Taxonomie des Procaryotes
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Synonymes
         
Deinococcus-Thermus: Phylum BIV du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés du Phylum

Renferme des bactéries aérobies strictes chimioorganotrophes, mésophiles, résistant aux UV, aux radiations et à la dessiccation, isolées à ce jour uniquement de centrales atomiques et de sources de radiation ainsi que des bactéries hétérotrophes, aérobies strictes, thermophiles, isolées de sources chaudes ou de chauffe-eaux.

2. Taxonomie

Phylum BIV.  Deinococcus-Thermus

Classe I. Deinococci

Ordre I. Deinococcales

Famille I. Deinococcaceae: Deinococcus, Deinobacter, Deinobacterium

Famille II. Trueperaceae : Truepera

Ordre II. Thermales

Famille I. Thermaceae: Thermus, Marinithermus, Meiothermus, Oceanithermus, Rhabdothermus, Vulcanithermus

3. Description des genres

Ordre I. Deinococcales

Famille I. Deinococcaceae

Deinococcus (G. deinos, inhabituel)

Cellules sphériques de 0,5 à 3,5 microns de diamètre, en paires ou tétrades, relativement grandes par rapport aux autres coques. Les cellules comportent plusieurs couches distinctes dans leur paroi ainsi qu'une membrane externe. Elles sont immobiles et aérobies strictes. Le peptidoglycane contient de la L-ornithine. Le palmitoléate représente 25 % des acides gras totaux. Les phospholipides ne comportent pas de phosphatidylglycérol ou dérivés. Métabolisme respiratoire, avec production d'acide sur un nombre restreint de sucres. Catalase présente. Toutes les souches résistent aux radiations et à la dessiccation. Les colonies sont roses à rouge-brique grâce à la présence de pigments caroténoïdes. Aucune niche écologique n'a été identifiée. Les souches actuelles ont été isolées de réacteurs atomiques ou de sources de radiation. L'ADN contient 60 à 70 mol % de G+C. Le genre comprend 7 espèces, dont Deinococcus radiodurans (L. radiatio, radiation ; L. durans, résistant).

 


Deinococcus radiodurans
Brooks & Murray (1981) Int. J. Syst. Bacteriol. 31, 353-360.

Deinobacter = Deinococcus

Deinobacterium (G. deinos, gigantesque)

Cellules plates (0,8–1,3 mm x 1,4–2,5 microns), non mobiles, non sporulées, coloration de Gram négative mais structure de cellules Gram positif. Peuvent développer des filaments de 40 microns de longueur en milieu riche. La structure du peptidoglycane est A3b L-Orn–Gly–Gly. Colonie rose pâle. Aérobies chimio-organotrophes. Catalase et oxydase positives, uréase négative. Produisent de l’acide sur glucose, fructose et maltose. Utilisent comme source de carbone : succinate, L-aspartate, glycérol, L-fucose, D-gluconate, D-xylose, D-glucose 6-phosphate, D-galactonate, c-lactone, L-asparagine, D-aspartate, D-glucosaminate, L-glutamine, m-tartarate, D-glucose 1-phosphate, glycyl L-aspartate, citrate, myo-inositol, D-thréonine, fumarate, bromosuccinate, propionate, glycolate, L-alanine, acétoacétate, méthyl pyruvate, p- hydroxyphénylacétate, m-hydroxyphénylacétate, glucuronamide, D-galacturonate, phényléthylamine, chondroïtine sulfate C, c-cyclodextrine, dextrine, gélatine, glycogène, D-arabinose, arbutine, 3-O-beta-D-galactopyranosyl-D-arabinose, gentiobiose, lactitol, beta-méthyl D-galactoside, palatinose, raffinose, salicine, D-tagatose, turanose, butyrate, caproate, D-glucosamine, alpha-cétovalérate, 5-céto-D-gluconate, malonate, oxalomalate, L-histidine, dihydroxyacétone, mélibionate, N-acétyl-D-glucosaminitol, L-lysine et 3-hydroxy-2-butanone. Utilisent comme source d’azote : L-alanine, L-glutamine, L-histidine, L-proline, D-glucosamine, D-galactosamine, D-mannosamine, adénosine, cytidine, guanine, guanosine, thymidine, uridine, inosine, acide urique, alloxane, Ala–Asp, Ala–Gln, Ala–Glu, Ala–His, Ala–Leu, Ala–Thr et Gly–Gln. Utilisent comme source de phosphore : adénosine 59-monophosphate, guanosine 59-monophosphate, uridine 59-monophosphate et thymidine 59-monophosphate. Les acides gras cellulaires les plus abondants sont branchés 15 : 0 and 17 : 0. Les lipides polaires majeurs sont des aminophospholipides inconnus. MK-8 est la quinone respiratoire majeure. Croissance optimale à 37-45°C (12-50°C), entre pH 6-10,3. La croissance est inhibée par 30 g/l NaCl. ADN : 67 mol% G+C. Une seule espèce isolée d’un biofilm collecté d’un moulin à papier en Finlande, Deinobacterium chartae.

