Taxonomie des Procaryotes
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Classification de Cavalier-Smith
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Synonymes
         
Burkholderiales, Ordre I des Beta-Proteobactéries, Classe II des Proteobactéries,
Phylum XIII du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















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1. Propriétés de la Classe des Beta-proteobactéries

Fonctions: fermentaires, saprophytes, nitrifiants, dénitrifiants, méthylotrophes, fixateurs d ’azote, pathogènes
Morphologie: coques, bâtonnets, spirilles
Croissance: aérobies, anaérobies facultatives ou strictes, mésophiles
Nutrition: chimio-organotrophes, lithoautotrophes
Habitat: ubiquistes, pathogènes

2. Taxonomie des Burkholderiales

Classe II. Beta-proteobacteria

Ordre I. Burkholderiales

Famille I. Burkholderiaceae: Burkholderia, Chitinimonas, Cupriavidus, Lautropia, Limnobacter, Pandoraea, Paucimonas, Polynucleobacter, Ralstonia, Thermothrix, Wautersia

Famille II. Alcaligenaceae: Alcaligenes, Achromobacter, Advenella, Azohydromonas, Bordetella, Brackiella, candidimonas, Castellaniella, Derxia, Kerstersia, Oligella, Paenalcaligenes, Paralcaligenes, parapusillimonas, Pelistega, Pigmentiphaga, Pusillimonas, Taylorella, Tetrathiobacter

Famille III. Comamonadaceae: Comamonas, Acidovorax, Albidiferax, Alicycliphilus, Brachymonas, Caenibacterium, Caenimonas, Caldimonas, Curvibacter, Delftia, Diaphorobacter, Giesbergeria, Hydrogenophaga, Hylemonella, Kinneretia, Lampropedia, Limnohabitans, Macromonas, Malikia, Ottowia, Pelomonas, Polaromonas, Pseudacidovorax, Pseudorhodoferax, Ramlibacter, Rhodoferax, Roseateles, Schlegelella, Simplicispira, Tepidicella, Variovorax, Verminephrobacter, Xenophilus

Famille IV. Oxalobacteraceae: Oxalobacter, Actimicrobium, Collimonas, Duganella, Glaciimonas, Herbaspirillum, Herminiimonas, Janthinobacterium, Massilia, Naxibacter, Oxalicibacterium, Pseudoduganella, Telluria, Undibacterium

Famille V. Sutterellaceae: Sutterella, Parasutterella

Burkholderiales non classées : Aquabacterium, Aquincola, Ideonella, Inhella, Leptothrix, Methylibium, Mitsuaria, Paucibacter, Piscinibacter, Rivibacter, Rubrivivax, Sphaerotilus,Tepidimonas, Thiobacter, Thiomonas, Xylophilus

Ordre II. Hydrogenophilales Ordre III. Methylophilales Ordre IV. Neisseriales Ordre V. Nitrosomonadales
Ordre VI. Rhodocyclales Ordre VII. Procabacteriales

 
3. Description des Genres

Classe II. Beta-Proteobacteria

Ordre I. Burkholderiales

Famille I. Burkholderiaceae

Burkholderia

Genre reclassé du genre Pseudomonas. Vingt espèces dont Burkholderia (ex-Pseudomonas) cepacia (L. oignon) qui renferme les souches les plus versatiles sur le plan nutritionnel. Burkholderia (ex-Pseudomonas) pseudomallei et Burkholderia (ex-Pseudomonas) mallei sont respectivement responsables de la mélioïdose et de la morve chez l’homme. Certaines souches sont dénitrifiantes.

Chitinimonas (L. chitinum, chitine)

Bâtonnets légèrement incurvés (0,3-0,4 x 1,2-1,8 microns), isolés, mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Accumulent du PHB. Les colonies sur chitine développent une large zone de lyse autour d'elles. Croissance exclusive sur chitine comme source de carbone, azote et énergie, en aérobiose ou anaérobiose. Catalase et oxydase positives. Nitrate réduit en nitrite. Esculine hydrolysée. Croissance comprise entre 4 et 39 °C, pH  4 à 10 et 0-10 g/l de NaCl. ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce, Chitinimonastaiwanensis, isolée d'un bassin d'élevage de crevettes à Taïwan.

Cupriavidus (L. cuprum, cuivre; L. avidus, aimant)

Bâtonnets coccoïdes (0,7-0,9 x 0,9-1,3 microns), mobiles par deux à dix flagelles péritriches, Gram négatif. Aérobies chimiohétérotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent quelques sucres et acides aminés. Nitrate réduit en nitrite. Croissance optimale à 27 °C et pH 7-8. Résistance à de fortes teneurs en cuivre. Croissance stimulée par le cuivre. Une seule espèce isolée du sol, Cupriavidus necator, prédateur facultatif causant la lyse dans le sol, de diverses bactéries Gram positif et négatif.

Lautropia (Hans Lautrop, bactériologiste dannois)

Coques sous trois formes : (1) coques encapsulées de 1-2 microns de diamètre, souvent en amas de dix à cent cellules ; (2) coques non capsulées mobiles par une touffe de trois à neuf flagelles ; (3) larges cellules de plus de 5 microns de diamètre. Gram négatif. Anaérobies facultatifs. Mésophiles (30-44 °C). Croissance sur milieux riches. Oxydase et catalase positives. Réduisent nitrate et nitrite. Produisent un polysaccharide sur glucose. Fermentent les sucres. ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la cavité buccale de l’homme, Lautropia mirabilis.

Limnobacter

Bâtonnets légèrement incurvés à bouts effilés (0,6-1,5 x 1,5-3,7 microns), isolés ou en courte chaînes, mobiles par un flagelle polaire. Accumulent du PHB. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Utilisent les acides organiques et les acides aminés mais pas les sucres ni les polyols. Oxydent le thiosulfate en sulfate en présence d’une source de carbone organique. Pas de croissance autotrophe. Température de croissance comprise entre 4 et 38 °C ; pH entre 5,5 et 10,5. ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce, Limnobacter thiooxidans, isolée d’un sédiment de lac.

Pandoraea

Bâtonnets (0,5-0,7 x 1,5-4 microns) isolés, mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies, catalase positive. ADN : 61-64 mol % G+C. Cinq espèces isolées d’environnements divers et d’échantillons cliniques humains et pouvant occasionner des infections chroniques, dont Pandorea apista.

Paucimonas

Bâtonnets (0,6-0,8 x 1,5-3 microns) isolés, mobiles par un flagelle polaire. Gram négatif, catalase et oxydase positives. Chimio-organotrophes aérobies stricts utilisant les acides organiques comme substrats. Accumulent PHB. Croissance optimale à 30 °C et pH entre 5,5 et 9. Fixateurs d’azote et dénitrifiants. ADN : 57-61 mol % G+C. Une seule espèce, Paucimonas (ex-Pseudomonas) lemoignei.

Polynucleobacter

Endosymbiontes bactériens obligatoires (0,3 x 2,5-7,5 microns), à nucléoïdes multiples (3 à 12 génômes par cellule), des protozoaires ciliés du genre Euplotes. 900 à 1 000 symbiontes par individu. Contenus dans des vésicules cytoplasmiques souvent reliées aux ribososmes de l’hôte. Non mobiles, Gram négatif. Division par fission binaire. Connus sous le nom d’omicron. Essentiel pour leur hôte. ADN : 45-48 mol % G+C. Petit génôme (1/4 de celui d’E. coli). Une seule espèce, Polynucleobacter necessarius.

Ralstonia (E. Ralston, bactériologiste américain)

Bâtonnets mobiles par un flagelle polaire ou péritriches ou non mobiles, Gram négatif. Aérobies, catalase positive, oxydase variable. Assimilent les sucres et les polyalcools. ADN : 64-67 mol % G+C. Huit espèces, dont Ralstonia (ex-Pseudomonas puis Burkholderia) pickettii isolé de différents spécimens cliniques mais dont la pathogénicité est douteuse. Ralstonia (ex-Pseudomonas puis Burkholderia) solanacearum est un phytopathogène très important dans les régions tropicales.

Thermothrix

Bâtonnets (0,5-1 x 3-5 microns) produisant des filaments en conditions microaérophiles, mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Anaérobies facultatifs, chimiolithotrophes facultatifs. Croissance entre 40 et 80 °C et pH 6 à 8. Temps de génération, 2 h. Donneurs d’électrons : composés minéraux du soufre et composés organiques. Accepteur terminal d’électrons : oxygène ou nitrate. Dénitrifiants. Granules de soufre déposés à l’extérieur des cellules. Deux espèces isolées de sources chaudes sulfureuses, dont Thermothrix thiopara.

Wautersia (Georges Wauters, microbiologiste belge)

Bâtonnets (0,8 x 1,2-1,8 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes,  mobiles par flagelles péritriches, Gram négatif. Colonie lisse, convexe et transparente, de 0,5 à 2 mm de diamètre. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Les sucres ne sont ni acidifiés, ni assimilés. Réduction du nitrate variable. Sensibles à la colistine. ADN : 65-67 mol % G+C. Neuf espèces dont l’espèce type Wautersia (ex Ralstonia) eutropha.

