, saccharose, lactose, D-galactose, D-mannose, cellobiose, D-xylose, L-arabinose, L-rhamnose, D-sorbitol ou D-mannitol. Tests API 20 NE positifs pour l’hydrolyse de l’esculine et la gélatine et le test PNPG (B-glucosidase) et négatifs pour la réduction du nitrate, la production d’indole, d’arginine dihydrolase et uréase ainsi que l’assimilation du D-glucose, L-arabinose, D-mannose, D-mannitol, N-acétylglucosamine, maltose, D-gluconate, caprate, adipate, L-malate, citrate et phénylacétate. Tests API 20 E positifs pour l’ hydrolyse de la gélatine et le test PNPG et négatifs pour l’arginine dihydrolase, la lysine décarboxylase, l’ornithine décarboxylase, l’utilisation du citrate, la production d’H2S en anaérobiose, la production d’uréase, de tryptophane désaminase, d’indole, d’acétoine (test de Voges-Proskauer) et oxydation ou fermentation du D-glucose, D-mannitol, inositol, D-sorbitol, L-rhamnose, saccharose, mélibiose, amygdaline et L-arabinose. Tests API ZYM positifs pour phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, trypsine et B-glucosidase et négatifs pour lipase (C14), cystine arylamidase, A-chymotrypsine, phosphatase acide,naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase, N-acétyl-B-glucosaminidase, A-galactosidase, B-galactosidase, A-glucosidase, B-glucuronidase, A-mannosidase et A-fucosidase. Quinone isoprénoïde prédominante Q-8. Lipides polaires : phosphatidyléthanolamine, phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol, un aminophospholipide et un phospholipide inconnu. Psychrotolérants. Croissance optimale à 25-28°C (5-35°C), pH 8,5-9,5 (8-11) et avec 20-30 g/l NaCl (10-50 g/l). ADN : 48 mol % G+C (Tm). Une seule espèce isolée d’ environment marin, Arenicella xantha.

Arsukibacterium (Arsuk, nom d'une ville proche du site d'isolement de la bactérie)

Cellules ovales à bâtonnets droits (0,5-0,8 x 2,5-4 microns), isolées ou en courte chaînes, mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, lisse, blanche à transparente. Aérobies stricts, oxydase positive et catalase négative . Chimio-organotrophes utilisant mannose, saccharose, amidon et glucose. Phosphatase, amylase et protéase positives. Croissance entre 0 et 30°C (opt. 15°C), pH 7,5-10,7 (opt. 9,2-10) et 0-60 g/l de NaCl (opt. 30 g/l). ADN 50 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un fjord, Arsukibacterium ikkense.

Chromatocurvus (G. chroma, couleur; L. curvus, courbe)

Cellules pléomorphes, courts à longs bâtonnets incurvés ou formes irrégulières (0,7 x 1,5–3,0 microns). Cultures rose-pourpre dû à la production de caroténoïdes de type spirilloxanthine et BChl a et d’un complexe LH I avec un pic d’absorption à 877 nm. Pas de croissance anaérobie à la lumière. Aérobies stricts, photo-hétérotrophes facultatifs, incapables d’autotrophie. Catalase positive, oxydase négative. Les meilleurs substrats de croissance sont l’extrait de levure, le bacto-peptone et les Casamino acides; utilisent également acétate, glutamate, malate, pyruvate et succinate mais pas butyrate, citrate, formate, glycolate, lactate, propionate, fructose, glucose, saccharose, éthanol, glycérol ni méthanol. N’hydrolysent pas l’amidon, le Tween 60 ni la gélatine. Requièrent biotine, thiamine et vitamine B12 pour la croissance. Résistent à de nombreux antibiotiques, dont ampicilline, imipenem, streptomycine et kanamycine. Sensibles à chloramphénicol, acide nalidixique, pénicilline G et polymyxine B. Croissance optimale à 37°C (7-40°C), pH 7,0 (7,0-12,0) et 40 g/l NaCl (0-180 g/l). ADN : 63,0 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’une source hypersaline dominée par NaCl au Canada, Chromatocurvus halotolerans.

