Taxonomie des Procaryotes
Accueil
Introduction
Classification résumée
Classification générale
Liste alphabétique

Groupes trophiques spéciaux

Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
Biblio
Plan du site
 
Synonymes
         

Alteromonadales et Vibrionales, Ordres X et XI des Gamma-Proteobactéries,
Classe III des Proteobactéries, Phylum XIII du Domaine Bacteria

  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés des Gamma-Proteobacteries

Fonctions: fermentaires, saprophytes, nitrifiants, dénitrifiants, méthylotrophes, fixateurs d ’azote, pathogènes
Morphologie: coques, bâtonnets, spirilles
Croissance: aérobies, anaérobies facultatives ou stricts, mésophiles
Nutrition: chimio-organotrophes, lithoautotrophes, photosynthétiques
Habitat: ubiquistes, pathogènes

2. Taxonomie des Alteromonadales et Vibrionales

Classe III. Gamma-proteobacteria

Ordre I. Chromatiales Ordre II. Acidithiobacillales
Ordre III. Xanthomonadales
Ordre IV. Cardiobacteriales
Ordre V. Thiotrichales
Ordre VI. Legionellales
Ordre VII. Methylococcales
Ordre VIII. Oceanospirillales
Ordre IX. Pseudomonadales

 

Ordre X. Alteromonadales

Famille I. Alteromonadaceae: Alteromonas, Aestuariibacter, Agarivorans, Aliagarivorans, Alishewanella, Bowmanella, Catenovulum, Glaciecola, Haliea, Marinimicrobium, Marinobacter, Marinobacterium, Melitea, Microbulbifer, Saccharophagus, Salinimonas

Famille II. Colwelliaceae : Colwellia, Thalassomonas

Famille III. Ferrimonadaceae: Ferrimonas, Paraferrimonas

Famille IV. Idiomarinaceae: Idiomarina, Aliidiomarina, Pseudidiomarina

Famille V. Moritellaceae: Moritella, Paramoritella

Famille VI. Pseudoalteromonadaceae: Pseudoalteromonas, Algicola, Psychrosphaera

Famille VII. Psychromonadaceae : Psychromonas

Famille VIII. Shewanellaceae : Shewanella

Famille IX. Celerinatantimonadaceae : Celerinatantimonas

Alteromonadales non classées : Maricurvus, Pseudoteredinibacter, Teredinibacter

Ordre XI. Vibrionales

Famille I. Vibrionaceae: Vibrio, Aliivibrio, Allomonas, Beneckea, Catenococcus, Enterovibrio, Grimontia, Listonella, Lucibacterium, Photobacterium, Salinivibrio

Ordre XII. Aeromonadales
Ordre XIII. Enterobacteriales
Ordre XIV. Pasteurellales
Ordre XV. Salinisphaerales

 


3. Description des Genres

Classe III. Gamma-Proteobacteria

Ordre X. Alteromonadales

Famille I. Alteromonadaceae

Alteromonas (L. alter, autre)

Bâtonnets droits ou incurvés (0,7-1,5 x 1,8-3 microns), n'accumulant pas de PHB. Mobiles par un seul flagelle polaire. Chimio-organotrophes non fermentaires. Ne dénitrifient pas. Exigent un milieu salé pour la croissance ainsi que des facteurs de croissance. Croît à 20 °C. Production occasionnelle de pigments. Réalisent un clivage metadu protocatéchuate. Se rencontrent dans les eaux marines. Une souche est luminescente, ce qui est inusuel car cette propriété est le fait d'espèces anaérobies facultatives. Certaines souches produisent des antibiotiques de haut poids moléculaire actifs contre les bactéries Gram-positif et négatif ; ils augmentent la consommation d'oxygène avec production accrue de péroxyde d'hydrogène létal. Une souche est pathogène pour les huîtres. Une autre abrite un phage inusuel contenant des lipides (PM2). ADN : 38 à 50 mol % G+C. Une seule espèce, Alteromonas macleodii.

Aestuariibacter  (L. aestuarium, estuaire)

Bâtonnets (0,2-0,3 x 0,5-20 microns), mobiles par un flagelle polaire, isolés ou en paires, non sporulés, Gram négatif. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes. Catalase et oxydase positives. Croissance optimale à 35-40°C (15-40°C), pH 7-8 et 20-60 g/l NaCl (10-80 g/l). ADN : 48-54 mol % G+C. Deux espèces isolées, dont Aestuariibacter salexigens.

Agarivorans  (L. agarum, agar; L. vorans, dévorant)

Bâtonnets (0,7-0,9 x 1,5-1,9 microns), mobiles par un flagelle polaire, isolés ou en paires, Gram négatif. Colonie blanche, circulaire, lisse. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase, oxydase et b-galactosidase positives. Agarolytiques. Utilisent quelques sucres. Hydrolysent l’esculine. Réduisent le nitrate. Quinone majeure ubiquinone Q-8. Croissance optimale à 37°C. Pas de croissance sans NaCl (< 100 g/l). ADN : 49-50 mol % G+C. Une espèce isolée du tractus digestif de mollusques marins, Agarivorans albus.