Famille II. Alcaligenaceae

Alcaligenes

Bâtonnets, formes coccoïdes ou coques de 0,5-1 micron de diamètre et 0,5 à 2,6 microns de longueur, souvent isolés. Mobiles par un à huit et parfois plus de douze flagelles péritriches. Aérobies stricts, certaines souches sont dénitrifiantes. Colonies non pigmentées. Oxydase et catalase positives. Non hydrolytiques. Chimio-organotrophes utilisant les acides organiques et les acides aminés mais pas les sucres. Alcalinisent le milieu de culture. Se rencontrent dans l'eau et le sol ainsi que dans la microflore saprophyte de l'intestin des vertébrés. De nombreuses souches ont été isolées d'échantillons cliniques comme le sang, l'urine, les fécès, le pus... Elles peuvent causer des infections opportunistes chez l'homme. Ces bactéries sont difficiles à identifier car leurs caractéristiques physiologiques et biochimiques ne sont pas spécifiques. Le G+C de l'ADN varie de 56 à 70 mol %. Deux espèces, dont Alcaligenes faecalis; l'espèce dénitrifiante A. denitrificans comporte deux sous-espèces.

Achromobacter = Alcaligenes

Advenella (L. advena, un étranger)

Bâtonnets ou cellules coccoïdes (1-2 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, mobiles selon les souches, Gram négatif. Colonie plate ou légèrement convexe, brunâtre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase, oxydase et phosphatase alcaline positives. Activité biochimique faible. Assimilent le L-malate. Tolèrent jusqu’à 30 g/l NaCl. ADN : 54-58 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’échantillons cliniques humains et vétérinaires, Advenella incenata.

Azohydromonas

Bâtonnets ou cellules coccoïdes (1,1-1,4 x -1,6-2,4 microns), mobiles par 5 à 10 flagelles péritriches, Gram négatif. Colonie grise, ronde et opaque. Accumulent du PHB. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase, oxydase et arginine dihydrolase positives. Produisent de l'acide sur glucose. Fixent l'azote atmosphérique et sont capables d'une croissance autotrophe sur H2 mais pas photoautotrophe. Quinone majeure Q8. Croissance entre 15 et 42°C (opt. 30-35°C) et NaCl < 25 g/l. ADN : 69-71 mol % G+C. Deux espèces isolées du sol en Californie et Australie, dont Azohydromonas lata.

Bordetella (J. Bordet, microbiologiste français)

Coccobacilles (0,2-0,5 x 0,5-2 microns) souvent colorés aux deux pôles, non mobiles ou mobiles par flagelles péritriches. Colonies lisses. Aérobies stricts, métabolisme respiratoire ; chimio-organotrophes exigeant nicotinimide, soufre organique (cystéine) et azote organique (acides aminés). Parasites des mammifères et pathogènes. Localisés dans l'épithélium cilié du tractus respiratoire. G+C de l'ADN compris entre 66 et 70 mol %. Sept espèces dont Bordetella pertussis (L. per, très ; L. tussis, toux ; toux sévère = coqueluche), agent de la coqueluche, produit une toxine labile à 80 °C. Les espèces sont résistantes à la pénicilline et bacitracine et sensibles à l'érythromycine, le chloramphénicol et la streptomycine. Les autres espèces induisent toute une pathologie bronchiale et pulmonaire. Deux espèces (B. pertussis et B. parapertussis) admettent l'homme comme hôte naturel ; la troisième espèce affecte les animaux de laboratoire, domestiques ou sauvages et l'homme occasionnellement.

Brackiella (Manfred Brack, pathologiste allemand)

Cellules coccoïdes (0,9 x 1,1 microns), entourées d’une couche dense de fimbriae de 280 nm de long. Non mobiles, Gram négatif. Colonie blanc grisâtre, légèrement rugueuse, de 1 à 2 mm  de diamètre après deux jours de croissance à 37°C. Aérobies à microaérophiles, oxydase et catalase positives. Chimio-organotrophes. Bonne croissance sur bouillon nutritif et bouillon de soja tryptique à 37°C en 24 h. Tests positifs : L-alanine aminopeptidase, rouge de méthyl, ornithine décarboxylase, hydrolyse de l’amidon, production d’acide sur D-mannose et maltose. Nitrate réduit en nitrite. Utilisent certains acides organiques et aminés comme sources de carbone. Croissance entre 30 et 37°C mais pas à 4, 20 ou 42°C. ADN non déterminé. Une seule espèce isolée d’une endocardite du primate tamarin Saguinus œdipus, Brackiella œdipodis.

Candidimonas (L. adj. candidus-a -um, blanc; L. monas, une unité)

Bâtonnets courts et incurvés, coccobacilles (0,4-0,6 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie blanche, circulaire, convexe, de 1 mm de diamètre après 48 h d’incubation. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent comme seule source de carbone des acides aminés et organiques. Croissance anaérobie faible, réduction du nitrate en nitrite, oxydation du glucose et assimilation de quelques acides organiques comme seule source de carbone sont variables selon l’espèce. La quinone respiratoire majeure est l’ubiquinone Q8. Les lipides polaires présents sont la phosphatidyléthanolamine, le phosphatidylglycérol, le diphosphatidylglycérol et 4 aminophospholipides inconnus. Mésophiles. Croissance optimale à 30°C (15-40°C), pH 7 (5-8) et 10 g/l NaCl (0-30 g/l). ADN : 64-65 mol % G+C. Deux espèces isolées de compost de boues de station d’épuration au Japon, dont Candidimonas nitroreducens.

Castellaniella (Sir Aldo Castellani, bactériologiste anglo-italien qui a décrit le premier le genre Alcaligenes)

Bâtonnets courts (0,2-0,8 x 1,3-2 microns), mobiles, Gram négatif. Colonie beige, circulaire et entière. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes. Une espèce dénitrifiante. Utilisent certains acides organiques et aminés comme sources de carbone. Pas de production d’acide sur sucre. Lipide polaire majeur : phosphatidyléthanolamine. Polyamine prédominante : putrescine. Composé majeur du système quinone : ubiquinone Q-8. Croissance entre 30 et 42°C mais pas à 4°C. ADN 67 mol % G+C. Deux espèces dont Castellaniella (ex-Alcaligenes) defragans.

Derxia (H.G. Derx, microbiologiste allemand 1894-1953)

Bâtonnets à extrémités arrondies (1-1,2 x 3-6 microns), isolés ou en courtes chaînes, pléomorphes. Dans les cultures âgées, les cellules forment des longs filaments. Certaines cellules peuvent atteindre des tailles énormes (30 microns). Les jeunes cellules ont un cytoplasme homogène ; les cellules plus âgées montrent des larges corps réfractiles typiques dans tout le cytoplasme. Pas de forme de résistance. Mobiles par un court flagelle polaire. Aérobies stricts. Fixent l'azote atmosphérique en aérobiose et en microaérophilie. Croissance entre pH 5,5 et 9. Les cultures liquides donnent une masse gélatineuse mais pellicule épaisse en surface. Sur agar, les colonies sont d'abord gélatineuses, translucides puis massives et opaques, hautes, avec une surface ridée. Les vieilles colonies développent une coloration brune. Catalase négative. Oxydent un grand nombre de sucres, alcools et acides organiques en CO2 avec une faible proportion d'acétate. Peuvent croître en autotrophie avec H2. Se rencontrent dans les sols tropicaux. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce, Derxia gummosa.

Kerstersia (K. Kersters, microbiologiste belge)

Coccoïdes (1-2 microns de long), mobiles selon la souche, isolés, en paires ou courtes chaînes, Gram négatif. Colonie plate à légèrement convexe, blanche à faiblement brune, à bords lisses. Aérobies strictes, catalase positive et oxydase négative. Assimilent caprate, L-malate et phénylacétate. Croissance entre 28 et 42°C. ADN : 62-63 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’échantillons cliniques humains variés, Kerstersia gyiorum.

Oligella (G.oligos, petit; petite bactérie avec une nutrition limitée)

Petits bâtonnets < 1 micron, souvent en paires, non mobiles mais parfois péritriches, Gram négatif. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, croissance modérément fastidieuse, stimulée par l’extrait de levure, le sérum ou le sang. Catalase et oxydase positives. Utilisent quelques acides organiques et aminés mais jamais les sucres. Croissance à 30-37 °C et NaCl jusqu’à 30 g/l. ADN : 46-48 mol % G+C. Deux espèces isolées du système génito-urinaire de l’homme, dont Oligella urethralis. Pathogénicité inconnue mais probablement faible.