Cocleimonas (L. coclea, un escargot; L. monas, une unité)

Bâtonnets (0,3–0,4 x 1,6–1,8 microns). En conditions statiques sur milieu MB contenant 10 g/l de soufre élémentaire ou 20 mM de thiosulfate, les cellules s’élargissent (0,8–1,0 x 2,6–3,0 microns) et déposent le soufre. Non mobiles, Gram négatif. Produisent un pigment jaune. Colonie opaque, régulière, de 2–3 mm de diamètre après 3 jours sur milieu MA à 28°C. Un pigment caroténoïde non-polaire est présent (pics d’absorption à 453 et 480 nm et épaulement à 429 nm). Aérobies, oxydase et catalase positives. Bactéries sulfo-oxydantes, chimioorgano-hétérotrophes. Ions sodium essentiels pour la croissance. Positifs pour l’hydrolyse des Tweens 20, 40 et 80, mais pas pour caséine, chitine, CM-cellulose, ADN, gélatine ou amidon. Ne produisent pas H2S. Sur milieu contenant de la L-tyrosine, ne produisent pas de pigments de type mélanine ou de zone d’hydrolyse. Ne produisent pas d’acide sur L-arabinose, cellobiose, D-galactose, D-glucose, lactose, maltose, D-mannose, L-rhamnose, saccharose, D-xylose, D-mannitol ou D-sorbitol. Pas de croissance sur milieu de base + 1 g/l glycérol, 1 g/l acétate de potassium et 1 g/l succinate de potassium sans ajout de D-glucose. Utilisent D-galactose, D-glucose, L-rhamnose, D-mannitol, citrate, L-alanine et L-asparagine comme seule source de carbone et d’énergie, mais pas L-arabinose, cellobiose, lactose, maltose, D-mannose, melibiose, raffinose, D-ribose, saccharose, D-xylose, N-acétylglucosamine, glycérol, acétate, glutamate, L-arginine, L-lysine, DL-méthionine, L-phénylalanine ou L-valine. Sur API 20 NE, positifs pour hydrolyse de la gélatine (faiblement en 3–5 jours) et négatifs pour l’hydrolyse de l’esculine, le test PNPG, la réduction du nitrate, la production d’indole, l’acidification du D-glucose en anaérobiose, l’arginine dihydrolase, l’uréase et l’assimilation du L-arabinose, D-glucose, maltose, D-mannose, D-mannitol, N-acétylglucosamine, adipate, caprate, D-gluconate, citrate, L-malate et phénylacétate. Sur API ID 32 GN, négatifs pour l’assimilation du L-arabinose, L-fucose, D-glucose, maltose, mélibiose, L-rhamnose, D-ribose, saccharose, N-acétylglucosamine, glycogène, caprate, itaconate, lactate, propionate, subérate, valérate, 3-hydroxybenzoate, 4-hydroxybenzoate, 3-hydroxybutyrate, acétate, citrate trisodique, malonate, 2-cétogluconate, 5-cétogluconate, L-alanine, L-histidine, L-proline, L-sérine, inositol, D-mannitol, D-sorbitol et salicine. Sur API ZYM, positifs pour la phosphatase alcaline, esterase (C4), leucine arylamidase et
phosphatase acide, faiblement positifs pour naphthol-AS-BI-phosphohydrolase et esterase lipase (C8) et négatifs pour lipase (C14), cystine arylamidase, valine arylamidase, trypsine, alpha-chymotrypsine, alpha-fucosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, alpha-glucosidase, beta-glucosidase, beta-glucuronidase et alpha-mannosidase. Quinone isoprénoïde prédominante Q-8. Les Lipides polaires majeurs sont la phosphatidyléthanolamine, le phosphatidylglycérol, le diphosphatidylglycérol et un phospholipide inconnu. Sensibles à (mg par disque) kanamycine (30), néomycine (30), polymyxine M (300 U), rifampicine (5), céphazoline (30) et érythromycine (15) et résistants à ampicilline (10), benzylpénicilline (10 U), carbénicilline (100), gentamicine (10), streptomycine (30), vancomycine (30), acide nalidixique (30), ofloxacine (5), oxacilline (10), céphalexine (30), tétracycline (30), chloramphénicol (30), lincomycine (15) et oléandomycine (15). Croissance avec 20–50 g/l NaCl (optimum 30–40 g/l). Croissance sur milieu peptoné contenant NaCl seul sans MgCl2, KCl, CaCl2, NaNO3, K2HPO4, KCl, NaSO4, NaHCO3, NaF ou FeSO4. Psychrotolérants croissant à 4–33°C (optimum 25–28°C). Faiblement alcaliphiles croissant à pH 5,5–11,0 (optimum 8,5–9,5). ADN : 43 mol% G+C (Tm). Une seule espèce isolée d’un tissu interne de l’escargot de sable marin Umbonium costatum de la Mer du Japon en Russie, Cocleimonas flava.

