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Taxonomie des Procaryotes
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Kordiimonadales, Parvularculales, Sneathiellales et NC
Ordres VII, VIII et IX des Alpha-proteobacteria, Classe 1 des Proteobactéries,
Phylum BXIII du Domaine bacteria

  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés des Alpha-proteobacteria

Fonctions: fermentaires, saprophytes, dénitrifiants, méthylotrophes, fixateurs d ’azote, pathogènes
Morphologie: coques, bâtonnets, spirilles
Croissance: aérobies, anaérobies facultatives ou strictes, mésophiles
Nutrition: chimioorganotrophes, photosynthétiques
Habitat: ubiquistes, pathogènes

Les propriétés sont décrites au niveau des ordres et des familles

2. Taxonomie des Kordiimonadales, Parvularculales, Sneathiellales et NC

Phylum BXIII. Proteobacteria

Classe I. Alpha-Proteobacteria

Ordre I. Rhodospirillales

Ordre II. Rickettsiales

Ordre III. Rhodobacterales

Ordre IV. Sphingomonadales

Ordre V. Caulobacterales

Ordre VI. Rhizobiales

Ordre VII. Kordiimonadales

Famille I. Kordiimonadaceae : Kordiimonas

Ordre VIII. Parvularculales

Famille I. Parvularculaceae : Parvularcula

Ordre IX. Sneathiellales

Famille I. Sneathiellaceae : Sneathiella

Ordre X. Kiloniellales

Famille I. Kiloniellaceae : Kiloniella

Alpha-Proteobacteria non classées : Elioraea, Geminicoccus, Hansschlegelia, Nordella, Marinosulfonomonas, Oleomonas, Reyranella, Rhizomicrobium

 

Phylum BXIII. Proteobacteria

Classe I. Alpha-Proteobacteria

Ordre VII. Kordiimonadales

Famille I. Kordiimonadaceae

Kordiimonas (KORDI, Korea Ocean Research and Development Institute)

Bâtonnets (0,25 x 1,3-1,4 microns), mobiles. Gram négatif. Colonie circulaire, translucide, blanc crème, 2-3 mm de diamètre. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Assimilent glucose, N-acétylglucosamine, cellobiose, maltose, tréhalose, dextrine, Tweens 40 et 80 et quelques acides aminés. Ne réduisent pas le nitrate. Produisent la b-glucosidase. Quinone majeure MK-5. Faiblement halophiles. Croissance optimale à 37-40°C (17-44°C), pH 7 (6-8,5) et 20 g/l de NaCl (5-40 g/l). ADN : 39 mol % G+C. Une seule espèce isolée de sédiment marin en Chine, Kordiimonas gwangyangensis.

 

Ordre VIII. Parvularculales

Famille I. Parvularculaceae

Parvularcula (L. parvulus, très petit ; L. arcula, écrin de bijou)

Bâtonnets courts (0,4-1,3 x 0,6-1,8 microns), parfois coccoïdes, isolés, faiblement mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Colonie jaunâtre à brune, très petite, de 0,3-0,8 mm de diamètre, circulaire, sèche, très dure. Production de pigments caroténoïdes mais pas de bchl a. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase positive et catalase négative. Utilisent les pentoses, les hexoses, les alcools sucres, les oligosaccharides et les acides aminés. Nitrate réduit en nitrite. Hydrolysent l’urée et la gélatine. Croissance optimale à 30°C (10-37°C), pH 8 (6-9) et 30 g/l de NaCl (7,5-250 g/l). ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce, Parvularcula bermudensis, isolée de la Mer des Sargasses.

 

Ordre IX. Sneathiellales

Famille I. Sneathiellaceae

Sneathiella (Peter H.A. Sneath, microbiologiste anglais)

Petits bâtonnets mobiles, Gram négatif. Colonie irrégulière, faiblement convexe, lisse, luisante, butyreuse, beige, 0,5-2 mm de diamètre. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Pas de production d'acide sur glucose. Réduisent le nitrate. Hydrolysent l'esculine, la caséine, l'amidon et les Tweens 20, 40, 60 et 80. Produisent la b-glucosidase et la phosphatase alcaline. Croissance entre 4-37°C et 0-30 g/l de NaCl. ADN : 57 mol % G+C. Deux espèces dont l'espèce type isolée de sédiment marin en Chine, Sneathiella chinensis. L'autre espèce S. glossodoripedis a été isolée du nudibranche Glossodoris cincta au Japon.