Paenalcaligenes (L. paene, la plupart ; L. Alcaligenes, nom de genre bacterien)

Bâtonnets courts (0,2-0,8 x 1,3-2,0 microns), mobiles, Gram négatif. Colonie beige, entière et circulaire. Aérobies stricts, oxydase positive. Hydrolysent L-Alanine, p-nitroanilide (pNA), mais pas p-nitrophényl (pNP), Beta-D-galactopyranoside, pNP Beta-D-glucuronide, pNP alpha-D-glucopyranoside, pNP Beta-D-glucopyranoside, pNP Beta-D-xylopyranoside, bis-pNP phosphate, bis-pNP phenylphosphonate, bis-pNP phosphorylcholine, L-aniline pNA, gamma-L-glutamate pNA et L-proline pNA. Sources de carbone : acétate, cis- et trans-aconitate, pyruvate, fumarate, DL-3-hydroxybutyrate et DL-lactate. Substrats non utilisés: N-acétylgalactosamine, N-acétylglucosamine, L-arabinose, L-arbutine, cellobiose, D-fructose, D-galactose, D-glucose, D-gluconate, maltose, D-mannose, D-melibiose, L-rhamnose, D-ribose, saccharose, salicine, tréhalose, D-xylose, adonitol, myo-inositol, maltitol, D-mannitol, D-sorbitol, putrescine, adipate, azélate, 4-aminobutyrate, citrate, glutarate, itaconate, L-malate, mesaconate, 2-oxoglutarate, propionate, subérate, L-alanine, Beta-alanine, L-aspartate L-leucine,L-ornithine, L-proline, L-histidine, L-phénylalanine, L-sérine, L-tryptophane, 3-hydroxybenzoate et phénylacétate. Pas de production d’acides sur glucose, lactose, saccharose, D-mannitol, dulcitol, salicine, adonitol, inositol, sorbitol, L-arabinose, raffinose, rhamnose, maltose, D-xylose, tréhalose, cellobiose, methyl D-glucoside, érythritol, mélibiose, D-arabitol ou D-mannose. Les polyamines comprennent la putrescine comme composé majeur et des quantités modérées de spermidine. Des quantités mineures de spermine et cadavérine peuvent être présentes, mais la 2-hydroxyputrescine est absente. Le système quinone est l’ubiquinone Q-8 avec des traces de Q-7. Les lipides polaires contiennent le diphosphatidylglycérol, le phosphatidylglycérol, la phosphatidyléthanolamine, le phospholipide PL spécifique non identifié, deux aminolipides non identifiés (4L1, AL2) et trois lipides non identifiés (L1, L2, L3). Croissance à 30, 37 et 42°C mais pas à 4°C. ADN : 57 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sang d’un homme de 85 ans en Suède, Paenalcaligenes hominis.

Paralcaligenes (G. para, prés de; L. Alcaligenes, nom de genre bactérien)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,2-1,8 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Après 2 jours à 28°C, colonie circulaire, convexe, blanc laiteuse. Aérobies stricts, oxydase et catalase positive. Caséine, carboxyméthylcellulose, ADN, tyrosine et amidon non hydrolysés. Sur API 20NE, positifs pour uréase, mais négatifs pour la réduction du nitrate, la production d’indole, la fermentation du glucose, l’arginine dihydrolase, l’hydrolyse de l’esculine et de la gélatine et la beta-galactosidase. Sur API 20NE et API ID 32GN, assimilent itaconate, acétate, lactate, propionate, valérate, 2-cétogluconate, 3-hydroxybutyrate et L-proline, mais pas D-glucose, L-arabinose, D-mannose, D-mannitol, N- acétylglucosamine, D-maltose, gluconate, caprate, adipate, malate, citrate, phénylacétate, L-rhamnose, D-ribose, inositol, D-saccharose, subérate, malonate, L-alanine, 5-cétogluconate, glycogène, 3-hydroxybenzoate, L-sérine, salicine, D-mélibiose, L-fucose, D-sorbitol, L-histidine et 4- hydroxybenzoate. Sur API ZYM, positifs pour phosphatase alcaline, estérase (C4), leucine arylamidase, phosphatase acide et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, mais négatifs pour estérase lipase (C8), lipase (C14), valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, alpha-chymotrypsin, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, beta-glucuronidase, alpha-glucosidase, beta-glucosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. La quinone isoprénoïde est Q-8. Les lipides polaires sont la phosphatidylméthyléthanolamine, la phosphatidyléthanolamine, le phosphatidylglycérol, le diphosphatidylglycérol et un aminophospholipide inconnu. Putrescine, 2-hydroxy putrescine et cadavérine sont les polyamines majeures. Croissance optimale à 28°C (10-30°C), pH 6-7 (4-8) et 0-10 g/l NaCl (0-20 g/l). Une seule espèce isolée du sol en Corée, Paralcaligenes ureilyticus.

Parapusillimonas (G. para, tel ; L. Pusillimonas, nom de genre bactérien)

Bâtonnets courts (0,9 x 1,5 microns), mobiles par trois flagelles. Fimbriae (7,56 nm) localisés sur la surface. Gram négatif. Colonie beige et circulaire, d’un diamètre d’environ 2 mm. Anaérobies facultatifs. Catalase et oxydase positives. Assimilent D-glucose, D-sorbitol, adipate, phénylacétate, acétate, lactate, 3-hydroxybenzoate, 4-hydroxybenzoate, 3-hydroxybutyrate, 2-cétogluconate, malate, citrate, propionate, valérate, L-proline, L-alanine, L-sérine, L-histidine et gluconate. N’assimilent pas L-arabinose, caprate, L-fucose, mélibiose, maltose, D-mannitol, saccharose, inositol, D-ribose, L-rhamnose, salicine, glycogène, 5-cétogluconate, malonate ou subérate. Produisent arginine dihydrolase, uréase, estérase (C4), estérase (C8), leucine et valine arylamidases. Tests négatifs pour la production d’ H2S et indole, la réduction des nitrates en nitrites et les activités beta-glucosidase, alpha-glucosidase, beta-galactosidase alpha-galactosidase, beta-glucuronidase, phosphatase alcaline, phosphatase acide, protéase, cystine arylamidase, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, alpha-fucosidase alpha-mannosidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase, alpha-chymotrypsine, trypsine et lipase (C14). La quinone prédominante est Q-8. La polyamine majeure est la putrescine. Les lipides polaires sont PE, PG et DPG. Croissance optimale à 30°C (25-37°C) et pH 7 (6,5-7,5). ADN : 68 mol % G+C (HPLC). Une seule espèce isolée de granules d’un digesteur UASB (upflow anaerobic sludge blanket) traitant les eaux usées de brasserie en Corée, Parapusillimonas granuli.

Pelistega (G. peleia, pigeon; G. stege, résidence)

Bâtonnets pléomorphes (0,2-0,4 x 1-2 microns), non mobiles, capsulés. Gram négatif. Colonie blanche à jaunâtre. Croissance microaérophile à 37-42 °C. Aérobies, oxydase et catalase positives. Pas de production d’acide sur sucres. ADN : 42-43 mol % G+C. Une seule espèce pathogène des pigeons, Pelistega europaea.

Pigmentiphaga (L. pigmentum, pigment; G. phagos, mangeur)

Bâtonnets (0,7-1,2 x 1,3-4 microns) mobiles, Gram négatif. Croissance optimale à 30-42 °C. Aérobies, oxydase et catalase positives. Pas de production d’acide sur sucres. Utilise des acides organiques. ADN : 68-69 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol, Pigmentiphaga kullae.

Pusillimonas (L. pusillus, très petit)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 1-1,5 microns), mobiles par flagelles polaires, Gram négatif. Colonie brunâtre, circulaire et entière. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Pas de production d’acide sur sucres. Utilisent certains acides organiques comme sources de carbone. Hydrolysent la L-alanine-p-nitroanilide mais pas les p-nitrophényls. Quinone isoprénoïde majeure : ubiquinone Q-8. Croissance entre 30 et 42°C mais pas à 4°C. ADN 62 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une rivière en Allemagne, Pusillimonas noertemannii.

Taylorella (C.E.D. Taylor, bactériologiste américain)

Bâtonnets à coccobacilles, non mobiles, Gram négatif. Microaérophiles. Catalase et oxydase positives. Croissance faible sur milieux complexes. Croissance entre 30 et 42 °C (optimum 35-37 °C). Chimio-organotrophes ne produisant pas d’acide sur sucres. ADN : 37 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une métrite chez une jument, Taylorella (ex-Haemophilus) equigenitalis.

Tetrathiobacter (G. tetra, quatre; G. thium, soufre)

Cellules ovales à coccoïdes (0,6-1,5 x 1-1,8 microns), isolées, en paires, chaînes droites ou branchées ou amas, non mobiles, Gram négatif. Présence d’une capsule chez certaines souches. Colonie circulaire, entière, lisse, opaque, blanc crémeux, développant en son centre des petits monticules sombres tournant parfois au rouge. Aérobies chimio-organotrophes et chimio-lithoautotrophes facultatifs, oxydase, catalase et uréase positives. Utilisent le thiosulfate ou le tetrathionate comme donneur d’électrons et source d’énergie. Prototrophes. Utilisent certains sucres, acides organiques et aminés comme sources de carbone. Nitrate réduit en nitrite. Croissance entre 10 et 42°C et pH 4,5 à 8,5. ADN : 54-55 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol en Inde, Tetrathiobacter kashmirensis.

