Taxonomie des Procaryotes
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Classification résumée
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Groupes trophiques spéciaux

Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
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Synonymes
         

Rhodobacterales
Ordre III des Alpha-proteobacteria, Classe 1 des Proteobactéries,
Phylum BXIII du Domaine bacteria

  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés de la Classe

Fonctions: fermentaires, saprophytes, dénitrifiants, méthylotrophes, fixateurs d ’azote, pathogènes
Morphologie: coques, bâtonnets, spirilles
Croissance: aérobies, anaérobies facultatives ou strictes, mésophiles
Nutrition: chimioorganotrophes, photosynthétiques
Habitat: ubiquistes, pathogènes

Les propriétés sont décrites au niveau des ordres et des familles

2. Taxonomie des Rhodobacterales

Phylum BXIII. Proteobacteria

Classe I. Alpha-Proteobacteria

Ordre I. Rhodospirillales

Ordre II. Rickettsiales

Ordre III. Rhodobacterales

 Famille I. Rhodobacteraceae: Rhodobacter, Agaricicola, Ahrensia, Albidovulum, Albimonas, Amaricoccus, Antarctobacter, Catellibacterium, Celeribacter, Citreicella, Citreimonas, Dinoroseobacter, Donghicola, Gaetbulicola, Gemmobacter, Haematobacter, Hasllibacter, Huaishuia, Hwanghaeicola, Jannaschia, Jhaorihella, Ketogulonigenium, Labrenzia, Lentibacter, Lesingera, Litoreibacter, Litorimicrobium, Loktanella, Lutimaribacter, Mameliella, Maribius, Marinovum, Maritimibacter, Marivita, Methylarcula, Nautella, Nereida, Nesiotobacter, Oceanibulbus, Oceanicola, Octadecabacter, Pacificibacter, Palleronia, Pannonibacter, Paracoccus, Pelagibaca, Pelagicola, Piezobacter, Phaeobacter, Planktotalea, Pontibaca, Ponticoccus, Poseidonocella, Primorskyibacter, Pseudorhodobacter, Pseudoruegeria, Pseudovibrio, Rhodobaca, Rhodothalassium, Rhodovulum, Roseibaca, Roseibacterium, Rhoseibium, Roseicitreum, Roseicyclus, Roseinatronobacter, Roseisalinus, Roseivivax, Roseobacter, Roseovarius, Rubellimicrobium, Rubribacterium, Rubrimonas, Ruegeria, Sagittula, Salinihabitans, Salipiger, Sediminimonas, Seohaeicola, Shimia, Silicibacter, Staleya, Stappia, Sulfitobacter, Tateyamaria, Thalassobacter , Thalassobius, Thalassococcus, Thioclava, Thiosphaera, Tranquillimonas, Tropicibacter, Tropicimonas, Vadicella, Wenxinia, Yangia

Ordre IV. Sphingomonadales

Ordre V. Caulobacterales

Ordre VI. Rhizobiales

Ordre VII. Kordiimonadales

Ordre VIII. Parvularculales

Ordre IX. Sneathiellales

Alpha-Proteobacteria non classées


Phylum BXIII. Proteobacteria

Classe I. Alpha-Proteobacteria

Ordre III. Rhodobacterales

Famille I. Rhodobacteraceae

Rhodobacter

Cellules en bâtonnets ou ovoïdes (0,5-1,2 x 2-4 microns), à division binaire. Pigments localisés dans des membranes internes vésiculaires (bchl a et caroténoïdes). Coloration jaune-brun à rouge ou vert-brun. Cinq espèces, dont l’espèce type Rhodobacter capsulatus.


Rhodobacter sphaeroides
Imhoff (1989)   in Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 3.
 J.T. Staley et al. eds., Williams & Wilkins pub., p. 1671.

Agaricicola (L. Agaricus, nom de genre d’un champignon; L. incola, habitant)

Bâtonnets courts (0,5 x 0,8-1,0 micron), mobiles par flagelles polaires, non sporulés, Gram négatif. Cellules en forme de club qui accumulent des granules de poly-Beta-hydroxybutyrate aux pôles. Colonie luisante, beige, circulaire, entière. Aérobies stricts, oxydase positive et catalase négative. Nitrate non réduit en nitrite. Esculine, caséine, gélatine, agar, amidon, urée et Tweens 40, 60 et 80 non hydrolysés. H2S n’est pasproduit. Pas de production d’acide sur D-glucose, D-mannitol, inositol, D-sorbitol, L-rhamnose, sacharose, mélibiose, amygdaline ou D-arabinose. Utilisent les sources de carbone suivantes sur système Biolog GN2: Tween 40, D-arabinose, D-galactose, D-glucose, acide pyruvique méthyl ester, acétate, cis-aconitate, D-galacturonate, D-glucuronate, Beta-hydroxybutyrate, alpha-cétobutyrate, alpha-cétoglutarate, propionate, succinamate, glucuronamide, L-proline et D-glucose 6-phosphate. Dans le système API ZYM, positifs pour phosphatase alcaline, estérase, estérase lipase, leucine arylamidase, cystine arylamidase, phosphatase acide, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase et alpha-glucosidase, mais négatifs pour lipase, valine arylamidase, trypsine, alpha-chymotrypsine, D-galactosidase, Beta-galactosidase, B-glucuronidase, Beta-glucosidase, N-acétyl-B-glucosaminidase, D-mannosidase et alpha-fucosidase. Dans les systèmes API 20E et 20NE, positifs pour arginine, citrate trisodique, urée, pyruvate, mélibiose, D-arabinose et oxydase. Lipides polaires prédominants : diphosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, phosphatidylcholine et phosphatidyléthanolamine. Quinone respiratoire majeure Q-10. Croissance optimale à 30-35°C (20-40°C), pH 7 (6-9) et 20-30 g/l NaCl (0-140 g/l). ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée du pied du champignon Agaricus blazei, Agaricicola taiwanensis.

Ahrensia (Ahrens, microbiologiste allemand)

Bâtonnets (1 x 2-4 microns) mobiles par flagelles polaires, Gram négatif. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Production d’acide sur sucres. Bactéries marines. ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce, Ahrensia kielensis isolée de la mer Baltique.

Albidovulum (L. albidus, blanchâtre; L. ovulum, petit œuf)

Bâtonnets courts (0,4-0,6 x 1,4-2,2 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie non pigmentée.  Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Chimio-organotrophes utilisant un large spectre de composés organiques. Quinone majeure Ubiquinone-10. Croissance optimale à 50°C et pH 6,5-8. Halophiles facultatifs. ADN : 64 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'une source chaude marine, Albidovuluminexpectatum.

Albimonas (L. albus, blanc)

Bâtonnets courts (1-1,4 x 1,6-2,6 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, lisse, luisante, légèrement irrégulière, crème. Aérobies. Oxydase et catalase positives. Production d'acide sur L-arabinose et D-xylose. Hydrolysent la gélatine et l'urée. Test VP positif. Quinone isoprénoïde majeure Q-10.Croissance optimale à 28-30°C (10-38°C), pH 7-8 (6-9,5) et NaCl 20-50 g/l (0-140 g/l). ADN : 72 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer en Corée, Albimonas donghaensis.

Amaricoccus

Larges coques (1,3-1,8 microns de diamètre) souvent en tétrade, non mobiles, Gram négatif. Aérobies utilisant sucres et acides organiques. Croissance entre 20-37 °C et pH 5,5-9. Oxydase positive. ADN : 51-63 mol % G+C. Quatre espèces, dont Amaricoccus kaplicensis.

Antarctobacter

Bâtonnets (0,8-1,2 x 2-33 microns) se multipliant par bourgeonnement, formation de rosettes. Accumulent du PHB. Gram négatif. Colonie jaunâtre à rouge brunâtre. Aérobies. Oxydase et catalase positives. Croissance optimale à 16-26 °C (3-45 °C), pH 6,9-7,8 (5,3-9) et NaCl 20-60 g/l (10-100 g/l). ADN : 62-63 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac de l’Antarctique, Antarctobacter heliothermus.

Catellibacterium (L. catella, courte chaîne)

Cellules ovoïdes ou bâtonnets (0,6-0,8 x 1,3-2 microns), en paires ou chaînes, Gram négatif. Colonie circulaire, blanche à beige. Accumulent du PHB intracellulaire. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Utilisent quelques acides organiques et aminés, le glycogène et le Tween 80. Quinone majeure Ubiquinone-10. Croissance optimale à 30°C (20-37°C) et pH 6,5-7,5 (6-8). ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une boue activée, Catellibacterium  nectariphilum.

Celeribacter (L. celer -eris –e, rapide ; L. bacter, bâtonnet).

Bâtonnets courts (0,4-0,9 x 0,8-1,8 microns) aux extrémités légèrement irrégulières, mobiles par un flagelle polaire ou subpolaire, non sporulés, Gram négatif. N’accumulent pas de poly-Beta-hydroxybutyrate. Colonie ronde, de 1-3 mm de diamètre, régulière, convexe et lisse après 48-74 h d’incubation sur MA. Pas de production de pigments diffusibles, caroténoides ou BCh a. Aérobies anaérobies facultatifs par fermentation du D-glucose et par respiration du nitrate. Chimio-organotrophes, oxydase négative et catalase positive. Réduisent le nitrate en nitrite. N’hydrolysent pas la gélatine, agar, amidon, caséine, laminarine, chitine ou ADN. Tween 80 faiblement utilisé. Uréase positive. Négatifs pour la production d’indole, d’H2S et d’acétoine et pour l’arginine dihydrolase, la lysine décarboxylase et l’ornithine décarboxylase. Phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, alpha-glucosidase et beta-glucosidase sont produites. Tests API 50 positifs pour l’utilisation du D-xylose, L-rhamnose, méthyl alpha-D-glucopyranoside, D-lyxose, D-arabitol, D-glucose, D-fructose, arbutine, citrate ferrique d’esculine, salicine, cellobiose, maltose, D-lactose (d’origine bovine), saccharose et tréhalose. Trois phospholipides majeurs, phosphatidylglycérol, phosphatidylcholine et phosphatidyléthanolamine, sont caractéristiques du genre. Requièrent Na+ ou de l’eau de mer pour la croissance. Croissance optimale à 25°C (5-35°C), pH 7,5-8,0 (4-10) et 10-80 g/l NaCl. ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer de Tasmanie dans l’Océan Pacifique, Celeribacter neptunius.

Citreicella (L. citreum, citron; L. cella, cellule)

Bâtonnets courts citriformes (0,6-0,8 x 1-1,5 microns), en paires ou courtes chaînes, non mobiles, Gram négatif. Formation d’une capsule lors de la croissance sur milieu défini. Production de granules de PHB. Aérobies stricts, hétérotrophes. Oxydase et catalase positives. Utilisent les hexoses, les acides organiques à courte chaîne et les acides aminés. Oxydent thiosulfate, sulfures et soufre en sulfate. Peuvent oxyder les composés soufrés organiques durant leur croissance hétérotrophe. Biotine exigée pour la croissance. Croissance optimale à 25-28°C (8-35°C), pH 7,5-7,8 (6,5-8,5) et 20 g/l de NaCl (5-60 g/l). ADN : 68-69 mol % G+C. Une seule espèce marine isolée de l’interface oxygène-sulfures de la Mer Noire, Citreicella thiooxidans.

Citreimonas (L. citreum, citron; L. monas, unité)

Bâtonnets courts citriformes (0,5-0,8 x 1-1,5 microns), en paires ou courtes chaînes, non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, à bord entier, convexe, opaque, luisante et beige. Aérobies stricts, hétérotrophes. Oxydase négative et catalase positive. Utilisent quelques hexoses,  acides organiques à courte chaîne et  acides aminés. Présence de ADNase, gélatinase, nitrate réductase et estérase. Croissance entre 15-40°C (optimale à 30-35°C),  pH 6-10 et 10-100 g/l de sels de mer. ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un marais salant de Corée, Citreimonas salinaria.

