Taxonomie des Procaryotes
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Hydrogenophilales, Methylophilales, Neisseriales, Nitrosomonadales, Rhodocyclales et Procabacteriales, Ordres II à VII des Beta-Proteobactéries, Classe II des Proteobactéries, Phylum XIII du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés de la Classe des Beta-proteobactéries

Fonctions: fermentaires, saprophytes, nitrifiants, dénitrifiants, méthylotrophes, fixateurs d ’azote, pathogènes
Morphologie: coques, bâtonnets, spirilles
Croissance: aérobies, anaérobies facultatives ou strictes, mésophiles
Nutrition: chimio-organotrophes, lithoautotrophes
Habitat: ubiquistes, pathogènes

2. Taxonomie des Hydrogenophilales, Methylophilales, Neisseriales, Nitrosomonadales, Rhodocyclales et Procabacteriales,

Classe II. Beta-proteobacteria

Ordre I. Burkholderiales
 

Ordre II. Hydrogenophilales

Ordre III. Methylophilales

Ordre IV. Neisseriales

Ordre V. Nitrosomonadales

Ordre VI. Rhodocyclales

Ordre VII. Procabacteriales

Famille I. Procabacteriaceae : Procabacter

Beta-Proteobacteria non classées : Chitinovorax

3. Description des Genres

Classe II. Beta-Proteobacteria

Ordre I. Burkholderiales

 

Ordre II. Hydrogenophilales

Famille I. Hydrogenophilaceae

Hydrogenophilus

Bâtonnets droits (0,5-0,6 x 2-3 microns), isolés, Gram négatif, non sporulés. Colonie jaune. Aérobies, chimio-lithoautotrophes utilisant H2 comme donneur d’électrons et CO2 comme source de carbone. Le CO2 est fixé par le cycle de Calvin-Benson. Egalement hétérotrophes utilisant des acides organiques comme donneurs d’électrons et sources de carbone. Croissance optimale à 50-52°C et pH 7. ADN : 63-65 mol % G+C. Deux espèces, dont Hydrogenophilus thermoluteolus isolée du sol d’une source chaude du Japon.

Petrobacter  (G. petra, pierre)

Bâtonnets droits (0,3-0,4 x 2 microns), isolés ou en paires, mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Colonie ronde, 1-2 mm de diamètre. Aérobies chimio-organotrophes. Oxydase et catalase positives. Oxydent fumarate, pyruvate, succinate, éthanol et extrait de levure en présence d’oxygène ou de nitrate (anaérobiose) comme accepteur d’électrons. Thermophiles modérés, faiblement halotolérants. Croissance optimale à 55°C  (35-60°C), à pH 6,9 (5,5-8) et 5 g/l NaCl (0-30 g/l). ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un puits de pétrole australien, Petrobacter succinatimandens.

Tepidiphilus (L. tepidus, chaud ; G. philos, aimant)

Bâtonnets (0,7 x -2 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Présence de granules de PHB. Colonie nacrée de 1 à 2 mm de diamètre. Aérobies chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent les acides organiques et aminés mais pas les sucres. Réduisent le nitrate en anaérobiose. Hydrogénase positive. Phospholipides majeurs : phosphatidyléthanolamine et phosphatidylglycérol ; ubiquinone respiratoire majeure : Q-8. Croissance optimale à 50°C (>25-<61°C) et pH entre 6 et 8. ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un digesteur thermophile traitant des boues de station d’épuration, Tepidiphilus margaritifer (L. margarita, perle ; L. fer, portant).

Thiobacillus

Bâtonnets courts (0,5 x 1-3 microns), mobiles par un flagelle polaire ou non mobiles. Tirent leur énergie de l'oxydation du soufre élémentaire, des sulfures, du thiosulfate, des polythionates et du sulfite. Le produit final est le sulfate avec accumulation transitoire de soufre et polythionates. Le genre comprend des espèces autotrophes strictes, des autotrophes facultatives et une espèce mixotrophe. Toutes sont aérobies strictes exceptée Thiobacillus denitrificans qui est très variable, de conditions très acides (pH 2) à moyennement alcalines (pH 9). Ces organismes se rencontrent dans le sol, les boues d'eau douce ou marine, les eaux usées, les sources sulfureuses. Ils sont fréquents dans les endroits de production d'H2S ou de dépôt de soufre. Le G+C de l'ADN varie de 50 à 68 mol %. Le genre comporte quatre espèces dont l'espèce type, Thiobacillus thioparus.

 

Ordre III. Methylophilales

Famille I. Methylophilaceae

Methylophilus

Bâtonnets droits ou légèrement incurvés (0,3-0,6 x 0,8-1,5 microns), isolés ou en paires, mobiles par flagelles polaires ou non mobiles, Gram négatif. Aérobies. Catalase et oxydase positives. Croissance optimale à 30-37°C et pH 6,5-7,2. Pas ou peu de production d’acide sur glucose. Méthanol utilisé comme seule source de carbone et d’énergie. ADN : 50-53 mol % G+C. Deux espèces isolées de boues activées et d’eaux de rivière ou de mare, dont Methylophilus methylotrophus.

Methylobacillus

Bâtonnets courts (0,3-0,5 x 0,8-2 microns), isolés et rarement en paires, mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie blanche à jaune pâle. Aérobies, méthylotrophes obligés croissant sur composés en C1 autres que le méthane. Utilisation du fructose variable. Oxydase et catalase positives. Réduisent le nitrate en nitrite. Croissance à pH 6-8 et à 30-42°C. ADN : 50-56 mol % G+C. Deux espèces isolées du sol, dont Methylobacillus glycogenes.

Methylotenera (L. tenera, délicate)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 0,6-1,2 microns), isolés, mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies. Catalase et oxydase positives. Méthylamine utilisée comme seule source de carbone, d’énergie et d'azote mais pas le méthanol. Méthylamine oxydée par la méthylamine deshydrogénase et composés en C1 assimilés par la voie du RuMP. Phospholipide majeur phosphatidyléthanolamine. Croissance optimale à 30°C et pH 7,5 (5-8,5). ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un lac américain, Methylotenera mobilis.