Famille III. Comamonadaceae

Comamonas (L. coma, boucle de cheveux)

Ce genre reclasse les bactéries qui ne forment pas de flocs comme les espèces du genre Zoogloea. Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,5 x 1-4 microns), isolés ou en paires, mobiles par une touffe de flagelles polaires, Gram négatif. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Chimio-organotrophes utilisant les acides organiques et aminés et la peptone. ADN : 64-66 mol % G+C. Trois espèces isolées du sol et de sang humain, dont Comamonas terrigena.

Acidovorax

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,2-0,7 x 1-5 microns), isolés ou en courtes chaînes, mobiles par un flagelle polaire. Gram négatif. Oxydase positive, aérobies stricts. Chimio-organotrophes. Deux espèces dont l’espèce type, sont lithoautotrophes et capables d’utiliser H2 comme source d’énergie. Utilisent les acides organiques et aminés et la peptone ainsi qu’un nombre limité de sucres. ADN : 62-66 mol % G+C. Deux espèces dénitrifiantes. Sept espèces isolées du sol, de l’eau et de specimen cliniques variés, dont Acidovorax facilis.

Albidiferax (L. albidus, blanchâtre ; L . ferax, fertile)

Bâtonnets courts mobiles, Gram négatif. Anaérobies facultatifs. Respiration du Fe(III)-NTA, oxyde de Mn(IV), fumarate, nitrate et oxygène. Dénitrifiants. Pas de croissance phototrophe ni fermentaire. Absence de pigments photosynthétiques. Pas de croissance autotrophe avec H2. Croissance optimale à 25°C et pH 6,7-7,1. ADN : 60 mol % G+C. Reclassé du genre Rhodoferax avec une seule espèce, Albidiferax ferrireducens, isolée de sédiments côtiers.

Alicycliphilus (G. aliphos, gras ; G. kyklos, cercle ; G. philos, ami)

Bâtonnets courts (0,6 x 1-2 microns), mobiles, Gram négatif. Aérobies, oxydase positive, catalase négative. Réduisent le nitrate et le nitrite en anaérobiose, mais pas le sulfate, sulfite et le fumarate. En anaérobiose, utilisent cyclohexanol, cyclohexanone, 1,3-cyclohexanedione, 2-cyclohexenone, 1,3-cyclohexanediol et les acides monocarboxyliques de C2 à C7. En aérobiose, utilisent propionate, malate, aniline, fumarate, indole, acide vanillique, acétate, 4-hydroxybenzoate, les crésols, crotonate, glucose, lactate et pyruvate. Croissance optimale à 28-30°C et pH 7,2-7,4. ADN : 66 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une station d’épuration allemande, Alicycliphilus denitrificans.

Brachymonas (G. brachy, court)

Coccobacilles à bâtonnets courts (0,6-1 x 1,2-2 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie jaune pâle. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Pas de production d’acide sur sucres. Utilisent aussi les acides organiques. Dénitrifiants. Mésophiles (10-40 °C, opt. 30-35 °C), neutrophiles (pH 5-9, opt. 7-7,5), NaCl 0-30 g/l. Prototrophes. ADN : 63-65 mol % G+C. Une seule espèce isolée de boues activées, Brachymonas denitrificans.

Caenibacterium (L. caenum, boue ; G. bakterion, bâtonnet)

Bâtonnets (0,5 x 1,3 microns), mobiles par un seul flagelle polaire, Gram négatif, non sporulés. Accumulent du PHB. Colonie non pigmentée, faiblement brillante, 1-2 mm de diamètre. Aérobies chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent des sucres, acides organiques et aminés comme source de carbone. Possèdent hydrogénase et tweenase. Croissance optimale à 47°C (25-57°C) et pH 6-7. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un digesteur aérobie thermophile traitant des boues de station d’épuration, Caenibacterium thermophilum.

Caenimonas (L. caenum, boue)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 0,8-2 microns), non mobiles, Gram négatif, non sporulés. Colonie circulaire, élevée, brillante, translucide. Aérobies chimio-organotrophes,utilisant fructose, glucose, malonate et maléate. Acide produit sur quelques sucres. Hydrolysent urée, gélatine et Tween 20. Nitrate réduit en nitrite et thiosulfate oxydé en sulfate. Contiennent les lipides polaires suivants: phosphatidyléthanolamine, phosphatidylglycérol et diphosphatidylglycérol et un lipide inconnu contenant un groupemet amine. Quinone isoprénoïde majeure : ubiquinone-8. Polyamines majeures: 2-hydroxyputrescine et putrescine. Croissance optimale à 30°C et pH 7-8. ADN : 62,7 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une boue activée de station d’épuration, Caenimonas koreensis.

Caldimonas (L. caldus, chaud ; G. monas, unité)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 2,2-3,5 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, opaque, crémeuse et grise. Accumulent des granules de PHB. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Prototrophes. Chimio-organotrophes utilisant de nombreux sucres et acides organiques. Quinone majeure ubiquinone-8. Croissance optimale à 50°C et pH 8-9. ADN : 66 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude du Japon capable d’oxyder le manganèse, Caldimonas manganoxidans.

Curvibacter (L. curvus, incurvé)

Vibrions ou bâtonnets légèrement incurvés (0,3-0,9 x 1,1-1,8 microns), avec une hélice dans le sens inverse des aiguilles d’une montre. Mobiles ou non mobiles. Colonie brun jaune. Aérobies ou microaérophiles chimio-hétérotrophes. Catalase, oxydase et phosphatase positives. Quinone type : ubiquinone Q-8. Croissance optimale à 30°C (9-40°C), pH 6-7 (5,5-8,5) et moins de 30 g/l de NaCl. ADN : 62-66 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une eau de puits au Japon, Curvibacter gracilis.

Delftia (Delft, ville hollandaise)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,4-0,8 x 2,5-4 --> 7 microns), isolés ou en paires, mobiles par une touffe polaire ou bipolaire de un à cinq flagelles. Gram négatif. Accumulent du PHB. Catalase et oxydase positives. Aérobies chimio-organotrophes. Réduisent le nitrate en nitrite. Utilisent sucres et acides organiques et aminés. Croissance optimale à 30 °C et NaCl 5-15 g/l. ADN : 67-69 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol, de sédiments, de boues activées, d’eaux, du pétrole et de spécimens cliniques, Delftia acidovorans.

Diaphorobacter (G. diaphoros, différent, profitable)

Bâtonnets droits à extrémités rondes (0,7-0,9 x 1-1,8 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie pâle à beige, rugueuse avec bord irrégulier ou lisse avec bord entier. Aérobies chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Prototrophes. Dénitrifiants. Utilisent des composés organiques simples mais pas les sucres. Ubiquinone respiratoire majeure Q-8. Croissance optimale à 28-35°C et pH 7-8. ADN : 64-65 mol % G+C. Une seule espèce  Diaphorobacter nitroreducens isolée de boues activées.

Giesbergeria (G. Giesberger, microbiologiste spécialiste des spirilles hétérotrophes)

Spirilles de 1,2 x 2,1 microns de diamètre, avec une à trois hélices de diamètre 1,9-6,8 microns, mobiles par des touffes bipolaires de flagelles, Gram négatif. Accumulation de PHB et parfois de globules de soufre. Aérobies stricts, catalase  et oxydase positives. Utilisent un large spectre d’acides organiques et quelques acides aminés mais pas les sucres. Uréase positive; produisent H2S sur cystéine. Forment des produits colorés sur milieu avec benzoate. Ubiquinone respiratoire majeure Q-8. Croissance optimale à 28-30°C et pH 6-9. ADN : 57-60 mol % G+C. Cinq espèces dont trois reclassées du genre Aquaspirillum, dont Giesbergeria voronezhensis isolée de boues activées en Russie.

Hydrogenophaga (L. hydrogenum, hydrogène, G. phagein, manger)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,3-0,6 x 0,6-5,5 microns), isolés ou en paires, mobiles par un à deux flagelles polaires à subpolaires. Gram négatif. Colonie jaune. Aérobies chimio-organotrophes ou chimiolithoautotrophes utilisant l’oxydation de H2 comme source d’énergie. Oxydase positive, catalase variable. Deux espèces dénitrifiantes. Bonne utilisation des acides organiques, aminés ou de la peptone mais moins versatile sur sucres. ADN : 65-69 mol % G+C. Quatre espèces dont l’espèce type Hydrogenophaga flava. Croissance autotrophe avec H2 pour Hydrogenophaga (ex-Pseudomonas) palleronii isolée de l’eau.