Dinoroseobacter  (G. dinos, rotation, composé des protozoaires Dinophyceae ; L. Roseobacter, nom d’un genre bactérien)

Bâtonnets ovoïdes ou pseudocoques (0,3-1 à 2 x 0,3-0,7 microns), mobiles par un flagelle polaire à subpolaire, Gram négatif. Colonie couleur de vin rouge à l’obscurité. Culture liquide rose à rouge vif à l’obscurité, beige clair à la lumière. Aérobies stricts, hétérotrophes. Utilisent quelques sucres et acides organiques. Croissance requiert biotine, acide nicotinique et 4-aminobenzoïque ainsi que 10 g/l de sel de mer. Nitrate dénitrifié en azote. Gélatine et Tween 80 hydrolysés. ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce marine isolée d’un dinoflagélé, Dinoroseobacter shibae.

Donghicola (L. Donghae, nom coréen de la Mer Orientale en Corée)

Bâtonnets ou coques (0,6-0,8 x 0,6-2 microns), isolés, en paires, tétrades ou longues chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire à légèrement irrégulière, légèrement convexe, lisse, ivoire, de 2,5-3,5 mm de diamètre. Hétérotrophes aérobies. Hydrolysent hypoxanthine et Tweens 20, 40 et 60. Ubiquinone majeure Q-10. Croissance 10-40 °C, pH 7-8 et 20-110 g/l NaCl. ADN : 60 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer Orientale en Corée, Donghicola eburneus.

Gaetbulicola (L. gaetbulum, gaetbul, nom coréen pour une mer calme)

Bâtonnets irréguliers pléomorphes (1,0-3,0 x 1,5-15 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, lisse, jaune pâle, de 0,7-1,0 mm de diamètre. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Utilisent quelques sucres et des acides organiques. Nitrate réduit en nitrite. La quinone dominante est l’ubiquinone Q-10. Croissance optimale à 25-30°C (10-40°C), pH 7-8 et 20 g/l NaCl (-> 50 g/l). ADN : 60 mol % G+C. Une seule espèce marine isolée en Corée, Gaetbulicola byunsanensis.

Gemmobacter (L. gemma, bourgeon)

Bâtonnets parfois ovoïdes (1-1,2 x 1,25-2,7 microns pouvant atteindre 10 microns en phase stationnaire), multiplication par bourgeonnement terminal ou latéral, formant des chaînes courtes par attachement des cellules filles entre elles par un exopolymère ; non mobiles, Gram négatif. Hétérotrophes anaérobies facultatifs. Catalase et oxydase positives. Fermentent les sucres sans production de gaz. Réduisent le nitrate. Croissance optimale à 31°C (17-39°C). ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une mare forestière, Gemmobacter aquatilus.

Haematobacter (L. haematum, sang)

Bâtonnets pléomorphes, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie non pigmentée. Croissance aérobie sur 5% RBA, en décolorant le milieu, certaines souches croissent sur Mac Conkey agar. Pas de croissance sur Salmonella Shigella agar ou sur cetrimide agar. Catalase, oxydase et uréase positives. Esculine et gélatine non hydrolysées. Utilisent acétate, mais pas citrate, comme seule source de carbone. Phénylalanine déaminée. Produisent phosphatase alcaline, phosphatase acide, C4 estérase, C8 estérase lipase et leucine arylamidase. Croissance à 25°C et 35°C mais pas à 42°C. ADN : 65 mol % G+C. Trois espèces potentiellement pathogènes pour l’homme, isolées de sang et d’infections de plaies, dont l’espèce type Haematobacter missouriensis.

Hasllibacter (L. Haslla, ancien nom de la ville de Gangneung, sur la côte de la Mer de l’Est en Corée)

Cellules ovoïdes ou bâtonnets, mobiles par un seul flagelle polaire, Gram négatif. Des bourgeons peuvent être produits. Une division cellulaire irrégulière peut être observée. Colonie rougeâtre, circulaire, convexe. Aérobies stricts. H2S et indole non produits. Métabolisent sur API 50CH acétate, glycérol, L-arabinose, ribose, D-xylose, L-xylose, D-fructose, L-sorbose, inositol, sorbitol, amygdaline, esculine, saccharose, mélézitose, amidon, beta-gentiobiose, turanose, D-lyxose, D-tagatose et 5-cétogluconate. Négatifs pour arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase, uréase, utilisation du citrate, tryptophane desaminase, production d’acétoïne et gélatinase sur API 20E. Sur API ZYM, positifs pour estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase, beta-glucuronidase, alpha-glucosidase et beta-glucosidase. Produisent des dérivés de l’acide cholique comme métabolites secondaires majeurs tels que l’acide 3,12-dihydroxy-7-cétocholanique, l’acide 1,2-hydroxy-3-céto-glycocholanique, l’acide nutriacholique et l’acide desoxycholique. La quinone isoprénoïde Q-10 est l’ubiquinone majeure. NaCl et MgCl2 sont nécessaires pour la croissance. Croissance optimale à 25°C (13-35°C) et à pH 8 (6-10). ADN : 72 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un ascidien marin comestible, Halocynthia roretzi, collecté dans la Mer de l’Est en Corée, Hasllibacter halocynthiae.

Huaishuia (Professeur Huai-Shu Xu, microbiologiste chinois)

Bâtonnets (0,3 x 0,8 microns), non mobiles, Gram négatifs. PHB non accumulé. Colonie blanc clair, circulaire, lisse et convexe avec bord entier. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Croissance sur trypticase soja agar. Hydrolysent esculine et urée (sur API 20E), mais pas amidon, caséine, gélatine, ADN ni Tween 80. Négatifs pour la réduction du nitrate, le test de Voges-Proskauer et la production d’H2S et d’indole. Faiblement positifs pour l’alginase. Sur API 20E, positifs pour Beta-galactosidase, arginine dihydrolase, Iysine décarboxylase et ornithine décarboxylase, mais négatifs pour tryptophane desaminase. Sur API ZYM, positifs pour phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase (C8), leucine arylamidase, phosphatase acide, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, alpha-galactosidase, Beta-glucosidase et alpha-glucosidase, mais négatifs pour lipase (C14), valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, alpha-chymotrypsine, Beta-glucuronidase, N-acétyl-Beta-glucosaminidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. Utilisation du citrate positive. Sur API 50CH, acides produits sur D-galactose, D-glucose, D-fructose, D-mannose, L-rhamnose, inositol et D-mannitol. Sur API 20NE, caprate, adipate et citrate trisodique hydrolysés mais pas malate. Sur Biolog GN, oxydent dextrine, Tween 80, L-rhamnose, saccharose, monométhyl succinate, acétate, citrate, alpha-, Beta- et 7-hydroxybutyrate, alpha-cétoglutarate, succinate et L-glutamate. L’ubiquinone prédominante est Q-10. Les lipides polaires majeurs sont le phosphatidylglycérol, des phospholipides, un aminolipide et un lipide non identifiés. Croissance optimale à 28°C (4-45°C) et pH 7 (6-9). Légèrement halophiles, ions Na+ requis pour la croissance (5-110 g/l NaCl). ADN : 60 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer en Chine, Huaishuia halophila.

Hwanghaeicola (L. Hwanghaeum, Hwanghae, nom coréen de la Mer Jaune en Corée; L .-cola (de L. incola) habitant)

Coques (0,8-1,2 microns de diamètre), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie rose pâle, convexe, ronde avec bords entiers. Aérobies stricts, chimio-hétérotrophes halotolérants modérés. Oxydase et catalase positives. Nitrate ni nitrite réduits. Hydrolysent urée, esculine et gélatine. ONPG, indole, tryptophane desaminase et test de Voges-Proskauer sont positifs. H2S n’est pas produit et citrate non utilisé (API 20E kit). Négatifs pour l’assimilation de l’arabinose, D-mannose, D-glucose, maltose, D-mannitol, malate, gluconate, N-acétylglucosamine, caprate, adipate, citrate trisodique et phénylacétate (API 20NE). Activités alcaline phosphatase, estérase (C4), estérase lipase (C8) et leucine arylamidase présentes, mais pas trypsine, A-galactosidase, B-galactosidase, A-glucosidase, B-glucosidase, N-acétyl-B glucosaminidase, A-mannosidase et A-fucosidase. Seule quinone isoprénoïde détectée : ubiquinone-10 (Q-10). Résistants à streptomycine, gentamicine, kanamycine, ampicilline, oleandomycine, lincomycine, tétracycline et carbenicilline. Sensibles à pénicilline G, chloramphénicol et novobiocine. Pas de croissance sur milieu avec NaCl comme seul sel mais exigent des ions Na+ et Mg2+. Croissance optimale à 25-30°C (15-35°C), pH 6,5-7,5 (6,0-8,0) et 20-30 g/l NaCI (15-60 g/l). ADN : 61.0 mol % G+C (HPLC). Une seule espèce isolée sur une côte de Corée du sud, Hwanghaeicola aestuarii.

Jannaschia (Holger W. Jannasch, microbiologiste allemand)

Bâtonnets irréguliers (0,7-1,1 x 1,9-3,2 microns), formant des chaînes, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Présence d’inclusions blanches. Colonie petite, blanchâtre, brillante. Aérobies stricts, oxydase faiblement positive, catalase positive. Utilisent des sucres et des acides organiques. La quinone dominante est l’ubiquinone Q-10. Les lipides polaires majeurs sont le phosphatidylglycérol, le diphosphatidylglycérol, la phosphatidylcholine, la phosphatidyléthanolamine et un aminolipide. Croissance optimale à 25-30°C, pH 7-8 et 10-70 g/l NaCl. Nitrate non réduit. ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce marine isolée, Jannaschia helgolandensis.

Jhaorihella (Jhaorih, ou « soleil du matin » en chinois, le nom d’une source chaude côtière sur une petite île volcanique, l’île verte, sur l’Océan Pacifique, côte est de Taïwan)

Bâtonnets irréguliers (1,0-1,2 x 2,0-5,0 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Accumulent des granules de poly-hydroxybutyrate aux pôles. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Nitrate non réduit en nitrite. Acide non produit sur D-glucose, D-xylose, L-arabinose, D-galactose, D-sorbitol, myo-inositol, D-ribose, D-mannitol ni L-rhamnose. Utilisent D-mannitol, D-mannose, mélibiose, pyruvate méthyl ester, succinate monométhyl ester, formate, alpha-hydroxybutyrate, beta-hydroxybutyrate, gamma-cétoglutarate, DL-lactate, succinamate, D-alanine, L-alanine, L-proline, gamma-aminobutyrate et 2,3-butanediol. Tests positifs pour l’utilisation du citrate, acétoine et cytochrome oxydase. Les lipides polaires prédominants sont la phosphatidylcholine, le phosphatidylglycérol et la phosphatidyléthanolamine. De faibles quantités de diphosphatidylglycérol, six phospholipides non identifiés, trois aminolipides et des traces d’un glycolipide sont également présentes. La lipoquinone respiratoire est l’ubiquinone (Q-10). Requièrent obligatoirement de l’eau de mer naturelle ou artificielle. Croissance optimale à 37-45°C (25-55°C), pH 8 (5-9) et 30-40 g/l NaCl (20-60 g/l). ADN : 65 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude côtière de Taïwan, Jhaorihella thermophila.