Aliagarivorans (L. alius, autre ; L. Algarivorans, nom de genre)

Bâtonnets (0,5-1,2 x 1,2-2,7 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. PHB accumulé. Colonie circulaire, convexe, non-luminescente, opaque, blanche, de 1-2 mm de diamètre. L’agarolyse est indiquée par l’apparition de dépressions mais pas de lyse de l’agar autour des colonies. Aérobies anaérobies facultatifs chimio-hétérotrophes, catalase positive et oxydase négative. Agarolytiques. Fermentent divers sucres avec production d’acides sans gaz. Nitrate réduit en nitrite. Quinone isoprénoïde Q-8. Croissance optimale à 25-30°C (15-37°C), pH 7-9 et 20-30 g/l NaCl (10-70 g/l). ADN : 52-53 mol % G+C. Deux espèces isolées d’eau marine côtière à Taïwan, dont Aliagarivorans marinus.

Alishewanella

Bâtonnets (0,5-1 x 2 microns) isolés, non mobiles, Gram négatif. Croissance entre 25 et 42 °C (optimum à 37 °C). Halotolérants jusqu’à 80 g/l de NaCl. Oxydase et catalase positives. Incapables de faire fermenter les sucres. Anaérobies facultatifs utilisant nitrate, nitrite, thiosulfate et oxyde de triméthylamine comme accepteurs d’électrons. ADN : 51 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un fétus humain, Alishewanella fetalis.

Bowmanella  (John P. Bowman, microbiologiste marin américain)

Bâtonnets incurvés (1,2-1,6 x 3,7-5,3 microns), mobiles par un flagelle polaire, agrégés en flocons en fin de phase de croissance, Gram négatif. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Chimio-organotrophes. Dénitrifiantes. Lipides polaires majeurs : phosphatidyléthanolamine et phosphatidylglycérol. Quinones isoprénoïdes Q-8, Q-9 et Q-10. Croissance entre 25 et 35°C mais pas à 4 ni 45°C, stimulée par NaCl qui n’est pas nécessairement requis. ADN 50 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer, Bowmanella denitrificans.

Catenovulum (L. catena, chaine; L. ovulum (du L. ovum, un œuf), un petit œuf)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 0,8-1,5 microns), en longues chaines qui se fragmentent en cellules isolées après 24 h, mobiles par flagelles péritriches, non sporulés, Gram négatif. Pas d’accumulation de PHB. Colonie lisse, fine, circulaire, jaune pâle après 3 jours à 28°C sur milieu MA. La viabilité diminue après 5 jours sur MA à 28°C accompagnée par une décoloration des colonies, indiquant que les cellules doivent être transférées tous les 3 jours. Aérobies stricts chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Possèdent un besoin absolu d’ions Na+ et ne croissent pas en présence d’ions K+. Croissance abondante sur milieu MA et marine agar R2A, mais pas sur MB, LB agar ou NA. Hydrolysent agar, cellulose, amidon, esculine et Tween 80. Produisent de l’acide sur D-glucose et mélibiose. Positifs pour beta-galactosidase, beta-glucosidase, phosphatase alcaline, estérase lipase (C8), phosphatase acide, naphthol-AS-Bl-phosphoamidase, alpha-galactosidase, alpha-glucosidase (API ZYM et API 20NE). Utilisent alpha-cyclodextrine, dextrine, Tweens 40 et 80, N-acétyl-D-glucosamine, cellobiose, D-fructose, D-galactose, gentiobiose, alpha-D-glucose, maltose, D-mannose, mélibiose, raffinose, saccharose, acétate, D-galacturonate, D-glucuronate et caprate. Positifs pour la réduction du nitrate. Négatifs pour le test de Voges-Proskauer et la production d’H2S et d’indole. La quinone isoprénoïde majeure est MK-7. PE et PG sont les constituents majeurs des phospholipides avec de petites quantités de PN et de phospholipides inconnus. Croissance avec 5-30 g/l NaCl, stimulée par les sels de mer et l’extrait de levure, à pH 7,5-10,0 (opt. 8-9) et entre 10-42°C (opt. 28°C). ADN : 45 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de la Mer jaune en Chine, Catenovulum agarivorans.

Glaciecola

Bâtonnets légèrement incurvés à spirallés, mobiles, Gram négatif. Aérobies stricts chimiohétérotrophes. Colonie rose à rouge. Psychrophiles exigeant de l’eau de mer pour la croissance. Halophiles modérés. Croissance optimale à 15 °C (max 20-25 °C). Production d’acide faible sur sucres. Utilisent quelques acides organiques. ADN : 40-46 mol % G+C. Deux espèces isolées de fragment de banquise de l’Antarctique, dont Glaciecola punicea.

Haliea (Halie, nymphe marine de la mythologie greque)

Bâtonnets (0,3-0,7 x 1,3-1,9 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Colonie crème. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent quelques acides organiques et aminés. Quinone isoprénoïde majeure Q-8. Lipides polaires : phosphatidylglycérol et diphosphatidylglycérol. Halotolérants modérés. Croissance optimale à 25-30°C (10-37°C), pH 8 (5-9) et 42 g/l de NaCl (7-70 g/l). ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la mer Méditerranée en France, Haliea salexigens.

Marinimicrobium  (L. marinus, marin )

Bâtonnets courts (0,5-0,8 x 0,9-1,5 microns), mobiles par un flagelle, non sporulés, Gram négatif. Colonie crème, lisse, luisante, circulaire ou légèrement irrégulière. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase négatives. Utilisent de nombreux sucres avec production d’acides. Hydrolysent l’esculine, l’amidon et le Tween 20. Quinone isoprénoïde majeure Q-8. Halotolérants modérés. Croissance optimale à 35-40°C (10-45°C), pH 7-7,5 (6-10,5) et 10-30 g/l de NaCl (0-150 g/l). ADN : 57-58 mol % G+C. Deux espèces isolées de sédiments litoraux coréens, dont Marinimicrobium koreense.