Congregibacter (L. congregus, agglomérés en amas)

Cellules polymorphes, coccoïdes à bâtonnets irréguliers aux extrémités arrondies (0,4-0,7 x 0,5-4,5 microns), mobiles par un à deux flagelles polaires à subpolaires. Polymers de réserve (cyanophycine et polyphosphate) stockés dans des granules intracellulaires. Non sporulés, Gram négatif. Production de bactériochlorophylle a et caroténoïdes des séries spirilloxanthine (du jaune pâle au rouge-orangé) dans les cellules photosynthétiquement actives. Présence d’un système membranaire intracytoplasmique rudimentaire. En présence des pigments photosynthétiques, la lumière stimule la croissance microaérophile. Colonie ronde, entière, légèrement convexe, lisse, crème, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies stricts hétérotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent faiblement des alcanes et alcools ainsi que des acides organiques et aminés et quelques sucres. Cyt c dominants. Lipoquinone unique Q-8. Lipides polaires majeurs : phosphatidyléthanolamine, phosphatidylglycérol et un phospholipide inconnu. Croissance optimale à 28°C (9-33°C, pH 7,5-8 (6-9,5) et 20 g/l NaCl (10-70 g/l). Temps de division optimal 4,5 h. ADN : 58 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer du Nord en Allemagne, Congregibacter litoralis.

Eionea (une nymphe de la mer)

Bâtonnets (0,5-1,0 x 1,3-1,5 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie gris foncé. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase négative. Utilisent D-glucose, D-mannitol, citrate et L-proline. Phosphatase alcaline positive, estérase (C4) et naphtol-AS-B1-phosphohydrolase faiblement positives. Ubiquinone majeure Q-8. Croissance optimale à 30°C (10-44°C), pH 8 (5-9) et 35 g/l NaCl (7-70 g/l). ADN : 47,5 mol% G+C. Une seule espèce isolée de la Mer Méditerranée en France, Eionea nigra.

Gallaecimonas (L. Gallaecia, de Galicie, région nord-ouest de l’Espagne)

Bâtonnets mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, grise. Aérobies stricts. Oxydase négative. Assimilent D-glucose, L-arabinose, N-acetylglucosamine, maltose, malate et citrate. Hydrolysent esculine et gélatine. Oxydent alpha-cyclodextrine, glycogène, Tweens 40 et 80, N-acétyl-D-glucosamine, de nombreux sucres, acides organiques et aminés. Dégradent le pyrène et le benzopyrène, hydrocarbones aromatiques polycycliques à 4 et 5 cycles. Croissance optimale à 30°C (20-37°C), pH 5-8 (5-10) et 10-20 g/l NaCl (0-70 g/l). ADN : 42 mol% G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins en Espagne, Gallaecimonas pentaromativorans.

Gilvimarinus (L. gilvus, jaune pâle ; L. marinus, marin)

Bâtonnets (0,6-0,7 x 1,5-2,5 microns), mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie jaune pâle, lisse, circulaire, faiblement convexe, entière, de 1-2,5 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent les sucres avec production d’acides sur glucose. Nitrate non réduit. Hydrolysent amidon, agar, chitine et urée. Insensibles à l’agent vibriostatique O/129. Croissance optimale à 28-30°C 4-40°C) et 50 g/l NaCl (10-100 g/l). ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce d’eau de mer côtière en Chine, Gilvimarinus chinensis.