 

Ordre X. Kiloniellales

Famille I. Kiloniellaceae

Kiloniella (L. Kilonium, nom latin de la ville de Kiel en Allemagne)

Cellules spiralées ou vibrioïdes, occasionnellement en bâtonnets ou filaments (0,5-0,6 x 2,5-5 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulées, Gram négatif. PHB accumulé. Colonie crème, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes dénitrifiant le nitrate en N2O. Utilisent surtout des acides organiques et aminés. Catalase et oxydase positives. Halotolérants modérés. Croissance optimale à 25°C (4-40°C), pH 5,5 (3,5-9,5) et 30 g/l NaCl (3-100 g/l). ADN : 51 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une algue Laminaria saccharina de la Mer Baltique en Allemagne, Kiloniella laminariae.


Alpha-Proteobacteria non classées

Elioraea (Eliora Z. Ron, microbiologiste israélien)

Bâtonnets (0,5-1 x 1-1,5 microns), mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie non pigmentée. Aérobie strict, chimio-lithoorganotrophe facultatif. Oxydase et catalase positives. Thiosulfate oxydé en sulfate. Assimile quelques acides organiques et aminés. Acide produit sur quelques sucres. Dégrade amidon, xylan et hippurate. L'extrait de levure est exigé. Nitrate réduit en nitrite. Quinone Q-10. Lipides polaires: phosphatidylcholine, phosphatidylglycérol, diphosphati-dylglycérol, phosphatidyl-éthanolamine. Faiblement thermophile. Croissance optimale à 45-50°C (>25-<55°C), pH 8-8,5 (>5,5-<10) et jusqu'à 15 g/l de NaCl. ADN : 71 mol % G+C. Une seule espèce, Elioraea tepidiphila, isolée d'une source chaude terrestre des Açores.

Geminicoccus  (L. geminus, jumeau)

Coques (1,5-2,1 microns de diamètre), typiquement en paires, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie rose, de 1-3 mm de diamètre. Contiennent caroténoïdes et bactériochlorophylle a. Cytochromes de type a, b et c. Aérobies stricts. Catalase et uréase positives. Utilisent seulement quelques sucres et acides organiques. Dégradent la gélatine. Nitrate réduit en nitrite. Halophiles. Croissance optimale à 30-35°C (15-45°C), pH 8 (5,5-11) et sels de mer. Temps de division de 5 h. ADN : 60 mol % G+C. Une seule espèce, Geminicoccus roseus, isolée d'un biofiltre d'aquaculture en Israël.

Hansschlegelia (Hans Schlegel, microbiologiste allemand)

Bâtonnets (0,6-0,8 x 1,4-1,5 microns), isolés ou en paires, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie ronde, convexe, translucide, blanche, de 0,1-0,5 mm de diamètre. Aérobies stricts, méthylotrophes et chimio-lithotrophes facultatifs. Oxydase, catalase et uréase positives. Faible croissance sur nutrient agar et peptone-extrait de levure. Assimilent les composés en C1 par la voie du RuBP. Utilisent seulement quelques substrats polycarbonés. Croissance sur milieu minéral avec H2/O2/CO2, méthanol, méthylamine, formate et glycérol. L'extrait de levure n'est pas exigé mais stimule la croissance ainsi que la biotine. Acide produit sur quelques sucres. Dégrade amidon, xylan et hippurate. Nitrate réduit en nitrite. Quinone majeure Q-10. Lipides polaires : phosphatidylcholine, diphosphatidylglycérol et phosphatidyléthanolamine. Croissance optimale à 29°C (12-37°C), pH 7-7,5 (5-9) et moins de 20 g/l de NaCl. ADN : 68-69 mol % G+C. Une seule espèce, Hansschlegelia plantiphila, isolée de bourgeon de lilas en Russie.

Marinosulfonomonas (L. marino , marin ; L. sulfono , du groupe
sulfonate; G. monas, une unité, monade)