Marinobacter

Bâtonnets (0,3-0,6 x 2-3 microns) arborant de nombreuses pustules en surface dans les cultures sur eicosane, mobiles par un flagelle polaire en milieu salé (10-60 g/l NaCl). Gram négatif. Colonie rose-beige. Croissance optimale à 32 °C (10-45 °C) et NaCl 5-200 g/l. Halophiles. Aérobies et croissance anaérobie possible avec nitrate, succinate, citrate ou acétate. Dénitrifiants --> N2. Catalase et oxydase positives. Utilisent uniquement les acides organiques ainsi que plusieurs hydrocarbures aliphatiques et aromatiques en produisant un bioémulsifiant non dialysable. ADN: 53 mol % G+C. Deux espèces, dont Marinobacter hydrocarbonoclasticus (ex-Pseudomonas nautica) isolée de l’eau de mer près d’un émissaire d’une raffinerie de pétrole en Méditerranée.

Marinobacterium

Bâtonnets (0,5-0,7 x 1,6-2,3 microns) mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif, présentant de nombreuses vésicules de surface et des fimbriae. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Utilisent les sucres, acides gras, acides aminés, alcools et composés aromatiques. La croissance requiert de l’eau de mer. Croissance optimale à 37 °C (4-41 °C), pH 7,5 (5,5-9,5) et NaCl 6-30 g/l (1-120 g/l). ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un inoculum provenant d’un marais salant, Marinobacterium georgiense.

Melitea (Melite, une nymphe de la mer dans la mythologie grecque) = Spongiibacter

Bâtonnets (0,7±0,1 x 1,8±0,2 microns), mobiles avec un seul flagelle polaire, Gram négatif. Colonie crème. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Sur Biolog GN2, positifs pour D-fructose, D-glucose, maltose, D-mannose, D-psicose, raffinose, saccharose, tréhalose, turanose, alpha-cétoglutarate, alpha-cétovalérate, succinamate, L-glutamate et L-sérine. Sur API ZYM, positifs pour phosphatase alcaline, leucine arylamidase, phosphatase acide et naphthol-ASBI-phosphohydrolase. L’ubiquinone est la Q-8. Les lipides polaires sont le diphosphatidylglycérol et le phosphatidylglycérol. Croissance optimale à 30°C (15-37°C), pH 8,0 (6,0–10,0) et 42 g/l NaCl (7-70 g/l). ADN : 57 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’eau de la Mer Méditerranée, Melitea salexigens.

Microbulbifer (G. micro, petit; L. bulbus, bulbe; L. fer, porter)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1,1-1,7 microns) non mobiles, Gram négatif. Paroi cellulaire munie de nombreuses vésicules de surface dérivées de la membrane externe. Aérobies stricts utilisant les sucres, acides gras et aminés. Croissance optimale à 37 °C (10-41 °C), pH 7,5 (6,5-8,5) et NaCl 6-30 g/l (6-60 g/l). Prototrophes. ADN : 58 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une communauté marine cultivée sur un effluent de papèterie, Microbulbifer hydrolyticus.

Saccharophagus  (L. saccharum, sucre; G. phagos, glouton)

Bâtonnets pléomorphes (0,5 x 1,5-3 microns), mobiles, Gram négatif. En présence de polysaccharides complexes, formation de protubérances et de vésicules. A haute salinité, formation de filaments et d’enroulements celllulaires. Colonie crème virant au noir par production de mélanine. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent de nombreux polysaccharides complexes comme l’agar, l’alginate, la chitine, la cellulose, le fucoïdane, la laminarine, la pectine, le pullulane, l’amidon et le xylane. Hydrolysent la tyrosine. Protéases présentes. Croissance optimale à 30°C (4-37°C), pH 7,5 (4,5-10) et 35 g/l de sels de mer (10-100 g/l). ADN : 46 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la plante halophile Spartina alterniflora, Saccharophagus degradans.

Salinimonas  (L. salinae, marais salant)

Bâtonnets courts (0,8-1 x 1,2-1,5 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, couleur crème, légèrement irrégulière. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes. Catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Produisent de l’acide sur sucres. Hydrolysent l’amidon, l’esculine, la caséine, l’hypoxanthine, la gélatine, le Tween 80, la L-tyrosine et l’urée. Quinone isoprénoïde majeure Q-8. Halophiles modérés. Croissance optimale à 30-35°C, pH 7-8 et 20-50 g/l NaCl (10-150 g/l). ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un marais salant de Corée, Salinimonas chungwhensis.
 

Famille II. Colwelliaceae

Colwellia (Rita Colwell, microbiologiste américaine)

Bâtonnets droits à incurvés (0,5-1 x 2,5-5 microns), mobiles par flagelles polaires, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, oxydase positive, chimio-organotrophes. Bactéries marines d’eaux froides. Psychrophiles (< 15 °C), barophiles obligés (300-1 020 atm à 2 °C, 500-1 020 atm à 10 °C). Lysent à des pressions inférieures. Limites supérieures de pression pour la croissance et la survie inconnues. ADN : 40-46 mol % G+C. Sept espèces isolées entre 6 000 et 11 000 m de profondeur, dont Colwellia psychrerythraea(ex-Vibrio psychrerythreus).