Halioglobus

Marinicella (L. marinus, marin; L. cella, une cellule)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 1,8-4,5 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie gris-jaunâtre, transparente, lisse, luisante, à bord régulier, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives, chimio-organohétérotrophes, incapables de croissance photoautotrophe avec CO2. Croissance abondante sur MA ou MB agar avec hydrolysat de caséine et milieu contenant de l’eau de mer naturelle ou artificielle, additionnée de 5 g/l de peptone, tryptone ou hydrolysat de viande. Pas de croissance sur milieu de base additionné de 1 g/l de glycérol, 1 g/l d’acétate de potassium ou 1 g/l de succinate de potassiums ou sur milieu de base en remplaçant les sels de sodium par des quantités équivalentes de sels de potassium. Pas de croissance avec D-glucose ou un mélange d’acides aminés (L-alanine, L-asparagine, L-arginine, L-phénylalanine, L-lysine, L-leucine, L-valine et L-histidine). NaCl requis pour la croissance. Bonne croissance sur milieu avec peptone et NaCl sans aucun composant des sels de mer (MgCl2, KCl, CaCl2, NaNO3, K2HPO4, KCl, NaSO4, NaHCO3, NaF ou FeSO4). Négatifs pour la production d’H2S, positifs pour l’hydrolyse de la gélatine, ADN et Tweens 20, 40 et 80. Caséine hydrolysée en 3-5 jours. Ne dégradent pas CM-cellulose, agar, chitine ou amidon. Sur milieu avec L-tyrosine, ne produisent pas des pigments de type mélanine ou des zones de lyse. Pas de production d’acide sur D-glucose, maltose, saccharose, lactose, D-galactose, D-mannose, cellobiose, D-xylose, D-arabinose, L-rhamnose, D-sorbitol ou D-mannitol. Tests API 20NE positifs pour l’hydrolyse de la gélatine et négatifs pour la réduction du nitrate, la production d’indole, l’acidification du glucose en anaérobiose, la production d’arginine dihydrolase, uréase, hydrolyse de l’esculine, test du PNPG et assimilation du D-glucose, D-mannitol, maltose, L-arabinose, D-mannose, N-acétylglucosamine, D-gluconate, caprate, adipate, L-malate, citrate et phénylacétate. Test API 20E positifs pour l’hydrolyse de la gélatine et négatifs pour l’ONPG, arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase, production d’H2S, uréase, tryptophane desaminase, production d’indole, d’acétoine, utilisation du citrate trisodé et oxydation et fermentation du D-glucose, D-mannitol, inositol, D-sorbitol, L-rhamnose, saccharose, mélibiose, amygdaline et D-arabinose. Pas de croissance sur D-glucose, maltose, saccharose, D-xylose, D-galactose, N-acétylglucosamine, lactose, mélibiose, raffinose, L-rhamnose, L-arabinose, D-ribose, D-mannose, cellobiose, glycérol, acétate, glutamate, DL-méthionine, D-mannitol, citrate, L-alanine, L-asparagine, L-arginine, L-phénylalanine, L-valine ou L-lysine. Tests API ZYM positifs pour la phosphatase alcaline, estérase, lipase (C8), leucine arylamidase et naphthol-As-BI-phosphohydrolase, faiblement positifs pour trypsine et négatifs pour estérase( C4), lipase (C14), valine arylamidase, cystine arylamidase, alpha-chymotrypsine, phosphatase acide, N-acétyl-Beta-glucosaminidase, alpha- galactosidase, Beta-galactosidase, alpha-glucosidase, Beta-glucuronidase, Beta-glucosidase, D-mannosidase et alpha-fucosidase. Quinone isoprénoïde prédominante Q-8. Les lipides polaires contiennent phosphatidylcholine, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol et des phospholipides inconnus. Croissance optimale à 25-28°C (5-35°C), pH 8,5-9,5 (6,0-11,0) et 20-30 g/l NaCl (10-50 g/l). ADN : 44 mol % G+C (Tm). Une seule espèce isolée d’environment marin côtier de la Mer du Japon en Russie, Marinicella litoralis.