Hylemonella (Philip B. Hylemon, microbiologiste)

Spirilles de petit diamètre, mobiles par une touffe de flagelles aux deux pôles, non sporulés, sans formation de cystes ni de corps coccoïdes dans les cellules âgées. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes. Oxydase et catalase positives. Auxotrophes. Seuls les sucres sont utilisés. Nitrate non réduit. Présence des polyamines 2-hydroxyputrescine et putrescine. ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce reclassée du genre Spirillum, Hylemonella (ex Spirillum) gracilis.

Kinneretia (Lac Kinneret, Israël)

Bâtonnets (2 microns de long), mobiles par un seul flagelle polaire, Gram négatif. Colonie petite, crème, translucide, à bords irréguliers et ondulés, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies stricts. Oxydase positive et catalase négative. N’assimilent pas les sucres. Utilisent D-gluconate et phénylacétate. Nitrate réduit en nitrite. Gélatinase positive. Croissance optimale entre 20 et 37°C (>10-<45°C) et 5 g/l NaCl. ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac en israël, Kinneretia asaccharophila.

Lampropedia (G. lampros, brillant; G. pedia, plaine)

Ils se présentent sous la forme de feuillets de cellules rondes ou cubiques disposées en carrés de 16 à 64 cellules, occasionnellement séparées en paires ou tétrades. Divisions synchrones horizontales et alternativement en deux plans. Les cellules d'une tablette sont entourées d'une enveloppe de structure complexe. La paroi cellulaire est de type Gram-négatif. Accumulent des granules de PHB. Pas de flagelle mais mouvement de tremblement par groupes de cellules. Aérobies stricts formant une pellicule mince et hydrophobe à la surface des milieux de culture. Chimio-organotrophes n'utilisant que les intermédiaires du cycle de Krebs. Parfois exigence de vitamines pour la croissance. Leur niche écologique est encore inconnue mais ils proviennent d'environnements riches en matière organique. ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce, Lampropedia hyalina, décrite surtout par ses caractères morphologiques. La bactérie ressemble au genre Thiopedia qui est cependant un organisme photosynthétique.

Limnohabitans (G. limne, Iac ; L. habitans, habitant)

Bâtonnets incurvés (0,4-0,5 x 1,0-1,5 microns), non mobiles, non pigmentés. Colonie non pigmentée, circulaire et convexe avec une surface lisse. Aérobies anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Assimilent acétate, glycérate, alpha-cétoglutarate, pyruvate, fumarate, citrate, malate, succinate, gluconate, glucose et mannose. N’utilisent pas glycérol, glyoxylate, glycolate, oxalate, lactate, malonate, oxaloacétate, arginine, glutamate, glutamine, histidine, phénylalanine, proline, sérine, tryptophane, sorbose, N-acétylglucosamine, bétaine, spermidine ou carnitine. L’ubiquinone majeure est Q-8. Non halotolérants, ne poussant pas au-dessus de 5 g/l NaCl. Mésophiles. Croissance entre 4-34°C. ADN : 56 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac en Autriche, Limnohabitans curvus.

Macromonas

Les cellules sont cylindriques ou en forme de haricots, lentement mobiles par un flagelle polaire. Elles renferment plusieurs (1 à 4) gros granules de CaCO3 et quelques globules (5 à 15) de soufre plus petits. Leur taille varie de 3 à 9 microns de largeur et 8 à 20 microns de longueur. Le flagelle pourrait en réalité être constitué par une touffe de cils. On rencontre ces organismes dans les mêmes biotopes que ceux des genres précédents de la même famille. Le genre comporte deux espèces dont l'espèce type, Macromonas mobilis .

Malikia (Kuhrsheed A. Malik)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (1,1-1,3 x 3-6 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, formant parfois des filaments jusqu’à 50 microns, mobiles par un à trois flagelles polaires, non sporulés, Gram négatif. Accumulent du PHA en limitation d’azote. Colonie blanc-crème, de 1-2 mm de diamètre, circulaire, lisse, translucide. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Utilisent les acides organiques et les sucres. Nitrate réduit en nitrite. Croissance optimale à 32-35°C (<40°C), pH 6,5-8 et 5 g/l NaCl (<10 g/l). ADN : 66-67 mol % G+C. Deux espèces, dont Malikia granosa, isolée d’une boue activée de station d’épuration municipale.

Ottowia (Johannes C. G. Ottow, microbiologiste allemand)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,8 x 2-6 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie crème à jaune, de 1 mm de diamètre, circulaire, lisse, translucide. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase et catalase positives. Croissance anaérobie sur nitrate et nitrite (dénitrification) avec production de N2O. Utilisent les acides carboxyliques et les acides aminés. Le thiosulfate peut être utilisé comme cosubstrat pour une croissance aérobie chimiolitho-hétérotrophe ; il est oxydé en sulfate. Lipoquinone respiratoire majeure ubiquinone (Q-8). Croissance optimale à 25-27°C (2-29°C) et pH 6,8-7,8 (5,6-9,8). ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce, Ottowia thiooxydans, isolée d’une boue activée de station d’épuration municipale.

Pelomonas (G. pelos, boue)

Bâtonnets (0,5 x 3-4 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie grise, ronde et opaque, devenant brune avec l'âge. Accumulent du PHB. Aérobies chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Produisent de l'acide sur glucose. Hydrolysent l'amidon et la gélatine. Fixent l'azote et sont capables d'une croissance autotrophe sur H2 mais pas photoautotrophe. Quinone majeure Q8. Croissance optimale à 25-32° (4-40°C). ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'une boue d'une mare, Pelomonas saccharophila.

Polaromonas (L. polaris, du pôle; G. monas, unité)

Bâtonnets en forme de cigares (0,8 x 2-3 microns), mobiles par flagelles polaires, capsulés, Gram négatif. Présence de vésicules de gaz. Aérobies chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Requièrent des acides aminés pour la croissance. Psychrophiles avec une croissance optimale à 4° (0-12°C) et 0-60 g/l de NaCl. ADN : 52-57 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer de l’Antarctique, Polaromonas vacuolata.

Pseudacidovorax

Bâtonnets courts (0,5 x 1,5-2 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Présence de granules de PHB. Colonie beige. Aérobies facultatifs chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Fixent l'azote atmosphérique. Utilisent surtout des acides organiques et aminés pour la croissance. Pas de production d'acide sur sucres.  ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol, Pseudacidovorax intermedius.

Pseudorhodoferax

Bâtonnets courts (0,8-1,0 x 1,4-3,3 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. PHB accumulé. Colonie circulaire, convexe, blanche. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Assimilent mannitol, gluconate, malate, acétate, fructose, taurine, propionate, succinate. Croissance optimale à 30°C. ADN : 69-70 mol % G+C. Deux espèces dont Pseudorhodoferax soli, isolée d’un sol en Allemagne.

Ramlibacter (L. ramlis, de l’arabe raml, sable)

Cellules pléomorphes, des cellules végétatives en bâtonnets longs et fins (0,2 x 3 microns) aux kystes coccoïdes (0,8-0,9 microns de diamètre). Présence de polyhydroxyalcanoate dans le cytoplasme des cellules et des kystes. La division cellulaire intervient dans les kystes. Les kystes résistent à la dessiccation. Les cellules végétatives sont mobiles par glissement. Gram négatif. Colonie petite jaune-orangé, de 0,1 à 0,5 mm de diamètre. Aérobies chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Oxydent seulement quelques acides organiques et parfois le glucose. Facteurs de croissance exigés. Réduisent le nitrate en nitrite et hydrolysent l’esculine (b-glucosidase). Croissance optimale à 30°C et pH 7,5. ADN : 67-70 mol % G+C. Deux espèces dont Ramlibacter tataouinensis.

Rhodoferax (G. rhodon, rose; L. ferax, fertile)

Bâtonnets incurvés (0,6-,9 microns de diamètre), mobiles par flagelles polaires, Gram négatif. Colonie brun-pêche. Présence de bchl a et caroténoïdes (sphéroïdène, spirilloxanthine). Membranes intracytoplasmiques parfois absentes. Photo-organotrophes utilisant divers composés organiques. Croissance également possible par respiration de O2 ou par fermentation. Auxotrophes pour thiamine et biotine. Fixent N2. ADN : 60 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eaux sales et de boues activées, Rhodoferax fermentans.

Roseateles

Bâtonnets droits mobiles, Gram négatif, accumulant du PHB. Hétérotrophes aérobies. Oxydase positive, catalase négative. Présence de bchl a et pigments caroténoïdes. Colonie rose. Croissance optimale à 35 °C et pH 6,5. Utilisent les sucres et les acides organiques. Dégradent PHC, poly(tétraméthylène carbonate) et poly(e-caprolactone) par co-métabolisme. ADN : 66 mol % G+C. Deux espèces isolée d’eau de rivière, dont Roseateles depolymerans.

