Taxonomie des Procaryotes
Accueil
Introduction
Classification résumée
Classification générale
Liste alphabétique

Groupes trophiques spéciaux

Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
Biblio
Plan du site
 
Synonymes
         
Aquificae: Phylum BI du Domaine Bacteria
  CI. Methanobacteria
CII. Methanococci
CIII. Methanomicrobia
  CIV. Halobacteria
CV. Thermoplasmata
CVI. Thermococci
CVII. Archaeoglobi
CVIII. Methanopyri
CIX. Nanoarchaeota
AIV. Nanoarchaeota
AV. Thaumarchaeota
 
   
   
   
   
    OVI. Rhizobiales
    OVII. Kordiimonadales,
OVIII. Parvulaculales
OIX. Sneathiellales
  CII. Beta-Proteobacteria
   
   
 
   
    OIII. Xanthomonadales
OIV.Cardiobacteriales
   
   
   
   
   
 
   
   
    OIV.Desulfomonadales
OV.Desulfarcales
   
   
 
   
   
  CVI. Zeta-Proteobacteria
 
    OI_1. Clostridiales
    OI_2. Clostridiales
    OII. Thermanaero-bacteriales
    OIII.Halanaerobiales
OIV.Natranaerobiales
  CII. Negativicutes
 
    OI. Bacillales
    OII. Lactobacillales
  CIV. Thermolithobacteria
  CV. Erysipelotrichi
  SCI. Acidimicrobidae
SCII. Rubrobacteridae
SCIII. Coriobacteridae
  SCIV. Actinobacteridae
SOI. Actinomycinae
SOII. Micrococcinae
  SOVII.Corynebacterinae
SOVIII.Micromonosporinae
  SOIX. Propionibacterinae
SOX. Pseudocardinae
  SOXI. Streptomycinae
SOXII.Streptosporanginae
  SOXIII. Frankinae
SOXIV. Glyomicinae
SOXV. Catelunisporinae
  OII. Bifidobacteriales
SCV. Nitriliruptoridae
 
 
 
 
BXXVIII. Caldiserica
BXXIX. Elusimicrobia
BXXX. Armatimonadetes
   

















1. Propriétés du Phylum

Fonctions: sulfo-oxydants, dénitrifiants
Morphologie: bâtonnets
Croissance: aérobies et microaérophiles, thermophiles
Nutrition: chimio-lithotrophes ou chimio-organotrophes
Habitat: environnements chauds terrestres et marins

2. Taxonomie

Phylum BI. Aquificae

Classe I. Aquificae

Ordre I. Aquificales

Famille I. Aquificaceae: Aquifex, Calderobacterium, Hydrogenobacter, Hydrogenivirga, Hydrogenobaculum, Thermocrinis

Famille II. Desulfurobacteriaceae: Desulfurobacterium, Balnearium, Thermovibrio

Famille III. Hydrogenothermaceae: Hydrogenothermus, Persephonella, Sulfurihydrogenobium, Venenivibrio

Aquificae non classées : Thermosulfidibacter

3. Description des genres

Phylum BI. Aquificae

Classe I. Aquificae

Ordre I. Aquificales

Famille I. Aquificaceae

Aquifex

Bâtonnets à extrémités arrondies (2-6 x 0,4-0,5 microns), isolés, en paires ou agrégats jusqu’à cent cellules. Non sporulés, péritriches. Enveloppe cellulaire complexe. Gram négatif. Aérobies facultatifs et microaérophiles. Hyperthermophiles. Croissance optimale à 85°C (67-95°C), pH 6,8 (5,4-7,5) et NaCl 30 g/l (10-50 g/l). Chimio-lithoautotrophes stricts. CO2 utilisé via le cycle de l’acide citrique. Donneurs d’électrons : H2, thiosulfate et S° ; accepteurs d’électrons : O2 et nitrate. Formation d’acide sulfurique sur soufre et thiosulfate. Production d’H2S sur soufre + H2. Dénitrifiants. ADN : 47 mol % G+C. Deux espèces, dont Aquifex pyrophilus.

Aquifex pyrophilus
Huber et al. (1992) Syst. Appl. Microbiol. 15, 340-351

Calderobacterium = Hydrogenobacter

Bâtonnets longs (0,35-0,5 x 2-8 microns), non mobiles, Gram négatif. Division par septation. Aérobies, chimio-lithotrophes obligatoires. Croissance optimale à 74-76°C (50-82°C) et pH 6-7. ADN : 39-41 mol % G+C. Une seule espèce, Calderobacterium hydrogenophilum, isolée de sources thermales du Kamchatka.