Ketogulonigenium

Cellules ovoïdes à bâtonnets (0,8-1,3 x 0,5-0,7 microns), isolées, en paires ou en courtes chaînes. Parfois cellules allongées (jusqu’à 30 microns). Mobiles ou non. Colonie brune, circulaire, lisse, entière, convexe, 1-2 mm de diamètre. Oxydase et catalase positives. Gram négatif. Anaérobies facultatifs. Croissance optimale à 27-31 °C, pH 7,2-8,5 et NaCl 6-23 g/l. Chimio-organotrophes utilisant de nombreux sucres. ADN : 52-54 mol % G+C. Deux espèces isolées du sol, dont Ketogulonigenium vulgare.

Labrenzia (Matthias Labrenz, microbiologiste marin allemand)

Bâtonnets (0,5-0,7 x 0,9-3 microns), mobiles par un à plusieurs flagelles subpolaires, Gram négatif. S'agrègent en étoile. Présence de faible quantité de bchl a.  Colonie blanche, crème à rose pâle, transparente, lisse, à bord entier. Aérobies stricts ou anaérobies non fermentaires chimio-organotrophes, modérés halophiles. Peuvent réduire le nitrate en nitrite ou azote. Quinone majeure Q-10. Croissance optimale à 26°C (15-34°C), pH 7-8,5 (6-9,2) et entre 10-100 g/l NaCl. ADN : 56-60 mol % G+C. Quatre espèces marines, dont Labrenzia alexandrii.

Leisingera (Thomas Leisinger, microbiologiste américain)

Bâtonnets (0,4-0,5 x 1,1-1,4 microns), isolés ou en paires, mobiles, Gram négatif. Pléomorphisme sur extrait de levure ou glycine-bétaïne, avec formes larges et allongées (2-10 microns). Colonie non pigmentée, lisse, à bord entier, 2-3 mm de diamètre. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives, modérés halophiles. Gamme de substrats restreinte et limitée à des substrats méthylés comme les méthyl halides, le diméthyl sulfure et les groupements méthyl de la méthionine et de la glycine bétaïne. Croissance sur extrait de levure, Casamino acides et bouillon marin. Croissance optimale à 27°C, pH 7,7 et plus de 10 g/l NaCl. ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’étangs côtiers marins, Leisingera methylohalidivorans.

Lentibacter (L. lentus, lent ; L. bacter, un bâtonnet)

Cellules ovoïdes à bâtonnets irréguliers et courts (0,8-1,0 x 1,0-3,0 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Les cellules ne contiennent pas de Bchl a. PHB accumulé. Colonie incolore, ronde, 0,2-1,0 mm de diamètre, régulière, convexe et lisse. Croissance sur milieu NA mais pas sur TSA. Pas de pigment diffusible produit dans le milieu. Aérobies, oxydase et catalase positives. N’oxydent pas le sulfite en sulfate. Nitrate réduit en nitrite. L’hydrolyse du Tween 80 dépend de la souche (positive pour la souche type). Gélatine, agar, amidon, caséine et alginate non hydrolysés. Sur API 20E, positifs pour beta-galactosidase mais négatifs pour arginine dihydrogénase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase et tryptophane desaminase; citrate utilisé. H2S et indole non produits; uréase et test de Voges-Proskauer dépendent de la souche (positifs pour la souche type). Acide produit sur D-glucose, D-mannitol et saccharose mais pas sur inositol, D-sorbitol, L-rhamnose, mélibiose, amygdaline ni L-arabinose. Sur API 20NE, citrate ferrique d’esculine dégradé; D-glucose oxydé; N-acétylglucosamine, gluconate de potassium, caprate, adipate, malate, citrate trisodique et phénylacétate non utilisés; maltose faiblement utilisé; l’oxydation du D-mannitol, L-arabinose et D-mannose dépend de la souche (positifs pour la souche type). Sur API ZYM, phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), Ieucine arylamidase, phosphatase acide et naphthol-AS-Bl-phosphohydrolase positifs; lipase (C14), valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, alpha-chymotrypsine, alpha-galactosidase, Beta-glucosidase, Beta-glucuronidase, alpha-glucosidase, Beta-N-acétylglucosaminidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase négatifs. Sur API 50CH, glycérol, D-xylose, arbutine, citrate ferrique d’esculine, cellobiose, saccharose, mélézitose, turanose, gluconate, 2-cétogluconate et 5-cétogluconate oxydés; D-galactose, D-fructose, maltose, amygdaline, glycogène, gentiobiose et n-lyxose faiblement oxydés. Sur Biolog, glycogène, Tween 40, Tween 80, L-arabinose, cellobiose, alpha-D-glucose, D-mannose, saccharose, turanose, citrate, formate, alpha-hydroxybutyrate, Beta-hydroxybutyrate, alpha-cétovalérate, DL-lactate, L-phénylalanine et glycérol oxydés; D-fructose, D-galactose, gentiobiose, maltose, succinate, monométhyl ester et L-alaninamide faiblement oxydés. Lipides polaires : phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylcholine, un lipide simple et un aminolipide inconnu. La quinone respiratoire prédominante est Q-10. Sensibles à vancomycine, érythromycine, ampicilline et carbénicilline et faiblement à benzylpénicilline. Résistants à polymyxine B, gentamicine, kanamycine, tétracycline, néomycine et oxacilline. Croissance très lente et avec un écart de températures très étroit (22-28°C), un pH de 2,0-9,0 et avec 30-90 g/l NaCl. ADN : 54,6 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer en Chine durant un bloom massif de l’algue verte Enteromorpha prolifera, Lentibacter algarum.

Litoreibacter (L. litoreus, du littoral marin; L. bacter, bâtonnet).

Bâtonnets élargis à un pôle par division par bourgeonnement (0,4–0,6 x 1,8–2,0 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie blanchâtre, lisse, luisante, régulière, de 2–3 mm de diamètre sur mimieu MA. Un pigment diffusible jaunâtre-violet est observé à 35°C. Bchl a non produite. Sur milieu à la L-tyrosine, il n’y a pas de production de pigments de type mélanine. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives, chimio-organohétérotrophes. Les ions sodium sont essentiels pour la croissance. Pas de production d’acide sur D-glucose, maltose, saccharose, lactose, D-galactose, D-mannose, cellobiose, D-xylose, L-arabinose, L-rhamnose, D-sorbitol ou D-mannitol. Sur API 20NE, positifs pour beta-galactosidase (test PNPG) mais négatifs pour la réduction du nitrate, la production d’indole, l’acidification du glucose en anaérobiose, l’hydrolyse de la gélatine, l’arginine dihydrolase, l’uréase et l’assimilation du D-glucose, L-arabinose, D-mannose, D-mannitol, N-acétylglucosamine, maltose, D-gluconate, caprate, adipate, L-malate, citrate et phénylacétate. La quinone isoprénoïde prédominante est Q-10. Les lipides polaires comprennent la phosphatidylcholine, la phosphatidyléthanolamine, le phosphatidylglycérol, le diphosphatidylglycérol, des aminophospholipides et des lipides inconnus. Croissance sur milieu de base avec NaCl seul sans aucun autre sel de mer MgCl2, KCl, CaCl2, NaNO3, K2HPO4, KCl, NaSO4, NaHCO3, NaF et FeSO4. Psychrotolérants; croissance optimale à 24–28°C (4–37°C), pH 7,0–8,5 (6,0–10,0) et 20–30 g/l NaCl (5–80 g/l). Deux espèces dont Litoreibacter albidus isolée d’un tissu interne de l’escargot de sable marin Umbonium costatum de la Mer du Japon en Russie.

Litorimicrobium (L. litusoris, plage; L. microbium, microbe)

Bâtonnets ovoïdes (0,8-1,2 x 1,2-1,8 microns ), non mobiles, Gram négatif. Colonie blanc crémeuse, convexe, ronde, entière. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Nitrate réduit en nitrite. Esculine et urée hydroiysées. Gélatine non hydrolysée. Négatifs pour l ’assimiiation du D-glucose, L-arabinose, D-mannose, maltose, D-mannitol, malate, gluconate, N-acétylglucosamine, caprate, adipate, citrate trisodique et phénylacétate (API 20 NE). Positifs pour estérase (C4), estérase lipase (C8), Ieucine arylamidase, valine arylamidase et phosphatase acide mais négatifs pour alpha-chymotrypsine, alpha-glucosidase, Beta-glucuronidase, N-acétyl-Beta-glucosaminidase, D-mannose et alpha-fucosidase (API ZYM). La quinone isoprénoïde détectée est la Q-10. Lipides polaires majeurs : PG, DPG, PC et un AL, un PL et un L non identifiés. Résistent à polymlxine B, gentamicine, kanamycine, novobiocine, oléandomycine, lincomycine, ampicilline, tétracycline et carbénicilline mais sensibles à streptomycine, pénicilline G et chloramphénicol. Croissance optimale à 25-30°C (15-35°C) et pH 6,5-7,5 (6-8). ADN : 62 mol % G+C (HPLC). Une seule espèce isolée d’une plage de Corée, Litorimicrobium taeanense.

Loktanella

Bâtonnets courts (< 1 x 3-4 microns), souvent en paires ou courtes chaînes, non mobiles, non sporulés. Gram négatif. Colonie rose à beige, convexe et translucide. Aérobies stricts, chimio-hétérotrophes, halotolérants modérés. Catalase négative, oxydase et b-galactosidase positives. Croissance sur Nutrient agar ou Trypticase/soja agar négative. Hydrolysent l’esculine et le Tween 80. Croissance optimale à 25°C (5-37°C) et avec 0 à 100 g/l de NaCl. ADN : 59-66 mol % G+C. Trois espèces isolées de lacs antarctiques, dont Loktanella salsilacus.

Lutimaribacter (L. lutum, boue ; L. maris, de la mer)

Bâtonnets (0,4-0,8 x 1-10 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, lisse, légèrement convexe, luisante, jaune pâle, de 1-1,5 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Utilisent D-mannose et faiblement le citrate. Hydrolysent les Tweens. Lipoquinone respiratoire majeure Q10. Lipides polaires majeurs : phosphatidylcholine, phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, un aminolipide inconnu et deux phospholipides non identifiés. Halophiles modérés. Croissance entre 10-45°C, pH 5,5-8 et avec 110 g/l NaCl. ADN : 64 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment de la Mer Jaune, Corée, Lutimaribacter saemankumensis.

Mameliella

Bâtonnets (0,7-0,9 x 2-3,2 microns), non mobiles, Gram négatif, se multipliant par fission binaire. Accumulent des granules de poly-B-hydroxybutyrate. Colonie lisse, convexe, opaque, blanche, de 0,5-1,5 mm de diamètre. Aérobies strictes, oxydase et catalase positives. Production d’acide sur quelques sucres. Uréase, amylase et gélatinase négatives ainsi que production d’indole. Nitrate réduit en nitrite. Ubiquinone respiratoire prédominante Q-10. Croissance optimale à 25°C (10-30°C), pH 8 (6-9) et 10-20 g/l NaCl (10-100 g/l). ADN : 64 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer du Sud en Chine, Mameliella alba.

Maribius (L. mare, la mer; G. bios, vie)

Bâtonnets (0,7-1,4 x 1-4,5 microns) non mobiles, Gram négatif, non sporulés. Colonie circulaire, beige, opaque, convexe, entière. Accumulent du PHB. Aérobies Chimio-organotrophes halophiles modérés. Oxydase et catalase positives. Utilisent les sucres et quelques acides organiques et aminés comme source de carbone et d’énergie. Production d’acide sur sucres variable.  Hydrolysent amidon, urée, esculine et Tween 80. Quinone isoprénoïde prédominante UQ-10. Croissance entre 10 et 35 °C (opt. 30-35 °C), pH 7-8 et 10-100 g/l de sels de mer. ADN : 67-70 mol % G+C. Deux espèces marines, dont Maribius salinus isolée d'un marais salant en Corée.

