Taxonomie des Procaryotes
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Synonymes
         
Chloroflexi: Phylum BVI du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés du Phylum

Renferme des filaments fins, mobiles par glissement, pigmentés, anaérobies ou aérobies facultatifs, thermophiles, photohétérotrophes, photoautotrophes en anaérobiose, chimioorganotrophes en aérobiose, isolés de sources thermales ainsi que des filaments rigides très longs, pléomorphes, aérobies, mésophiles, photohétérotrophes du sol et des eaux douces et un nouveau groupe de bactéries anaérobies Gram négatif, mésophiles à thermophiles, isolées principalement de digesteurs méthanogènes.

2. Taxonomie

Phylum BVI. Chloroflexi

Classe I. Chloroflexi

Ordre I. Chloroflexales

Famille I. Chloroflexaceae: Chloroflexus, Chloronema, Heliothrix, Roseiflexus

Famille II. Oscillochloridaceae : Oscillochloris

Ordre II. Herpetosiphonales

Famille I. Herpetosiphonaceae: Herpetosiphon

Classe II. Anaerolineae

Ordre I. Anaerolineales

Famille I. Anaerolineaceae : Anaerolinea, Bellilinea, Leptolinea, Levinilea, Longilinea

Classe III. Caldilineae

Ordre I. Caldilineales

Famille I. Caldilineaceae : Caldilinea

Classe IV. Dehalococcoidetes : Dehalogenimonas

Classe V. Thermomicrobia

Order I. Thermomicrobiales

Famille I. Thermomicrobiaceae: Thermomicrobium

Sous-classe I. Sphaerobacteridae

Ordre I. Sphaerobacterales

Sous-ordre I. Sphaerobacterineae

Famille I. Sphaerobacteraceae: Sphaerobacter

Classe VI. Ktedonobacteria

Ordre I. Ktedonobacterales

Famille I. Ktedonobacteraceae: Ktedonobacter

Famille II. Thermosporotrichaceae: Thermosporothrix

Ordre II. Thermogemmatisporales

Famille I. Thermogemmatisporaceae: Thermogemmatispora

3. Description des Genres

Classe I. Chloroflexi

Ordre I. Chloroflexales

Fonctions:
Morphologie: filaments fins, mobiles, pigmentés en vert ou orangé. Ex " bactéries glissantes "
Croissance: anaérobies, aérobies facultatifs, thermophiles
Nutrition: photohétérotrophes, photoautotrophes en anaérobiose, chimioorganotrophes en aérobiose
Habitat: sources thermales

Famille I. Chloroflexaceae

Les membres de cette famille ont tendance à vivre en associations ectosymbiotiques dans lesquelles une bactérie chimio-organotrophe habituellement mobile est entourée d'une bactérie sulfureuse verte qui se divise de façon synchrone. Ces associations portent des noms spécifiques. Ce sont des bactéries filamenteuses se déplaçant par glissement, à paroi flexible et possédant les bchl a, d ou e.

Chloroflexus

Filaments étroits (0,5-1,2 microns), orangés à verdâtres, capables d'un lent glissement. Pigments (bchl a et c et caroténoïdes) contenus dans des vésicules de type Chlorobium. Cet organisme ressemble à un Chlorobium pour sa structure cellulaire et ses pigments mais également à une bactérie pourpre non sulfureuse pour son métabolisme phototrophe et catabolique. On le rencontre dans les sources chaudes. C'est un organisme thermophile (optimal 52 à 60°C). Deux espèces, dont l’espèce type Chloroflexux aurantiacus.


Chloroflexux aurantiacus
Pierson & Castenholz (1974) Arch. Microbiol. 100, 5-24.

Chloronema

Cellules semblables à celles du genre précédent (2 microns de large). Possèdent des vacuoles de gaz. Filaments engainés droits ou spiralés. Coloration jaune-vert, bchl d. Une seule espèce, Chloronema giganteum.

Heliothrix

Filaments septés de longueur indéfinie, non branchés et non différenciés. Diamètre des cellules 1,5 microns. Présence d’une fine gaine. Divison cellulaire par fission dans un seul plan. Mobilité par glissement, agrégation rapide des filaments en amas épais. Gram négatif. Présence de bchl a. Filaments oranges. Aérotolérants photohétérotrophes. Température optimale de croissance 40-55°C (36-56°C). Une seule espèce, Heliothrix oregonensis.