Schlegelella (H.G. Schlegel, microbiologiste allemand)

Bâtonnets (0,5-0,6 x 1-2,8 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie blanche, circulaire, convexe, à bord entier, lisse, butyreuse, opaque ou translucide. Aérobies hétérotrophes. Oxydase et catalase positives. Pas de production d’acides sur sucres. Hydrolysent l’esculine et la gélatine. Arginine-dihydrolase positive. Sensibles à tétracycline, kanamycine et chloramphénicol, insensibles à ampicilline et streptomycine. Croissance optimale entre 45-50°C (37-60°C) et à pH 7 (6-9). ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une boue activée, Schlegelella thermodepolymerans.

Simplicispira (L. simplex, simple ; L. spira, spire)

Spirilles, mobiles par des touffes bipolaires de flagelles, Gram négatif. Accumulation de PHB. Aérobies anaérobies facultatifs, catalase  et oxydase positives. Dénitrifiants. Utilisent les acides organiques et aminés mais pas les sucres. Neutrophiles et mésophiles. ADN : 63-65 mol % G+C. Deux espèces isolées d’eaux fraîches ou usées et reclassées du genre Aquaspirillum, dont Simplicispira (ex Aquaspirillum) metamorpha.

Tepidicella (L. tepidus, chaud)

Bâtonnets courts (0,5-1 x 1-2 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Colonie blanc crémeux. Aérobies chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Oxydent le thiosulfate en sulfate en présence d’une source de carbone. Utilisent les acides organiques et aminés comme sources de carbone mais pas les sucres ni les polyols. Hydrolysent urée, esculine, ADN, hippurate et Tween 20. Phospholipides majeurs : phosphatidyléthanolamine et phosphatidylglycérol ; ubiquinone respiratoire majeure : Q-8. Faiblement thermophiles et alcaliphiles. Croissance entre 25 et 55°C (opt. 45°C) et pH 6,5 à 10,5 (opt. 8,5-9). ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude des Açores, Tepidicella xavieri.

Variovorax (L. varius, varié, L. vorax, vorace)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,5-0,6 x 1,2-3 microns), isolés ou en paires, péritriches, Gram négatif. Colonie jaune. Aérobies, catalase et oxydase positives. Chimio-organotrophes mais quelques souches capables de croissance lithoautotrophe avec H2 comme source d’énergie. Utilisent les sucres, les acides organiques ou la peptone. ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol, Variovorax paradoxus.

Verminephrobacter  (L. vermis, ver; G. nephros, rein)

Bâtonnets droits (0,4-0,8 x 1,3-1,7 microns), isolés ou en paires, mobiles, Gram négatif. Aérobies chimio-organotrophes préférant de basses tensions d'oxygène. Oxydase positive et catalase négative. Croissance sur milieu complexe avec pyruvate et acides aminés.Biotine exigée en l'absence d'acides aminés. Un acide gras substitut du cyclopropane (cyclo C17:0) est présent comme composant majeur des esters méthylés d'acides gras membranaires. ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée de néphridie de lombric, Verminephrobacter eiseniae.

Xenophilus

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,5-1 x 1-3 microns), isolés ou en paires, mobiles, Gram négatif. Colonie jaune pâle. Aérobies, oxydase positive. Chimio-organotrophes. Croissance optimale à 30 °C. Utilisent quelques sucres sans production d’acide, et les acides organiques et aminés. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol, Xenophilus azovorans.
 

Famille IV. Oxalobacteraceae

Oxalobacter

Bâtonnets (0,4-0,6 x 1,2-2,5 microns) aux extrémités arrondies, isolés, en paires ou en chaînes, souvent incurvés, non mobiles. Utilisent exclusivement l'oxalate comme source de carbone et d'énergie en produisant formate et CO2. Se rencontrent dans le colon de l'homme et des animaux, le rumen et les sédiments d'eaux douces. ADN : 48 à 51 mol % de G+C. Deux espèces, dont Oxalobacter formigenes.

Actimicrobium (L. acta, bord de mer; L. microbium, microbe)

Bâtonnets courts (0,5–0,9 x 0,8–1,5 microns), non mobiles, Gram négatif. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Production d’acide sur D-galactose, D-glucose, D-fructose, D-manose, D-maltose et glycogène. Phosphatase alcaline, estérase lipase (C8), leucine arylamidase et valine arylamidase positives (API ZYM). Beta-galactosidase, arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase et tryptophane desaminase négatives (API 20E). Tests pour production d’H2S, indole et acétoïne, utilisation du citrate, uréase, et gélatinase négatifs. Fermentation/oxydation du glucose, mannitol, inositol, sorbitol, rhamnose, saccharose, mélibiose, amygdaline et arabinose négatives. Quinone respiratoire majeure Q8. Lipides polaires prédominants: diphosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylglycérol, phosphatidylsérine, des aminolipides et un lipide polaire inconnus. ADN : 66 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer costale en Antarctique, Actimicrobium antarcticum.

Collimonas (L. collis, colline)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,3-0,5 x 1-2 microns), isolés, mobiles par majoritairement un à trois flagelles polaires ou parfois plusieurs flagelles latéraux, non sporulés, Gram négatif. Présence de pili en milieu liquide. Colonie plate, luisante, trouble et blanchâtre, de 3-7 mm de diamètre. Aérobies stricts, oxydase positive, catalase négative à faiblement positive. Utilisent un large spectre de sucres et acides organiques et aminés. Hydrolysent la chitine colloïdale et les protéines du lait. Production d’un halo d’hydrolyse sur gélose avec chitine colloïdale et extrait de levure, mais pas en présence de glucose. Les cellules prolifèrent sur sable purifié après introduction d’hyphes fongiques vivantes. Croissance optimale à 20-30°C et pH 6,5. ADN : 57-62 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sols sableux légèrement acides, Collimonas fungivorans.

Duganella

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,6-0,8 x 1,8-3 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies chimio-organotrophes, mésophiles et neutrophiles. Catalase et oxydase positives. Produisent de l’acide sur les sucres. ADN : 63-64 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eaux d’égoût, Duganella zoogloeoides.

Glaciimonas (L. glacies, glace)

Bâtonnets (0,9-1,0 x 1,1-1,5 microns) non mobiles, Gram négatif. Colonie blanche, ronde, convexe, lisse, entière. Production de mucus. Faible croissance sur nutrient agar et absente sur tryptic soja agar. Aérobies et microaérophiles, oxydase et catalase positives. Réduction du nitrate négative. Production d’indole et d’H2S négative. N’hydrolysent pas urée, esculine, gélatine, protéines du lait et amidon. Négatifs pour arginine-, lysine- et ornithine dihydrolases. Sur API ZYM système, positifs pour phosphatases acide et alcaline, leucine arylamidase, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, estérase (C4) et estérase lipase (C8). Sur API 20 NE système, positifs pour l’assimilation du D-glucose, L-arabinose et gluconate. Pas de production d’acide sur D-glucose, D-mannitol, saccharose, inositol, D-sorbitol, L-rhamnose, D-mélibiose, amygdaline et L-arabinose. Croissance sur milieu R2A entre 1-20°C, pH 6-8 et 0-10 g/l NaCl. ADN : 51 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un glacier alpin en Autriche, Glaciimonas immobilis.

Herbaspirillum

Vibrions parfois hélicoïdes (0,6-0,7 x 1,5-5 microns), mobiles par un à trois flagelles polaires à un ou aux deux pôles, Gram négatif. Aérobies fixant l’azote atmosphérique en microaérophilie. Oxydase et catalase positives. Utilisent préférentiellement les acides organiques mais également quelques alcools et sucres. Prototrophes. Croissance entre pH 5,3 et 8 et à 38 °C. Réduisent le nitrate en nitrite. ADN : 67-68 mol % G+C. Trois espèces isolées du sol et de la rhizosphère de graminées, dont Herbaspirillum seropedicae.

Herminiimonas (L. Mons herminius, une montagne du Portugal)

Bâtonnets courts (0,7 x 1-4 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, translucide, jaune, inférieure à 1 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent les acides organiques et quelques acides aminés mais pas les sucres. Extrait de levure ou facteurs de croissance requis. Les phospholipides majeurs sont le phosphatidyléthanolamine et le phosphatidylglycérol.  Quinone respiratoire majeure Q-8. Croissance optimale à 30°C (10-35°C) et pH 7,5-8 (6-9,5). ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source au Portugal, Herminiimonas fonticola.

Janthinobacterium (L. janthinus, coloré en violet)

Bâtonnets (0,8-1,2 x 2,5-6 microns) avec extrémités arrondies, parfois légèrement incurvés, isolés, en paires ou courtes chaînes. Inclusions lipidiques. Mobiles par un flagelle polaire et un à deux flagelles subpolaires ou latéraux. Aérobies stricts. Colonies violettes. Anneau violet en surface dans cultures liquides. Chimio-organotrophes, acidifient le glucose. Dénitrifiants. Se rencontrent dans le sol et les eaux des climats tempérés. Peuvent occasionnellement causer des contaminations d'aliments. Le pigment violet (violacéine) est le même que celui produit par le genre Chromobacterium. ADN : 61-67 mol % G+C. Deux espèces, dont Janthinobacterium lividum.