Methylohalomonas (G. methyl, du G. methu, vin et G. hulê, bois), radical méthyl; G. halos, sel; G. monas, unité)

Bâtonnets (0,5-0,6 x 1-3 microns), isolés ou en courtes chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Aérobies stricts. Méthylotrophes obligés. Utilisent les composés carbonés en C1 (méthanol et méthylamine) comme source de carbone et d'énergie en utilisant le cycle de la sérine pour l'assimilation carbonée. Pas de croissance autotrophe sur H2 ou thiosulfate. Utilisent l'ammonium comme source d'azote. Halophiles et neutrophiles. Croissance entre pH 6,5-8,2 (opt. 7,5). Halophiles modérés (30-240 g/l NaCl; opt. 120 g/l) mais extrèmement tolérants au sel. ADN 60 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un lac hypersalé de Sibérie, Methylohalomonas lacus.

Methylonatrum (G. methyl, du G. methu, vin et G. hulê, bois), radical méthyl; G. natron, soude)

Bâtonnets courts coccoïdes (0,5-0,7 x 1-1,2 microns), isolés ou en paires, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Aérobies stricts. Méthylotrophes obligés. Utilisent méthanol, formate, éthanol et acétate comme source de carbone et d'énergie en utilisant le cycle de Calvin-Benson pour l'assimilation carbonée. Pas de croissance autotrophe sur H2 ou thiosulfate. Utilisent l'ammonium et le nitrate comme source d'azote. Halophiles modérés et alcaliphiles obligés. Croissance entre pH 8,3-10,5 (opt. 10) et 20-240 g/l NaCl (opt. 30-60 g/l), mais extrèmement tolérants au sel. ADN 62-63 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un lac sodé de russie, Methylonatrumkenyense.

Orbus (L. orbus, orphelin)

Cellules coccoïdes ou bâtonnets (0,8 x 1,0-1,5 microns), entourés d’une gaine de type capsule, dépourvus de flagelles mais mobilité apparente sur des surfaces mouillées, Gram négatif. Pas de production de pigments. Colonie de 1-2 mm. Aérobies et anaérobies facultatifs chimiohétérotrophes, oxydase et catalase positives. Sur système API 20NE, test positif pour la réduction du nitrate, la fermentation du glucose, l’uréase et l’hydrolyse de l’esculine. Arginine dihydrolase, production d’indole, hydrolyse de la gélatine et Beta-galactosidase sont négatives. N’assimilent pas D-glucose, L-arabinose,D-mannose, D-mannitol, N-acetylglucosamine, maltose, gluconate, caprate, adipate, malate, citrate ou phénylacétate. L’ubiquinone majeure est la Q-8. Mésophiles, psychrotolérants. Croissance optimale à 20-30°C (4-37°C). ADN : 36 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fécès d’un ours collectés dans un zoo allemand, Orbus hercynius.

Panacagrimonas (L. Panax -acis, nom scientifique du ginseng; L. ager, agri, un champ ; L. monas, une unité)

Bâtonnets (1,2-1,8 x 2,0-4,0 microns), Gram négatif. Colonie de 1-2 mm de diamètre, lisse, plate, blanche, irrégulière. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Pas de croissance sur nutrient agar, TSA et MacConkey agar. Ne réduisent pas le nitrate en nitrite ni le nitrite en azote. Négatifs pour l’hydrolyse de l’ADN, caséine, chitine, amidon, cellulose, xylane et lipides. Sur API 20E, le test de Voges-Proskauer, la gélatinase et la tryptophane désaminase sont positifs mais le test de l’ONPG, l’arginine dihydrolase, la lysine décarboxylase, l’ornithine décarboxylase, l’uréase, l’utilisation du citrate, la production d’H2S et d’indole sont négatifs. Acide non produit sur D-glucose, D-mélibiose, amygdaline, L-arabinose, D-mannitol, inositol, D-sorbitol, L-rhamnose et D-saccharose. La quinone respiratoire majeure est la Q-8. Les lipides polaires sont le phosphatidylglycérol, la phosphatidyléthanolamine, le diphosphatidylglycérol, un glycolipide inconnu, des aminophospholipides inconnus, des phospholipides inconnus et un lipide inconnu. Croissance optimale à 30°C (15-42°C), pH 6,5-7,0 (5,0-8,5) et sans NaCl (0- 70 g/l). ADN : 70 mol% G+C. Une seule espèce isolée du sol en Corée, Panacagrimonas perspica.