Hydrogenivirga (L. hydrogenum, hydrogène ; L. virga, bâtonnet)

Bâtonnets courts (0,3 x 2 microns), isolés, en paires, agrégats ou filaments, mobiles, Gram négatif. Anaérobies ou Microaérophiles, chimio-lithoautotrophes stricts, thermophiles exigeant NaCl. Hydrogène ou soufre élémentaire servent de donneurs d’électrons et oxygène 0,4-7,7%, opt. 2%) ou nitrate (avec production de N2O) d’accepteurs d’électrons. Croissance optimale à 75°C (55-77°C), pH 6,5-7 (5,5-8,3) et 20 g/l NaCl (5-40 g/l). ADN : 49 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un sédiment de plage et d’une source d’eau chaude côtière, Hydrogenivirga caldilitoris.

Hydrogenobacter

Bâtonnets droits (0,3-0,5 x 2-3 microns), isolés ou en paires, Gram négatif, non mobiles, non sporulés. Aérobies, chimio-lithotrophes utilisant H2 et thiosulfate comme donneurs d’électrons et CO2 comme source de carbone. Croissance optimale à 70-75°C et pH 7. Trois espèces, dont l’espèce type Hydrogenobacter thermophilus.

Hydrogenobaculum

Bâtonnets (0,4-0,6 x 1,3-1,8 microns), isolés ou en courtes chaînes de deux à quatre cellules, mobiles par flagelles polaires, Gram négatif, non sporulés. Aérobies utilisant l’oxygène comme accepteur d’électrons, H2 et les composés réduits du soufre comme donneurs d’électrons et le CO2 comme source de carbone. Soufre ou thiosulfate requis pour la croissance qui est optimale à pH 3-4 et 65°C. Les hydrogénases sont particulaires et solubles. Présence de cytochromes b, c et o. ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un solfatar du Japon, Hydrogenobaculum acidophilum.

Thermocrinis

Bâtonnets aux extrémités arrondies (0,4-0,5 x 1-3 microns), isolés, en paires, en agrégats ou en longs filaments. Gram négatif, non sporulés. Flagellation polytriche monopolaire. Microaérophiles hyperthermophiles. Chimio-lithoautotrophes ou chimio-organo-hétérotrophes sur formate et formamide. ADN : 47-48 mol % G+C. Croissance optimale à 80°C (44-89°C), pH 7-8,5 et NaCl 0-4 g/l. Une seule espèce, Thermocrinis ruber.

Thermocrinis ruber
Huber et al. (2001) in Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed., Vol. 1,
D.R. Boone et al. eds., Springer pub., p. 365.

Famille II. Desulfurobacteriaceae

Desulfurobacterium

Bâtonnets courts (1-3,5 x 0,4-0,5 microns), isolés, en paires ou courtes chaînes, mobiles par jusqu’à 3 flagelles polaires, Gram négatif, non sporulés. Peuvent former des masses macroscopiques colorées dans des matrices de polymères. Colonie circulaire, 1 mm de diamètre, blanchâtre ou jaune à orangé, d'1 mm  de diamètre. Anaérobies stricts thermophiles chimio-lithotrophes obligés. En présence d’H2, réduisent S°, thiosulfate, sulfite, nitrate (--> ammonium) et faiblement polysulfures (-->  H2S). Croissance stimulée par vitamines + tungstate et sélénate. Catalase négative. Le CO2 est fixé par le cycle de l'acide citrique. La quinone majeure est MK-7H6. Croissance optimale à 70-75°C (40-85°C), pH 6-6,2 (4,4-8) et NaCl 30-35 g/l (15-70 g/l). Temps de division, 135 min. ADN : 36-42 mol % G+C. Trois espèces, dont Desulfurobacterium thermolithotrophum, isolée d’une cheminée hydrothermale profonde de l’Atlantique.

Balnearium (L. relatif à un bain)

Bâtonnets courts (0,7-0,9 x 2,5-3,5 microns), retrécis en leur milieu, isolés, mobiles par plusieurs flagelles polaires aux deux extrémités, Gram négatif. Anaérobies stricts, chimio-lithoautotrophes. Utilisent l’hydrogène et le soufre élémentaire comme respectivement donneur et accepteur d’électrons. Ammonium requis comme source d’azote. Croissance optimale à 70-75°C (45-80°C), pH 5,4 (5-7) et 32 g/l de NaCl (8-56 g/l). ADN : 35 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un système hydrothermal marin du Japon, Balnearium lithotrophicum.