Massilia (nom grec et romain de Marseille)

Bâtonnets droits (1 x 3 microns), parfois formes filamenteuses dans cultures âgées. Mobiles par un flagelle polaire. Gram négatif. Non sporulés. Colonie jaune. Aérobies stricts. Oxydase négative et catalase positive. Ne produisent pas d’acide sur sucres. ADN : 63-67 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sang d’un patient fiévreux immunodépressif, Massilia timonae.

Naxibacter (L. naxi, nationalité naxi, de la ville de Lijiang, province du Yunnan, Chine)

Bâtonnets (0,45-0,8 x 1,35-2 microns), mobiles par un à plusieurs flagelles polaires, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, convexe, luisante, butyreuse, opaque, blanchâtre à jaunâtre, de 1,1-1,4 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes, oxydase négative, catalase positive. Utilisent des sucres. Hydrolysent l’urée, l’acétamide, la xanthine, l’hypoxanthine, l’esculine, la quératine, la chitine, la gélatine, les Tweens 20 et 80 et l’ADN. Production d’H2S, lipase, ornithine décarboxylase, a- et b-glucosidase, a- et b-galactosidase positives.  Quinone respiratoire majeure Q-8. Croissance optimale à 28-37°C (4-55°C), pH 7-9 (6,5-12) et moins de 30 g/l NaCl. ADN : 62-63 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol, Naxibacter alkalitolerans.

Oxalicibacterium

Bâtonnets (0,4 x 0,9-1,4 microns), mobiles par un à trois flagelles polaires, non sporulés, Gram négatif. Accumulation de PHB. Colonie jaune, rugueuse, lobée, de 0,5-3 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent un nombre limité d'acides organiques. Métabolisent l'oxalate (20 g/l) par la voie du glycolate. Prototrophes. Croissance optimale à 25 °C (<42°C), pH 6,9 et 40 g/l de NaCl. Temps de division de 1,1 h. ADN : 62-64 mol% G+C. Une seule espèce isolée du sol en Turquie, Oxalicibacterium flavum.

Pseudoduganella (G. pseudes, faux; L. Duganella, nom de genre bactérien)

Bâtonnets courts (0,4–0,6 x 0,8–1,0 microns), isolés, mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie violette sur milieu gélosé R2A ou TSA. Aérobies stricts. Production d’acide sur D-glucose, saccharose, D-mannitol, dulcitol, salicine, D-adonitol, i-inositol, D-sorbitol, raffinose, L-rhamnose, D-xylose, tréhalose, cellobiose, alpha-D-glucoside, érythritol, mélibiose et D-arabitol inexistante ou très faible. Utilisent D-galactose, D-glucose, D-maltose, D-mannose, trans-aconitate, fumarate, malate, L-histidine et L-proline. L’ubiquinone majeure est la Q-8 et les lipides polaires prédominants sont le phosphatidylglycérol et la phosphatidyléthanolamine avec des quantités moindres de phosphatidylsérine, d’un aminolipide inconnu et de diphosphatidylglycérol. Croissance optimale à 28–30°C et pH 7,2. ADN : 63 mol% G+C. Une seule espèce isolée de la surfa ce de feuilles de Trifolium repens en Allemagne, Pseudoduganella violaceinigra.

Telluria (L. Tellus, déesse romaine de la terre)

Bâtonnets (0,5-1 x 2-3 microns), parfois filamenteux (30 microns) dans cultures âgées, isolés, en paires ou courtes chaînes. Mobiles par un flagelle polaire en milieu liquide et avec des flagelles latéraux additionnels en milieu solide. Forte accumulation de PHB. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Bonne croissance sur sucres seulement. Très sensibles au NaCl (< 15 g/l). Utilisent les polysaccharides complexes comme l’amidon et le xylane. Croissance optimale à 30-35 °C et pH 7. ADN : 67-72 mol% G+C. Deux espèces isolées du sol et principalement de la rhizosphère, dont Telluria mixta.

Undibacterium (L. unda, eau)

Bâtonnets (2 microns de long) non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie beige, translucide, brillante, entière, de 2 mm de diamètre. Aérobies stricts, oxydase positive. N'utilisent pas les acides organiques et aminés ainsi que les sucres. Bonne croissance sur agar R2A. Polyamines prédominantes: putrescine et 2-hydroxyputrescine. Quinone Q-8. Lipide polaire majeur phosphatidyléthanolamine. ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau potable en Suède, Undibacterium pigrum.

Famille V. Sutterellaceae

 

Sutterella (Vera Sutter, microbiologiste américaine)

Bâtonnets droits (0,5-1 x 1-3 microns), Gram négatif. Anaérobies ou microaérophiles. Oxydase négative. Asaccharolytiques. Réduisent le nitrate. Une seule espèce isolée d’infections gastro-intestinales, Sutterella wadsworthensis.

Parasutterella (G. para, suite à ; L. Sutterella, nom de genre)

Coques à coccobaciles (0,4-1,1 x 0,9-2,6 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, convexe, translucide. Anaérobies stricts chimio-hétérotrophes. Catalase, oxydase et uréase négatives. Asaccharolytiques. Croissance en présence de bile. Ne produisent pas d’indole; n’hydrolysent pas l’esculine et la gélatine. Nitrate non réduit. Quinones respiratoires majeures MK-6 et MKK-6. ADN : 50 mol % G+C. Une seule espèce isolée de fèces humain, Parasutterella excrementihominis.

Burkholderiales non classées

Aquabacterium

Bâtonnets (0,5 x 1-4 microns) mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Accumulent du PHB et du polyalcanoate et produisent une matice fibrilaire. Microaérophiles. Oxydase positive, catalase négative. Utilisent principalement des acides organiques et les Tweens. Croissance entre 6-36 °C, pH 5,5-10 et NaCl jusqu’à 18 g/l. ADN : 65-66 mol % G+C. Trois espèces isolées d’un système de biofiltration d’eau potable à Berlin, dont Aquabacterium commune.

Aquincola (L. aqua, eau; L. incola, habitant)

Bâtonnets (0,8-1,1 x 1,2-2,3 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés. Présence de pili fins et épais. Gram négatif. Accumulent du PHB. Colonie blanche, lisse, circulaire, de 2 mm de diamètre. Aérobies stricts oxydase et catalase (faiblement) positives. Chimio-organotrophes n'utilisant pas les sucres et les acides organiques et aminés. Utilisent les composés contenant une moitié alkyl tertiaire tel que le TBA, le tert-alcool amylique et le 2-HIBA ou le tert-butyl formate. Quinone Q-8. Croissance optimale à 30°C (4 - 40°C) et pH 6-7 (>5 - <9). ADN : 69-71 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un aquifère contaminé au MTBE en Allemagne, Aquincola tertiaricarbonis.

Ideonella (Ideon, centre de recherche suédois ayant isolé la bactérie)

Bâtonnets droits ou légèrement incurvés (0,7-1 x 2,5-5 microns), isolés, en paires ou filaments courts, mobiles par deux ou plusieurs flagelles polaires ou subpolaires, Gram négatif. Aérobies utilisant le chlorate (réduit en chlorure) comme accepteur d’électrons en anaérobiose. Oxydase et catalase positives. Chimio-organotrophes utilisant les sucres et les acides organiques et aminés. Lipolytiques et protéinolytiques. Croissance entre 12 et 42 °C. Réduisent le nitrate en nitrite. ADN : 68 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une eau usée enrichie en chlorate, Ideonella dechloratans.

Inhella (Inha University, Corée)

Bâtonnets courts à longs (0,4-0,9 x 0,9-2,6 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Accumulation de PHB. Colonie circulaire, convexe, lisse, de 0,5-1 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase négative et oxydase positive. Pas de production d’acide sur glucose. Nitrate faiblement réduit. Croissance sur quelques acides organiques. Hydrolysent faiblement esculine et gélatine. Ubiquinone Q-8 majoritaire. Croissance optimale à 25°C (15-30°C), pH 7 (6-9) et 0 g/l NaCl (0-7 g/l). ADN : 57-58 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une mare eutrophique en Corée, Inhella inkyongensis.

Leptothrix (G. leptus, petit; G. thrix, cheveux)

Cellules de 1-12 x 0,6-1,4 microns, avec une flagellation monotriche polaire ou polytriche subpolaire, avec crampon et faux branchements. Présence d’une gaine, structure creuse qui entoure une chaîne de cellules ou un trichome sans adhérer intimement avec son contenu. Les cellules se déplacent librement dans la gaine et peuvent ménager des espaces libres. La gaine est excrétée par la bactérie sous la dépendance du milieu. Elle permet sa fixation au support solide et la protège contre les attaques parasitaires (Bdellovibrio). Certaines souches produisent également du mucus qui protège la gaine (polysaccharide). La gaine est un complexe protéine-polysaccharide-lipide sans acide muramique. Certaines espèces quittent facilement leur gaine qui demeure vide. La fixation des gaines sur les surfaces solides est réalisée à l'aide de crampons ou bien par une excrétion accrue de substance capsulaire. La formation d'une gaine intervient chez les bactéries filamenteuses aquatiques dont certaines ont la capacité de déposer de l'hydroxyde ferrique ou du dioxyde de manganèse qui renforcent la gaine et que l'on retrouve après la mort des bactéries. Les organismes à gaine sont des hétérotrophes aérobies qui tolèrent de faibles tensions en oxygène. Plusieurs espèces requièrent des vitamines (B12).