Bâtonnets (0,5 x 2,5 microns), non mobiles, isolés ou en rosettes de 5–30 organismes en culture liquide. Non sporulés, Gram négatif. Colonie sur acide méthanesulfonique-Phytagel (1% p/v) de 1 mm de diamètre, lisse et semitranslucide après 10 jours d’incubation à 30°C. Croissance faible sur milieu solide. Aérobies. Croissance sur acide méthanesulfonique comme seule source d’énergie et de carbone. La croissance méthylotrophe peut utiliser d’autres composés mono-carbonés comme le méthanol et la méthylamine. Méthanesulfonique acide mono-oxygénase, sérine glyoxylate aminotransférase, hydroxypyruvate réductase et méthanol déshydrogénase sont présentes dans les cellules cultivées sur acide méthanesulfonique. Catalase et oxydase positives. Assimilent les composés en C1 par la voie de la sérine. Utilisent éthanesulfonate, iséthionate, taurine, méthanol, chlorures de méthylammonium, maltose, lactose, glucose, fructose, galactose, citrate, succinate, malate, pyruvate et acétate. N’utilisent pas éthanesulfonate, cystéate, diméthyl sulfure, méthane, diméthylsulfoniopropionate, glycine bétaine, glycérol ou nutrient broth. Ammonium ou nitrate utilisés comme source d’azote. Ne fixent pas l’azote. Croissance optimale à 30°C (20-37°C), à pH 7,4 et 30 g/l NaCl (5-35 g/l). ADN : 57 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la mer en Angleterre, Marinosulfonomonas methylotropha.

Nordella (Nord, nom de l’Hôpital de Marseille)

Bâtonnets rarement mobiles, Gram négatif. Colonie petite, blanc-grise, luisante, convexe et opaque. Parmi ces colonies, des colonies ponctiformes peuvent être observées. A part leur taille, ces colonies ponctiformes sont phénotypiquement et génotypiquement identiques aux grandes colonies et quand on les subcultive, chacune donne les deux morphologies. Ces colonies ponctiformes se rencontrent plus particulièrement quand la température d’incubation atteint 35°C. Néanmoins, à cette température, après 2 subcultures, aucune croissance bactérienne n’est observée. Aérobies oxydase et catalase positives. Croissance sur milieu BCYE agar, nutrient broth et en co-culture avec Acanthamoeba polyphaga sur le milieu salin pour amibes de Page, mais pas sur nutrient broth avec 60 g/l de NaCl, MacConkey agar ou Columbia agar avec 50 g/l de sang de mouton. Positifs pour la production d’urée, négatifs pour la réduction du nitrate, l’arginine dihydrolase et l’hydrolyse de l’esculine. N’assimilent pas le glucose ni l’arabinose. Bonne croissance à 25 et 30°C, mais pas à 35°C. ADN : 66 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une conduite d’eau potable de l’Hôpital Nord de Marseille, France, Nordella oligomobilis.

Oleomonas

Bâtonnets (0,5 x 1,2-1,5 microns), mobiles, Gram négatif. Colonie sur Nutrient Agar rugueuse, élevée, blanc-jaunâtre, de 2 mm de diamètre. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Utilisent divers hydrocarbones et alcools et notamment éthanol, n-propanol, n-butanol et n-tetradecanol ainsi que pyruvate. Pas ou faible croissance sur sucres ou acides organiques. Croissance optimale à 37°C (25-40°C), pH 6,2-6,5 (5,5-7,5) et 5 g/l NaCl (0-20 g/l). ADN : 66 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un champ pétrolifère au Japon, Oleomonas sagaranensis.

Reyranella (Rivière Reyran, lieu d’isolement en France)

Bâtonnets (0,7-0,8 x 1,2-1,7 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie petite, blanc-gris, opaque et convexe. Microaérophiles, oxydase positive et catalase négative. Faible activité beta-galactosidase et uréase. Croissance sur Columbia agar avec 5 % de sang de mouton, BCYE agar, PYG nutrient broth et dans coculture amibienne avec Acanthamoeba polyphaga. Bonne croissance entre 30 et 35°C (18-37°C). Une seule espèce isolée de l’eau d’une rivière en France, Reyranella massiliensis.

Rhizomicrobium (G. rhiza, racine ; L. microbium, microbe)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 1,0-1,5 microns), isolés ou en paires, mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Division par fission binaire ou bourgeonnement. Présence de pédoncules polaires. Anaérobies facultatifs chimio-organotrophes. Oxydase et catalase négatives. Métabolisme fermentatif. Utilisent arabinose, xylose, fructose, galactose, glucose, rhamnose, cellobiose, lactose, maltose, saccharose, amidon et xylane avec production d’acétate, lactate et traces d’éthanol et H2. Réduisent Fe(III) en Fe(II) en présence de glucose. Ne réduisent pas nitrate, fumarate, malate ou sulfate. Quinone respiratoire majeure Q-10. Croissance optimale à 30-35°C (15-40°C), pH 6,8 (5,5-7,3) et 0-10 g/l NaCl. ADN : 53-55 mol % G+C. Une seule espèce isolée de racines de riz au Japon, Rhizomicrobium palustre.

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