Taxonomie des Procaryotes
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Classification de Cavalier-Smith
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Synonymes
         
Aeromonadales et Enterobacteriales, Ordres XII et XIII des Gamma-Proteobactéries,
Classe III des Proteobactéries, Phylum XIII du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés des Proteobactéries

Fonctions: fermentaires, saprophytes, nitrifiants, dénitrifiants, méthylotrophes, fixateurs d ’azote, pathogènes
Morphologie: coques, bâtonnets, spirilles
Croissance: aérobies, anaérobies facultatives ou stricts, mésophiles
Nutrition: chimio-organotrophes, lithoautotrophes, photosynthétiques
Habitat: ubiquistes, pathogènes

2. Taxonomie des Aeromonadales et des Enterobacteriales

Classe III. Gamma-proteobacteria

Ordre I. Chromatiales Ordre II. Acidithiobacillales
Ordre III. Xanthomonadales
Ordre IV. Cardiobacteriales
Ordre V. Thiotrichales
Ordre VI. Legionellales
Ordre VII. Methylococcales
Ordre VIII. Oceanospirillales
Ordre IX. Pseudomonadales
Ordre X. Alteromonadales
Ordre XI. Vibrionales

 

Ordre XII. Aeromonadales

Famille I. Aeromonadaceae: Aeromonas, Oceanimonas, Oceanisphaer, Tolumonas, Zobellella

Famille II. Succinivibrionaceae: Succinivibrio, Anaerobiospirillum, Ruminobacter, Succinatimonas, Succinimonas

Ordre XIII. Enterobacteriales

Famille I. Enterobacteriaceae : Enterobacter, Arsenophonus, Averyella, Biostraticola, Brenneria, Buchnera, Budvicia, Buttiauxella, Calymmatobacterium, Cedecea, Citrobacter, Cosenzaea, Cronobacter, Dickeya, Edwardsiella, Erwinia, Escherichia, Ewingella, Gibbsiella, Hafnia, Klebsiella, Kluyvera, Leclercia, Leminorella, Levinea, Lonsdalea, Mangrovibacter, Moellerella, Morganella, Obesumbacterium, Pantoea, Pectobacterium, Photorhabdus, Phytobacter, Plesiomonas, Pragia, Proteus, Providencia, Rahnella, Raoultella, Saccharobacter, Salmonella, Samsonia, Serratia, Shigella, Shimwellia, Sodalis, Tatumella, Thorsellia, Trabulsiella, Wigglesworthia, Xenorhabdus, Yersinia, Yokenella

Ordre XIV. Pasteurellales Ordre XV. Salinisphaerales


3. Description des Genres

Classe III. Gamma-Proteobacteria

Ordre XII. Aeromonadales

Famille I. Aeromonadaceae

Aeromonas

Bâtonnets droits à cocoïdes (0,3-1 x 1-3,5 microns) aux extrémités arrondies, pouvant former de courtes chaînes. Mobiles par un flagelle polaire. Les cultures jeunes sur milieu solide peuvent présenter des flagelles péritriches. Fermentent les sucres en acides avec ou sans gaz. Réduisent le nitrate en nitrite. Oxydase positive. Résistent à l'agent vibriostatique O/129 (2,4-diamino-6,7-diisopropylptéridine). Amylase, lécithinase et phosphatase positives, pectinase négative. On rencontre ces organismes dans les eaux douces et usées. Certaines espèces sont pathogènes pour les grenouilles et les poissons. ADN : 57 à 63 mol % de G+C.Le genre comprend dix-sept espèces divisées en deux groupes bien séparés. Le premier dénommé Aeromonas salmonicida comporte quatre sous-espèces psychrophiles et non mobiles. Le second comprend trois espèces mésophiles et mobiles dont l'espèces type A. hydrophila. Aeromonas salmonicida est un parasite strict, occasionnant une furonculose des saumons et des truites grâce à la synthèse d'une leucocidine. Les aéromonades mobiles sont les agents de la maladie des pattes rouges des amphibiens ; ils engendrent également des maladies chez les reptiles, les poissons, les bovins et l'homme, lorsque des blessures sont exposées à des eaux polluées. Leur potentiel entéropathogène dépendrait de la production d'une entérotoxine thermolabile.

Oceanimonas

Bâtonnets droits (0,7-1,2 x 2-2,5 microns) mobiles par un à quatre flagelles polaires. Gram négatif. Chimio-organotrophes halophiles obligés. Aérobies stricts utilisant quelques acides organiques, acides aminés et le phénol. ADN : 54 mol % G+C. Deux espèces isolées d’environnements marins, dont Oceanimonas doudoroffii.

Oceanisphaera

Cellules sphériques de 1-1,2 microns de diamètre, mobiles par un flagelle polaire ou non mobiles, capsulées, Gram négatif. Forment des agrégats et des structures fibrillaires en milieu liquide. Colonie lisse, luisante, jaunâtre, à bords réguliers, de 3-5 mm de diamètre. Aérobies, catalase et oxydase positives. Pas de production d’acide sur sucres. Réduisent le nitrate en nitrite. Uréase positive. Phospholipides : phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycérol et diphosphatidylglycérol. Halophiles modérés. Croissance entre 4 et 42°C avec 5 à 100 g/l de NaCl. ADN : 56 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sable du fond de la Mer du Japon en Russie, Oceanisphaera litoralis.

Tolumonas

Bâtonnets (0,9-1,2 x 2,5-3,2 microns) isolés ou en paires, non mobiles, Gram négatif. Anaérobies facultatifs. Catalase variable et oxydase négative. Production de toluène sur phénylalanine, phénylacétate, phényllactate et phénylpyruvate en présence d’une source de carbone. Production de phénol sur tyrosine. Fermentation du glucose en éthanol, acétate et formate. Croissance optimale à 22 °C et pH 7,2. ADN : 49 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sédiment d’un lac, Tolumonas auensis.

Zobellella (C.E. Zobell, microbiologiste marin américain)

Bâtonnets droits (0,6-0,8 x 1,6-2,6 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie circulaire, à bords réguliers, blanche, de 1,5-4 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase positives. Fermentent les sucres avec production d’acide sans gaz. L'espèce type est dénitrifiante, réduisant le nitrate en azote. Phospholipides : phosphatidylethanolamine, phosphatidylglycérol et diphosphatidylglycérol. Halotolérants modérés. Croissance optimale entre 30-35°C (10- 45°C), pH 7-8 (6-10) et avec 10 à 30 g/l de NaCl (0-140 g/l). ADN : 62-64 mol % G+C. Deux espèces isolées d’une mangrove à Taiwan, dont Zobellella denitrificans.