Roseiflexus (L.roseus, rose ; L. flexus, arqué)

Filaments multicellulaires non branchés (diamètre 0,8-1,0 micron), à mobilité glissante. Gram négatif. Pas de chlorosomes ni de membranes intra-cytoplasmiques. Présence de Bchl a et de dérivés du g-carotène. Cultures rouges à brun-rougeâtre. Aérobies, phototrophes facultatifs, chimio-hétérotrophes utilisant l’extrait de levure. Citrate et glucose utilisés en phototrophie. Quinone majeure MK-11. Thermophiles, croissance entre 45-55°C et à pH 7-9. ADN : 62 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude du Japon, Roseiflexus castenholzii.
 

Famille II. Oscillochloridaceae

Oscillochloris

Trichomes de 5 microns de large avec ou sans gaine, non branchés, glissant rapidement. Multiplication par fragmentation. Gram variable. Possèdent des vacuoles de gaz. Couleur jaune-vert, bchl c. Présence de chlorosomes. Photolithohétérotrophes ou photolithoautotrophes en anaérobiose. Photosynthèse en présence d’H2S avec dépôt de globules de soufre à l’extérieur des cellules. Certaines souches sont microaérophiles. ADN: 57-59 mol % G+C. Deux espèces, dont Oscillochloris chrysea.

 

Ordre II. Herpetosiphonales

Fonctions: source d'endonucléases de restriction
Morphologie: filaments rigides très longs, formant des manchons transparents aux extrémités, des boucles, des protubérances
Croissance: aérobies, mésophiles
Nutrition: photohétérotrophes
Habitat: sol et eaux douces

 

Famille I. Herpetosiphonaceae

Herpetosiphon (G. herpeton , serpent ; G. siphon , tube)

Habitants communs du sol et des eaux douces, forment des filaments multicellulaires rigides extrêmement longs (300 à 1 200 microns) de cellules cylindriques sans constriction apparente. La taille des cellules varie de 1,5 à 4,5 microns; leur division n'est pas synchrone à l'intérieur d'un même filament. Le diamètre des filaments varie d'une espèce à l'autre dans la même culture, de 0,6 à 1,3 microns. Les filaments se fragmentent dans les cultures âgées. La caractéristique principale du genre est de former des manchons transparents aux extrémités des filaments, de 1,5 à 3,5 microns de long. Ils proviennent des nécridies, cellules mortes aux points de rupture des filaments. Ce sont donc des cellules vides qui restent liées aux filaments à leur extrémité. Dans les cultures âgées, les filaments peuvent être localement renflés en bulbes de 2,5 à 3,5 microns de diamètre; cela semble être un phénomène de dégénérescence. Ils peuvent également former des boucles en épingle à cheveux ou s'enrouler sur eux-même. Les colonies peuvent former de gros renflements (200 à 1 500 microns de diamètre) qui ressemblent à des fructifications de Myxococcus. Occasionnellement, des protubérances en forme de doigt sont émises au-dessus de la colonie; ce sont des filaments tressés. Une pigmentation peut se développer sur peptone (caroténoïdes). Source d'endonucléases de restriction. ADN: 48 mol % G+C. Deux espèces, dont Herpetosiphon aurantiacus.


Classe II. Anaerolineae

Ordre I. Anaerolineales

Famille I. Anaerolineaceae

Anaerolinea (G. a, non ; G. aer, air ; L. linea, ligne)

Filaments (0,2-0,4 x 100 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts. Croissance stimulée en syntrophie avec des méthanogènes hydrogénotrophes. L’extrait de levure est utilisé comme substrat et il est nécessaire à la croissance du microorganisme sur sucres. Aucun accepteur d’électrons utilisé. Croissance optimale à 50-55°C (42-60°C) et pH 7 (6-8). Temps de division optimal de 2 à 3 jours. ADN : 53-55 mol % G+C. Deux espèces isolées d'un digesteur thermophile UASB au Japon, dont Anaerolinea thermophila.