Methylovorus

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,5-0,6 x 1-1,3 microns), isolés ou en paires, Gram négatif. Absence de membranes intra-cytoplasmiques. Production de mucus. Colonie rose. Croissance optimale à 35-37°C et pH 7-7,2. Aérobies stricts utilisant le méthanol et le glucose comme source de carbone et d’énergie. Quelques souches utilisent lentement les méthylamines, l’inuline et la bétaïne. Catalase et oxydase positives. ADN : 55-57 mol % G+C. Une seule espèce isolée de boues activées, du sol et d’eau de mare, Methylovorus glucosotrophus.

 

Ordre IV. Neisseriales

Famille I.Neisseriaceae

Ces organismes sont soit des coques isolées, en paires ou en amas, soit des bâtonnets ou des formes coccoïdes en paires ou chaînes courtes. Peuvent être capsulés. Gram-négatif mais les cellules résistent souvent à la décoloration. Non mobiles mais présence de fimbriae (pilis). Aérobies mais certaines souches présentent une faible croissance anaérobie. Espèces parasites des animaux à sang chaud.

Neisseria (A. Neisser qui la découvrit en 1889)

Coques de 0,6 à 1 micron de diamètre, isolées ou le plus souvent en paires avec côtés adjacents renflés. Une exception avec l'espèce Nesseria elongata qui se présente sous la forme de coccobacilles en paires ou courtes chaînes. La division des coques intervient dans deux plans différents, à angle droit et entraîne parfois la formation de tétrades. Quelques espèces produisent un pigment jaune verdâtre caroténoïde. Oxydase et catalase positives. Dénitrifiants, chimio-organotrophes. Habitent les membranes muqueuses des mammifères. Certaines espèces sont pathogènes pour l'homme. La sérologie permet de diagnostiquer certaines espèces. ADN : 46-53 mol % G+C. Vingt espèces décrites pour le genre. L’espèce type, N. gonorrhoeae, est le gonocoque, agent de la gonorrhée. N. meningitidis est le méningocoque agent de la méningite.

Alysiella (G. alysion, petite chaîne; L. ella, diminutif)

Filaments composés de cellules allongées en forme de disque, mobiles par glissement. Aérobies oxydase et catalase positives. Production d'acides sur sucres. Dénitrifiant, nitrite réduit en azote chez une espèce. Quinone majeure Q-8. Croissance à 27-43°C, pH 6-8 et 15 g/l de NaCl. ADN : 45-50 mol % G+C.Deux espèces isolées de la cavité orale de moutons dont Alysiella filiformis.

Andreprevotia (André Romain Prévot, microbiologiste français)

Bâtonnets (0,7-0,9 x 2-3 microns), mobiles par un flagelle polaire à subpolaire, non sporulés, Gram négatif. Colonie ivoire, ronde, convexe. Aérobies anaérobies facultatifs, oxydase et catalase positives. Utilisent les sucres. Fermentent le glucose. Hydrolysent le Tween 80. Croissance optimum à 28°C (5 - 35°C), pH 6-7 (5-8) et 0-20 g/l de NaCl. ADN : 62 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol forestier coréen, Andreprevotia chitinilytica.

Aquaspirillum (L. aqua, eau)

Spirilles aérobies des eaux douces, 0,2 à 1,5 microns de diamètre. Ces organismes se distinguent par un nombre de caractéristiques typiques : formes incurvées et enroulées, vibrioïdes ou hélicoïdales, mobilité en hélice avec nage rapide en ligne droite, flagellation lophotriche ou amphitriche, métabolisme respiratoire aérobie stricte avec NO3- comme accepteur d'électrons occasionnel. Ils se rencontrent comme saprophytes dans les eaux douces ou marines. Ils contiennent du PHB. Leur meilleure source de carbone est représentée par les acides organiques. Peu de sucres sont oxydés. Précédemment réunis dans un seul genre, Spirillum ; mais continuum d'espèces avec d’autres genres de vibrions aérobies Gram-négatif à flagellation polaire (Pseudomonades, Azotobacteriacées). Catalase positive, mêmes caractéristiques que Spirillum.Plusieurs espèces produisent un pigment fluorescent jaune-vert soluble dans l'eau. Réduction du nitrate en nitrite ou en ammoniaque chez trois espèces. Deux espèces fixent l'azote en condition microaérophile. ADN : 50-65 mol % de G+C. Dix-sept espèces, dont Aquaspirillum serpens.

Aquitalea  (L. aqua, eau ; L. talea, bâtonnet)

Bâtonnets courts, droits à légèrement incurvés (1-7 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Aérobies anaérobies facultatifs, oxydase et catalase positives. Utilisent le glycogène, les acides organiques et aminés. Fermentent mais n’oxydent pas le glucose. Réduisent le nitrate et produisent de l’indole sur tryptophane. Croissance à 28-40°C (>4 - <45°C) et pH 5-8. ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac américain, Aquitalea magnusonii.

Bergeriella (H. Berger, microbiologiste américain)

Coques isolées ou le plus souvent en paires. Aérobies catalase négative.  Chimio-organotrophes. Dénitrifiants, nitrite réduit en azote. Produisent des acides sur certains sucres. Production d'anhydrase carbonique. ADN : 56 mol % G+C. Une seule espèce reclassée du genre Nesseria, Bergeriella denitrificans isolée de la gorge de cochon d'Inde.


 
Chitinibacter  (L. chitinum, chitine)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,5-0,9 x 1,3-2,6 microns) aux extrémités arrondies, très mobiles par un à deux flagelles polaires, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, convexe, blanche, de 0,5-2 mm de diamètre. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives, ne produisant pas d’acide sur glucose. Utilisent glucose, N-acétylglucosamine et gluconate. Quinone prédominante Q-8. Ne réduisent pas le nitrate. Croissance optimale à 30-37°C (10-40°C) et pH 7,5 (5,5-9). ADN : 56 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol de Taïwan, Chitinibacter tainanensis.