Famille II. Trueperaceae

Truepera (Hans G. Trüper, microbiologiste allemand)

Cellules de forme sphérique de 1,25-2 microns de diamètre, en paires ou tétrades, non mobiles, non sporulées, de Gram indéterminé. Colonie pigmentée en orange ou rouge. Aérobies chimio-organotrophes, oxydase et catalase positives. Pas de croissance anaérobie même si le glucose est fermenté en lactate sans gaz (fermentation homolactique). Prototrophes. Utilisent de nombreux sucres, polyols, acides aminés et organiques comme sources de carbone. Quinone majeure MK-8. Alcaliphiles, thermophiles et halophiles modérés. Croissance optimale à 50°C (>20-<60°C) et pH 7,5-9,5 (6,5-11,2). Résistants aux radiations extrêmes. ADN: 67-68 mol % G+C. Une seule espèce isolée d'une zone géothermale sur l'ile de San Miguel, Truepera radiovictrix.

Ordre II. Thermales

Famille I. Thermaceae

Thermus (L. thermus ,chaud)

Bâtonnets (0,5-0,8 x 5-10 microns), formant des filaments de vingt à plus de 200 microns de long sous certaines conditions de culture. La plupart des souches forment des grosses sphères de dix à vingt microns de diamètre, dérivées d'associations de cellules individuelles, dans les cultures âgées. Non mobiles. Colonie jaune, orange ou rougeâtre (pigments caroténoïdes). Aérobies, oxydase et catalase positives. Hydrolysent la gélatine et l'amidon. Réduisent le nitrate en nitrite. Thermophiles avec un optimum de 70 à 75 °C. Se rencontrent dans les sources d'eau chaude, les chauffe-eaux et les eaux douces soumises à des pollutions d'eau chaude. De nombreuses études ont été entreprises sur les enzymes de ces espèces pour comprendre leur thermostabilité. Une nouvelle polyamine, la thermine, a ainsi été isolée ainsi qu'un phage thermostable. ADN : 61-71 mol % G+C. Neuf espèces décrites, dont Thermus aquaticus.
 


Thermus aquaticus
Brock & Edwards (1970) J. Bacteriol. 104, 509-517.

Marinithermus (L. marinus, de la mer ; G. thermos, chaud)

Bâtonnets (0,9-1,0 x 7,5-9,4 microns), en paires ou filaments, non mobiles, Gram négatif. Colonie blanchâtre de 2,5-3 mm de diamètre. Aérobies, thermophiles, neutrophiles, hétérotrophes. Oxydase et catalase négatives. Utilisent des substrats organiques complexes, des acides aminés, des acides carboxyliques et des sucres. Croissance optimale à 67°C (50-72°C), pH 7 (6-8) et 30 g/l de NaCl (5-45 g/l). Temps de division optimum : 30 min. ADN : 68 mol % G+C. Une seule espèce, Marinithermus hydrothermalis, isolée d’une cheminée hydrothermale du japon à 1 385 m de profondeur.