Marinovum (L. ovum, un œuf)

Bâtonnets parfois ovoïdes (0,6-0,9 x 1-2 microns), mobiles par des flagelles subpolaires, Gram négatif. Aérobies hétérotrophes. Oxydase et catalase positifs. Quinone isoprénoïde prédominante Q-10. Lipides polaires majeurs : phosphatidyl-glycérol, phosphatidyl-choline, phosphatidyl-éthanolamine, un phospholipide inconnu, un lipide inconnu et un aminolipide. Une seule espèce reclassée du genre Roseobacter, Marinovum algicola(ex Roseobacter algicola, ex Ruegeria algicola).

Maritimibacter (L. maritimus, de la mer)

Bâtonnets (0,7-0,9 x 1,4-2,5 microns) non mobiles, Gram négatif, non sporulés. Colonie circulaire, lisse, convexe, opaque, beige, de 0,8-1,3 mm de diamètre. Aérobies halophiles modérés. Chimio-hétérotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent surtout les acides organiques comme source de carbone et d’énergie. Produisent de l’acide sur glucose. Hydrolysent l'urée. Quinone Q-10. Lipides polaires: phosphatidylcholine, phosphatidyléthanolamine et phosphatidylglycérol. Croissance optimale à 30°C (16-37°C), pH 10 (4-12) et 25-30 g/l de NaCl (5-75 g/l). ADN : 62 mol % G+C. Une seule espèce marine de la Mer des Sargasses, Maritimibacter alkaliphilus.

Marivita (L. mare, la mer ; L. vita, vie)

Bâtonnets (0,3-1,2 x 1,0-3,5 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Présence de granules de PHB. Colonie crème, de 1 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent divers sucres comme sources de carbone. Nitrate non réduit. Lipides polaires : DPG, PG, PC, PE, un lipide et un aminolipide inconnus. Quinone respiratoire Q-10. Faiblement halophiles. Croissance optimale à 30°C (15-35°C), pH 7-9 (6-10) et 30-50 g/l sels de mer (10-100 g/l). ADN : 59-61 mol % G+C. Deux espèces isolées d’habitats marins en Corée, dont Marivita cryptomonadis.

Methylarcula

Bâtonnets (0,5-0,8 x 0,8-2 microns) non mobiles, Gram négatif, non sporulé. Aérobies halophiles modérés. Accumulent du PHB et de l’ectoïne comme osmorégulateur. Prototrophes. Oxydase positive, catalase négative. Croissance entre 10 et 42 °C (opt. 29-32 °C), pH 5-10,5 (opt. 7,5-8,5) et NaCl 0,5-140 g/l (opt. 30-80 g/l). Utilise méthylamine, sucres et quelques acides organiques comme source de carbone et d’énergie. Produisent de l’acide sur sucres. Chimio-organotrophes et méthylotrophes facultatifs (voie de la sérine). ADN : 57-61 mol % G+C. Deux espèces marines, dont Methylarcula marina.

Nautella (L. nauta, marin)

Bâtonnets (0,7-0,11 x 1,5-2,1 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Inclusions de granules de PHB. Colonie, circulaire, lisse, convexe, beige, entière, de 1-2 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives. Nitrate non réduit. Croissance sur malt-agar seulement. Hydrolysent esculine et Tweens 80. Halophiles modérés. Croissance optimale à 20-28°C (4-45°C), pH 6,5-8 (5,5-9) et 20-30 g/l NaCl (10-50 g/l). ADN : 60-62 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un biofilm électroactif marin sur une cathode en acier en Italie, Nautella italica.

Nereida (L. nereis, néréide, nymphe marine)

Bâtonnets ou coques (0,2-0,3 x 1-3 microns), en forme de larme, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Bourgeonnement polaire. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent glucose, maltose et mannose et quelques acides aminés et organiques. Faiblement halophiles, exigeant de l’eau de mer. Croissance entre 13 et 28°C, avec 13,6 g/l de sels de mer (<90 g/l). ADN : 56 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer Méditerranée, Nereida ignava.

Nesiotobacter (G. nesiotes, ilien, insulaire)

Bâtonnets (0,4-0,6 x 1,2-4 microns), mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, beige, translucide, plate à légèrement élevée, entière, lisse, luisante, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent quelques sucres avec production d’acides. Dénitrifiants. Halophiles. Croissance à 45°C mais pas à 50°C avec jusqu’à 175 g/l de NaCl. ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lagon hypersalé d’Hawaï, Nesiotobacter exalbescens.

Oceanibulbus (L. oceanus, l’océan ; L. bulbus, bulbe)

Bâtonnets irréguliers (1,8-2,5 x 3-5 microns), avec une tendance à former des extrémités légèrement renflées, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Présence de PHB. Aérobies stricts, catalase positive et oxydase faiblement positive. Colonie petite, blanchâtre, luisante. Utilisent glucose et quelques acides aminés et organiques. Quinone majeure ubiquinone-10 (Q10). Lipides polaires majeurs : phosphatidyl glycérol, diphosphatidyl glycérol, phosphatidyl choline, phosphatidyl éthanolamine et un amino lipide. Croissance optimale entre 25 et 30°C, à pH 7 à 8 et avec 10 à 70 g/l de NaCl. ADN : 60 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer du Nord, Oceanibulbus indolifex.

Oceanicola (L. oceanus, l’océan ; L. suffixe -cola, habitant)

Bâtonnets courts (0,7-2,1 microns de large et 0,4-1 microns de long), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Accumulent du PHB. Colonie circulaire, convexe, opaque, de 0,5-1,5 mm de diamètre. Aérobies à microaérotolérants,  chimio-hétrotrophes, oxydase positive, catalase et uréase variables. Utilisent le glycogène, certains sucres, acides aminés et organiques. Croissance optimale à 28-30°C (4-40°C), à pH 7,5-8 (5,5-9,5) et 2,5-100 g/l de NaCl. ADN : 67-72 mol % G+C. Deux espèces isolées de la Mer des Sargasses, dont Oceanicola granulosus.

Octadecabacter

Bâtonnets pléomorphes (0,6-0,8 x 2,4-4 microns) non mobiles, Gram négatif. Aérobies ou microaérophiles. Psychrophiles, croissance à pH 6,5-8,5 jusqu’à 4 °C et NaCl 17-70 g/l. Catalase positive, oxydase négative. Hétérotrophes utilisant quelques acide aminés en présence d’extrait de levure. ADN : 56-57 mol % G+C. Tirent leur nom de la présence d’acides gras en C18 (acide octadécanoïque). Deux espèces isolées de glace et eau de mer de l’Arctique et de l’Antarctique, dont Octadecabacter arcticus.

Pacificibacter (L. (oceanus) pacificus, l’Océan Pacifique)

Bâtonnets élargis à un pôle dus à la division par bourgeonnement (0,4-0,6 x 1,8-2,0 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie blanchâtre, translucide, lise, luisante, entière, de 2-3 mm de diamètre. Bactériochlorophylle alpha non produite. Aérobies stricts chimio-organohétérotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent D-glucose, maltose, cellobiose, L-tyrosine, citrate, acétate, fumarate et malate comme source de carbone et d’énergie. Négatifs pour la réduction du nitrate, la production d’H2S, l’hydrolyse de la caséine, gélatine, ADN, chitine et Tween 80. Positifs pour l’hydrolyse des Tweens 40 et 20 et de la L-tyrosine. Pas de production d’acide sur D-glucose, maltose, D-galactose, lactose, D-mannose, cellobiose, D-xylose, L-arabinose, L-rhamnose, mélibiose, D-ribose, fructose, L-sorbose, raffinose, N-acétylglucosamine, glycérol, D-myo-inositol ou D-mannitol. Sur kit API 20NE, positifs pour PNPG (Beta-galactosidase) et hydroIyse de l’esculine, mais négatifs pour la réduction du nitrate, la production d’indole, l’acidification du glucose en anaérobiose, l’hydrolyse de la gélatine, l’arginine dihydrolase, l’uréase et l’assimilation du D-glucose, L-arabinose, D-mannose, D-mannitol, N- acétylglucosamine, maltose, D-gluconate, caprate, adipate, L-malate, citrate et phénylacétate. Le kit API 32GN donne des résultats positifs pour l’assimilation de l’inositol, lactate, mélibiose et L-proline, mais négatifs pour l’assimiiation du L-rhamnose, N-acétylglucosamine, L-ribose, saccharose, maltose, itaconate, subérate, malonate, acétate, L-alanine, 5-cétogluconate, glycogène, 3-hydroxybenzoate, L-sérine, D-mannitol, D-glucose, salicine, L-fucose, D-sorbitol, L-arabinose, propionate, caprate, valerate, citrate trisodique, L-histidine, 2-cétogluconate, 3-hydroxybutyrate et 4-hydroxybenzoate. Tests API ZYM positifs pour phosphatase alcaline, estérase(C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, phosphatase acide et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase. Tests négatifs pour lipase (C14), valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, chymotrypsine, N- acétyl-Beta-glucosaminidase, alpha-glucosidase, alpha-galactosidase, Beta-galactosidase, Beta-glucuronidase, Beta-glucosidase, alpha-mannosidase et alpha-fucosidase. La quinone isoprénoïde prédominante est la Q-10. Les lipides polaires comprennent la phosphatidylcholine, le phosphatidylglycérol, le diphosphatidylglycérol et des lipides inconnus. Sensibles à (par disque): ampicilline (10 microg), benzylpénicilline (10 U), carbénicilline (100 microg), gentamicine (10 microg), rifampicine (5 microg), streptomycine (30 microg), vancomycine (30 microg), nalidixique acide (30 microg), ofloxacine (5 microg), oxacilline (10 microg), néomycine (30 microg), kanamycine (30 microg), oleandomycine (15 microg), érythromycine (15 microg), cephazoline (30 microg), cephalexine (30 microg), tétracycline (30 microg) et
chloramphénicol (30 microg). Résistent à lincomycine (15 microg) et polyrnyxine (300 U). Croissance optimale à 25-30°C (2-36°C), pH 6,5-8,5 (5,5-9,5) et 20-30 g/l NaCl (5-60 g/l). ADN : 53 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’environnements marins, Pacificibacter maritimus.

Palleronia (Norberto Palleroni, microbiologiste américain)

Bâtonnets courts (0,75-1 x 2-2,5 microns), non mobiles, non sporulés, capsulés, Gram négatif. Présence de PHA. Colonie rose, circulaire, convexe, mucoïde. Aérobies stricts, chimio-organotrophes. Oxydase négative et catalase positive. Pas de production d’acide sur sucres. Versatilité biochimique et nutritionnelle faible. Hydrolysent le Tween 20. Produisent H2S sur cystéine. Réduisent le sélénite et produisent la phosphatase. Halophiles modérés exigeant des ions Na+, Mg2+ et K+. Croissance entre 20-37°C, pH 5-10 et 5-150 g/l de sels de mer (opt. 50 g/l). ADN : 64 mol % G+C. Une seule espèce, Palleronia marisminoris, isolée d’un sol hypersalin en bordure d’un marais salant espagnol.

Pannonibacter (L. Pannonia, province romaine de Hongrie)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,3-0,6 x 2-4 microns), mobiles par flagelles polaires, non sporulés, Gram négatif. Présence de PHA. Colonie jaunâtre à beige, de 2-4 mm de diamètre, circulaire, lisse, convexe, bord entier. Anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes. Oxydase et catalase positives. Le glucose est fermenté avec production d’acide mais sans production de gaz. Oxydent les sucres, les acides organiques et aminés. Nitrate dénitrifié en azote. Quinone respiratoire majeure Q-10. Hydrolysent l’arginine, l’urée et le phosphate et utilisent le citrate. Croissance optimale à 22-28°C (10-37°C), pH 9-10 (7-11) et jusqu’à 50 g/l de NaCl. ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce, Pannonibacter phragmitetus, isolée de la surface de rhizomes de roseau en Hongrie.