Chitinilyticum (L. chitinum, chitine; L. lyticum, dissolvant)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 2,5-4 microns), isolés, mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Accumulent des granules de PHB. Les colonies sur milieu chitine développent une large zone claire de lyse. Aérobies anaérobies facultatifs, oxydase et catalase positives, fermentent le glucose. Assimilent glucose, mannose, N-acétyl-D-glucosamine et gluconate. Quinone prédominante Q-8. Réduisent le nitrate. Croissance entre 15-40°C, pH 7-11 et 0-7,5 g/l NaCl. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un basin d'aquaculture à Taïwan, Chitinilyticum aquatile.

Chitiniphilus (L. chitinum, chitine ; G. philos, aimant)

Bâtonnet incurvé (0,7-0,8 x 1,2-1,5 microns), mobile par un flagelle polaire. Gram négatif. Colonie circulaire, bords rhizoïdes, lisse, jaune pâle. Anaérobies facultatifs. Catalase et oxydase positives. Utilisent la chitine comme seule source de carbone ainsi que D-ribose, D-glucose (sans production d’acide), D-fructose, D-mannose, N-acetyl-glucosamine, amygdaline, citrate ferrique d’esculine, salicine, D-cellobiose et gentiobiose. Nitrate réduit. Quinone respiratoire majeure Q-8. Croissance optimale à 30-37°C (15-45°C). ADN : 68 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau d’un fossé au Japon, Chitiniphilus shinanonensis.

Chitinolyticbacter (L. chitinum, chitine; L. olytic-a, dissolvant; L. bacter, bâtonnet)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,5-0,9 x 0,5-2,0 microns), aux extrémités arrondies, très mobiles par un seul flagelle polaire, Gram négatif. Colonie blanc laiteuse, circulaire, entière, convexe, de 3–5 mm de diamètre après 10 jours d’incubation. Pas de pigments diffusibles. Aérobies stricts, catalase positive, formation d’acide sur glucose. Sur test API et Vitek, glucose, N-acétylglucosamine, chitosamine, D-galactose, D-fructose, cellulose, amylose, maltose et saccharose
sont utilisés comme seule source de carbone. L-arabinose, D-xylose, L-rhamnose, D-mannose, tréhalose, D-mannitol, DL-lactate, acétate, propionate, adipate, itaconate, subérate, sébacate, azélate, heptanoate, L-alanine, L-histidine, L-proline, citrate et inositol ne sont pas utilisés. Capables de dégrader chitine, amidon et cellulose. Négatifs pour la réduction du nitrate, la laccase, glucose transferase, arginine dihydrolase et protéase, la dégradation de la gélatine ou de la caséine. Croissance optimale à 30-37°C (10-41°C) et à pH 6,5 (3,5-9,5). ADN : 53 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un sol en Chine, Chitinolyticbacter meiyuanensis.

Chromobacterium (G. chroma, couleur)

Bâtonnets aux extrémités arrondies (0,6-0,9 x 1,5-3,5 microns), mobiles par un flagelle polaire et un à quatre flagelles subpolaires ou latéraux. Coloration bipolaire et inclusions lipidiques présentes. Colonie butyrique et violette ; forment un anneau violet en milieu liquide au contact du récipient, en surface. Fermentent les sucres sans production de gaz. Oxydase et catalase positives. Dénitrifiants. Indole et phosphatase positives. Résistent à la benzylpénicilline et à l'agent vibriostatique O/129. Le pigment (violacéine) a des propriétés antibiotiques. Ces organismes se rencontrent dans le sol et l'eau et causent des infections occasionnelles aux mammifères et à l'homme. L'ADN renferme 50 à 68 mol % de G+C. Le genre comporte une seule espèce, Chromobacterium violaceum qui peut engendrer des infections purulentes ou une septicémie chez l'homme.

Conchiformibius (L. conchiformis, en forme de coquillage; G. bium, vie)

Filaments incurvés latéralement, mobiles par glissement. Aérobies oxydase et catalase positives. Ne produisent pas d'acide sur sucres. Ne réduisent pas le nitrate. N'hydrolysent pas la gélatine et la caséine. Quinone prédominante Q-8. Croissance à 37°C mais pas à 27°C ou 43°C. Croissance à pH 7 mais pas à 6. ADN : 50-55 mol % G+C. Deux espèces isolées de la cavité orale d'animaux (chiens et chats) dont Conchiformibius (ex Simonsiella) steedae.

Deefgea (DFG, Deutsche Forschungs-gemeinschaft, Fondation Allemande pour la Science )

Bâtonnets (0,7-0,8 x 3-4 microns) isolés, avec une extrémité ronde et une pointue, mobiles par un flagelle polaire ou rarement deux. Cellules plus larges (4-7 microns) occasionnellement présentes dans les cultures âgées. Gram négatif. Contiennent des granules de polyhydroxybutyrate et polyphosphate. Colonie circulaire, convexe et blanc perle, opaque, butyreuse, luisante, à bord entier, de 1-2,5 mm  de diamètre. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Croissance chimio-lithoautotrophe en aérobiose et en conditions réduites. Production d'acide sur glucose. Réduisent le nitrate en nitrite. Quinone prédominante Q-8. Lipides polaires: phosphatidyléthanolamine et phosphatidylglycérol. Croissance à 4°C mais pas au dessus de 32°C ou de 20 g/l de NaCl. pH optimum 7,3-7,6. ADN : 49 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eaux douces en Allemagne, Deefgea rivuli.

Eikenella (M. Eiken, qui dénomma le premier l'organisme)

Bâtonnets droits (0,3-0,4 x 1,5-4 microns) réguliers. La surface des cellules montre des circonvolutions analogues à celles d'un cerveau. Elles peuvent se mouvoir par saccades. Les colonies corrodent la surface de l'agar. Non hémolytiques. Oxydase positive, catalase, uréase, arginine dihydrolase et indole négatives. Lysine décarboxylase positive. Réduisent le nitrate en nitrite. Ne forment pas d'acide sur sucres. Exigent l'hémine en conditions aérobies. La croissance est améliorée avec 5 à 10 % de CO2. Se rencontrent dans la cavité buccale et l'intestin de l'homme comme pathogènes occasionnels. L'ADN contient 56 à 58 mol % de G+C. Le genre comporte une seule espèce, Eikenella corrodens,qui peut engendrer des abcès au foie et à l'intestin (péritonites) ou au cerveau et participer aux endocardites.