On a longtemps cru que les bactéries à gaine du groupe Sphaerotilus-Leptothrix étaient capables d'oxyder les ions ferreux, à cause de l'accumulation importante d'hydroxyde ferrique dans la gaine. Cependant, aucune évidence de cette oxydation n'a pu être avancée aux pH de croissance de ces organismes. La seule évidence est l'accumulation parfois considérable d'hydroxyde ferrique dans la capsule entourant la gaine ou en couche mince sur et dans la gaine ou en incrustations. Cette accumulation est liée à la gaine car elle n'intervient pas chez des mutants sans gaine. Le dépôt de dioxyde de manganèse chez les espèces de Leptothrix est dû à l'oxydation biologique des ions manganeux. L'oxydation chimique n'interfère pas avec cette activité car elle intervient à des pH plus élevés. Cette oxydation du manganèse dépend de la présence d'un composé protéique excrété par l'organisme. C'est pourquoi on retrouve ces oxydes à l'extérieur de la gaine ou des colonies.

Ces organismes se rencontrent en eaux faiblement courantes ou stagnantes, claires ou polluées, riches en fer, et dans les bassins de dépollution. ADN : 70 mol % G+C. Cinq espèces, dont l’espèce type Leptothrix ochracea.

Methylibium (L. methyl, groupement méthyl ; G. bios, vie)

Bâtonnets droits mobiles, se reproduisant par fission binaire, Gram négatif. Accumulent des granules de PHB. Colonie crème. Aérobies stricts hétérotrophes. Méthylotrophes facultatifs capables d’utiliser le méthanol comme seule source de carbone, en addition à divers autres composés carbonés complexes. Prototrophes. Quinone majeure Q-8. Croissance optimale à 30°C (<37°C ) et à pH 6,5. ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un biofiltre à compost en Californie, Methylibium petroleiphilum.

Mitsuaria (Cité de Matsu, Japon)

Bâtonnets (0,7-1 x 2-4 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, brunâtre. Aérobies stricts chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent quelques sucres. Nitrate réduit en nitrite. Hydrolysent les Tweens 40, 60 et 80. Production d’H2S, uréase, indole, 3-cétolactose, dihydroxyacétone et 2-cétoglutarate négative. Test VP et rouge de méthyl négatifs. Quinone respiratoire majeure UQ-8. Croissance optimale à 20-30°C et pH 5-9. ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sol, Mitsuaria chitosanitabida.

Paucibacter (L. paucus, peu)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 1,3-5 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie grisâtre, < 1 mm de diamètre. Aérobies hétérotrophes. Oxydase et catalase (faiblement) positives. Utilisent le Tween 40 et très peu d’autres substrats. Phosphatases acide et alcaline, phosphomonoestérase, chymotrypsine estérase, lipase estérase et leucine arylamidase positives. Dégradent des hépatotoxines cyanobactériennes comme les microcystines et la nodularine. Croissance entre 20-30°C (<37°C). ADN : 66-68 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiment d’un lac eutrophique finlandais, Paucibacter toxinivorans.

Piscinibacter (L. piscina, une mare, un réservoir)

Genre reclassé de l’espèce Methylibium aquaticum. Bâtonnets (0,4-0,7 x 0,8-1,9 microns), non mobiles, Gram négatif. Aérobies anaérobies facultatifs chimio-hétérotrophes, catalase négative et oxydase positive. Croissance anaérobie plus lente. Nitrate non réduit. Quinone majeure Q-8. Phospholipides majeurs : diphosphatidylglycérol, phosphatidyglycérol et phosphatidyléthanolamine. Croissance optimale à 30°C (15-42°C), pH 7 (6-10) et sans NaCl (0-10 g/l). ADN : 56 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une mare d’eau douce artificielle en Corée, Piscinibacter aquaticus.

Rivibacter (L. rivus, petite rivière)

Genre reclassé de l’espèce Methylibium subsaxonicum. Bâtonnet (0,4-0,6 x 1,4-1,8 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie blanchâtre, de 1 mm de diamètre. Aérobies chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. N’utilisent pas méthanol et éthanol. Nitrate réduit. Quinone majeure Q-8. Phospholipides majeurs : diphosphatidylglycérol, phosphatidyglycérol et phosphatidyléthanolamine. Croissance optimale à 25-28°C (10-30°C), pH 8,4-8,9 (7-9) et jusqu’à 7 g/l NaCl. ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée en Allemagne, Rivibacter subsaxonicus.

Rubrivivax (L. ruber, rouge, L. vivax, vivant)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,4-0,7 x 1-3 microns), parfois cellules courbes de 15 microns de long dans cultures âgées. Mobiles par un flagelle polaire. Gram négatif. Colonie rose à rouge vif. Anaérobies photohétérotrophes à la lumière utilisant des composés organiques divers comme donneurs d’électrons. Croissance photoautotrophe avec H2, CO2 et facteurs de croissance. Croissance chimio-organotrophe à l’obscurité avec CO comme seule source de carbone et d’énergie. Croissance aérobie chimiohétérotrophe possible avec divers substrats organiques. Possède bchl a et caroténoïdes. Les membranes photosynthétiques sont des invaginations en forme de doigt. Fixent l’azote en condition photoautotrophe. ADN :70-73 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eaux et de boues, Rubrivivax gelatinosus.

Sphaerotilus (G. sphaera, sphère; G. tilus, déchiqueté)

Bactéries familières des eaux à faible courant contaminées par les eaux d'égout ou des effluents d'agro-industrie, qui forment de longs glands gélatineux attachés aux pierres, plantes et détritus. Toujours présentes dans les bassins aérobies de stations d'épuration des eaux. Cellule de 2-10 x 1,2-2,5 microns, flagellation polytriche subpolaire, avec support et faux branchements. Accumulation de PHB sous déficience en N2 ou O2. Croissance sur un large spectre de sources de carbone et d'azote. Vit B12 indispensable; peut être remplacée par méthionine. ADN: 70 mol % G+C. Une seule espèce Sphaerotilus natans.

Tepidimonas

Bâtonnets courts (0,5-1 x 1-2 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Chimio-lithohétérotrophes. Oxydent les composés soufrés réduits en sulfate. Utilisent les acides organiques et aminés mais pas les sucres et les polyols. Thermophiles modérés. Croissance optimale à 50-55°C (35-65°C) et pH 7,5-8,5. Requièrent l’extrait de levure. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce, Tepidimonas ignava, isolée d’une source chaude du Portugal.

Thiobacter  (G. thios, soufre)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,1-1,9 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies stricts et microaérophiles tolérant jusqu’à 10% O2 dans la phase gazeuse (opt. 2-5%). Croissance chimio-lithoautotrophe sur composés réduits du soufre (sulfures, thiosulfate) et soufre élémentaire comme donneurs d’électrons et oxygène moléculaire comme seul accepteur d’électrons. Autotrophes obligés utilisant le CO2 comme seule source de carbone. Utilisent nitrate et ammonium comme source d’azote. Thermophiles. Croissance optimale à 50-55°C (32-62°C), pH 6 (6,5-7) et 4 g/l NaCl (1-16 g/l). ADN : 67 mol % G+C. Une seule  espèce isolée d’une source d’eau chaude au Japon, Thiobacter subterraneus.

Thiomonas

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1-3 microns) mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies stricts. Chimio-lithoautotrophes facultatifs. Croissance optimale mixotrophe avec composés soufrés réduits et suppléments organiques. Croissance organotrophe avec protéines. Croissance lithoautotrophe avec thiosulfate, tétrathionate sulfure et soufre (--> acide sulfurique). Croissance optimale entre 30 et 36°C pour les espèces mésophiles et à 50°C pour les espèces thermophiles modérées. pH optimum entre 3 et 6. ADN : 61-69 mol % G+C. Quatre espèces, dont Thiomonas intermedia.

Xylophilus (G. xylon, bois; G. philos, ami)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,4-0,8 x 0,6-3,3 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, parfois cellules filamenteuses dans cultures âgées. Mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie jaune. Aérobies, catalase positive, oxydase négative. Chimio-organotrophes utilisant les sucres et quelques acides organiques. Croissance lente et faible. Optimum de température, 24°C. ADN : 68-69 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la vigne, Xylophilus (ex-Xanthomonas) ampelinus, responsable de nécrose et de cancer des régions ligneuses.
 


 


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