                            Famille II. Succinivibrionaceae

Succinivibrio

Bâtonnets incurvés (0,4-0,6 x 1-7 microns) aux extrémités pointues. Les cellules sont enroulées en hélice avec une à trois spires par cellule. Elles peuvent se redresser en milieu artificiel. Mobiles par un flagelle polaire selon un mouvement vibratoire progressif. Fermentent le glucose en succinate, acétate, formate et parfois lactate sans production d'H2. Se rencontrent dans le rumen des bovidés et ovidés où ils fermentent les dextrines. Non pathogènes. Une seule espèce, Succinivibrio dextrinosolvens.

Anaerobiospirillum

Bâtonnets hélicoïdes (0,6-0,8 x 3-8 microns) aux extrémités arrondies, mobiles au moyen de touffes bipolaires de flagelles (amphitriches). Fermentent le glucose principalement en succinate et acétate, avec des traces de lactate et formate. ADN : 44 mol % de G+C. Deux espèces isolées de la gorge et du colon des chiens, dont Anaerobiospirillum succiniciproducens.

Ruminobacter

Bâtonnets (0,8-1 x 0,8-8 microns) souvent encapsulés, devenant renflés par des inclusions sphériques après 2-3 jours d’incubation. Croissance à 30 °C mais pas à 22 ni 45 °C. La croissance exige des milieux complexes. Elle est stimulée par l’acétate, le 2-méthylbutyrate ou l’isobutyrate. Présence de cytochromes b et o. Utilisent H2 pour réduire le fumarate en succinate. Une seule espèce isolée du rumen, Ruminobacter amylophilus.

Succinatimonas (L. succinas, -atis ; succinate; L. monas, une unité)

Bâtonnets aux extrémités arrondies (0,5-1,4 x1,4-4,8 microns), isolés et rarement en paires ou courtes chaînes, non mobiles, non spiralés, Gram négatif. Anaérobies stricts, non sporulés, négatifs pour catalase, oxydase, uréase, production d’indole, réduction du nitrate et hydrolyse de l’esculine et gélatine. Utilisent un petit nombre de sucres et produisent succinate et acétate comme métabolites majeurs lors de la fermentation du glucose. Produisent de l’acide sur glucose, maltose et D-xylose, et faiblement sur L-arabinose. Cellobiose, D-mannitol, D-mannose, mélézitose, raffinose, D-sorbitol, tréhalose, glycérol, lactose, L-rhamnose, salicine et saccharose non utilisés. Test API (API Rapid ID 32L et API ZYM), positifs pour N-acétyl-B-glucosaminidase, phosphatase acide, alanine arylamidase, arginine arylamidase, estérase (C4) et naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase et négatifs pour phosphatase alcaline, A-arabinosidase, arginine dihydrolase, chymotrypsine, cystine arylamidase, estérase-lipase (C8), 6-phospho-B-galactosidase, A-fucosidase, A-galactosidase, B-galactosidase, A-glucosidase, B-glucosidase, B-glucuronidase, acide glutamique décarboxylase, glutamyl acide glutamique arylamidase, glycine arylamidase, histidine arylamidase, leucine arylamidase, leucyl glycine arylamidase, lipase (C14), A-mannosidase, phénylalanine arylamidase, proline arylamidase, acide pyroglutamique arylamidase, sérine arylamidase, trypsine, tyrosine arylamidase et valine arylamidase. ADN : 40 mol % G+C.Une seule espèce isolée de fécès humains, Succinatimonas hippei.

Succinimonas

Une seule espèce Succinimonas amylolytica.

 

Ordre XIII. Enterobacteriales

Famille I. Enterobacteriaceae

Elle regroupe des bâtonnets droits péritriches ou immobiles capables de faire fermenter les sucres avec production d'acide et souvent de gaz. Ces organismes sont catalase positifs et oxydase négatifs et réduisent souvent le nitrate en nitrite. C'est un groupe hétérogène sur le plan biochimique, génétique et écologique, qui renferme des pathogènes pour l'homme, les animaux, les insectes ou les plantes. L'importance médicale et économique de ces bactéries ainsi que leur temps rapide de génération, leur faculté de croissance sur milieu défini et la facilité des manipulations génétiques en ont fait des objets d'études intenses en laboratoire. De nombreuses espèces ont une importance économique considérable. Les Erwinia engendrent plusieurs maladies des plantes suivantes : maïs, pommes de terre, ananas et diverses céréales. Certaines espèces de Yersinia et Edwardsiella affectent l'industrie du poisson. La salmonellose est un grave problème pour l'élevage des poulets ;Escherichia coli entraîne des diarrhées aigües chez le veau et le porc. Le G+C de l'ADN varie de 38 à 60 mol %.

Enterobacter

Bâtonnets droits (0,6-1 x 1,2-3 microns) péritriches, gaz plus. Test VP positif. Utilisent citrate et malonate, ne produisent pas H2S, liquéfient la gélatine. Ne possèdent ni désoxyribonucléase, ni lipase, ni Tween 80 estérase. Ubiquistes et communs chez l'homme et l'animal. On différencie les espèces par le spectre fermentaire des sucres et la décarboxylation des acides aminés. Certaines souches fixent l'azote atmosphérique. De nombreux sérovars ont été décrits. On trouve les Enterobacter dans tous les environnements naturels (sol, eau, égoûts, légumes...) et spécialement E. agglomerans, dénommé Erwinia herbicola par les phytopathologistes, qui est un saprophyte de nombreuses plantes. ADN : 52-60 mol % GC. Le genre comprend treize espèces. L’espèce type, Enterobacter cloacae, est un pathogène occasionnel qu'on isole de l'urine, du pus, des crachats ou du sang.

Arsenophonus (G. arsen, mâle, G. phonus, tueur)

Bâtonnets longs à filamenteux dans les cultures jeunes (0,4-0,6 x 7-10 microns), non mobiles, Gram négatif. Utilisent les protéines digérées enzymatiquement comme source d’azote. Utilisent les sucres avec production d’acides. Catalase positive, oxydase négative. Croissance optimale à 30 °C (15-35 °C), pH 7,4-8 (6,2-8,7). ADN : 40 mol % G+C. Une seule espèce parasite de la guêpe, Arsenophonus nasoniae.