Plasticicumulans (L. plasticum, plastique; L cumulans, accumulant)

Cellules coccoïdes à ovoïdes (1,5-1,8 x 3-5 microns), Gram négatif. Formation de deux types de colonie, une en forme de dôme, rugueuse et l’autre plate et lisse, blanc-jaunâtre, jusqu’à 3 mm de diamètre après 72 h d’incubation à 30°C. Accumulent jusqu’à 89 % de PHA, sous forme de larges granules intracellulaires. Aérobies hétérotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent acétate, propionate, butyrate, valérate, caproate, heptanoate, octanoate, nonanoate, décanoate, pyruvate, succinate, Iactate, fumarate, éthanol, malate et extrait de levure. Ammonium et nitrate servent de source d’azote. N’hydrolysent pas esculine et gélatine. Nitrate réduit en nitrite. Lipides polaires : diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, trois phospholipides, un aminolipide et un lipide non identifiés. La quinone respiratoire majeure est Q-8. Croissance optimale à 30°C (20-35°C) et pH 6-8. Sensibles au sel (<150 mM NaCl ou KCl). ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un réacteur alimenté avec de l’acétate aux Pays Bas, Plasticicumulans acidivorans.

Porticoccus (L. portus, port)

Coques (0,4-1,0 micron de diamètre), dépourvues de flagelles. Gram négatif. Pas de production de pigment. Colonie circulaire, opaque, convexe, entière, beige à blanche, de 0,05 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes. Oxydase positive et catalase négative. Utilisent les sucres. Nitrate non réduit. Requièrent NaCl pour leur croissance. Croissance optimale à 20-25°C (15-42°C), pH 7-8 (5-11) et 35 g/l NaCl (15-50 g/l). ADN : 49 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer Jaune en Corée, Porticoccus litoralis.

Sedimenticola

Bâtonnets (0,5 x 1,5 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie ronde, rouge vif, de 5 mm de diamètre. Anaérobies stricts, utilisant le sélénium (couplée à l'utilisation de 4-hydroxybenzoate) ou les oxyanions d'azote comme accepteurs d'électrons. Utilisent les acides aromatiques et acides gras à courte chaîne comme substrats. Croissance avec 11-23 g/l de NaCl. ADN 57 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments marins aux USA, Sedimenticola selenatireducens.

Simiduia (Usio Simidu, microbiologiste japonais)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,4-0,6 x 2-5 microns), non mobiles mais moins de 1% de cellules monotriches, Gram négatif. Cellules agrégées durant la phase stationnaire et pléomorphes, souvent irrégulières avec 5-50 microns de long. Formation de bulles et de pédoncules péritriches pouvant être branchés ou réticulés. Colonie circulaire, convexe, non luminescente, agarolytique, blanc-crémeuse. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Réduisent le nitrate en nitrite en anaérobiose. Utilisent quelques acides organiques, aminés et sucres comme substrats. Quinone isoprénoïde majeure Q-10. Lipide polaire majeur: phosphatidyléthanolamine. Croissance optimale à 30-35°C (15-40°C), pH 7 (7-10) et 20-30 g/l NaCl (5-70 g/l). ADN 56 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la mer à Taiwan, Simiduia agarivorans.

Solimonas

Bâtonnets (0,2-0,4 x 0,3-0,5 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie jaune pâle. Aérobies stricts, oxydase négative et catalase positive. Ne produisent pas d'acide sur glucose. Utilisent quelques acides organiques, aminés et sucres comme substrats. Ubiquinone majeure Q-8. Croissance optimale à 30°C (25-37°C) et pH 7 (7-9). ADN 40 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol en Corée, Solimonas soli.

Spongiibacter (L. spongia, éponge)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 1-2 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies stricts, oxydase positive et catalase faiblement positive. Utilisent l'arabinose comme substrat. Hydrolysent les Tween 40 et 80. Halophiles. Croissance optimale à 20-30°C (10-40°C), pH 7-9 (6,5-9,5) et 30 g/l NaCl (10-70 g/l). ADN 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'une éponge, Spongiibacter marinus.