Formivibrio

Vibrions (0,5-0,6 x 1,1-2,5 microns) isolés ou en paires, mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, catalase négative. Fermentent les acides organiques en acétate, formate et H2. Une seule espèce, Formivibrio citricus.

Gulbenkiania (Calouste Gulbenkian, protecteur des arts et sciences au Portugal)

Bâtonnets incurvés (0,2-0,5 x 1 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Prototrophes. Nitrate réduit en nitrite en anaérobiose. Oxydent acides aminés et organiques. N'utilisent pas les sucres. Production d'indole et d'acétoïne. Ubiquinone majeure Q-8. Croissance entre 15 et 45°C, pH 5,5-9 et 10 g/l NaCl. ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un traitement municipal d’eaux usées, Gulbenkiania mobilis.

Iodobacter (G. ioeides, coloré en violet)

Bâtonnets (0,7 x 0,3-3,5 microns) isolés, en paires, chaînes ou longs filaments, mobiles par un flagelle polaire et un à plusieurs flagelles latéraux. Gram négatif. Colonie violette (violacéine). Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes. Oxydase positive. Fermentent les sucres avec production d’acide sans production de gaz. Croissance optimale à 25°C (4-30°C). ADN : 50-52 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eaux douces, Iodobacter fluviatilis.

Jeongeupia (Jeongeup, ville coréenne)

Bâtonnets (0,3-0,7 x 0,7-2,5 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie circulaire à légèrement irrégulière, plate, lisse, luisante, gris-jaune, de 3-5 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase positives. Fermentent le glucose. Nitrate réduit en nitrite. Dégradent la cellulose. Ubiquinone prédominante Q-8. Croissance optimale à 30°C (10-50°C), pH 7-8 et 0-10 g/l NaCl (0-30 g/l). ADN : 64 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un sol forestier de Corée, Jeongeupia naejangsanensis.

Kingella (E. king , bactériologiste américaine)

Bâtonnets droits (1 x 2-3 microns) avec extrémités arrondies ou carrées. En paires ou courtes chaînes. Mobilité par saccades due à la présence des fimbriae. Gram-négatif mais résistent à la décoloration. Aérobies ou anaérobies facultatifs. Oxydase positive, catalase négative. Glucose et quelques autres sucres fermentés avec production d'acide mais pas de gaz. Sensibles à la pénicilline. Exigent des facteurs de croissance complexes. Habitent les membranes muqueuses de l'appareil respiratoire de l'homme. ADN : 47-55 mol % G+C. Trois espèces, dont une dénitrifiante, Kingella denitrificans. Espèce type, Kingella kingae.

Laribacter (bâtonnet en forme de mouette)

Bâtonnets spiralés ou en forme de mouette, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Non hémolytique. Colonie grise, de 1 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Réduisent le nitrate en nitrite. N’utilisent pas les sucres. Uréase et arginine dihydrolase positives. Croissance entre 25 et 42°C et 10-20 g/l de NaCl. ADN : 66-70 mol% G+C. Une seule espèce isolée du sang d'un patient cirhotique à Hong Kong, Laribacter hongkongensis.

Leeia (Keho Lee, microbiologiste coréen)

Bâtonnets courts (0,5-0,8 x 1,1-1,8 microns) mobiles par un flagelle polaire, non sporulés. Gram négatif. Colonie crème, circulaire à légèrement irrégulière, légèrement convexe. Aérobies, oxydase et catalase positives. Production d’acide sur certains sucres. Hydrolysent la tyrosine. Nitrate réduit en nitrite. Quinone Q-8. Lipides polaires phosphatidyléthanolamine, phosphatidylglycérol et phosphatidyldiglycérol. Croissance optimale à 32-35°C (10-40°C) et pH 6 (5-8,5). ADN : 56 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un sol de rizière en Corée, Leeia oryzae.

Microvirgula

Bâtonnets incurvés, isolés, en paires ou en amas, très mobiles, Gram négatif. Oxydase et catalase positives. Aérobies chimio-organotrophes. N’utilisent pas les sucres. Croissance optimale à 37° et pH 7. ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce qui dénitrifie en aérobiose, Microvirgula aerodenitrificans.

Morococcus (L. morum, mûre)

Coques (1 micron de diamètre) agrégées en amas de dix à vingt cellules telles des mûres, avec des côtés adjacents souvent renflés, non mobiles, Gram négatif. Capsule produite sur saccharose. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Réduisent le nitrate en nitrite. Produisent de l’acide sur sucres. Hémolytiques. Croissance entre 23 et 43°C et pH 5,5 à 9. ADN : 52-53 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un abcès cervical, Morococcus cerebrosus.

Paludibacterium (L. paludis, marais)

Bâtonnets incurvés (0,6-0,9 x 2-4 microns) mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, convexe, crème. Aérobies anaérobies facultatifs, oxydase et catalase positives. Assimilent D-glucose, N-acétylglucosamine, maltose et L-histidine. Ne fermentent que le glucose. Hydrolysent l’amidon, la CMC-cellulose et la xanthine. Quinone prédominante Q-8. Réduisent le nitrate en nitrite. Croissance entre 4-35°C et pH 4-8. ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol de Corée, Paludibacterium yongneupense.

Prolinoborus (L. prolina, proline; G. boros, vorace)

Bâtonnets droits à incurvés (0,7-0,9 x 5-10 microns, jusqu’à 42 microns dans cultures âgées), forment des cellules coccoïdes dans les cultures âgées. Mobiles par flagellation multi-bipolaire amphitriche. Accumulent du PHB. Aérobies chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Réduisent le nitrate en nitrite en anaérobiose. N’utilisent pas les sucres. Proline et pyruvate sont les sources de carbone préférées. Croissance optimale à 30°C. ADN : 62-65 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’une mare, Prolinoborus (ex-Aquaspirillum) fasciculus.