Paracoccus (G. para, comme)

Coques (0,5 à 0,9 microns de diamètre) ou coccobacilles (0,9 à 1,2 microns de long) isolés, en paires ou en amas. Présence de granules de PHB intracellulaires. Non mobiles. Aérobies et dénitrifiants. Une espèce autotrophe sur H2+CO2 ou hétérotrophe avec un large spectre de substrats carbonés. Une espèce halophile. Oxydase et catalase positives. Se rencontrent dans le sol et les saumures artificielles. Méthylotrophes facultatifs capables d'utiliser méthanol et formate. ADN : 64-67 mol % G+C. Treize espèces, dont l’espèce type Paracoccus denitrificans.

Pelagibaca (L. pelagus, océan ; L. baca, baie, olive)

Cellules de forme ovale (0,6-1,1 x 1,2-2,3 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, crème, butyreuse, de 1,2-2,5 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs, chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Dénitrifiantes (NO3- ---> N2). Utilisent de nombreux composés carbonés avec production d’acide sur glucose. Hydrolysent l’urée, l’esculine et la gélatine. Sensibles à ampicilline (10 mg), carbénicilline (25 mg), rifampicine (50 mg), chloramphenicol (25 mg), acide nalidixique (25 mg), tétracycline (30 mg), gentamicine (10 mg), benzylpénicilline G (100 U), érythtomycine (15 mg) et puromycine (25 mg), résistants à vancomycine (30 mg), kanamycine (30 mg) et cycloheximide (50 mg). Ubiquinone majeure Q-10.  Faiblement halophiles. Croissance optimale à 30-33°C (10-40°C), pH 8,5 (5-10,5) et 30 g/l NaCl (2,5-150 g/l). ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer des Sargasses, Pelagibaca bermudensis.

Pelagicola (L. pelagus, océan ; L. incola, habitant)

Bâtonnets en forme de club, de 0,5-1,4 x 1,1-7,0 microns en phase exponentielle, isolés, en paires ou groupes de trois, non mobiles, Gram négatif. Dans des cultures âgées d'un mois, coques de 1-1,4 microns de diamètre ou bâtonnets courts de 0,5-0,9 x 1,2-1,8 microns. N'accumulent pas de PHB. Absence de bactériochlorophylle a. Colonie circulaire, convexe, crème, jusqu'à 0,7 mm de diamètre. Aérobies chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives, utilisent acétate, bétaïne, glucose, L-lysine, peptone, L-proline, sérine et Tween 80 . Hydrolysent amidon et Tween 80. Ubiquinone majeure Q-10. Lipides polaires majeurs:phosphatidylcholine, phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine,un aminolipide et trois lipides inconnus. Croissance optimale à25°C (20-30°C), pH 7 (6-8) et 30-40 g/l sels de mer (20-60 g/l). ADN : 47 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'eau de mer en Corée, Pelagicola litoralis.

Phaeobacter (G. phaeos, sombre, brun)

Bâtonnets ovoïdes (0,6-0,8 x 1,4-1,9 microns), mobiles par flagelles polaires, tendant à s'agréger en milieu liquide, Gram négatif. Colonie circulaire lisse, convexe, entière, brun sombre, jusqu'à 0,8 mm de diamètre. Aérobies chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives, utilisent de nombreux sucres, acides organiques et aminés. Prototrophes. Ubiquinone majeure Q-10. Lipides polaires majeurs: phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylcholine, un aminolipide et deux lipides inconnus. Les cellules produisent l'antibiotique acide Tropodithietique en phase exponentielle. Sensibles à pénicilline G, sulfate de streptomycine et chloramphénicol. Croissance optimale entre 27-29°C (4-36°C), pH 7,5 (6-9,5) et 30-40 g/l NaCl (0,6-<90 g/l). ADN : 56 mol % G+C. Deux espèces isolée d'eau de mer, dont Phaeobacter gallaeciensis et une espèce reclassée du genre Roseobacter.

Piezobacter (G. piezo, presser; L. bacter, bâtonnet)

Bâtonnets ovales (0,6-0,7 x 1,0-1,5 microns). Anaérobies facultatifs. Chimio-lithoautotrophes facultatifs strictement piézophiles. Capables d’utiliser H2 ou les composés réduits du soufre (soufre élémentaire, thiosulfate, cystéine-HCl, tétrathionate et sulfite) comme donneurs d’électrons et le nitrate ou l’oxygène moléculaire comme accepteur d’électrons. Le thiosulfate est oxydé en sulfate et le nitrate est réduit en N2O (dénitrifiants). Capables d’une croissance organotrophe avec extrait de levure, tryptone, acétate et pyruvate. Nitrate, ammonium ou azote moléculaire sont utilisés comme seule source d’azote. Thermophiles et neutrophiles. NaCl absolument requis pour la croissance. Croissance optimale à 50°C (30-55°C), pH 6,5-7,0 (5,5-7,5) et 20 g/l NaCl (12-54 g/l). ADN : 66 mol % G+C (HPLC). Une seule espèce isolée d’un fumeur noir, Piezobacter thermophilus.

Planktotalea

 

Pontibaca (L. pontus, la mer; L. baca, une baie, plus spécialement une olive)

Bâtonnets ovales (0,7-1,3 x 0,9-1,6 microns ), non mobiles, Gram négatif. Bactériochlorophylle a non produite. Colonie circulaire, convexe et blanc crémeux. Anaérobies facultatifs. Catalase et oxydase positives. Nitrate et nitrite réduits. Sur API 50 CH production d’acide sur amygdaline, L-arabinose, cellobiose, D-fucose, D-galactose, D-glucose, lactose, D-mannose, mélibiose, L-rhamnose, D-ribose et D- et L-xylose, mais pas sur N-acétylglucosamine, adonitol, L- or D-arabitol, arbutine, dulcitol, érythritol, D-fructose, L-fucose, gentiobiose, gluconate, glycérol, glycogène, myo-inositol, inuline, 2- ou 5-cétogluconate, D-xylose, maltose, D-mannitol, mélézitose, méthyl alpha-D- glucoside, méthyl alpha-D-mannoside, méthyl Beta-D-xyloside, raffinose, D-salicin, D-sorbitol, sorbose, amidon, saccharose, D-tagatose, tréhalose, turanose ou xylitol. Acetate, 3-hydroxybutyrate et L-sérine sont utilisés comme seule source de carbone. Triméthylamine, diméthylamine, méthylamine et tétraméthylammonium sont utilisés comme seule source de carbone en condition aérobie et anaérobie. Sur tests API ZYM, L-leucyl 2-naphthylamide et L-valyl 2-naphthylamide sont hydrolysés. Pas de croissance sur Mac Conkey agar. Indole et H2S non produits. Uréase produite, mais pas arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase et Beta-galactosidase. Esculine, caséine, gélatine et amidon non hydrolysés. Le test de Voges-Proskauer est positif. Lipides polaires majeurs : phosphatidylcholine et phosphatidylglycérol. La quinone respiratoire prédominante est l’ubiquinone Q-10. Faiblement halophiles. Croissance optimale à 30°C (15-37°C), pH 7-8 (6-10) et 20-30 g/l NaCl (5-100 g/l). ADN : 65-66 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment côtier de Corée, Pontibaca methylaminivorans.

Ponticoccus (L. pontus, la mer)

Bâtonnets à coccoïdes (0,5-0,8 x 0,8-1,2 microns), non mobiles, Gram négatif. Présence de granules de PHB. Colonie crème, jusqu'à 2 mm de diamètre. Aérobies chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives, utilisent des  sucres, acides organiques et aminés.  Hydrolysent gélatine et amidon. Nitrate réduit en nitrite. Ubiquinone majeure Q-10. Lipides polaires majeurs: phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylcholine, deux aminolipides et un lipide inconnus. Sensibles à ampicilline, chloramphénicol, érythromycine, gentamicine, kanamycine, pénicilline G, streptomycine, tétracycline et vancomycine. Résistants à acide nalidixique et polymyxine. Croissance optimale à 30°C (10-37°C), pH 7 (6-8) et 30-50 g/l sels de mer (10-150 g/l). Pas de croissance avec NaCl seul. ADN : 67,9 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'eau de mer côtière en Corée, Ponticoccus litoralis.

Poseidonocella (G. Poseidon, Dieu de la mer ; L. cella, une cellule)

Cellules ovoïdes (0,5-1,5 x 2,2-5,0 microns), élargies à un pôle dû à la division par bourgeonnement, non mobiles, Gram négatif. Colonie beige, luisante, régulière, de 2-3 mm de diamètre sur malt-Agar. Bchl a non produite. Aérobies stricts chimio-organohétérotrophes, oxydase et catalase positives. Négatifs pour l’hydrolyse de la caséine, gélatine et amidon et pour la production d’H2S. Positifs pour l’hydrolyse de la chitine (réaction lente), Tweens 20, 40 et 80. Sur Malt-Agar supplémenté avec L-tyrosine, production suivant l’espèce, de pigments de type mélanine et formation d’une zone transparente. Sur API 20NE, positifs pour PNPG et hydrolyse de l’esculine; négatifs pour la réduction du nitrate, la production d’indole, la fermentation du glucose, l’arginine dihydrolase, l’uréase et l’assimilation du D-glucose, L-arabinose, D-mannitol, N-acétylglucosamine, maltose, caprate, adipate, L-malate, citrate et phénylacétate. Sur API ZYM, positifs pour phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase. Positifs pour l’utilisation du raffinose, L-rhamnose, inositol, D-mannitol et malate comme source de carbone et d’énergie. La quinone isoprénoïde prédominante est Q-10. Lipides polaires : phosphatidylcholine, phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol, acide phosphatidique, un aminolipide inconnu et des lipides inconnus. Ions sodium essentiels pour la croissance. Croissance optimale à 25-30°C (5-42°C), pH 7,0-8,0 (4,0-9,5) et 20-40 g/l NaCl (5-80 g/l). ADN : 60,5-65,4 mol% G+C. Deux espèces isolées d’environments marins dont Poseidonocella pacifica.