Averyella (Oswald T. Avery, microbiologiste canadien)

Bâtonnets mobiles entérique. Anaérobies facultatifs utilisant malonate, D-glucose avec production d’acides et de gaz, L-arabinose, cellobiose, dulcitol , D-galactose, glycérol, lactose, maltose, D-mannitol, D-mannose, alpha-méthyl-D-glucoside, L-rhamnose, salicine, D-sorbitol, tréhalose, D-xylose et acétate. Test biochimiques positifs : rouge de méthyl, utilisation du citrate, uréase, lysine et ornithine décarboxylases, hydrolyse de l’esculine, réduction du nitrate en nitrite, test ONPG. Test négatifs: Indole, VP, H2S, phénylalanine désaminase, arginine dehydrolase, gélatinase. Une seule espèce mais de nombreuses souches isolées d’échantillons cliniques humains, Averyella dalhousiensis, appartenant au groupe entérique 58 de la famille des Enterobacteriaceae.

Biostraticola (G. bios, vie; L. stratum, couche; L. incola, habitant)

Bâtonnets (1-1,3 x 3-4 microns),non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie blanchâtre, de 3,5 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs, catalase positive, oxydase négative. Fermentent un grand nombre de sucres sans gaz. Hydrolysent l'amidon. Isoprénoïdes: ubiquinone Q8 et ménaquinone MK8. Croissance optimale à 25-30 °C (5-30°C), pH 8,2-9,2 (5-9,2) et jusqu'à 30 g/l de NaCl.ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un biofilm sur le sommet d'un dépôt de tuf en Allemagne, Biostraticola thermophila.

Brenneria (Don J. Brenner, bactériologiste américain)

Bâtonnets (0,5-1 x 1,3-3 microns) isolés ou rarement en paires, péritriches, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, catalase positive et oxydase négative. Production d’acide sur sucres. ADN : 50-56 mol % G+C. Six espèces phytoparasites des arbres, dont Brenneria salicis.

Buchnera (P. Buchner, biologiste allemand)

Cellules rondes à ovales (2-5 microns), non mobiles, Gram négatif. Endosymbiontes obligatoires des pucerons. Se rencontrent dans des vésicules dérivées de la membane de l’hôte (mycétocytes). Ne peuvent être cultivées en dehors de l’hôte pour lequel elles sont indispensables. ADN : 26-28 mol % G+C. Une seule espèce, Buchnera aphidicola.

Budvicia (L. Budvicium, Ceské Budéjovice, ville de Tchéquie)

Bâtonnets droits, péritriches, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, catalase positive, oxydase négative. Fermentent le glucose sans production de gaz. Réduisent le nitrate en nitrite. Produisent de l’H2S. ADN : 46 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eaux potables ou de rivière, Budvicia aquatica. Aucune souche impliquée dans des maladies de l’homme, des animaux ou des plantes.

Buttiauxella

Bâtonnets mobiles, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, oxydase négative. Fermentent le glucose avec production d’acide et de gaz. Phénotypiquement très proches du genre Kluyvera. Réduisent le nitrate en nitrite. Sept espèces isolées du sol, d’eaux douces, de l’homme et de mollusques, dont Buttiauxella agrestis.

Calymmatobacterium (G. calymma, gaine)

Bâtonnets pléomorphes (0,5-1,5 x 1-2 microns) aux extrémités arrondies, isolés ou en amas. Les cellules montrent une condensation polaire ou bipolaire de chromatine. Présence d'une capsule. Non mobiles. Ce sont des organismes intracellulaires caractéristiques du cytoplasme des grands mononucléaires phagocytes. On peut les cultiver in vivo dans des œufs de poule embryonnés ou in vitro sur milieu spécial au jaune d'œuf. Ce sont des pathogènes pour l'homme. Une seule espèce connue, Calymmatobacterium granulomatisengendre la donovanose (granulomie inguinale) chez l'homme, spécialement en région tropicale, du nom du bactériologiste Donovan qui l'observa le premier en 1905. Rattaché maintenant au genre Klebsiella.

Cedecea (C.D.C. Centers for Disease Control, Atlanta, Georgie, qui nomma le premier cet organisme)

Bâtonnets (0,5-0,6 x 1-2 microns) mobiles, fermentant le glucose en acide et gaz, réduisant le nitrate en nitrite. Lipase positive, desoxyribonucléase et gélatinase négatives. Résistent à la colistine et à la céphalothine. ADN : 48-52 mol % de G+C. Trois espèces isolées chez l'homme du système respiratoire mais dont l’action clinique est inconnue, dont Cedecea davisae.

Citrobacter (L. citrus, citron)

Bâtonnets droits (1 x 2-6 microns) péritriches, non encapsulés. Utilisent le citrate comme seule source de carbone. La lysine n'est pas décarboxylée. Ne produisent ni phénylalanine déaminase, ni gélatinase, ni lipase, ni désoxyribonucléase. Ne décomposent pas l'alginate et le pectate. Gaz plus, VP négatif. Habitants habituels de l'intestin de l'homme et des animaux, pathogènes opportunistes. Se rencontrent également dans le sol, les eaux et les aliments. ADN : 50-52 mol % G+C. Douze espèces décrites, dont l’espèce type Citrobacter freundii (A. Freund, bactériologiste).

Cosenzaea (Benjamin J. Cosenza, microbiologiste qui décriva le premier ce microorganisme sous le nom de Proteus myxofaciens en 1966)

Bâtonnets droits (0,4-0,8 x 1,0-3,0 microns), mobiles par flagelles péritriches, Gram négatif. Croissance sur milieu gélosé sous la forme d’un film fin et uniforme. Hémolyse sur agar au sang. Croissance optimale à 37°C. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes, avec un métabolisme respiratoire et fermentatif. Oxydase négative et catalase positive. Urée hvdrolysée, indole non produite. Tests de Voges-Proskauer et citrate de Simmons positifs. Désamination oxydative de la phénylalanine et du tryptophane. Lysine et ornithine décarboxylase ainsi qu’arginine dihydrolase non produites. Tyrosine non décomposée. Mucus produit à 25°C sur milieu liquide avec trypticase de soja. H2S produit après 3-4 jours d’incubation. Gélatine hydrolysée à 22°C. Croissance sur milieu contenant KCN. Malonate non utilisé. Acide produit sur D-glucose, maltose, glycérol et alpha-méthyl-glucoside. ADN : 36,5 mol% G+C. Une seule espèce reclassée du genre Proteus, Cosenzaea myxofaciens.