Steroidobacter (G. steroides, stéroïde)

Bâtonnets légèrement incurvés (0,3-0,5 x 0,6-1,6 microns), isolés ou en paires, mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie petite (1 mm), brun-jaune. Aérobies stricts, chimio-organotrophes sur testostérone et un nombre limité de substrats organiques. Catalase et oxydase positives. Utilisent le nitrate comme accepteurs d'électrons en anaérobiose, avec production de N2O puis N2 (dénitrifiants) et avec œstradiol (stéroïde en C18) et testostérone (stéroïde en C19) comme donneurs d'électrons. Pas de croissance aérobie ou anaérobie sur milieu complexe liquide ou solide. Ubiquinone Q-8. Lipides polaires majeurs: diphosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylglycérol et plusieurs lipides inconnus. Croissance optimale à 28-30°C (20-38°C) et pH 7,0 (6,1-7,8). ADN 62 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un digesteur traitant des boues de station d'épuration en Allemagne, Steroidobacter denitrificans.

Sulfuricella

Bâtonnets (0,4-0,6 x 0,8-2,0 microns), Gram négatif. Anaérobies facultatifs chimiolitho-autotrophes. Réduisent le nitrate en azote (dénitrifiants). Croissance autotrophe par oxydation du thiosulfate et du soufre élémentaire en sulfate. Catalase négative et oxydase positive. Croissance à des températures inférieures à 28°C, avec un optimum à 22°C, à pH entre 6,0-9,0 avec un optimum à pH 7,5-8,0. Ne requièrent pas de NaCl et sont inhibés au-dessus de 220 mM NaCl. ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac d’eau douce, Sulfuricella denitrificans.

Thiohalobacter

Bâtonnets courts (0,4 x 1-2 microns), souvent en chaînes, non mobiles, Gram négatif. Colonie blanc-argent dû à l’accumulation externe de soufre, de 2 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-lithoautotrophes obligés, oxydase et catalase positives. Le CO2 est assimilé via le cycle de Calvin-Benson. Utilisent le thiocyanate et le thiosulfate comme donneurs d’électrons. Oxydent sulfures, soufre élémentaire et tetrathionate en sulfate mais pas H2. Le thiocyanate est dégradé en en cyanate. Halophiles modérés et neutrophiles. Croissance optimale à 32°C (20-40°C), pH 7,3-7,5 (6,3-8,0) et 30 g/l NaCl (10-180 g/l). ADN : 64 mol% G+C. Une seule espèce isolée de sédiments de lacs hypersalés de Sibérie, Thiohalobacter thiocyanaticus.

Thiohalomonas (G. thion, soufre; G. halos, sel)

Bâtonnets ou vibrions (0,4-0,5 x 1,5-6 microns), non mobiles, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, chimio-lithoautotrophes obligatoires. Utilisent les composés soufrés réduits comme doneurs d'électrons et l'oxygène (en microaérophilie) ou le nitrate comme accepteurs d'électrons, avec production de sulfate. Une espèce dénitrifiante. Halophiles modérés et neutrophiles. Croissance optimale à pH 7,3-8,2 (6,5-8,2) et 85-115 g/l NaCl (60-175 g/l). ADN 58-63 mol % G+C. Deux espèces isolées de lacs hypersalés de Sibérie, dont Thiohalomonas denitrificans.

Thiohalophilus (G. thios soufre; G. hals, sel de mer; G. philos aimant)

Longs bâtonnets (0,35–0.40 x 2–6 microns) non mobiles, Gram négatif. Pendant la croissance aérobie un pigment jaune lié à la membrane est produit. Anaérobies facultatifs chimio-lithoautotrophes obligés utilisant des composés réduits du soufre, comme sulfures, thiosulfate et thiocyanate, comme donneur d’électrons avec oxygène ou nitrite comme accepteurs d’électrons. Le thiocyanate est dégradé par le “COS pathway” avec un enzyme du type thiocyanate hydrolase. Les cellules cultivées sur thiocyanate ont une activité cyanase. Halophiles modérés avec une salinité de 1,0 à 4,0 M NaCl et un optimum à 1,5 M. Le pH varie de 6,5 à 8,2 avec un optimum à pH 7,5. ADN : 64 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments de lacs hypersalins de Sibérie, Thiohalophilus thiocyanoxidans.