Primorskyibacter (Primorsky Kray, une région extrême est de la Russie)

Bâtonnets élargis à un pôle (division par bourgeonnement) (1,2-1,5 x 2,5-3,5 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie blanchâtre, opaque, lisse et luisante, à bord régulier, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organohétérotrophes, oxydase et catalase positives. Négatifs pour l’hydrolyse de la caséine, gélatine, chitine et amidon et la production d’H2S. Positifs pour l’hydrolyse de l’ADN, Tweens 80, 40 et 20 et L-tyrosine. Sur milieu gélosé contenant de la L-tyrosine, production d’un pigment brun diffusible et d’une zone claire de lyse. Pas de production d’acide sur D-glucose, maltose, D-galactose, saccharose, lactose, D-mannose, cellobiose, L-xylose, L-arabinose, L-rhamnose, mélibiose, D-ribose, fructose, L-sorbose, ramnose, N-acétylglucosamine, glycérol, myo-inositol ou D-mannitol. Positifs pour le test PNPG et l’hydrolyse de l’esculine, négatifs pour la réduction du nitrate, la production d’indole, l’acidification du glucose en anaérobiose, l’arginine dihydrolase, l’uréase et l’assimilation du D-glucose, L-arabinose, D-mannose, D-mannitol, N-acétylglucosamine, maltose, D-gluconate, caprate, adipate, L-malate, citrate trisodique, phénylacétate, L-rhamnose, D-ribose, inositol, saccharose, maltose, itaconate, subérate, malonate, acétate, lactate, L-alanine, 5-cétogluconate, glycogène, 3-hydroxybenzoate, L-sérine, salicine, mélibiose, L-fucose, D-sorbitol, propionate, valérate, L-histidine, 2-cétogluconate, 3-hydroxybutyrate, 4-hydroxybenzoate et L-proline. Positifs pour la phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, phosphatase acide, alpha-glucosidase. Quinone isoprénoïde prédominante Q-10. Lipides polaires : phosphatidylcholine, phosphatidyléthanolamine, phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol et un lipide inconnu. Ions sodium essentiels pour la croissance. Croissance optimale à 25-30°C (4-39°C), pH 7,5-8,5 (6,5-9,5), et 30-50 g/l NaCl (5-80 g/l). Croissance sur milieu de base avec NaCl seul sans aucun autre sel de mer comme MgCl2, KCl, CaCl2 et MgSO4. ADN : 60-62 mol% G+C (Tm). Une seule espèce isolée d’environnements marins comme la Mer du Japon en Russie, Primorskyibacter sedentarius.

Pseudorhodobacter

Bâtonnets (0,6-1,6 x 1-4 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, translucide, brune. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives. Produisent de l'acide sur sucres. Ubiquinone majeure Q-10. Croissance optimale avec 10 g/l NaCl (0-30 g/l). ADN : 58 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer Baltique, Pseudorhodobacter ferrugineus.

Pseudoruegeria (L. Ruegeria, nom de genre)

Bâtonnets (0,3-0,8 x 1-8 microns), Gram négatif. Colonie circulaire à faiblement irrégulière, élevée, lisse, jaune grisâtre, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies, utilisent fructose et malate. Produisent de l'acide sur sucres. Hydrolysent l’esculine et l'hypoxanthine. Ubiquinone majeure Q-10. Lipides polaires majeurs: phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine, un phospholipide inconnu et un glycolipide inconnu. Sensibles à ampicilline, carbénicilline, céphalothine, gentamicine, kanamycine, néomycine, novobiocine, oléandomycine, polymyxine B, streptomycine et tétracycline; résistants à lincomycine. Croissance entre 15-49°C (>10-<50°C), pH 7-8 (>5) et 80 g/l NaCl (>0-90 g/l). ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l'eau de mer d'une plage de Corée, Pseudoruegeria aquimaris.

Pseudovibrio

Bâtonnets droits à incurvés (0,6-0,8 x 2-4,5 microns), présentant parfois des formes en Y et V, mobiles par un à plusieurs flagelles latéraux ou subpolaires, Gram négatif. Colonie translucide, à bord entier. Anaérobies facultatifs, catalase et oxydase positives, halophiles. Dénitrifiantes (NO3- ---> N2) et fermentaires. Fermentent les sucres avec production d’acide sans gaz. Hydrolysent l’ADN, la gélatine et les lipides. Sensibles à ampicilline (10 mg), carbénicilline (100 mg), céphalothine (30 mg), chloramphenicol (30 mg), érythtomycine (15 mg), néomycine (30 mg), novobiocine (30 mg) et vancomycine (30 mg) ; résistants à clindamycine (2 mg), colistine (10 mg), gentamicine (10 mg), lincomycine (2 mg), pénicilline G (10 U), polymyxine B (300 U) et streptomycine (10 mg). Croissance optimale à 30°C (<42°C), pH 8 et 30 g/l NaCl (<80-100 g/l). ADN : 52 mol % G+C. Une seule espèce, Pseudovibrio denitrificans.

Rhodobaca

Coques à bâtonnets courts (0,8-1 x 0,8-1,5 microns), mobiles par un flagelle polaire. Gram négatif. Présence de membranes intracytoplasmiques de type vésicules, de bchl a et de caroténoïdes de la série des sphéroidènes. Photohétérotrophes à la lumière (coloration jaune-brun) et chimiotrophes aérobies à l’obscurité. Mésophiles (opt. 39 °C) et alcaliphiles (opt. pH 9 ; gamme 7,5-10) avec NaCl 10-30 g/l. Photo-organotrophie avec de nombreux composés carbonés. ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac sodé au Kenya, Rhodobaca bogoriensis.

Rhodothalassium

Une seule espèce, Rhodothalassium (ex Rhodospirillum) salexigens.

Rhodovulum

Cellules ovoïdes à bâtonnets courts (0,5-0,9 x 0,9-2 microns), mobiles par un flagelle polaire ou non mobile. Gram négatif. Présence de membranes intracytoplasmiques de type vésicules, de bchl a et de caroténoïdes de la série des sphéroidènes. Phototrophe anaérobie facultatif à la lumière (coloration jaune-vert) et aérobie à l’obscurité (coloration rose à rouge). Mésophile et halophile (0,5-7,5% NaCl). Photoorganotrophie avec de nombreux composés carbonés préférée pour la croissance. Photoautotrophie ou photohétérotrophie avec sulfure ou thiosulfate comme donneur d’électrons (-> sulfate). ADN: 62-69 mol % G+C. Six espèces marines ou isolées d’environnements hypersalés, dont Rhodovulum sulfidophilum.

Roseibaca (L. roseus, rose ; L. baca, baie)

Bâtonnets (0,8-1,2 x 1,2-4 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Multiplication par bourgeonnement. Souvent production d’un pédoncule. Tendance à former des rosettes. Présence de nombreuses fimbriae. PHB accumulé. Colonie à bords réguliers, convexe, rouge et blanc-rosâtre en périphérie, de 3 mm de diamètre. Production de bchl a. Aérobies chimio-hétérotrophes, catalase faiblement positive et oxydase positive. Exigent thiamine et vit B12. Quinone isoprénoïde Q-10. Phospholipides détectés : phosphatidylglycérol, diphosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine et phosphatidylcholine. Alcalitolérants. Croissance optimale à 16°C (10-30°C), pH 7-9,5 et 25 g/l NaCl (0-40 g/l). ADN : 61 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac antarctique, Roseibaca ekhonensis.

Roseibacterium (L. roseus, rose)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 1,6-10 microns), non mobiles, division par croissance monopolaire c’est-à-dire un processus de bourgeonnement apparent, Gram négatif. Production de pigments caroténoïdes roses et de Bchl a. Colonie circulaire, lisse, convexe, entière, luisante, opaque et rose. Aérobies stricts, chimio-hétérotrophes, oxydase et catalase positives. N’utilisent pas glucose, acétate, citrate, malate, pyruvate, succinate ni éthanol. Pas de production d’acide sur sucre. Hydrolysent la gélatine et l’urée. Réaction ONPG positive. Halophiles stricts modérés. Croissance optimale à 27-30°C, pH 7,5-8 et 5 à 75 g/l de NaCl. ADN : 68 mol % G+C. Une seule espèce isolée du sable d’une plage australienne, Roseibacterium elongatum.

Rhoseibium

Bâtonnets (0,5-0,8 x 1-4 microns), péritriches, Gram négatif. Aérobie chimioorganotrophe. Présence de bchl a. Colonie rose. Catalase et oxydase positives. Réduit le nitrate. Production d’acide sur sucres. Croissance optimale à 27-30°C, pH 7,5-8 et 0-10% NaCl. ADN: 58-63 mol % G+C. Deux espèces dont Roseibium denhamense.

Roseicitreum (L. roseus, rose; L. citreum, citron)

Cellules citriformes (0,5-0,8 x 1,0-2,0 microns ), non mobiles, Gram négatif. Les cellules contiennent de la bchla et du poly-beta-hydroxybutyrate. Présence de membranes intracytoplasmiques. Production de mucus. Colonie rose, convexe, circulaire, lisse, de 1-2 mm de diamètre après 3 jours d’incubation à 27°C. Après croissance aérobie prolongée à la lumière, les colonies deviennent rouges. Aérobies stricts hétérotrophes. Oxydase et catalase positives. Pas de croissance photo-autotrophe avec H2/CO2 ni photo-organotrophe avec acétate ou glutamate en anaérobiose. Production d’indole et réaction de Voges-Proskauer négatives, comme la réduction du nitrate et la production d’H2S. Positifs pour l’arginine dihydrolase, lysine décarboxylase, ornithine décarboxylase, uréase, alpha- et beta-galactosidase. Négatifs pour gélatinase, agarase, caséinase, amylase et lipase (Tween 80). Utilisent comme seule source de carbone et d’énergie L-arabinose, cellobiose, D-galactose, gentiobiose, D-glucose, maltose, D-mannose, L-rhamnose, D-ribose, saccharose, tréhaIose, turanose, D-xylose, D-mannitol, adipate, gluconate, malate, glycocolle, amygdaline, pyruvate, hydrolysat de caséine et extrait de levure. Acide produit sur L-rhamnose et L-arabinose mais pas sur D-glucose, mélibiose, saccharose, D-mannitol, inositol, D-sorbitol et amygdaline. La quinone respiratoire est la Q-10. Les lipides polaires présents sont le phosphatidylglycérol, la phosphatidyléthanolamine et la phosphatidylcholine. Halophiles modérés. Croissance optimale à 25-27°C (0-33°C), pH 7 (5-9,5) et 70-80 g/l NaCl (0-150 g/l). ADN : 63 mol % G+C (HPLC). Une seule espèce isolée d’un sédiment sableux intertidal côtier de la station chinoise antarctique Zhongshan, Roseicitreum antarcticum.

Roseicyclus (L. roseus, rose; L. cyclus, cycle)

Cellules ovoïdes à bâtonnets (0,6 x 2,6 microns), vibrions (0,6-0,7 x 2,7-3 microns) ou cycliques, non mobiles, produisant des zones de périplasme élargies aux pôles, division par constrictions symétriques ou assymétriques, Gram négatif. Production de pigments caroténoïdes roses à pourpres et de Bchl a. Aérobies stricts, chimio-hétérotrophes et photo-hétérotrophes facultatifs. Extrait de levure meilleur substrat pour la croisance. Utilisent également quelques sucres et acides organiques. Hydrolysent la gélatine et l’amidon et le Tween 60 suivant les souches. Halophiles stricts modérés. Croissance entre 4 et 37°C (opt. 30°C), pH 6-11 et 5 à 100 g/l de NaCl. ADN : 66 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac salé du Canada, Roseicyclus mahoneyensis.

Roseinatronobacter (L. roseus, rose; L. natron, soude)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 0,8-2,2 microns), isolés ou en paires, non mobiles, Gram négatif. Accumulent du PHB. Présence de bchl a et de caroténoïdes. Aérobies stricts hétérotrophes. Alcalophiles (pH 8,5-10,4, optimum 10). Mésophiles et halophiles modérés (NaCl 6-120 g/l, opt. 23-35 g/l). Utilisent les acides organiques simples, les alcools sucrés, le glucose et le fructose. Réduisent le nitrate en nitrite. Exigent l’extrait de levure pour la croissance (0,1 g/l). Oxydent le thiosulfate, le sulfite, le sulfure et le soufre en sulfate. Croissance lithohétérotrophe sur thiosulfate. ADN : 62 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac sodé en Sibérie, Roseinatronobacter thiooxidans.