Thalassomonas

Bâtonnets (0,8-1 x 1,5-2 microns) mobiles par un seul flagelle polaire, Gram négatif. Bactéries marines aérobies strictes, chimio-organotrophes halophiles. Oxydase et catalase positives. Croissance optimale à 37 °C (13-37 °C) et NaCl 20-40 g/l. Hydrolysent gélatine, caséine, amidon et lécithine mais ni alginate ni agar. ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce, Thalassomonas viridans.

Famille III. Ferrimonadaceae

Ferrimonas

Bâtonnets droits et courts (0,3-0,5 x 1,2-1,5 microns), mobiles par un seul flagelle polaire, Gram négatif. Anaérobies facultatifs. Catalase et oxydase positives. En anaérobiose, réduisent le Fe(III)-oxyhydroxyde en magnétite en présence de lactate. Utilisent également le citrate de fer (III) et MnO2 comme accepteurs d’électrons. Réduisent le nitrate en nitrite. Requièrent un minimum de 5 g/l de NaCl (gamme de 5-75 g/l). Croissance optimale à 42 °C et pH 6-9. ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce marine, Ferrimonas balearica.

Paraferrimonas (Ferrimonas, nom de genre)

Bâtonnets droits et courts (0,7-1 x 1,5-2 microns), mobiles par un seul flagelle polaire, Gram négatif. Colonie rose. Anaérobies facultatifs. Catalase et oxydase positives. Utilisent tryptone, extrait de levure, glucose, acétate et quelques acides aminés. En anaérobiose, réduisent le Fe(III) en Fe(II). Hydrolysent esculine et gélatine. Quinones majeures: Q-8, MK-7 et MK-6. Requièrent un minimum de 5 g/l de NaCl (5-40 g/l). Croissance optimale à 25-30°C (15-40°C) et pH 7-8 (6-11). ADN : 50-51 mol % G+C. Une seule espèce marine isolée au Japon, Paraferrimonas sedimenticola.

Famille IV. Idiomarinaceae

Idiomarina (G. idios, vrai; L. marina, marin)

Bâtonnets (0,7-0,9 micron de diamètre) isolés ou en paires, mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Aérobies chimio-organotrophes, oxydase positive. Croissance optimale à 20-22 °C (4-30 °C) et pH 7,5-8 (5,5-9,5). Utilisent des sucres et des acides aminés comme source de carbone et d’énergie. ADN : 48-50 mol % G+C. Deux espèces isolées de sédiments marins profonds, dont Idiomarina abyssalis.

Aliidiomarina (L. alius, autre, L. Idiomarina, nom de genre bactérien)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 1,5-2,8 microns), mobiles par un seul flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Poly-B-hydroxybutyrate non accumulé. Après 7 jours d’incubation sur PY agar à 30°C, colonie de 4-6 mm de diamètre, brun clair, circulaire, convexe et non-luminescente, avec bords entiers. Aérobies stricts chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Nitrate réduit en nitrite. Arginine dihydrolase, Iysine décarboxylase et ornithine décarboxylase sont absentes. Indole produit. H2S non produit sur thiosulfate. ADN et gélatine sont hydrolysés, mais pas esculine, agar, caséine, amidon, Tween 80 et urée. Sur API ZYM, positifs pour phosphatase acide, valine arylamidase, cystine arylamidase, alpha-chymotrypsine, naphthol-phosphohydrolase et trypsine. Sur API 50CH, oxydent N-acétylglucosamine, amidon, L-arabinose, érithritol, D-fructose, L-fucose, D-galactose, D-glucose, glycérol, glycogène, maltose, D-mannitol, D-mannose, gluconate de potassium, D-ribose, saccharose et tréhalose. Sur GN2 MicroPlates, oxydent acétate, N-acétyl-D-galactosamine, N-acétyl-D-glucosamine, L-asparagine, L-aspartate, bromosuccinate, dextrine, D-fructose, L-fucose, alpha-D-glucose, D-glucose 6-phosphate, D-gluconate, D-glucosaminate, L-glutamate, glycogène, glycyl L-aspartate, L-histidine, p-hydroxyphénylacétate, inosine, DL-lactate, maltose, D-mannitol, D-mannose, D-psicose, pyruvate méthyl ester, L-sérine, saccharose, tréhalose, thymidine, turanose et uridine. Q-8 est la quinone isoprénoïde majeure et Q-9 est une quinone mineure. Les lipides polaires majeurs sont le diphosphatidylglycérol, le phosphatidylglycérol et la phosphatidyléthanolamine. Mésophiles et halophiles. NaCl requis pour la croissance, optimum 15-50 g/l (5-100 g/l). Croissance optimale à 30-40°C (4-45°C) et pH 7-9 (>6-<10). ADN : 51-52 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer littorale à Taiwan, Aliidiomarina taiwanensis.

Pseudidiomarina (G. pseudes, faux; L. Idiomarina, nom de genre bactérien)

Bâtonnets droits (0,6-0,8 x 0,8-2,4 microns), non mobiles, Gram négatif. Un petit nombre de cellules produisent une protubérance ou des vésicules à partir de la paroi cellulaire. Colonie circulaire, translucide, non pigmentée, non luminescente. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent quelques acides aminés et organiques. Hydrolysent la gélatine et les lipides. Peuvent réduire le nitrate en nitrite en anaérobiose. Croissance optimale à 20-30°C (>4-<45°C), pH 8 (>5-6) et 10-40 g/l de NaCl (>0-<120 g/l). ADN : 49 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer peu profonde à Taïwan, Pseudidiomarina taiwanensis.