Thiohalorhabdus (G. thion, soufre; G. halos, sel; G. rhabdos, bâtonnet)

Bâtonnets longs et fins aux extrémités pointues (0,3-0,4 x 3-1 microns), non mobiles, Gram négatif. Accumulent glycine bétaine. Anaérobies facultatifs, chimio-lithoautotrophes obligatoires. Utilisent les composés soufrés réduits comme doneurs d'électrons et l'oxygène ou le nitrate comme accepteurs d'électrons, avec production de sulfate. Oxydent le thiosulfate en tetrathionate puis sulfate en aérobiose. Oxydent le thiosulfate en soufre puis sulfate en anaérobiose. Dénitrifiants. Peuvent également oxyder le sulfure et le soufre élémentaire mais pas H2. Halophiles extrêmes et neutrophiles. Croissance optimale à pH 7,3-7,8 (6,5-8,2) et 180 g/l NaCl (120-300 g/l). ADN 65-66 mol % G+C. Une espèce isolée d'un lac hypersalé de Russie,Thiohalorhabdus denitrificans.

Thioprofundum (G. thios, soufre; L. profundus, profond)

Bâtonnets courbes à spiralés (0,4-0,6 x 1-20 microns), mobiles par un flagelle polaire. Anaérobies facultatifs à microaérobies et piézophiles. Chimio-lithoautotrophes, capables d’utiliser les composés réduits du soufre (soufre élémentaire, thiosulfate, tétrathionate ou sulfite) comme donneurs d’électrons et le nitrate ou l’oxygène moléculaire comme accepteur d’électrons. Le thiosulfate est oxydé en sulfate et le nitrate est réduit en N2 et N2O (dénitrifiants). Nitrate, ammonium, azote moléculaire ou extrait de levure sont utilisés comme seule source d’azote. Thermophiles et neutrophiles. NaCl absolument requis pour la croissance. Croissance optimale à 50°C (30-55°C), pH 7 (5,8-7,6) et 30 g/l NaCl (12-42 g/l). ADN : 66 mol % G+C (HPLC). Une seule espèce isolée d’un fumeur noir, Thioprofundum lithotrophica.

Umboniibacter (L. Umbonium, nom scientifique d’un genre de mollusque marin)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 1,5-2,5 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie régulière, transparente, lisse, brillante, rosâtre, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organohétérotrophes, oxydase positive, catalase faiblement positive. Bonne croissance sur hydrolysat de caséine ou eau de mer additionnée de peptone, tryptone ou hydrolysat de viande. Faible croissance sur glucose ou mélange d’acides aminés. Hydrolysent gélatine, caséine et Tweens 20, 40 et 80. Quinone isoprénoïde majeure Q-7. Lipides polaires : phosphatidyléthanolamine, phosphatidylglycérol et diphosphatidylglycérol. Psychrotolérants. Croissance optimale à 25-28°C (5-33°C), pH 8,0-8,5 (6,5-10) et avec 25-30 g/l NaCl (20-50 g/l). ADN : 52 mol% G+C. Une seule espèce isolée du mollusque gastéropode marin Umbonium costatum, Umboniibacter marinipuniceus.

Zhongshania (nom de la station chinoisez antarctique Zhongshan)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 0,8-1,5 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie sur marine agar à 30°C après 7 jours, blanche, circulaire (0,5-1,2 mm de diamètre), convexe, lisse. Aérobies, catalase et oxydase positives. Nitrates réduits en nitrites. Hydrolysent Tween 40. Utilisent fructose, mannitol, pyruvate, Tweens 40 et 80. Croissance optimale à 30°C (4-35°C), pH 6,5-7,5 (5,5-9,0) et 5-35 g/l NaCl (0-90 g/l). ADN : 51,5-52 mol % G+C. Deux espèces isolées de la côte Antarctique, dont Zhongshania antarctica.


Accueil
Introduction
Classification résumée
Classification générale
Liste alphabétique

Groupes trophiques spéciaux

Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
Biblio
Plan du site
 
Synonymes