Cronobacter

Bâtonnets (1 x 3 microns), mobiles par flagelles péritriches, Gram négatif. Anaérobies facultatifs catalase positive et oxydase négative, fermentant le glucose. Produisent  de l'acide sur sucres et réduisant le nitrate en nitrite. Métabolisent le 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-a-D-glucopyranoside, le 4-méthylumbelliferyl-a-D-glucopyranoside, le 4-nitrophényl-a-D-glucopyranoside, le 4-nitrophényl-b-D-glucopyranoside, le  4-nitrophényl-a-D-galactopyranoside et le 4-nitrophényl-b-D-galactopyranoside . Utilisent le citrate, hydrolysent l'esculine et l'arginine. VP positif. ADN : 57 mol % G+C. Cinq espèces et quatre sous-espèces décrites dont Cronobacter (ex-Enterobacter) sakazakii.

Dickeya  (Robert S. Dickey, phytopathologiste américain)

Bâtonnets (0,5-1 x 1-3 microns) aux extrémités arrondies, isolés ou en paires, parfois en chaîne, mobiles par flagelles péritriches, Gram négatif. Anaérobies facultatifs fermentant le glucose et réduisant le nitrate en nitrite. Catabolisent L(+)-arabinose, myo-inositol, D(+)-malate, malonate, D-mannose, mucate, saccharate et meso-tartrate. Entraînent le flêtrissement ou le pourrissement de diverses plantes. Pectinolytiques, produisent de l’indole. Croissance à 36°C. ADN : 56-60 mol % G+C. Six espèces décrites dont Dickeya (ex-Pectobacterium) chrisanthemi.

Edwardsiella (P. Edwards, bactériologiste américain)

Bâtonnets droits (1 x 2-3 microns) péritriches. Réduisent le nitrate en nitrite. Colonie très petite (0,5 à 1 mm de diamètre). Vitatmines et acides aminés indispensables pour la croissance. Gaz plus. Spectre fermentaire limité. Résistent à la colistine. Fréquemment isolés des animaux à sang froid et de leur environnement, particulièrement les eaux douces. Pathogènes pour les anguilles et autres poissons, causant parfois des pertes économiques sensibles. Rarement pathogènes occasionnels pour l'homme. ADN : 53-59 mol % G+C. Trois espèces. L'implication de l'espèce type Edwardsiella tarda dans certaines diarrhées n'est toujours pas confirmée. Elle colonise souvent les blessures et son réservoir naturel semble être l'intestin des animaux ; elle est alors disséminée par leurs fécès.

Erwinia (Erwin F. Smith, bactériologiste américain)

Bâtonnets droits (0,5-1 x 1-3 microns), isolés, en paires ou chaînes, péritriches. Anaérobies facultatifs, catalase positive, oxydase négative. Produisent de l’acide sur sucres. Associés aux plantes comme pathogènes, saprophytes ou constituants de la microflore épiphyte. La production de gaz est faible ou souvent absente. Ces bactéries engendrent plusieurs maladies des plantes : rouilles, cancers, flétrissements, taches foliaires, décoloration des tissus, pourriture molle des racines, tiges ou fruits. ADN : 50 à 54 mol % G+C. Le genre comporte huit espèces avec de nombreux pathovars. Espèce type, Erwinia amylovora (G. amylum, amidon ; L. voro, manger)

Escherichia (T. Escherich qui a isolé l'espèce type du genre)

Bâtonnets droits (1,5-1,5 x 2-6 microns) isolés ou en paires, souvent encapsulés, péritriches ou non mobiles. Température optimale 37 °C. Colonie lisse (polysaccharide capsulaire) ou rugueuse. Chimio-organotrophes n'utilisant pas le citrate. Le glucose et d'autres sucres sont fermentés en acide pyruvique puis en acides lactique, acétique et formique. Une partie du formate est décomposé en CO2 et H2 par un système hydrogènelyase complexe. Le lactose est fermenté par la plupart des espèces. Ces organismes se rencontrent principalement dans l'intestin postérieur des animaux à sang chaud. La plupart des espèces présentent des fimbriae (pili) ou des protéines fibrillaires en grande quantité, classées en deux variétés selon leur faculté d'hémagglutination (HA) : sensible ou résistante au mannose. Certaines souches produisent des entérotoxines, thermostable (ST) ou thermolabile (LT). L'une des méthodes la plus pratique pour distinguer les différentes souches de ce genre est la sérologie, basée sur les différences antigéniques de la surface cellulaire ; quelques 171 antigènes O et 80 antigènes K ont été décrits, ainsi que 56 antigènes H de flagelles. Les autres méthodes de différenciation sont basées sur l'utilisation de phages, la production de colicine, l'analyse des protéines de la membrane externe, la résistance aux antibiotiques, l'hémagglutination. ADN : 48-52 mol % G+C. Cinq espèces reconnues, dont l’espèce type Escherichia coli (G. colon, gros intestin). Seul un nombre limité de sérovars ou de clones jouent un rôle important dans certaines maladies de l'intestin, contrairement à ce qu'on pensait jusqu'à présent. Cette virulence est portée par des plasmides et se traduit par la production d'entérotoxines entraînant des diarrhées chez l'homme ou l'animal (EPEC = enteropathogenic E. coli ; ETEC = enterotoxigenic E. coli). Certains autres sérovars peuvent être associés à des maladies extra-intestinales comme la méningite néonatale, certaines infections urinaires et la septicémie. E. blattae a été isolée du tube digestif des blattes.
 
 


Escherichia coli
Extrait du site: http://www.slic2.wsu.edu:82/hurlbert/micro101/pages/Chap2.html#two_bact_groups

Ewingella (W.E. Ewing, bactériologiste américain)

Se distinguent phénotypiquement des autres entérobactéries par l’absence de lipase, désoxyribonucléase, décarboxylase de la lysine, ornithine ou arginine, et un test de VP positif. Une seule espèce isolée de blessures, Ewingella americana. Rôle pathogène inconnu. Plutôt un colonisateur.