Bellilinea (L. bellus, très beau; L. linea, ligne)

Filaments multicellulaires (0,2-0,4 microns de large et jusqu'à 100 microns de long), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts. L’extrait de levure (0,1 g/l) est nécessaire à la croissance du microorganisme sur sucres et pectine. Croissance dopée par une coculture avec des méthanogènes hydrogénotrophes. Aucun accepteur d’électrons utilisé. Thermophiles. Croissance optimale à 55°C (45-65°C) et pH 7 (6-7,5). Temps de division optimal de 45 h. ADN : 55 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la boue d'un digesteur thermophile, Bellilinea caldifistulae.

Leptolinea (G. leptus, fin; L. linea, ligne)

Filaments très fins multicellulaires (0,2 microns de large ou moins et jusqu'à 100 microns de long), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts. L’extrait de levure (0,1 g/l) est nécessaire à la croissance du microorganisme sur sucres. Aucun accepteur d’électrons utilisé. Croissance optimale à 37°C (25-50°C) et pH 7 (6-7,2). Temps de division optimal de 50 h. ADN : 48 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la boue d'un digesteur UASB, Leptolinea tardivitalis.

Levinilea (L. levis, lisse; L. linea, ligne)

Filaments très fins multicellulaires (0,4-0,5 microns de large et jusqu'à 100 microns de long), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts. L’extrait de levure (0,1 g/l) est nécessaire à la croissance du microorganisme sur sucres. Aucun accepteur d’électrons utilisé. Croissance optimale à 37°C (25-50°C) et pH 7 (6-7,2). Temps de division optimal de 56 h. ADN : 60 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la boue d'un digesteur UASB, Levinilea saccharolytica.

Longilinea (L. longus, long)

Filaments multicellulaires (0,4-0,6 microns de large et jusqu'à 100 microns de long), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts. L’extrait de levure (0,1 g/l) est nécessaire à la croissance du microorganisme sur sucres, pectine et peptone. Croissance dopée par une coculture avec des méthanogènes hydrogénotrophes. Aucun accepteur d’électrons utilisé. Croissance optimale à 37°C (30-40°C) et pH 7 (5-8,5). Temps de division optimal de 92 h. ADN : 58 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'un sol de rizière, Longilinea arvoryzae.


Classe III. Caldilineae

Ordre I. Caldilineales

Famille I. Caldilineaceae

Caldilinea (L. caldus, chaud ; L. linea, ligne)

Filaments (0,7-0,8 x 100 microns), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies facultatifs. L’extrait de levure est utilisé comme substrat et il est nécessaire à la croissance du microorganisme sur sucres. Aucun accepteurs d’électrons utilisé. Croissance optimale à 55°C (37-65°C) et pH 7,5-8,5 (7-9). Temps de division optimal de 5 h. ADN : 59 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un digesteur thermophile UASB, Caldilinea aerophila.

Classe IV. Dehalococcoidetes

Dehalogenimonas (L. de, loin de ; L. halogenum, halogène ; L. monas, unité)

Coques irrégulières (0,3-0,6 microns de diamètre), non mobiles, non sporulées, Gram négatif. Anaérobies stricts chimiotrophes. Déhalogènent par réduction les alcanes polychlorés comme 1,2,3-trichloropropane, 1,2-dichloropropane, 1,1,2,2-tetrachloroethane, 1,1,2-trichloroethane et 1,2-dichloroethane, en utilisant H2 comme donneur d’électrons. Sur 1,2,3-trichloropropane comme donneur d’électrons et sulfure comme agent réducteur, production d’un intermédiaire, le chlorure d’allyl puis d’alcool allyl, de sulfure diallyl et disulfure diallyl. Croissance optimale à 28-34°C (20-34°C), pH 7-7,5 (6-8) et au moins 20 g/l de NaCl. ADN : 53-54 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une eau souterraine contaminée par des solvants chlorés aux USA, Dehalogenimonas lykanthroporepellens.

Classe V. Thermomicrobia

Order I. Thermomicrobiales

Famille I. Thermomicrobiaceae

Thermomicrobium

Bâtonnets courts et de forme irrégulière (1,3-1,8 x 3-6 microns), parfois en haltères. Pas de diamino-acides dans le peptidoglycan de la paroi. Non mobiles, aérobies stricts. Température optimale de croissance: 70 à 75°C, pH optimal 8,2-8,5. Chimio-organotrophes, catalase positive. Colonies roses. N'utilisent pas le glucose et les n-alcanes. Temps de génération de 5,5 h. ADN: 64 mol % G+C. Deux espèces isolées d'une source chaude du parc de Yellowstone aux E.U., dont Thermomicrobium roseum.