Pseudogulbenkiania (G. pseudes, faux; Gulbenkiania, nom de genre)

Bâtonnets (0,2-0,5 x 1-1,6 microns), isolés ou en paires, mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Accumulent du PHB. Colonie circulaire, entière, convexe, jaune pâle. Aérobies chimio-organotrophes, oxydase positive et catalase négative. Assimilent un large spectre de substrats carbonés. Quinone prédominante Q-8. Lipides polaires prédominants: diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol et phosphatidyléthanolamine. Sensibles à tétracycline, kanamycine, rifampicine, gentamicine, penicilline G, chloramphénicol, acide nalidixique, novobiocine, strptomycine, ampicilline et sulfamethoxazole trimethoprim. Croissance optimale à 25-35°C (15-42°C), pH 7-8 (6-8) et sans NaCl (0-10 g/l). ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source froide de Taiwan, Pseudogulbenkiania subflava.

Silvimonas  (L. silva, forêt)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 1,3-2 microns) isolés ou en paires, mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, convexe, blanc laiteuse. Aérobies anaérobies facultatifs, oxydase et catalase positives, produisant de l’acide sur glucose. Utilisent quelques sucres, N-acétylglucosamine et gluconate. Hydrolysent l’amidon, la chitine, la CMC-cellulose et l’ADN. Quinone prédominante Q-8. Réduisent le nitrate en nitrite. Croissance optimale à 25-30°C (15-40°C), pH 7 (6-8) et 0-20 g/l de NaCl (0-40 g/l). ADN : 58 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol forestier de Corée, Silvimonas terrae.

Simonsiella

Procaryotes chimio-organotrophes aérobies, Gram-négatif, formant des filaments plats multicellulaires composés de cellules en forme de croissant, très serrées, avec une face concave et une face convexe, pouvant atteindre 10 microns de large et 90 microns de long. Le glissement s'effectue uniquement par la face concave. La distinction des espèces se fait par leurs propriétés physiologiques et biochimiques. ADN : 40 à 55 mol % G+C. Ces organismes ont été trouvés jusqu'à présent uniquement dans la cavité buccale des vertébrés à sang chaud où ils adhèrent à la muqueuse par leur face ventrale concave. Leur localisation préférée est le palais. On peut les éliminer avec un antibiotique (ampicilline), mais ils ne sont pas pathogènes et leur présence est signe de bonne santé. Trois espèces, dont Simonsiella muelleri.

Stenoxybacter (G. stenos, étroit)

Bâtonnets (0,5 x 5 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie de 4-5 mm de diamètre, basse, convexe, crénelée, avec des anneaux concentriques de différente couleur: crème au centre, pâle orangé autour puis bleu pâle à l'extérieur. Aérobies stricts, microaérophiles obligés, oxydase, catalase et superoxyde dismutase positives. Croissance sur milieu solide avec 0,5 à 4 % d'oxygène; pas de croissance avec > 6% O2. En milieu liquide, les cellules s'adaptent à 16 % d'O2 avec des phases de latence accrues. Utilisent acétate, acétyl-acétate, succinate, butyrate, glutamate, glutamine, fumarate et Casamino acides. Croissance optimale à 30°C (22-37°C). ADN : 54 mol % G+C. Une seule espèce isolée de tubes digestifs du termite Reticulitermesflavipes, Stenoxybacter acetivorans.

Uruburuella (Federico Uruburu, microbiologiste espagnol)

Coccobacilles non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Production de pigments jaunes non diffusibles. Colonie circulaire, entière, lisse, jaune, de 1-2 mm de diamètre. Non hémolytiques. Anaérobies facultatifs, oxydase et catalase positives, produisant de l’acide sur sucres. Réduisent le nitrate et le nitrite. Croissance avec 30 g/l NaCl. ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce isolée des poumons et du cœur de porcs, Uruburuella suis.

Vitreoscilla (L. vitreus, clair; L. oscillum, balance)

Filaments individuels, cellules n'accumulant jamais de soufre. Trois espèces selon le diamètre et la morphologie des filaments, dont Vitreoscilla beggiatoides.

Vogesella

Bâtonnets et parfois vibrions (0,5 x 3,5 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, mobiles par un flagelle polaire. Accumulent PHB, Gam négatif. Forment des filaments et de longues chaînes en milieu déficient en azote. Colonie bleue (indigoïdine). Aérobies utilisant une grande variété de composés carbonés. ADN : 65-69 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiment d’une mare, Vogesella indigofera.

 

Ordre V. Nitrosomonadales

Famille I. Nitrosomonadaceae

Nitrosomonas

Bâtonnets courts (0,8-1 x 1-2 microns) isolé ou en paires, mobiles par un à deux flagelles subpolaires ou non mobiles. Les membranes intracytoplasmiques sont réparties sur la périphérie des cellules. Ces organismes se rencontrent dans le sol, les eaux usées, les eaux douces ou marines. L'ADN renferme 47 à 51 mol % de G+C. Une seule espèce est actuellement reconnue, Nitrosomonas europaea, mais il semble exister deux groupes de souches dont l'un est marin, exige NaCl pour sa croissance et possède une couche externe supplémentaire composée de sous-unités caractéristiques entourant la paroi cellulaire.


Nitrosomonas europaea
Watson et al. (1981) in The Prokaryotes, vol 1 ,
M.P. Starr et al. eds., Springer-Verlag pub., p. 1013.

Nitrosolobus

Cellules pléomorphes, lobées (1-1,2 x 1-2,5 microns), se divisant par constriction. Gram négatif. Mobiles par 1 à 20 flagelles péritriches de 15 nm de large et 2,5-5 microns de long. Les cellules sont partiellement compartimentées par des membranes intracytoplasmiques. Absence de carboxysomes. La plupart des souches sont uréase positives. Des inclusions de glycogène et de polyphosphates sont localisées dans les compartiments périphériques des cellules. Communément distribués dans les sols agricoles amendés et parfois observés dans les environnements d'eaux douces. ADN : 52-55 mol % de G+C. Une seule espèce, Nitrosolobus multiformis. Une deuxième espèce plus petite isolée de bassins d'épuration, n'a pas été nommée.