Famille V. Moritellaceae

Moritella (R. Y. Morita, microbiologiste marin)

Bâtonnets droits à incurvés, mobiles par flagelles polaires, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes. Halophiles et psychrophiles (0-30 °C). Oxydase et catalase positives. Réduisent le nitrate en nitrite. Production d’acide sans gaz sur sucres. ADN : 40-42 mol % G+C. Quatre espèces marines, dont Moritella marina (ex-Vibrio marinus).

Paramoritella (G. para, près de ; L. Moritella, nom de genre bactérien)

Bâtonnets (0,8-1 x 2-4 microns), mobiles par flagelles subpolaires, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Fermentent le glucose en acides et oxydent certains sucres. Nitrate réduit en nitrite. Quinone majeure Q8. Halophiles modérés. Croissance optimale à 30°C (15-37°C), pH 9 (7-11) et 9-42 g/l NaCl. ADN : 57 mol % G+C. Une seule espèce Paramoritella alkaliphila isolée d’un corail de la mer en République de Palau.

FamilleVI. Pseudoalteromonadaceae

Pseudoalteromonas

Bâtonnets droits à incurvés (0,2-1,5 x 1,8-3 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Certaines espèces ont un flagelle engainé. Production de pigments chez certaines espèces. Aérobies stricts. Oxydase positive, catalase variable. Chimio-organotrophes. Une espèce dénitrifiante (P. denitrificans). Bactéries marines. ADN : 37-50 mol % G+C. Dix-huit espèces, dont Pseudoalteromonas haloplanktis.

Algicola (L. alga, algue; L. incola, habitant)

Bâtonnets mobiles par un flagelle polaire, pigmentés, Gram négatif. Aérobies stricts. Oxydase positive. Utilisent certains sucres. Activité bactériolytique. Hydrolysent amidon et gélatine. Croissance mésophile (> 4°C et <37°C). Requièrent de l'eau de mer ou l'addition de sels marins jusqu'à 60 g/l et de facteurs de croissance. ADN: 44-46 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'algues, Algicola bacteriolytica.

Psychrosphaera (G. psychros, froid ; L. sphaera, sphère)

Cellules coccoïdes à ellipsoïdes (0,5-0,7 x 0,75-1,0 micron), mobiles par un flagelle polaire, non sporulées, Gram négatif. Aérobies stricts, catalase négative et oxydase positive. Acide produit sur glycérol, L-arabinose, D-xylose, beta-méthyl-D-xylopyranoside, galactose, glucose, fructose, mannose, amygdaline, esculine, salicine, cellobiose, maltose et gentiobiose. Phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, valine arylamidase, trypsine, phosphatase acide et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase positives. Hydrolysent la gélatine. Quinone isoprénoïde respiratoire majeure Q8. Croissance optimale à 15-20°C (4-30°C), entre pH 6,0-9,0 et jusqu’à 50 g/l NaCl. ADN : 39-40 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac au Japon, Psychrosphaera saromensis.

FamilleVII. Psychromonadaceae

Psychromonas

Bâtonnets parfois de forme ovale (1,3 x 2,5-6 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Anaérobies aérotolérants. Oxydase et catalase positives. Croissance optimale à 12 °C, pH 6,5 et 30 g/l de NaCl. Fermentent l’amidon et le glycogène ainsi que les sucres avec formation d’acétate, formate, éthanol, lactate, CO2, butyrate. ADN: 43 mol % G+C. Une espèce isolée d’un tapis à cyanobactéries d’une mare hyperhalophile de l’Antarctique, Psychromonas antarctica.

Famille VIII. Shewanellaceae

Shewanella (J. Shewan, microbiologiste des poissons)

Bâtonnets droits à incurvés (0,5 x 1,5-3 microns), mobiles par flagelles polaires, Gram négatif. Non pigmentés. Aérobies chimio-organotrophes, oxydase positive. ADN : 44-47 mol % G+C. Treize espèces aquatiques ou marines, dont Shewanella putrefaciens.

Famille IX. Celerinatantimonadaceae

Celerinatantimonas (L. celer, rapide ; L. natans, nageant; G. monas, unité)

Bâtonnets épais, mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Anaérobies facultatifs. Oxydase négative et catalase positive. Amylase, gélatinase, caséine, protéase ou lipase absentes. Nitrate non réduit. Positifs pour la production d’acide et phosphatases alcaline, estérase, estérase lipase, leucine arylamidase, alpha-chymotrypsine, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, beta-galactosidase et beta-glucosidase. Négatifs pour alpha-fucosidase, alpha-glucosidase, alpha-mannosidase et beta-glucuronidase. Utilisent N-acétyl-D-glucosamine, L-arabinose, D-arabitol, cellobiose, D-fructose, D-galactose, gentiobiose, alpha-D-glucose, myo-inositol, lactose, lactulose, D-mannitol, D-mannose, mélibiose, méthyl beta-D-glucoside, L-rhamnose, saccharose, tréhalose, glycérol, cis-aconiate, citrate, D-galacturonate, D-gluconate, D-glucuronate, alpha-cétoglutarate, succinate, bromosuccinate, dextrine, glycogène, L-proline et malate. Requièrent des conditions mésophiles et des sels de mer ou NaCl. Croissance optimale à 31°C (17–49°C), pH 6,0 (3,5–8,0) et 70–75 g/l NaCl (25–80 g/l). ADN : 42–44 mol % G+C. Une seule espèce isolée des racines de Spartina alterniflora aux USA, Celerinatantimonas diazotrophica.