Gibbsiella (John N. Gibbs, pathologiste forestier britannique)

Bâtonnets courts (0,9 x 1-1,5 microns), isolés, en paires ou groupes de quatre, non mobiles, Gram négatif. Possèdent des fimbriae très fines. Colonie sur agar nutritif blanche à crème, ronde, convexe, entière et lisse. Anaérobies facultatifs, oxydase négative et catalase positive. Positifs pour Beta-galactosidase mais négatifs pour la production d’H2S, uréase, indole, acétoïne et gélatinase. Citrate utilisé et nitrate réduit en nitrite. Arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase et tryptophane desaminase négatives. Acide produit sur glycérol, L-arabinose, D-ribose, D-xylose, D-galactose, D-glucose, D-fructose, D-mannose, L-sorbose, L-rhamnose, inositol, D-mannitol, D-sorbitol, alpha-méthyl-D-glucoside, N-acétyl-D-glucosamine, arbutine, esculine, citrate ferrique, salicine, D-maltose, D-mélibiose, D-saccharose, D-tréhalose, D-raffinose, D-turanose et D-arabitol. Utilisent dextrine, glycogène, Tween 40, Tween 80, N-acétyl-D-glucosamine, L-arabinose, D-arabitol, D-fructose, L-fucose, D-galactose, gentiobiose, alpha-D-glucose, inositol, alpha-D-lactose, maltose, D-mannitol, D-mannose, D-melibiose, Beta-méthyl-D-glucoside, D-psicose, D-raffinose, L-rhamnose, D-sorbitol, saccharose, D-tréhalose, turanose, acide pyruvique méthyl ester, acide succinique mono-méthyl ester, acetate, citrate, D-gluconate, alpha-cétoglutarate, D-L-lactate, succinate, bromosuccinate, L-aspartate, glycérol et alpha-D-glucose-1-phosphate. Croissance entre 10 et 40°C. ADN : 56 mol% G+C. Une seule espèce isolée du chêne en Angleterre, Gibbsiella quercinecans.

Hafnia (ancien nom de Copenhague)

Bâtonnet droit (1 x 2-5 microns) péritriche. Utilise citrate, acétate et malonate comme seule source de carbone. Réduit le nitrate en nitrite. Lysine et ornithine décarboxylases positives. Gaz positif. Ne produit pas d'acide sur sorbitol, raffinose, mélibiose, adonitol et myo-inositol. Produit de l'acétylméthylcarbinol sur glucose. Se rencontre dans l'environnement naturel, les produits laitiers et les fécès de l'homme et de certains animaux dont les oiseaux. Ne produit pas d'H2S. Pathogène occasionnel de l'homme. ADN: 48-49 mol % G+C. Le genre ne comporte qu'une seule espèce, Hafnia alvei, subdivisée en 8 sérovars.

Klebsiella (E. Klebs, bactériologiste allemand)

Bâtonnets droits (0,3-1 x 0,6-6 microns), en courtes chaînes, encapsulés et non mobiles. La plupart des souches utilisent le citrate et le glucose. Gaz plus. Le 2,3- butanediol est le produit majeur de la fermentation du glucose. Le test de Voges-Proskauer est positif. Les acides lactique, acétique et formique sont formés en plus faible quantité tandis que l'éthanol l'est en plus grande par rapport à la fermentation mixte classique. Les autres caractères distinctifs sont la fermentation de l'inositol, l'hydrolyse de l'urée, l'absence de production d'H2S et d'ornithine décarboxylase. Certaines souches fixent l'azote atmosphérique. Se rencontrent dans l'intestin, le sol ou les eaux. La production d'une capsule entraîne la formation de grandes colonies muqueuses et visqueuses. Les gènes nif impliqués dans la fixation de N2 ont été analysés ; ils sont localisés dans la régionHis du chromosome et peuvent être transmis à d'autres organismes. La sérologie de ces bactéries est basée sur les antigènes K polysaccharidiques (acide glucuronique + 2 à 4 sucres). Les Klebsielles sont des parasites occasionnels qu'on retrouve dans certaines pneumonies, infections urinaires et autres maladies de l'homme. ADN : 53-58 mol % G+C. Sept espèces sont reconnues, dont l’espèce type Klebsiella pneumoniae, agent de la pneumonie.

Kluyvera (A. Kluyver, microbiologiste hollandais)

Petits bâtonnets (0,5-0,7 x 2-3 microns) péritriches réduisant le nitrate en nitrite et produisant acides et gaz sur glucose. L'acide principal est l'a-cétoglutarate. La plupart des sucres sont fermentés. Indole positif, citrate utilisé. Se rencontrent dans les aliments, le sol et les eaux usées. C'est probablement un pathogène occasionnel de l'homme. ADN : 55-57 mol % G+C. Quatre espèces, dont l'espèce type Kluyvera ascorbata.

Leclercia (H. Leclerc, microbiologiste français)

Bâtonnets péritriches, Gram négatif. Anaérobies facultatifs. Utilisent certains acides organiques et aminés et sucres. Fermentent le glucose en acides et gaz. ADN : 52-55 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sang, de pus, urine, blessures chez l’homme et dans des aliments, Leclercia (ex-Escherichia) adecarboxylata. Pathogénicité encore inconnue.

Leminorella (Léon Le Minor, microbiologiste français)

Bâtonnets non mobiles, Gram négatif. Anaérobies facultatifs. Oxydase négative. Fermentent quelques sucres en acides et parfois gaz. Réduisent le nitrate en nitrite. Deux espèces isolées d’urines et de selles, dont Leminorella grimontii. Incidence clinique inconnue.

Levinea = Citrobacter

Lonsdalea

 

Mangrovibacter ( L. mangrovum, mangrove)

Bâtonnets droits (1,0 x 1,2-4,0 microns) péritriches. Gram négatif. Colonie circulaire, lisse, crémeuse, blanche, de 1-2 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs. Oxydase négative et catalase positive. Nitrate réduit en nitrite. Produisent de l'acide sur de nombreux sucres. Croissance optimale à 28-30°C (15-40°C) et 0-80 g/l NaCl. ADN : 50 mol % G+C. Le genre ne comporte qu'une espèce isolée de riz de mangrove en Inde, Mangrovibacter plantisponsor.

Moellerella (Vagn Møller, microbiologiste danois)

Bâtonnets non mobiles, Gram négatif. Caractéristiques générales des entérobactéries. Fermentent les sucres sans production de gaz. Une seule espèce, Moellerella wisconsensis, associée à des diarrhées et gastroentérites sans preuves évidentes de son implication active dans ces infections.

Morganella (H. Morgan, bactériologiste qui isola le premier cet organisme)

Bâtonnets droits (0,6-0,7 x 1-1,7 microns) péritriches. Désaminent la phénylalanine et le tryptophane. Uréase positive. Décarboxylent l'ornithine. Fermentent un nombre restreint de sucres. Produisent de l'acide sur mannose. Utilisent le tartrate mais pas le citrate. Se rencontrent dans les fécès de l'homme, du chien, d'autres mamifères et de reptiles. Envahisseurs occasionnels secondaires dans les infections pulmonaires, urinaires et les blessures. ADN : 50 mol % G+C. Le genre ne comporte qu'une espèce, Morganella morganii.