Meiothermus

Bâtonnets droits de 0,5-0,8 microns de diamètre et de longueur variable. Non mobiles. Gram négatif, non sporulés. Colonie rouge à orange voire jaune vif. Aérobies stricts, parfois nitrato-réducteurs. Thermophiles modérés. Croissance optimale à 50-65°C et pH 7,5-8. Hydrolysent protéines et peptides. Utilisent les hexoses et quelques pentoses, polyols, disaccharides, acides aminés et acides organiques comme substrats. Requièrent l’extrait de levure pour la croissance. ADN : 59-70 mol % G+C. Quatre espèces isolées d’environnements hydrothermaux neutres ou alcalins et de fermenteurs, dont l’espèce type Meiothermus ruber.

Oceanithermus (L. oceanus, l’océan ; G. therme, chaud)

Bâtonnets de 0,5-0,7 microns de large et de longueur variable, non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Les cellules cultivées sur des substrats protéiques forment des filaments et des « corps ronds ». Microaérophiles et thermophiles modérés. Oxydase et catalase positives. Utilisent une grande variété de sucres et quelques substrats protéiques, acides organiques et alcools. Réduisent le nitrate en nitrite en anaérobiose. Croissance chimiolitho-hétérotrophe sur hydrogène. Quinone majeure MK-8. Croissance optimale à 60°C, pH 7,5 et 30 g/l de NaCl. ADN : 63 mol % G+C. Une seule espèce, Oceanithermus profundus, isolée d’une source hydrothermale profonde de la dorsale Pacique Est.

Rhabdothermus (G. rhabdos, bâtonnet ; G. thermos, chaud)

Bâtonnets (0,5-0,7 microns de large et de longueur variable), non mobiles, non sporulés, Gram négatif. Les cellules ont tendance à prendre la forme de sphères denses aux électrons, spécialement en conditions optimales de croissance. Aérobies héterotrophes. En anaérobiose, réduisent le nitrate en nitrite et le soufre en H2S. Préfèrent les substrats complexes comme l’extrait de levure, les Casamino acides, la tryptone et la peptone pour leur croissance. Pyruvate, acétate, butyrate, rhamnose, saccharose et maltodextrine sont utilisés comme substrats complémentaires. MK-8 est la seule lipoquinone respiratoire présente. Les acides gras majeurs sont iso-branchés, anteiso-branchés et iso-branchés insaturés. La membrane cellulaire contient des phospholipides et des glycolipides. Thermophiles, neutrophiles, adaptés à la salinité de l’eau de mer. Croissance optimale à 65°C, pH 7,3 et avec 25-35 g/l NaCl. ADN : 68 mol % G+C (Tm). Une seule espèce isolée d’un fumeur noir actif à -700 m dans la mer de Norvège et du Groendland, Rhabdothermus arcticus.

Vulcanithermus (L. Vulcanus, le dieu romain du feuVulcain)

Bâtonnets de longueur variable (0,5-0,7 microns de diamètre), non mobiles, Gram négatif. Microaérophiles capables de croître en aérobiose. Utilisent une large gamme de sucres, quelques substrats protéiques, acides organiques et alcools. Réduisent le nitrate en nitrite en anaérobiose. Croissance chimio-lithohétérotrophe avec H2. Lipoquinone respiratoire prédominante : ménaquinone MK-8. Croissance optimale à 70°C, pH 6,7 et avec 30 g/l de NaCl. ADN : 68 mol % G+C. Une seule espèce isolée de la source hydrothermale profonde Rainbow de la médiane Atlantique, Vulcanithermus mediatlanticus.

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