Alteromonadales non classées

Maricurvus (L. mare, la mer; L. curvus, courbé)

Bâtonnés incurvés (0,3–0,8 x 1,0–2,5 microns), mobiles par un seul flagelle polaire, Gram négatif. Colonie jaune pâle, circulaire, lisse, convexe, de 1,0 mm de diamètre, à bord entier après 7 jours d’incubation sur Malt-Agar. Aérobies. Dégradent le p-n-nonylphénol, p-n-octylphénol et p-n-heptylphénol. Positifs pour oxydase, catalase, réduction du nitrate et hydrolyse de l’esculine, gélatine, Tweens 40 et 80. Négatifs pour la production d’indole, la production d’acide sur glucose (fermentation), arginine dihydrolase, uréase, beta-galactosidase et hydrolyse de l’amidon. Sur API ZYM, positifs pour la phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), lipase (C14), leucine arylamidase, valine arylamidase et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, mais négatifs pour les tous les autres enzymes. Sur API 50 CH, acide produit oxydativement sur D-glucose, esculine et 5-cétogluconate (faiblement positifs). Aucune des autres sources de carbone n’est utilisée sur API 50 CH. Utilisent les composés suivants comme source de carbone et d’énergie par les méthodes conventionnelles : D-glucose, tréhalose, acétate, caprate, caproate, propionate, pyruvate et L-alanine, mais pas N-acétyl-glucosamine, L-arabinose, D-arabitol, D-fructose, D-galactose, D-mannitol, D-mannose, L-rhamnose, D-sorbitol, D-xylose, lactose, cellobiose, maltose, saccharose, glycérol, myo-inositol, adipate, citrate, formate, gluconate, lactate, DL-malate, succinate, L-asparagine, L-asparate, L-glutamate, L-histidine, L-leucine, L-sérine, L-thréonine, L-phénylalanine, L-proline, benzoate et 4-hydroxybenzoate. La quinone respiratoire prédominante est Q-8. Sensibles à ampicilline (10 microg), chloramphénicol (30 microg), gentamicine (10 microg), kanamycine (30 microg), acide nalidixique (30 microg), novobiocine (30 microg), pénicilline G (10 U), polymyxine B (300 U), streptomycine (10 microg) et tétracycline (30 microg), mais résistants à lincomycine (2 microg). Ions sodium requis pour la croissance. Croissance optimale à 25-30°C (20-35°C), pH 7,0-8,0 et 20-30 g/l NaCl (10-40 g/l). ADN : 48,6 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer au Japon, Maricurvus nonylphenolicus.

Teredinibacter (L. Teredinidae, une famille de mollusques bivalves)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 3-6 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. En phase stationnaire, les cellules deviennent souvent pléomorphes avec des formes en spirales ou en très longs bâtonnets. Associés aux branchies des mollusques Teredinidae. Colonie translucide développant un pigment jaune-brun. Aérobies chimio-hétérotrophes prototrophes, utilisant les sucres avec production d’acide, la cellulose et les acides organiques. Oxydase et catalase positives. Fixent l’azote atmosphérique en milieu pauvre en azote et en microaérophilie. Croissance optimale à 30-35°C (20-30°C), pH 8,5 (6-10,5) et 18 g/l NaCl (6-35 g/l), ainsi que des concentrations élevées en Ca2+ et Mg2+. ADN : 49-51 mol % G+C. Une seule espèce isolée des branchies du mollusque Lyrodus pedicellatus, Teredinibacter turnerae (Ruth D. Turner, malacologiste américaine).

Pseudoteredinibacter (G. pseudes, faux; L. Teredinibacter, nom de genre bactérien)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 0,7-1,2 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Pas d’accumulation de granules de poly-B-hydroxybutyrate. Colonie ronde, entière, convexe, incolore, semi-translucide, de 0,8-1 mm de diamètre après 48 h d’incubation à 30°C. Production d’eumélanine non observée. Aérobies chimio-hétérotrophes. Positifs pour oxydase, catalase, ADNase, lipase et hydrolyse de l’amidon, gélatine, esculine, lécithine et Tweens 20, 40, 60 et 80. Négatifs pour l’hydrolyse de l’agar, alginate, chitine, CM-cellulose et caséine. Sur API 20NE, négatifs pour l’acidification du glucose, arginine dihydrolase, uréase, assimilation du glucose, mannose, malate, arabinose, mannitol, gluconate, caprate, adipate, citrate et phénylacétate. Positifs pour la réduction du nitrate et du nitrite, la production d’indole, beta-glucosidase, protéase, assimilation de la N-acétylglucosamine et du maltose. Sur API ZYM, positifs pour phosphatase alcaline, C4 estérase, C8 estérase lipase, C14 lipase, leucine arylamidase, valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, alpha-chymotrypsine, phosphatase acide et naphthol-AS-BI-phosphohydrolasae. Négatifs pour alpha- et beta-galactosidase, beta-glucuronidase, alpha- et beta-glucosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. Sur Biolog GN2 MicroPlate, oxydent les composés suivants : Tweens 40 et 80, D-arabitol, cellobiose, alpha-D-glucose, D-mannose, acétate, beta- et gamma-hydrorybutyrate, alpha-cétoglutarate, propionate, quinate, D-saccharate, succinate, bromosuccinate, succinamate, glucuronamide, L-alaninamide, D- et L-alanine, L-alanyl glycine, L-asparagine, L-aspartate, L-glutamate, glycyl L-aspartate, glycyl L-glutamate, L-histidine, hydroxy L-proline, L-leucine, L-ornithine, L-phénylalanine, L-proline, L-pyroglutamate, D- et L-sérine, L-thréonine, DL-carnitine, gamma-aminobutyrate, urocanate, inosine, uridine, thimidine, phényléthylamine, putrescine, 2-aminoéthanol, 2,3-butanediol, glycérol, DL-alpha-glycérol phosphate, alpha-D-glucose 1-phosphate et D-glucose-6 phosphate. Utilisent les composés suivants comme source d’énergie et de carbone : cellobiose, esculine, D-glucose, D-mannose, acétate, propionate, succinate, glycérol, L-alanine, L-arginine, L-asparagine, L-aspartate, L-glycocolle, L-glutamate, L-histidine, L-leucine, L-lysine, L-phénylalanine, L-proline, L-sérine, L-thréonine, L-valine et urée. Les lipides polaires majeurs sont la phosphatidyléthanolamine et le phosphatidylglycérol. Les quinones respiratoires majeures sont Q-9 et Q-8. Croissance optimale à 30-35°C (10-45°C), pH 7,5 (7-8) et 25-30 g/l NaCl (20-40 g/l). ADN : 52 mol% G+C. Une seule espèce isolée du corail Isopora palifera, Pseudoteredinibacter isoporae.