Nitrosospira

Les cellules sont spiralées, avec un diamètre de 0,3-0,4 micron et 0,8 à 1 micron d'amplitude de spire. La spirale présente 3 à 20 tours et n'est visible qu'au microscope électronique. En microscopie optique, les cellules apparaissent sous forme de bâtonnets droits et courts. Les cellules sont mobiles par un à six flagelles péritriches ou non mobiles. Elles sont dénuées de membranes intracytoplasmiques. ADN : 54 mol % de G+C. Trois espèces reconnues, dont Nitrosospira briensis isolée du sol.


Nitrosospira briensis
Watson et al. (1981) in The Prokaryotes, vol 1 ,
M.P. Starr et al. eds., Springer-Verlag pub., p. 1016
.


Famille II. Spirillaceae

Ces organismes se distinguent par un nombre de caractéristiques typiques : forme incurvée et enroulée, vibrioïde ou hélicoïdale, mobilité en hélice avec nage rapide en ligne droite, flagellation lophotriche ou amphitriche, métabolisme respiratoire aérobie stricte avec NO3- comme accepteur d'électrons occasionnel. Ils se rencontrent comme saprophytes dans les eaux douces ou marines. Ils contiennent du PHB. Leur meilleure source de carbone est représentée par les acides organiques. Peu de sucres sont oxydés. Précédemment réunis dans un seul genre, Spirillum; mais continuum d'espèces avec d’autres genres de vibrions aérobies Gram-négatif et à flagellation polaire (Pseudomonades, Azotobacteriacées).

Spirillum (G. spira, spirale; L. um, diminutif)

Larges spirilles microaérophiles, 1,7 microns de diamètre, amphitriches (touffe de flagelles bipolaire). Oxydase positive, ne réduisent pas les nitrates et n'oxydent pas les sucres. ADN : 38 mol % G+C. Une seule espèce, Spirillum volutans, rencontrée dans les eaux stagnantes.


Spirillum volutans
Krieg (1984) in Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1, N.R.
Krieg & J.G. Holt eds., Williams & Wilkins pubs., p. 91.

 

Famille III. Gallionellaceae

Gallionella (Gallion, zoologiste français du XIXème siècle)

Bactéries du fer qui bouchent les conduits et les drains par dépôts d'oxyde de fer. Difficiles à isoler et à cultiver. Habitat d'eau douce riche en fer mais également dans baies marines et sources chaudes, mais pH 6,0 à 7,6 excluant les eaux des mines acides. Pédoncule typique en spirale tressée, formé par rotation de la cellule apicale, et qui est le siège de la précipitation du fer. Une seule espèce, Gallionella ferruginea.


Gallionella ferruginea
Hanert (1989)   in Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 3.
 J.T. Staley et al. eds., Williams & Wilkins pub., p. 1979.

 

Ordre VI. Rhodocyclales

Famille I.Rhodocyclaceae

Rhodocyclus

Cellules fortement incurvées (0,6 x 2,7-5 microns), pouvant former une couronne fermée. Non mobiles. Suspension colorée en violet-pourpre. ADN : 65 mol % G+C. Deux espèces, dont Rhodocyclus purpureus.

Azoarcus

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,4-1 x 1,1-4 microns), isolés ou en paires, pouvant atteindre parfois 8-10 microns en phase stationnaire, mobiles par un ou rarement deux flagelles polaires, Gram négatif. Croissance microaérophile sur milieu sans azote. Pigmentation jaune pâle. Chimio-organotrophes aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Prototrophes. Fixateurs d’azote. Croissance sur acides organiques et aminés et éthanol. Croissance optimale à 37-40°C et à pH neutre sans NaCl. ADN : 62-68 mol % G+C. Sept espèces isolées de sols, dont Azoarcus indigens.

Azonexus

Bâtonnets légèrement incurvés (0,6-0,8 x 1,5-4 microns), très mobiles par un flagelle polaire, parfois en chaîne spiralée de 50 microns. Gram négatif. Croissance microaérophile ou aérobie. Fixateurs de N2. Oxydase positive. Chimio-organohétérotrophe utilisant quelques acides organiques et aminés et l’éthanol. Croissance optimale à 37°C et pH neutre. ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce, Azonexus fungiphilus isolée d’un champignon parasite du riz.

Azospira

Vibrions (0,4-0,6 x 1,1-2,5 microns) très mobiles par un flagelle polaire, parfois en chaîne spiralée de 8 microns. Gram négatif. Croissance microaérophile ou aérobie. Fixateurs de N2. Oxydase positive. Chimio-organohétérotrophes utilisant quelques acides organiques et l’éthanol. Croissance optimale à 37°C et pH neutre. ADN : 65-66 mol % G+C. Une seule espèce, Azospira oryzae isolée de la rhizosphère du riz.

Azovibrio

Bâtonnets légèrement incurvés (0,6-0,8 x 1,5-3,6 microns), très mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Croissance microaérophile ou aérobie. Fixateurs de N2. Oxydase positifs. Chimio-organohétérotrophes utilisant quelques acides organiques et aminés. Croissance optimale à 37°C et pH 7. ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce, Azovibrio restrictus isolée de la rhizosphère.

Dechloromonas

Bâtonnets (0,5 x 2 microns), Gram négatif, non sporulés, mobiles par un flagelle polaire. Anaérobies facultatifs non fermenteurs. Oxydent complètement l’acétate et d’autres acides organiques ou gras volatils avec O2, ClO3-, ClO4- ou nitrate comme accepteurs d’électrons. Perchlorate et chlorate réduit en chlorure. Fe(II) oxydé en Fe(III) et sulfure oxydé en soufre. Contiennent un cytochrome c. Croissance optimale à 35°C, pH 7,5 et NaCl 10 g/l. ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce, Dechloromonas agitata, isolée de boues de traitement d’effluents d’usine à papier.

Dechlorosoma

Bâtonnets (1 x 3 microns), Gram négatif, non sporulés, mobiles par un flagelle polaire. Anaérobies facultatifs non fermenteurs. Oxydent complètement l’acétate et d’autres acides gras volatils, le lactate et l’éthanol avec  O2, ClO3-, ClO4- ou nitrate comme accepteurs d’électrons. Perchlorate et chlorate réduit en chlorure. Dénitrifiants. Contiennent un cytochrome c. Croissance optimale à 37°C, pH 6,5 et NaCl 0 g/l. ADN : 66 mol % G+C. Une seule espèce, Dechlorosoma suillum, isolée d’une lagune de lisier de porcs.