Sous-Classe I. Sphaerobacteridae

Ordre I. Sphaerobacterales

Sous-Ordre I. Sphaerobacterineae

Famille I. Sphaerobacteraceae

Sphaerobacter

Bâtonnets coccoïdes (1-1,5 x 1,5-3 microns), pléomorphes (formes en club ou cloche), non mobiles, Gram positif. Aérobies stricts, oxydase et catalase positives. Ne produisent pas d’acide sur glucose. Croissance optimale à 55 °C et pH 8,5. ADN: 66 mol % G+C. Une espèce isolée d’un traitement thermophile de boues, Sphaerobacter thermophilus.

Classe VI. Ktedonobacteria

Ordre I. Ktedonobacterales

Famille I. Ktedonobacteraceae

Ktedonobacter (G. ktedon, fibre)

Organisme filamenteux Gram positif, "non-acid fast", produisant un mycélium végétatif branché sur milieu solide ou liquide ainsi que des hyphes aériennes qui peuvent produire plusieurs spores non mobiles de 1,6-1,8 microns de diamètre. Ces spores sont isolées sur de courts sporophores mais l'entrelacement des hyphes forme des amas de spores. Colonie crème à rose ou orange. Aérobies hétérotrophes catalase positive. Bonne croissance en microaérophilie. Production d'H2S. Hydrolysent gélatine, caséine, kératine et amidon.Croissance optimale à 28-33°C (17-40°C) et pH 6 (4,2-7,2). Le lysozyme (100 microg/ml) et 10 g/l NaCl (<30 g/l) n'inhibent pas la croissance. ADN: 54 mol % G+C. Une seule espèce Ktedonobacter racemifer.

Famille II. Thermosporotrichaceae

Thermosporothrix (G. therme, chaud; G. spora, une spore; G. thrix, cheveu)

Bactéries filamenteuses, sporulées, Gram positif. Produisent un mycélium végétatif et aérien branché. Spores (0,7-1,0 x 1-2 microns), non mobiles, formées en amas. Les cellules productrices de spores sont recouvertes d’une membrane et entourées d’une paroi épaisse. Contiennent acide glutamique, sérine, alanine et ornithine comme acides aminés du peptidoglycane. Les sucres de paroi sont le rhamnose et le mannose. Aérobies hétérotrophes. Catalase positive. D-Xylose, D-glucose, saccharose, L-rhamnose, inositol et mannitol sont utilisés comme seule source de carbone. Caséine, cellulose, xylane et chitine hydrolysées, mais pas amidon et gélatine. La ménaquinone majeure est la MK-9(H4). Thermophiles, croissance optimale à 50°C (31-58°C) et pH 7 (5,4-8,7). Ne requièrent pas NaCl, inhibées par 30 g/l NaCl. ADN : 54 mol%. Une seule espèce isolée d’un compost, Thermosporothrix hazakensis.

Ordre II. Thermogemmatisporales

Famille I. Thermogemmatisporaceae

Thermogemmatispora (G. thermos, chaud; L. gemmatus, avec des bourgeons; G. spora, une spore)

Bactérie filamenteuse, sporulée, produisant un mycélium branché végétatif et aérien. Gram positif. Spores non mobiles formées en amas, ovales (0,5–1,5 x 1,0–2,0 microns) avec une surface rugueuse. Acides aminés du peptidoglycane : acide glutamique, sérine, glycocolle, histidine, alanine et ornithine. Sucres cellulaires totaux : rhamnose. Aérobies hétérotrophes. Catalase positive. Utilisent D-mannitol. Avicel, CM-cellulose, xylane et chitine sont hydrolysés, mais pas amidon et caséine. Ménaquinone majeure MK-9(H2). Lipides polaires : phosphatidylinositol, phosphatidylglycérol et un glycolipide. Thermophiles. Croissance optimale à 60–65°C (45–74°C), pH 7,0 (4,6–8,0) et sans NaCl (< 10-20 g/l). ADN : 58-60 mol% G+C. Deux espèces isolées d’un sol géothermique au Japon, dont Thermogemmatispora onikobensis.

 

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