Roseisalinus (L. roseus, rose; L. salinus, salé)

Bâtonnets (0,9-1 x 2,2-4,2 microns), mobiles, Gram négatif. Croissance monopolaire indiquant une multiplication par bourgeonnement. Formation de rosettes. Colonie circulaire, lisse, convexe, entière, rouge, de 2 mm de diamètre. Production de Bchl a. La paroi cellulaire contient de l’acide meso-diaminopimélique. Quinone respiratoire Q-10. Phospholipides majeurs : diphosphatidyl-glycérol, phosphatidyl-glycérol et phosphatidyl-choline. Aérobies à microaérophiles, chimio-hétérotrophes. Oxydase et catalase positives. Utilisent divers sucres et acides carboxyliques. Pas de production d’acide sur sucres. Prototrophes. Lipase présente. Nitrate faiblement assimilé en nitrite. Sensibles à la pénicilline G (10 U), le chloramphénicol (30 mg), la streptomycine (10 mg) et la polymixine B (300 U); résistants à la tetracycline (30 mg).  Halophiles stricts modérés. Croissance optimale entre 16-26°C (3-33,5°C), pH 7-7,8 (5,5-9,5) et 50-90 g/l de ASW (10-130 g/l ASW). Requièrent Na+ et Cl- mais NaCl ne peut pas remplacer ASW. ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac antarctique, Roseisalinus antarcticus.

Roseivivax

Bâtonnets (0,5-1 x 1-5 microns), mobiles par un flagelle subpolaire. Gram négatif. Colonie rose. Catalase et oxydase positives. Aérobies chimiohétérotrophes. Croissance optimale à 27-30 °C, pH 7,5-8 et NaCl 0-200 g/l. Production d’acide sur sucres. ADN : 60-64 mol % G+C. Deux espèces isolées de stromatolites d’un lac salé australien, dont Roseivivax halodurans.

Roseobacter

Bâtonnets parfois ovoïdes (0,6-0,9 x 1-2 microns), mobiles par des flagelles subpolaires, Gram négatif. Aérobies hétérotrophes. Oxydase et catalase positifs. Présence de bchl a. La croissance requiert des ions sodium, biotine, thiamine et acide nicotinique. Croissance optimale à 20-30°C et pH 7-8. Utilisent quelques acides organiques. ADN: 56-60 mol % G+C. Trois espèces marines dont Roseobacter litoralis. Une espèce dénitrifie le nitrate en N2O.

Roseovarius

Bâtonnets aux extrémités pointues se divisant par bourgeonnement, mobiles, non sporulés. Accumulent du PHB. Présence de bchl a. Croissance entre 3 et 43 °C, à pH 5,3-9 et NaCl 10 à 100 g/l. Aérobies stricts. Catalase et oxydase positives. ADN : 62-64 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un lac hypersalé d’Antartique, Roseovarius tolerans.

Rubellimicrobium (L. rubellus, rougeâtre)

Bâtonnets courts (0,6-0,8 x 2-4 microns), mobiles par 1 à 3 flagelles polaires, non sporulés, Gram négatif. Pigments caroténoïdes. Ne synthétisent pas la bchl a. Colonie translucide, circulaire, entière, convexe, lisse et rouge. Aérobies Chimio-hétérotrophes, oxydase et catalase (faiblement) positives. Utilisent de nombreux composés organiques. Pas de production d'acide sur sucres. Ubiquinone majeure Q-10. Thermophiles. Croissance entre 25-55°C. ADN : 69-70 mol % G+C. Une seule espèce isolée en Finlande, Rubellimicrobium thermophilum.

Rubribacterium (L. rubber -bra -brum, rouge)

Cellules ovales ou polymorphes (0,7 x 1,0–1,2 microns). Sous certaines conditions, les cellules polymorphes peuvent atteindre 3,0 microns. Division cellulaire par fission binaire, souvent irrégulièrement par constriction. Les cellules peuvent être mobiles par un flagelle polaire. Gram négatif. Des membranes photosynthétiques de type vésiculaire sont distribuées dans tout le volume cellulaire. Pigments photosynthétiques de Bactériochlorophylle a et caroténoïdes (spirilloxanthine et sphéroidène). Présence d’inclusions de poly-β- hydroxybutyrate. Anaérobies aérobies facultatifs photo-hétérotrophes. Ammonium utilisé comme source d’azote. Utilisent une grande variété de substrats organiques, comme les acides organiques, sucres et polypeptides. Utilisent glucose, fructose, saccharose, pyruvate, malate, hydrolysat de caséine, extrait de levure et soytone. Ribose, maltose, acétate, arabinose, glutamate, butyrate, citrate, succinate, lactate, propionate, fumarate, benzoate, tartrate, éthanol, méthanol, glycérol et mannitol non utilisés. Croissance aérobie à l’obscurité significativement meilleure que croissance anaérobie à la lumière. Nitrate réduit en nitrite. Mésophiles (optimum 20-35°C), faiblement halophiles avec un optimum à 10 g/l NaCl (5-40 g/l) et alcaliphiles (optimum pH 8,5–9,5). Pas de croissance à la neutralité. ADN : 70 mol % G+C. Une seule espèce, Rubribacterium polymorphum isolée d’un lac sodé de Sibérie.

Rubrimonas (L. ruber, rougeâtre)

Bâtonnets courts (1-1,5 x 1,2-2 microns), mobiles par flagelles polaires, Gram négatif. Colonie rose. Aérobies, oxydase et catalase positives. Chimiohétérotrophes. Synthétisent de la bchl a. Croissance optimale à 27-30 °C et pH 7,5-8. Croissance entre 5 et 75 g/l de NaCl. Réduisent le nitrate. Production d’acide sur sucres. ADN : 74-75 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l’eau d’un lac salé, Rubrimonas cliftonensis.

Ruegeria (Rueger, microbiologiste allemand)

Bâtonnets ou cellules ovoïdes (0,6-1,6 x 1-4 microns), mobiles par flagelles polaires ou non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Accumulent du PHB. Colonie circulaire, convexe, opaque, butyreuse, entière et beige. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Production d’acide sur sucres. Lipoquinone respiratoire Q-10. Lipides polaires : phosphatidyl-choline, phosphatidyl-éthanolamine, phosphatidyl-glycérol et trois ou quatre phospholipides non identifiés. Bactéries marines exigeant du sel pour leur croissance. Nitrate réduit en nitrite. ADN : 55-68 mol % G+C. Trois espèces, dont Ruegeria atlantica.

Sagittula

Bâtonnets (0,9 x 2,3 microns) avec un crampon et de nombreuses vésicules à la surface, dérivées de la membrane externe. Formation de rosettes et d’agrégats. Présence d’une capsule en milieu liquide. Accumulent du PHB. Aérobies stricts utilisant les sucres et les acides organiques et aminés. Catalase et oxydase positives. La croissance requiert de l’eau de mer ; elle est optimale à 30 °C (10-41 °C) et pH 7,5 (5,5-8,5). ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un enrichissement sur effluent de papeterie inoculé avec de l’eau de mer, Sagitula stellata.

Salinihabitans (L. salinae, marais salant ; L. habitans, habitant)

Bâtonnet (0,3-0,6 x 0,8-4,5 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, lisse, luisante, jaune pâle, de 0,5-0,8 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes. Hydrolysent hypoxanthine, xanthine et L-tyrosine. Quinone majeure Q-10. Croissance entre 4-40°C, pH 7-8 et jusqu’à 180 g/l NaCl. ADN : 64 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un marais salant en Corée, Salinihabitans flavidus.

Salipiger (L. sal, sel ; L. piger, paresseux)

Bâtonnets (0,75-1 x 2-2,5 microns), non mobiles, capsulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, couleur crème, mucoïde. Aérobies stricts, chimio-hétérotrophes. Oxydase et catalase positives. Versatilité nutritionnelle et biochimique faible. Pas de production d’acide sur sucres. Production d’H2S sur cystéine, réduction du sélénite, oxydation du gluconate et phosphatase positives. Hydrolysent l’urée et le Tween 20. Sensibles à l’amoxicilline, ampicilline, carbenicilline, cefotaxime, cefoxitine, chloramphénicol, érythromycine, kanamycine, nitrofurantoïne, rifampicine, sulfonamide, tobramycine et trimétoprim ; résistants à l’acide nalidixique et la polymixine B. Halophiles stricts modérés. Croissance entre 20 et 40°C, pH 6-10 et 5 à 200 g/l de sels de mer (optimum 90-100 g/l NaCl). ADN : 65 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un marais salant d’Espagne, Salipiger mucescens.

Sediminimonas (L. sedimen, sédiment)

Bâtonnets courts (0,35-0,5 x 1,5-3,5 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, brun-jaunâtre, de 0,5-1,75 mm de diamètre. Aérobies stricts chimio-hétérotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent diverses sources de carbone. Production d’acides sur glucose. Nitrate et nitrite réduits (dénitrifiants). Lipides polaires : DPG, PG, PC et 4 phospholipides inconnus. Quinone respiratoire Q-10. Faiblement halophiles. Croissance optimale à 28-30°C (15-37°C), pH 7-8,5 (6,5-9) et 15-100 g/l NaCl (2,5-200 g/l). ADN : 63-64 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment salé en Chine, Sediminimonas qiaohouensis.

Seohaeicola (L. Seohaeum, Seohae, nom coréen de la Mer Jaune de Corée ; L. incola, habitant)

Cellules en bâtonnets, ovales ou coccoïdes (0,7-1,8 x 1-10 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie circulaire, élevée, lisse, jaune pâle, de 1-1,5 mm de diamètre. Anaérobies facultatifs. Ubiquinone Q-10. Lipides polaires majeurs : phosphatidylcholine, phosphatidylglycérol, phosphatidyléthanolamine et un lipide inconnu. Croissance optimale à 30°C (4-40°C), pH 7-8 et 20 g/l NaCl (>0-70 g/l). ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment de la Mer jaune en Corée, Seohaeicola saemankumensis.

Shimia (Jae H. Shim, zoologiste marin coréen)

Bâtonnets (0,3-0,6 x 0,8-3,6 microns), mobiles par plusieurs flagelles monopolaires, Gram négatif. Colonie circulaire, entière, convexe, opaque, beige. Aérobies stricts, hétérotrophes. Oxydase et catalase positives. Utilisent principalement des acides organiques et aminés. Hydrolysent amidon, gélatine, ADN et Tween 80. Réduisent le nitrate. Lipoquinone respiratoire Q-10. Croissance entre 15-35°C (optimum 30-35°C), pH 6-10 et 30-70 g/l de sels de mer. ADN : 57 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un biofilm d’une ferme marine de Corée Schimia marina.

Silicibacter

Long bâtonnet (0,6-0,8 x 9-18 microns), non mobile, non sporulé, Gram négatif. Colonie brune. Pas de bchl a. Aérobie strict, oxydase et catalase positives. Réduit le nitrate en nitrite. N'hydrolyse pas l'amidon et la caséine. Utilise les acides aminés communs mais pas le glucose. Mésophile et halophile. Croissance optimale à 45°C (jusqu'à 50°C), pH 7,5 et 3,5% (jusqu'à 7%) NaCl. ADN: 66 mol % G+C. Une seule espèce, Silicibacter lacusaerulensis, isolée d'une lagune en islande.

Staleya

Bâtonnet (1-1,5 x 1,5-9 microns), avec un à deux pôles pointus, se multipliant par bourgeonnement. Gram négatif. Mobile, contient du PHB, non sporulé. Colonie beige à rose. Production possible de bchl b. Croissance entre 4 et 32°C, 1 à 4 % NaCl et pH 5,3-9. Aérobie utilisant les acides organiques. Nitrate réduit en nitrite. ADN: 55-56 mol % G+C. Une seule espèce, Staleya guttiformis.

Stappia (Stapp, microbiologiste belge)

Bâtonnets (0,6-1 x 2-4 microns) mobiles par flagelles polaires, Gram négatif. Non sporulés. Aérobies stricts. Oxydase et catalase positives. Bactéries marines. Requièrent de l’eau de mer pour la croissance. Dénitrifiants. Production d’acide sans gaz sur sucres. ADN : 59 mol % G+C. Deux espèces, dont Stappia stellulata.