Denitratisoma  (L. de, loin de ; L. nitratis, nitrate ; G. soma, corps)

Bâtonnets incurvés aux extrémités arondies (0,4-0,8 x 0,8-2 microns), isolés ou en paires, mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Aérobies chimio-organotrophes. Oxydase positive et catalase négative. Nitrate réduit en N2O et azote avec accumulation intermédiaire de nitrite en anaérobiose sur 17b-œstradiol qui est oxydé en CO2. Utilisent également le (per)chlorate comme accepteur d’électrons en anaérobiose et œstrone et les acides organiques comme doneurs d’électrons. Ubiquinone Q-8. Croissance optimale à 28-30°C  (4-38°C), à pH 7-7,2 (6,4-8,5) et 0 g/l NaCl (0-10 g/l). ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce isolée sur œstradiol, Denitratisoma œstradiolicum.

Ferribacterium

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,3-0,5 x 1,4-2 microns), isolés ou en courte chaînes de deux à quatre cellules, mobiles, non sporulés. Anaérobies stricts chimio-organotrophes. Oxydent les acides organiques en utilisant Fe(III) comme accepteur d’électrons. Couplent également l’oxydation de l’acétate à la réduction du nitrate ou du fumarate. Ne fermentent pas les sucres. Contiennent du PHB et du cytochrome c. Une seule espèce isolée de sédiments lacustres, Ferribacterium limneticum.

Georgfuchsia (Georg Fuchs, microbiologiste allemand)

Bâtonnets petits, droits ou légèrement incurvés (0,5–0,6 x 0,8–1,2 microns), mobiles, Gram négatif. Colonie ronde, lenticulaire, brun-rougeâtre, de 0,5–1,0 mm de diamètre. Anaérobies stricts chimio-organohétérotrophes. Capables de dégrader des composés aromatiques. Accepteurs d’électrons : nitrate, MnO2 et formes variées de Fe(III) (amorphes comme solubles). Oxygène non utilisé comme accepteur d’électrons (testé avec toluène comme donneur d’électrons). La gamme de substrats utilisés pour la croissance est très limitée. Croissance sur seuls composés aromatiques mais pas avec sucres, hydrogène ni acides organiques tels que acétate, lactate et pyruvate. Les donneurs d’électrons utilisés sont le toluène, éthylbenzène, phénol, p-crésol, m-crésol, benzaldéhyde et p-hydroxybenzoate. Croissance optimale à 25–30°C et pH 7,3. Une seule espèce isolée d’un aquifère réducteur de fer contaminé avec du BTEX en Hollande, Georgfuchsia toluolica.

Methyloversatilis

Bâtonnets (0,3-0,5 x 0,8-1,6 microns), non mobiles, isolés ou en paires, non sporulés, Gram négatif. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase et catalase positives. Utilisent les composés en C1 par la voie de la sérine. Utilisent méthanol, amines méthylées, formaldéhyde et formate ainsi que toute une variété de composés multicarbonés. Quinone respiratoire majeure Q-8. Sensibles à amoxyline, céphalotine, kanamycine, acide nalidixique, tétracycline, streptomycine, néomycine et gentamicine. Résistent à ampicilline, érythromycine, chloramphénicol, SXT, vancomycine et pénicilline. Croissance optimale à 30-37°C et pH 7,5-8 (6-9). ADN : 64-65 mol % G+C. Une seule espèce, Methyloversatilis universalis, isolée d’un lac aux USA.

Propionibacter

Bâtonnets (0,5-0,6 x 0,9-1,1 microns) mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie blanche. Prototrophes. Anaérobies et microaérophiles utilisant acides organiques et sucres. Croissance optimale à 27-30°C et pH 7,5-8 (6,5-8,5). ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une boue d’estuaire, Propionibacter pelophilus.

Propionivibrio

Bâtonnets incurvés à hélicoïdes (0,5-0,6 x 1-2 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Anaérobies stricts utilisant quelques acides organiques comme le maléate, fumarate ou malate avec formation de propionate et acétate. Décarboxyle le succinate en propionate. Catalase négative. Croissance optimale à 30°C (26-34°C) et pH 6,7 (6,2-7,1). ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiments d’eaux douces, Propionivibrio dicarboxylicus.

Quadricoccus  (L. quatrio -onis, quatre ; L. coccus, sphère)

Larges coques (2,2-4,5 microns de diamètre), en tétrades, non mobiles, Gram négatif. Synthèse de polyP et PHA. Aérobies stricts, oxydase négative, catalase positive. Utilisent dextrines, sucres, acides organiques, acides aminés. Hydrolysent la gélatine et l’urée. Tests négatifs : production d’H2S et d’indole et Voges-Proskauer. Croissance entre 25-30°C et à pH 7,5-8,5. ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée de boues activées, Quadricoccus australiensis.

Quatrionicoccus = Quadricoccus

Shinella (Yong-Kook Shin, microbiologiste chinois)

Bâtonnets (0,2-0,5 x 4-6 microns), mobiles par flagelles polaires, non sporulés, Gram négatif. Colonie entière, convexe, brillante, visqueuse, jaune pâle. Croissance amorphe ou floculente en milieu liquide. Aérobies, Chimioorgano-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Ne fixent pas l’azote. Lipoquinone respiratoire Q-10. Croissance entre 4-40°C, pH 6-10 et 10-40 g/l de NaCl. ADN : 64-66 mol % G+C. Deux espèces dont Shinella granuli.

Sterolibacterium  (L. sterolum, stérol)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,5-0,6 x 1-1,3 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies, Chimioorgano-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Dénitrifient le nitrate en azote, en oxydant complètement le cholestérol en CO2. Utilisent seulement le cholestérol et ses dérivés ainsi que le palmitate et le stéarate. Pas de croissance en milieu complexe. Lipoquinone respiratoire Q-8. Lipide polaire prédominant : phosphatidyléthanolamine. Croissance optimale à 30-32°C (15-35°C) et pH 7 (5,8-8). Temps de division : 44-46 h. ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un digesteur UASB en Uruguay, Sterolibacterium denitrificans.