 

  Ordre XI. Vibrionales

                             Famille I. Vibrionaceae

Elle englobe des bâtonnets droits ou incurvés, mobiles au moyen de flagelles polaires. Des flagelles latéraux additionnels peuvent être synthétisés dans certaines conditions de culture (milieu solide). Organismes chimio-organotrophes anaérobies facultatifs doués d'activités respiratoire et fermentaire. La plupart sont oxydase-positive. Tous utilisent le glucose comme seule source de carbone et d'énergie. La plupart des espèces requièrent 20 à 30 g/l de NaCl pour une croissance optimale. Ce sont essentiellement des organismes aquatiques que l'on rencontre dans les eaux douces, saumâtres ou marines. Plusieurs espèces sont pathogènes pour l'homme, les poissons, les anguilles, les grenouilles et autres vertébrés et invertébrés. La teneur en G+C de l'ADN varie de 38 à 63 mol %.
 

Vibrio (L. vibrio, se mouvoir rapidement en aller-retour, en vibrant)

Bâtonnets droits ou incurvés (0,5-0,8 x 1,4-2,6 microns), mobiles par flagellation polaire monotriche ou lophotriche ; les flagelles sont contenus dans une gaine qui est une continuation de la paroi cellulaire. Sur milieu solide, l'organisme peut synthétiser de multiples flagelles latéraux avec une longueur d'onde plus courte. Non dénitrifiants mais quelques espèces fixent l'azote atmosphérique (Vibrio diazotrophicus). Font fermenter le glucose sans production de gaz. La plupart des espèces exigent du NaCl pour leur croissance. Oxydase positive. En milieu liquide, certaines souches marines possèdent de nombreux appendices tubulaires, formés par la paroi cellulaire et dont la fonction est inconnue. De nombreuses espèces accumulent des réserves de PHB. Certaines souches produisent un pigment noir, rouge ou jaune-orangé. La plupart des espèces n'exigent aucun facteur de croissance. La fermentation est acide mixte et conduit à la formation de formate, acétate, lactate, succinate, pyruvate et éthanol. Deux espèces dont Vibrio gazogenes, produisent du gaz (H2+CO2). Plusieurs espèces réalisent un clivage meta du protocatéchuate. Présence de cytochrome c (test de l'oxydase positif). Certaines souches ont la propriété d'émettre une lumière bleu-verte. Cette réaction, catalysée par la luciférase, met en jeu le FMNH2, une aldéhyde à longue chaîne RCHO et l'oxygène. FMNH2 + O2 + RCHO --> FMN + H2O + RCOOH + lumièreCe phénomène est connu sous le nom de bioluminescence. La synthèse de la luciférase dépend de la densité cellulaire suffisante pour induire et excréter une substance inductrice de l'enzyme. La génétique de l'espèce Vibrio cholerae a été étudiée de façon extensive. Le gène de structure de la toxine cholérique est chromosomal. Ont également été étudiés les phages, la structure antigénique, la sensibilité aux antibiotiques et la pathogénicité de cette espèce qui constitue l'espèce type du genre dont l'ADN renferme de 38 à 51 mol% de G+C. Le genre possède quarante espèces isolées de milieux aquatiques de différente salinité, ainsi qu'à la surface et le contenu intestinal d'animaux marins. Plusieurs espèces sont pathogènes pour l'homme et les animaux marins. Vibrio cholerae, l’espèce type, est l'agent du choléra ; il produit la toxine cholérique dont l'action sur l'épithélium de l'intestin grêle engendre les diarrhées caractéristiques de la maladie. L'espèce comprend plusieurs sérovars de pathogénicité variable. Vibrio parahaemolyticus engendre une gastroentérite chez l'homme à partir d'aliments marins contaminés.
 