Thermovibrio (G. therme, chaleur ; L. vibrio, qui vibre)

Bâtonnets incurvés (0,5-0,8 x 1-3 microns), isolés ou en paires, non sporulés, Gram négatif. Mobiles par flagellation polytriche monopolaire ou bipolaire. Coloration rouge vif de la masse cellulaire. Anaérobies stricts chimio-lithoautotrophes. Croissance en présence de H2 + CO2 avec nitrate ou soufre élémentaire comme accepteurs d’électrons et formation de NH4+ ou H2S. Aucun autre accepteur d’électrons utilisé. Pas de croissance chimio-organotrophe. Sensibles à l’ampicilline et au chloramphénicol mais résistants à la kanamycine (100 mg/ml). Thermophiles extrêmes. Croissance optimale à 75°C (50-80°C), pH 6 (5-6,5) et 30 g/l NaCl (20-47 g/l). ADN : 46 mol % G+C. Trois espèces dont Thermovibrio ruber (L. ruber, rouge) isolée de sédiments sableux de Papouasie Nouvelle Guinée.
 

Famille III. Hydrogenothermaceae

Hydrogenothermus

Bâtonnets (1-1,5 x 2-4 microns), isolés, en paires ou agrégats, mobiles par quatre à sept flagelles, Gram négatif, non sporulés. Aérobies utilisant l’oxygène (opt. 1-2 %) comme accepteur d’électrons. Chimio-lithoautotrophes avec H2 comme donneurs d’électrons et le CO2 comme source de carbone. Soufre ou thiosulfate non utilisés mais soufre requis pour la croissance. Oxydase et catalase positives. Croissance prototrophe optimale à pH 5-7, 65°C (45-80°C) et NaCl 20-30 g/l (5-60 g/l). Une seule espèce,  Hydrogenothermus marinus, isolée d’un environnement hydrothermal côtier du Vulcain en Italie.

Persephonella (Persephone, dieu mythologique grec)

Bâtonnets courts (0,3-0,4 x 2-4 microns), isolés ou en paires, mobiles. Microaérophiles, chimio-lithoautotrophes obligés, hydrogène, soufre élémentaire ou thiosulfate servent de donneurs d’électrons et oxygène, nitrate (avec production de N2) ou soufre élémentaire d’accepteurs d’électrons. Croissance optimale à 70-73°C (55-80°C), pH 6 (4,7-7,5) et 25 g/l NaCl (10-45 g/l). ADN : 37-38 mol % G+C. Trois espèces isolées de cheminées hydrothermales profondes, dont Persephonella marina.

Sulfurihydrogenobium S(L. sulfur, soufre ; L. hydrogenum, hydrogène ; G., bios, vie)

Bâtonnets droits à légèrement incurvés (0,3-0,5 x 1,5-2,5 microns), isolés, mobiles par un flagelle polaire, Gram négatif. Anaérobies facultatifs à microaérophiles, chimio-lithoautotrophes stricts. Croissance avec H2, soufre élémentaire ou thiosulfate comme donneurs d’électrons et oxygène, nitrate, fer (III), sélénate, sélénite ou arsénate comme accepteurs d’électrons. Soufre et thiosulfate sont oxydés en sulfate ; nitrate, fer(III) et arsénate sont réduits respectivement en azote, fer (II) et arsénite. La réduction du sélénate et du sélénite aboutit au sélénium. Neutrophiles et thermophiles. Croissance optimale à 65°C (40-70°C), pH 7,5 (6,4-8,8) et avec 4,8 g/l de NaCl (0-48 g/l). ADN : 31 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’un aquifère chaud d’une mine d’or au Japon, Sulfurihydrogenobium subterraneum.

Venenivibrio (L. venenum, poison)

Bâtonnets légèrement incurvés (0,4 x 1,3 microns), mobiles, non sporulés, Gram négatif. Microaérophiles, chimio-lithotrophes stricts. Croissance avec H2 comme donneur d’électrons et oxygène comme accepteur d’électrons. Soufre et thiosulfate sont des facteurs requis pour la croissance. Acidophiles et thermophiles. Croissance optimale à 70°C (45-75°C), pH 5,4 (4,8-5,8) et avec 4 g/l de NaCl (0-8 g/l). ADN : 29 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source chaude de Nouvelle Zélande, Venenivibrio stagnispumantis.

Aquificae non classées

Thermosulfidibacter (L. sulfidum, sulfure)

Bâtonnets (0,4-0,8 x 0,9-2 microns), mobiles par un flagelle polaire, non sporulés, Gram négatif. Anaérobies stricts, chimio-lithoautotrophes stricts. Croissance avec H2 comme donneur d’électrons et soufre élémentaire comme accepteur d’électrons. Soufre réduit en H2S. Ammonium requis comme source d'azote. Neutrophiles et thermophiles. Croissance optimale à 70°C (55-78°C), pH 5,5-6 (5-7,5) et avec 30 g/l de NaCl (5-45 g/l). ADN :44 mol % G+C. Une seule espèce isolée d’une source hydrothermale profonde au Japon,Thermodesulfibacter takaii.
 

Accueil
Introduction
Classification résumée
Classification générale
Liste alphabétique

Groupes trophiques spéciaux

Classification de Cavalier-Smith
Conclusion
Biblio
Plan du site
 
Synonymes