Obesumbacterium (L. obesum, gras)

Bâtonnets pléomorphes (0,8-2 x 1,5-100 microns), non mobiles, à croissance très lente, formant des petites colonies (diamètre < 0,5 mm). Fermentent peu de sucres avec production de gaz variable, souvent absente. Décarboxylent la lysine, réduisent le nitrate en nitrite. De nombreux tests biochimiques classiquement positifs pour la famille sont négatifs pour ce genre. Contaminants de brasserie. ADN : 48-49 mol % G+C. Une seule espèce, Obesumbacterium proteus avec deux biogroupes.

Pantoea (G. pantoios, de toutes sortes et sources)

Bâtonnets droits (0,5-1 x 1-3 microns), péritriches, Gram négatif. Colonie parfois jaune. Anaérobies facultatifs, oxydase négative. Produisent de l’acide sur sucres. ADN : 55-61 mol % G+C. Sept espèces isolées de la surface de plantes, de graines, du sol, de l’eau et de l’homme et des animaux (blessures, sang, urine, organes internes), dont Pantoea agglomerans.

Pectobacterium

Bâtonnets (0,5-1 x 1-3 microns) isolés, en paires ou chaînes, mobiles par flagelles péritriches, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, catalase positive et oxydase négative. Production d’acides sur sucres. Présence d’enzymes pectinolytiques causant la pourriture des céréales et de plantes ornementales. ADN : 51-56 mol % G+C. Deux espèces, dont Pectobacterium carotovorum.

Photorhabdus (G. photo, lumière; G. rhabdus, bâtonnet)

Bâtonnets (0,5-2 x 2-10 microns) pouvant former des filaments de 30 mm et des sphéroplastes en fin de phase exponentielle. Péritriches. Colonie rouge, rose ou jaune. Anaérobies facultatifs. Bioluminescence détectable à l’œil ou avec un photomètre. Catalase positive. Production d’acides sans gaz sur quelques sucres. Utilisation de quelques acides organiques et aminés. Température optimale, 25 °C. Pathogènes pour les insectes. Habitent le tractus intestinal de nématodes entomopathogènes de la famille des Heterorhabditidae. ADN : 43-44 mol % G+C. Trois espèces, dont Photorhadus (ex-Xenorhabdus) luminescens.

Phytobacter

Bâtonnets (0,6–0,7 x 0,9–1,2 microns), mobiles par flagelles amphitriches, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, translucide, avec un diamètre de 4 mm après 3 jours à 30°C. Anaérobies facultatifs chimo-organotrophes. Catalase, tryptophan desaminase et lysine décarboxylase positives, mais oxydase négative. Utilisent arabinose, D-fructose, saccharose, citrate, D-arabitol, Tween 40, Tween 80, alpha-D-lactose, malonate, beta-hydroxybutyrate, acétate, glycérol, malate, mannitol, maltose et sorbitol. Pas de croissance sur perchlorate comme accepteur terminal d’électrons en anaérobiose. La réaction de Voges-Proskauer et la réduction du nitrate sont positives. Fixateurs d’azote. Croissance à 5–40°C (opt. 28–37°C), à pH 4-10. NaCl au delà de 50 g/l inhibe la croissance, mais en dessous de 10 g/l montre une activité de réduction de l’acétylène. ADN : 58-59 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un riz sauvage subtropical en Chine, Phytobacter diazotrophicus.

Plesiomonas (G. plesios, marin)

Bâtonnets droits aux extrémités arrondies (0,8-1 x 3 microns), lophotriches. Fermentent les sucres sans production de gaz. Oxydase et catalase positives. Amylase, lipase et protéinases absentes. Lysine, ornithine et arginine décarboxylases présentes. Sensiblent à l'agent vibriostatique O/129. Les cultures jeunes synthétisent souvent des flagelles latéraux de plus courte longueur d'onde. ADN : 51 mol % G+C. Le genre comporte une seule espèce, Plesiomonas shigelloides qui parasite les poissons et autres animaux aquatiques ainsi que certains mammifères dont l'homme chez lequel elle engendre des diarrhées. Elle ne fait cependant pas partie de la flore intestinale normale de l'homme.

Pragia (L. pragia, de Prague)

Bâtonnets péritriches, Gram négatif, oxydase négative, catalase positive. Croissance à 4, 22 et 37 °C mais pas à 42 °C. Production d’acides sans gaz sur sucres. ADN : 46-47 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une conduite d’eau potable, Pragia fontium.

Proteus (Protée, dieu des océans)

Bâtonnets droits (0,4-0,8 x 1-3 microns) péritriches. Sur milieu solide, la plupart des souches montrent des cycles périodiques de migration en zones concentriques. Ces organismes désaminent de façon oxydative la phénylalanine et le tryptophane, hydrolysent l'urée, produisent H2S et de l'acide sur glycérol mais pas sur inositol. Pathogènes entraînant des infections urinaires et des lésions comme envahisseurs secondaires dans d'autres parties du corps. Se trouvent dans l'intestin de l'homme et d'une grande variété d'animaux ainsi que dans le fumier, le sol et les eaux polluées. Leur isolement sur plaques de gélose est difficile à cause de leur étalement rapide. L'incorporation de p-nitrophényl glycérol au milieu gélosé prévient cette prolifération. Deux souches distinctes ne peuvent pas se mélanger durant leur étalement, entraînant l'apparition d'une ligne de démarcation bien marquée (phénomène de Dienes). Ce test sert à différencier les souches. La production de cette ligne de démarcation dépend de la production de bactériocines par les souches (proticines). ADN : 38-41 mol % G+C. Ce genre comporte six espèces, dont l’espèce type Proteus vulgaris.


Proteus vulgaris
Extrait du site:
http://biology.miningco.com/cs/bacteriaimages/index.htm

Providencia (Providence, ville de l'île de Rhodes, USA)

Bâtonnets droits (0,6-0,8 x 1,5-2,5 microns) péritriches. Désaminent la phénylalanine et le tryptophane. Produisent de l'acide sur les alcools suivants : inositol, mannitol, adonitol, arabitol, erythritol et sur mannose. Indole positifs. Utilisent le citrate et le tartrate. ADN : 39-42 mol % G+C. Le genre comporte quatre espèces isolées dans les fécès de diarrhétiques, les infections urinaires, les blessures et les brûlures, dont l'espèce type Providencia alcalifaciens.