Sulfuritalea (L. sulfur, soufre; L. talea, un bâtonnet)

Bâtonnets incurvés (0,3-0,5 x 1,0-3,5 microns), Croissance chimio-lithoautotrophe en anaérobiose par oxydation de composés réduits du soufre (thiosulfate, soufre élémentaire) et d’hydrogène. Croissance hétérotrophe sur acides organique (acétate, benzoate, butyrate, fumarate, isobutyrate, lactate, malate, propionate, pyruvate et succinate). Catalase négative et oxydase positive. Dénitrifiants. Croissance optimale à 25°C (8-32°C) et pH 6,7-6,9 (6,4-7,6). ADN : 67 mol% G+C. Une seule espèce isolée de l’eau d’un lac, Sulfuritalea hydrogenivorans.

Thauera (R. Thauer, biochimiste allemand)

Bâtonnets (0,5 x 1,4 microns) mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Accumulent du PHB. Aérobies avec croissance en milieu minimum plus acétate (--> CO2). Catalase et oxydase positives. Respiration anaérobie du sélénate (--> sélénite) et du nitrate. Dénitrifiants (--> N2O). Utilisent sucres et acides organiques et aminés. Croissance optimale à 25-30°C et pH 7-8. Croissance autotrophe aérobie avec H2+CO2. ADN : 66 mol % G+C. Six espèces, dont Thauera selenatis.

Uliginosibacterium (L. uliginosus, mouillé)

Bâtonnets (0,6-1 x 3-7 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Accumulent du PHB. Colonie irrégulière et jaune. Aérobies, Chimioorgano-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Assimilent surtout les sucres. Hydrolysent esculine, gélatine, CM-cellulose, amidon et Tween 80. Quinone isoprénoïde respiratoire Q-8. Croissance optimale à 25-30°C (4-35°C) et pH 6-7 (4-8). Croissance inhibée par 20 g/l NaCl. ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sol de Corée, Uliginosibacterium gangwonense.

Zoogloea (G. zoos, vivant; G. gloia, colle)

Bâtonnets droits ou légèrement incurvés, épais (1-1,3 x 2,1-3,6 microns), extrémités arrondies. Les cellules âgées sont encapsulées. Mobiles par un flagelle polaire. Accumulent du PHB. Formation de granules et films en milieu liquide en fin de croissance. Les cellules sont enrobées dans des matrices gélatineuses pour former la zooglée avec une morphologie en arbre ou en main. Colonie non pigmentée. Aérobies stricts. Dénitrifiants, oxydase-positive. Ne forment pas d'acide à partir des sucres sauf quelques exceptions. Protéolytiques et uréolytiques. Les dérivés benzéniques sont dégradés par un clivage meta du cycle aromatique. Se rencontrent dans les eaux polluées et les eaux usées. ADN : 65 mol % G+C. Deux espèces, dont Zoogloea ramigera (L. ramus, branche ; L. gero, porter). Cette bactérie prolifère dans les bassins des stations d'épuration ; elle est ubiquiste dans tout habitat aquatique.


Zoogloea ramigera
Unz (1984) in Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1, N.R.
Krieg & J.G. Holt eds., Williams & Wilkins pubs., p. 217.


Ordre VII. Procabacteriales

Famille I. Procabacteriaceae

Procabacter ( genre non valide)

 

Beta-Proteobacteria non classées

Chitinovorax (L. chitinum, chitine; L. vorax, dévorant, vorace)

Bâtonnets (0,3-0,4 x 2,5-3,5 microns), mobiles par un seul flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Colonie crème, convexe, ronde et lisse avec bords entiers, de 1,2-1,5 mm de diamètre sur milieu R2A gélosé après 48 h d’incubation à 30°C. Anaérobies facultatifs. Oxydase et catalase positives. Positifs pour ADNase et hydrolyse de l’amidon, chitine, caséine, huile de maïs et Tweens 20, 40 et 60. Négatifs pour uréase et hydrolyse du Tween 80. Sur API 20E, positifs pour la production d’acétoïne et tryptophane desaminase et négatifs pour hydrolyse du ONPG, utilisation du citrate, production d’H2S et d’indole, arginine dihydrolase, Iysine décarboxylase, ornithine décarboxylase, uréase et gélatinase et utilisation du glucose, mannitol, inositol, sorbitol, rhamnose, saccharose, mélibiose, amygdaline et arabinose. Sur API 20NE, positifs pour la réduction du nitrate et l’assimilation du glucose, mannose, maltose et citrate, mais négatifs pour la production d’indole, la fermentation du glucose, l’hydrolyse de l’esculine et gélatine, arginine dihydrolase, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, beta-glucuronidase, beta-glucosidase, N-acétyl-Beta-glucosaminidase et alpha-mannosidase. Sur microplates GN2, les composés suivants sont utilisés comme seule source de carbone : glycogène, Tweens 40 et 80, adonitol, D-arabitol, D-fructose, gentiobiose, alpha-D-glucose, D-lactose, maltose, D-mannose, mélibiose, D-psicose, turanose, cis-aconitate, citrate, D-galacturonate, D-gluconate, itaconate, alpha-cétoglutarate, succinate, succinamate, L-alaninamide, L-alanine, L-alanyl glycocolle, L-asparagine, L-glutamate, L-leucine, L-ornithine, L-sérine, L-thréonine, inosine, alpha-D-glucose 1-phosphate et D-glucose 6-phosphate. La quinone prédominante est Q-8. Phosphatidyléthanolamine, phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol, phosphatidyldiméthyléthanolamine et plusieurs phospholipides et aminolipides inconnus sont présents dans le profil des lipides polaires. Croissance optimale à 30-37°C (15-40°C),) pH 8,0 (7,0-9,0)) et 0 g/l NaCl (0-10 g/l). ADN : 64,6 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac d’eau douce à Taïwan, Chitinivorax tropicus.


 



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