Taxonomie des Procaryotes
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Synonymes
         
Deferribacteres: Phylum BIX du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















 

1. Propriétés du Phylum

Fonctions: réduction du fer, manganèse, nitrate, soufre, cobalt
Morphologie: vibrions, bâtonnets
Croissance: aérobies, anaérobies stricts ou facultatifs, mésophiles, thermophiles
Nutrition: chimioorganotrophes
Habitat: terrestres et subterrestres, puits de pétrole

2. Taxonomie

Phylum BIX. Deferribacteres

Classe I. Deferribacteres

Ordre I. Deferribacterales

Famille I. Deferribacteraceae: Deferribacter, Calditerrivibrio, Denitrovibrio, Flexistipes, Geovibrio, Mucispirillum

Deferribacterales non classées : Caldithrix

3. Description des genres

Deferribacter

Bâtonnets droist à incurvés (0,3-0,5 x 1-5 microns), un flagelle polaire, Gram négatif, non sporulés. Colonie 1-2 mm de diamètre, rouge-orangé, plate, ronde. Accepteurs délectrons : Mn (IV), Fe (III), nitrate. Utilisent les peptones, les acides organiques et H2. Croissance optimale à 60 °C (50-65 °C), pH 6,5 (5-8) et NaCl 20 g/l (0-50 g/l). ADN : 34 mol % G+C. Une seule espèce, Deferribacter thermophilus, isolée dun réservoir de pétrole de la mer du Nord.

Calditerrivibrio (L. caldus, chaud; L. terra, Terre)

Vibrions (0,4-0,5 x 1,4-2 microns), mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif, non sporulés. Anaérobies stricts, chimio-organohétérotrophes.Catalase négative. Accepteurs délectrons : nitrate réduit en ammonium. Utilisent les peptones, les acides organiques comme donneurs d'électrons. Pas de fermentation. Quinone majeure MK-8. Croissance optimale à 55°C (30-65°C), pH 7-7,5 (5,5-8) et0 g/l NaCl (0-<5 g/l). ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce, Calditerrivibrio nitroreducens, isolée dune source chaude du Japon.

Denitrovibrio

Vibrions (0,5-0,7 x 1,7-2 microns), isolés, en paires ou en chaînes, mobiles par flagelles bipolaires. Anaérobies stricts, hétérotrophes réduisant le nitrate en ammoniac. Fermentent le fumarate. Croissance optimale à 35-37 °C (4-40 °C), pH 6,5-8,6 et NaCl 2-4 % (0-6 %). Exigent des vitamines pour leur croissance. ADN : 43 mol % G+C. Une seule espèce isolée dune colonne simulant un puits pétrolier, Denitrovibrio acetiphilus.

Flexistipes

Bâtonnets flexibles non mobiles (0,3 x 5-50 microns), non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts, hétérotrophes. Halophiles, neutrophiles et thermophiles modérés. Croissance optimale à 45-50 °C (30+53 °C), pH 6-8 et NaCl 30-100 g/l. Temps de division de 8,5 h. Croissance hétérotrophe sur extrait de levure, extrait de viande, peptone et tryptone. Faible croissance sur acétate et Casamino acides. ADN : 39 mol % G+C. Une seule espèce, Flexistipes sinusarabici, isolée à 2 000 m de profondeur dans la mer Rouge.

Geovibrio

Vibrions (0,5 x 2-3 microns), Gram négatif. Un flagelle polaire. Chimio-organotrophes, oxydant lacétate en présence de Fe (III), S° ou Co (III) comme accepteurs délectrons. H2, proline, lactate, propionate, Casamino acides, succinate, fumarate, pyruvate et extrait de levure sont également utilisés comme donneurs délectrons pour la réduction du Fe(III). Une seule espèce, Geovibrio ferrireducens.

Mucispirillum (L. mucus, mucus)

Bâtonnets courbes à spirallés (0,4 x 3-4 microns), mobiles par un flagelle bipolaire, non sporulés, Gram négatif. Ne forment pas de colonies isolées. Anaérobies stricts, chimio-organohétérotrophes. Oxydase et catalase positives. Ne réduisent pas le nitrate. Croissance sur agar au sang en présence de 32 mg/l de céphalotine ou carbénicilline ou 64 m/l de céfopérazone. Croissance optimale à 37°C (<42°C). ADN : non communiqué. Une seule espèce isolée du mucus gastrointestinal de rongeurs, Mucispirillum schaedleri.

Deferribacterales non classées


Caldithrix (L. caldus, chaud ; G. thrix, fil)

Longs bâtonnets (0,2-0,35 x plusieurs microns), Gram négatif. Anaérobies stricts, chimio-organohétérotrophes fermentant des substrats protéiques et le pyruvate. Capables de respirer le nitrate en ammonium, en présence dhydrogène ou dacétate comme donneurs délectrons. Exigent lextrait de levure pour leur croissance. Thermophiles modérés et neutrophiles adaptés à la salinité de leau de mer. Croissance optimale à 60°C (40-70°C), pH 6,8-7 (5,8-7,8) et 25 g/l de NaCl (1-50 g/l). ADN : 42,5 mol % G+C. Une seule espèce isolée dune cheminée hydrothermale profonde de la dorsale médio-atlantique, Caldithrix abyssi.

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