Rahnella (O. Rahn, microbiologiste germano-américain qui inventa le nom de la famille des Entérobactériacées en 1937)

Petits bâtonnets (0,5-0,7 x 2-3 microns) mobiles à 25 °C et immobiles à 36 °C. Réduisent le nitrate en nitrite, font fermenter le glucose en acide + gaz. Lysine et ornithine décarboxylases et arginine dihydrolase négatives. Test VP positif. Fermentent de nombreux sucres. ADN : 51-56 mol % G+C. Une seule espèce isolée des eaux douces mais qui peut occasionnellement se rencontrer dans des échantillons cliniques de l'homme, Rahnella aquatilis.

Raoultella (Didier Raoult, microbiologiste français)

Bâtonnets encapsulés, non mobiles, Gram négatif, oxydase négative, catalase positive et aérobies anaérobies facultatifs. Glucose fermenté en acides, 2,3-butanediol et gaz. Trois espèces isolées des eaux, du sol, des plantes et occasionnellement de muqueuses des mammifères et de l’homme, dont l’espèce type Raoultella planticola.

Saccharobacter

Petits bâtonnets (0,5-0,9 x 1-1,9 microns) isolés, péritriche, Gram négatif. Anaérobies facultatifs. Croissance optimale à 30-46 °C. Catalase positive, oxydase négative. Chimio-organotrophes. Fermentent le glucose avec production d’éthanol, de CO2 et de petites quantités d’acides mais pas d’H2. ADN : 63-64 mol % G+C. Une seule espèce isolée des feuilles d’agave en Chine,Saccharobacter fermentans.

Salmonella (D.E. Salmon, bactériologiste américain)

Bâtonnets droits (0,7-1,5 x 2-5 microns) péritriches, gaz plus. Produisent H2S et utilisent le citrate. Indole et uréase négatives. Présence de lysine et ornithine décarboxylase. Ne fermentent pas saccharose, salicine, inositol et amygdaline. Ne produisent ni lipase ni désoxyribonucléase. Le genre est pathogène pour l'homme et certains animaux, entraînant des fièvres entériques, des gastroentérites et des septicémies. ADN: 50-53 mol % G+C. Il est subdivisé en cinq sous-genres (I à V) sur la base d'une dizaine de caractères biochimiques. Six espèces reconnues dont l’espèce type Salmonella choleraesuis (G. choléra ; L. sus, porc) ; les autres espèces sont plus connues par les maladies qu'elles engendrent : S. typhi, agent de la typhoïde S. paratyphi-A, agent de la paratyphoïde A S. schottmuelleri, agent de la paratyphoïde B S. hirschfeldii, agent de la paratyphoïde C S. typhimurium, agent de la typhoïde de la souris et d’une gastroentérite de l'homme.Une récente étude basée sur la taxonomie numérique et l'hybridation d'ADN, suggère une seule espèce, S. choleraesuis, divisée en six sous-espèces. Un nombre considérable de sérovars (plus de 2 000) ont été décrits sur la base des antigènes somatiques (O), flagellaires (H) et capsulaires (Vi). Certains sérovars sont eux-mêmes subdivisés en biovars sur la base du spectre fermentaire de certains sucres. Les phagovars sont déterminés par la sensibilité des souches aux bactériophages. D'autres subdivisions des sérovars sont basées sur la production ou la sensibilité à des bactériocines et sur la résistance aux antibiotiques. La carte génétique de S. typhimurium n'est pas très différente de celle d'E. coli. Des souches HFr peuvent être sélectionnées après transfert du plasmide F. Des phénomènes de conjugaison peuvent intervenir entre les différents sérovars et avec E. coli. Les sérovars sont en général adaptés à un hôte particulier. Les sérovars de l'homme ne sont pas pathogènes pour les animaux. La transmission a lieu par contamination fécale de l'eau ou des aliments. Après guérison, le malade continue de disséminer la salmonellose ; les antibiotiques actifs sur la maladie (chloramphénicol, thiophénicol) ne peuvent combattre cette dissémination.

Salmonella sp.

Samsonia (Régine Samson, microbiologiste française)

Bâtonnets à extrêmités arrondies, péritriches, Gram négatif, oxydase négative et catalase positive. Anaérobies facultatifs fermentant le glucose sans formation de gaz. Réduisent le nitrate. Tests positifs : b-galactosidase, production d’acétoïne, hydrolyse de l’esculine. Test négatifs : production d’H2S, arginine dihydrolase, lysine et ornithine décarboxylases, uréase, tryptophane désaminase, hydrolyse de la gélatine, du Tween 80, de la caséine et de la lécithine, utilisation du citrate et du malonate, production d’indole sur tryptophane. ADN : 57 mol % G+C. Une seule espèce, Samsonia erythrinae causant des nécroses de l’écorce des arbres du genre Erythrina.

Serratia (S. Serrati, physicien italien)

Bâtonnets droits (0,5-0,8 x 0,9-2 microns) péritriches. Colonie blanche, rose ou rouge. Catalase fortement positive ; production d'acétoïne sur pyruvate. Fermentent maltose, mannitol et tréhalose. Utilisent caprylate et fucose comme source de carbone, mais pas butyrate et 5-amino-valérate. Hydrolysent ADN, lipides et protéines mais pas l'amidon, la pectine et le polygalacturonate. Ne produisent pas d’H2S. Hydrolysent l'ONPG (o-Nitrophényl-ß-D-galactopyranoside). Réduisent le chlorate avec la nitrate réductase. Deux pigments différents sont produits par de nombreuses souches : la prodigiosine rouge insoluble dans l'eau et la pyrimine rose soluble dans l'eau. Les cultures peuvent également produire deux types d'odeur dont l'une est attribuée à la triméthylamine (odeur d'urine ou de poisson). Se rencontrent dans l'environnement naturel (sol, eau, plantes) ou comme pathogènes occasionnels de l'homme. ADN : 52-60 mol % G+C. Le genre renferme neuf espèces. Espèce type, Serratia marcescens (L. marcesco, faner) subdivisée en plusieurs biovars et sérovars.