 

Vibrio cholerae
Extrait du site:
http://www.md.huji.ac.il/microbiology/book/images/fig24_3b.jpg

Aliivibrio (L. alius, autre)

Bâtonnets mobiles par un à plusieurs flagelles engainés, Gram négatif. Certaines souches sont luminescentes. Presque toutes les espèces possèdent un pigment cellulaire jaune-orangé. Anaérobies oxydase positive. fermentent et peuvent utiliser le glucose comme seule source de carbone. Sensibles à l'agent vibriostatique O/129 à 10 microgramme. Croissance sur milieu avec 10 g/l NaCl mais pas à 100 g/l. ADN: 38-42 mol % G+C. Quatre espèces reclassées du genre Vibrio, isolées d'environnements marins, souvent associées à des animaux comme symbiontes mutualistes ou pathogènes, dont l'espèce type Aliivibrio fischeri.
 

Allomonas (G. allos, autre; G. monas, unité)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés, mobiles par un flagelle polaire ou non mobiles, Gram négatif. Production d’un pigment brun pâle non diffusible. Anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Oxydent et fermentent les sucres avec production d’acide sans gaz. Croissance optimale à 37 °C et 50 g/l de NaCl. ADN : 57 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fécès humains, d’eau de rivière contaminée et d’eau d’égoût, Allomonas enterica.

Beneckea = Vibrio

Catenococcus (L. catena, chaîne)

Coques isolées, en paires ou chaînes, non mobiles, Gram négatif. Excrètent un mucus. Anaérobies facultatifs fermentant les sucres. Catalase et oxydase positives. Production d’acide sur sucres en aérobiose. Croissance chimiolithohétérotrophe possible sur acétate + thiosulfate. Réduisent le soufre en sulfure en présence de donneurs d’électrons organiques, en microaérophilie ou en anaérobiose. Présence de cytochromesb et c. Croissance optimale à 25-28 °C (10-35 °C) et pH 6,7-6,9 (5,6-7,8). ADN : 48-50 mol % G+C. Une seule espèce marine, Catenococcus thiocycli.

Enterovibrio  (G. enteron, intestin ; L. vibrio, qui vibre)

Vibrions (0,8 x 1-1,2 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie lisse, ronde, à bords élevés, beige, 1 mm de diamètre après deux jours d’incubation. Anaérobies facultatifs, oxydase et catalase positives. Chimio-hétérotrophes oxydant certains sucres, acides organiques et aminés et fermentant le glucose. Positifs pour l’arginine dihydrolase, l’indole et la b-galactosidase. Négatifs pour le Voges-Proskauer, la lysine et l’ornithine décarboxylases. Halophiles modérés. Croissance optimale à 20-28°C (>4-35°C) et 20 g/l NaCl (>0-80 g/l). ADN : 47-48 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tube digestif de larves de turbot (Scophthalmus maximus), Enterovibrio norvegicus.

Grimontia  (Patrick A. D. Grimont, microbiologiste français)

Vibrions, mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Anaérobies chimio-hétérotrophes, oxydase positive. Mésophiles et halophiles modérés. Production d’indole et réduction du nitrate positives. Tests négatifs : Voges-Proskauer, arginine dihydrolase, lysine et ornithine décarboxylase. ADN : 48-51 mol % G+C. Une seule espèce reclassée du genre Vibrio, Grimontia (ex Vibrio) hollisae.

Listonella (J. Liston, microbiologiste marin)

Bâtonnets incurvés, mobiles par flagelles monotriches ou péritriches. Aérobies, chimio-organotrophes, oxydase positive. Pas de croissance à 40 °C. Exigent du NaCl pour la croissance. ADN : 43-46 mol % G+C. Trois espèces marines pathogènes pour les poissons et les anguilles, dont Listonella anguillarum.

Lucibacterium = Vibrio

Photobacterium (G. phos, lumière)

Bâtonnets droits, épais (0,8-1,3 x 1,8-2,4 microns), mobiles par un à trois flagelles polaires non engainés. Accumulent du PHB sans être capables de le métaboliser dans le milieu. Le test de l'oxydase est souvent négatif car le niveau de cytochrome c est faible. Gaz moins. Certaines souches exigent NaCl et L-méthionine. Deux espèces sont bioluminescentes. Communs dans les environnements maritimes et à la surface et dans le contenu intestinal d'animaux marins. Certains sont symbiontes d'organes lumineux spéciaux de certains poissons. ADN : 40-44 mol % G+C. Le genre comporte six espèces dont l'espèce type, Photobacterium phosphoreum.

Salinivibrio

Bâtonnets incurvés Gram négatif, non sporulés (0.5-0.6 x 1.0-3.2 microns), très mobiles par un ou rarement deux flagelles subpolaires. Isolés, en paires ou rarement en chaînes. Colonie circulaire, convexe, opaque, lisse, crème, 2-3 mm de diamètre. Croissance optimale à 37 °C, pH 7.3-7.5 et NaCl 25 à 100 g/l. Pas de facteurs de croissance requis mais l’extrait de levure stimule la croissance. Anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes. Catalase et oxydase sont produites. Gelatine et caséine sont hydrolysées ; les tests de Voges-Proskauer et de l’arginine décarboxylase sont positifs. Les tests de l’indole, b-galactosidase, lysine et ornithine décarboxylase sont négatifs. Nitrate non réduit en nitrite ni gaz. Acide produit en aérobiose sur glucose, saccharose, tréhalose et xylose. Glucose, tréhalose, N-acétylglucosamine et pyruvate sont fermentés. ADN : 50 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’habitats hypersalés et de salaisons, Salinivibrio costicola et deux sous-espèces.


Salinivibrio costicola
Huang et al. (2000) Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50, 615-622

Accueil
Introduction
Classification résumée
Classification générale
Liste alphabétique

Groupes trophiques spéciaux

Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
Biblio
Plan du site
 
Synonymes