Sulfitobacter

Bâtonnets (0,45-1,3 x 2-5 microns), droits ou en forme d’haltères selon les conditions de croissance, formant des rosettes. Mobiles par un à cinq flagelles subpolaires. Gram négatif. Aérobies stricts hétérotrophes. Oxydase et catalase positives. Utilisent les acides organiques et aminés. Prototrophes mais croissance stimulée par l’extrait de levure. En présence d’acétate, oxydent le thiosulfate, le soufre et le sulfite en sulfate. ADN : 62 mol % G+C. Trois espèces, dont Sulfitobacter pontiacus isolée de la mer Noire.

Tateyamaria (L.– aria, venant de; L. Tateyamaria, venant de Tateyama City, origine de l’animal à partir duquel l’organisme a été isolé)

Cellules coccoïdes à bâtonnets courts, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie circulaire, convexe, lisse, luisante, beige, de 4-5 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Produisent de l'acide sur glucose. Hydrolysent l'esculine. ß-Galactosidase et acétoine produites. Citrate utilisé. Ubiquinone Q-10. Halophiles stricts. Croissance entre 25 et 30°C (>4-<37°C). ADN : 62 mol % G+C. Une seule espèce isolée du tractus digestif d'un mollusque marin au Japon Omphalius pfeifferi pfeifferi , Tateyamaria omphalii.

Thalassobacter (L. thalassa, la mer)

Cellules ovoïdes ou bâtonnets irréguliers (0,5 x 0,5-2 microns), isolés ou en paires, mobiles par flagelles polaires, Gram négatif. Division binaire ou par bourgeonnement. Colonie circulaire, rose saumon. Pas d’accumulation de PHB intracellulaire. Production de Bchl a. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent quelques acides organiques et aminés, mais pas les sucres. Faiblement halophiles. Croissance optimale à 22-26°C (13-37°C et 8,5-70 g/l de sels de mer (<80 g/l). ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la Mer Méditerranée, Thalassobacter stenotrophicus.

Thalassobius  (G. thalassa, mer)

Cellules coccoïdes à bâtonnets courts (0,5-0,8 x 0,5-2 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Accumulent du PHB. Colonie circulaire, convexe, opaque, de 0,5-1,5 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent préférentiellement les acides aminés et organiques. Halophiles stricts. Croissance entre 13 et 37°C et 14 à 80 g/l de sels marins. ADN : 57-59 mol % G+C. Deux espèces isolées de la Mer Méditerranée, dont Thalassobius mediterraneus.

Thalassococcus (G. thalassa, mer)

Cellules ovoïdes (0,7-1 micron de diamètre), non mobiles, non sporulées, non pigmentées, Gram négatif. Colonie laiteuse, circulaire, convexe, élevée, lisse, entière, de 1,1-1,4 mm de diamètre. Aérobies stricts, chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Utilisent uniquement les sucres avec production d'acide. Nitrate réduit en nitrite. Ubiquinone Q-10. Halophiles stricts. Croissance optimale à 28-36°C (12-44°C), pH 6-10 et 20-60 g/l de NaCl (20-180 g/l). ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce isolée de l'éponge marine Halichondria panicea, Thalassococcus halodurans.

Thioclava (G. Thion, soufre ; L. clava, bâton)

Bâtonnets de taille variable, du long filament aux extrémités renflées, groupés en agrégats, au petit bâtonnet isolé, rarement mobile par un flagelle polaire, Gram négatif. Aérobies stricts, catalase et oxydase positives, modérés halophiles. Autotrophes facultatifs sulfo-oxydants. Croissance chimio-autotrophe sur thiosulfate et hétérotrophe sur composés organiques simples comme sucres, acides organiques et aminés. Requièrent thiamine et biotine. Lipoquinone respiratoire unique UQ-10. Croissance optimale à 35°C (15-47°C), pH 7,5-7,8 (6,5-8,5) et 30-40 g/l NaCl (10-80 g/l). ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’eau de mer sulfureuse thermale de Papouasie Nouvelle Guinée, Thioclava pacifica.

Thiosphaera = Paracoccus

Tranquillimonas (L. tranquillus, calme)

Bâtonnets (0,2-0,5 x 1,7-2,8 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie rose.Accumulation intracellulaire de polyhydroxyalcanoates (PHA). Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent de nombreux sucres, acides organiques et aminés. Dégradent les alkanes (C10-C13).Nitrate réduit en nitrite. Ubiquinone Q-10. Halophiles stricts.Croissance optimale à 43°C (10-50°C), pH 8,5 (6,5-9,5) et 20 g/l de NaCl (10-130 g/l). ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isoléed’eau de mer en Indonésie, Tranquillimonas alkanivorans.

Tropicibacter (L. tropicus, tropical)

Bâtonnets (0,1-0,7 x 1,1-3,4 microns), mobiles par flagelles péritriches, non sporulés, Gram négatif. Production de poly-beta-hydroxyalcanoate. Colonie circulaire, faiblement convexe, lisse, blanc-jaunâtre, de 2-3 mm de diamètre. Aérobies chimio-organotrophes. Catalase négative et oxydase positive. Dégradent le C0-2-alkylnaphthalène et le phénanthrène ainsi que certains sucres et acides organiques. Nitrate réduit. Quinone majeure Q10. Halophiles obligés. Croissance optimale à 37°C (10-43°C), pH 6,5-8,5 et 50 g/l NaCl (10-150 g/l). ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la mer en Indonésie, Tropicibacter naphthalenivorans.

Tropicimonas (L. tropicus, tropical)

Bâtonnets (0,3-0,5 x 0,5-1 microns), mobiles par flagelles péritriches, non sporulés, Gram négatif. Production de poly-beta-hydroxyalcanoate. Colonie blanche. Aérobies chimio-organotrophes. Catalase négative et oxydase positive. Dégradent les n-alcanes (décane, pristane)(C10-C17), les alcanes branchés et les méthylnaphthalènes ainsi que des sucres et certains acides aminés. Quinone majeure Q10. Halophiles obligés. Croissance optimale à 37°C (10-46°C), pH 7,6 (5,5-8) et 30 g/l NaCl (10-60 g/l). ADN : 67 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la mer en Indonésie, Tropicimonas isoalkanivorans.

Vadicella (L. vadum, un bas-fond; L. cella, une chambre, une cellule)

Bâtonnets (0,6–0,8 x 2,5–4,5 microns), non mobiles, Gram négatif. Colonie non pigmentée, translucide, lisse et luisante, à bord régulier, de 2–3 mm de diamètre. Bchl a non produite. Aérobies stricts chimio-organohétérotrophes, oxydase et catalase positives. Positifs ou faiblement positifs pour la réduction du nitrate. Négatifs pour l’hydrolyse de la caséine, amidon, gélatine, chitine, L-tyrosine, Tweens 20, 40, 80, et pour la production d’H2S. Sur milieu contenant de la L-tyrosine, pas de production de pigments ni de zones de lyse. L’hydrolyse de l’ADN est positive pour la souche type. Pas de production d’acide sur D-glucose, D-maltose, D-galactose, saccharose, D-lactose, D-mannose, D-cellobiose, D-xylose, L-arabinose, L-rhamnose, D-mélibiose, D-ribose, fructose, L-sorbose, raffinose, N-acétylglucosamine, glycérol, D-myo-inositol, et D-mannitol. Sur API 20NE, positifs pour le test PNPG, l’hydrolyse de l’esculine et la réduction du nitrate, mais négatifs pour la production d’indole, l’acidification du D-glucose en anaérobiose, l’arginine dihydrolase, l’uréase, l’hydrolyse de la gélatine et l’assimilation du D-glucose, L-arabinose, D-mannose, D-mannitol, N acétylglucosamine, maltose, D-gluconate, caprate, adipate, L-malate, citrate et phénylacétate. Sur API 32 GN, assimilent 3-hydroxybutyrate et lactate selon la souche, mais n’assimilent pas D-ribose, D-saccharose, D-maltose, itaconate, subérate, malonate, acétate, inositol, D-mélibiose, L-proline, L-rhamnose, N-acétylglucosamine, L-alanine, 5-cétogluconate de potassium, glycogène, 3-hydroxybenzoate, L-sérine, D-mannitol, D-glucose, salicine, L-fucose, D-sorbitol, L-arabinose, propionate
, caprate, valérate, citrate trisodique, L-histidine, 2-cétogluconate de potassium et 4-hydroxybenzoate. Sur API ZYM tests, positifs pour phosphatase alcaline, estérase (C4), estérase lipase (C8), leucine arylamidase, beta-galactosidase, alpha-glucosidase et beta-glucosidase, mais négatifs pour lipase (C14), valine arylamidase, cystine arylamidase, trypsine, alpha-chymotrypsine, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, alpha-galactosidase, beta-glucuronidase, N-acétyl-beta-glucosaminidase, alpha-mannosidase, et alpha-fucosidase. Utilisent D-glucose, maltose, D-cellobiose, citrate, acétate, fumarate et malate comme source de carbone et d’énergie; n’utilisent pas L-rhamnose, L-arabinose, D-mannose, D-xylose, saccharose, raffinose, D-mannitol, inositol, aminoacétate acid, L-tyrosine, ornithine, DL-leucine, L-alpha-alanine, DL-beta-phénylalanine, DL-lysine, L-arginine, L-asparagine et L-méthionine. Quinone isoprénoïde prédominante Q-10. Lipides polaires : phosphatidylcholine, phosphatidylglycérol, acide phosphatidique, un aminolipide inconnu, un lipide inconnu majeur et la phosphatidyléthanolamine comme composé mineur. Ions sodium essentiels pour la croissance. Croissance optimale à 25–30°C (4–37°C ), pH 7,0–8,0 (5,5–9,5) et 30-40 g/l NaCl (10-70 g/l). Croissance possible sur milieu de base avec NaCl seul sans aucun autre sel de mer, MgCl2, KCl, CaCl2 ni MgSO4. ADN : 57–60 mol% G+C (Tm). Une seule espèce isolée d’environnements marins (Mer du japon en Russie), Vadicella arenosi.

Wenxinia (Wen-Xin Chen, microbiologiste chinois)

Bâtonnets courts à ovoïdes (0,7-0,8 x 1,3 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie rosâtre. Accumulation intracellulaire de polyhydroxyalcanoates . Pas de production de Bchl a. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase positives. Utilisent certains sucres, acides organiques et aminés avec production d'acides sur sucres. Uréase positive. Nitrate réduit en nitrite. Ubiquinone Q-10. Halophiles stricts. Croissance optimale à 34-38°C (15-42°C), pH 7,5-8 (6,5-8,5) et 10-40 g/l de NaCl (5-90 g/l). ADN : 69 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment d'un champ pétrolifère de Chine, Wenxinia marina.

Yangia (H.-F. Yang, microbiologiste chinois)

Bâtonnets (0,8 x 1-1,5 microns), souvent en agrégats, mobiles, non sporulés, Gram négatif. Colonie petite, luisante, jaunâtre. Accumulation de PHB intracellulaire. Pas de production de Bchl a. Aérobies stricts chimio-organotrophes, catalase et oxydase (faiblement) positives. Utilisent maltose, lactate, malate, arginine et glutamate. Uréase positive. Quinone respiratoire majeure : Q-10. Faiblement halophiles. Croissance optimale à 37°C (22-40°C), pH 7,5 (5-10) et 50 g/l de NaCl (10-100 g/l). ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment côtier de la Mer de Chine, Yangia pacifica.

 

 

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