Shigella (K. Shiga, bactériologiste japonais qui découvrit le premier le bacille de la dysenterie)

Bâtonnets droits non mobiles. Fermentent les sucres sans production de gaz. N'utilisent pas le citrate ou le malonate comme source de carbone. Pas de croissance sur KCN et pas de production d'H2S. Parasites de l'intestin de l'homme et des primates, c'est l'agent de la dysenterie bacillaire. Chez l'homme, la dysenterie bacillaire est restreinte au rectum et au colon ; elle peut atteindre l'extrémité de l'intestin grêle dans les cas sévères. Elle se traduit par une inflammation aigüe de l'épithélium intestinal avec ulcération. Le traitement aux antibiotiques est compliqué par l'existence de souches résistantes. ADN : 49 à 53 mol % G+C. Le genre comprend quatre espèces souvent répertoriées comme sous-groupes A, B, C et D. L'espèce type est Shigella dysenteriae ; elle contient dix sérovars.

Shigella dysenteriae

Shimwellia (J.L. Shimwell, microbiologiste qui isola le premier cette bactérie)

Bâtonnets droits non mobiles, isolés, Gram négatif. Colonie, circulaire, entière, convexe, lisse, crème, de 1-5 mm de diamètre. Aérobies anaérobies facultatifs, oxydase négative et catalase positive. Production d’acide avec ou sans gaz sur glucose, rhamnose et tréhalose. Nitrate réduit en nitrite, pas de croissance sur KCN et pas de production d’H2S. Croissance optimale à 30°C et entre pH 4,5 et 8. ADN : 47-49 mol % G+C. Deux espèces reclassées des genres Obessumbacterium et Escherichia, dont Shimwellia pseudoproteus isolée en Grande Bretagne comme associée à la levure de bière.

Sodalis (L. sodalis, compagnon)

Bâtonnets filamenteux (1-1,5 x 2-12 microns) non mobiles, Gram négatif. Division par septation. Croissance intracellulaire dans une mouche et croissance axénique dans des milieux contenant des digestats de protéines comme source d’azote. Microaérophiles avec un optimum de 5 % d’oxygène. Croissance optimale à 25 °C. Oxydase et catalase négatives. Faible production d’acides sur quelques sucres. Une seule espèce isolée de la mouche de laboratoire Glossinia morsitans, Sodalis glossinidius.

Tatumella (H. Tatum, bactériologiste américain)

Bâtonnets (0,6-0,8 x 0,9-3 microns) non mobiles à 36 °C mais mobiles à 25  °C par flagelles polaires, subpolaires ou latéraux. Fermentent le glucose sans production de gaz. Pénicilline très active. Une seule espèce isolée du système respiratoire de l'hommeet pathogène occasionnel probable, Tatumella ptyseos (G. ptyseos, crachat).

Thorsellia  (Walborg Thorsell, entomologiste suédois spécialiste des moustiques)

Bâtonnets (0,5-1 x 1-3 microns), mobiles, Gram négatif. Anaérobies facultatifs. Utilisent les sucres avec production d’acide ainsi que quelques acides organiques et aminés. Hydrolysent l’esculine. Ubiquinone majeure Q-8. Phospholipides : phosphatidyléthanolamine et phosphatidylglycérol. Polyamine majeure : 1,3-Diaminopropane. Croissance optimale à 30-37°C (15-45°C) avec un temps de génération de 100 min. ADN : 46 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’intestin moyen du moustique Anopheles arabiensis, Thorsellia anophelis.

Trabulsiella (L.R. Trabulsi, bactériologiste brésilien)

Bâtonnets mobiles, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, oxydase négative. Produisent acides et gaz sur glucose. Fermentent les sucres. Réduisent le nitrate en nitrite. Une seule espèce isolée de la poussière d’un aspirateur dans l’ïle de Guam, du sol et de fécès humains, Trabulsiella guamensis. Genre souvent confondu avec Salmonella. Incidence clinique inconnue.

Wigglesworthia (V. B. Wigglesworth, parasitologiste américain)

Bâtonnets de 4-5 microns de long, agglomérés dans le cytoplasme de cellules épithéliales spécialisées appelées mycétocytes, de la région antérieure de l’intestin de la mouche tsé-tsé. Gram négatif. Non cultivables en dehors de l’hôte. Une seule espèce, Wigglesworthia glossinidia.

Xenorhabdus (G. xenos, indésirable; G. rhabdus, bâtonnet)

Bâtonnets (0,8-2 x 4-10 microns), coccoïdes dans les cultures âgées, péritriches. Une espèce est bioluminescente. Température optimale de croissance : 25 °C. Très peu de sucres fermentés. Production d'acides sur glucose très faible. Tests biochimiques souvent négatifs. ADN : 43-44 mol % G+C. Cinq espèces isolées de nématodes et de larves d'insectes qu'elles parasitent, dont Xenorhabdus nematophila.

Yersinia (A. Yersin, bactériologiste qui isola le premier cet organisme en 1894)

Bâtonnets droits à coccobacilles (0,5-0,8 x 1-3 microns) non mobiles à 37°C, mais mobiles avec flagelles péritriches en dessous de 30 °C. Réduisent le nitrate en nitrite. Fermentent les sucres sans production de gaz. Les caractéristiques phénotypiques sont souvent sous la dépendance de la température d'incubation et plus nettes à 25-29 °C qu'à 35-37 °C. Le diamètre des colonies est le plus faible parmi les entérobactéries (0,1 à 1,5 mm). ADN : 46 à 50 mol % G+C. Le genre comporte dix espèces, dont l’espèce type Yersinia pestis est l'agent de la peste, transmise à l'homme à partir de rongeurs par les puces. Les bactéries se multiplient dans l'œsophage et le pharynx des insectes qui les transmettent à l'homme par piqure (forme bubonique). Les organismes envahissent le système lymphatique dont les nœuds enflammés grossissent (bubes). Sans traitement, la maladie évolue en 5-10 j en septicémie ou en pneumonie secondaire. Cette dernière, très contagieuse, peut se transmettre sous forme de pneumonie primaire entraînant la mort en 4 jours. Dans le cas de peste mineure, les bactéries restent limitées dans les bubes. La virulence de l'espèce est liée à la présence de six facteurs dont la pesticine. Deux autres espèces sont pathogènes :Y. pseudotuberculosis qui engendre des diarrhées chez l'animal et Y. enterocolitica à la fois chez l'animal et l'homme. D'autres espèces se rencontrent dans l'environnement naturel.

Yokenella (Yoken, National Institute of Health, Tokyo, Japon)

Bâtonnets mobiles par flagelles péritriches, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, oxydase négative. Fermentent les sucres avec production d’acide et gaz. Réduisent le nitrate en nitrite. Croissance à 37 °C mais pas à 4 °C. ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce, Yokenella regensburgei isolée de l’intestin d’insectes. Importance clinique inconnue.

 
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